rantai antiparalel bereplikasi, mula-mula akan menghasilkan dua rantai DNA baru. Kemudian 4
rantai DNA (yaitu 2 rantai DNA asli ditambah 2 rantai DNA yang terbentuk) yang ada bereplikasi
lagi menjadi 8 rantai DNA, delapan ini bereplikasi menjadi 16 dan seterusnya. Reaksi polimerasasi
(perpanjangan rantai nukleotida) mengikuti arah 5 ke arah 3.
Tahap-tahap reaksi sintesis DNA :
1.Tahap pembukaan DNA untai ganda superkoil
2. Sintesis oligonukleotida primer
3. Pemanjangan rantai DNA arah 5--- 3, pelepasan primer dan
4. Penyambungan fragmen DNA dan membentukan ikatan fosfodiester.
Proses tahap awal pembukaan DNA dikatalisis oleh 3 jenis enzim yaitu 1) enzim helikase
(atau DNA- unwinding enzyme) yang mengkatalisis pembukaan bagian DNA yang kedua untainya
terpisah (garpu replikasi). 2) Enzim heliks-destabilizing protein atau single-stranded DNA-binding
protein yang berfungsi menjaga basa-basa pada untai tunggal agar tidak berpasangan dengan
lain, dan 3) enzim DNA girase mengkatalisis pembukaan heliks ganda sebelum proses replikasi
dimulai. Ketiga enzim ini bekerja sama membentuk DNA untai tunggal.
Tahap selanjutnya menggunakan enzim RNA polimerase spesifik atau dikenal enzim
primase atau dnaG dan protein dnaB. Pembentukan oligonukleotida primer dilakukan pada
daerah spesifik DNA sebagai tempat awal replikasi. Hal ini dikarenakan enzim DNA polimerase
hanya dapat menambahkan nukleotida DNA baru ke rantai yang sudah ada nukleotida, sehingga
diperlukannya RNA primer untuk meletakan nukleotida sebagai permulaan. RNA primer tersebut
terdiri dari sedikit RNA nukleotida secara berurutan. Setelah RNA primer menepati the origin of
replication site, DNA polimerase III dapat menambahkan nukleotidaRNA polimerase spesifik ini
berbeda dengan RNA polimerase untuk sintesis RNA, karena enzim ini bersifat nukleofilik dalam
pembentukan ikatan fosfodiester dari rantai DNA yang tidak berpasangan. dnaB berfungsi
mengikat DNA untai tunggal pada sisi awal replikasi kemudian dnaG membentuk oligonukleotida
primer.
Tahap berikut menggunakan katalis DNA polimerase III dan DNA polimerase I serta DNA
ligase. Proses penumbuhan rantai terjadi dengan penambahan deoksiribonukleotida pada gugus
3-OH ujung rantai primer (pertumbuhan 5 3). Karena kedua rantai DNA bersifat anti paralel
satu terhadap lainnya (5 3, dan 3 5) maka replikasi semikonservatif yang terjadi juga
berbeda. Pada satu rantai replikasinya bersifat kontinyu dan menghasilkan untai penuntun (leading
strand). Dengan Berbagai Enzim yang terlibat Sedangkan untai yang lain repilikasinya bersifat
diskontinyu dan menghasilkan untai potongan atau disebut juga fragmen Okazaki.
Gambar 8. Terlihat masih tersisa RNA primer (hijau) pada lagging strand
Untuk menghilangkan RNA primer tersebut dibutuhkan enzim DNA polymerase I, dan
enzim DNA polymerase I inilah yang akan mengganti nukleotida RNA primer dengan nukleotida
DNA. Celah yang terbentuk antara okazaki fragments akan dihubungkan oleh enzim DNA ligase
dengan mengkatalisasi pembentukan ikatan phosphodiester
Gambar 9. Celah diantara okozaki fragments akan dihubungkan oleh enzim DNA ligase
dengan mengkatalisasi pembentukan ikatan phosphodiester
Penghilangan rantai RNA Primer oleh enzim DNA polymerase I terjadi pada leading strand
dan legging strand.
2.
Damage removal: proses ini lebih kompleks karena melibatkan replacing atau penggantian
dengan dipotong-potong. Pada jenis perbaikan ini diawali dengan proses pengidentifikasian urutan
DNA dalam suatu proses pengawasan yang dilakukan oleh endonuklease. Kompleks enzim
tersebut akan menginisiasi proses pemisahan untaian DNA heliks ganda menjadi suatu segmen
utas tunggal. Proses ini akan diakhiri dengan penyatuan kembali antara dua utas tunggal tersebut
untuk kembali menjadi bagian dari untaian heliks ganda, dengan perantaraan enzim DNA ligase.
3. Damage tolerance: Mentoleransi kesalahan. Pada jenis perbaikan ini, kesalahan yang terjadi tidak
bisa diperbaiki sehingga kesalahan terpaksa ditoleransi, dimana enzim polimerase melakukan
replikasi dengan melewati bagian dari DNA yang mengalami kerusakan.
(a)
(b)
(c)
Mismatch repair. Tipe ini adalah untuk memperbaiki kesalahan-kesalahan yang terjadi ketika DNA
disalin. Selama replikasi DNA, DNA polymerase sendirilah yang melakukan perbaikan jika terjadi
kesalahan pemasangan. Polimerase ini mengoreksi setiap nukleotida terhadap cetakannya begitu
nukleotida ditambahkan pada untaian. Dalam rangka mencari nukleotida yang pasangannya tidak
benar, polymerase memindahkan nukleotida tersebut kemudian melanjutkan kembali sintesis.
Protein-protein lain selain DNA polymerase juga melakukan perbaikan salah pasang. Pada intinya
mekanisme perbaikan mismatch ini mendeteksi terlebih dahulu pasangan basa yang tidak cocok
(matched) atau tidak berpasangan dengan benar. Caranya segmen DNA yang membawa basa
yang salah dibuang, sehingga terdapat celah (gap) di dalam untai DNA. Selanjutnya dengan
bantuan enzim polymerase celah ini akan diisi oleh segmen baru yang membawa basa yang telah
diperbaiki, yang kemudian dilekatkan dengan bantuan enzim ligase.
1.4 Perbedaan Proses Replikasi Pada Prokariotik Dan Eukariotik
Proses replikasi DNA pada prokariot dan eukariot pada dasarnya hampir sama, hanya
terdapat sedikit perbedaan. Pada prokariot, proses replikasi terjadi secara cepat dan terusmenerus. Seperti pada E. coli yang memiliki 4,6 juta pasangan basa dalam kromosom sirkuler
tunggal dan semua itu akan direplikasi di sekitar 42 menit, mulai dari asal tunggal dari replikasi dan
melanjutkan sekitar lingkaran di kedua arah. Pada proses replikasi tersebut jarang sekali terjadi
kesalahan. Hal ini dikarenakan genom pada prokariot lebih sederhana daripada eukariot. Selain itu
proses replikasi hanya terjadi di satu tempat yang disebut oriC.
Pada eukariot, molekul DNA lebih besar daripada di prokariot dan tidak melingkar, dan juga
banyak tempat untuk memulai replikasi. Pada eukariot replikasi DNA hanya terjadi pada fase S di
dalam interfase
2. Transkripsi RNA
DNA merupakan materi genetik yang memiliki fungsi fenotip. Artinya, DNA harus mampu
mengatur ekspresi gen suatu makhluk hidup sehingga dihasilkan suatu fenotip tertentu bagi setiap
individunya. Fungsi ini dilaksanakan melalui ekspresi gen, yang tahap pertamanya adalah proses
transkripsi, yaitu perubahan urutan basa molekul DNA menjadi urutan basa molekul RNA. Dengan
perkataan lain, transkripsi merupakan proses biosintesis RNA menggunakan salah satu untai
molekul DNA sebagai cetakannya (template).
Transkripsi adalah sintesis RNA dibawah arahan DNA. Kedua asam nukleat menggunakan
bahasa yang sama, dan informasi hanya ditranskripsi, atau disalin, dari satu molekul menjadi
molekul lain. Sintesis RNA disebut juga dengan transkripsi DNA, sehingga terjadi proses
pemindahan informasi genetik dari DNA ke RNA. Fungsi ini disebut fungsi heterokatalis DNA
karena DNA mampu mensintesis senyawa lain yaitu RNA. Sebuah rantai DNA digunakan untuk
mencetak rantai tunggal mRNA dengan bantuan enzim RNA polimerase. Enzim tersebut
menempel pada kodon permulaan, umumnya adalah kodon untuk asam amino metionin. Pertamatama, ikatan hidrogen di bagian DNA yang disalin terbuka. Akibatnya, dua utas DNA berpisah.
Salah satu polinukleotida berfungsi sebagai pencetak atau sense, yang lain sebagai gen atau
antisense. Misalnya pencetak memiliki urutan basa G-A-G-A-C-T, dan yang berfungsi sebagai gen
memiliki urutan basa komplemen C-T-C-T-G-A. Karena pencetaknya G-A-G-A-C-T, maka RNA
hasil cetakannya C-U-C-U-G-A. Jadi, RNA C-U-C-U-G-A merupakan hasil kopian dari DNA C-T-CT-G-A (gen), dan merupakan komplemen dari pencetak.
Proses transkripsi ini memiliki banyak kesamaan dengan replikasi DNA dan juga mengikuti
prinsip pemasangan basa pada replikasi DNA. Beberapa kesamaan yang ditemukan adalah
sebagai berikut:
1. Adanya sumber basa nitrogen berupa nukleosida trifosfat. Perbedaannya terdapat pada
molekul gulanya. Seperti yang kita ketahui bahwa gula pada replikasi DNA berupa
deoksiribosa. Sedangkan pada replikasi RNA berupa ribosa. Selain itu, tidak adanya basa
timin tetapi digantikan oleh urasil. Jadi, keempat nukleosida trifosfat yang diperlukan adalah
adenosin trifosfat (ATP), guanosin trifosfat (GTP), sitidin trifosfat (CTP), dan uridin trifosfat
(UTP).
2. Adanya untai molekul DNA sebagai cetakan. Dalam proses ini hanya satu bagian dari
rantai DNA yang sudah terbuka yang dapat dijadikan sebagai cetakan bagi enzim RNA
polimerase pada proses sintesis RNA. Untai DNA ini mempunyai urutan basa yang
komplementer dengan urutan basa RNA hasil transkripsinya, dan disebut sebagai pita
antisens. Sementara itu, untai DNA pasangannya, yang mempunyai urutan basa sama
dengan urutan basa RNA, disebut sebagai pita sens. Meskipun demikian, sebenarnya
transkripsi pada umumnya tidak terjadi pada urutan basa di sepanjang salah satu untai
DNA. Jadi, bisa saja urutan basa yang ditranskripsi terdapat berselang-seling di antara
kedua untai DNA.
3. Proses transkripsi berlangsung dengan arah 5 3 seperti halnya dalam replikasi DNA.
4. Gugus 3- OH pada suatu nukleotida bereaksi dengan gugus 5- trifosfat pada nukleotida
berikutnya menghasilkan ikatan fosfodiester dengan membebaskan dua atom pirofosfat
anorganik (PPi).
2.1 Inisiasi
Proses transkripsi dari molekul RNA dimulai dengan diurainya kedua untaian dari molekul
DNA. Pemisahan kedua untaian DNA pertama kali terjadi di suatu tempat di dalam molekul DNA
yang disebut dengan promoter. Promoter ini nantinya merupakan tempat melekatnya RNA
polimerase untuk memulai transkripsi. Proses transkripsi ini mulai terjadi ketika RNA polimerase
menyadari dan mengikat daerah promotor yang terdapat dalam molekul DNA. RNA polimerase
melekat atau berikatan dengan promoter dibantu oleh adanya faktor sigma. Faktor sigma atau
kofaktor merupakan subunit RNA polimerase. Setelah promoter berikatan dengan kumpulan
protein yang disebut kofaktor-kofaktor. Kumpulan antara promoter, RNA polimerase, dan kofaktorkofaktor ini disebut kompleks inisiasi transkripsi. Selanjutnya, RNA polimerase membuka rantai
ganda DNA. Setelah proses inisiasi terjadi maka faktor sigma akan berdisosiasi dari RNA
polimerase, bersama-sama dengan DNA dan RNA nasen (RNA yang baru disintesis), akan
membentuk kompleks terner atau kompleks yang terdiri atas tiga komponen. Dengan adanya
kompleks terner ini RNA polimerase dapat berjalan di sepanjang molekul DNA.
Gambar 11. Enzim RNA polymerase mencari tempat, dan mengikat sementara salah satu
DNA strand agar double helix DNA terbuka
2.2 Elongasi
Pengikatan enzim RNA polimerase beserta kofaktor-kofaktornya pada untai DNA template
membentuk kompleks transkripsi. Pada tahap elongasi ini, RNA mengalami pertumbuhan
memanjang seiring dengan pembentukan pasangan basa nitrogen DNA pada ujung 3 nya.
Sehingga, proses elongasi RNA berlangsung dari arah 5 ke 3, sementara RNA polimerasenya
sendiri bergerak dari arah 3 ke 5 di sepanjang untai DNA template. Pembentukan RNA analog
dengan pembentukan pasangan basa nitrogen pada replikasi.
Gambar 13. Proses terminasi dengan dilepasnya RNA yang baru dan enzim RNA
polymerase dari cetakan DNA
Asam nukleat baik DNA (Deoxyribonucleic acid) maupun RNA (Ribonucleic acid)
merupakan molekul yang sangat penting bagi kelansungan hidup sebuah sel. Informasi-informasi
genetik dalam sebuah sel tersimpan pada DNA, sedangkan RNA salah satu fungsinya adalah
mensintesis protein dalam sel. Oleh sebab itu sintesis / pembentukan asam nukleat DNA terjadi
saat sel akan membelah diri (kecuali sel gamet) agar setiap sel turunan memiliki informasi genetik
yang sama dan RN) di dalam sel memegang peranan yang vital dalam keberlansungan hidup
sebuah organisme.
Pembentukan Asam Nukleat (baik DNA maupun RNA) melalui tahapan-tahapan yang
berurutan dan sistematis. Proses pembentukan DNA dinamakan replikasi DNA, replikasi DNA
berlansung dengan bantuan beberapa enzim, diantaranya; DNA helicase, DNA polymerase III,
DNA primase, DNA polymerase I, dan DNA ligase. Proses replikasi DNA ini bertujuan untuk
membuat salinan DNA yang identik. Sementara itu, proses pembentukan RNA dinamakan dengan
proses transkripsi yang melewati tahapan inisiasi (permulaan), elongasi (perpanjangan) dan
terminasi (pengakhiran). Proses sintesis RNA terjadi dengan bantuan enzim RNA polymerase.
Proses transkripsi pada RNA bertujuan untuk mensintesis RNA dibawah arahan DNA dengan
bantuan RNA Polimerase.
DAFTAR PUSTAKA