penting. Semasa abad ke-14, kawasan itu menjadi wilayah tanggungan Empayar Majapahit
sehingga pemerintahan Kesultanan Melaka (1400-1511) yang mana negeri Johor menjadi pula
salah sebuah jajahan pemerintahannya. Pada tahun 1511, Melaka dikuasai oleh pihak Portugis
dan Sultan Mahmud Shah, Sultan Melaka ketika itu, melarikan diri ke Pahang dan kemudiannya
ke Bentan di Johor.
Senarai kandungan
[lipat]
4 Perang Johor-Jambi
5 Pengaruh Bugis
7 Wangsa Bendahara
9 Garis masa
10 Lihat juga
Sultan Alauddin Riayat Shah menubuhkan sebuah kota di Johor Lama yang terletaknya di tebing
Sungai Johor dan dari situ terus melancarkan serangan ke atas kedudukan Portugis di Melaka.
Baginda senantiasa bekerjasama dengan saudaranya di Perak dan juga dengan Sultan Pahang
untuk menawan semula Melaka (pada ketika itu kota A Famosa telah dibina).
Di sebelah utara Sumatera pula pada masa yang sama, Aceh mula mengembangkan pengaruhnya
untuk menguasai Selat Melaka. Selepas kejatuhan Melaka kepada Portugis yang beragama
Kristian, pedagang-pedagang Muslim mula menjauhkan diri daripada Melaka dan singgah di
Aceh. Melihat keadaan itu Portugis merasa tercabar kerana hasil perdagangannya semakin
kurang.
Portugis dan Johor sentiasa berperang menyebabkan Aceh melancarkan serangan ke atas keduadua belah pihak. Kebangkitan Aceh di Selat Melaka mengakibatkan Johor dan Portugis berdamai
dan bekerjasama melemahkan Aceh. Tetapi selepas Aceh menjadi lemah, Johor dan Portugis
kembali berperang.
Krisis antara Johor dan Jambi bermula apabila kedua-dua pihak berselisih faham mengenai
perebutan kawasan yang bernama Tungkal. Pada masa ini Johor diperintah oleh Sultan Abdul
Jalil Riayat Syah III dan peranan pentadbiran lebih banyak dimainkan oleh Raja Muda. Dalam
usaha untuk mendapatkan semula Tungkal dari tangan orang Jambi, orang Johor telah menghasut
penduduk Tungkal untuk memberontak. Hal ini menimbulkan kemarahan Pemerintah Jambi.
Namun kekuatan ketenteraan Johor yang disegani pemerintah Jambi pada waktu itu
menyebabkan Jambi memilih untuk berdamai. Ketegangan antara Johor dan Jambi telah dapat
diredakan menerusi perkahwinan antara Raja Muda Johor dengan Puteri Sultan Jambi pada tahun
1659.
Namun persengketaan antara Johor dan Jambi kembali meletus berpunca daripada tindakan
kedua-dua pihak yang saling menghina kedaulatan kerajaan masing-masing. Johor telah
memulakan episod perperangan dengan Jambi apabila menghantar 7 buah kapal untuk
menyerang perkampungan nelayan Jambi pada bulan Mei 1667. Kegiatan perdagangan semakin
merosot akibat perperangan yang berlaku kerana tiada jaminan keselamatan kepada pedagang
untuk menjalankan urusniaga di kawasan bergolak ini. Hal ini menyebabkan kerugian ekonomi
kepada Johor. Kemuncak peristiwa perperangan ini berlaku apabila Pengeran Dipati Anum
mengetuai sebuah angkatan perang untuk menyerang dan memusnahkan Johor secara mengejut
pada 4 April 1673. Serangan ini telah melumpuhkan sistem pentadbiran kerajaan Johor. Dalam
usaha menyelamatkan diri, Raja Muda bersama seluruh penduduk Johor telah lari bersembunyi
di dalam hutan. Bendahara Johor telah ditawan dan dibawa pulang ke Jambi.
Sultan Abdul Jalil Syah III pula melarikan diri ke Pahang. Baginda akhirnya meninggal dunia di
sana pada 22 November 1677. Perperangan yang menyebabkan kekalahan kerajaan Johor ini
telah mengakibatkan kerugian yang besar kepada Johor kerana Jambi telah bertindak merampas
semua barang berharga milik kerajaan Johor termasuk 4 tan emas, sebilangan besar senjata api
yang merupakan simbol kemegahan dan kekuatan Johor. Kehilangan senjata api dan tentera yang
ramai menyebabkan kerajaan Johor tidak berupaya berbuat apa-apa secara tidak langsung
menyebabkan kerajaan Johor runtuh.
Tidak puas hati dengan perlantikan Raja Kecil, bekas Bendahara Abdul Jalil meminta Daeng
Parani ketua orang Bugis untuk menolongnya mendapatkan semula takhta.Permintaan ini telah
dipersetujui oleh orang-orang Bugis kerana mereka juga kecewa kerana tidak dapat menuntut
jawatan Yam Tuan Muda. Pada tahun 1722, Raja Kecil terpaksa meletakkan takhta kerana
pengaruh Bugis. Anak Bendahara Abdul Jalil kemudiannya dilantik menjadi sultan dengan
gelaran Sultan Sulaiman Badrul Alam Shah. Tetapi Sultan Sulaiman hanyalah seorang sultan
tetapi tidak mempunyai kuasa kerana Daeng Merewah, daripada orang Bugis yang memegang
kuasa sebagai Yamtuan Muda.
Ibrahim pada tahun 1877. Temenggung Ibrahim membuka sebuah bandar iaitu Bandar Tanjung
Puteri di selatan Johor dan menjadikannya sebagai sebuah bandar utama. Bandar Tanjung Puteri
kemudiannya dikenali sebagai Johor Bahru.
Temenggung Ibrahim kemudiannya digantikan oleh anaknya, Temenggung Abu Bakar yang
kemudiannya memegang gelaran Seri Maharaja Johor. Pada tahun 1866, dia dilantik menjadi
sultan Johor secara rasmi. Sultan Abu Bakar Daeng Ibrahim memperkenalkan sebuah
perlembagaan dan menubuhkan sebuah sistem pentadbiran yang cekap dan berkesan. Baginda
juga memerintahkan dibinanya Istana Besar, tempat tinggal rasmi sultan. Sultan Abu Bakar
kemudiannya dikenali sebagai Bapa Johor Moden.
Johor juga menikmati pembangunan ekonomi yang cemerlang. Permintaan lada hitam dan
gambir yang tinggi pada kurun ke-19 menyebabkan pembukaan ladang-ladang baru dan
kemasukan buruh Cina secara beramai-ramai. Sistem Kangchu dilaksanakan.
Pada tahun 1914, Sultan Ibrahim ibni Sultan Abu Bakar terpaksa menerima seorang Residen
British.