Anda di halaman 1dari 15

GRUP A

LATAR BELAKANG
Epilepsi adalah salah satu kelainan neurologis
utama yang terjadi karena fungsi abnormal dari
berbagai reseptor dan enzim dalam sistem saraf
pusat.
Baru-baru ini obat yang dikembangkan banyak
mengandung ion natrium, ion kalsium, ion klorida,
reseptor GABA dan enzim GABA transaminase.
Beberapa obat bertindak sebagai enzim, saluran ion
inhibitor atau blocker, dan beberapa obat sebagai
agonis reseptor seperti barbiturat, benzodiazepin
yang bekerja pada reseptor GABA.

Dalam penelitian ini dilakukan teknik komputasi


untuk mengembangkan inhibitor yang lebih baik
untuk enzim GABA transaminase dengan
memodifikasi gugus 'metil' terminal dari struktur
asam valproat
Penelitian dengan mekanisme molekul telah
dilakukan untuk analog dan interaksi proteinligan dari analog ini diidentifikasi melalui studi
docking menggunakan perangkat lunak GOLD 4.1
terhadap enzim 4-aminobutyrateaminotransferase (GABA transaminase).
Dari studi docking kami menemukan bahwa
penggantian metil dengan amina, hidrogen dan
gugus hidroksil (kelompok hidrofilik)
menunjukkan kemampuan dari asam valproat.

PENDAHULUAN
Epilepsi atau gangguan kejang adalah gangguan saraf yang
disebabkan pensinyalan abnormal oleh kelompok saraf di
otak, mengubah kesadaran individu, tindakan atau gerakan.
Sumber penyakit ini adalah otak tetapi dapat mempengaruhi
setiap bagian tubuh lainnya.
GABA (gamma amino asam butirat) adalah neurotransmitter
yang paling berkontribusi saat kejang. GABA disintesis di
otak oleh neuron GABAergic dari asam amino
Valproate obat antikonvulsan digunakan untuk antiepilepsi
dan dalam penelitian ini dilakukan dengan meningkatkan
neurotransmisi GABA dengan menghambat aktivitas GABA
transaminase.

BAHAN DAN METODE


Struktur
dari
target
4-aminobutyrateaminotransferase
itu
diambil
dari
server
http://www.rcsb.org/pdb dengan PDB ID 1OHV
memiliki 4 rantai identik, resolusi 2.30 dan terdiri
dari 472 residu dimana yang 461 residu yang
diidentifikasi terdapat di wilayah domain. Stabilitas
struktur ini disebabkan oleh struktur Alpha heliks
yang terdiri 43% (22 heliks; 204 residu) dan
lembar beta yang terdiri 14% (22 helai; 68 residu)
dari protein. Struktur obat asam valproat diperoleh
dari Drugbank dan analognya dikembangkan
menggunakan Accelrys Symex Draw4.0, kemudian
persiapan untuk docking oleh Hyperchem 8.0 dan

PERSIPAN ANALOG
Obat asam valproat disketsa dan diubah
menjadi model 3D menggunakan Accelrys
Symex Draw 4.0. Eclectrophile, nukleofil
dan Netral R-kelompok untuk penggantian
gugus fungsi -NH2, -CH2CH3, -OH, -Cl &
-H. semua analog ini kemudian diketik
dengan
CHARMm
forcefield
dan
minimisasi
energi
dilakukan
dengan
algoritma Polak Ribiere, RMS gradien 0,1
dan nilai parameter Max step 2000 di
Hyperchem 8.0.

PERSIAPAN PROTEIN
Optimalisasi geometri dari protein yang diambil dilakukan
dengan menghilangkan molekul air, ion, atom hetero dan
ligan. Hidrogen ditambahkan untuk memenuhi valensi dari
molekul.

DOCKING MENGGUNAKAN
Protein yang telah siap GOLD
dan semua analog kemudian
diperlakukan docking menggunakan software Optimasi
Genetik untuk Ligan Docking (GOLD) 4.1

Proses tersebut menggunakan parameter algoritma


genetika untuk docking, yang melibatkan pencarian
konformasi untuk menemukan analog ikatan pelengkap
yang terbaik
yang berikatan dengan sisi aktif target.
Jumlah sisi aktif atom diidentifikasi untuk melakukan
docking. Interaksi antara protein dan analog dapat
divisualisasikan, jumlah ikatan hidrogen dan jaraknya dapat
dihitung.

HASIL DAN PEMBAHASAN


Docking dilakukan untuk analisis interaksi ligan protein
menggunakan software GOLD 4.01

HASIL

Fungsi kecocokan dihitung untuk memprediksi


afinitas elektron, dan analog dengan skor
kecocokan
yang
lebih
tinggi
dan
telah
dipertimbangkan sebagai analog yang potensial, di
mana obat Valproate telah menunjukkan skor 24,8
dan skor
GOLD kecocokan untuk
ligan lain
ditunjukkan dalam Tabel 1. Skor
kecocokan
komponen GOLD pada energi ikatan hidrogen
eksternal dan energi eksternal vander Waals yang
memiliki nilai yang lebih tinggi daripada Obat
valproate dan skor energi internal vander Waals
juga mengalami variasi sehingga ditemukan
sebagai penentu faktor kecocokan kompleks obatprotein.

Hasil yang diperoleh di atas menunjukkan


bahwa
sebelum
sintesis,
pengujian
aktivitas biologis dan uji klinis dari analog
baru, satu dapat menggunakan mekanika
molekul dan metode analog berdasarkan
desain obat untuk penilaian kualitatif
afinitas ikatan untuk mempercepat proses
penemuan obat dengan menghilangkan
senyawa yang kurang potensial dari
sintesis. Analog dengan substituen -NH2,
-H dan -OH telah ditemukan sebagai
analog yang paling cocok dalam penelitian