Anda di halaman 1dari 8

PengertianStrainImprovement

StrainImprovement
(PemuliaanGalur)
MikroorganismeProduktif
MarliaSinggihWibowo

Dalambidangpertanian,perkebunan:
pengembaliansifataslitanaman
Dalambidangmikrobiologi:usaha
peningkatanproduktivitasatauperubahan
sifatsuatugalurmikroorganisme

TujuanStrainImprovement

Meningkatkanproduktivitas
Menghilangkankometabolityangtidak
diinginkan
Memperbaikipenggunaansumberkarbon
dannitrogen
Memperbaikimorfologiselmenjadibentuk
yanglebihbaikdalamrangkamemudahkan
pemisahanmikroorganismetsbdengan
produknya

Prosesumum

Induksivariasigenetikdalampopulasisel
darimikroorganismeyangdipilih
ProsesFermentasidalamskalalabdilakukan
terhadapbeberapaindividuterpilihdalam
populasitersebut
Melakukananalisis(assay)setelahproses
fermentasitersebutuntukmengidentifikasi
galuryangdapatdimutasikan

Carauntukmeningkatkanproduktivitas
mikroorganismeindustri

Optimasikondisilingkungan
Optimasinutrisimikroorganisme
Modifikasigenetik:Mutasi,rekombinasi,
kloninggen

Optimasinutrisimikroorganisme

Sumberkarbon
Sumbernitrogen
Sumbermineraldansumbernutrisilain
Penambahanprekursor
Bantuanenzim

Optimasikondisilingkungan
Modifikasiparameterfisika
(suhu,agitasi,dll)
Modifikasiparameterkimia
(pH,kadarO2,dll)
Modifikasiparameterbiologi
(kokultur,enzim,dll)

MUTAGENESIS
Mutagenesisadalahsuatuusahapemuliaan
galurmikroorganismedengancaramemberi
perlakuantertentuterhadapsel
mikroorganismesehinggaterjadiperubahan
dalamgenotipmaupunfenotipnya
Mutasiyangterjadidapatterjadisecara
randomatauterarah

Prosedurmutagenesis
Mutasi:fisika,kimiaataukombinasi
keduanya
Fusiprotoplas
Rekombinasi
Kloninggen

Langkahdalampelaksanaanmutasifisik

Mutasisecarafisika
Mutagenfisik:
SinarX(xray)
Pertamakalitahun1927dilakukanterhadaplalatbuah
(fruitfly)
Terjadimutasikromosomal
SinarUltraviolet(250 270nm)
Tahun1938ditemukanbahwaDNAmengabsorpsiuv
pada260nm
Terjadipointmutation
Terjadidimerisasitimintimin
Photorepair:kembalikesifatsemulaakibatsinar
Radioisotop

Mutasi kimia
Mutagenkimia:

Biakanmurnigalurindukdisuspensikandalamlarutan
medium
Jumlahseldalammediumdihitungdankonsentrasisel
diaturuntukprosesmutasi
Radiasidilakukandalamkeadaanterbukadenganjarak
tertentuselamajangkawaktutertentupuladalamruang
gelapyangsteril.
Biakanselanjutnyadibiakkandalammediumpertumbuhan
dandiinkubasiselamabeberapahari
Amatipertumbuhanseldankoloniyanghidupdiseleksi

Senyawaanalogbasa :senyawayangmirip

basapurinataupirimidin,sehinggaterjaditransisi
,misalnya:
5bromouracil:menggantiC(cytosine)denganT
(thymin)
2aminopurin:menggantiA(adenine)denganG
(guanine)

SenyawaDeaminasidanpengalkil(alkylating
agent) dapatmenyebabkantransisi,misalnya:
Nitrit(NaNO2)menyebabkandeaminasiAdan
CsehinggapadaprosesreplikasipasanganAT
digantimenjadipasanganGC,atausebaliknya.
EMS(EtilmetilSulfonat),MNNG(Metilnitro
nitrosoguanidine)

ContohMutasiMonascuspurpureus
menggunakanEMS

SenyawaInterkalasi
pewarnaacridine(proflavin)menyisip
(inserted)diantarapasanganbasa,
menyebabkanpergeseran(frameshift)
sehinggapembacaaninformasigenetik
menjadisalahkarenaadanyasisipan
tersebut

MutanalbinoMonascuspurpureus yang
stabilsetelah5generasi

FUSIPROTOPLAS

MetodeFusiProtoplas

Fusiprotoplasadalahsuatuteknikumumuntuk
menginduksirekombinasigenetikpadabeberapa
mikrobaprokariotdaneukariot
Protoplasadalah:seluruhseltanpadindingsel
Fusiinibergunauntukpeningkatanproduktivitas
mikrobaindustri,misalnyapadaprokariotgenera
Actinomycetes. Metoderekombinasigenetikini
relativemudahkarenatidakmemerlukanfaga
transduksi,faktorplasmidataupengembangan
kompetensi,namunmemerlukanidentifikasi
prosedurutkmembuatprotoplasyangstabil.
DalamFusiprotoplasperlumembuatselselhibrid
yangsehatdarihasilfusitersebut.

Protoplasdibuatdengancaramembuang
dindingselmenggunakanenzimlisisdidalam
suatularutanpenstabilosmosis.
DenganbantuanlarutanPEG(polietilenglikol)
konsentrasitertentusebagaisenyawa
fusogenik,fusidapatdilakukandanakan
terbentuksuatuhibridantaraataudiploid.
Selamabentukhibridini,genom(atau
kromosom)darikeduaselyangterfusiatau
salingbercampurdanrekombinasigenetik
akanterjadi.

FusiProtoplasuntukmikroorganisme
UntukprokariotBacilli danStreptomycetes rekombinasi
terjadipadafrekuensiyangcukuptinggikarenakromosomnya
beradabebasdalamsitoplasma
Untukmikrobaeukariotfusiprotoplasharusdiikutidengan
fusiintiuntukmemperolehrekombinasiyangsesungguhnya
Tahappentingdalamteknikfusiprotoplasiniadalahtahap
REGENERASI dariselyanghidupdarihasilfusitersebut.
Fusiprotoplasdilakukanuntukspesiesyangsama,untuk
menghasilkangaluryanglebihproduktifdaripadagalur
induknya.

Langkahumumfusiprotoplas

Penyiapanselyangakandifusi
Pencucianselmenggunakanlarutanhipertonikuntukmenghasilkan
lingkunganyangstabilsecaraosmotikuntukprotoplas
Seldisentrifugadanresuspensidalammedium,laluditambahkan
enzimlisozimdandiinkubasipada37Cselamamin.15menit.
terbentuknyaprotoplasdiamatidibawahmikroskopfasekontras.
Seldicucidengancairanmedium,disentrifugadandiresuspensidalam
mediumsegar.
jumlahselyangakandifusikandihitungdgnhemositometer
suspensiseldariduagaluryangakandifusidicampurdalamtabung
sentrifuga
Seldisentrifuga,laludiresuspensidenganmediumsegar
PEG(BM10006000)ditambahkandengankonsentrasiantara40 65%
Campurantersebutdigoyangkanperlahanlaludidiamkanpadasuhu
kamarselamalebihkurang1jam
Pengenceranterbatasdilakukanuntukprosesseleksiselyang
hidup,diinkubasidandiamatiselhibridyangterbentuk.

RekayasaGenetik
(GeneticEngineering)

ContohFusiprotoplas:
Aspergillusterreus

Galur induk 1

Galur induk 2

RekayasagenetikadalahsalahsatucarapembuatanDNA
baru,biasanyamelaluirekombinasiDNAdariorganisme
yangberbedadanmeproduksibanyakkopidariDNA
rekombinantersebutmelaluiprosesyangdisebutKLONING
KloningadalahsuatuprosesdimanasuatuurutanDNA
tertentudisisipkankedalamsuatuvektor(berupaplasmid
ataukromosomfaga)danselanjutnyadireplikasisebanyak
mungkin.Replikasiterjadididalamsuatuinang(host)yang
memungkinkanreplikasiituterjadi

Fusan (hasil fusi)

Prinsipmutasidengan
rekayasagenetik
Informasigenetikyangdituju,diisolasidari
organismedonordandipotongmenjadibagian
tunggalmenggunakanenzimrestriksi
PotonganinidigabungkandidalamsuatuDNA
pembawa(vektor)danselanjutnyabersamavektor
tersebutditransferkedalamsuatuselinang(host)
Selinangakanbereplikasidanmensekresimetabolit
yangsesuaidenganinformasigenetikyangditransfer
sebelumnya.

Syaratuntukvektor

MemilikiSelectablemarkers
(penandaselektif)
MemilikiRestrictionsites
(situsrestriksi)
Beratmolekulserendahmungkin

Plasmid

Faga(bakteriofaga)

PlasmidadalahsuatumolekulDNAsirkular(BM106
2x108)daribakteri,yangmembawa13%genom
seldanmengkodesuatusifatgenetikpentingyang
tidakdikodesecaranormalolehkromosombakteri
tersebut
Sifatyangbanyakdigunakan:resistensiantibiotik,
produksiantibiotik,degradasisenyawaaromatik,
dll.

suatusubkelompokvirusyangmenginfeksibakteri
dengancaramenyisipkanasamnukleatnyake
dalambakterihostnya.
Fagaterkecilhanyamengandung3genpengkodess
RNA
T4,suatufagabakteriyangmengandunglebihkurang
60genpengkodedsgenomDNAfagatersebut

Cosmid

Prinsipkloninggenmenggunakanplasmid
E.coli pBR322

Cosmidadalahpartikelsintetikyangdapatbereplikasisendiri
BerasaldariplasmidyangmengandungfragmenlambdaDNA
(DNA)yangmengkodeurutancossite (situspengenalan)
untuksistemyangakanmembentukstruktursirkular.
DNAfagainibereplikasimelaluisuatumekanismekhusus
yaiturollingcircle yangyangselanjutnyamembentukstruktur
concatemer(berulangsecaralinear)setelahdisisipkanDNA
asing.
Bentuklinearinimerupakansubstratuntukreaksipackaging
secarainvitromembentukpartikel.Selanjutnyapartikel
tersebutdigunakanuntukmenginfeksiselinang,danbentuk
linearcosmidakanmembentuksirkularkembalipadasisicos
site

Plasmid yang mengandung gen resistensi


thp ampisilin dan tetrasiklin dipotong pada
sisi tetrasiklin dengan enzim restriksi
DNA asing di sisipkan pada plasmid dengan
enzim ligase
Plasmid yang telah mengandung DNA
asing tsb ditransfer ke dalam sel bakteri

Pembiakan

Seleksi sel yang hanya


mengandung gen
resistensi ampisilin
dan DNA asing

JenisMutan

Mutanaukosotrof adalahmutanyangtidakdapat

MutanAukosotrof(Auxotrophicmutan)
MutanResisten(Resistant)
Mutanyangsensitifterhadaptemperatur
MutanKonstitutifkatabolik
MutanKonstitutifanabolik

Rancangantahapskrininguntukproses
mutasidiIndustri
Tahap
1

Proses

Jumlah

a.Mutasi biakan induk


b.Pembiakan pada agar
c.Seleksi koloni
d.Fermentasi
e.Seleksi galur terbaik

a.8 dosis berbeda

a.Pengujian kembali galur


terseleksi (5 replikasi)
b.Seleksi galur terbaik

a.40 x 5 = 200 galur

Skrining berikutnya dilakukan


utk setiap galur

c.25 dari setiap dosis


d.200 galur
e.40 galur

b.8 galur utk metabolit


primer, 40 galur utk
metabolit sekunder

mensintesissuatumolekulorganikyangsebenarnyasangat
diperlukanuntuksalahsatujalurbiosintesismetabolitnya.
Misalnya:nitrat,antibiotik

Mutanresisten adalahmutandariorganismeyang
sebelumnyasensitifterhadapsuatusenyawa

Mutanyangsensitifterhadaptemperatur
adalahmutandarioraganismeyangsemulatidaksensitif
terhadaptemperatur

Mutanyangmemilikienzimkonstitutif
katabolik :antiinduksi,limitingfactor,dll.
Mutanyangmemilikienzimkonstitutif
anabolik :antimetabolit