Anda di halaman 1dari 19

Biologi molekuler

Adalah ilmu yg mempelajari organisasi, aktivitas, dan regulasi gen


pada molekul (tdd replikasi DNA, transkripsi, translasi, rekombinasi
dan translokasi).
Jasad hidup dibagi 2 :
Jasad hidup selular : tersusun atas satuan (unit) berupa sel. Ex:
jamur, bakteri, tumbuhan, hewan dan manusia
Jasad hidup non selular : ex: virus dan bakteriofag

Dari segi satuan dasar individu ( uni sellular : bakteri / multiselular


: tumbuhan)
Berdasarkan organisasi / struktur sel
Prokariot : tidak mempunyai membran nukleus, semua komponen sel
termasuk bahan genetik terletak dlm sitoplasma, biasax trdapat
bahan genetik tambahan (plasmid), dan umumnya terdiri dari 1 mol
DNA
Struktur utama: dinding sel, membran plasma, ribosom, bahan
genetik
Eukariot : punya membran nukleus, sdh ada pembagian yg jelas antar
komponen sel satu dg yg lain, bahan genetik lbh dari 1 kromosom yg
berbentuk kinear yg dikemas sedemikian rupa dengan adanya histon
(protein yg bertanggung jawab dlm pengemasan DNA pd kromatin)

Organel sel ptg dlm eukariot : mitokondria (T4 prod energi),


RER (sekresi protein dan t4 melekat ribosom), REH
(detoksifikasi dan sintesis lemak), golgi (sekresi dan sortasi
protein), kloroplast, vakuola (t4 menyimpan air)
KONSEP METABOLISME SEL
Adalah aktivitas yg dilakukan sel untuk menghasilkan energi
(ATP), senyawa pereduksi (NADPH), dan molekul prekursor.
Dikelompokkan menjadi 2 :
R. Biosintetik : reaksi biokimia yg dilakukan sel utk menyusun
komponen2 sel (as. Amino dan as. Nukleat)
R. Degradatif (Katabolik) : reaksi biokimia perombakan senyawa
kimia utk diubah mjd senyawa lain, baik utk energi selular
maupun sbg prekursor dlm biosintesis komponen2 sel.
Metabolisme melibatkan byak komponen :
- Enzim : biokatalisator/ katalisator organik yg dihasilkan oleh sel.
SIFAT : biokatalisator (Mempercepat jalannya reaksi tanpa ikut
bereaksi), Thermobilitas (>600)senyawa protein, dibutuhkan
sedikit, kerja didalam dan diluar sel (endoenzim dan ekso),
umumnya mengakatalis reaksi satu arah, umumnya perlu
kofaktor.

ATP : berasal terutama dari ADP. Merupakan ikatan tiga molekul


fosfat dengan senyawa adenosin. Produksi ATP dpt terjadi jika sel
melakukan metabolisme senyawa yang mempunyai energi potensial
yg terikat dlm senyawa tersebut (Karbo, asamlemak, dan asam
amino)

KOMUNIKASI SEL
Bagian sebuah sistem komunikasi yg sangat kompleks pd
tingkat selular mengatur aktivitas antar sel.
Sinyal komunikasi ekstraselular, umumnya meliputi 6 tahap:
sintessis, pelepasan molekul isyarat, transpor isyarat menuju sel
target, deteksi molekul isyarat oleh protein khusus perubahan
pada metabolisme, fungsi dan perkembangan selular, peluruhan
molekul isyarat yg sringkali disertai dengan terhentinya respon
selular.
Pada eukariot transduksi ekstraselular terjadi oleh sekresi
molekul tertentu yg diklasifikasikan mnjadi 3:

Endokrin (hormon, punya jarak tempuh yg dangat jauh dg sel


target)
Parakrin ( sel target dekat berada disekitarnya)
Otokrin (isyarat yg direspon oleh sel-sel sejenis dg sel yg
melepaskan molekul isyarat)

ORGANEL SEL
Membran sel : Lapisan yg memisahkan sel dg lingkungan di
luar sel, terutama utk melindungi inti sel dan sistem
kelangsungan hidup hidup yg bekerja di dalam sitoplasma.
Fungsi : pembatas antara isi sel dg bagian luar sel, sbg t4
pertukaran zat, pelindung sel, t4 berlangsungnya reaksi2 kimia
perantara antara bertemunya dua sel yg saling berdekatan sbg
reseptor permukaan dari pesuruh kimia sel dan sel lainnya
transport mikro dan makromolekul, memungkinkan komunikasi
dg sel lainnya, mengatur pergerakan materi dari dan di dalam
sel.
Sitoplasma : Cairan yg berada dlm sel selain nukleoplasma.
Fungsi: menyediakan struktur fisik untuk sel, peran mekanik
(mempertahankan bentuk, konsistensi sel, memberikan
suspense kpd organel), t4 penyimpanan bahan kimia yg
diperlukan utk kehidupan, t4 terjadinya reaksi metabolik
penting.
Nukleus : Setiap sel makhluk hidup mempunyai nukleus (inti
sel) didalamnya terdapat nukleoplasma. Fungsi : Menyimpan
informasi genetik genetik (Duplikasi DNA, Transkripsi) dlm
sintesis protein.

Dalam nukleoplasma terdapat kromosom (kromatin pd saat


pembelahan sel) yg strukturnya sebagian besar terdiri dari DNA
dan Protein.
Dalam nukleus juga terdapat Nekleoli (anak inti) yg aktif dalam
sintesis protein dan penyusunan molekul RNA serta
pembentukan sejumlah besar besar protein ribosom sebelum
ditransfer ke sitoplasma.
PROTEIN
Komponen sel jasad hidup berdasarkan ukuran :

Fungsi protein :

Mikromolekul : as. Amino, nukleotida (ATP), monosakarida


Makromolekul : protein, as. Nukleat, dan polisakarida
Sbg katalisator reaksi2 biokimia dlm sel
Sbg pengangkut molekul2 kecil dan ion
Berperan dlm sistem pergerakan terkoordinasi
Sbg komponen sistem kekebalan tubuh
Sbg feromon, pengatur ekspresi genetik, penerus implus saraf
Sbg komponen pendukung kekuatan regang

Tersusun ats satuan As. Amino : juml: 20 AA, tdd: 1 gugus


karboksil, 1 atom hidrogen, 1 rantai samping yg terikat pada
atom karbon.
Rantai samping : polar bermuatan +, bermuatan -, non polar/
hidrofobik

DNA
: struktur/ satu himpunan/ dua polimer yg saling
terbelit. Tiap2 monomer yg menyusun polimer ini
adalah nukleutida yg terdiri dari : Fosfat Gula Basa
: struktur yg dibangun oleh KH pentosa (deoksiribosa)
fosfat dan suatu basa dlm bentuk polimer dan
berombinasi membentuk helix ganda.
: penyimpan utama dari materi genetik
STRUKTUR DNA
Double helix (rantai ganda), dg rangkanya yg terdiri
dari deoxyribosa fosfat deoxyribosa fosfat
Terdapat ikatan hidrogen diantara rantau yg saling
berhadapan.
DNA (Gen) terdiri dari 3 struktur penting :

Gen regulatory segment : mengandung struktur yg


terlibat pd proses inisiasi & pengaturan proses transkripsi
Exon L bagian yg mengandung codon u/ ditranslasikan
oleh mRNA menjadi protein
Intrin : bagian struktur yg tidak mengandung kodon

RNA
: struktur yg dibangun oleh KH Ribosa dan terdiri
dari 1 untai tunggal, akan tetapi dapat melipatlipat diri dalam suatu aturan tertentu.
STRUKTUR RNA
terdiri dari Ribosa fosfat Basa Purin (A- G)
Pyirimidin (C U)
Terdapat ikatan hidrogen diantara rantau yg saling
berhadapan
TIPE RNA
mRNA : membawa kode genetik dlm asam
amino, melakukan transfer informasi mengenai
deretan asam amino pd protein yg akan
dibangun sesuai dg kode pada DNA asal.
r.RNA : bagian dari ribosom yg berfungsi dalam
pembentukan protein (polipeptida) terdapat
dalam sitoplasma.
tRNA : mengidentifikasi dalam transfer asam

t.RNA
Terdiri dari 75 buah nukleotida, yg terdiri dari 4
lengan utama
Lengan Akspetor mengandung batang pasangan
basa yg berakhir pada ujung (3) yg tidak
berpasangan dimana OH 2 dan 3 dpt berikatan
dengan asam amino.
Lengan TC yg ditandai dg adanya sekuens
triplet TC ( : pseudoridine, suatu basa
termodifikasi)
Lengan antikodon, selalu mengandung sekuens
triplet anti kodon pada pusat struktur loop
Lengan D, ditandai dengan adanya sekuen basa
dihidrouridine (suatu basa termodifikasi lain pd
tRNA)
Fungsi sebagai penyelaras untuk proses translasi

TRANSKRIPSI
: Proses penyalinan kode-kode genetik yg ada pada urutan
DNA menjadi molekul RNA
Komponen :
(1) urutan DNA yg akan ditranskripsi
(2) Enzim RNA polimerase
(3) faktor-faktor transkripsi
(4) prekursor utk sintesis RNA (4 macam ribonukleotida:
ATP,
GTP, CTP, UTP)
Gen :
suatu urutan DNA yg mengkode urutan lengkap asam
amino suatu polopeptida atau molekul RNA tertentu, yg
terdiri dari :
Daerah pengendali (Regulatory region) >>> promoter
Bagian struktural, terletak disebelah hilir dari
pomoter.
Terminator, bagian yg terletak sebelah hilir bagian
struktural yg berperan dalam pengakhiran proses
transkripsi)

PROSES TRANSKRIPSI
Transkripsi berlangsung di dalam inti sel
Diawali dg membukanya rantai rangkap DNA, salah
satu rantai DNA berfungsi sebagai cetakan mRNA,
DNA menyintesis molekulmRNA pada arah 5 - - - 3
Rantai mRNA dibentuk sepanjang rantai DNA cetakan,
dengan basa nitrogen mRNA
Kode A dari DNA ---->> U pd RNA
Kode G dari DNA ---->> C pd RNA
Kode C dari DNA ---->> G pd RNA
Kode T dari DNA ---->> A pd RNA
Setelah menyalin kode genetik DNA cetakan, mRNA
akan mengalami modifikasi yaitu membuang intron.
RNA yg belum mengalami modifikasi disebut
prekursor-mRNA dan peristiwa ini disebut dengan
proses transkripsi primer.
RNA yg terdiri dari ekson saja disebut mRNA segera
meninggalkan inti melalui pori2 membran inti menuju
ribosom di sitoplasma, selanjutnya terjadi TRANSLASI

TRANSKRIPSI PROKARIOT
Urutan nukleotida pada transkripsi DNA
komplementer dg DNA cetakan, identik dg DNA
pengkodean
Organisasi gen bersifat polisitronik, dalam satu
rangkaian transkrip dapat terkandung lebih dari satu
rangkaian kodon untuk polipeptida yg berbeda.
Gen struktural tdk memiliki intron
Adanya sistem operon, beberapa gen struktural yg
diekspresikan secara bersama-sama dg menggunakan
satu promoter yg sama
PROSES
Inisiasi
RNA polimerase melekat pada promoter DNA, pita ganda
terpisah dan sintesis mRNA dimulai

Elongasi
mRNA memanjang sejalan dg enzim RNA polimerase yg
bergerak sepanjang pita DNA

Terminasi

TRANSKRIPSI EUKARIOT
Organisasi gen bersifat monosistronik, 1 mRNA hanya
membawa satu macam rangkaian kodon utk satu macam
polipeptida
Gen struktural memiliki intron dan ekson
Tidak ada sistem operon, satu gen struktural
dikendalikan satu promoter
PROSES
Inisiasi
RNA polimerase tidak melekat secara langsung melalui
perantara protein
Elongasi
mRNA memanjang sejalan dg enzim RNA polimerase yg
bergerak sepanjang pita DNA
Terminasi
terminasi transkripsi dapat terjadi karena adanya aktivitas
fosfotase yg spesifik untuk CTD sehingga mengembalikan RNA
polimerase II menjadi bentuk yang tidak dapat mengalami
fosforilasi.
TIGA KELAS GEN EUKARIOT

REPLIKASI (Mathew maselson & Frankklin Stahl :


1985)
Proses pengkopian rangkaian molekul bahan genetik
(DNA atau RNA) sehingga dihasilkan molekul anakan
yg identik.
JENIS MODEL REPLIKASI
Semikonservatif : dikemukakan Watson & Crick,
dimana setiap molekul untaian ganda DNA anakan
terdiri atas satu untai tunggal DNA induk dan satu
untai tunggal DNA hasil sintesis baru.
Konservatif : Molekul DNA untai ganda induk tetap
bergabung sedangkan kedua untai anakan terdiri atas
molekul hasil sintesis baru.
Dipersif : Molekul DNA induk mengalami fragmentasi
sehingga DNA anakan terdiri atas campuran molekul
lama (berasal dari DNA induk) dan molekul hasil
sintesis yg baru.
KOMPONEN REPLIKASI
DNA cetakan, yaitu DNA atau RNA yg akan direplikasi

Enzim DNA Polimerase, yaitu enzim utama yang


mengkatalis proses polimerisasi nukleotida menjadi
untaian DNA
DNA Polimerase I berperan dlm sintesis molekul
DNA dan mengoreksi utk kesalahan stlh DNA Pol
III tlh menciptakan molekul baru, menghilangkam
primer RNA
DNA Pol II : enzim yg terlibat dlm perbaikan DNA
DNA Pol III : Menciptakan mol baru, enzim utama
dlm replikasi DNA
Enzim primase, yaitu enzim yg mengkatalis sintesis
primer utk memulai replikasi DNA
Enzim pembuka ikatan untaian induk, yaitu enzim
helikase dan enzim girase
Molekul protein yg menstabilkan untaian DNA yg
sudah terbuka, yaitu protein SSB (Single Stand
Binding protein)
Enzim DNA Ligase, yaitu suatu enzim yang berfungsi

PROSES REPLIKASI
Inisiasi :
Origin of Reflication (ORI) ---- >> protein inisiator
DNAa
Tahapan pertama (Inisiasi) --- >> Denaturasu
enzim helikase
Garpu replikasi ---- >> cabang saat DNA bereplikasi
Single Stand Binding (SSB) ---- >> mencegah
menempel kembali
Sintesis DNA primer
DNA primase >> mensintesis bentangan pendek
RNA ke untai DNA yg ada (primer) >> memberikan
platform untuk DNA polimerase utk menyalin
sebuah untai DNA
Memperpanjang mjd untai baru ---- enzim
polimerase
Seperkoil ---- enzim topoisomerase
Sintesis Leading Strand
DNA pol III dpt menambahkan nukleutida baru

Sintesis Lagging Strand


DNA pol III --- disintesis terputus --- fragmen kecil
dari DNA baru dlm arah 5 3 (Fragmen Okazaki)
Penghapusan Primer
Polimerase I ---- menghilangkan primer RNA ---DNA
Ligase
Enzim ligase --- penyambungan beberapa fragmen
okazaki menjadi satu polinukleotida utuh.
Terminasi
TUS --- replikasi ini terhenti di lokasi terminasi
khusus yang terdiri dari urutan nukleotida yg unik
Helikase bertemu protein TUS ---- jatuh bersama
dengan untai tinggal protein pengikat terdekat.

TRANSLASI
Proses penerjemahan urutan nukleotida yang ada pd
molekul mRNA menjadi rangkaian asam-asam amino yg
menyusun suatu polipeptida atau protein.
Molekul mRNA merupakan transkrip (salinan) urutan DNA
yg suatu gen dlm bentuk ORF (Open Reading Frame)
dicirikan oleh :
Kodon inisiasi translasi, yaitu urutan ATG (pd DNA)
atau AUG (pd mRNA)
Serangkaian urutan nukleotida yg menyusun banyak
kodon.
Kodon terminasi translasi, yaitu TAA (UAA pd mRNA),
TAG (UAG pd mRNA), atau TGA (UGA pd mRNA)
KOMPONEN
mRNA (tersusun atas kode genetik)
Ribosom : Site A, P, E large dan small unit. Prokariot 70S
(30S/50S) dan eukariot 80S (40S/60S)
tRNA : Site As. Amino dan site anti kodon
Aminoasil-tRNA sintetase : melekatkan asam amino pd
tRNA yg sesuai
Faktor protein : Faktor inisiasi, elongasi dan terminasi yg

TAHAP TRANSLASI
Pre inisiasi
Pengikatan asam amino pd tRNA o/ enzim aminoasil
tRNA sintetase >> aminoasil-tRNA
Disoasiasi ribosom mjd dua unit (besar & kecil) yg di
dorong o/ IF-1 dan IF-3 mencegah sub unit kecil
berasosiasi dg sub unit besar
Inisiasi :
Proses antara kompleks sub-unit ribosom 30S
bergabung dg 50S kemudian kodon dan anti kodon
terikat
Penempelan ribosom pd mRNA dekat dg start kodon
(kodon inisiasi) >> formil metionin (prokariot),
metionin (eukariot)
Antikodon pd tRNA yg mengikat as.amino akan
menempel pd start kodon
Elengasi
Pengikatan aminoasil-tRNA pd sisi A yg ada di
ribosom

Terminasi
Translasi akan berakhir waktu salah satu kodon
terminasi (UAA, UGA, UAG) yang ada pada mRNA
mencapai posisi A pada ribosom
SINTESIS PROTEIN
DNA diubah/ ditranskripsikan menjadi RNA
tRNA yg membawa asam amino/ metionin melakukan
pengikatan dg start kodon yg dibawa oleh mRNA dan
berhenti pada rantai stop kodon (Translasi)
Proses translasi >>> menghasilkan protein / peptida