BIOKIMIA

Pengampu:

Rita Rakhmawati, M.Si., Apt

TOPIK
PROTEIN : ASAM AMINO, STRUKTUR,
PURIFIKASI, FUNGSI
ASAM NUKLEAT: STRUKTUR, FUNGSI
ENZIM

Penilaian
UJIAN KOMPETENSI 1
QuiZ
TUGAS

JADWAL KULIAH
1/9/09
7/9/09
8/9/09
14/9/09
15/9/09
28/9/09
29/9/09

: Pendahuluan protein
: Protein, Quis
: Asam Nukleat
: Asam Nukleat, Quis
: Enzim
: Enzim, Quis
: Ujian Kompetensi 1

TEXT BOOK
BIOCHEMISTRY 6TH EDITION
Jeremy M. Berg, John L. Tymoczko, Lubert Stryer
Principles of biochemistry
Albert L. Lehninger
Buku lain/sumber lain

MOLECULES OF LIFE

Four main classes of Organic Compounds are essential to

the life processes of All Living Things:
CARBOHYDRATES,
LIPIDS (FAT),

PROTEINS, and

NUCLEIC ACIDS (DNA, RNA).

RINGKASAN DIGESTI KH, PROTEIN,

LEMAK.

Karbohidrat

Protein

Lipida

Mulut: 1. Penc. Mekanis; 2. Penc. Enzimatis

Polisakarida
Polipeptida
lipida
Oligosakarida
Protein
disakarida
Lambung: 1. Enzim kel lambung (pepsin); 2. Asam lambung (HCl)
Oligopeptida
Lipida
Polisakarida
trigliserida
Oligosakarida
disakarida
Usus halus: 1. Cairan pankreas (Tripsin, Kimotripsin, amilase lipase, ribonuklease,
deoksiribonuklease, kolesterol esterase); 2. Cairan empedu; 3. Enzim kelenjar usus
halus (aminopeptidase, dipeptidase, sukrase, maltase, laktase, fosfatase,
glukosidase), 4. Bakteri usus halus.

Monoskarida:
- glukosa
- fruktosa
- galaktosa

Asam amino

- Gliserol
- Asam lemak
- Asam fosfat

Penyerapan melalui dinding usus

Aliran darah
Hati:
Jaringan otot:
Metabolisme
metabolisme
Ekskresi

PROTEIN
Merupakan komponen utama dalam semua sel
hidup
Fungsi utama:

Sebagai

unsur pembentuk struktur sel

Sebagai protein yang aktif, misalnya enzim yang
berperan sebagai katalis proses biokimia dalam sel
Selain enzim: hormon, hemoglobin (pembawa O2),
toksin, antibodi dll

Proteinsfunctionas:
1.Enzymes:biologicalcatalysts
2.Regulatorsofcatalysishormones
3.Transportandstorei.e.O2,metalions
4.Contractileassemblies
Musclefibers
Separationofchromosomes
etc.
5.Sensory
Rhodopsinnerveproteins

6.Cellulardefense
immuoglobulins
Antibodies
KillerTcell
Receptors
7.Structural
Collagen
Silk,etc.

 3.

Dalam molekul molekul protein terdapat

ikatan kimia yang lain, yang menyebabkan
terbentuknya lengkungan2 rantai polipeptida
menjadi struktur tiga dimensi protein. Ikatan2
itu misalnya: ikatan hidrogen, ikatan hidrofob,
ikatan ion dll
4. Strukturnya tidak stabil terhadap beberapa
faktor, seperti: pH, temperatur, radiasi,
medium pelarut organik
5. Reaktif dan sangat spesifik, karena adanya
gugus samping yang reaktif dan susunan khas
struktur makromolekulnya.

ASAM AMINO
Asam amino merupakan bagian penyusun dari
Protein
Karbon utama (karbon alpha) adalah asimetris,
karena ke empat senyawa yang terikat padanya
berbeda, yaitu:
-COOH,
(gugus carboxyl, acidic).
-NH2, (gugus amino/ dasar)
-H
(hydrogen).
residue R
(bervariasi, tergantung asam
aminonya).

Dari 20 macam asam amino yang berbeda memiliki

kesamaan struktur ini, tetapi memiliki gugus R yang
bervariasi dari segi ukurannya, bentuk, muatan, sifat suka
tidaknya terhadap air dan reaktifitasnya.

STRUKTUR ASAM AMINO

Struktur dasar asam amino

CORN- rule

ASAM AMINO

Macam asam amino

KLASIFIKASI ASAM AMINO

1. Asam amino dengan gugus R yang tak mengutub. Umumnya
bersifat kurang dapat larut dalam air dibanding AA yang
mengutup. Misalnya: alanin, lesin, isolesin, valin, prolin,
fenilalanin dan triptofan
AA dengan gugus R mengutup tak bermuatan. Gugus R
mengutup dapat membentuk ikatan hidrogen dengan molekul air,
sehingga lebih mudah larut dlm air. Misalnya: serin, treonin,
tirosin
AA dengan gugus R bermuatan negatif (Asam amino asam).
Bermuatan negatif pd pH 6.0 7.0. Mis: asam aspartat dan asam
glutamat yang masing2 memiliki dua gugus karboksil
AA dengan gugus R bermuatan positif (Asam amino basa).
Bermuatan positif pada pH 7.0. misalnya: lisin dan arginin.

SIFAT ASAM BASA ASAM AMINO

Di dalam larutan air netral, asam amino berada dalam bentuk ion
berdwikutub (zwiterion).

IKATAN PEPTIDA
Dua asam amino dalam kondisi tertentu dapat berreaksi
bersama, membentuk dipeptida.
Dalam reaksi dini dibentuk ikatan peptida dengan dilepaskan
molekul air (H2O).
Reaksi dasar pembentukan molekul Protein:

KLASIFIKASI PROTEIN
1.

2.

3.

4.

Enzim.
Mrpk gol proteinyg terbesar dan terpenting. Berfungsi sebagai
katalisator reaksi biokimia di dalam tubuh makhluk hidup.
Protein pembangun.
berfungsi sebagai unsur pembentuk struktur; misalnya: protein
pembungkus virus, komponen protein membran sel dll
Protein kontraktil.
Berperan dalam proses gerak, misalnya aktin dan miosin yg
masing2 merupakan unsur filamen bergerak dan tak bergerak dalam
miofibril.
Protein pengangkut
Mampu mengikat molekul tertentu dan melakukan pengangkutan
berbagai macam zat melalui aliran darah. Misalnya: hemoglobin,
hemosianin, mioglobin dll

5. Protein hormon.
Misalnya : Insulin, hormon pertumbuhan dll
6. Protein bersifat racun
misalnya: racun dr clostridium, racun ular
7. Protein pelindung
Misalnya: antibodi, fibrinogin, trombin
8. Protein cadangan
Disimpan untuk berbagai proses metabolisme dalam tubuh.
Misalnya: kasen, zein

STRUKTUR PROTEIN

1.
2.
3.
4.

Ahli biokimia membedakan adanya empat aspek

yang berbeda dari struktur protein:
Struktur primer,
Struktur sekunder,
Struktur tersier dan
Struktur kuarterner

THEREAREFOURLEVELSOFPROTEIN
STRUCTURE
1.Primarystructure

1=Aminoacidsequence,thelinearorderof
AAs.
RememberfromtheNterminustotheCterminus
Aboveallelsethisdictatesthestructureand
functionoftheprotein.

THEREAREFOURLEVELSOFPROTEIN
STRUCTURE
2.Secondarystructure
2=Localspatialalignmentofaminoacids
withoutregardtosidechains.
Usuallyrepeatedstructures
Examples:helix,sheets,randomcoil,or
turns

3.TertiaryStructure
3=the3dimensionalstructureofanentire
peptide.
Greatindetailbutvaguetogeneralize.Can
revealthedetailedchemicalmechanismsof
anenzyme.

4.QuaternaryStructure
4twoormorepeptidechainsassociated
withaprotein.

EXAMPLE OF EACH LEVEL OF

PROTEIN STRUCTURE