UNIVERSITAS INDONESIA

HOMOLOGY MODELLING BAKTERIOSIN NOVEL

GARVIECIN LG34 OLEH LACTOCOCCUS GARVIEAE YANG
DIISOLASI DARI MENTIMUN CINA TRADISIONAL HASIL
FERMENTASI

Etri Dian Kamila (1206212533)

DEPARTEMEN TEKNIK KIMIA

FAKULTAS TEKNIK
UNIVERSITAS INDONESIA
DEPOK 2014

DAFTAR ISI

BAB 1 ..................................................................................................................... 1
PENDAHULUAN .................................................................................................. 1
1.1 Bacteriocin Garviecin LG34..................................................................... 1
1.2 Homology Modeling ................................................................................ 2
BAB 2 ..................................................................................................................... 3
HOMOLOGY MODELING ................................................................................... 3
2.1 Identifikasi Protein Target (Garviecin LG34) .......................................... 3
2.2 Sequence Alignment Protein Target dengan Protein Template
menggunakan BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) dan ClustalX ..... 3
2.2.1
BLAST .............................................................................................. 3
2.2.2
ClustalX ............................................................................................ 6
2.3 Prediksi Struktur Garviecin LG34 dengan Bacteriocin Sakacin P
menggunakan Swiss Model................................................................................. 7
KESIMPULAN ..................................................................................................... 10
REFERENSI ......................................................................................................... 11

ii

Universitas Indonesia

BAB 1
PENDAHULUAN

1.1 Bacteriocin Garviecin LG34

Bakteriosin merupakan senyawa protein yang diproduksi oleh suatu bakteri
dengan aktivitas antimikroba spesies bakteri yang memiliki kekerabatan dekat
dengan bakteri tersebut (Cintas, Casaus, Herranz, Nes, & Hernandez, 2001). Di
antara sekian banyak tipe bakteriosin, bakteri asam laktat memproduksi
bakteriosin yang banyak digunakan sebagai pengawet makanan. Bakteri asam
laktat penghasil bakteriosin antara lain Lactobacillus, Lactococcus, Leuconostoc,
dan Pediococcus spp. yang telah diisolasi dari berbagai macam varian makanan.
Mentimun cina tradisional hasil fermentasi merupakan makanan tradisional
yang dimanufaktur dari mentimun hijau melalui fermentasi spontan dengan
bantuan berbagai jenis bakteri asam laktat. Bakteri asam laktat penghasil
bakteriosin, seperti Pediococcus acidilactici CFR K7, Lactobacillus sakei JCM
1157, dan P. pentosaceus FBB61 dan L7230 telah diisolasi dari mentimun cina
tradisional hasil fermentasi dan belum pernah ada publikasi sebelumnya yang
menyatakan bahwa isolat Lactococcus garvieae dari mentimun cina menghasilkan
bakteriosin.
Lactococcus garviae yang diisolasi dari makanan lain, seperti dari susu sapi
mentah, bebek Mallard, dan sosis babi hasil fermentasi, telah terbukti
menghasilkan bakteriosin, diantaranya garviecin L1-5, garvicin ML, dan
garvieacin Q. Namun, bakteriosin-bakteriosin tersebut hanya menginhihibisi
bakteri Gram-positif saja, tetapi tidak dengan bakteri Gram-negatif. Bakteriosin
Garviecin LG34 merupakan bakteriosin novel dengan kemampuan inhibisi broad
spectrum (bukan hanya menginhibisi bakteri Gram-positif saja, melainkan juga
bakteri Gram-negatif) yang diproduksi oleh L. garvieae pada mentimun cina
tradisional hasil fermentasi.
Garviecin LG34 memiliki resistensi terhadap panas dan pH rendah, serta
sensitif terhadap enzim proteolitik, tetapi tidak dengan lipase dan amilase. Berat
molekul dan spektrum antimikrobanya berbeda dengan ketiga bakteriosin yang
diproduksi oleh L. garvieae lainnya. Sekuens asam amino Bakteriosin Garviecin

Universitas Indonesia

LG34 yang berbeda dengan bakteriosin kelas II lainnya membuat Garviecin LG34
memiliki broad inhibitory spectrum dan berpotensial untuk digunakan sebagai
biopreservatif makanan (Yurang Gao, et. al., 2014).
1.2 Homology Modeling
Tujuan utama dari protein modeling adalah untuk memprediksi struktur
dari sekuens protein yang diketahui dengan keakurasian yang bisa dibandingkan
dengan hasil eksperimen terbaik. Istilah homology modeling, yang juga disebut
sebagai comparative modeling atau template-based modeling (TBM), mengacu
pada memodelkan struktur 3D protein dengan menggunakan struktur protein
homolog yang telah diketahui secara eksperimen sebagai template. Struktur
protein diteliti karena berkaitan dengan fungsi protein, dinamika, interaksi antara
ligan dan protein lain, dan bahkan desain obat bagi industri farmasi.
Homology modeling membantu molekuler biologis dan biokimiawan
dengan menyediakan struktur dengan resolusi rendah, yang mengandung
informasi mengenai penataan spasial dari residu penting pada protein, yang mana
akan

menuntun

sebuah

desain

eksperimen

baru.

Homology

modeling

membutuhkan tiga input:

1. Sekuens protein yang struktur 3D nya tidak diketahui, disebut sebagai
protein target
2. Template 3D yang dipilih dari kemiripan identitas sekuens yang paling
tinggi. Struktur 3D template harus ditentukan berdasarkan metode empiris,
seperti crystallography atau NMR spektroskopi
3. Sebuah alignment antara sekuens protein target dan sekuens protein
template

Universitas Indonesia

BAB 2
HOMOLOGY MODELING

2.1 Identifikasi Protein Target (Garviecin LG34)

Langkah pertama dalam menentukan struktur 3D dari bakteriosin Garviecin
LG34 adalah mencari sekuens asam amino lengkap dari bakteriosin tersebut, yang
kemudian akan dilihat kecocokan alignment nya dengan protein template yang
ada di database.
Sekuens asam amino dari Garviecin LG34 diperoleh dari jurnal Garviecin
LG34, a novel bacteriocin produced by Lactococcus garvieae isolated from
traditional Chinese fermented cucumber oleh Yurang Gao, dkk. (2014). Berikut
adalah urutan asam amino Garviecin LG34 yang oleh Yurang Gao, dkk. (2014)
diperoleh dari degradasi Edman.

LAMVKYYGNGVSCNWRKHSCKKGLSVDWVYFGLLHNLGALRWYQHR

Urutan asam amino Garviecin LG34 ini kemudian di-input ke dalam BLAST
untuk dicocokkan dengan protein template yang identik.

2.2 Sequence

Alignment

Protein

Target

dengan

Protein

Template

menggunakan BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) dan ClustalX

Langkah kedua dalam menentukan struktur 3D dari protein target adalah
dengan menemukan protein template yang struktur 3D nya telah diketahui dan
memiliki persentase kecocokan (identik) yang tinggi dengan protein target
berdasarkan sekuens asam aminonya. Prosedur ini disebut dengan sequence
alignment.

2.2.1 BLAST
Salah satu algoritma yang paling banyak digunakan untuk melakukan
komparasi sekuens biologis primer, seperti sekuens asam amino, adalah
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool). BLAST memungkinkan
peneliti untuk membandingkan sekuens yang hendak diteliti strukturnya

Universitas Indonesia

dengan sekuens dari suatu basis data, dan mengidentifikasi sekuens dari basis
data yang memiliki kemiripan dengan sekuens tak diketahui strukturnya
berdasarkan threshold (batasan) tertentu.
Sequence alignment dengan menggunakan BLAST dapat dilakukan
dengan

membuka

tautan

online

http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

BLAST
dan

terlebih

kemudian

dahulu

mengklik

di

Protein

BLAST. Lalu setelah halaman Protein BLAST telah muncul, yang dilakukan
selanjutnya adalah:
1. Memasukkan sekuens asam amino Garviecin LG34 pada kolom sekuens
yang disediakan (Langkah 1 pada Gambar 2.1)
- Selain meng-input urutan asam amino secara langsung, sekuens asam
amino Garviecin LG34 dapat diinput melalui pengunggahan file
FASTA (apabila dimiliki).
2. Memilih Protein Data Bank proteins pada kolom Database (Langkah 2
pada Gambar 2.1)
3. Mengklik tombol BLAST (Langkah 3 pada Gambar 2.1)

1
2

Gambar 2.1 Protein BLAST

(Sumber: http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)

Universitas Indonesia

Hasil Protein BLAST dari Garviecin LG34 adalah sebagai berikut.

Gambar 2.2 Hasil protein BLAST dari Garviecin LG34

(Sumber: http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)

Dari hasil Protein BLAST Garviecin LG34, didapatkan daftar

protein yang memiliki kemiripan dengan rentang persentase yang
bervariasi. Di antara protein-protein tersebut, protein Sakacin P atau sakP
(Lectobacillus sakei) memiliki kecocokan alignment paling tinggi
dibandingkan dengan protein lain, dengan skor maksimum dan skor total
sebesar 28,9, nilai query cover dan identity sebesar 82% dan 49%, serta
nilai E sebesar 0,037, sehingga cocok digunakan sebagai protein template
bagi penentuan struktur Garviecin LG34.
Sakacin P merupakan peptida kecil, stabil terhadap panas, dan
disintesis secara ribosomal oleh beberapa strain tertentu dari Lactobacillus
sakei. Sakacin P menginhibisi pertumbuhan beberapa bakteri Gram-positif,
termasuk Listeria monocytogenes.
File FASTA dari protein Sakacin P kemudian diunduh untuk dilihat
lagi alignmentnya dengan Garviecin LG34 secara lebih jelas melalui
software ClustalX.

Universitas Indonesia

Gambar 2.3 Karakteristik protein Sakacin P sebagai protein template

(Sumber: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)

2.2.2 ClustalX
Clustal series merupakan program untuk melakukan alignment yang
melibatkan lebih dari dua nukleotida (multiple sequence alignment). Namun,
Clustal juga bisa digunakan untuk melihat alignment secara lebih jelas dan
akurat dari dua sekuens, seperti pada alignment Garviecin LG34 dan Sakacin
P berikut ini.

Universitas Indonesia

Gambar 2.4 Sequence alignment Garviecin

(Sumber: ClustalX)

2.3 Prediksi Struktur Garviecin LG34 dengan Bacteriocin Sakacin P

menggunakan Swiss Model
Swiss Model adalah server aplikasi untuk model tiga dimensi struktur protein
secara otomatis. Pemodelan homologi saat ini metode yang paling akurat untuk
menghasilkan model struktur protein tiga dimensi yang handal dan secara rutin
digunakan dalam berbagai aplikasi praktis.
Dalam pemodelan ini, saya menggunakan first mode approach dari SwissModel. Pemodelan dimulai dengan mamsukkan data .fasta target (Garviecin
LG34) atau memasukkan sekuens Garviecin LG34 langsung ke dalam kolom
target pada Swiss Model dan template (Sakacin P) ke dalam kolom template.
Namun, struktur 3D dari sekuens Sakacin P yang diperoleh dari GenBank
(BLAST) belum tersedia di database Swiss Model, sehingga protein template
yang digunakan berasal dari pencarian template terlebih dahulu (Search fot
Templates) dan ditemukan Sakacin P yang telah memiliki struktur 3D bersumber
dari database Swiss Model.
Setelah beberapa saat

SWISS-MODEL akan

menampilkan

laporan

pemodelan dengan detail struktur, nilai QMEAN Torsion, dsb. Terlihat bahwa Zscore bernilai agak kecil dimana nilai ini berarti pemodelan kurang baik atau biasa
saja.

Universitas Indonesia

Gambar 2.5 Hasil model Garviecin dari Swiss Model beserta alignmentnya dengan Sakaricin P
(Sumber: http://swissmodel.expasy.org/interactive/EGVQNQ/models/)

Gambar 2.6 Hasil pemodelan struktur Garviecin LG34 dari Swiss Model
(Sumber: http://swissmodel.expasy.org/interactive/EGVQNQ/models/)

Kemudian apabila file PDB dari hasil Swiss Model diunduh dan dibuka
dalam PyMOL, maka hasilnya akan terlihat seperti dibawah ini.

Universitas Indonesia

Gambar 2.5 Garviecin LG34.pdb dalam PyMOL

(Sumber: PyMOL)

Universitas Indonesia

10

KESIMPULAN

Homology modelling merupakan metode untuk memprediksi struktur protein

berdasarkan homologi sekuens dengan protein yang telah diketahui
strukturnya.

Bacteriocin Garviecin LG34 dari Lactococcus garvieae homolog dengan

peptida antimikroba Sakacin P dari Lactobacillus sakei dengan persentase
45.71% (Swiss Model)

Universitas Indonesia

11

REFERENSI

Gao, Yurong, et al. 2014. Garviecin LG34, a novel bacteriocin produced by

Lactococcus garvieae isolated from traditional Chinese fermented
cucumber. Elsevier, November 2014.
Moretro, T., et al. 2001. Production of sakacin P by Lactobacillus sakei in a
completely defined medium. Journal of Applied Microbiology, March 2000.
Xiong, Jin. 2006. Essential Bioinformatics. Cambridge : Cambridge University
Press.

Universitas Indonesia