Fleksibilitas luar biasa protein sebagai molekul

mesin dan switch, katalis seluler, dan komponen

struktur seluler telah dijelaskan dalam Bab
3. Dalam bab ini kita mempertimbangkan asam nukleat. Makromolekul ini
(1) berisi informasi untuk menentukan
urutan asam amino dan karenanya struktur dan fungsi
dari semua protein dari sel, (2) merupakan bagian dari struktur selular
yang memilih dan menyelaraskan asam amino dalam urutan yang benar
sebagai rantai polipeptida sedang disintesis, dan (3) mengkatalisasi
sejumlah reaksi kimia fundamental dalam sel, termasuk
pembentukan ikatan peptida antara asam amino selama
sintesis protein.
Asam deoksiribonukleat (DNA) berisi semua informasi
diperlukan untuk membangun sel dan jaringan organisme.
Replikasi yang tepat dari informasi ini dalam
spesies menjamin kontinuitas genetik dari generasi ke
generasi dan sangat penting untuk perkembangan normal dari
individu. Informasi yang disimpan dalam DNA diatur dalam
turun-temurun unit, sekarang dikenal sebagai gen, yang mengendalikan
diidentifikasi
sifat-sifat suatu organisme. Dalam proses transkripsi,
informasi yang disimpan dalam DNA disalin ke ribonukleat
acid (RNA), yang memiliki tiga peran berbeda dalam protein
sintesis.
Messenger RNA (mRNA) membawa petunjuk dari
DNA yang menentukan urutan yang benar asam amino selama
sintesis protein. The, perakitan sangat akurat stepwise
asam amino menjadi protein terjadi dengan penjabaran
mRNA. Dalam proses ini, informasi di dalam mRNA ditafsirkan
dengan jenis kedua disebut RNA RNA transfer (tRNA)
dengan bantuan dari ketiga jenis RNA, RNA ribosomal (rRNA), dan protein
yang terkait. Seperti yang benar amino
asam dibawa ke dalam urutan oleh tRNA, mereka dihubungkan oleh
ikatan peptida untuk membuat protein.
Penemuan struktur DNA pada tahun 1953 dan selanjutnya
penjelasan tentang bagaimana mengarahkan sintesis DNA RNA,
yang kemudian mengarahkan penyusunan protein-yang disebut pusat
dogma-adalah prestasi monumental yang menandai awal
hari biologi molekuler. Namun, representasi yang disederhanakan
dari dogma pusat sebagai DNAnRNAnprotein tidak
tidak mencerminkan peran protein dalam sintesis asam nukleat.
Selain itu, sebagaimana dijelaskan dalam bab-bab selanjutnya, sebagian besar
protein
bertanggung jawab untuk mengatur ekspresi gen, seluruh proses
dimana informasi yang dikodekan dalam DNA diterjemahkan ke dalam
protein yang mencirikan berbagai jenis sel.
101
Dalam bab ini, pertama-tama kita tinjau struktur dasar dan
sifat DNA dan RNA. Dalam beberapa bagian berikutnya
kita membahas proses dasar yang diringkas dalam Gambar 4-1:
transkripsi DNA ke RNA prekursor, pengolahan

prekursor ini untuk membuat molekul RNA fungsional, terjemahan

dari mRNA menjadi protein, dan replikasi DNA.
Sepanjang jalan kita membandingkan struktur gen di prokariota
dan eukariota dan menggambarkan bagaimana bakteri kontrol transkripsi,
pengaturan panggung untuk lebih kompleks eukariotik
mekanisme kontrol transkripsi dibahas di Bab 11.
Setelah menguraikan peran individu mRNA, tRNA, dan
rRNA dalam sintesis protein, kami menyajikan penjelasan rinci
komponen dan langkah-langkah biokimia dalam terjemahan. Kami
juga mempertimbangkan masalah molekuler yang terlibat dalam DNA ditiru dan

mesin seluler kompleks untuk memastikan akurat

menyalin bahan genetik. Bagian akhir
bab ini menyajikan informasi dasar tentang virus, yang
adalah organisme model penting untuk mempelajari makromolekul
sintesis dan proses selular lainnya.
4.1 Struktur Asam Nukleat
DNA dan RNA secara kimiawi sangat mirip. Utama
struktur polimer linear keduanya terdiri dari
monomer yang disebut nukleotida. RNA seluler rentang panjang
dari kurang dari satu ratus hingga ribuan nukleotida.
Cellular molekul DNA bisa selama beberapa ratus juta nukleotida. Unit-unit
DNA besar dalam pergaulan
dengan protein dapat diwarnai dengan pewarna dan divisualisasikan
dalam mikroskop cahaya sebagai kromosom, dinamakan demikian
karena stainability mereka.

Strand Asam Nukleat Adalah Polimer Linear

dengan End-to-End directionality
DNA dan RNA masing-masing hanya terdiri dari empat nukleotida yang
berbeda.
Ingat kembali dari Bab 2 bahwa semua nukleotida terdiri dari
basa organik terkait dengan gula lima-karbon yang telah fosfat
kelompok yang melekat pada karbon 5. Pada RNA, gula ribosa;
dalam DNA, deoksiribosa (lihat Gambar 2-14). The nukleotida digunakan
dalam sintesis DNA dan RNA mengandung lima dasar yang berbeda.
The basis adenin (A) dan guanin (G) adalah purin, tain sepasang cincin
menyatu, sedangkan basa sitosin (C), timin (T),
dan urasil (U) adalah pirimidin, yang berisi cincin tunggal (lihat
Gambar 2-15). Baik DNA dan RNA mengandung tiga dari
bases "A, G, dan C, namun, T hanya ditemukan dalam DNA, dan
U hanya pada RNA. (Perhatikan bahwa singkatan huruf tunggal untuk
dasar tersebut juga sering digunakan untuk menunjukkan seluruh
nukleotida
dalam polimer asam nukleat.)
Sebuah asam urat tunggal nukleat memiliki tulang punggung terdiri dari

mengulangi unit pentosa-fosfat dari mana purin dan

basa pirimidin memperpanjang sebagai kelompok samping. Seperti
polipeptida, sebuah
asam urat nukleat memiliki orientasi kimia end-to-end: ini
5 akhir memiliki gugus hidroksil atau fosfat pada karbon 5
gula terminal; akhir 3 biasanya memiliki gugus hidroksil
pada karbon 3 gula terminal (Gambar 4-2). Directionality ini,
ditambah fakta bahwa hasil sintesis 5-3, telah
melahirkan konvensi bahwa urutan polynucleotide adalah
ditulis dan dibaca dalam arah 5 n3 (dari kiri ke kanan), karena
Misalnya, urutan Agustus diasumsikan (5) Agustus (3). Seperti
kita akan lihat, directionality 5 n3 untai asam nukleat
merupakan harta penting dari molekul. Hubungan kimia
antara nukleotida yang berdekatan, yang lazim disebut fosfodiester
obligasi, sebenarnya terdiri dari dua obligasi phosphoester, salah satu
di sisi 5 fosfat dan satu lagi di sisi 3.
Urutan linear nukleotida dihubungkan oleh fosfodiester
obligasi merupakan struktur utama asam nukleat.
Seperti polipeptida, polynucleotides dapat memutar dan melipat ke
tiga-dimensi konformasi distabilkan oleh noncovalent
obligasi. Meskipun struktur utama DNA dan RNA
umumnya sama, konformasi mereka tiga dimensi
sangat berbeda. Perbedaan-perbedaan struktural kritis
dengan fungsi yang berbeda dari dua jenis asam nukleat.
DNA Native Adalah Double Helix of Complementary
Antiparalel Strands
Era biologi molekuler modern dimulai pada tahun 1953 ketika
James D. Watson dan Francis Crick mengusulkan HC
DNA memiliki struktur heliks ganda. Proposal mereka, berdasarkan
pada analisis pola difraksi x-ray digabungkan dengan hati-hati
pembentukan model, terbukti benar dan membuka jalan bagi kita
modern pemahaman tentang fungsi DNA bagaimana sebagai genetik
material.

DNA terdiri dari dua helai polynucleotide terkait

bahwa angin bersama-sama untuk membentuk sebuah helix ganda. The
sugarphosphate dua
tulang punggung berada di luar double helix,
dan proyek dasar ke interior. The sebelah pangkalan di
masing-masing untai tumpukan di atas satu sama lain dalam bidang
sejajar
(Gambar 4-3a). Orientasi dari kedua untai adalah antiparalel;
yaitu, 5 n3 mereka arah yang berlawanan. Untai

diselenggarakan dalam register tepat dengan pembentukan pasangan

basa antara
dua untaian: A dipasangkan dengan T melalui dua hidrogen
obligasi; G berpasangan dengan C melalui tiga hidrogen
obligasi (Gambar 4-3b). Hal ini melengkapi dasar-pasangan adalah
konsekuensi dari bentuk, ukuran, dan komposisi kimia
dari dasar. Kehadiran ribuan hidrogen seperti
obligasi dalam sebuah molekul DNA memberikan sumbangan besar
terhadap stabilitas dari helix ganda. Hidrofobik dan interaksi van der
Waals
antara pasangan basa yang berdekatan ditumpuk lebih lanjut
menstabilkan
struktur heliks ganda.
Dalam DNA alami, Sebuah ikatan hidrogen selalu dengan T dan
G dengan C, membentuk A T dan G C pasangan basa seperti yang
ditunjukkan pada Gambar
4-3b. Asosiasi-asosiasi antara purin lebih besar dan
pirimidin yang lebih kecil ini sering disebut pasangan basa Watson-Crick.
Dua polynucleotide untai, atau daerah daripadanya, di mana semua
dalam bentuk pasangan basa nukleotida tersebut dikatakan saling
melengkapi.
Namun, dalam teori dan dalam DNA sintetis lainnya
pasangan basa dapat terbentuk. Misalnya, guanin (purin a) dapat
teoritis membentuk ikatan hidrogen dengan timin (pirimidin a),
hanya menyebabkan distorsi kecil dalam helix tersebut. Ruang
tersedia dalam helix juga akan memungkinkan pasangan antara
dua pirimidin sitosin dan timin. Meskipun tidak standar
G T dan C T pasangan basa biasanya tidak ditemukan dalam
DNA, G U pasangan basa yang cukup umum dalam heliks ganda
daerah yang membentuk dalam dinyatakan tunggal RNA.
Kebanyakan DNA dalam sel adalah heliks tangan kanan. Difraksi x-ray
pola DNA menunjukkan bahwa dasar ditumpuk adalah
teratur berjarak 0,36 nm terpisah sepanjang sumbu helix.
heliks membuat lengkap setiap belokan 3,6 nm, dengan demikian ada
sekitar 10,5 pasang per giliran. Hal ini disebut sebagai bentuk B
DNA, bentuk normal hadir dalam peregangan paling DNA
sel. Di bagian luar DNA B-bentuk, ruang antara
helai terjalin membentuk dua alur heliks yang berbeda
lebar digambarkan sebagai alur utama dan alur minor
(lihat Gambar 4-3a). Sebagai konsekuensinya, atom di tepi
setiap dasar dalam alur ini dapat diakses dari luar
helix, membentuk dua jenis permukaan mengikat. DNAbinding
protein dapat "membaca" urutan basa di duplex
DNA dengan menghubungi atom di baik besar atau kecil

alur.
Selain bentuk B utama, tiga DNA tambahan
struktur telah dijelaskan. Dua di antaranya adalah dibandingkan
DNA B dalam Gambar 4-4. Dalam kelembaban yang sangat rendah, kristal
B perubahan struktur DNA untuk bentuk A; RNADNA
dan RNA-RNA heliks ada dalam formulir ini dalam sel dan dalam
vitro. Pendek molekul DNA terdiri dari bolak purinepyrimidine
nukleotida (terutama Gs dan Cs) mengadopsi sebuah alternatif
kidal konfigurasi bukan normal
helix tangan kanan. Struktur ini disebut Z DNA karena basis tampaknya
zigzag bila dilihat dari samping. Beberapa
bukti menunjukkan bahwa Z DNA mungkin terjadi dalam sel, meskipun
fungsinya tidak diketahui. Akhirnya, triple-stranded DNA
struktur ini terbentuk ketika polimer sintetis poli (A) dan polydeoxy (U) dicampur
dalam tabung tes. Selain itu, homopolymeric
membentang DNA terdiri dari C dan T
residu dalam satu untai dan residu A dan G yang lain dapat
membentuk struktur triple-stranded oleh panjang pencocokan mengikat
sintetis poli (C T). Struktur tersebut mungkin tidak
terjadi secara alami dalam sel tetapi mungkin berguna sebagai terapi
agen.
Sejauh ini modifikasi yang paling penting dalam struktur
DNA B-bentuk standar muncul sebagai akibat protein
mengikat urutan DNA tertentu. Meskipun orang banyak
obligasi hidrogen dan hidrofobik antara dasar pengenaan memberikan
stabilitas DNA, double helix yang fleksibel tentang nya
sumbu panjang. Berbeda dengan heliks dalam protein (lihat Gambar 3-3),
ada ikatan hidrogen tidak sejajar dengan sumbu DNA
helix. Properti ini memungkinkan DNA untuk membungkuk dikomplekskan ketika
dengan DNA-binding protein (Gambar 4-5). Bending DNA
sangat penting untuk kemasan padat DNA dalam kromatin, yang
protein-DNA yang kompleks di mana DNA nuklir terjadi pada eukariot
sel (Bab 10).
DNA Bisa Menjalani Reversible
Pemisahan Strand
Selama replikasi dan transkripsi DNA, untaian
helix ganda harus terpisah untuk memungkinkan tepi internal
basis untuk memasangkan dengan basis dari nukleotida yang akan
dipolimerisasi
menjadi rantai polynucleotide baru. Pada bagian berikutnya, kita
menggambarkan mekanisme selular yang terpisah dan selanjutnya
reassociate untai DNA selama replikasi dan
transkripsi. Di sini kita membahas faktor yang mempengaruhi in vitro
pemisahan dan reassociation untai DNA.
Pembalikan dan pemisahan untai DNA, disebut
sebagai denaturasi, atau "mencair," dapat diinduksi eksperimen
dengan meningkatkan suhu larutan DNA. Seperti
meningkat energi panas, kenaikan sehingga molekul
gerak akhirnya istirahat ikatan hidrogen dan
kekuatan lain yang menstabilkan double helix, alur lalu
terpisah, didorong terpisah oleh tolakan elektrostatik dari
bermuatan negatif backbone deoksiribosa-fosfat dari masing-masing

untai. Dekat suhu denaturasi, peningkatan kecil

suhu menyebabkan kerugian, cepat simultan dekat dari
interaksi lemah beberapa helai bersama-sama memegang
di sepanjang molekul DNA, yang menyebabkan
perubahan mendadak dalam penyerapan ultraviolet (UV) sinar
(Gambar 4-6a).
Para Tm temperatur leleh di mana untai DNA akan
terpisah tergantung pada beberapa faktor. Molekul yang mengandung
proporsi yang lebih besar dari G C pasangan memerlukan suhu yang lebih
tinggi
untuk mengubah sifat sesuatu benda karena ikatan hidrogen tiga G C
pasang membuat pasangan basa lebih stabil dari A pasangan T ,
yang hanya memiliki dua ikatan hidrogen. Memang, persentase
G pasangan basa C dalam sampel DNA dapat diperkirakan dari yang
Tm (Gambar 4-6b). Konsentrasi ion juga mempengaruhi
Tm karena gugus fosfat bermuatan negatif di dua untai yang terlindung oleh ion
bermuatan positif. Ketika
konsentrasi ion rendah, perisai ini berkurang, sehingga
meningkatkan kekuatan menjijikkan antara helai dan mengurangi
yang Tm. Agen yang mengacaukan ikatan hidrogen, seperti
sebagai formamida atau urea, juga lebih rendah Tm tersebut. Akhirnya, ekstrim
pH mengubah sifat sesuatu benda DNA pada suhu rendah. Pada rendah (asam)
pH,
base menjadi terprotonasi dan dengan demikian bermuatan positif, memukul
mundur
satu sama lain. Pada tinggi (alkali) pH, dasar kehilangan proton
dan menjadi bermuatan negatif, masing-masing memukul mundur lagi
lain karena tuduhan serupa.
Molekul DNA untai tunggal yang dihasilkan dari denaturasi
bentuk gulungan acak tanpa struktur organisasi.
Menurunkan suhu, meningkatkan ion
konsentrasi, atau menetralkan pH menyebabkan kedua yang saling melengkapi
untai untuk reassociate menjadi double helix yang sempurna.
Tingkat renaturation tersebut tergantung pada waktu,
DNA konsentrasi, dan konsentrasi ion. Dua DNA
untai tidak terkait dalam urutan akan tetap menjadi gulungan acak
dan tidak akan renature, yang paling penting, mereka tidak akan menghambat
untai DNA komplementer mitra dari masing-masing menemukan
lain dan renaturing. Denaturasi dan renaturation dari
DNA merupakan dasar dari hibridisasi asam nukleat, yang kuat
teknik yang digunakan untuk mempelajari keterkaitan dari dua sampel DNA
dan untuk mendeteksi dan mengisolasi molekul DNA tertentu dalam
campuran berbagai urutan DNA yang berbeda (lihat
Gambar 9-16).
Banyak molekul DNA Apakah Edaran
Banyak virus DNA genom prokariotik DNA dan banyak
melingkar molekul. Edaran molekul DNA juga terjadi pada
mitokondria, yang hadir di hampir semua eukariot sel, dan kloroplas, yang

hadir pada tumbuhan dan

beberapa uniseluler eukariota.
Masing-masing dari dua helai dalam molekul DNA sirkular

membentuk struktur ditutup tanpa berakhir bebas. Localized unwinding

molekul DNA sirkular, yang terjadi selama
replikasi DNA, menginduksi stres torsi ke dalam sisa
bagian dari molekul karena ujung helai
tidak bebas untuk memutar. Akibatnya, molekul DNA twists
kembali pada dirinya sendiri, seperti karet gelang bengkok, membentuk
superkoil
(Gambar 4-7b). Dengan kata lain, ketika bagian dari DNA
helix adalah underwound, sisa molekul menjadi
overwound. Bakteri dan sel eukariotik, bagaimanapun,
mengandung topoisomerase saya, yang dapat meringankan setiap torsi
stres yang berkembang dalam molekul DNA selular selama replikasi
atau proses lainnya. Enzim ini mengikat DNA pada
acak situs dan istirahat ikatan fosfodiester dalam satu
untai. Seperti istirahat satu untai dalam DNA disebut nick.
Akhir pecah, sehingga angin sekitar untai dipotong, terkemuka
untuk kehilangan superkoil (Gambar 4-7a). Akhirnya, enzim yang sama
bergabung (ligates) dua ujung untai rusak.
Tipe lain dari enzim, topoisomerase II, membuat istirahat di
kedua untai DNA beruntai ganda dan kemudian religates
mereka. Akibatnya, topoisomerase II dapat baik meredakan torsi
stres dan link bersama dua molekul DNA sirkular
seperti dalam link rantai.
Meskipun DNA nuklir eukariotik linear, loop panjang
DNA adalah tetap di tempat dalam kromosom (Bab 10).
Jadi torsi stres dan akibatnya pembentukan superkoil
juga dapat terjadi selama replikasi DNA nuklir.
Seperti dalam sel bakteri, topoisomerase melimpah I eukariot
inti mengurangi stres apapun torsi dalam DNA nuklir yang
akan berkembang karena ketiadaan enzim ini.
replikasi DNA, menginduksi stres torsi ke dalam sisa
bagian dari molekul karena ujung helai
tidak bebas untuk memutar. Akibatnya, molekul DNA twists
kembali pada dirinya sendiri, seperti karet gelang bengkok, membentuk
superkoil
(Gambar 4-7b). Dengan kata lain, ketika bagian dari DNA
helix adalah underwound, sisa molekul menjadi
overwound. Bakteri dan sel eukariotik, bagaimanapun,
mengandung topoisomerase saya, yang dapat meringankan setiap torsi
stres yang berkembang dalam molekul DNA selular selama replikasi
atau proses lainnya. Enzim ini mengikat DNA pada
acak situs dan istirahat ikatan fosfodiester dalam satu
untai. Seperti istirahat satu untai dalam DNA disebut nick.

Akhir pecah, sehingga angin sekitar untai dipotong, terkemuka

untuk kehilangan superkoil (Gambar 4-7a). Akhirnya, enzim yang sama
bergabung (ligates) dua ujung untai rusak.
Tipe lain dari enzim, topoisomerase II, membuat istirahat di
kedua untai DNA beruntai ganda dan kemudian religates
mereka. Akibatnya, topoisomerase II dapat baik meredakan torsi
stres dan link bersama dua molekul DNA sirkular
seperti dalam link rantai.
Meskipun DNA nuklir eukariotik linear, loop panjang
DNA adalah tetap di tempat dalam kromosom (Bab 10).
Jadi torsi stres dan akibatnya pembentukan superkoil
juga dapat terjadi selama replikasi DNA nuklir.
Seperti dalam sel bakteri, topoisomerase melimpah I eukariot
inti mengurangi stres apapun torsi dalam DNA nuklir yang
akan berkembang karena ketiadaan enzim ini.
Berbagai Jenis Bukti Berbagai RNA
Konformasi Terkait dengan Fungsi mereka
Sebagaimana disebutkan sebelumnya, struktur primer RNA umumnya
mirip dengan DNA dengan dua pengecualian: komponen gula
RNA, ribosa, memiliki gugus hidroksil pada 2? posisi
(lihat Gambar 2-14b), dan timin pada DNA diganti dengan
urasil pada RNA. Kelompok hidroksil pada ribosa membuat C2
RNA lebih kimia labil dari DNA dan menyediakan
kimia reaktif kelompok yang mengambil bagian dalam RNA-mediated
katalisis. Sebagai hasil dari lability ini, RNA dibelah menjadi
mononucleotides dengan larutan alkali, sedangkan DNA tidak.
Seperti DNA, RNA merupakan polynucleotide panjang yang dapat
doublestranded
atau untai tunggal, linier atau melingkar. Hal ini juga dapat berpartisipasi
dalam heliks hibrida terdiri dari satu untai RNA dan
satu untai DNA. Seperti disebutkan di atas, RNA-RNA dan RNADNA
heliks ganda memiliki konformasi kompak seperti A
bentuk DNA (lihat Gambar 4-4b).
Tidak seperti DNA, yang ada terutama sebagai sangat panjang ganda
helix, RNA yang paling selular beruntai tunggal dan pameran
berbagai konformasi (Gambar 4-8). Perbedaan dalam
ukuran dan konformasi dari berbagai jenis RNA izin
mereka untuk melaksanakan fungsi-fungsi tertentu dalam sel. Paling
sederhana
struktur sekunder RNA beruntai tunggal yang dibentuk oleh
pasangan dari basa komplementer. "jepit rambut" yang dibentuk oleh
pasangan basis dalam nukleotida 5-10 satu sama lain, dan
"batang-loop" oleh pasangan dari basa yang dipisahkan oleh> 10 sampai
beberapa ratus nukleotida. Lipatan ini sederhana dapat bekerja sama
untuk membentuk struktur tersier yang lebih rumit, salah satu
yang disebut sebagai "pseudoknot."
Sebagaimana dibahas secara rinci nanti, molekul tRNA mengadopsi welldefined

arsitektur tiga-dimensi dalam larutan yang sangat penting

dalam sintesis protein. RRNA molekul yang lebih besar juga memiliki
lokal yang jelas tiga-dimensi struktur, dengan lebih
fleksibel link di antara. Struktur sekunder dan tersier
juga telah diakui di mRNA, khususnya di dekat
ujung molekul. Jelas, kemudian, molekul RNA seperti
protein dalam bahwa mereka telah terstruktur domain dihubungkan dengan
kurang terstruktur, fleksibel membentang.
Domain dilipat molekul RNA tidak hanya
struktural analog dengan? heliks dan? helai ditemukan di
protein, tetapi dalam beberapa kasus juga memiliki kapasitas katalitik.
RNA katalitik seperti ini disebut ribozim. Meskipun ribozim
biasanya berhubungan dengan protein yang menstabilkan
struktur ribozyme, itu adalah RNA yang bertindak sebagai katalis.
Beberapa ribozim dapat mengkatalisis splicing, sebuah proses yang luar biasa
di mana sebuah urutan RNA internal dipotong dan dihapus, dan
dua rantai yang dihasilkan kemudian diligasi. Proses ini terjadi
selama pembentukan mayoritas molekul mRNA fungsional
dalam sel eukariotik, dan juga terjadi pada bakteri dan archaea.
Hebatnya, beberapa RNA melakukan self-splicing, dengan
aktivitas katalitik yang berada di urutan yang dihapus.
Mekanisme splicing dan self-splicing dibahas
secara rinci dalam Bab 12. Seperti disebutkan selanjutnya dalam bab ini, rRNA
memainkan peran katalisator dalam pembentukan ikatan peptida selama
sintesis protein.
Dalam bab ini, kita fokus pada fungsi mRNA,
tRNA, dan rRNA dalam ekspresi gen. Dalam bab-bab selanjutnya kita
akan bertemu RNA lain, sering dikaitkan dengan protein,
yang berpartisipasi dalam fungsi sel lain.
4.2 Transkripsi Protein-Coding
Gen dan Pembentukan
Fungsional mRNA
Definisi paling sederhana dari gen adalah kesatuan "DNA yang berisi
informasi untuk menentukan sintesis dari polipeptida tunggal
rantai atau RNA fungsional (seperti tRNA) "yang luas mayoritas gen membawa
informasi untuk membangun molekul protein,
dan itu adalah salinan RNA dari gen protein-coding seperti
yang merupakan molekul mRNA sel. DNA
molekul virus kecil yang hanya berisi beberapa gen,
sedangkan molekul DNA tunggal di masing-masing kromosom
hewan dan tumbuhan yang lebih tinggi mungkin berisi beberapa
ribu gen.
Selama sintesis RNA, bahasa empat-dasar DNA
mengandung A, G, C, dan T hanya disalin, atau ditulis,
ke dalam bahasa empat-dasar RNA, yang identik kecuali
bahwa U menggantikan T. Sebaliknya, selama sintesis protein
empat-dasar bahasa DNA dan RNA diterjemahkan ke dalam
20-bahasa asam amino protein. Pada bagian ini kita fokus
pada pembentukan mRNA fungsional dari protein-coding
gen (lihat Gambar 4-1, langkah 1). Sebuah proses yang sama menghasilkan
precursor rRNA dan tRNA dikode oleh rRNA dan
gen tRNA; prekursor ini kemudian lebih lanjut dimodifikasi untuk
hasil rRNA dan tRNA fungsional (Bab 12).

Sebuah Template Strand DNA ditranskripsi menjadi

sebuah Chain Pelengkap RNA oleh RNA Polimerase
Selama transkripsi DNA, satu untai DNA bertindak sebagai template,
menentukan urutan ribonucleoside trifosfat
(RNTP) monomer yang dipolimerisasi membentuk
komplementer RNA rantai. Basis pada DNA template
pasangan basa-untai dengan rNTPs masuk komplementer,
yang kemudian bergabung dalam reaksi polimerisasi dikatalisis
oleh polimerase RNA. Polimerisasi melibatkan nukleofilik
serangan oleh 3? oksigen dalam rantai RNA tumbuh di?
fosfat dari prekursor nukleotida berikutnya yang akan ditambahkan,
sehingga
dalam pembentukan ikatan fosfodiester dan pelepasan
dari pirofosfat (PPi). Sebagai konsekuensi dari mekanisme ini,
molekul RNA selalu disintesis dalam 5? n3? arah
(Gambar 4-9).
Para energetika dari reaksi polimerisasi sangat nikmat
penambahan ribonucleotides ke rantai RNA tumbuh
karena ikatan energi tinggi antara? dan? fosfat
monomer rNTP digantikan oleh energi-rendah
fosfodiester ikatan antara nukleotida. kesetimbangan
untuk reaksi didorong lebih lanjut terhadap perpanjangan rantai oleh
pyrophosphatase, sebuah enzim yang mengkatalisis pembelahan dari
dilepaskan PPi menjadi dua molekul fosfat anorganik. Seperti
dua untai dalam DNA, untai DNA template dan
tumbuh untai RNA yang merupakan dasar-dipasangkan untuk itu telah
berlawanan
5? N3? directionality.
Dengan konvensi, situs di mana RNA polymerase dimulai
transkripsi diberi nomor? 1. Hilir menunjukkan arah
di mana template untai DNA ditranskripsi (atau
mRNA diterjemahkan), sehingga urutan hilir adalah menuju
3? akhir relatif ke situs memulai, mengingat DNA
untai dengan polaritas yang sama dengan RNA ditranskrip. Ke hulu
menunjukkan arah yang berlawanan. Posisi nukleotida
dalam urutan DNA hilir dari situs awal ditandai
dengan tanda positif (?), yang hulu, oleh tanda negatif.

Tahapan dalam Transkripsi Untuk melaksanakan transkripsi, RNA

polimerase melakukan beberapa fungsi yang berbeda, seperti yang digambarkan
pada Gambar 4-10. Selama inisiasi transkripsi, RNA polimerase
mengakui dan mengikat untuk situs tertentu, yang disebut promotor,
di double-stranded DNA (langkah 1). Nuklir RNA polimerase membutuhkan
berbagai faktor protein, yang disebut umum
faktor transkripsi, untuk membantu mereka menemukan promotor dan memulai
transkripsi. Setelah mengikat ke promotor, RNA polimerase
mencair untai DNA untuk membuat basis di
untai template yang tersedia untuk dasar pasangan dengan dasar pengenaan
dari ribonucleoside yang trifosfat bahwa itu akan polimerisasi bersama-sama.

Cellular RNA polimerase mencair sekitar 14

pasangan dasar DNA sekitar lokasi awal transkripsi, yang
terletak pada untai cetakan dalam wilayah promotor
(langkah 2). Inisiasi Transkripsi dianggap lengkap
ketika dua pertama ribonucleotides dari sebuah rantai RNA
dihubungkan oleh ikatan fosfodiester (langkah 3).
Setelah beberapa ribonucleotides telah dipolimerisasi,
Polimerase RNA memisahkan dari DNA promotor dan
umum transkripsi faktor. Selama tahap perpanjangan Urat,
RNA polimerase bergerak sepanjang template DNA satu
dasar pada suatu waktu, membuka DNA-double stranded di depan
nya arah gerakan dan hibridisasi untaian belakang itu (Gambar 4-10, langkah

4). Satu ribonucleotide pada suatu waktu akan ditambahkan

ke 3? akhir rantai (baru lahir) tumbuh RNA selama
untai perpanjangan oleh polimerase. Enzim mempertahankan
daerah meleleh sekitar 14 pasangan basa, yang disebut
gelembung transkripsi. Sekitar delapan nukleotida di
3? akhir untai RNA tetap tumbuh basis-dipasangkan ke
template DNA untai dalam gelembung transkripsi. perpanjangan yang
kompleks, yang terdiri dari RNA polimerase, template
DNA, dan (baru lahir) tumbuh RNA untai, luar biasa
stabil. Sebagai contoh, RNA polimerase mentranskripsi yang
gen mamalia terpanjang dikenal, mengandung 2? 106 dasar
pasang, tanpa memisahkan dari template DNA atau melepaskan
hadirnya RNA. Sejak sintesis RNA terjadi pada tingkat
sekitar 1000 nukleotida per menit pada 37 C,? perpanjangan
kompleks harus tetap utuh selama lebih dari 24 jam untuk memastikan
kontinyu RNA sintesis.
Selama penghentian transkripsi, tahap akhir pada RNA
sintesis, molekul RNA selesai, atau transkrip primer, dilepaskan dari
polimerase RNA dan polimerase
memisahkan dari DNA template (Gambar 4-10, langkah 5).
Urutan khusus dalam DNA template sinyal terikat
Polimerase RNA untuk mengakhiri transkripsi. Setelah dibebaskan,
suatu polimerase RNA bebas untuk menuliskan gen yang sama lagi
atau gen lain.

Struktur RNA polimerase The polimerase RNA

bakteri, archaea, dan sel-sel eukariotik secara mendasar
serupa dalam struktur dan fungsi. Polimerase RNA bakteri
terdiri dari dua subunit besar terkait (dan), dua
salinan dari subunit yang lebih kecil (), dan satu salinan dari subunit
kelima
() yang tidak penting untuk kelangsungan transkripsi atau sel
tapi menstabilkan enzim dan membantu dalam perakitan

yang sub-unit. Archaea dan eukariotik RNA polimerase memiliki

beberapa subunit kecil tambahan yang terkait dengan inti ini
kompleks, yang kita jelaskan di Bab 11. Diagram skematik dari proses
transkripsi umum menunjukkan polimerase RNA
terikat pada molekul DNA unbent, seperti dalam Gambar
4-10. Namun, menurut model saat interaksi
antara polimerase RNA bakteri dan DNA promotor,
DNA tikungan tajam menyusul masuknya ke enzim
(Gambar 4-11).

Organisasi Gen Berbeda di prokariotik

dan eukariotik DNA
Setelah diuraikan proses transkripsi, sekarang kita singkat
mempertimbangkan pengaturan skala besar informasi dalam DNA
dan bagaimana pengaturan ini menentukan persyaratan
sintesis RNA sehingga transfer informasi berjalan lancar. Dalam
tahun terakhir, urutan genom seluruh dari beberapa
organisme telah mengungkapkan tidak hanya variasi yang besar dalam
jumlah
protein-coding gen tetapi juga perbedaan dalam organisasi mereka
di prokariota dan eukariota.
Pengaturan yang paling umum protein-coding gen
di semua prokariota memiliki logika yang kuat dan menarik: gen
dikhususkan untuk tujuan metabolik tunggal, mengatakan, sintesis dari
asam amino triptofan, yang paling sering ditemukan dalam bersebelahan
array dalam DNA. Seperti pengaturan gen dalam fungsional
kelompok disebut operon, karena beroperasi sebagai unit
dari promotor tunggal. Transkripsi operon yang menghasilkan
seuntai terus mRNA yang membawa pesan untuk
terkait serangkaian protein (Gambar 4-12a). Setiap bagian dari
mRNA merupakan unit (atau gen) yang mengkodekan salah satu
protein dalam seri. Dalam DNA prokariotik gen-gen yang
erat dengan kesenjangan noncoding dikemas sangat sedikit, dan DNA
ditranskripsi langsung ke mRNA colinear, yang kemudian
diterjemahkan menjadi protein.

Ini pengelompokan gen Ekonomi dikhususkan untuk Satu

fungsi metabolisme regular tidak terjadi PADA eukariota, bahkan Sederhana
Yang ragi Pembongkaran, Yang dapat metabolik serupa Artikel Baru bakteri.
Sebaliknya, gen eukariotik dikhususkan untuk Satu berlipat tunggal
Yang Sering pagar Secara Fisik DNA KESAWAN terpisah; Pembongkaran Memang
biasanya gen terletak di kromosom berbeda yang. Terkait masih berlangsung
gen ditranskripsi Dari promotor Sendiri, Yang Satu memproduksi
mRNA, Yang umumnya diterjemahkan untuk menghasilkan polipeptida tunggal
(Gambar 4-12b).
Ketika Peneliti Pertama kali membandingkan chronology nukleotida

Dari mRNA Dari biota eukariotik multiseluler

Artikel Baru chronology pengkodean DNA mereka, mereka terkejut
untuk menemukan bahwa chronology Dari penyandi protein terganggu
Putus mRNA adalah Yang diberikan (kontinu) sesuai Yang di
Dari Name of DNA. Mereka menyimpulkan bahwa eukariotik
gen ADA di chronology potongan coding, ekson,
Oleh dipisahkan non-protein-coding segmen, Yang intron. Ini
temuan menakjubkan tersirat bahwa transkrip primer Panjang akhirSalinan RNA DNA seluruh ditranskripsikan
chronology-Harus dipotong dan terpisah untuk menghapus intron
hati-hati kemudian dijahit Dilaporkan Bersama untuk menghasilkan BANYAK
eukariotik mRNA.
Meskipun intron Yang Umum di eukariota multiseluler,
Sangat jarang terjadi mereka PADA bakteri dan archaea dan jarang di eukariota
uniseluler banyak seperti tukang roti
ragi. Namun, intron hadir dalam DNA virus
yang menginfeksi sel eukariotik. Memang, keberadaan intron
pertama kali ditemukan pada virus tersebut, yang DNA ditranskripsi
oleh enzim host-sel.

Eukariotik Prekursor mRNA Apakah Diproses

untuk mRNA Formulir Fungsional
Pada prokariotik sel, yang tidak memiliki nuklei, terjemahan dari
mRNA menjadi protein dapat mulai dari ujung 5 dari mRNA
bahkan ketika akhir 3 masih disintesis oleh RNA polimerase.
Dengan kata lain, transkripsi dan translasi dapat
terjadi secara bersamaan di prokariota. Pada sel eukariotik,
bagaimanapun,
tidak hanya merupakan inti dipisahkan dari sitoplasma
mana terjemahan terjadi, tetapi juga transkrip utama
gen penyandi protein adalah mRNA prekursor (pre-mRNA)
yang harus menjalani beberapa modifikasi, secara kolektif disebut
Pemrosesan RNA, untuk menghasilkan mRNA fungsional (lihat Gambar
4-1, langkah 2). MRNA ini kemudian harus diekspor ke sitoplasma sebelum
dapat diterjemahkan menjadi protein. Demikian
transkripsi dan translasi tidak dapat terjadi bersamaan dalam
sel eukariotik.
Semua eukariotik pre-mRNA awalnya dimodifikasi di
dua berakhir, dan modifikasi ini dipertahankan dalam mRNA.
Sebagai 5? akhir rantai RNA yang baru lahir muncul dari permukaan
RNA polimerase II, maka segera bertindak oleh
beberapa enzim yang bersama-sama mensintesis 5? topi, sebuah
7-methylguanylate yang terhubung ke terminal nukleotida
dari RNA oleh 5 biasa?, 5? trifosfat linkage
(Gambar 4-13). Tutup akan melindungi sebuah mRNA dari enzim

degradasi dan membantu dalam ekspor ke sitoplasma. The

tutup juga terikat dengan faktor protein yang diperlukan untuk memulai
terjemahan
dalam sitoplasma.
Pengolahan di 3? akhir pra-mRNA melibatkan pembelahan
oleh endonuklease untuk menghasilkan 3 gratis kelompok-hidroksil? untuk
yang string residu asam adenylic ditambahkan satu per satu
oleh enzim yang disebut poli (A) polimerase. Yang dihasilkan
poli (A) ekor berisi 100-250 basis, yang lebih pendek dalam ragi
dan invertebrata dibandingkan dengan vertebrata. Poli (A) polimerase adalah

bagian dari suatu kompleks protein yang dapat menemukan dan

membelah sebuah
transkrip di lokasi tertentu dan kemudian menambahkan nomor yang
benar
A residu, dalam suatu proses yang tidak memerlukan template.
Langkah terakhir dalam pengolahan banyak berbeda eukariotik
molekul mRNA adalah RNA splicing: internal
pembelahan transkrip untuk cukai intron, diikuti oleh ligasi
dari ekson coding. Gambar 4-14 merangkum dasar
langkah-langkah dalam pengolahan mRNA eukariot, menggunakan-globin?
gen sebagai contoh. Kami memeriksa mesin selular untuk
melaksanakan pengolahan mRNA, serta tRNA dan
rRNA, dalam Bab 12.
The eukariotik mRNA fungsional yang diproduksi oleh RNA
pengolahan mempertahankan daerah noncoding, disebut sebagai 5? dan
3?
RNA splicing Alternatif Meningkatkan Jumlah yang
Protein Disajikan dari sebuah Single
Eukariotik Gene
Berbeda dengan gen bakteri dan archaea, sebagian besar
gen dalam lebih tinggi, eukariota multiseluler berisi beberapa
intron. Seperti tercantum dalam Bab 3, banyak protein dari eukariota lebih
tinggi memiliki struktur multidomain tersier (lihat
Gambar 3-8). Masing-masing diulang domain protein sering
dikodekan oleh satu ekson atau sejumlah kecil ekson bahwa kode
untuk identik atau hampir identik sekuens asam amino. Seperti
ekson berulang akan diperkirakan telah berevolusi oleh disengaja
beberapa duplikasi panjang DNA terletak di antara dua
situs di intron yang berdekatan, sehingga penyisipan serangkaian
mengulangi ekson, dipisahkan oleh intron, antara asli
dua intron. Keberadaan intron beberapa di banyak eukariot
ekspresi gen izin ganda, protein terkait

dari sebuah gen tunggal dengan cara splicing alternatif. Dalam

eukariota lebih tinggi, splicing alternatif merupakan mekanisme penting
untuk produksi berbagai bentuk protein, yang disebut
isoform, oleh berbagai jenis sel.
Fibronektin, protein ekstraseluler perekat multidomain
ditemukan pada mamalia, memberikan contoh yang baik alternatif
splicing (Gambar 4-15). Gen fibronektin berisi
banyak ekson, dikelompokkan menjadi beberapa daerah sesuai
ke domain spesifik dari protein. Fibroblas menghasilkan
fibronektin mRNA yang mengandung ekson EIIIA dan
EIIIB; ekson ini mengkodekan sekuens asam amino yang mengikat
erat dengan protein dalam membran plasma fibroblast.
Akibatnya, ini isoform fibronektin mematuhi fibroblas
ke ekstraselular matriks. Alternatif splicing dari fibronektin yang
transkrip primer di hepatosit, utama
jenis sel dalam hati, menghasilkan mRNA yang kekurangan EIIIA
dan EIIIB ekson. Akibatnya, fibronektin yang dikeluarkan oleh
hepatosit ke dalam darah tidak menempel erat fibroblas
atau jenis sel yang paling lainnya, yang memungkinkan untuk beredar.
Selama pembentukan bekuan darah, namun fibrinbinding
domain dari fibronektin hepatosit mengikat fibrin,
salah satu unsur utama gumpalan. The fibronektin terikat
kemudian berinteraksi dengan integrins pada selaput
yang lewat, trombosit diaktifkan, sehingga memperluas bekuan
dengan penambahan trombosit.
Lebih dari 20 isoform berbeda fibronektin telah
diidentifikasi, masing-masing dikodekan oleh yang berbeda, sebagai
alternatif disambung
mRNA terdiri dari kombinasi unik fibronektin
gen ekson. Urutan terakhir sejumlah besar mRNA diisolasi dari berbagai
jaringan dan perbandingan urutan mereka
dengan DNA genom telah mengungkapkan bahwa hampir 60 persen
dari semua gen manusia dinyatakan sebagai alternatif disambung
mRNA. Jelas, RNA splicing alternatif sangat memperluas
jumlah protein yang disandikan oleh genom yang lebih tinggi,
organisme multisel.
4.3 Kontrol Ekspresi Gen
di Prokariota
Karena struktur dan fungsi sel ditentukan oleh
protein yang dikandungnya, kontrol ekspresi gen adalah
fundamental aspek biologi sel molekuler. Paling sering,
"keputusan" untuk memulai transkripsi pengkodean gen
protein tertentu adalah mekanisme utama bagi

mengendalikan produksi protein yang dikodekan dalam sel. Dengan

inisiasi transkripsi pengendalian, sel bisa mengatur yang
protein yang memproduksi dan seberapa cepat. Ketika transkripsi
gen adalah direpresi, mRNA sesuai dan dikodekan
protein atau protein disintesis pada tingkat rendah. Sebaliknya,
ketika transkripsi gen diaktifkan, baik mRNA
dan protein dikodekan atau protein yang diproduksi di banyak
tingkat lebih tinggi.
Di sebagian besar bakteri dan organisme bersel tunggal lainnya, gen
ekspresi sangat diatur untuk menyesuaikan sel enzimatik
mesin dan komponen struktural untuk perubahan
gizi dan lingkungan fisik. Jadi, setiap diberikan
waktu, sel bakteri biasanya hanya mensintesis protein
dari seluruh proteome diperlukan untuk kelangsungan hidup di bawah tertentu
kondisi. Pada organisme multiseluler, kontrol gen
ekspresi sebagian besar diarahkan ke memastikan bahwa hak
gen diekspresikan dalam sel yang tepat pada waktu yang tepat selama
embriologis
pengembangan dan diferensiasi jaringan. Di sini kita
menggambarkan fitur dasar kontrol transkripsi pada bakteri,
menggunakan lac operon pada E. coli sebagai contoh utama kami.
Banyak proses yang sama, serta yang lain, yang terlibat
dalam pengendalian transkripsi eukariotik, yang dibahas dalam
Bab 11.
Pada E. coli, sekitar setengah gen ini terkelompok ke dalam operon
masing-masing yang mengkode enzim yang terlibat dalam tertentu
jalur metabolik atau protein yang berinteraksi untuk membentuk satu
multisubunit
protein. Misalnya, operon trp disebutkan
sebelumnya encode lima enzim yang diperlukan dalam biosintesis
triptofan (lihat Gambar 4-12). Demikian pula, encode operon lac
tiga enzim yang dibutuhkan untuk metabolisme laktosa,
gula hadir dalam susu. Karena operon bakteri menjelaskan dari satu situs awal
ke dalam mRNA tunggal, semua gen
dalam suatu operon yang terkoordinasi diatur, yaitu, mereka
semua diaktifkan atau ditekan pada tingkat yang sama.
Transkripsi operon, serta gen terisolasi, adalah
dikendalikan oleh interaksi antara polimerase RNA dan
spesifik represor dan protein penggerak. Untuk memulai
transkripsi, bagaimanapun, E. coli RNA polimerase harus dikaitkan
dengan salah satu dari sejumlah kecil
(sigma) faktor,
yang berfungsi sebagai faktor inisiasi. Yang paling umum
dalam sel bakteri
70.

Inisiasi Transkripsi operon lac

Bisa dapat ditekan dan Diaktifkan
Ketika E. coli berada dalam lingkungan yang kurang laktosa, sintesis
mRNA lac ditekan, sehingga energi selular
tidak sia-sia sintesa enzim sel tidak dapat menggunakan. Dalam
lingkungan yang mengandung laktosa dan glukosa, E. coli
sel preferentially memetabolisme glukosa, molekul pusat
metabolisme karbohidrat. Laktosa dimetabolisme di
tingkat tinggi hanya bila laktosa hadir dan sebagian besar glukosa
habis dari medium. Ini penyesuaian metabolik
dicapai dengan represi transkripsi operon lac sampai
laktosa hadir, dan sintesis hanya tingkat rendah lac
mRNA sampai konsentrasi sitosol glukosa jatuh ke
rendah. Transkripsi operon lac bawah berbeda
kondisi yang dikendalikan oleh represor lac dan penggerak katabolit
protein (CAP), yang masing-masing mengikat tertentu
DNA urutan di wilayah kontrol transkripsi-lac (Gambar
4-16, atas).
Untuk transkripsi operon lac untuk memulai, yang
70 subunit
dari RNA polimerase harus mengikat promotor lac,
yang terletak hanya hulu dari lokasi awal. Bila tidak ada laktosa
sekarang, pengikatan represor lac untuk urutan yang disebut
lac operator, yang tumpang tindih awal transkripsi,
blok transkripsi inisiasi oleh polimerase (Gambar
4-16a). Bila laktosa hadir, ia mengikat untuk mengikat tertentu
situs di setiap subunit dari represor lac tetrameric, menyebabkan
perubahan konformasi protein yang membuat terdisosiasi
dari operator lac. Akibatnya, polimerase dapat memulai
transkripsi operon lac. Namun, ketika glukosa juga
hadir, tingkat inisiasi transkripsi (yaitu, jumlah
kali per menit molekul polimerase yang berbeda memulai
transkripsi) sangat rendah, sehingga sintesis hanya rendah
lac tingkat mRNA dan protein yang dikodekan dalam lac
operon (Gambar 4-16b).

Setelah glukosa habis dari media dan intraselular

konsentrasi glukosa jatuh, E. coli sel menanggapi dengan
sintesis AMP siklik, cAMP (lihat Gambar 3-27b). Sebagai
konsentrasi cAMP meningkat, ia mengikat ke situs di masing-masing
subunit protein CAP dimer, menyebabkan konformasi
perubahan yang memungkinkan protein mengikat ke situs CAP
di wilayah kontrol transkripsi-lac. Terikat CAPcAMP
kompleks berinteraksi dengan polimerase terikat pada
promotor, sangat merangsang tingkat inisiasi transkripsi.
Aktivasi Hal ini menyebabkan sintesis tingkat tinggi lac mRNA dan

kemudian dari enzim dikodekan oleh lac

operon (Gambar 4-16c).
Meskipun promotor untuk berbagai pameran E. coli gen
homologi yang cukup besar, urutan yang tepat mereka berbeda. promotor
menentukan urutan tingkat intrinsik di mana sebuah
RNA polimerasekompleks inisiasi transkripsi gen
dalam tidak adanya protein represor atau penggerak. Promotor
yang mendukung tingkat tinggi inisiasi transkripsi disebut
promotor kuat. Mereka yang mendukung rendahnya tingkat transkripsi
inisiasi disebut promotor lemah. The lac
operon, misalnya, memiliki promotor yang lemah; nya rendah intrinsikinisiasi
tingkat selanjutnya dikurangi dengan represor lac dan
meningkat secara substansial pengaktif cAMP-CAP.
Molekul Kecil Mengatur Ungkapan Banyak
Gen bakteri melalui represor DNA-Binding
Transkripsi gen E. coli kebanyakan diatur oleh proses
mirip dengan yang dijelaskan untuk operon lac. Umum
mekanisme melibatkan represor tertentu yang mengikat operator
wilayah suatu gen atau operon, sehingga menghalangi transkripsi
inisiasi. Sebuah molekul kecil (atau molekul), disebut
inducer, mengikat represor, pengawasan yang DNA-binding
kegiatan dan akibatnya tingkat transkripsi yang sesuai
untuk kebutuhan sel.
Misalnya, ketika konsentrasi triptofan dalam
menengah dan sitosol tinggi, sel tidak mensintesis
beberapa enzim dikodekan dalam operon trp. Pengikatan tryptophan
ke represor trp menyebabkan perubahan konformasi
yang memungkinkan protein mengikat kepada operator trp, sehingga
merepresi ekspresi dari enzim yang mensintesis triptofan.
Sebaliknya, jika konsentrasi triptofan dalam
sedang dan sitosol rendah, memisahkan triptofan dari
trp represor, menyebabkan perubahan konformasi dalam protein
yang menyebabkan itu untuk memisahkan dari operator trp, memungkinkan
transkripsi operon trp. Dalam kasus operon lac,
mengikat dari laktosa inducer ke represor lac mengurangi
pengikatan represor untuk operator, sehingga meningkatkan
transkripsi.
Khusus penggerak protein, seperti CAP dalam operon lac,
juga mengendalikan transkripsi beberapa tapi tidak semua gen bakteri.
Ini mengikat aktivator untuk bersama-sama dengan DNA polimerase RNA,
merangsang transkripsi dari promotor tertentu.
Aktivitas DNA-pengikatan penggerak dimodulasi dalam respon
kebutuhan seluler dengan terikatnya molekul kecil khusus

(Misalnya, cAMP) yang mengubah konformasi dari

penggerak.

Transkripsi oleh
54-RNA Polymerase
Apakah Dikendalikan oleh Aktivator Itu Bind Jauh
dari Promotor
Kebanyakan E. coli promotor berinteraksi dengan
70 polimerase-RNA,
bentuk utama dari enzim bakteri. Transkripsi tertentu
kelompok gen, bagaimanapun, adalah dilakukan oleh E. coli RNA
polimerase mengandung salah satu dari beberapa faktor sigma alternatif
yang mengakui urutan konsensus promoter yang berbeda
dari
70 tidak. Semua kecuali satu dari ini terkait dengan
70 secara berurutan.
Inisiasi transkripsi oleh RNA polimerase mengandung
ini
70-faktor-faktor seperti diatur oleh represor dan
aktivator yang mengikat DNA di dekat daerah lokasi polimerase
mengikat, mirip dengan inisiasi oleh
70-RNA polimerase
sendiri.
Urutan satu faktor sigma E. coli,
54, adalah jelas
berbeda dari semua
70-seperti faktor. Turunan
gen dengan RNA polimerase mengandung
54 diatur semata-mata oleh aktivator yang mengikat situs dalam DNA,
disebut
sebagai peningkat, umumnya terletak 80-160 pasangan basa hulu
dari situs awal. Bahkan ketika enhancer dipindahkan
lebih dari kilobase jauh dari situs awal,
54-aktivator
dapat mengaktifkan transkripsi.
Yang terbaik-ditandai
54-penggerak-protein NtrC
(Nitrogen protein regulator C)-menstimulasi transkripsi
dari promotor dari gen glnA. gen ini mengkodekan
enzim glutamin sintetase, yang mensintesis amino
asam glutamin dari asam glutamat dan amonia. The
54 RNA polimerase mengikat promotor glnA tetapi tidak
melelehkan untai DNA dan memulai transkripsi sampai diaktifkan

oleh NtrC, protein dimer. NtrC, pada gilirannya, diatur

oleh protein yang disebut kinase NtrB. Menanggapi rendahnya
tingkat glutamin, NtrB phosphorylates NtrC dimer,
yang kemudian mengikat enhancer sebuah hulu p glnA promotor NtrC
terfosforilasi Enhancer-terikat lalu merangsang
yang
54-polimerase terikat pada promotor untuk memisahkan
untai DNA dan memulai transkripsi. Elektron mikroskop
penelitian telah menunjukkan bahwa NtrC terfosforilasi
terikat pada peningkat dan
54-polimerase terikat pada promotor
langsung berinteraksi, membentuk sebuah loop dalam DNA antara
pengikatan situs (Gambar 4-17). Sebagaimana dibahas dalam Bab 11,
mekanisme aktivasi agak mirip dengan
dominan mekanisme aktivasi transkripsi di
eukariota.
NtrC memiliki aktivitas ATPase, dan hidrolisis ATP diperlukan
untuk aktivasi terikat
54-polimerase oleh terfosforilasi
NtrC. Bukti untuk ini adalah bahwa mutan dengan NtrC cacat
dalam hidrolisis ATP yang selalu rusak dalam merangsang
yang
54-polimerase untuk mencairkan DNA untai di
situs transkripsi dimulai. Hal ini mendalilkan bahwa hidrolisis ATP
pasokan energi yang dibutuhkan untuk melelehkan untai DNA.
Sebaliknya,
70-polimerase tidak memerlukan hidrolisis ATP
untuk memisahkan untaian di situs awal.
Tanggapan Banyak Bakteri Apakah Terkendali
oleh Sistem Pengatur Dua-Komponen
Seperti yang baru saja kita lihat, kontrol gen E. coli glnA tergantung
pada dua protein, NtrC dan NtrB. Seperti dua komponen regulasi
sistem kontrol tanggapan banyak bakteri
perubahan dalam lingkungan mereka. Contoh lain melibatkan
E. coli protein Luang dan PhoB, yang mengatur transkripsi
dalam menanggapi konsentrasi fosfat bebas. Luang adalah
transmembran protein, terletak di membran (plasma) batin,
yang mengikat domain periplasmic fosfat dengan
afinitas moderat dan yang sitosol domain memiliki protein
aktivitas kinase; PhoB adalah protein sitosol.
protein besar pori-pori di membran luar E. coli memungkinkan
ion untuk meredakan bebas antara lingkungan eksternal dan
ruang periplasmic. Akibatnya, ketika fosfat
konsentrasi di lingkungan jatuh, juga jatuh di
ruang periplasmic, menyebabkan fosfat untuk memisahkan dari
domain Luang periplasmic, seperti digambarkan pada Gambar 4-18. Ini

menyebabkan perubahan konformasi dalam domain Luang sitoplasmik

yang mengaktifkan proteinnya aktivitas kinase. The diaktifkan
Luang awalnya transfer a-fosfat? Dari ATP untuk histidin sebuah
sisi rantai dalam domain kinase Luang sendiri. Hal yang sama
fosfat kemudian dipindahkan ke sisi asam aspartat spesifik
rantai di PhoB, mengubah PhoB dari aktif ke aktif
transkripsi penggerak. Terfosforilasi, aktif PhoB lalu
menginduksi transkripsi dari beberapa gen yang membantu sel
mengatasi kondisi fosfat yang rendah.
Banyak tanggapan bakteri lainnya diatur oleh dua protein
dengan homologi untuk Luang dan PhoB. Dalam masing-masing peraturan
sistem, satu protein, disebut sensor, berisi
pemancar domain homolog terhadap protein kinase Luang
domain. Domain pemancar dari protein sensor diatur
oleh domain protein kedua yang unik (misalnya, periplasmic
domain Luang) bahwa perubahan indra lingkungan.
Protein yang kedua, disebut regulator respon, berisi penerima domain

homolog ke daerah PhoB yang

terfosforilasi oleh Luang diaktifkan. Domain penerima
regulator respon dikaitkan dengan domain kedua
yang menentukan fungsi protein tersebut. Kegiatan ini
domain fungsional kedua diatur oleh fosforilasi
domain penerima. Meskipun semua domain pemancar yang
homolog (seperti juga domain penerima), domain pemancar
protein sensor tertentu akan phosphorylate hanya spesifik
penerima domain regulator penanganan khusus,
memungkinkan tanggapan khusus untuk lingkungan yang berbeda
perubahan. Perhatikan bahwa NtrB dan NtrC, dibahas di atas, fungsi
sebagai protein sensor dan respon regulator, masing-masing,
dalam sistem peraturan dua komponen yang mengontrol transkripsi
dari glnA. Mirip dua-komponen histidyl-Aspartyl
sistem peraturan phosphorelay juga ditemukan pada tumbuhan.
4.4 Tiga Peran RNA
in Translation
Meskipun DNA menyimpan informasi untuk sintesis protein
dan mRNA menyampaikan instruksi dikodekan dalam DNA, sebagian besar
kegiatan biologis dilakukan oleh protein. Seperti yang kita lihat
dalam Bab 3, urutan linear asam amino pada protein masing-masing
menentukan struktur tiga-dimensi dan aktivitas. Untuk
alasan ini, perakitan asam amino dalam urutan yang benar mereka,
seperti yang dikodekan dalam DNA, sangat penting untuk produksi fungsional
protein dan karenanya berfungsinya sel dan
organisme.
Terjemahan adalah seluruh proses dimana nukleotida
urutan mRNA yang digunakan untuk ketertiban dan untuk bergabung dengan

amino
asam dalam rantai polipeptida (lihat Gambar 4-1, langkah 3). Dalam eukariotik
sel, sintesis protein terjadi pada sitoplasma,
di mana tiga jenis molekul RNA datang bersama-sama untuk melakukan
berbeda namun koperasi fungsi (Gambar 4-19):
1. Messenger RNA (mRNA) membawa informasi genetik
ditranskripsi dari DNA dalam bentuk rangkaian threenucleotide
urutan, disebut kodon, yang masing-masing menetapkan
asam amino tertentu.
2. Transfer RNA (tRNA) adalah kunci untuk menguraikan
kodon di mRNA. Setiap jenis asam amino sendiri
subset dari tRNA, yang mengikat asam amino dan membawanya
ke akhir tumbuh dari sebuah rantai polipeptida jika kodon berikutnya
dalam mRNA panggilan untuk itu. The tRNA yang benar dengan dipasang nya
asam amino dipilih pada setiap langkah karena masing-masing spesifik
molekul tRNA mengandung urutan tiga nukleotida, sebuah
antikodon, yang bisa basa-pasangan dengan kodon pelengkap
di mRNA.
3. Ribosomal RNA (rRNA) asosiasi dengan satu set
protein untuk membentuk ribosom. Struktur kompleks ini,
yang secara fisik bergerak sepanjang molekul mRNA, mengkatalisasi
perakitan asam amino ke rantai polipeptida. Mereka
juga mengikat protein tRNA dan berbagai aksesori yang diperlukan
untuk sintesis protein. Ribosom terdiri dari yang besar
dan subunit kecil, masing-masing berisi rRNA sendiri molekul atau molekul.

Ketiga jenis RNA berpartisipasi dalam terjemahan dalam semua

sel. Memang, pengembangan tiga fungsional yang berbeda
RNA mungkin kunci molekuler asal usul kehidupan.
Bagaimana struktur dari setiap RNA berhubungan dengan tugas tertentu
adalah
diuraikan dalam bagian ini, bagaimana ketiga jenis bekerja sama,
bersama dengan faktor protein yang diperlukan, untuk mensintesis
protein
rinci pada bagian berikut. Karena terjemahan penting
untuk sintesis protein, dua proses yang biasa disebut
untuk bergantian. Namun demikian, rantai polipeptida
yang timbul dari penjabaran menjalani lipat pasca-translasi
dan sering perubahan lain (misalnya, modifikasi kimia, asosiasi
dengan rantai lainnya) yang dibutuhkan untuk produksi
dewasa, fungsional protein (Bab 3).
Messenger RNA Gelar Informasi dari DNA
dalam Tiga Huruf Kode genetik
Seperti disebutkan di atas, kode genetik yang digunakan oleh sel adalah

triplet
kode, dengan setiap urutan tiga nukleotida, atau kodon, yang
"Membaca" dari titik awal yang ditetapkan dalam mRNA. Dari
64 kodon mungkin dalam kode genetik, 61 tentukan individu
asam amino dan tiga kodon stop. Tabel 4-1 menunjukkan bahwa
asam amino yang paling dikodekan oleh lebih dari satu kodon.
Hanya dua-metionin dan triptofan-memiliki satukodon; di ekstrim yang
lain, leusin, serin, dan arginin yang
masing-masing ditetapkan oleh enam kodon yang berbeda. Perbedaan
kodon
untuk asam amino yang diberikan dikatakan sinonim. Kode
sendiri disebut merosot, yang berarti bahwa lebih dari satu
kodon dapat menentukan asam amino yang sama.
Sintesis semua rantai polipeptida di prokariotik dan eukariotik
sel dimulai dengan asam amino metionin. Di sebagian besar
mRNA, start (inisiator) kodon menentukan ini aminoterminal
metionin adalah Agustus Dalam beberapa bakteri mRNA,
Gug digunakan sebagai kodon inisiator, dan kadang-kadang CUG
digunakan sebagai kodon inisiator untuk metionin pada eukariota.
Ketiga kodon UAA, UGA, UAG dan tidak menentukan
asam amino tetapi merupakan menghentikan (terminasi) kodon yang
menandai ujung karboksil rantai polipeptida di hampir
semua sel. Urutan kodon yang berjalan dari tertentu mulai kodon ke kodon
stop disebut reading frame. Ini
tepat linear array ribonucleotides dalam kelompok tiga di
mRNA menentukan urutan linier yang tepat dari asam amino pada
rantai polipeptida dan juga sinyal di mana sintesis dari
rantai mulai dan berhenti.
Karena kode genetik koma-kurang, tidak tumpang tindih
kode triplet, sebuah mRNA tertentu secara teoritis dapat diterjemahkan
dalam tiga frame pembacaan yang berbeda. Memang beberapa mRNA
telah ditunjukkan untuk mengandung informasi tumpang tindih yang dapat
diterjemahkan dalam bingkai membaca yang berbeda, menghasilkan berbeda
polipeptida (Gambar 4-20). Sebagian besar mRNA,
Namun, dapat dibaca hanya dalam satu frame karena kodon stop
ditemui di dua frame bacaan lainnya mungkin mengakhiri
terjemahan sebelum protein fungsional diproduksi. Lain
pengaturan coding yang tidak biasa terjadi karena frame-pergeseran. Dalam hal
ini mesin sintesis protein mungkin
membaca empat nukleotida sebagai satu asam amino dan kemudian
melanjutkan
membaca kembar tiga, atau mungkin kembali ke atas satu dasar dan membaca
semua berhasil
kembar tiga dalam bingkai baru sampai berakhirnya rantai
terjadi. Frameshifts ini bukan peristiwa biasa, tetapi beberapa

lusin contoh tersebut diketahui.

Arti dari masing-masing kodon adalah sama di paling dikenal
organisme-argumen yang kuat bahwa kehidupan di bumi berevolusi
hanya sekali. Namun, kode genetik telah ditemukan untuk berbeda
untuk beberapa kodon di mitokondria banyak, protozoa bersilia,
dan dalam Acetabularia, tanaman bersel satu. Seperti yang ditunjukkan
pada Tabel 4-2, sebagian besar perubahan ini melibatkan pembacaan normal
stop kodon sebagai asam amino, bukan pertukaran satu
asam amino yang lain. Ini pengecualian untuk kode umum
mungkin kemudian perkembangan evolusi, yaitu, tanpa
waktu tunggal kode selamanya disimpan tetap, meskipun besar
perubahan tidak ditolerir sekali kode umum mulai
fungsi awal dalam evolusi.
Yang Dilipat Struktur tRNA Meningkatkan
Its Decoding Fungsi
Terjemahan, atau decoding, dari bahasa empat nukleotida
DNA dan mRNA ke dalam bahasa asam amino 20-protein
membutuhkan tRNA dan enzim yang disebut aminoasil-tRNA
synthetases. Untuk berpartisipasi dalam sintesis protein, molekul tRNA
harus menjadi kimia dihubungkan dengan amino tertentu
asam melalui ikatan energi tinggi, membentuk sebuah-tRNA aminoasil;
yang antikodon di tRNA kemudian dasar-pasang dengan kodon di
mRNA sehingga asam amino diaktifkan dapat ditambahkan ke
tumbuh rantai polipeptida (Gambar 4-21).
Beberapa 30-40 tRNA yang berbeda telah diidentifikasi dalam
sel bakteri dan sebanyak 50-100 pada hewan dan tumbuhan
sel. Dengan demikian jumlah tRNA dalam sel kebanyakan lebih
dari jumlah asam amino yang digunakan dalam sintesis protein
(20) dan juga berbeda dari jumlah asam amino
kodon dalam kode genetik (61). Akibatnya, banyak
asam amino memiliki lebih dari satu tRNA yang mereka dapat
melampirkan (menjelaskan bagaimana bisa ada lebih dari tRNA
asam amino), di samping itu, banyak tRNA dapat memasangkan dengan
lebih dari satu kodon (menjelaskan bagaimana bisa ada lebih
kodon dari tRNA).
Fungsi dari molekul tRNA, yang 70-80 nukleotida
panjang, tergantung pada mereka tepat tiga dimensi
struktur. Dalam larutan, semua molekul tRNA lipat menjadi serupa
batang-loop pengaturan yang menyerupai daun semanggi ketika
ditarik dalam dua dimensi (Gambar 4-22a). Empat batang
pendek heliks ganda distabilkan oleh Watson-Crick base pasangan;
tiga dari empat batang telah loop berisi tujuh atau delapan
basis di tujuan mereka, sementara batang, sisa unlooped berisi
bebas 3? dan 5? ujung rantai. Tiga nukleotida
menyusun antikodon yang berada di pusat
dari lingkaran tengah, dalam posisi yang dapat diakses yang memfasilitasi

kodon-antikodon basis pasangan. Dalam semua tRNA, 3? akhir

batang asam amino akseptor unlooped urutan
CCA, yang dalam banyak kasus ditambahkan setelah sintesis dan pengolahan
dari tRNA adalah lengkap. Beberapa basis di sebagian besar
tRNA juga dimodifikasi setelah sintesis. Dilihat dalam tiga dimensi, molekul

tRNA dilipat memiliki bentuk L dengan

loop antikodon dan akseptor membentuk batang ujung
dua lengan (Gambar 4-22b).
Base tidak standar Memasangkan Sering Terjadi Antara
Kodon dan Anticodons
Jika sempurna Watson-Crick base pasangan dituntut antara
kodon dan anticodons, sel-sel harus berisi tepat 61
tRNA yang berbeda spesies, satu untuk setiap kodon yang menentukan
sebuah asam amino. Seperti disebutkan di atas, bagaimanapun, banyak
mengandung sel-sel
kurang dari 61 tRNA. Penjelasan untuk jumlah yang lebih kecil
terletak pada kemampuan suatu antikodon tRNA tunggal untuk mengenali
lebih dari satu, tetapi belum tentu setiap kodon yang sesuai
untuk asam amino yang diberikan. Pengakuan yang lebih luas dapat
terjadi karena
dari pasangan tidak standar antara dasar dalam apa yang disebut
goyangan posisi: yaitu, yang ketiga (? 3) dasar dalam suatu kodon mRNA
dan dasar yang sesuai pertama (5?) dalam antikodon tRNA nya.
Yang pertama dan kedua basis dari kodon hampir selalu
membentuk pasangan basa Watson-Crick standar dengan ketiga dan
kedua basis, masing-masing, dari antikodon yang sesuai,
tapi empat interaksi yang tidak standar dapat terjadi antara dasar
dalam posisi bergetar. Terutama penting adalah GA U
pasangan basa, yang secara struktural hampir cocok serta standar
GA C pasangan. Jadi, antikodon diberikan dalam tRNA dengan G di
posisi (goyangan) pertama dapat dasar-pasangan dengan dua terkait
kodon yang telah baik pirimidin (C atau U) dalam
ketiga posisi (Gambar 4-23). Misalnya, fenilalanin yang
kodon UUU dan UUC (5 n3) keduanya diakui oleh
tRNA yang memiliki GAA (5 n3) sebagai antikodon tersebut. Bahkan,
setiap
dua kodon dari jenis NNPyr (N dasar apapun; PYR
pirimidin) menyandikan asam amino tunggal dan yang diterjemahkan oleh
sebuah tRNA tunggal dengan G dalam posisi (goyangan) pertama dari
antikodon.
Meskipun adenin jarang ditemukan dalam antikodon yang bergetar

posisi, tRNA banyak tanaman dan hewan mengandung inosin (I), produk
deaminated dari adenin, pada posisi ini. Inosin
dapat membentuk pasangan basa tidak standar dengan A, C, dan U. A
tRNA dengan inosin dalam posisi goyangan sehingga dapat mengenali
kodon mRNA yang sesuai dengan A, C, atau U di ketiga
(Goyangan) posisi (lihat Gambar 4-23). Untuk alasan ini, inosinecontaining
tRNA yang banyak digunakan dalam terjemahan
kodon sinonim yang menentukan asam amino tunggal. Misalnya,
empat dari enam kodon untuk leusin (CUA, CUC, Cuu,
dan UUA) semua diakui oleh tRNA yang sama dengan yang antikodon
? 3-GAI-5, inosin dalam bentuk posisi bergetar?
tidak standar dasar pasangan dengan dasar ketiga dalam empat kodon.
Dalam kasus kodon UUA, tidak standar G U juga pasangan
bentuk antara posisi 3 dari antikodon dan posisi 1 dari kodon tersebut.
Aminoasil-tRNA Synthetases Aktifkan Amino
Asam oleh kovalen Menghubungkan Mereka untuk tRNA
Pengakuan dari kodon atau kodon menentukan diberikan amino
asam oleh tRNA tertentu sebenarnya langkah kedua di decoding
pesan genetik. Langkah pertama, lampiran
asam amino yang tepat untuk tRNA, adalah dikatalisis oleh tertentu
aminoasil-tRNA sintetase. Masing-masing dari 20 synthetases berbeda
mengakui satu asam amino dan semua yang kompatibel, atau
kognitif, tRNA. Enzim ini kopling link asam amino
ke 2 gratis? atau 3? hidroksil dari adenosin di 3? ujung penghabisan
molekul tRNA oleh reaksi-ATP yang membutuhkan. Dalam
reaksi ini, asam amino yang dikaitkan dengan tRNA dengan sebuah berenergi
tinggi
obligasi dan demikian dikatakan diaktifkan. Energi
obligasi ini kemudian drive pembentukan ikatan peptida
menghubungkan asam amino yang berdekatan dalam rantai polipeptida yang
sedang tumbuh.
Keseimbangan reaksi aminoacylation didorong lebih lanjut
terhadap aktivasi asam amino oleh hidrolisis dari
energi tinggi phosphoanhydride ikatan di pirofosfat dirilis
(Lihat Gambar 4-21).
Karena beberapa asam amino yang sangat mirip secara struktural,
synthetases aminoasil-tRNA terkadang membuat kesalahan.
Ini adalah dikoreksi, namun, oleh enzim sendiri,
yang mempunyai aktivitas proofreading yang memeriksa mereka sesuai dengan
di
mengikat asam amino saku. Jika asam amino yang salah menjadi
menempel pada tRNA, yang mengkatalisis sintetase terikat
penghapusan asam amino dari tRNA tersebut. Fungsi ini penting
membantu menjamin bahwa tRNA memberikan yang benar amino

asam ke mesin sintesis protein. Kesalahan keseluruhan

tarif terjemahan dalam E. coli sangat rendah, sekitar 1 per
50.000 kodon, bukti pentingnya proofreading
oleh synthetases aminoasil-tRNA.

Ribosom Apakah Protein-Mesin Usaha menghasilkan

Jika banyak komponen yang berpartisipasi dalam menerjemahkan
mRNA harus berinteraksi dalam larutan bebas, kemungkinan simultan
tabrakan yang terjadi akan sangat rendah sehingga
tingkat polimerisasi asam amino akan sangat lambat. The
efisiensi terjemahan sangat meningkat pengikatan
mRNA dan aminoasil individu-tRNA yang paling berlimpah RNA-protein
kompleks dalam sel, ribosom,
yang mengarahkan pemanjangan polipeptida di tingkat tiga sampai
lima asam amino tambah per detik. Kecil protein
100-200 asam amino sehingga menjadi dalam satu menit atau kurang.
Di sisi lain, dibutuhkan 2-3 jam untuk membuat yang terbesar
dikenal protein, Titin, yang ditemukan dalam otot dan mengandung
sekitar 30.000 residu asam amino. Mesin seluler yang
menyelesaikan tugas ini harus tepat dan gigih.
Dengan bantuan mikroskop elektron, ribosom yang
pertama kali ditemukan sebagai kecil, diskrit, partikel RNA-kaya akan sel
bahwa jumlah besar mengeluarkan protein. Namun, mereka berperan dalam
sintesis protein tidak diakui sampai cukup murni
persiapan ribosom diperoleh. In vitro radiolabeling
percobaan dengan preparat seperti itu menunjukkan bahwa radioaktif
asam amino pertama dimasukkan ke dalam tumbuh polipeptida
rantai yang berhubungan dengan ribosom sebelum muncul
dalam rantai selesai.
ribosom adalah terdiri dari tiga (pada bakteri) atau empat (dalam
eukariota) molekul rRNA yang berbeda dan sebanyak 83
protein, diatur dalam sebuah subunit besar dan subunit kecil
(Gambar 4-24). Para ribosomal subunit dan molekul rRNA
biasanya ditunjuk dalam satuan Svedberg (S), sebuah
mengukur laju sedimentasi dari partikel-cen trifuged dalam kondisi standar.

Kecil ribosom
subunit berisi molekul rRNA tunggal, disebut sebagai kecil
rRNA. Subunit besar berisi molekul rRNA besar
dan satu molekul 5S rRNA, ditambah dengan molekul tambahan
dari 5.8S rRNA di vertebrata. Panjang dari molekul rRNA,
jumlah protein dalam setiap subunit, dan akibatnya
ukuran dari subunit berbeda dalam bakteri dan
sel eukariotik. Ribosom 70S yang dirakit pada bakteri
dan 80S dalam vertebrata. Tapi yang lebih menarik daripada perbedaanperbedaan ini
adalah kesamaan struktural dan fungsional besar

antara ribosom dari semua spesies. konsistensi Ini adalah satu lagi
refleksi dari asal evolusi umum dari
paling mendasar konstituen sel hidup.
Urutan dari rRNA kecil dan besar dari beberapa
ribu organisme yang sekarang dikenal. Meskipun utama
urutan nukleotida rRNA ini sangat bervariasi, yang
bagian yang sama dari masing-masing jenis rRNA secara teoritis dapat
membentuk basepaired
batang-loop, yang akan menghasilkan tiga dimensi yang sama
struktur untuk setiap rRNA dalam semua organisme. The
sebenarnya tiga-dimensi struktur rRNA bakteri dari
Thermopolis Thermus baru-baru ini telah ditentukan oleh Xray
kristalografi dari ribosom 70S. Multiple, banyak
ribosomal protein yang lebih kecil untuk sebagian besar berkaitan dengan
permukaan rRNA. Meskipun jumlah protein
molekul dalam ribosom sangat melebihi jumlah
molekul RNA, RNA merupakan sekitar 60 persen dari
mass dari ribosom.
Selama terjemahan, bergerak ribosom sepanjang mRNA
rantai, berinteraksi dengan berbagai faktor protein tRNA
dan sangat mungkin mengalami perubahan konformasi besar.
Meskipun kompleksitas ribosom, kemajuan besar telah
telah dibuat dalam menentukan struktur keseluruhan bakteri
ribosom dan dalam mengidentifikasi berbagai situs reaktif. Sinar X
Studi kristalografi pada T. thermophilus ribosom 70S,
misalnya, tidak hanya telah mengungkapkan dimensi
dan bentuk keseluruhan dari subunit ribosomal tetapi juga memiliki lokal
posisi tRNA terikat pada ribosom selama
mulur rantai protein tumbuh. Selain itu, kuat
kimia teknik seperti footprinting, yang dijelaskan
di Bab 11, telah digunakan untuk mengidentifikasi spesifik
urutan nukleotida pada rRNA yang mengikat protein atau yang lain
RNA. Sekitar 40 tahun setelah penemuan awal ribosom,
mereka keseluruhan struktur dan berfungsi selama
sintesis protein akhirnya menjadi jelas, seperti yang kita menjelaskan di
seksi berikutnya.
4.5 Stepwise Sintesis Protein
pada Ribosom
Bagian-bagian sebelumnya telah memperkenalkan peserta utama
dalam sintesis protein-mRNA, tRNA aminoacylated, dan ribosom
mengandung rRNA besar dan kecil. Kami sekarang mengambil
rinci melihat bagaimana komponen ini dibawa bersama-sama

untuk melaksanakan peristiwa biokimia yang mengarah ke pembentukan

polipeptida rantai pada ribosom. Mirip dengan transkripsi,
proses kompleks terjemahan dapat dibagi menjadi tiga
tahap-inisiasi, elongasi, dan terminasi-yang kita
dipertimbangkan dalam rangka. Kami fokus deskripsi kami pada
terjemahan dalam
eukariotik sel, tetapi mekanisme terjemahan secara fundamental
sama pada semua sel.
Methionyl-tRNAi
Met Mengakui Agustus yang
Mulai Codon
Sebagaimana dicatat sebelumnya, Agustus kodon untuk fungsi metionin
sebagai kodon start di sebagian besar mRNA. Sebuah kritis
aspek inisiasi terjemahan adalah untuk memulai sintesis protein di
kodon awal, sehingga membentuk bacaan yang benar
frame untuk seluruh mRNA. Baik prokariota dan eukariota
mengandung dua tRNA metionin yang berbeda: tRNAi
Met dapat
memulai sintesis protein, dan tRNAMet dapat menggabungkan metionin
hanya menjadi sebuah rantai protein tumbuh. Hal yang sama
sintetase aminoasil-tRNA (MetRS) biaya baik tRNA
dengan metionin. Tapi hanya Met-tRNAi
Met (yakni, metionin diaktifkan
melekat pada tRNAi
Met mengikat) dapat di sesuai
situs pada subunit ribosom kecil, situs P, untuk memulai sintesis
dari rantai polipeptida. The Met biasa-tRNAMet dan
semua tRNA mengikat lainnya yang dikenakan hanya ke situs lain
ribosom,
situs A, seperti dijelaskan kemudian.
Inisiasi Terjemahan Biasanya Terjadi Dekat
Pertama Agustus terdekat ke 5? Akhir dari suatu mRNA
Selama tahap pertama dari terjemahan, ribosom yang merakit,
dikomplekskan dengan mRNA dan tRNA inisiator diaktifkan,
yang benar diposisikan pada kodon start. Besar dan
subunit ribosomal kecil tidak secara aktif terlibat dalam terjemahan
disimpan terpisah dengan mengikat dua faktor inisiasi, ditunjuk
eIF3 dan eIF6 pada eukariota. Sebuah preinitiation terjemahan
kompleks terbentuk ketika subunit kompleks-eIF3 40S
terikat oleh eIF1A dan kompleks terner dari MettRNAi
Met, eIF2, dan GTP (Gambar 4-25, langkah 1). Sel dapat mengatur

sintesis protein oleh phosphorylating residu serin

pada eIF2 terikat PDB; kompleks terfosforilasi adalah
tidak dapat menukar PDB terikat untuk GTP dan tidak dapat
mengikat Met-tRNAi
Met, sehingga menghambat sintesis protein.
Selama inisiasi terjemahan, 5? tutup mRNA untuk menjadi
diterjemahkan terikat oleh subunit eIF4E dari eIF4 capbinding
kompleks. MRNA-eIF4 kompleks kemudian asosiasi
dengan kompleks preinitiation melalui interaksi antara
eIF4G subunit dan eIF3, membentuk kompleks inisiasi (Gambar
4-25, langkah 2). Kompleks inisiasi maka mungkin slide
bersama, atau scan, mRNA diasosiasikan sebagai kegiatan helikase
dari eIF4A menggunakan energi dari hidrolisis ATP untuk melepas lelah
struktur sekunder RNA. Memindai berhenti ketika
tRNAi
Met antikodon mengakui kodon start, yang merupakan
hilir dari 5 pertama Agustus? akhir di sebagian eukariot
mRNA (langkah 3). Pengakuan dari kodon mulai mengarah ke hidrolisis
dari GTP terkait dengan eIF2, langkah tidak dapat diubah
yang mencegah lebih lanjut pemindaian. Pemilihan Agustus memulai
difasilitasi oleh nukleotida sekitarnya khusus disebut
Urutan Kozak, untuk Marilyn Kozak, yang didefinisikan itu: (? 5)
ACCAUGG (3?). A sebelum Agustus (digarisbawahi) dan
G segera setelah itu adalah nukleotida yang paling penting
mempengaruhi efisiensi terjemahan inisiasi. Setelah
kecil ribosom subunit dengan terikatnya Met-tRNAi
Met benar
diposisikan pada kodon start, persatuan dengan yang besar (60s)
subunit ribosomal melengkapi pembentukan ribosom 80S.
Hal ini memerlukan tindakan faktor lain (eIF5) dan hidrolisis dari GTP terkait

dengan itu (langkah 4). Kopling bergabung

reaksi hidrolisis GTP membuat hal ini merupakan langkah tidak dapat
diubah, sehingga
bahwa subunit ribosom tidak memisahkan sampai seluruh
mRNA diterjemahkan dan sintesis protein berakhir. Seperti dijelaskan
kemudian, selama perpanjangan rantai, yang tumbuh polipeptida
tetap melekat pada tRNA di situs ini P dalam ribosom.
Mesin sintesis protein eukariotik dimulai
terjemahan mRNA seluler yang paling dalam waktu sekitar 100 nukleotida
dari 5? capped akhir hanya sebagai dijelaskan. Namun,
beberapa mRNA seluler berisi situs entri internal ribosom
(IRES) terletak jauh hilir dari 5? akhir. Selain itu,
terjemahan dari beberapa mRNA virus, yang tidak memiliki 5? topi,
dimulai

di IRESs oleh mesin host-sel eukariotik yang terinfeksi

sel. Beberapa faktor inisiasi terjemahan yang sama
yang membantu dalam ribosom memindai dari 5? topi diperlukan
untuk mencari sebuah kodon Agustus mulai internal, tapi persis
bagaimana
IRES diakui kurang jelas. Hasil terbaru menunjukkan bahwa
beberapa IRESs lipat menjadi struktur RNA yang mengikat sepertiga
situs pada ribosom, situs E, sehingga posisi yang dekat
Agustus internal mulai kodon di situs P.
Pemanjangan Selama Rantai Setiap masuk
Aminoasil-tRNA Moves Melalui
Tiga ribosomal Situs
The eukariotik posisi yang benar 80S ribosom-MettRNAi
Met kompleks sekarang siap untuk memulai tugas stepwise
penambahan asam amino oleh terjemahan di-bingkai
mRNA. Seperti halnya dengan inisiasi, satu set protein khusus,
faktor elongasi disebut (EF), diperlukan untuk melaksanakan
proses panjang rantai. Langkah-langkah kunci dalam perpanjangan yang
masuknya tiap-aminoasil berhasil tRNA, pembentukan
ikatan peptida, dan gerakan, atau translokasi, dari
ribosom satu kodon pada waktu sepanjang mRNA. Pada penyelesaian
inisiasi penerjemahan, seperti dicatat sudah,
Met-tRNAi
Met terikat ke situs P di dirakit
Ribosom 80S (Gambar 4-26, atas). Kawasan ini ribosom
disebut situs P karena tRNA yang kimia terkait dengan
rantai polipeptida tumbuh adalah terletak di sini. Yang kedua aminoasiltRNA dibawa ke dalam ribosom sebagai terner
kompleks dalam hubungan dengan EF1? GTP? dan menjadi terikat
ke situs A, dinamakan demikian karena itu adalah tempat aminoacylated
tRNA mengikat (langkah 1). Jika antikodon dari masuk (kedua)
aminoasil-tRNA benar base-pasangan dengan kedua
kodon pada mRNA, yang GTP di EF1 terkait?? GTP
terhidrolisis. Hidrolisis dari GTP mempromosikan konformasi
perubahan dalam ribosom yang mengarah ke ketat mengikat
tRNA-aminoasil di situs A dan pelepasan yang dihasilkan
EF1? PDB kompleks (langkah 2)?. Perubahan konformasi
juga posisi 3 aminoacylated? akhir tRNA di A
lokasi di dekat ke 3? akhir-Met tRNAi
Bertemu di
P situs. hidrolisis GTP, dan karenanya ketat mengikat, tidak
terjadi jika antikodon dari tRNA aminoasil masuk-tidak bisa
base-pasangan dengan kodon di situs A. Dalam hal ini,

kompleks terner berdifusi pergi, meninggalkan sebuah situs yang kosong A

dapat mengaitkan dengan lainnya aminoacyltRNA-EF1? kompleks? GTP
sampai tRNA dengan benar dasar-dipasangkan terikat. Fenomena ini
memberikan kontribusi untuk kesetiaan dengan yang benar
aminoasil-tRNA dimuat ke dalam situs A.
Dengan memulai Met-tRNAi
Ditemui di lokasi P dan
kedua aminoasil-tRNA terikat erat di tempat A,?
gugus amino dari asam amino kedua bereaksi dengan "diaktifkan"
(Ester-linked) metionin pada tRNA inisiator,
membentuk ikatan peptida (Gambar 4-26, langkah 3; Angka lihat
4-19 dan 4-21). Reaksi ini dikatalisis peptidyltransferase
oleh rRNA besar, yang justru berorientasi berinteraksi dengan
atom, memungkinkan reaksi untuk melanjutkan. Kemampuan katalitik
dari rRNA besar di bakteri telah ditunjukkan oleh
hati-hati mengeluarkan sebagian besar protein dari
ribosom subunit besar. The 23S bakteri hampir murni
rRNA dapat mengkatalisis reaksi peptidyltransferase antara
analog aminoacylated-tRNA dan peptidil-tRNA. Lebih lanjut
dukungan untuk peran katalitik dari rRNA besar dalam sintesis protein
berasal dari studi kristalografi menunjukkan bahwa tidak ada
protein terletak dekat lokasi sintesis peptida ikatan dalam kristal
struktur subunit besar bakteri.

Setelah sintesis ikatan peptida, ribosom

translokasi sepanjang mRNA jarak yang sama dengan satu
kodon. Langkah translokasi dipromosikan oleh hidrolisis
dari GTP di EF2 eukariotik? GTP. Sebagai hasil dari
translokasi, tRNAi
Met, sekarang tanpa metionin aktif nya,
dipindahkan ke situs (exit) E pada ribosom;
bersamaan, tRNA kedua, sekarang kovalen terikat
sebuah dipeptida (a-peptidil tRNA), dipindahkan ke situs P
(Gambar 4-26, langkah 4). Translokasi sehingga mengembalikan ribosom
konformasi ke negara di mana situs A adalah
terbuka dan dapat menerima lain tRNA aminoacylated
dikomplekskan dengan EF1? GTP?, awal siklus lain
rantai perpanjangan.
Pengulangan siklus elongasi digambarkan pada Gambar 4-26
menambahkan satu asam amino pada suatu waktu untuk C-terminus dari
polipeptida yang sedang tumbuh sebagaimana diarahkan oleh urutan
mRNA
sampai kodon stop ditemui. Pada siklus berikutnya,
perubahan konformasi yang terjadi pada langkah 2 akan mengeluarkan
unacylated tRNA dari situs E. Sebagai polipeptida baru lahir

rantai menjadi lebih panjang, itu benang melalui saluran dalam

ribosom subunit besar, keluar pada posisi sebaliknya
samping yang berinteraksi dengan subunit kecil (Gambar 4-27).
Lokasi tRNA terikat di lokasi A, P, dan E
terlihat dalam struktur kristal baru-baru ini ditentukan dari bakteri
ribosom (Gambar 4-28). pasangan Base juga jelas
antara tRNA di lokasi A dan P dengan masing-masing
kodon di mRNA (lihat Gambar 4-28, sisipan). Sebuah RNA-RNA
hibrida hanya tiga pasangan basa tidak stabil di bawah kondisi fisiologis.
Namun, beberapa interaksi antara
besar dan kecil rRNA dan umum domain dari tRNA
(misalnya, D dan T
Loop CG) menstabilkan tRNA di A
dan situs P, sementara lainnya RNA-RNA interaksi rasa yang benar
kodon-antikodon basis pasangan, memastikan bahwa kode genetik
dibaca dengan benar.

Terjemahan Apakah Diberhentikan oleh Faktor Release

Ketika Codon Berhenti Apakah Tercapai
Tahap akhir terjemahan, seperti inisiasi dan elongasi,
membutuhkan sinyal molekul yang sangat spesifik yang menentukan
nasib
kompleks mRNA-ribosom-tRNA-peptidil. Dua jenis
faktor rilis protein spesifik (RFS) telah ditemukan.
Eukariotik eRF1, yang bentuknya mirip dengan tRNA,
tampaknya bertindak dengan mengikat ribosom situs A dan mengakui
kodon berhenti langsung. Seperti beberapa inisiasi dan
faktor elongasi dibahas sebelumnya, yang kedua eukariotik
rilis faktor, eRF3, adalah protein GTP-mengikat. The
eRF3? GTP bertindak dalam konser dengan eRF1 untuk mempromosikan
pembelahan
the-peptidil tRNA, sehingga melepaskan protein selesai rantai (Gambar 429). Bakteri memiliki dua faktor rilis (RF1
dan RF2) yang secara fungsional analog dengan eRF1 dan
Mengikat GTP-faktor (RF3) yang analog dengan eRF3.
Setelah dibebaskan dari ribosom, yang baru disintesis
lipatan protein ke dalam konformasi asli tiga-dimensi,
proses difasilitasi oleh protein lain yang disebut chaperone
(Bab 3). faktor rilis tambahan kemudian mempromosikan disosiasi
ribosom, membebaskan sub-unit, mRNA, dan terminal
tRNA untuk putaran lain terjemahan.
Kita sekarang bisa melihat bahwa satu atau lebih protein GTP-binding
berpartisipasi dalam setiap tahap penerjemahan. Protein ini milik
ke superfamili GTPase protein saklar yang siklus

antara bentuk aktif GTP-terikat dan PDB-terikat tidak aktif

bentuk (lihat Gambar 3-29). Hidrolisis dari GTP terikat
diduga menyebabkan perubahan konformasi dalam GTPase sendiri
atau lainnya yang terkait protein yang sangat penting untuk berbagai
kompleks
molekul proses. Dalam inisiasi penerjemahan, misalnya,
hidrolisis GTP eIF2 untuk eIF2? PDB mencegah? lebih lanjut
pemindaian mRNA sekali situs mulai yang dihadapi dan
memungkinkan pengikatan ribosom subunit besar ke kecil
subunit (lihat Gambar 4-25, step 3). Demikian pula, hidrolisis EF2 GTP
untuk EF2 PDB selama elongasi rantai menyebabkan
translokasi ribosom sepanjang mRNA (lihat Gambar
4-26, langkah 4).
Polysomes dan Daur Ulang Ribosom cepat
Meningkatkan Efisiensi Terjemahan
Seperti disebutkan sebelumnya, terjemahan dari mRNA eukariotik tunggal
molekul untuk menghasilkan protein yang khas berukuran membutuhkan 30-60
detik.
Dua fenomena secara signifikan meningkatkan tingkat keseluruhan
di mana sel-sel dapat mensintesis protein: yang simultan
terjemahan molekul mRNA tunggal dengan beberapa ribosom
dan cepat daur ulang subunit ribosomal setelah mereka melepaskan diri dari

3? akhir sebuah mRNA. Terjemahan simultan

dari suatu mRNA dengan ribosom multiple mudah diamati
di mikrograf elektron dan dengan analisis sedimentasi,
mRNA melekat pada ribosom mengungkapkan beberapa bantalan
mulai lahir rantai polipeptida yang sedang tumbuh. Struktur ini, dimaksud
sebagai polyribosomes atau polysomes, dianggap tidak melingkar
mikrograf elektron dalam beberapa jaringan. Berikut
penelitian dengan sel-sel ragi menjelaskan bentuk melingkar
polyribosomes
dan menyarankan mode dimana ribosom daur ulang
efisien.
Studi ini mengungkapkan bahwa beberapa salinan dari sitosol
protein yang ditemukan di semua sel eukariotik protein, poli (A)-mengikat
(PABPI), dapat berinteraksi dengan mRNA ekor poli (A) dan
subunit 4G ragi eIF4. Selain itu, subunit 4E dari
ragi eIF4 mengikat ke 5? akhir sebuah mRNA. Sebagai hasil dari
interaksi ini, kedua ujung sebuah molekul mRNA dapat
dijembatani oleh protein intervensi, membentuk sebuah "lingkaran"
mRNA (Gambar 4-30). Karena kedua ujung sebuah polysome
relatif berdekatan, subunit ribosomal bahwa melepaskan
dari 3? akhir diposisikan di dekat 5? akhir, memfasilitasi

ulang-inisiasi oleh interaksi dari subunit 40S dengan

eIF4 terikat pada 5? topi. Jalur melingkar digambarkan dalam
Gambar 4-31, yang dapat beroperasi dalam sel eukariotik banyak,
ribosom akan meningkatkan daur ulang dan dengan demikian
meningkatkan efisiensi
sintesis protein.
4.6 Replikasi DNA
Sekarang kita telah melihat bagaimana genetik informasi yang dikodekan dalam
urutan nukleotida dari DNA diterjemahkan ke dalam struktur
protein yang melakukan sebagian besar fungsi sel, kita dapat menghargai
perlunya penyalinan tepat DNA
urutan selama replikasi DNA (lihat Gambar 4-1, langkah 4).
Pasangan teratur basa dalam struktur DNA heliks ganda
disarankan untuk Watson dan Crick yang baru DNA untai
disintesis dengan menggunakan (orang tua) helai yang ada
template dalam pembentukan baru, putri untai komplementer
ke untaian orangtua.
Model template base-pasangan secara teoritis dapat melanjutkan
baik oleh konservatif atau mekanisme semikonservatif.
Dalam mekanisme konservatif, dua putri alur
akan membentuk double-stranded baru (dupleks) molekul DNA
dan duplex orangtua akan tetap utuh. Dalam semikonservatif
mekanisme, alur orangtua secara permanen
terpisah dan masing-masing membentuk molekul dupleks dengan putri
dasar untai-dipasangkan untuk itu. Definitif bukti bahwa dupleks
DNA direplikasi oleh mekanisme semikonservatif datang
dari percobaan sekarang klasik yang dilakukan oleh M. Meselson
dan W. F. Stahl, diuraikan pada Gambar 4-32.
Menyalin dari untai cetakan DNA menjadi komplementer
untai dengan demikian merupakan fitur umum dari replikasi DNA dan
transkripsi DNA ke RNA. Dalam kedua kasus, informasi
dalam template yang diawetkan. Pada beberapa virus, singlestranded
molekul RNA berfungsi sebagai template untuk sintesis
RNA komplementer atau untai DNA. Namun, luas
dominan RNA dan DNA dalam sel-sel disintesis dari
dupleks DNA yang sudah ada sebelumnya.
DNA polimerase Perlu sebuah Primer
untuk Memulai Replikasi
Analog dengan RNA, DNA disintesis dari deoxynucleoside
5-trifosfat prekursor (dNTP). Juga seperti sintesis RNA,
Sintesis DNA selalu dana dalam 5 n3
132 BAB 4 Mekanisme Dasar Genetika Molekuler
arah karena hasil rantai pertumbuhan dari pembentukan
phosphoester ikatan antara oksigen 3 dari tumbuh
untai dan fosfat dari dNTP (lihat Gambar 4-9). Seperti

dibahas sebelumnya, sebuah polimerase RNA dapat menemukan yang tepat

transkripsi memulai situs pada DNA dupleks dan melakukan sintesis dari RNA
komplementer dengan DNA template
untai (lihat Gambar 4-10). Sebaliknya, DNA polimerase tidak dapat
rantai memulai sintesis de novo, melainkan, mereka memerlukan
pendek, sudah ada sebelumnya untai RNA atau DNA, yang disebut primer, untuk
mulai pertumbuhan rantai. Dengan primer basis-pasangan ke template
Urat, DNA polimerase menambahkan deoxynucleotides untuk
kelompok hidroksil gratis di 3? akhir primer seperti yang diarahkan
oleh urutan untai template;
Ketika RNA primer, untai putri yang terbentuk
adalah RNA di 5? akhir dan DNA di 3? akhir.
Duplex DNA Apakah dibatalkan, dan Putri Strands
Apakah Dibentuk di Fork Replikasi DNA
Agar DNA dupleks berfungsi sebagai template selama
replikasi, kedua untai terjalin harus dibatalkan,
atau meleleh, untuk membuat dasar yang tersedia untuk basis pasangan
dasar dari dNTP yang dipolimerisasi menjadi yang baru
sintesis untai putri. Ini Pembalikan dari
untai DNA orang tua adalah dengan helicases khusus, yang dimulai di
segmen unik dalam molekul DNA yang disebut asal replikasi,
atau hanya asal. Urutan nukleotida asal
dari organisme yang berbeda sangat bervariasi, meskipun mereka biasanya
Sebuah berisi urutan T-kaya. Setelah helicases telah dibatalkan
DNA orang tua di asal, sebuah polimerase RNA khusus
Primase disebut membentuk primer RNA pendek yang saling melengkapi
ke untai template dibatalkan. Primer, masih
dasar-dipasangkan untuk untai DNA komplementer, adalah kemudian
memanjang
oleh polimerase DNA, sehingga membentuk anak baru
untai.
Daerah DNA di mana semua protein datang bersama-sama
untuk melaksanakan sintesis untai putri disebut
garpu replikasi, atau tumbuh garpu. Sebagai hasil replikasi,
garpu tumbuh dan protein yang terkait menjauh dari
asal. Seperti disebutkan sebelumnya, lokal unwinding DNA dupleks
menghasilkan tegangan torsional, yang lega oleh topoisomerase
I. Agar DNA polimerase bergerak sepanjang dan salinan
DNA dupleks, helikase berurutan harus bersantai dupleks
dan topoisomerase harus menghapus superkoil yang membentuk.
Sebuah komplikasi utama dalam pengoperasian replikasi DNA
garpu timbul dari dua sifat: dua untai dari
duplex DNA parental antiparalel, dan DNA polimerase
(Seperti polimerase RNA) dapat menambahkan nukleotida ke
untai baru berkembang hanya dalam 5? n3? arah. Perpaduan
satu untai putri, disebut untai terkemuka, dapat dilanjutkan
terus menerus dari sebuah primer RNA tunggal dalam 5? n3?

arah, arah yang sama dengan gerakan replikasi

fork (Gambar 4-33). Masalah muncul di sintesis dari
untai putri lain, yang disebut untai tertinggal.

Karena pertumbuhan untai tertinggal harus terjadi dalam

5? N3? arah, menyalin untai cetakan yang entah bagaimana harus
terjadi pada arah yang berlawanan dari pergerakan
garpu replikasi. Sebuah sel menyelesaikan prestasi ini oleh sintesis
primer baru setiap beberapa ratus basa atau lebih di kedua
untai orangtua, sebagai lebih dari untai terkena oleh
Pembalikan. Masing-masing primer, dasar-dipasangkan ke template
mereka
untai, yang memanjang di 5? n3? arah, membentuk
segmen yang disebut fragmen Okazaki terputus-putus setelah mereka
penemu Reiji Okazaki (lihat Gambar 4-33). RNA primer
setiap fragmen Okazaki akan dihapus dan diganti dengan DNA
rantai pertumbuhan dari fragmen Okazaki tetangga;
akhirnya sebuah enzim yang disebut DNA ligase bergabung dengan
berdekatan
fragmen.
Helikase, primase, polimerase DNA, dan Lainnya
Protein Berpartisipasi dalam Replikasi DNA
Detil pemahaman tentang protein eukariotik yang berpartisipasi
dalam replikasi DNA telah datang sebagian besar dari studi
dengan DNA virus kecil, terutama SV40 DNA, melingkar
genom dari virus yang menginfeksi monyet kecil. Gambar 4-34
menggambarkan beberapa protein yang mengkoordinasikan menyalin
SV40 DNA pada garpu replikasi. Protein yang berkumpul di
garpu replikasi lebih menggambarkan konsep molekul
mesin diperkenalkan pada Bab 3. multikomponen ini kompleks sel izin untuk
melaksanakan urutan memerintahkan
peristiwa yang menyelesaikan fungsi sel penting.
Dalam mesin molekul yang mereplikasi SV40 DNA,
heksamer protein virus yang disebut unwinds besar T-antigen
orangtua helai pada garpu replikasi. Semua lain protein yang terlibat
dalam replikasi DNA SV40 disediakan oleh tuan rumah
sel. Primer untuk memimpin dan lagging putri-untai DNA
disintesis oleh kompleks Primase, yang mensintesis pendek primer RNA, dan

DNA polimerase? (Pol?), Yang

memperluas primer RNA dengan deoxynucleotides, membentuk
RNA-DNA campuran primer.
primer tersebut diperpanjang menjadi anak-untai DNA oleh
DNA polimerase? (Pol?), Yang kecil kemungkinannya untuk membuat
kesalahan selama menyalin template untai daripada Pol?.

Pol? membentuk kompleks dengan RFC (replikasi faktor C) dan

PCNA (berkembang biak sel antigen nuklir), yang menggantikan yang
Primase-Pol? kompleks primer sintesis berikut. Seperti
diilustrasikan pada Gambar 4-34b, PCNA adalah protein homotrimeric
yang memiliki lubang pusat melalui mana duplex putri
DNA berlalu, sehingga mencegah PCNA-RFC-Pol? kompleks
dari memisahkan dari template.
Setelah DNA orangtua dipisahkan menjadi beruntai tunggal
template pada garpu replikasi, itu pasti oleh beberapa
salinan RPA (replikasi protein A), sebuah heterotrimeric
protein (Gambar 4-34c). Pengikatan RPA mempertahankan template
dalam konformasi optimal seragam untuk menyalin oleh
DNA polimerase. Bound RPA protein copot dari
para orangtua untai oleh Pol? dan Pol? karena mereka mensintesis
dasar untai komplementer-dipasangkan dengan orangtua
helai.
Beberapa eukariotik protein yang berfungsi dalam replikasi DNA
tidak digambarkan pada Gambar 4-34. Sebuah asosiasi topoisomerase
dengan DNA orang tua menjelang helikase untuk
menghilangkan stres torsi diperkenalkan oleh Pembalikan dari
orangtua helai. Ribonuklease H dan FEN saya menghapus ribonucleotides
di 5? ujung fragmen Okazaki; ini
digantikan oleh deoxynucleotides ditambahkan oleh DNA polimerase?
karena memperluas fragmen Okazaki hulu. Berturut-turut
fragmen Okazaki yang digabungkan dengan ligase DNA melalui standar
5? N3? phosphoester obligasi.

Replikasi DNA Umumnya Terjadi bidireksional

dari Setiap Asal
Sebagaimana ditunjukkan pada Gambar 4-33 dan 4-34, kedua orang tua
DNA helai yang terpapar oleh lokal unwinding di ulangan
garpu akan disalin ke dalam untai putri. Secara teori,
replikasi DNA dari asal tunggal bisa melibatkan satu replikasi
garpu yang bergerak dalam satu arah. Atau, dua
garpu replikasi mungkin berkumpul di asal tunggal dan kemudian
bergerak ke arah berlawanan, mengarah ke pertumbuhan dua arah
dari kedua untai putri. Beberapa jenis percobaan, termasuk
yang ditunjukkan pada Gambar 4-35, memberikan bukti awal
mendukung pertumbuhan untai dua arah.
Konsensus umum adalah bahwa semua prokariotik dan eukariotik
sel menggunakan mekanisme dua arah DNA
replikasi. Dalam kasus SV40 DNA, replikasi dimulai
oleh helicases hexameric mengikat dua antigen T besar ke
SV40 asal tunggal dan perakitan protein lain untuk membentuk
dua garpu replikasi. Ini kemudian pindah dari SV40 yang

asal dalam arah yang berlawanan dengan memimpin-dan lagging-untai

sintesis terjadi pada garpu keduanya. Seperti yang ditunjukkan pada
Gambar 4-36,
garpu replikasi kiri meluas sintesis DNA dalam ke kiri
arah; sama, garpu replikasi benar meluas
Sintesis DNA ke arah kanan.
Tidak seperti SV40 DNA, molekul DNA eukariotik kromosom
berisi asal-usul beberapa replikasi dipisahkan oleh puluhan
ke ratusan kilobases. Sebuah protein yang disebut subunit enam-ORC,
untuk kompleks asal pengakuan, mengikat setiap asal dan asosiasi
dengan protein lain yang diperlukan untuk memuat selular hexameric
helicases terdiri dari enam homolog protein MCM. Dua menentang MCM
helicases memisahkan helai orangtua
pada asal, dengan RPA mengikat protein yang dihasilkan tunggal
terdampar DNA. Sintesis primer dan selanjutnya
langkah-langkah dalam replikasi DNA seluler dianggap analog
kepada mereka dalam replikasi DNA SV40 (lihat Gambar 4-34
dan 4-36).
Replikasi DNA selular dan acara lain yang mendahuluinya
proliferasi sel yang diatur secara ketat, sehingga yang sesuai
jumlah sel-sel yang merupakan jaringan masing-masing dihasilkan
selama pengembangan dan sepanjang kehidupan organisme.
Seperti dalam transkripsi gen yang paling, kontrol inisiasi langkah adalah
mekanisme utama untuk mengatur DNA selular
replikasi. Aktivasi kegiatan helikase MCM, yang
diperlukan untuk memulai replikasi DNA selular, diatur
oleh protein spesifik yang disebut kinase S-fase cyclin tergantung
kinase. Cyclin kinase-bergantung lainnya mengatur tambahan
aspek proliferasi sel, termasuk proses kompleks
mitosis di mana sebuah sel eukariotik membagi menjadi dua putri
sel. Kami membahas mekanisme berbagai regulasi yang menentukan
tingkat pembelahan sel dalam Bab 21.