Mikroorganisme dapat ditemukan dimanapun di dunia ini, mulai dari dasar lautan yang paling

dalam sampai ke puncak gunung yang paling tinggi, ada yang hidup dalam air panas pada suhu
tinggi bahkan ada yang sampai 250 derajat celcius (extremophilic). Hal ini disebabkan karena
banyak mikroorganisme dibawa oleh angin, dibawa oleh aliran udara dari permukaan bumi ke
atmosfir atau terbawa oleh agen pembawa lainnya, seperti hewan, manusia, dan tumbuhan.
Mikroba juga dapat terbawa bersama aliran air ke sungai, danau dan laut.
Pada lingkungan perairan terdapat mikroorganisme sama seperti lingkungan yang lainnya. Air
adalah sumber daya alam penting bagi kehidupan dan merupakan komponen penting dari fungsi
ekosistem yang kelimpahannya sangat besar dalam planet ini. Air juga secara geologis penting
karena perannya dalam pelapukan, erosi, transportasi dan pengendapan sedimen (Atlas Kanada,
2004). Air tidak hanya sumber kelangsungan hidup semua makhluk hidup tetapi juga vektor utama
untuk semua pengembangan kegiatan dan terintegrasi terkait dengan semua proses-proses ekologi.
Perairan alami memiliki sifat yang dinamis dan aliran energi yang kontinyu hal ini terjadi selama
sistem di dalamnya tidak mendapatkan gangguan atau hambatan, antara lain dalam bentuk
pencemaran. Lingkungan perairan meliputi air laut, air payau (peralihan air tawar ke air laut), dan
air tawar, Di lingkungan laut lepas memiliki populasi mikroorganisme yang relatif lebih rendah, di
lingkungan pantai populasi mikroorganisme terdapat lebih banyak, hal ini karena lingkungan
pantai kaya akan nutrien yang berasal dari daratan. Pada lingkungan perairan terdapat
mikroorganisme sama seperti lingkungan yang lainnya. Kelompok mikroorganisme yang hidup di
dalam air terdiri dari :
1. Bakteri
2. Alga biru-hijau
3. Fungi
4. Microalgae
5. Virus
6. Protozoa
Dalam air baik yang kita anggap jernih, sampai terhadap air yang keadaannya sudah kotor atau
tercemar, di dalamnya akan terkandung sejumlah kehidupan, yaitu misalnya yang berasal dari
sumur biasa, sumur pompa, sumber mata air dan sebagainya, di dalamnya terdiri dari bakteri, yaitu
:
a. Kelompok bakteri besi (misalnya Crenothrix dan Sphaerotilus) yang mampu mengoksidasi
senyawa ferro menjadi ferri. Akibat kehadirannya, air sering berubah warna kalau disimpan lama
yaitu warna kehitam-hitaman, kecoklat-coklatan, dan sebagainya.
b. Kelompok bakteri belerang (antara lain Chromatium dan Thiobacillus) yang mampu
mereduksi senyawa sulfat menjadi H2S. Akibatnya kalau air disimpan lama akan tercium bau
busuk seperti bau telur busuk.
c. Kelompok mikroalge (misalnya yang termasuk mikroalga hijau, biru dan kersik), sehingga
kalau air disimpan lama di dalamnya akan nampak jasad-jasad yang berwarna hijau, biru atau pun
kekuning-kuningan, tergantung kepada dominasi jasad-jasad tersebut serta lingkungan yang
mempengaruhinya.

Mikroorganisme di perairan berdasarkan sifat tropiknya meliputi :

1. Mikroba autotrof adalah organisme yang mampu menyediakan/mensintesis makanan sendiri
yang berupa bahan organik dari bahan anorganik dengan bantuan energi seperti matahari dan
kimia. Contohnya : Thiobacillus, Nitrosomonas, Nitrobacter.
2. Mikroba heterotrof adalah organisme yang memanfaatkan bahan-bahan organik sebagai
makanannya dan bahan tersebut disediakan oleh organisme lain. Contohnya antara lain :
Saprolegnia sp., Candida albicans, Trichopnyton rubrum.
Bakteri
Bakteri yang hidup di perairan umumnya uniseluler, tidak memiliki klorofil, berkembang biak
dengan pembelahan sel secara transversal atau biner, sebagian besar ( 80%) berbentuk batang,
gram negatif, bergerak secara aktif. Secara umum hidupnya saprofitik pada sisa buangan hewan
atau tanaman yang sudah mati, ada juga yang bersifat parasitik pada hewan, manusia dan tanaman
yang dapat menyebabkan penyakit. Contoh bakteri yang banyak dijumpai di laut : Pseudomonas,
Vibrio, Flavobacterium, Achromobacter dan Bacterium.

1. Vibrio (Vibrio cholerae)

Klasifikasi Ilmiah
Domain :Bakteri
Kerajaan :Bacteria
Filum :Proteobacteria
Kelas :Gamma Proteobacteria
Ordo :Vibrionales
Famili :Vibrionaceae
Genus : Vibrio
Vibrio adalah salah satu jenis bakteri yang tergolong dalam kelompok marine bacteria. Bakteri ini
umumnya memiliki habitat alami di laut. Sejumlah spesies Vibrio yang dikenal sebagai patogen
seperti V. alginolyticus, V. anguillarum, V. carchariae, V. cholerae, V. harveyii, V. ordalii dan V.
Vulnificus.

2. Shigella sp.
Klasifikasi Ilmiah
Kerajaan :Bakteria
Filum :Proteobakteria
Kelas :Gamma Proteobakteria

Ordo :Enterobakteriales
Famili :Enterobakteriaceae
Genus : Shigella
Spesies
S. boydii
S. dysenteriae
S. flexneri
S. sonnei
Shigella adalah genus dari Gram-negatif, non-motil, bakteri endospor berbentuk-tongkat yang
berhubungan dekat dengan Escherichia coli dan Salmonella. Shigella merupakan penyebab dari
penyakit shigellosis pada manusia, selain itu, Shigella juga menyebabkan penyakit pada primata
lainnya, tetapi tidak pada mamalia lainnya
Alga Biru Hijau
Alga tidak memiliki akar, batang dan daun yang mempunyai fungsi seperti tumbuhan darat, wujud
alga terdiri dari batang yang disebut thallus. Umumnya alga hidup secara bebas di air atau
bersimbiosis dengan jasad lain. Mempunyai bentuk uniseluler, filamen yang mengelilingi
tubuhnya banyak diselimuti dengan lendir. Merupakan divisi Cyanophyta dengan beberapa kelas
yaitu : Nostocales, Chroococcales, dan Stigonematales, Hydrodictyon.
1. Hydrodictyon
Klasifikasi Ilmiah
Kerajaan : Plantae
Divisi : Chlorophyta
Kelas : Chlorophyceae
Ordo : Chlorococcales
Famili : Hydrodictyaceae
Genus : Hydrodictyon
Spesies Hydrodictyon africanum
Hydrodictyon indicum
Hydrodictyon patenaeforme
Hydrodictyon reticulatum
2. Chlorella
Chlorella adalah genus ganggang hijau bersel tunggal yang hidup di air tawar, laut, dan tempat
basah.
Klasifikasi Ilmiah
Kerajaan : Plantae
Divisi : Chlorophyta
Kelas : Chlorophyceae
Ordo : chlorococcales
Famili : Oocystaceae
Genus : Chlorella
spesies
Chlorella vulgaris pyrenoidosa
Chlorella pyrenoidosa

 Fungi
Hidup tersebar luas, berbentuk uniseluler, umumnya berbentuk filamen atau serat yang disebut
miselia atau hifa. Contoh : Saprolegnia sp., Branchiomyces sanguinis, Icthyophonus hoferi.
1. Saprolegnia
Saprolegnia adalah genus dari Oomycota. Saprolegnia hidup menempel pada tubuh ikan atau
hewan air lainnya. Saprolegnia berbentuk seperti lapisan selaput. Saprolegnia bersifat saprotrof
dan nekrotrof.

Klasifikasi Ilmiah
Kerajaan : Protocista
Filum : Heterkonta
Kelas : Oomycotea
Ordo : Saprolegniales
Famili : Saprolegniaceae
Genus : Saprolegnia
Spesies
S. australis, S. ferax, S. declina, S. longicaulis, S. mixta, S. parasitica, S. sporangium, S. variabilis.
2. Branchiomycosis
Branchiomyces demigrans atau "Gill Rot (busuk insang)" disebabkan oleh jamur Branchiomyces
sanguinis dan Branchiomyces demigrans . Spesies jamur ini biasanya dijumpai pada ikan yang
mengalami stres lingkungan, seperti pH rendah (5.8 -6.5), kandungan oksigen rendah atau
pertumbuhan algae yang berlebih dalam akuarium, Branchiomyces sp.tumbuh pada temperatur 14
- 35C , pertumbuhan optimal biasanya terjadi pada selang suhu 25 - 31C. Penyebab utama
infeksi biasanya adalah spora jamur yang terbawa air dan kotoran pada dasar akuarium. Tandatanda Penyakit Branchiomyces sanguinis dan B. demigrans pada umumnya menyerang insang
ikan.
3. Icthyophonus
Icthyophonus disebabkan oleh jamur Icthyophonus hoferi . Jamur ini tumbuh baik pada air tawar
maupun air asin (laut). Meskipun demikian, biasanya serangan jamur ini hanya akan terjadi pada
air dingin 2 - 20 C. Penyebaran Icthyophonus berlangsung melalu kista yang terbawa kotoran
ikan atau akibat kanibalisme terhadap ikan yang terjangkit.
Mikroalgae
Contoh : Chlorella sp., Pyrodinium bahamense, Trichadesmium erythraeum, salah satu spesies
dari Cyanobacterium, Noctiluca scintillans (satu spesies dari Dinoflagellata).
1. Chlorella sp.
Menurut Vashista (1979) dalam Rostini (2007) Chlorella termasuk dalam:
Filum : Chlorophyta

Kelas : Chlorophyceae
Ordo : Chloroccocales
Famili : Chlorelllaceae
Genus : Chlorella
Spesies : Chlorella sp.
Virus
Bentuk virus bermacam-macam antara lain : bentuk batang pendek, batang panjang, bulat, bentuk
polihedral. Ukurannya lebih kecil daripada bakteri. Hanya memiliki satu jenis asam nukleat.
Contoh virus Coli-fag.