Anda di halaman 1dari 7

LATAR BELAKANG

Bioteknologi adalah penggunaan biokimia, mikrobiologi, dan rekayasa


genetika secara terpadu, untuk menghasilkan barang atau lainnya bagi
kepentingan manusia. Biokimia mempelajari struktur kimiawi organisme.
Rekayasa genetika adalah aplikasi genetik dengan mentransplantasi gen dari
satu organisme ke organisme lain. Ciri utama bioteknologi adalah :1) adanya
benda

biologi

berupa

mikroba,

tumbuhan

atau

hewan;

2)

adanya

pendayagunaan secara teknologi dan industri; dan 3) produk yang dihasilkan


adalah hasil ekstraksi dan pemurnian (Octaviani, 2012).
Bioteknologi perikanan adalah bioteknologi yang ditekankan khusus pada
bidang perikanan. Penerapan bioteknologi dalam bidang perikanan sangat luas,
mulai dari rekayasa media budidaya, ikan, hingga pascapanen hasil perikanan.
Pemanfaatan mikroba telah terbukti mampu mempertahankan kualitas media
budidaya sehingga aman untuk digunakan sebagai media budidaya ikan.
Bioteknologi telah menciptakan ikan berkarakter genetis khas yang dihasilkan
melalui rekayasa gen. Melalui rekayasa gen, dapat diciptakan ikan yang tumbuh
cepat, warnanya menarik, dagingnya tebal, tahan penyakit dan sebagainya
(Octaviani, 2012).
Teknologi ikan transgenik mampu menghasilkan benih ikan unggul, yaitu
melalui perbaikan mutu genetik ikan yang akan dipelihara atau dibudidayakan. P
erbaikan mutugenetik ini

bermanfaat

untuk

meningkatkan

produksi

dan produktivitas ikan. Keunggulan ikan hasil rekayasa ini antara lain
pertumbuhan cepat, tahan terhadap serangan penyakit, dan tahan terhadap
lingkungan yang cukup ekstrem.
Teknologi DNA rekombinan mempunyai dua segi manfaat. Pertama,
dengan mengisolasi dan mempelajari masing-masing gen akan diperoleh
pengetahuan tentang fungsi dan mekanisme kontrolnya. Kedua, teknologi ini
memungkinkan diperolehnya produk gen tertentu dalam waktu lebih cepat dan
jumlah lebih besar daripada produksi secara konvensional.
Pada dasarnya upaya untuk mendapatkan suatu produk yang diinginkan
melalui teknologi DNA rekombinan melibatkan beberapa tahapan tertentu.
tahapan-tahapan tersebut adalah isolasi DNA genomik/kromosom yang akan

diklon, pemotongan molekul DNA menjadi sejumlah fragmen dengan berbagai


ukuran, isolasi DNA vektor, penyisipan fragmen DNA ke dalam vektor untuk
menghasilkan molekul DNA rekombinan, transformasi sel inang menggunakan
molekul DNA rekombinan, reisolasi molekul DNA rekombinan dari sel inang, dan
analisis DNA rekombinan.
Melalui teknologi ini, mampu mendukung peningkatan hasil perikanan
yang sangat baik dan dengan waktu yang cepat. Teknologi ini juga dapat
memudahkan pihak-pihak tertentu khususnya di bidang perikanan untuk
memproduksi hasil perikanan yang berkualitas.
TUJUAN DAN MANFAAT
Praktek

Kerja

Lapang

(PKL)

ini

bertujuan

untuk

melihat

dan

melaksanakan secara langsung proses pelaksanaan teknologi DNA rekombinan


pada ikan, dengan cara terlibat langsung dalam kegiatan pelaksanaannya di
Balai Riset Penelitian dan Pengembangan Budidaya Air Payau (BRPPBAP).
Manfaat dari Praktek Kerja Lapang (PKL)

ini adalah sebagai bahan

informasi dan masukan bagi mahasiswa, masyarakat, serta para pelaku usaha
budidaya perikanan

dalam melakukan penanganan dan pengontrolan dalam

peningkatan hasil budidayanya.


RENCANA KEGIATAN
Rencana kegiatan yang kan dilkukan di lokasi Praktek Kerja Lapang adalah
sebagai berikut:
1. Isolasi DNA genomik/kromosom yang akan diklon
Alat yang digunakan dalam praktikum isolasi DNA larva udang yaitu mesin
sentrifugasi, tabung sentrifugasi, pipet mikro, tips, water bath, timer, vorteks, dan
pestle. Bahan yang digunakan dalam praktikum isolasi DNA larva udang yaitu
larva udang Stomatopoda sp, Nuclei Lysis Solution, RNAse, Protein Precipitation
Solution, isopropanol, rehydration solution, 1,5 ml tube, dan sarung tangan
(gloves).
Cara kerja praktikum isolasi DNA larva udang dibagi menjadi beberapa tahap
yaitu persiapan alat dan bahan, persiapan jaringan, lisis dan presipitasi protein,
serta presipitasi dan rehidrasi DNA.
Pertama, persiapan alat dan bahan. Alat yang akan digunakan disterilisasi
menggunakan alkohol 70%. Alat tersebut meliputi mikropipet, meja kerja, dan

gloves. Reagen reagen dan bahan lain yang dibutuhkan disiapkan dan
diletakkan di tempat yang terjangkau.
Kedua, persiapan jaringan. Larva udang yang sudah disiapkan diambil
dan dibuang pengawetnya. Selanjutnya, dilakukan penambahan 200 l Nuclei
Lysis Solution pada larva udang tersebut. Larva tersebut kemudian digerus
hingga halus dengan menggunakan pesrle. Setelah halus, ditambahkan 400 l
NLS. Sampel diinkubasi pada suhu 65 C selama 30 menit.
Ketiga, lisis dan presipitasi protein. Setelah 30 menit, 3 l RNAse Solution
ditambahkan ke dalam sampel. Selanjutnya dilakukan vortexing pada sampel
agar RNAse tercampur. Prosedur selanjutnya yaitu inkubasi sampel pada 37 C
selama 30 menit. Setelah 30 menit,

200 l Protein Precipitation Soluton

ditambahkan ke dalam sampel. Tahap selanjutnya.yaitu dilakukan vortexing agar


PPS yang ditambahkan dapat tercampur baik dalam sampel. Sampel tersebut
didinginkan pada es selama lima menit. Selanjutnya, agar terjadi endapan
dilakukan sentrifuge pada sampel selama empat menit dengan kecepatan 13.000
rpm.
Keempat, presipitasi dan rehidrasi DNA. Supernatant yang terbentuk
dipindahkan dalam tube yang baru dan ditambahkan isopropanol. Isopropanol
dan supernatant dicampur dengan cara inverting. Setelah tercampur, dilakukan
sentrifugasi pada sampel selama satu menit dengan kecepatan 13. 000 rpm.
Supernatant yang terbentuk dibuang. 600 l etanol 70% ditambahkan ke dalam
sampel dan dilakukan sentrifugasi ulang pada sampel. Pellet yang terbentuk
dikeringkan selama sepuluh menit. 20 l rehydrat ion solution ditambahkan ke
dalam sampel. Selanjutnya, dilakukan rehidrasi DNA pada suhu 65 0C selama
satu jam. Tahap terakhir yaitu sampel disimpan dalam freezer.
2. Pemotongan molekul DNA menjadi sejumlah fragmen dengan berbagai
ukuran
Enzim retriksi atau disebut jjuga enzim endonuklease adalah enzim yang
memotong molekul DNA. Enzim retriksi memotong DNA pada rangkaian gulafosfat tanpa merusak pasang basa. Enzim retriksi endonuklease mengenali
urutan pasangan basa yang spesifik atau dengan kata lain memotong DNA pada
posisi diantara atau diluar sekuen yang dikenalinya.
Metode kerja dari pemotongan DNA adalah:
a. Enzim EcoRI dimasukkan ke dalam cup 0,5 l
b. +buffer enzim 2 l
c. Ditambahkan ddH20 15 l
d. Tambahkan DNA template 2,5 l
e. Diinkubasi pada suhu 37oC over night

3. Isolasi DNA vector


Isolasi DNA Vektor ada 3 tahap yaitu sebagai berikut:
a. Isolasi dan pemurnian plasmid DNA
1. Pertama, disiapkan larutan satu, dua, dan tiga. Larutan satu dibuat dari
campuran tris-HCl 25 mM pH 7.5, EDTA 10 mM, dan sukrosa 15%.
Larutan kedua dibuat dari campuran NaOH 0.2 M dan SDS 1%. Larutan
NaOH 0.2 M dibuat dengan dilarutkannya 0.4 gram kristal NaOH dalam
1000 mL akuades. Sedangkan larutan SDS 1% dibuat sebanyak 50 mL
dengan cara 0.5 gram SDS ditimbang dan dilarutkan dalam 50 mL
akuades. Larutan tiga dibuat dari Na-asetat 3 M pH 4.6. Langkah kedua
yaitu bakteri dibiakkan dalam medium LB. Medium LB ini dibuat dari
campuran 0.5 gram yeast extract, 1 gram tripton, 0.5 gram NaCl, dan
ampicilin sebagai antibiotik. Konsentrasi akhir medium LB dijadikan 50
g/mL.
2. Langkah selanjutnya, biakan bakteri yang telah disiapkan diambil dan
dipindahkan ke dua tabung Eppendorf, masing-masing sebanyak 1.5 mL.
Tabung kemudian disentrifus pada kecepatan 8000 rpm selama tiga
menit. Supernatan yang terbentuk kemudian dibuang dan ke dalam
masing-masing tabung ditambahkan 100 L larutan satu. Tabung
kemudian divorteks lalu disimpan dalam es selama lima menit. Berikutnya
200 L larutan dua ditambahkan pada masing-masing tabung dan tabung
dicampur dengan cara dibolak-balik. Tabung kembali disimpan dalam es
selama lima menit. Selanjutnya, ditambahkan 150 L larutan tiga ke
dalam masing-masing tabung dan disimpan lagi dalam es selama lima
menit. Langkah berikutnya adalah sentrifugasi tabung dengan kecepatan
8000 rpm selama 10 menit pada suhu 40C. Setelah terpisah antara
supernatan dan pelet, supernatan dipindahkan ke tabung baru.
3. Larutan fenol/kloroform sebanyak 300 L dimasukkan ke tabung baru tadi
dan divorteks kemudian dilanjutkan dengan sentrifugasi selama lima
menit.. Supernatan diambil dan dipindahkan ke kuvet baru kemudian
ditambah dengan 1 mL etanol absolut. Kuvet selanjutnya divorteks dan
didiamkan dalam suhu ruang selama 5 menit. Selanjutnya kuvet kembali
divorteks dan supernatannya dibuang. Ke dalam pelet ditambahkan 1 mL
etanol 70% dan divorteks lagi selama 1 menit dan disentrifus. Terakhir,
pelet dikeringkan dan ditambah 30 L dH2O lalu disimpan dalam lemari
es.
b. Pemotongan DNA plasmid dengan enzim restriksi.

Sebanyak 5-10 mg DNA plasmid, 5 mL buffer enzim (10x), 1 mL


enzim restriksi dan dH2O steril dimasukkan ke dalam erlenmeyer 50 mL
hingga volume larutan mencapai 50 m lalu dimasukkan ke dalam es.
Campuran tersebut diinkubasi pada suhu 370 C selama 1 jam. Aktivitas
enzim dihentikan dengan memanaskan pada suhu 650-700C.
c. Pembuatan sel kompeten dan transformasi.
Media LB sejumlah 150 mL dibuat dari campuran tripton, NaCl, dan
yeast extract. Bakteri dibiakkan di dalam 100 mL media LB. Dua buah
tabung reaksi bersih disiapkan dan diisi dengan masing-masing 10 mL
media LB. Ke dalam 10 mL media LB dimasukkan bakteri yang telah
dibiakkan selama satu hari. Tabung kemudian diinkubasi pada suhu 37C
selama 90 menit. Selanjutnya tabung disentrifus pada kecepatan 8000
RPM, suhu 40C, selama dua menit. Sebelumnya tabung sentrifus
ditimbang dan digunakan tabung berisi air sebagai penyeimbang saat
sentrifugasi. Supernatan hasil sentrifugasi dibuang dan ke dalam pelet
ditambahkan 5 mL CaCl2. Tabung kembali disentrifugasi. Supernatan
kembali dibuang dan ditambahkan 5 mL CaCl2 75 mM. Tabung disimpan
dalam es selama 30 menit. Selanjutnya tabung disentrifus, supernatan
dibuang dan ditambahkan 1 mL CaCl2 75 mM. Terakhir, diambil 100 L
dan disimpan di lemari pendingin untuk transformasi. DNA plasmid
dengan konsentrasi 0.4 g sebanyak 2 L dimasukkan ke dalam dua
tabung yang berisi masing-masing 100 L. Sel kompeten Tabung
disimpan dalam es selama 30 menit. Langkah berikutnya, diberi
perlakuan kejut panas 420C selama 45 detik. Isi tabung lalu dicampur ke
dalam Erlenmeyer yang berisi 400 L agar LB dan diinkubasi selama 30
menit. Agar LB diambil 150 L dan dituang dalam cawan petri. Cawan
kemudian diinkubasi selama 18 jam pada suhu 37C. Pengamatan
dilakukan dengan penghitungan jumlah koloni yang terbentuk.

DAFTAR PUSTAKA
Ayu,

R.D.
2012.
GENETIKA:
DNA
Rekombinan.
Online
pada
http://www.blogspot.com. Diakses pada Senin, 08 September 2015, pukul
14:27 Wita. Makassar.

Lyrawati, D. 2004. DNA recombination and genetic techniques, transmission of


human disease and computer resources for the clinical and molecular
geneticist (transl.Indonesian). Agric. Fac. Unibraw Publ., Indonesia
Octaviani, M. 2012. Bioteknologi Dalam Bidang Budidaya Perikanan
dan Perkembangan. online pada https://marthariaoctaviani.wordpress.
com. Diakses pada 08 April 2015 pukul 21:25 Wita. Makassar.

SINOPSIS
PRAKTEK KERJA LAPANG
BIOTEKNOLOGI DNA REKOMBINAN PADA BUDIDAYA UDANG

NAMA
STAMBUK

: Ika Rahma Dewi


: L 221 12 276

PROGRAM STUDI BUDIDAYA PERAIRAN


JURUSAN PERIKANAN
FAKULTAS ILMU KELAUTAN DAN PERIKANAN
UNIVERSITAS HASANUDDIN
MAKASSAR
2015