Ilmu Mikrobiologi: Prinsip Biologi Yang Dijabarkan Oleh Mikrobiologi
Ilmu Mikrobiologi: Prinsip Biologi Yang Dijabarkan Oleh Mikrobiologi
Ilmu Mikrobiologi
Page 1
dan
prokariota
termasuk
organisme
karena
keduanya
mengandung semua enzim yang diperlukan untuk replikasi dirinya dan memiliki
perlengkapan biologik yang sesuai untuk menghasilkan energi untuk metabolism.
Karena itu, eukariota dan prokariota dibedakan dengan virus, yang bergantung
terhadap sel-sel inang untuk melaksanakan fungsi-fungsinya.
B. Virus
Virus adalah agen penyebab infeksi yang berukuran paling kecil (diameter
berukuran sekitar 20nm sampai 30nm). Genom virus hanya mengandung satu
jenis asam nukleat (RNA atau DNA). Asam nukleat dibungkus dalam selubung
protein yang dikelilingi oleh membran yang mengandung lipid. Seluruh unit
infeksius disebut viron. Virus bersifat inert dalam lingkungan ekstraselular; virus
bereplikasi dalam sel hidup, menjadi parasit pada tingkat genetik. Asam nukleat
virus mengandung informasi penting untuk memerintahkan sel penjamu yang
terinfeksi untuk menyintesis makrokolekul spesifik virus yang diperlukan untuk
produksi turunan virus. Selama virus replikatif, dihasilkan banyak salinan asam
nukleat virus dan protein selubung.Protein selubung menyatu membentuk kapsid,
yang membungkus dan menstabilkan asam nukleat virus terhadap lingkungan
ekstraselular dan mempermudah perlekatan dan penetrasi virus ketika berkontak
Ilmu Mikrobiologi
Page 2
dengan sel-sel rentan yang baru. Infeksi virus mungkin sedikit atau tidak
mempunyai efek pada sel penjamu atau dapat menyebabkan kerusakan atau
kematian sel.
Dunia virus sangat beranekan ragam. Virus mempunyai struktur, susunana,
dan ekspresi genom, serta strategi replikasi dan transmisi yang sangat bervariasi.
Kisaran pejamu untuk virus tertentu dapat beragam atau sangat terbatas. Virus
diketahui menginfeksi organisme uniselular seperti mikoplasma, bakteri, dan alga
serta semua hewan dan tanaman tingkat tinggi.
a) ISTILAH DAN DEFINISI DALAM VIROLOGI
a. Kapsid : Selubung protein, atau lapisan, yang menyelubungi
genom asam nukleat.
b. Kapsomer : Unit morfologi yang terlihat pada mikroskop elektron
di permukaan partikel virus ikosahedral. Kapsomer merupakan
sekelompok polipeptida, tetapi unti-unit morfologi tidak perlu
sesuai dengan sifat kimia unit struktur.
c. Virus detektif : Partikel virus yang kurang berfungsi pada
beberapa aspek replikasi.
d. Selubung (Envelope) : Membran yang mengandung lipid yang
mengelilingi beberapa partikel virus. Selubung tersebut diperoleh
selama maturasi virus dengan proses budding suatu proses
reproduksi aseksual melalui membran sel. Glikoprotein yang
dikode virus terpajan pada permukaan selubung, Proyeksi tersebut
disebut peplomer.
e. Nukleokapsid : Kompleks asam nukleat-protein yag merupakan
bentuk kemas genom viral . Istilah tersebut sering digunakan pada
Ilmu Mikrobiologi
Page 3
Ilmu Mikrobiologi
Page 4
Ilmu Mikrobiologi
Page 5
(glikosilaso,
fosforsilasi,
miristilasi),
dan
aktivitas
Herpesviridae,
Parvoviridea,
Paramyxoviridae),
Ilmu Mikrobiologi
Page 6
Mononegavirales,
meliputi
famili
Filoviridae,
Parvovirus
Poliomavirus
Papilomavirus
Adenovirus
Hepadnavirus
6. Herpervirus
7. Poxvirus
Piconavirus
Astrovirus
Calicivirus
Reovirus
Arbovirus
Togavirus
Flavivirus
Arenavirus
Coronavirus
Ilmu Mikrobiologi
11. Retrovirus
12. Orthomyxovirus
13. Bunyavirus
14. Bornavirus
15. Rabdovirus
16. Paramyxovirus
17. Filovirus
18. Virus-virus Lain
19. Viroid
Page 7
10. Retrovirus
20. Prion
Ilmu Mikrobiologi
Page 8
Ilmu Mikrobiologi
Gambar
Virus
kemampuan
untuk
bereplikasi.
Page 9
spesifik
dan
cakupan
biologis
virus
mencerminkan
Ilmu Mikrobiologi
Page 10
Ilmu Mikrobiologi
Page 11
Ilmu Mikrobiologi
Page 12
virus dan viroid, istilah prion dikenalkan untuk menekankan sifat alami agen ini
yang menular dan berhubungan erat dengan protein. Bentuk selular protein prion
(PrPc) disandi oleh DNA kromosom pejamunya. PrP c adalah sialoglikoprotein
dengan berat molekul antara 33.000-35.000 dengan isi struktur sekunder
Kuru,
Creutzfeldt-Jakob
disease
(CJD),
Gerstmann-Straussler-
Scheinker disease, dan insomnia familial yang fatal bagi manusia. Bovine
spongiform encephalopathy(BSE) yang diduga berasal dari pangan dan pupuk
yang terbuat dari olahan kotoran domba, telah mengakibatkan kematian lebih
dari 170.000 ekor sapi di Inggris dan Perancis. Gambaran umum seluruh
penyakit ini adalah konversi sialoglikoprotein yang disandi oleh penjamunya
menjadi bentuk yang resistan terhadap protease sebagai akibat dari infeksi.
Ilmu Mikrobiologi
Page 13
Penyakit prion pada manusia amat unik karena muncul sebagain penyakit
genetis yang menular dan sporadic. Penelitian biologis tentang prion merupakan
wilayah penting dari investigasi biomedis yang sedang berkembang.
D. PROKARIOT
Prokariot ukurannya relatif kecil, umumnya berdiameter sekitar 1m, dan
tidak memiliki membran nukleus. DNA pada hampir seluruh bakteri berbentuk
lingkaran dengan keliling sekitar 1 mm yang merupakan kromosom prokariot.
Sebagian besar prokariot hanya memiliki kromosom tunggal. DNA kromosom
harus dilipat-lipat lebih dari ribuan lipatan agar muat di dalam membrane sel
prokariot. Lipatan-lipatan tersebut mungkin berurutan dan mungkin membawa
area DNA yang spesifik berdekatan. Area khusus di dalam sel yang mengandung
DNA disebut nukleoid dan dapat dilihat dengan mikroskop elektron, juga dengan
mikroskop cahaya. Beberapa prikariot membentuk subselular yang terikat pada
membrane dengan fungsi khusus, seperti kromatofor pada bakteri fotosintetik.
Membrane yang menyelubungi area spesifik tersebut merupakan perluasan dari
membrane sel.
KEANEKARAGAMAN PROKARIOT
Ukuran prokariot yang kecil membatasi jumlah informasi genetic
Ilmu Mikrobiologi
Page 14
penting,
seperti
produksi
energy,
pembentukan
Escherichia coli
atas
cara
yang
digunakan
prokariot
tersebut
untuk
Ilmu Mikrobiologi
Page 15
sel
pembentukan
anaerob
energi
melakukan
melalui
fermentasi
penyusunan
ulang
yaitu
proses
metabolik
dari
subsrat
Ilmu Mikrobiologi
Page 16
conjugal
plasmid,
dan
produksi
determinan
virulensi.
memungkinkan
sebuah
bakteri
untuk
memonitor
Ilmu Mikrobiologi
Page 17
Ilmu Mikrobiologi
Page 18
Ilmu Mikrobiologi
Page 19
Metanogen
halofil
Ilmu Mikrobiologi
Page 20
E. BAKTERI
Struktur Bakteri
Struktur bakteri terbagi menjadi dua yaitu:
Struktur dasar (dimiliki oleh hampir semua jenis bakteri)
Meliputi: dinding sel, membran plasma, sitoplasma, ribosom, DNA,
Ilmu Mikrobiologi
Page 21
Kapsul atau lapisan lendir adalah lapisan di luar dinding sel pada jenis
bakteri
tertentu,
bila
Pilus dan fimbria adalah struktur berbentuk seperti rambut halus yang
menonjol dari dinding sel, pilus mirip dengan flagelum tetapi lebih
pendek, kaku dan berdiameter lebih kecil dan tersusun dari protein dan
hanya terdapat pada bakteri gram negatif. Fimbria adalah struktur
sejenis pilus tetapi lebih pendek daripada pilus.
Ilmu Mikrobiologi
Page 22
Bentuk Bakteri
Bentuk dasar bakteri terdiri atas bentuk bulat (kokus), batang (basil),dan spiral
(spirilia) serta terdapat bentuk antara kokus dan basil yang disebut kokobasil.
Berbagai macam bentuk bakteri :
1. Bakteri Kokus :
Ilmu Mikrobiologi
Page 23
Kokus
a. Monokokus yaitu berupa sel bakteri kokus tunggal
b. Diplokokusyaitu dua sel bakteri kokus berdempetan
c. Tetrakokus yaitu empat sel bakteri kokus berdempetan berbentuk segi empat.
d. Sarkina yaitu delapan sel bakteri kokus berdempetan membentuk kubus
e. Streptokokus yaitu lebih dari empat sel bakteri kokus berdempetan membentuk
rantai.
f. Stapilokokus yaitu lebih dari empat sel bakteri kokus berdempetan seperti buah
anggur
2. Bakteri Basil :
Ilmu Mikrobiologi
Page 24
basil
a. Monobasil
yaitu berupa sel bakteri basil tunggal
b. Diplobasil yaitu berupa dua sel bakteri
basil berdempetan
c. Streptobasil yaitu beberapa sel bakteri basil berdempetan membentuk rantai
3. Bakteri Spirilia :
Ilmu Mikrobiologi
Page 25
spirilia
a. Spiral yaitu bentuk sel bergelombang
b. Spiroseta yaitu bentuk sel seperti sekrup
c. Vibrio yaitu bentuk sel seperti tanda baca koma
Alat Gerak Bakteri
Alat gerak pada bakteri berupa flagellum atau bulu cambuk adalah struktur
berbentuk batang atau spiral yang menonjol dari dinding sel. Flagellum
memungkinkan bakteri bergerak menuju kondisi lingkungan yang menguntungkan
dan
menghindar
dari lingkungan
yang
merugikan
bagi kehidupannya.
Flagellum memiliki jumlah yang berbeda-beda pada bakteri dan letak yang
berbeda-beda pula yaitu
1. Monotrik : bila hanya berjumlah satu
2. Lofotrik : bila banyak flagellum disatu sisi
Ilmu Mikrobiologi
Page 26
populasi.
Ilmu Mikrobiologi
Page 27
lainnya.
transformasi
2. Transduksi adalah pemindahan materi genetik satu sel bakteri ke sel bakteri
lainnnya dengan perantaraan organisme yang lain yaitu bakteriofage (virus
bakteri).
Ilmu Mikrobiologi
Page 28
transduksi
3. Konjugasi adalah pemindahan materi genetik berupa plasmid secara langsung
melalui kontak sel dengan membentuk struktur seperti jembatan diantara dua sel
bakteri yang berdekatan. Umumnya terjadi pada bakteri gram negatif.
F. PROTISTA
1. Arkhaezoa
Beberapa protista
tidak
memiliki
mitokondria,
dan
pengamatan
Ilmu Mikrobiologi
Page 29
diplomonad
mendahului
kemunculan
mitokondria
masih
Ilmu Mikrobiologi
Page 30
Ilmu Mikrobiologi
Page 31
Ilmu Mikrobiologi
Page 32
Apikompleksa
Semua apiklompeksa (dahulu disebut sporozoa) adalah parasit pada
hewan. Bahkan beberapa diantaranya menyebabkan penyakit serius pada
manusia. Parasit itu tersebar sebagai sel infeksi yang sangat kecil yang disebut
sporozoit. Seperti yang terlihat dengan mikroskop elektron, salah satu ujung
(apeks) sel sporozoit itu mengadung organel-organel kompleks yang
dikhususkan untuk menembus sel-sel dan jaringan inang (demikian asal nama
Apikompleksa). Sebagian besar apikompleksa memiliki siklus hidup yang
rumit dengan tahapan seksual dan aseksual, dan siklus ini seringkali
memerlukan dua atau lebih spesies inang yang berbeda untuk menyelesaikan
siklus tersebut. Suatu contohnya
adalah
membunuh parasit itu pada manusia. Akan tetapi, perbanyakan varietas yang
resisten dari spesies nyamuk maupun Plasmodium menyebabkan munculnya
kembali penyakit malaria. Setiap tahun sekitar 300 juta orang terinfeksi di
daerah tropis, dan hingga 2 juta orang mati akibat penyakit tersebut.
Ilmu Mikrobiologi
Page 33
Ilmu Mikrobiologi
Page 34
Siliata (Ciliophora)
Sebuah kelompok yang terdiri atas protista yang beraneka ragam yang
umu disebut siliata dicirikan oleh penggunaan silia untuk bergerak dan mencari
makan. Sebagian besar siliata, atau siliofora, hidup sebagai sel soliter dalam air
tawar. Beda jauh dengan sebagian besar flagela, silia relatif lebih pendek. Silia
Ilmu Mikrobiologi
Page 35
berasosiasi
dengan
suatu
sistem
submembran
mikrotubul
yang
dapat
Ilmu Mikrobiologi
Page 36
kromosom tipikal akan tetapi terbungkus dalam kumpulan unit kecil dengan
jumlah yang lebih besar, masing-masing dengan ratusan salinan dari hanya
segelintir gen. Makronukleus mengatur fungsi sehari-hari sel dengan cara
mensintesis RNA. Makronukleus juga penting untuk reproduksi aseksual. Siliata
umumnya bereproduksi melalui pembelahan biner. Makronukleus memanjang dan
kemudian membelah selama pembelahan biner, dan tidak melakukan pembelahan
mitosis. Beberapa spesies Paramecium memiliki satu sampai 80 bentuk
mikronukleus, yang tidak berfungsi dalam pertumbuhan, pemeliharaan, dan
reproduksi aseksual sel, tetapi diperlukan untuk proses seksual yang menghasilkan
keanekaragaman genetik. Pertukaran gen secara seksual terjadi selama proses
yang dikenal dengan nama konjugasi.
Rekombinasi genetik dan konjugasi pada Paramecium caudatum :
1. Dua individu dari strain yang cocok untuk kawin mengatur diri saling
berdampingan dan menyatu sebagian
2. Mikronukleus dalam masing-masing individu mengalami meiosis untuk
menghasilkan empat mikronukleus haploid
3. Salah satu dari mikronukleus ini akan membelah secara mitosis, dan tiga
yang lainnya akan hancur
4. Pasangan tersebut kemudian mempertukan satu mikronukleus
5. Singami akan terjadi ketika mikronukleus yang didapatkan oleh sel dari
pasangannya
menyatu
dengan
sisa
mikronukleus
lainnya,
yang
Ilmu Mikrobiologi
Page 37
Ilmu Mikrobiologi
Page 38
pseudopodia.
Sitoskeleton
yang
terdiri
dari
mikrotubul
dan
pada amoeba.
Ilmu Mikrobiologi
Page 39
Ilmu Mikrobiologi
Page 40
ke batuan atau alga, akan tetapi beberapa juga banyak terdapat dalam
plankton. Foraminifera dinamai menurut cangkangnya yang berpori.
Cangkang itu umumnya mengandung banyak ruangan dan terdiri atas bahan
organik yang mengeras karena kalsium karbonat. Untaian sitoplasma
(pseudopodia) memanjang melalui pori tersebut, berfungsi untuk berenang,
pembentukan cangkang, dan untuk makan. Banyak diantara foram juga
mendapatkan makanan dari fotosintesis alga simbiotik yang hidup di dalam
cangkang tersebut.
Sembilan puluh persen dari seluruh spesies foram yang diidentifikasi
merupakan fosil. Bersama-sama dengan sisa-sisa protista lainnya yang telah
mengeras dan mengandung kalsium karbonat, cangkang foram yang menjadi
fosil itu merupakan komponen sedimen lautan, yang mencakup batuan
sedimen yang sekarang merupakan pembentuk tanah. Fosil foram merupaka
marker (penanda) yang sangat baik untuk menghubungkan unsur batuan
sedimen di bagian dunia yang berbeda.
5. Jamur Lendir
Dua kelompok protista yang disebut jamur lendir mirip seperti fungi dalam
penampakannya dan kehidupannya, akan tetapi kemiripan itu merupakan hasil
konvergensi. Dalam organisasi seluler, reproduksi, dan siklus hidupnya, jamur
lendir terpisah dari fungi sejati dan kemungkinan berkerabat paling dekat
dengan protista amoeboid. Kemiripan superfisial antara jamur lendir dengan
fungi sejati sebagian besar disebabkan oleh evolusi konvergen struktur tubuh
berfilamen, yang merupakan adaptasi morfologi dalam meningkatkan
pemaparan ke lingkungan dan meningkatkan peranan ekologis organisme ini
Ilmu Mikrobiologi
Page 41
sebagai pengurai. Jamur lendir memiliki siklus hidup yang kompleks yang
merupakan adaptasi yang memperbesar kelangsungan hidup dalam habitat
yang berubah-ubah dan memudahkan penyebaran ke sumber makanan baru.
Jamur Lendir Plasmodial (Myxomycota)
Jamur lendir plasmodial lebih menarik dibandingkan dengan namanya.
Banyak diantara spesies ini berpigmen terang, umumnya berwarna kuning
atau oranye, tetapi semuanya adalah heterotropik. Tahapan memperoleh
makan dalam siklus hidupnya merupakan suatu masa amoebid yang disebut
plasmodium, yang dapat tumbuh hingga diameternya mencapai beberapa
sentimeter. Berukuran besar, plasmodium tidaklah multiseluler; Plasmodium
adalah suatu masa tunggal sitoplasma yang tidak dibagi oleh membran dan
mengandung banyak nukleus. Pada sebagian besar spesies, nukleus
plasmodium adalah diploid dan pembelahannya sinkron, dengan masingmasing dari ribuan nukleus melalui setiap tahapan mitosis pada saat yang
bersamaan. Karena karakteristik ini, jamur lendir plasmodial digunakan untuk
mempelajari rincian molekuler pembelahan mitosis. Di dalam saluran halus
plasmodium, aliran sitoplasma pada awalnya satu arah, kemudian ke arah
lainnya, mmengalir bergetar dengan sangat cantik jika diamati dengan
menggunakan mikroskop. Aliran sitoplasma tersebut sesungguhnya membentu
menyebarkan makanan dan oksigen. Plasmodium menelan partikel makanan
melalui fagositosis, sambil tumbuh dengan cara menjulurkan pseudopodia
melalui tanah yang lembab, busukan daun-daunan, atau kayu yang membusuk.
Jika habitat suatu jamur lendir mulai mengering atau tidak ada makanan yang
Ilmu Mikrobiologi
Page 42
tahap
pembelahan
sitoplasmik
akan
membentuk
suatu
Ilmu Mikrobiologi
Page 43
Ilmu Mikrobiologi
Page 44
suatu bahan kimia penarik yang mereka sekresikan. Dalam fase seksual
Dictyostelium, sepasang amoeba haploid menyatu
9. Untuk membentuk suatu zigot, yang merupakan satu-satunya tahapan
diploid dalam siklus hidup tersebut
10. Zigot akan menjadi sel raksasa dengan cara mengkonsumsi amoeba
haploid di sekitarnya. Sel raksasa itu kemudian dikelilingi oleh suatu
dinding yang resisten. Sel raksasa yang terbungkus sista itu mengalami
meiosis, yang diikuti oleh beberapa pembelahan mitotik.
11. Menyempurnakan bagian seksual siklus hidup, amoeba haploid baru
dilepaskan ketika sista pecah. Amoeba akan memakan bakteri dan
12. Akhirnya membentuk suatu agregat seperti sel amoeboid yang dihasilkan
dari reproduksi aseksua.
Ilmu Mikrobiologi
Page 45
Struktur sitoplasmik
Sitoplasma sel eukariot ditandai oleh adanya retikulum endoplasma, vakuola,
plastid yang bisa membelah sendiri, dan sitoskeleton besar yang tersusun dari
mikrotubulus, mirofilamen, dan filamen intermediet.
Retikulum endoplasma (RE) adalah sebuah jaringan terdiri dari kanal-kanal
yang ada di dalam membran dan berhubungan dengan membran inti. Diketahui
Ilmu Mikrobiologi
Page 46
terdapat dua tipe retikulum endoplasma: RE kasar, yang dilekati oleh banyak
ribosom; dan RE halus, yang tidak memiliki ribosom. Retikulum endoplasma
kasar berperan dalam sintesis gliokprotein dan juga memproduksi bahan membran
baru yang diangkut ke seluruh bagian sel, sedangkan RE halus berperan dalam
sintesis lipid dan beberapa dalam sintesis lipid dan beberapa bagian metabolisme
karbohidrat.
Aparatus golgi terdiri atas tumpukan membran. Aparatus golgi bersama-sama
dengan RE berfungsi untuk memodifikasi secara kimiawi dan memilah-milah
produk yang akan disekresikan ke bagian sel yang membutuhkan dan produk RE
yang berfungsi pada struktur sel bermmbran lainnya.
Plastid terdiri dari mitokondria dan kloroplas. Mitokondria seukuran dengan sel
prokariot dan memiliki dua lapis membran. Membran paling luar menutupi
membran dalam yang berlipat-lipat, lipatan tersebut disebut krista. Krista
merupakan tempat sistem transpor elektron pernafasan. Kloroplas adalah organel
sel fotosintetik yang mampu mengubah energi sinar matahari menjadi energi
kimia melalui proses fotosintesis. Ukuran, bentuk, dan jumlah kloroplas tiap sel
sangat bervariasi. Berbeda dengan mitokondria, kloroplas umumnya jauh lebih
besar ukurannya dengan sel prokariot. Mitokondria dan kloroplas memiliki DNA
mereka sendiri, yang mengode sebagian komponen protein mereka dan
mentransfer DNA.
Suatu variasi mikroorganisme eukariot yang bersifat aerotoleran atau anaerobik
yang tidak memiliki mitokndria, sebagai gantinya memiliki organel pernafasan
Ilmu Mikrobiologi
Page 47
LAPISAN PERMUKAAN
Sitoplasma dilapisi oleh membran plasma yang tersusun atas protein dan
fosfolipid, serupa dengan membran sel prokariot. Sebagian besar sel hewan tidak
memiliki lapisan permukaan tambahan; namun sel tumbuhan memiliki dinding sel
di bagian luar yang tersusun dari selulosa. Banyak organisme eukariot juga
memiliki dinding sel di bagian luar, yang mungkin tersusun dari bahan
polisakarida seperti selulosa atau kitin, atau mungkin oleh bahan inorganik,
seperti dindin silika diatom.
ORGANEL MOTILITAS
Ilmu Mikrobiologi
Page 48
DAFTAR PUSTAKA
Jawetz, Melnick, dan Adelberg . 2007. Mikrobiologi Kedokteran editor
edisi bahasa Indonesia . EGC : Jakarta
Ilmu Mikrobiologi
Page 49
Ilmu Mikrobiologi
Page 50