Tingkat penyerapan pada masing-masing jenis asam nukleat berbeda-beda, dan

untuk mengetahui sampel asam nukleat yang diuji adalah sampel murni maka
hasil penyerapan pada panjang gelombang 260/280 nm (OD 260/280) adalah
kisaran 1.8 (untuk DNA) atau 2.0 (untuk RNA). Oleh karena itu, jumlah sampel
yang akan diuji pada spektrofotometer ditentukan, yaitu:
a.

50 g/mL solution of dsDNA

b.

33 g/mL solution of ssDNA

c.

20-30 g/mL solution of oligonucleotide

d.

40 g/mL solution of RNA.

(Kusumawati, L et al, 2015, OGT,2011)

Perbedaan ini disebabkan oleh structural properties pada asam nukleat
dimana disebabkan oleh adanya interaksi antara sifat hidrofobik dan dipol dari
tiap-tiap basa pada sistem elektron sehingga terdapat kemungkinan terjadinya
penumpukkan pada susunan pararel double helix , atau dikenal dengan efek
hipokromik(OGT, 2011).
Selain memperhatikan jenis asam nukleat yang akan digunakan, hal selanjutnya
yang harus diperhatikan adalah larutan yang digunakan untuk melarutkan
sampel. Larutan yang digunakan untuk melarutkan sampel tidak bersifat asam
maupun basa. Larutan yang bersifat asam (pH 3-4) dapat menghidrolisis ikatan
glikosidik pada asam nukleat, dan larutan yang bersifat basa (7-8) dapat
menyebabkan basa nitrogen mengalami tautomerasi. Larutan yang cocok untuk
melarutkan sampel yang akan dispektrofotometri adalah larutan air atau larutan
buffer dengan tingkat garam rendah (misalnya : Tris atau TE). Dengan larutan ini
sampel dapat larut dengan baik dan dapat dibaca berulang-ulang (reproducible
readings) pada spektrofotometer dan dapat hasil yang didapatkan pada
spektrofotometer menggunakan larutan ini kisaran 1.8 dan 2.0 (OGT,2011).
Setelah memperhatikan hal-hal di atas, spektrofotometer pun dilakukan. Hasil
penyerapan yang di dapatkan dapat digunakan untuk menghitung konsentrasi
sampel dengan menggunakan rumus di bawah :

Konsentrasi sampel = Jumlah laruan sampel OD260 faktor

dilusi
(Kusumawati, L et al, 2015)

Bibliography
Technology, O. G. (2011, August 23). Understanding and Measuring Variations in
DNA Sample Quality. Retrieved September 13, 2015, from Oxford Gene
Technology:

www.ogt.com/resources/literature/483_understanding_and_measuring_vari
ations_in_dna_sample_quality