Salah satu masalah yang dihadapi dalam pengelolaan waduk adalah masalah sedimentasi.

Sedimentasi yang terjadi pada waduk dapat disebabkan akibat erosi yang terjadi pada lahanlahan kritis yang terdapat pada daerah tangkapan waduk. Jika material sedimen yang terbentuk
akibat erosi lahan tersebut masuk ke dalam aliran sungai dalam jumlah yang besar maka akan
menyebabkan laju sedimen yang masuk ke dalam waduk menjadi besar bahkan akan melampaui
laju sedimen rencana. Akibat sedimen yang mengendap di dasar waduk, kapasitas tampungan
dan kapasitas tampungan efektif waduk akan mengalami penyusutan. Demikian juga dengan usia
rencana waduk, usia rencana waduk akan mengalami percepatan pengurangan.
Untuk menambah usia waduk dapat dilakukan dengan pengerukan dasar waduk, dengan
prioritas pekerjaan adalah pada titik-titik dimana dimungkinkan terganggunya aktivitas
operasional waduk. Terutama untuk menjaga keamanan daerah sekitar saluran intake untuk
turbin pembangkit listrik.
Pola penyebaran sedimentasi di dasar waduk tergantung dari topografi waduk, ukuran
butir sedimen, dan pola operasi waduk. Pengaruh sedimentasi terhadap berkurangnya volume
waduk dapat menyebabkan berkurangnya volume efektif waduk dan tingkat operasional waduk.

Selama banjir profil muka air di atas bendungan akan mencapai ketinggian maksium di atas
tampungan efektif waduk. Perhitungannya disesuaikan dengan kondisi dari karakteristik tahap
debit pengeluaran, sebagaimana diatur oleh pintu operasi, geometri dan hidrolik karakteristik
sepanjang jangkauan serta karakteristik debit dari hidrograf pemasukan.
Profil aliran diatas waduk bisa dihitung dengan menggunakan model aliran
seragam seperti HEC-2 (US Army, 1990) atau model aliran tidak seragam seperti UNET
(US Army, 1992) dan DAMBRK (fread, 1988).
Ketika arus banjir tidak seragam yang disalurkan melalui waduk, penyimpanan sementara
banjir secara signifikan akan mengurangi puncak banjir di bendungan. Sedimentasi yang
mengurangi penyimpanan banjir tidak hanya akan meningkatkan profil aliran di atas bendungan
karena naiknya endapan, tetapi juga akan meningkatkan debit puncak di bendungan. Dengan cara
ini, sedimentasi yang luas dapat menyebabkan kapasitas desain pelimpah untuk dilampaui.
Hasil dari satu atau beberapa waduk dapat dianalisis dengan perhitungan keseimbangan untuk
volume penyimpanan yang diberikan, menggunakan persamaan kontinuitas memiliki bentuk
umum sebagai berikut:
Penyimpanan t = penyimpanan t-1 + inflow - outflow - kehilangan
Penyimpanan adalah volume air yang tertampung di waduk. Inflow mencakup
semua aliran yang masuk ke waduk. Outflow mencakup semua pelepasan terkontrol dari
waduk. Kelilangan mencakup penguapan, dan rembesan. Dengan mengungkapkan
geometri waduk menggunakan tahap-daerah dan kurva tahap-penyimpanan,
Sebuah analisis perilaku untuk waduk dengan menggunakan dataset historis dapat
dilakukan menggunakan perangkat elektronik. Sebuah sistem sederhana dan kompleks, termasuk
beberapa DAS, dapat dianalisis dengan model komputer seperti HEC-5 (US Army, 1982) dan
Ackers Reservoir Simulation Program (ARSP) - Boss International 1993.
Dalam memanfaatkan tampungan waduk harus diingat bahwa kuantitas air sangat
terbatas, sehingga pemakaian air harus dilakukan sebaik mungkin. Pengaturan pendistribusian air
di

waduk

sangat

berkesinambungan.

diperlukan

dalam

menentukan

pelepasan

yang

terencana

dan