Dimulai dari Sipadan-Ligitan, Indonesia-Malaysia memasuki babak baru dalam

hubungan antar kedua negara: konflik perbatasan. Setelah diklaim oleh masing-masing negara,
kedua pulau yang berada di Selat Makassar itu pada 2002 diputuskan sebagai wilayah teritorial
Kerajaan Malaysia oleh Mahkamah Internasional.
Setelah kasus itu, perbatasan menjadi persoalan sensitif bagi kedua negara. Beberapa
sengketa terjadi di sejumlah titik perbatasan, seperti Blok Ambalat (yang disebut Blok XZY dan
diklaim miliknya oleh Malaysia), Tanjung Berakit, Pulau Jemur, Gasong Niger, dan Camar
Bulan.
Di antara wilayah-wilayah sengketa itu, Ambalat dan Tanjung Berakit termasuk yang
paling banyak mendapat perhatian media.
Blok Ambalat adalah sebuah wilayah laut di arah timur Kalimantan Timur. Menurut
laporan Tempo 15 Maret 2005 yang dikutip Eriyanto dalam peneltian itu, Blok Ambalat
diperebutkan karena mengandung potensi kekayaan alam, dari cadangan minyak hingga gas
bumi. Potensi cadangan minyak di Ambalat mencapai 62 juta barel, sedangkan gas bumi
mencapai 348 miliar kaki kubik gas bumi. Jumlah ini sangat besar, bila misalnya dibandingkan
dengan ladang minyak Tarakan, Nunukan, Kalimantan Timur, yang dioperasikan Medco E&P
yang hanya memproduksi 666 barel minyak dan 363 ribu kaki kubik gas per hari.
Jika Ambalat menyimpan cadangan minyak alam dan gas bumi dalam jumlah besar,
Tanjung Berakit dipersengketakan karena kekayaan alam lainnya: ikan. Di wilayah perairan yang
berada di antara Riau dan Malaysia itu, sering terjadi pelanggaran tapal batas oleh masingmasing kapal nelayan dari kedua negara. Malaysia menganggap kapal nelayan Indonesia mencuri
ikan di perairan negara mereka, sebaliknya pemerintah Indonesia juga punya tuduhan serupa.

Pangkal masalahnya adalah adanya perselisihan pandangan mengenai titik batas wilayah masingmasing.