Anda di halaman 1dari 8

1,REGULASI EKSPRESI GEN DAN PERKEMBANGANNYA PADA

EUKARIOT
Apabila dilakukan pemeriksaan secara mikroskopik terhadap sel saraf, sel-sel
ginjal, sel hati, sel tulang, maupun sel rambut, dapat ditemukan begitu banyak
perbedaan fenotip dari sel-sel tersebut. Hal ini terjadi karena tidak semua gen
yang ada di dalam nukleus diekspresikan pada sel yang ada di saat yang
sama. Bahkan, pada differensiasi sel-sel eukariot tingkat tinggi, hanya
sebagian kecil (kurang dari 10 %) dari gen yang diekspresikan pada beberapa
jaringan. Namun, jawaban yang lebih rinci dari pertanyaan ini muncul lebih
cepat pada kasus lalat buah Drosophila melanogaster dan cacing kecil
Caenorhabditis elegans.
Adanya regulasi gen membuat masing-masing kelompok gen menghasilkan
jaringan ataupun organ yang sesuai dengan masing-masing individu.
Misalnya, pada lalat buah, nantinya akan akan memiliki organ yang sesuai
ditempat yang tepat, seperti antena dan mata di kepala, kaki dan sayap di
toraks, dan organ genital di abdomen. Tetapi, mutasi pada kunci regulasi gen
dapat merusak bentuk normal dari perkembangan hingga menghasilkan lalat
buah yang memiliki struktur seperti kaki pada tempat dimana seharusnya
terdapat antena. Dengan kata lain, ekspresi dari gen diatur dan koordinasi
regulasi dari ekspresi gen bertanggung jawab terhadap keanekaragaman sel
yang berkembang selama perkembangan tumbuhan dan hewan tingkat tinggi.
2.Differensiasi Selular pada eukariotik Tingkat Tinggi
Selama perkembangan eukariot tingkat tinggi, sel zigot mengalami
pembelahan mitosis dan membentuk tipe-tipe sel dengan morfologi yang
berbeda. Tipe ini sangat terspesialisasi dan hanya memiliki fungsi metabolik
tertentu. Misalnya, sel darah merah terspesialisasi untuk sintesis dan sebagai
tempat untuk menyimpan hemoglobin. Contoh lainnya yaitu sel-sel saraf yang
mampu mensintesis neurotransmiter. Melalui mekanisme apa sel-sel tersebut
berdeferensiasi satu sama lain selama pertumbuhan dan perkembangan
suatu organisme? Melalui mekanisme apa ekspresi gen-gen neurotransmiter

di neuron dan rendahnya ekspresi ggen-gen ini pada tipe sel lainnya dapat
terjadi?
Satu-satunya jawaban definitif atas pertanyaan ini yaitu bahwa ekspresi
gen-gen ini dikontrol, setidaknya pada tingkat transkripsi. Molekul-molekul
RNAd hemoglobin dijumpai pada sel-sel darah merah, tetapi tidak dijumpai
ditipe sel lainnya yang tidak mensintesis hemoglobin. Diferensiasi terjadi
melalui regulasi ekspresi gen, dibandingkan melalui perubahan komposisi
genom. Misalnya pada sel darah merah mamalia, nukleus dari sel darah
merah ini dibuang pada tahap akhir diferensiasi, sehingga nukleus tersebut
dibutuhkan hanya dalam waktu yang tidak lama.

Selama perkembangan tanaman dan hewan, ekspresi gen kelihatannya


diregulasi pada beberapa level yang berbeda, yaitu pada saat transkripsi,
pemprosesan pre-mRNA, stabilitas mRNA, translasi, pemprosesan protein
post translasi, stabilitas protein dan fungsi enzim. Akan tetapi, data yang
ditunjukkan saat ini bahwa ekspresi gen pada dasarnya diregulasi pada level
transkripsi dan pemprosesan pre-mRNA. Jelasnya, regulasi juga terjadi pada
level- level lainnya. Regulasi pada level translasi adalah hal yang penting
untuk kontrol keseluruhan proses metabolik pada makhluk hidup. Akan tetapi,
mekanisme regulasi yang memiliki efek terbesar terhadap fenotip yaitu pada
level transkripsi dan pemprosesan DNA.
Beberapa proses perkembangan pada eukariot tinggi dikontrol melalui
preprogrammed circuis of gene expression. Dalam hal ini, beberapa peristiwa

(misalnya pelepasan hormon dalam aliran darah atau fertilisasi telur) akan
merangsang ekspresi sekelompok gen tertentu. Hasil dari satu atau lebih gengen ini merupakan fungsi dari turning off transkripsi dari sekelompok gen-gen
pertama, dan atau turning on transkripsi dari sekelompok gen kedua, dan
begitu seterusnya.
Pada eukariot, hormon-hormon dapat merangsang ekspresi sekelompok
gen. Selain itu, gen- gen regulatori juga dilibatkan dalam pengontrolan polapola diferensiasi. Dalam beberapa kasus, elemen regulatori disebut sebagai
enhancers dan silencers yang mengatur ekspresi gen dari promoter
terdekatnya. Akan tetapi, ertanyaan tentang bagaimana enhancer dan silencer
bekerja dalam mengontrol ekspresi gen masih harus diteliti lebih lanjut.
3.Contoh-contoh Neoklasikal Perkembangan Regulasi Ekspresi Gen
Gambaran mengenai transkripsi pada kromosom lampbrush dan amplifikasi
gen-gen RNA ribosomal pada oosit amphibi merupakan dua contoh penting
terkait peristiwa regulasi ekspresi gen yang mendahului teknologi DNA
rekombinan.
4. Populasi gen transkripsi adalah divergen pada perbedaan tipe sel
Pada eukaryote hanya sebagian kecil genom yang di representasikan
antara molekul RNA pada banyak jenis sel. Hal ini di demontrasikan oleh
RNA-DNA saturation hybrodation experiment eksperimen hibridasi kejenuha
RNA-DNA

RNA di ekstrak dari sel-sel tertentu dan dibolehkan untuk dihibridasi


dengan DNA inti total (denaturated)

RNA di tambahkan pada reaksi hibridasi yag berlebih (relative pada


kosentrasi DNA) sehingga semua squens komplementari DNA pada sequence
direpresentasikan antara populasi RNA yang membentuk RNA-DNA hybrid.

Penyediaan bagian genom yang ditunjukkan oleh squens populasi


mRNA pada jenis sel tertentu.

Hasilnya : kurang dari 10 % dari DNA pada genom di representasikan


antara molekul mRNA pada sitoplasme dari satu jenis sel. Contoh
*
Pada mencit, 2 sampai 5 % sequence DNA direpresentasikan oleh
adanya mRNA pada sel hati.
*

Pada sel-sel otak banyka terdapat macam RNA transkrip

*
Pada kodok xenopus, 8 % sequence DNA direprentasikan oleh mRNA
sel otak. mRNA dari oost xenopus pada sisi lain terdiri dari sequence homolog
kurang dari 1 % sequence DNA. Hal ini benar oleh karena itu mayoritas

sequence DNA pada genom eukariot yang lebih tinggi tidak direpresentasikan
antara mRNA pada satu jaringan atau satu jenis sel.
Perbedaan set gen yang dijelaskna dan perbedaan trnaskrip primer diproses
dalam mRNA pada perbedaan jenis diferensiasi sel. Biasanya bebrapa gen
yang sama dan beberapa gen yang berbeda dijelaskan pada perbedaan
jaringan. Ha ini didemonstrasika pada eksperimen RNA-DNA hibridasi
kompetitif RNA-DNA competitive hybridation experiment satu ukuran jumlah
radioaktiv yang diberi label
1.

RNA dari satu jenis sel yang hybrid pada DNA genom total

2.

Pada tmpat yang tidak ada radioaktiv RNA dari jenis sel yang kedua.

Jika kedua jenis terdiri dari populasi RNA yang berbeda, jumlah yang sama
dari populasi RNA yang diberi label akan bersilangan dengan DNA dengan
ada tidaknya RNA pelngkap. Jika keduanya overlap, jumlah dari RNA hidrib
akan dukurangi pada bagian tingkat overlap (pengurangan pada bagian equal
ke bagian dari sequence RNA yang diberikan).
Eksperimen ini mengindikasikan bahwa sequence RNA ada ada
populasi RNA yang diambil dari jaringan yang berbeda atau jeni sel yang
berbeda (10-100%). E.davidson dan koleganya mendeteksi tdak adanya
mRNA pda oosit dan blastula dari xenopus leavis. Pada hati mencit, dan selsel ginjal terdiri dari kelompok mRNA diperkirakan berbeda pada komposis
sequence antara 15-70 %. Mereka mengindikasikan bahwa perbedaan set-set
gen dijelaskan dan perbedaan transkrip diproses dalam mRNA pada jenis sel
yang berbeda.
90 % sequence DNA tidak direpresentasikan antara populasi mRNA,
ada hipotesis bahwa gen eukariot dikemas dalam kromatin pada representasi
nonspesifik, dan bahwa regulasi transkripsi dan atau proses traskrip terjadi
oleh mekanisme positif activator gen tertentu. Aktiavtor ini dipicu untuk
mengatur transkrip gen tertentu. Pada beberapa kasus, aktivasi diketahui
melibatkan sequence cis-acting regulator yang disebut enhancers. Bukti-bukti
mengindikasikan bahwa protein kromosomal nonhiston berfungsi sebagai
activator transkripsi. Pada kasus lain menyangka bahwa proses regulasi pada
RNA transkripsi penting untuk pengontrolan pada diferensiasi mengendalikan
pada eukariot.
Histon bertanggung jawab pada kekurangan pada represi nonspesifik
dari gen eukariot, protein histon tersebut tidak termasuk dalan histon H1,
diketahui menjadi komplek dengan DNA pada nukelosom. Histon-komplexed
DNA ditrnaskrip kurang efisien pada sisten trnaskrip in vitro daripDNA sama
stelah removal dari histon. Histon yang sama ada pada kromatin jenis yang
berbeda dari diferensiasi sel-sel, jadi scientist tpercaya bahwa histon tidak
berfungsi sebagai repressor atu activator transkripsi. Belum lam ini scientist

percaya bahwa modifokasi histon seperti phophorilation dan acylation dari


kunci asam amino dimasukkan dalam regulasi transkripsi.
5. Regulasi dengan Splicing Alternatif Transkripsi
Seperti yang telah diketahui pada bagian sebelumnya bahwa regulasi transkripsi
memiliki peranan penting dalam mengontrol perkembangan pada organisme eukariot. Hal ini
tidak berarti bahwa cara regulasi lain tidak penting. Proses regulasi transkripsi terjadi pada
banyak sistem dan terjadi dengan beberapa mekanisme. Regulasi terjadi dengan merubah
stabilitas transkripsi, diferensiasi transpot ke sitoplasma, dan dengan diferensiasi translasi
dari proses transkripsi (Gardner,1991).
Gen dengan intron yang banyak dapat memberi masalah yang rumit pada mesin
splicing. Intron-intron tersebut dapat dihapus secara terpisah maupun kombinasi, bergantung
pada interaksi mesin splicing dengan RNA. Jika dua intron berturut-turut dihapus bersamaan,
ekson yang terletak diantara intron-intron tersebut juga akan terhapus. Disinilah, mesin
splicing memiliki kesempatan untuk mengubah urutan pengkodean RNA dengan menghapus
beberapa eksonnya. Fenomena transkrip splicing RNA dengan
cara
yang
berbeda
merupakan cara penghematan informasi genetik. Splicing alternatif transkrip membuatkemun
gkinan bagi sebuah gen tunggal untuk mengkodekan polipeptida yang berbeda (Snustad,
2012).
Sejumlah contoh dari splicing alternatif telah diketahui. Salah satunya adalah
transkripsi dari antena Drosophila yang diketahui mengalami splicing alternatif pada fase
embrio dan pupa.

Contoh lain dari splicing alternatif terjadi pada kasus gen tropomiosin
dari Drosophiladan hewan verterbrata. Tropomiosin adalah protein yang menengahi interaksi
antara aktin dan troponin dan membantu regulasi kontraksi otot. Pada jaringan yang berbeda,
otot maupun nonotot, dicirikan dengan kehadiran isoform tropomiosin yang berbeda. Hal ini
dapat diartikan bahwa banyak isoform diproduksi dari gen yang sama oleh splicing alternatif
(Gardner,1991).
Contoh lain dari splicing alternatif tejadi selama ekspresi gen troponin T, yaitu suatu
protein yang ditemukan pada otot skeletal dari vertebrata. Ukuran dari protein ini antara 150250 asam amino. Pada tikus, gen troponin T terdiri dari 18 exon yang berbeda. Transkripsi
pada gen ini displicing dengan cara yang berbeda untuk menghasilkan sejumlah mRNA.
Ketika ditranslasi banyak polipeptida troponin T yang dihasilkan. Semua polipeptida
membagi asam amino dari ekson 1-3, 9-15, dan 18. Daerah yang tidak dikodekan (4-8) oleh
ekson mungkin di berikan atau dihilangkan, bergantung kepada pola splicing dan juga pada
banyaknya kombinasi. Susunan mRNA dimediasi oleh spliceosomes (organel inti) (Snustad,
2012).

(Sumber: Snustad, 2012)


Beberapa tipe dari sistem splicing (Lewin,2004):
1.
Intron dihapus dari pre-mRNA inti dari eukariot tingkat tinggi oleh sebuah sistem
yang hanya mengenal urutan konsensus pada batas intron-ekson dan dalam intron. Reaksi ini
memerlukan sejumlah alat splicing (spliceosome).
2.
RNAs tertentu memiliki kemampuan untuk menghilangan intron mereka.
3.
Penghapusan
intron
dari
prekursor
inti
tRNA
yeast
melibatkan
kegiatan enzimatik yang menangani substrat dengan cara yang mirip dengan enzim
pemrosesan tRNA yang memiliki fitur penting yang sesuai dengan prekursor tRNA.
Saat ini kita belum dapat mengetahui bagaimana pentingnya penggunaan alternatif
splicing yang bisa merubah keseluruhan ekspresi gen. Yang dapat diketahui hanyalah contohcontoh baru dari penggunaan alternatif splicing transkipsi yang ditemukan hampir setiap hari.
Jelasnya, regulasi ekspresi gen oleh control jalan alternatif splicing memiliki mekanisme
yang signifikan dalam regulasi pada eukariot tingkat tinggi (Gardner,1991).
Regulasi Ekspresi Gen Jalur Kompleks Pada Eukaryote
Menurut R.J. Britten dan E.H Davidson regulasiekspresi gen pada eukaryote
melibatkan banyak gen. Menurut model tersebut sensor gen memilki binding site yang
bersifat spesifik pada satu signal. Ketika suatu sensor gen menerima signal, maka sensor gen
akanberinteraksidengan integrator gen menghasilkan activator RNA yang akan berinteraksi
dengan sequence khusus pada reseptor gen yang dapat memicu transkripsi yang dekat dengan
producer gen.

Model menggunakan lebih dari 1 integrator gen

Pembentukan RNAd pada model 2 Davidson dan


Model
Britten adalah di mulai dari gen struktural yang terletak
menggunakan lebih di constitutive transcription units yang akan di
dari 1 reseptor gen transkripsikan pada level basal pada semua sel. Namun
(a)
transkripsi ini hanya akan di proses pada sel. Transkripsi
konstritutif ini hanya di proses pada sel yang
mengandung intergrating regulatory transcript.Pada akhirnya akan di transkripsikan sel
dengan yang spesifik dan harus ada sebelum hasil transkripsi konstitutif dari gen struktural
tersebutdapat di proses menjadi RNAd.
Intergrating regulatory transcript mengandung sekuen repetitif yang berinteraksi
dengan hasil transkripsi gen struktural yang berbeda seperti gen intergrator repetitif yang
berinteraksi dengan gen-gen reseptor yang berbeda pada model Davidson-Britten yang asli.

6. Mekanisme Regulasi Transkripsi Pada Eukariotik Tingkat Tinggi


Pada E. Coli , holoenzim, RNA polymerase mengandung semua informasi
yang dibutuhkan untuk inisiasi transkripsi dengan memberikan sinyal promoter
yang sesuai. Akan tetapi RNA polymerase II pada eukariot yang
mentrankripsikan sebagian besar gen-gen inti pengkode protein, tidak dapat
menginisiasi transkripsi secara tepat dalam keadaan in vitro tanpa adanya
penambahan 4 protein asesori/ factor transkripsi pada umumnya. Kebutuhan

terhadap transkripsi ini membutuhkan tapak-tapak tambahan regulasi


transkripsi lainnya dalam proses regulasi transkripsi.
7.
Regulasi sirkuit kompleks Gen pada eukariot
Ada beberapa model yang telah dikemukakan oleh beberapa ahli dan salah satu yang
terkenal adalah model yang dikemukakan oleh R.J. Britten dan E.H. Davidson. Model tersebut
mengemukakan bahwa integritas regulasi sekelompok gen-gen structural oleh gen-gen regulator
kompetitif. Model tersebut menghitung sekun DNA kopi tunggal penyela dan sekuen DNA
repetitif. Berdasarkan model Britten dan Davidson, gen-gen sensor spesifik menunjukkan sekuen
pengikatan spesifik. Ketika gen sensor menerima sinyal yang sesuai, mereka akan mengaktifkan
transkripsi gen-gen yang berdekatan.menurut Britten dan Davidson menyatakan bahwa produk
gen integrator merupakan activator RNA yang berintrraksi secara langsung dengan gen-gen
reseptor yang merangsang transkripsi contiguous producer genes (analog dengan gen structural
pada operon prokariotik).
Pembuatan gen-gen reseptor atau gen integrator secara redundan, berbagai macam gengen produser dapar diaktifkan sebagai respon terhadap sinyal yang berbeda. Apabila gen
integrator dan reseptor memang redundan,complex integrated circuits ekspresi gen dapat mudah
ditemukan. Gambaran yang menarik terhadap model Britten dan Davidson bahwa model ini
memberikan alas an yang logis terhadap pola penyela sekuen DNA repetitive dan sekuen DNA
kopi tunggal. Bukti langsung mengindikasikan bahwa sebagian gen sruktural (gen-gen produser)
merupakan sekuen DNA kopi tunggal. Berdasarkan model Britten dan Davidson, sekuen DNA
repetitive yang berdekatan mengandung berbagai macam gen-gen regulator (sensor, integrator,
dan gen-gen reseptor).
Kajian selanjutnya

tentang

perbadingan

kompleksitas

antara

populasi

hnRNA

(Heterogenous nuclear DNA) dan populasi RNAd [ada tipe sel yang berbeda menunjukkan
bahwa hnRNA lebih kompleks daripada RNAd. Hal tersebut menunjukkan bahwa regulasi terjadi
pasca transkripsi selama pemrosesan RNA, yaitu pada tahap hnRNA menjadi RNAd.
Model kedua yang dikemukakan oleh Britten dan Davidson mengemukakan bahwa ekspresi
gen diregulasi pada tingkat pemrosesan RNA. Berdasarkan model ini sebagian gen struktural
berada di constitutive transcription units yang akan ditranskripsikan pada level basal pada semua
sel. Hasil transkripsi konstritutif ini hanya akan diproses pada sel yang mengandung integrating
regulatory transcript yanga akan ditranskripsikan sel dengan cara yang spesifik. Dan harus ada
sebelum hasil transkripsi kontitutif dari gen structural tersebut diproses menjadi RNAd.
Iintegrating regulatory transcript mengandung sekuen repetitive yang berinteraksi dengan hasil
transkripsi gen structural yang berbeda seperti gen integrator spesifik yang berinteraksi gengan
gen gen reseptor berbeda pada model Britten dan Davidson yang asli. Perbedaan utama yaitu
bahwa regulasi terjadi pada post transkripsi selama pemrosesan RNA pada model BrittenDavidson dan bukan pasa saat transkripsi seperti yang telah dikemukakan pada model yang
pertama.