Anda di halaman 1dari 13

BAB 7

REKOMBINASI: PENGERTIAN, HUBUNGAN DENGAN


PERAN TERHADAP PROSES EVOLUSI SERTA KEJADIANNYA
Pada tahun 1911 atas dasar percobaan persilangan pada Drosophila
melanogaster, T.H. Morgan mengajukan interpretasinya tentang pautan (Gardner,
dkk., 1991). T.H. Morgan juga merupakan orang pertama yang menghubungkan
pautan dan pemisahan kromosom-kromosom homolog maupun kejadian pindah
silang antara kromosom-kromosom homolog selama meiosis. Berkenaan dengan
hubungan antara pautan dan kejadian pindah silang itu, T.H. Morgan mengajukan
hipotesis bahwa selama meiosis berlangsung pertukaran fisik antara kromosomkromosom yang berakibat terjadinya rekombinasi genetik yang pada saat ini
sudah diakui secara umum. Di lain pihak baru pada 1931, bukti fisik pertama
tentang hubungan antara rekombinasi genetik dan pertukaran kromosom
ditemukan alas dasar hasil percobaan H. B. Creighton dan B. Mc. Cirntock pada
jagung, serta hasil percobaan C. Stern pada D. melanogusier (Russel, 1992). Sejak
saat itu hingga kini sudah cukup banyak fenomena rekombinasi genetik yang
dikaji, di kalangan kelompok makhluk hidup aseluler, seluler prokariotik dan
eukariotik termasuk dalam organel-organel yang memiliki materi genetik; bahkan
fenomena rekombinasi genetik itu ditemukan juga di lingkup plasmid.
Dewasa ini sudah ada pendapat yang menyatakan bahwa semua molekul
DNA merupakan DNA rekombinan (Watson, dkk., 1987). Dalam hubungan ini
sudah ada kesadaran bahwa rekomendasi bukanlah sesuatu kebetulan tetapi
sebaliknya merupakan suatu proses seluler esensial, yang dikatalisasi oleh
enzim-enzim yang dikode oleh sel sendiri.
Pengertian Rekombinasi dan Hubungannya dengan Mutasi
Pada berbagai sumber acuan, rekombinasi ditulis sebagai rekombinasi
genetik ataupun rekombinasi gen dalam makna yang sama. Rekombinasi diartikan
sebagai peristiwa pembentukan suatu asosiasi baru dari molekul-molekul DNA
atau kromosom (Ayala, dkk., 1984). Asosiasi baru itu dapat juga terbentuk dari

bagian-bagian molekul-molekul DNA (kromosom). Sumber lain menyatakan


bahwa rekombinasi adalah proses yang berakibat terbentuknya kombinasikombinasi gen yang baru pada kromosom (Klug dan Cummings, 1994).
Antara rekombinasi dan mutasi sebenaruya tidak ada hubungan, terkecuali
bahwa kedua peristiwa itu sama-sama menimbulkan perubahan materi genetik;
dan memang beberapa peristiwa rekombinasi juga menimbulkan perubahan
fenotipik yang lazimnya merupakan dampak mutasi (Brown, 1989). Terkait
dengan hal tersebut, secara fisik rekombinasi menyebabkan penataan kembali
struktur materi genetik.
Peran Rekombinasi Terhadap Proses Evolusi
Banyak ahli menyatakan bahwa pindah silang penting di dalam proses
evolusi (Gardner, dkk., 1991). Dinyatakan lebih lanjut bahwa pindah silang
bersama del Igan kombinasi secara bebas merupakan mekanisme-mekanisme
yang menghasilkan kombinasi-kombinasi gen baru. Proses seleksi alam
selanjutnya hanva mempertahankan kombinasi-kombinasi yang menyebabkan
organisme paling sesuai hidupnya. Pada Kenyataannya rekombinasi memang
merupakan suatu mekanisme sumber variasi genetik (Watson, dkk., 1987) di
samping alternatif yang lain. Masih ada satu hal lagi yang pasti berkenaan dengan
peran rekombinasi sebagai suatu mekanisme sumber variasi genetik, adalah
bahwa evolusi mekanisme-mekanisme yang mendorong pertukaran genetik antar
individu benar-benar nyata dalam biologi seluruh organisme, mulai dari prokariot
hingga ke eukariot tinggi (Ayala, dkk., 1984).
Rekombinasi juga memungkinkan sel untuk memperbaiki urut-urutan
nukleotida yang hilang, di saat molekul DNA mengalami kerusakan akibat radiasi
ataupun senyawa kimia, dengan cara mengganti bagian yang mak dengan
sepenggal unting DNA yang berasal dari kromosom homolognya. Lebih lanjut
telah diketahui pula bahwa tipe rekombinasi tertentu ikut mengatur ekspresi

Gambar 7.1
Model Rekombinasi Holliday yang memperlihatkan urutan-urutan Kejadian Rekombinasi
yang umum (Ayala, dkk., 1984)

Dewasa ini sudah dikenal beberapa model yang berupaya menjelaskan


bagaimana peristiwa rekombinasi terjadi; namun demikian semua model itu
ternyata memilik: ciri-ciri yang sama. Dalam hal ini dua DNA yang terlibat pada
peristiwa rekombinasi umumnya merupakan molekul-molekul berbeda yang
mempunyai suatu daerah homolog; pada daerah homolog itu urut-urutan
nukleotida sama atau sekurang-kurangnya sangat mirip (Brown, 1989). Lebih
lanjut, molekul-molekul itu berjajar berdampingan, serta berinteraksi melalui
pertukaran bagian-bagian polinukleotida yang identik. Pertukaran bagian-bagian
itu dikatalisasi oleh enzim endonuklease serta dibantu oleh pergeseran unting
yang berakibat terbentuknya suatu percabangan pindah silang. Di lain pihak
terbentuknya percabangan pindah silang itu menimbulkan/mengbasilkan suatu
heteroduplex; dan pada heteroduplex itu polinukleotida yang terputus dibagi di
antara ke dua helix ganda. Celah atau bagian yang terputus itu ditutup oleh enzim
ligase DNA, dan selanjutnya unting-unting ditukar melalui migrasi cabang; dalam
hal ini titik pindah silang bermigrasi sepanjang kedua molekul. Urutan kejadian
umum rekombinasi yang telah dikemukakan, ditunjukkan pada Gambar 7.1
berupa model Rekombinasi Holliday.
Struktur yang terlihat pada Gambar 7.1 h, sudah berhasil ditunjukkan
sebagai hasil rekaman melalui mikroskop elektron (Gambar 7.2). Struktur pada
Gambar 7.1 h itu disebut juga sebagai Holliday intermediate (Russel, 1992) atau
recombination intermediate atau chi form (Strickberger, 1985). Struktur tersebut
ditemukan pada E. coli khususnya terkait dengan plasmid ColE1, sebagai hasil
suatu proses in vivo. Sebenarnya recombination intermediate juga sudah
ditemukan pada "persilangan" fag bakteri maupun pada adenovirus manusia
sebagaimana yang dilaporkan oleh Wolgemuth dan Hsu pada 1980 (Strickberger,
1985). Laporan tentang recombination intermediate tersebut juga didasarkan atas
hasil pengamatan melalui mikroskop elektron.
Sebenarnya tampilan Holliday intermediate pada Gambar 7.2 itu tidak
sama persis dengan ujud aslinya pada situasi in vivo. Ujud asli Holliday
intermediate pada Gambar 7.2 itu terlihat sebagai bentukan angka delapan.

Bentukan angka delapan itu terjadi akibat "penggabungan" atau "persinggungan


dua buah plasmid ColE1 melalui jembatan silang (Ayala, dkk., 1984). Seperti
diketahui molekul DNA plasmid ColE1 berbentuk cincin. Tampilan Holliday
intermediate seperti tersebut pada Gambar 7.1 terlihat setelah dilakukan
pemutusan plasmid ColE1 pada tapak restriksi dengan bantuan enzim
endonuklease EcoRl. Seperti diketahui pada plasmid ColE1 terdapat satu tapak,
restriksi EcoR1.

Gambar 7.2
Hasil rekaman suatu Holliday intermediate melalui milansxop elektron. Pada daerah
percabangan tampak bahwa ujud DNA adalah berupa uniting tunggal (Russel, 1992)

Pembentukan Struktur Holliday pada Makhluk Hidup Eukariotik


Model Holliday mempertimbangkan kejadian terputusnya satu unting yang
berlanjut dengan berlangsungnya pertukaran resiprok unting-unting tunggal (lihat
Gambar 7.1 b - e) yang mengakibatkan terbentuknya DNA heteroduplex yang
simetris pada ke dua pihak yang terlibat pada proses pertukaran. Di lain pihak
analisis terhadap askus-askus menyimpang yang timbul pada beberapa spesies
jamur menunjukkan bahwa seringkali hanya satu pihak saja yang memiliki DNA
heteroduplex.
Bahwa hanya ada satu pihak saja yang memiliki DNA heteroduplex, hal
itu berarti bahwa tidak terjadi pertukaran resiprok atau terjadi pertukaran unting
yang asimetrik. Pengamatan-pengamatan yang telah dilakukan memang menunjukkan bahwa pada sebagian besar kasus rekombinasi tidak dimulai oleh
pertukaran unting timbal balik.

Gambar 7.3
Model Meselson-Radding yang menjelaskan pertukaran unto asimank yang menuju
kepada terbentuknya struktur Holliday (Ayala, dkk., 1984).

Gambar 7.4
Model pemutusan unting ganda dan perbaikannya yang menjelaskan pertulcaran unting
asimetrik yang menuju kepada terbentuknya struktur Holliday (Ayala, dkk., 1984).

Berkenaan dengan pertukaran unting yang asimetrik itu dikenal dua model
yang berupaya menjelaskannya. Penjelasan kedua model itu sama-sama menuju
kepada pembentukan suatu struktur Holliday, sekalipun melalui jalur yang
berbeda. Kedua model tersebut adalah podel Meselson Raddlit Berta model
pemutusan unting olitra difiNrbalkiMilra (Ayala, dkk., 1984). Urutan penjelasan
ke dua model itu ditunjuklcan pada Gambar 7.3 dan 7.4.

Pada model Meselson-Radding (Ayala, dick., 1984), rekombinasi diawali


hanya oleh satu pemutusan unting pada salah satu pihak dalam suatu pertukaran.
Lebih lanjut sintesis DNA dalam rangka perbaikan menggunakan celah hasil
pemutusan sebagai suatu primer. Sintesis DNA dalam rangka perbaikan itu
mengganti suatu unting tunggal yang menginvasi helix yang lain. Sintesis
perbaikan bersama pada helix donor serta degradasi tinting DNA pada helix
resipien menyebabkan terbentuknya suatu struktur Holliday. Dalam hubungan ini
DNA heteroduplex terdapat hanya pada helix resipien. Dalam hubungan dengan
perbaikan perpasangan yang salah, model Meselson-Radding bermanfaat untuk
menjelaskan kebanyakan observasi atas gene conversion maupun atas segregasi
yang megyi pang pada jamur.
Pada model pemutusan unting ganda dan perbaikannya diduga bahwa
rekombinasi diawali oleh pembentukan suatu celah tinting ganda (Ayala, dkk.,
1984). Lebih lanjut ujung-ujung pada satu unting tunggal menginvasi helix yang
lain. Sintesis DNA berikutnya dalam rangka perbaikan pada ke dua helix
mengarah ke daerah-daerah DNA heteroduplex yang asimetrik pada helix resipien
maupun mengarah ke perbaikan celah pada helix donor melalui pergantian total
dengan acuan informasi pada helix resipien. Dalam hal ini terbentuklah sepasang
struktur Holliday yang resolusinya dapat menuju ke pasangan yang dapat atau
tidak dapat menjadi rekombinan bagi penanda samping. Model pemutusan unting
ganda dan perbaikannya tidak hanya menjelaskan sejumlah observasi khas
berkenaan dengan rekombinasi pada khamir, tetapi juga observasi yang dapat
dijelaskan dengan baik melalui model Meselson-Radding.
RINGKASAN
Dugaan tentang rekombinasi sudah diajukan sejak 1911, tetapi hukti fisik pertama
tentang rekombinasi baru ditemukan pada 1931. Sudah ada pendapat yang
menyatakan bahwa rekombinasi merupakan proses seluler esensial; dan
dinyatakan pula bahwa semua molekul DNA merupakan DNA rekombinan.
Rekombinasi antara lain diartikan sebagai peristiwa pembentukan asosiasi baru
molekul-molekul DNA atau kromosom. Antara rekombinasi dan mutasi tidak ada

hubungan, sekalipun sama-sama menimbulkan perubahan materi genetik. Di


dalam proses evolusi, rekombinasi merupakan salah satu cumber variasi genetik.
Peran rekombinasi yang lain adalah memungkinkan sel memperbaiki urut-urutan
nukleotida yang hilang mislnya akibat radiasi atau senyawa kimia. Rekombinasi
tertentu juga ikut mengatur ekspresi gen. Salah satu model kejadian rekombinasi
yang umum dikenal adalah model Holliday, yang berlaku bagi makhluk hidup
prokariotik, eukariotik bahkan fag. Selain pertukaran unting-unting resiprok pada
model Holliday, di lingkungan makhluk hidup eukariotik diketahui ada juga
pertukaran unting yang tidak resiprok (asimetrik).

BAB 8
REKOMBINASI PADA MAKHLUK HIDUP EUKARIOTIK
Pada masa kini rekombinasi melalui pindah silang yang pertama kali
dilansir oleh T.H Morgan dan yang kemudian secara fisik dibuktikan oleh H.B.
Creighton- dan B. Mc. Clintock serta C. Stern, sebagaimana yang telah
dikemukakan, sudah umum dikenal; bahkan ada sumber yang menyatakan
"Pindah silang umumnva terjadi selama meiosis pada semua makhluk hidup
berkelamin betina maupun jantan dan antara semua pasangan kromosom
homolog" (Ayala, dkk., 1984). Rekombinasi melalui pindah silang pertama kali
dilansir dan dibuktikan memang pada pembelahan meiosis makhluk hidup seluler
eukariotik.
Pindah Silang pada Meiosis Makhluk Hidup Eukariotik
Peristiwa pindah silang sudah jelas diketahui terjadi selama sinapsis dari
kromosom-kromosom homolog pada zygoten dan pachiten dari profane I meiosis
(Gardner, dkk., 1984). Dalam ini tentu saja yang dimaksud adalah pindah silang
pada makhluk hidup yang pembelahan reduksinya berlangsung selama meiosis I.
Gardner dkk. (1984) menyatakan pula bahwa karena replikasi kromosom
berlangsung selama interfase,maka peristiwa pindah silang itu terjadi pada tahap
tetrad pasca replikasi pada saat tiap kromosom telah mengganda, sehingga telah
terbentuk empat kromatid untuk tiap pasang kromosom homolog.
Peristiwa pindah silang terjadi antara keempat kromatid itu, tetapi yang
terjadi antara dua kromosom sesaudara (dari satu kromosom) jarang dapat
dideteksi. Bcrkenaan dengan hal ini, Gardner dkk. (1984) menyatakan "Pindah
silang juga mencakup kromati-kromatid sesaudara (dua kromatid dari satu
kromosom), tetapi pindah silang tersebut secara genetik jarang dapat dideteksi
karena kromatid-kromatid sesaudara biasanya identik". Jelaslah peristiwa pindah
silang yang secara genetik mudah dideteksi adalah yang berlangsung antara dua
kromatid bukan sesaudara (non-sister chromatids). Bagan umum satu altematif

peristiwa pindah silang antara kromatid-kromatid bukan sesaudara dari suatu


pasang kromosom homolog, ditunjukkan pada Gambar 8.1.

Gambar 8.1
Bagan umum satu alternatif peristiwa pindah silang antara dua kromatid bakati sesaudara
dari suatu pasang kromosom homolog (Gardner, dkk., 1984).

Pada individu jantan dalam banyak jenis Diptera, termasuk dalam marga
Drosophila, peristiwa pindah silang tidak pernah terjadi (Ayala, dkk., 1984). Satu
contoh persilangan yang memperlihatkan bahwa pada individu jantan Drosophila,
tidak pernah terjadi peristiwa pindah silang selama meiosis, ditunjukkan pada
Gambar 8.2.

Gambar 8.2
Contoh persilangan testcross (silang uji) pada D. melanogaster yang memperlihatkan
bahwa pada individu jantan tidak pernah terjadi pindah silang (Ayala, dkk., 1984).

Pindah silang pada Makhluk Hidup Eukariotik Berlangsung Selama Tahap


Tetrad Pasca Replikasi
Bukti bahwa peristiwa pindah silang lebih sering terjadi setelah duplikasi
kromosom daripada mendahului duplikasi, paling mudah diperoleh dengan
mempelajari kelas jamur Ascomycetes, khususnya N. crassa (Gardner, dkk.,
1984). Di antara Jenis-jenis Ascomycetes, N. crassa memang mempunyai manfaat
khusus oagi pengkajian-pengkajian di bidang genetika.
N. crassa memang memiliki lima sifat yang menjadikannya sangat cocok
digunakan dalam pengkajian tertentu di bidang genetika (Gardner, dkk., 1984).
Kelima sifat itu adalah:
a. Meiosis berlangsung setelah fusi kedua inti haploid dari dua tipe kelamin
(muting tipe); fusi tersebut menyebabkan terbentuknya satu inti diploid,
sebagaimana peristiwa fertilisasi pada tumbuhan dan hewan tingi; meiosis
tersebut juga sama kejadiannya sebagaimana yang terjadi pada tumbuhan dan
hewan tinggi;
b. Ascospora-ascospora (haploid) hasil meiosis tersusun secara linier di dalam
struktur serupa tabung yang disebut ascus; setiap ascus mengandung empat
ascospora hasil dari satu kejadian meiosis; semua ascospora dalam setiap
ascus biasanya dapat dipilah-pilah dan dikaji;
c. Ascospora-ascospora haploid tumbuh dan berkembang menghasilkan miselia
multiseluler, yang seluruh selnya tetap haploid (dengan demikian genotip tiap
produk meiosis dapat dideteksi tanpa pelaksanaan testcross atau manipulasi
genetik lain); karena miselium bersifat haploid, maka keberadaan alela
penanda penanda yang resesif tidak tertutup oleh alela-alela dominan;
d. N. crassa dapat tumbuh pada suatu medium buatan sederhana yang hanya
mengandung garam-garam anorganik, suatu sumber karbohidrat (biasanya
sukrose), serta satu senyawa organik lain (vitamin biotin);
e. N. crassa berbiak secara tak kawin maupun secara kawin; dalam hal ini strain
bergenotip tertentu dapat dipertahankan.

Bagan daur hidup N. crassa ditunjukkan pada Gambar 8.3.

Gambar 8.3
Baga daur hidup pada N. crassa yang memperlihatkan daur reproduksi secara tak kawin
maupun reproduksi secara kawin (Gardner, dick., 1984).

Seperti yang telah dikemukakan ascospora-ascospora dalam tiap ascus


dapat dipilah-pilah dan dikaji. Dalam huhungan ini tiap ascospora dapat diisolasi,
ditumbuhkan, dan dipelajari ciri-cirinya (miselium). Oleh karena itu, dapat
dibayangkan bahwa dari satu ascus diperoleh empat data (dari tempat ascospora
yang sudah ditumbuhkan). Gardner, dkk. (1984) menyebut data semacam ini
sebagai data tetrad (tetrad data).
Mari kita ikuti data tetrad dengan dasar dua faktor (gen) yang terletak pada
suatu kromosom yang sama; kedua faktor itu digunakan sebagai penanda. Analisis
atas data tetrad menunjukkan bahwa peristiwa pindah silang lebih sering terjadi
sesudah replikasi/duplikasi (pada tahap tetrad) daripada