CHAPTER 29 Microorganisms in Terrestrial Environments

Ayu Ashari Hutagalung (1306413340)

Tanah Sebagai Lingkungan Untuk Mikroorganisme
Tanah sangat dinamis dan terbentuk dari berbagai variasi dari lingkungan
Tetap dapat ditemukan sejumlah komunitas besar mikroba di lapisan tanah dimana
tidak terdapat akar tanaman yang mampu menembusnya. Aktivitas mikroba pada
lingkungan ini dapat membentuk mineral seperti dolomite, selain itu pada aktivitas
mikroba juga terjadi pada lapisan dalam tanah penampung minyak bumi, di dalam
bebatuan, dan di singkapan bebatuan.
Kebanyakan tanah didominasi oleh material inorganic yang telah dimodifikasi
oleh komunitas biotik seperti mikroorganisme dan tanaman. Ruang diantara partake
tanah kritis bagi pergerakan air dan gas. Total ruang pori, juga difusi gas
mendeterminasikan tekstur tanah. Sebagai contoh, tanah berpasir memiliki ruang poru
yang lebih besar

dibandingkan tanah lempung, sehingga pasir lebih cepat

mengalirkan air. Difusi oksigen dari udara ke tanah lebih cepat 10.000 kali
dibandingkan ke air. Perubahan kandungan air dan fluks gas juga mempengaruhi
konsentrasi CO2, CO dan gas lainnya pada lapisan tanh.
Tanah, Tanaman, dan Nutrisi
Tanah dapat dibagi dalam dua kategori: tanah mineral yang mengandung
kurang dari 20% karbon organic sedangkan tanah organic memiliki setidaknya
sejumlah ini. Bahan organik tanah (SOM) membantu untuk mempertahankan nutrisi,
menjaga struktur tanah, dan menahan air untuk kebutuhan manusia. SOM tunduk
pada keuntungan dan kerugian, tergantung pada perubahan kondisi lingkungan dan
manajemen praktek pertanian. Membajak dan gangguan lainnya mengekspos SOM
untuk lebih banyak mengandung oksigen, menyebabkan degradasi mikrobiologis
secara luas dari bahan organik. Irigasi menyebabkan pembasahan periodik dan
pengeringan, yang juga dapat menyebabkan peningkatan degradasi SOM, terutama
pada suhu yang lebih tinggi.
Ketika mempertimbangkan bahan ini, akan lebih mudah untuk membagi SOM
ke fraksi humic dan non-humic. Non Humic SOM belum mengalami degradasi
biokimia yang signifikan. Itu bisa mewakili sampai sekitar 20% dari bahan organik

tanah. humic SOM, atau humus, berwarna coklat tua sampai hitam. Ini terjadi ketika
produk metabolisme mikroba telah mengalami kimia transformasi dalam tanah.
Degradasi material tanaman dan pembentukan SOM dapat melalui tiga
langkah proses. Pertama, senyawa yang mudah terdegredasi seperti karbohidrat dan
protei yang mudah larut dipecah. Selama proses kedua, karobohidrat kompleks,
seperti selulose terdegredasi oleh enzim yang dihasilkan jamur dan anggota dari
bakteri Streptomyces, pseudomonas, dan bacillus. Terakhir, degredasi lignin secara
lambat, karena lignin merupakan materi yang resisten di dalam tanah.
Nitrogen dalam tanah di relasikan dengan kandungan karbon menjadi rasio
karbon nitrogen (C/N ratio) organic. Karena terjadinya penambahan nitrogen pada
tanah tetapi tidak menstimulai pertumbuhan, itu karena tanah telah mencapai titik
saturasi nitrogen. Kelebihan nitrogen pupuk yang mencemari air berdampak pada
eutrofikasi untuk alam dan memiliki efek karsinogenik. Peningkatan fosfor pada tanag
juga berbahaya terkait dengan pH tanah.
Mikroorganisme di Lingkunagn Tanah
Kebanyakan prokariot tinggan di permukaan tanah dan membutuhkan air serta
nutrisi. Filamen jmur pada tanah seperti jembatan diantar partikel tanah dan terpapar
pada kandungan oksigen yang tinggi. The coryneforms, yang nocardioforms, dan
baktei berserabut sejati (streptomycetes) adalah bagian penting dari komunitas
mikroba tanah. Bakteri gram positif ini memainkan peran utama dalam degradasi
hidrokarbon, bahan tanaman yang lebih tua, dan humus tanah. Selain itu, beberapa
anggota kelompok ini aktif mendegradasi pestisida. The actinomycetes berserabut,
terutama dari genus Streptomyces, menghasilkan senyawa penyebab bau disebut
geosmin, yang memberikan tanah bau menjadi karakteristik mereka. Bakteri
Polyprosthecate seperti

Verrucomicrobium, Pedomicrobium, dan Prosthecobacter

hadir di tanah pada tingkat tinggi. Dengan ukurannya yang kecil, menjadi kesulitan
tersendiri dalam mengkultur mereka.
Serangga tanah dan hewan lain seperti nematoda dan cacing tanah juga
berkontribusi terhadap transformasi bahan organik dalam tanah. Organisme ini
melakukan dekomposisi, yang sering menimbulkan rilis mineral, dan fisik
"mengurangi" ukuran partikel organic seperti sampah tanaman. Hal ini meningkatkan
luas permukaan dan bahan organik lebih tersedia untuk digunakan oleh bakteri dan
jamur. Cacing tanah juga campuran substrat dengan mikroflora di usus internal

mereka juga enzim, hal ini memberikan kontribusi substansial untuk dekomposisi dan
memiliki efek besar pada struktur tanah dan komunitas mikroba tanah.
Mikroorganisme dan Formasi dari Tanah yang Berbeda
Komunitas tumbuhan-tanah tropis sering digunakan dalam slash-dan
membakar pertanian. Vegetasi di situs ditebang dan dibakar untuk melepaskan nutrisi
yang terperangkap. Siklus tebang-dan-bakar pertanian stabil jika ada waktu yang
cukup untuk komunitas tumbuhan regenerasi sebelum kembali dipotong dan dibakar.
Jika siklus terlalu pendek, cepat dan degradasi hampir ireversibel dari tanah terjadi.
Dalam banyak tanah daerah beriklim, penetrasi akar yang dalam di padang
rumput beriklim hasil dalam pembentukan tanah subur, yang menyediakan sumber
daya berharga untuk pertumbuhan tanaman di pertanian intensif. Tanah di banyak
lingkungan yang dingin seperti hutan konifer terkena dampak dari akumulasi yang
berlebihan dari bahan organik sebagai sampah tanaman. Di musim dingin, ketika
kelembaban tersedia, tanah sejuk, dan ini membatasi dekomposisi. Di musim panas,
ketika tanah yang hangat, air tidak tersedia untuk dekomposisi. Organik Asam
diproduksi dalam dingin, lapisan serasah lembab, dan mereka larut ke dalam tanah
yang mendasari. Asam ini melarutkan komponen tanah seperti aluminium dan besi,
dan zona diputihkan dapat membentuk. Sampah terus menumpuk, dan api menjadi
sarana utama dimana siklus nutrisi dipertahankan.
Tanah rawa menyediakan seperangkat kondisi unik untuk mikroba masyarakat
Di tanah ini, dekomposisi diperlambat oleh tergenang air, kondisi sebagian besar
anoxic, yang menyebabkan akumulasi gambut. Ketika daerah tersebut dikeringkan,
mereka menjadi lebih oksik dan SOM adalah terdegradasi, sehingga tanah subsidence.
Dalam kondisi oksik kompleks lignin-selulosa dari bahan organik terakumulasi lebih
rentan terhadap dekomposisi oleh jamur berfilamen.
Dingin yang berarti suhu tanah di situs tersebut mengurangi tingkat kedua
dekomposisi dan pertumbuhan tanaman. Dalam kasus ini SOM terakumulasi, dan
pertumbuhan tanaman dapat menjadi terbatas karena imobilisasi nutrisi. Seringkali, di
bawah zona pertumbuhan tanaman, ini tanah dibekukan secara permanen. Ini tanah
permafrost memegang sekitar 11% karbon tanah bumi dan 95% dari yang organik
terikat nutrisi. Tanah ini sangat sensitif terhadap gangguan fisik dan polusi, dan
eksplorasi luas area tersebut untuk minyak dan mineral dapat memiliki efek jangka
panjang pada struktur dan fungsi.

Di daerah rawa air-jenuh, pembatasan oksigen berarti bahwa bakteri lebih

penting daripada jamur di dekomposisi proses, dan ada menurun degradasi bahan
mengalami lignifikasi. Seperti di tanah lainnya, proses siklus nutrisi dari nitrifikasi,
denitrifikasi, fiksasi nitrogen, dan sintesis metana dan pemanfaatan, meskipun terjadi
pada tingkat yang lebih lambat, dapat memiliki besar dampak pada siklus gas global.
Tanah gurun gersang dan semi kering panas dan dingin tergantung pada
periodik dan jarang hujan. Saat hujan, air bisa menggenang di daerah rendah dan
dipertahankan pada permukaan tanah oleh mikroba masyarakat disebut remah gurun.
Ini terdiri dari cyanobacteria dan mikroba yang terkait, termasuk Anabaena,
Microcoleus, Nostoc, dan Scytonema. Kedalaman fotosintesis yang Lapisan mungkin
1 mm, dan filamen cyanobacterial dan lendir menghubungkan partikel pasir (mencari
29.6), yang mengubah albedo permukaan tanah (jumlah sinar matahari yang
dipantulkan), infiltrasi air tingkat, dan kerentanan terhadap erosi. Remah ini cukup
rapuh, dan kerusakan kendaraan dapat terlihat selama beberapa dekade. Setelah hujan,
fiksasi nitrogen dimulai dalam waktu kurang lebih 25 sampai 30 jam, dan ketika hujan
menguap atau saluran air, kerak mengering dan nitrogen dilepaskan untuk digunakan
oleh mikroorganisme lain dan komunitas tumbuhan.
Tanah geologis dipanaskan ditemukan di daerah seperti Islandia, yang Kamchatka
semenanjung di Rusia timur, Yellowstone National Taman, dan di banyak situs limbah
tambang.

Tanah

ini

penduduk

oleh

bakteri

dan

archaea,

banyak

yang

chemolithoautotrophs. Berbagai macam genera chemoorganotrophic juga adalah

ditemukan dalam lingkungan; ini termasuk aerob yang Thermomicrobium,
Thermoleophilum, dan juga anaerob Thermosipho dan Thermotoga. Mikroorganisme
penting yang ditemukan dalam limbah pertambangan dipanaskan Thermoplasma.
Tanah panas bumi seperti telah sangat menarik sebagai sumber mikroba baru untuk
digunakan dalam bioteknologi, dan pencarian baru, mikroorganisme yang unik di
daerah tersebut mengintensifkan seluruh dunia.
Asosiasi Mikroorganisme dengan Pembuluh Tanaman
Lingkungan dari bagian aerial tanaman, disebut phyllosphere, tidak
mendukung kestabilan mikroba. Daun dan batang menjalani sering dan cepat
perubahan kelembaban, paparan sinar UV, dan suhu. Hal ini pada gilirannya Hasil
fluktuasi dalam pencucian bahan organik (terutama gula sederhana) yang dapat
mendukung populasi mikroba Mikroorganisme Tanah dan Atmosfer.

Akar tanaman menerima antara 30 sampai 60% dari photosynthesized bersih

karbon. Dari jumlah ini, sekitar 40 sampai 90% memasuki tanah sebagai berbagai
bahan termasuk alkohol, etilena, gula, dan amino organik asam, vitamin, nukleotida,
polisakarida, dan enzim. Bahan-bahan ini menciptakan lingkungan yang unik untuk
mikroorganisme tanah yang disebut rhizosfer. Tanaman permukaan akar, disebut
rizoplan itu, juga menyediakan lingkungan yang unik untuk mikroorganisme, karena
ini gas, larut, dan partikulat bahan bergerak dari pabrik ke tanah. rhizosfer dan
rizoplan mikroorganisme meningkatkan jumlah mereka saat ini baru substrat yang
tersedia menjadi tersedia; komposisi mereka dan fungsi juga berubah. Selain itu,
rizosfir dan mikroorganisme rizoplan berfungsi sebagai sumber labil nutrisi bagi
organisme lain, menciptakan loop mikroba tanah dan dengan demikian memainkan
kritis peran dalam sintesis bahan organik dan degradasi.
Proses akritikal yang terjadi pada permukaan tanaman, dan khususnya di zona
akar, adalah asosiatif fiksasi nitrogen, di mana mikroorganisme nitrogen berada di
permukaan akar tanaman, yang rizoplan, serta di rhizosfer. Ini Proses dilakukan oleh
perwakilan dari genera Azotobacter, Azospirillum, dan Acetobacter. Bakteri ini
berkontribusi nitrogen akumulasi oleh rumput tropis. Bukti menunjukkan bahwa
utama mereka kontribusi mungkin tidak fiksasi nitrogen tetapi produksi hormon
pertumbuhan-mempromosikan yang meningkatkan pengembangan akar rambut,
sehingga meningkatkan serapan hara tanaman. Ini adalah area penelitian yang sangat
penting dalam bidang pertanian tropis.
Mikoriza dapat secara luas diklasifikasikan sebagai endomycorrhizae mereka
dengan jamur yang masuk ke dalam sel akar, atau sebagai ectomycorrhizae mereka
yang tetap ekstraselular, membentuk selubung dari interkoneksi filamen (hifa) di
sekitar akar. Meskipun semua enam jenis mikoriza, kami membatasi sebagian besar
diskusi kita dengan dua jenis yang paling penting: ectomycorrhizae dan
endomycorrhizae disebut mikoriza arbuskula.
Mikroorganisme Tanah dan Atmosfer
Mikroorganisme tanah, seperti mikroba laut, dapat memiliki efek besar pada fluks
global berbagai gas. Gas-gas ini dapat dianggap sebagai mereka yang "relatif stabil"
dan mereka yang "reaktif gas. "gas yang relatif stabil yang dipengaruhi oleh kegiatan
mikroba termasuk karbon dioksida, nitrogen oksida, oksida nitrat, dan metana.
Mikroorganisme juga berkontribusi terhadap aliran reaktif gas seperti amonia,

hidrogen sulfida, dan dimethylsulfide. Gas reaktif ini cenderung diproduksi dalam
lingkungan yang lebih tergenang air.
Subsurface Biosphere
Proses mikroba berlangsung di daerah bawah permukaan yang berbeda,
termasuk (1) bawah permukaan dangkal di mana air mengalir dari permukaan
bergerak di bawah zona akar tanaman; (2) daerah bawah permukaan di mana bahan
organik, berasal dari permukaan bumi di kali masa lalu, telah diubah oleh proses
kimia dan biologi untuk menghasilkan batubara (dari tanaman darat), kerogens (dari
laut dan air tawar mikroorganisme), dan minyak dan gas; dan (3) zona di mana
metana sedang disintesis sebagai akibat dari aktivitas mikroba.Di bawah permukaan
dangkal, air permukaan sering bergerak melalui akuifer, struktur geologi berpori di
bawah zona akar tanaman.
Dalam sistem murni dengan zona permukaan oksik, elektron akseptor
digunakan dalam katabolisme didistribusikan dari yang paling teroksidasi dan penuh
semangat menguntungkan (oksigen) di dekat permukaan untuk yang paling
menguntungkan (di mana CO2 digunakan dalam methanogenesis) di bawah zona. Di
daerah bawah permukaan di mana bahan organik dari bumi permukaan telah terkubur
dan diproses oleh thermal dan mungkin proses biologis, kerogen dan batubara
memecah untuk menghasilkan gas dan minyak. Setelah generasi mereka, produkproduk mobile, terutama hidrokarbon, bergerak ke atas ke dalam lebih struktur
geologi berpori di mana mikroorganisme dapat aktif. Molekul tanda tangan kimia dari
tanaman dan biomassa mikroba yang hadir dalam hidrokarbon minyak bumi tersebut.
Di bawah zona ini terletak daerah yang luas di mana metana
Soil Microorganisms and Human Health
Berbagai anaerob, termasuk Clostridium, yang hadir di tanah. kecuali kalau
ada luka tusukan mendalam yang menyediakan lingkungan anoxic diperlukan untuk
pertumbuhan mereka, anaerob adalah sedikit perhatian. Namun, luka tusukan yang
terjadi dalam perang dan kecelakaan dapat menyebabkan gangren. Tanah
mengandung patogen lainnya. Organisme seperti protista Acanthamoeba yang dapat
dihirup dari debu, dapat menyebabkan amebic meningoencephalitis utama. Kapan

tanah yang digunakan untuk pembuangan permukaan kotoran manusia tanpa

pengolahan limbah, transmisi berbagai patogen, termasuk protozoa seperti
Acanthamoeba dan Cyclospora, dapat terjadi.