TUGAS PORTOFOLIO DIAGNOSTIK MOLEKULER

Oleh
Imam Adi Nugroho
NIM 122010101077

FAKULTAS KEDOKTERAN
UNIVERSITAS JEMBER
2015

Tugas Ujian Portofolio Diagnostik Molekular

1. Carilah sebuah artikel berupa kasus yang melibatkan teknik-teknik molekular, kemudian
ulas sesuai dengan keilmuan anda!
2. Diketahui bahwa penyebab demam berdarah adalah virus dengue. Ada beberapa macam
virus dengue. Bagaimana caranya kah agar kita bisa membedakan tipe-tipe virus dengue yang
menginfeksi seseorang. Tahapan apa saja yang perlu dilakukan?

1. Penggunaan Pemeriksaan DNA untuk Mengungkap Pelaku Pembunuhan Bocah

dalam Kardus di Kalideres Jakarta Selatan.
Seorang gadis ditemukan tewas dalam kardus di daerah Kalideres Jakarta Selatan
pada Jumat, 2 Oktober 2015 malam. Gadis tersebut diduga merupakan korban pembunuhan
karena mayat ditemukan dalam keadaan tragis dan keadaan terikat di dalam kardus. Polisi
kemudian melakukan penyelidikan untuk mengetahui pelaku dan identitas korban. Setelah
dilakukan penyelidikan, diketahui bahwa korban bernama Putri Nur Fauzia siswa SD berusia
9 tahun. Penyelidikan berlanjut dengan olah tempat kejadian perkara. Hasilnya, ditemukan
sebuah kaus kaki yang diidentifikasi milik korban dan ditemukan bercak darah pada kaus
kaki tersebut. Barang bukti yang ditemukan kemudian dikirim ke Laboratorium Forensik
Polri untuk melakukan pemeriksaan.
Penyelidikan berkembang dengan ditemukannya bukti CCTV yang diperoleh dari
kamera sekitar, namun tidak dapat mengungkap pelaku karena gambar tidak jelas. Polisi
kemudian membentuk satuan tugas untuk menyisir daerah sekitar rumah korban dan tempat
kejadian perkara. Penyisiran menemukan beberapa saksi dan penyelidikan berhasil
mengerucutkan tersangka pada seorang berinisial A. Saksi A dicurigai menjadi
pembunuh karena ia memberikan keterangan berbelit-belit. A diketahui memiliki
kecenderungan seksual yang menyimpang setelah tim satuan tugas menemukan 13 saksi anak
yang mengaku pernah dilecehkan. Keterangan 13 saksi juga menyebutkan tersangka A
pernah menyekap anak T untuk diciumi dan dicabuli. Sehingga saksi A ditahan sebagai
tersangka pada kasus pencabulan terhadap anak T.
Fakta-fakta yang ditemukan dalam penyelidikan terus mengarah pada saksi A
sebagai pembunuh Putri Nur Fauzia. Polisi memutuskan menggeledah rumah A untuk
mencari bukti lebih lanjut untuk menetapkan tersangka. Pemeriksaan dilakukan di rumah A
dan menemukan bercak darah di bedengan rumah A. bercak darah kemudian dikirim ke
laboratorium forensik Polri untuk mengetahui identitas darah tersebut. Pemeriksaan DNA
Laboratorium Forensik Polri menyatakan bahwa bercak darah yang terdapat di kaus kaki
korban dan bedengan darah dari saksi A. Pemeriksaan otopsi yang dilakukan menemukan
bekas sperma yang diidentifikasi sebagai sperma tersangka A. Berdasarkan bukti dan fakta
yang didapatkan dilapangan, polisi menetapkan A sebagai tersangka pembunuh Putri Nur
Fauzia.
Dalam kasus pembunuhan Putri Nur Fauzia, tidak diragukan bahwa pemeriksaan
DNA menjadi salah satu bukti yang menguatkan untuk penetapan A sebagai tersangka.
Pemeriksaan DNA menjadi bukti penting karena di tempat kejadian perkara tidak ditemukan
bukti yang mengarah pada identitas pelaku. Selain itu, tidak ditemukan saksi yang benarbenar melihat proses pembunuhan Putri Nur Fauzia. Sehingga, pelaku sulit diketahui apabila
hanya menggunakan penyelidikan yang berdasar keterangan dari saksi dan barang bukti yang
ditemukan di lapangan.

Pemeriksaan DNA sebagai alat bukti kejahatan memerlukan beberapa langkah

sehingga sampel yang ditemukan di lapangan bisa dianalisa sebagai bukti. Langkah pertama
yang dilakukan adalah mengekstraksi DNA dari sampel. DNA yang berhasil diekstraksi
kemudian diperbanyak jumlahnya dengan menggunakan metode PCR (Polymerase Chain
Reaction). Sampel DNA dari tempat kejadian perkara kemudian dipisahkan, dibandingkan,
dan dicocokkan dengan DNA calon tersangka menggunakan metode gel elektoforesis.
Berikut ini adalah penjelasan dari langkah-langkah pemeriksaan DNA pada suatu kasus
kejahatan:

Pengambilan sampel di tempat kejadian perkara

Sampel yang diambil adalah cairan biologis atau material yang mengandung DNA
yang terdapat di tempat kejadian perkara. Sampel dapat berupa bercak darah,
sperma, atau rambut. DNA kemudian diekstraksi dari sampel untuk diolah pada
proses PCR. Metode ekstraksi yang sering digunakan adalah metode Chelex (merk
dagang Chelex). Metode Chelex digunakan karena merupakan metode yang
mudah, cepat dan dapat mengekstraksi DNA dari berbagai sampel yang
kemungkinan terdapat di tempat kejadian perkara, bahkan yang sudah
terkontaminasi sekalipun. Sampel yang dapat diperiksa adalah bercak darah,
sperma yang tertinggal di kain, dan berbagai materi genetik lainnya. Sampel
disentrifugasi untuk memisahkan supernatan (yang berisi DNA) dan natan (residu
dari sampel). Supernatan dari pemisahan ini kemudian diperbanyak menggunakan
metode PCR.
Metode PCR
Metode PCR digunakan untuk memperbanyak DNA dari sampel yang didapatkan
dari tempat kejadian perkara. Metode pengenalan DNA yang sering digunakan
adalah metode STR (Short Tandem Repeating). STR merupakan bagian berulang
yang ditemukan pada DNA yang memiliki kepala dan ekor sebagai akhiran. Bagian
yang berulang pada DNA ini merupakan asam basa yang terulang dalam ulang.
STR terdapat pada lokus yang merupakan bagian panjang DNA tertentu dari
kromosom. Terdapat 20 lokus yang diketahui dimiliki manusia, dan jenis yang
dipakai berbeda-berbeda tergantung dari keragaman populasi daerah tersebut.
Lokus berfungsi sebagai primer yang akan dicampur dengan sampel yang didapat
untuk memperbanyak jumlah DNA untuk dilakukan elektroforesis
Elektroforesis gel Agarose
Elektroforesis merupakan metode yang digunakan untuk memisahkan DNA atau
protein sesuai berat jenisnya menggunakan aliran listrik. Sampel dimasukkan ke
dalam sumuran agarose untuk selanjutnya dipisahkan berdasarkan berat jenisnya
menggunakan bantuan listrik. Sampel yang ditemukan pada tempat kejadian
perkara kemudian dicocokan dengan sampel calon tersangka. Kecocokan
ditunjukkan dengan adanya DNA dengan berat jenis yang sama antara calon
tersangka dan sampel yang ditemukan di tempat kejadian perkara. Berat jenis pada
gel dilambangkan dengan adanya gambaran pita. Gambaran pita yang memiliki
tinggi yang sama berarti sampel yang dibandingkan memiliki berat jenis yang
sama.

Pada gambar diatas ditemukan bahwa DNA pada tempat kejadian (crime scene)
memiliki berat jenis yang sama dengan tersangka C (suspect C). tersangka C dapat
dicurigai menjadi tersangka utama karena DNA tersangka C ada di tempat
kejadian.
2. Pemeriksaan Jenis Virus Dengue
Virus Dengue (DENV) memiliki 4 jenis strain (1-4). Setiap strain dibedakan
berdasarkan susunan RNA atau antigennya. Pasien yang terinfeksi mengalami perubahan
manifestasi klinis dan perubahan. Berikut adalah titer yang meningkat berdasarkan waktu dan
manifestasi klinis.

Deteksi dan perbedaan deteksi pada penderita DB tergantung dari berapa kali pasien
terinfeksi virus Dengue. Bila penderita mengalami infeksi primer maka titer yang paling

cepat dan dapat mendeteksi virus Dengue adalah NS-1. NS-1 adalah antigen beredar di tubuh
pasien, yang dapat dikenali setiap virus Dengue, dan merupakan protein non structural yang
paling dapat dikenali dengan metode ELISA. ELISA yang mendeteksi protein NS-1
merupakan tes yang non spesifik namun memiliki sensitivitas yang tinggi untuk mengetahui
bahwa pasien mengalami infeksi virus Dengue. Pemeriksaan ini dapat dilakukan pada hari
pertama pasien terinfeksi virus atau mengalami gejala dengan sampel serum atau plasma
penderita
Pemeriksaan selanjutnya adalah menggunakan mendeteksi IgM dan IgG dari serum
penderita. Pemeriksaan ini dapat menentukan jenis virus secara langsung. Namun
kekurangannya adalah pemeriksaan hanya dapat dilakukan pada setelah hari kelima, sehingga
kurang baik untuk melakukan penanganan awal, namun baik untuk menentukan jenis virus
untuk kepentingan survei. Metode ini menggunakan prinsip ELISA dengan kit yang sudah
dijual secara bebas.
Sehingga dapat disimpulkan untuk mendeteksi virus Dengue dapat menggunakan
ELISA kit yang dijual di pasaran. Hal yang pertama kali dicek adalah amtigen NS-1, untuk
mengetahui pasien terinfeksi virus Dengue. Sedangkan untuk mengecek jenis virusnya,
digunakan metode pengukuran IgG dan IgM dengan menggunakan ELISA.
Referensi:
BioRad, Laboratories Inc. Crime Scene Investigator PCR Basics Kit. BioRad
Laboratories Inc.
kompas.com. 2015. Mayat Bocah Perempuan Dalam Kardus Ditemukan di Kalideres.diakses
pada 29 Oktober 2015.
P, Sean Walsh. David A, Metzger. dan Russell Higuchi. 1991 Chelex 100 as a Medium for
Simple Extraction of DNA for PCR-Based Typing from Forensic Material.
BioTechniques 10(4):506-513.

WHO.2009.Dengue Guidelines For Diagnosis, Treatment, Prevention and Control. Perancis:

WHO Library Cataloguing-in-Publication Data