Anda di halaman 1dari 9

TUGAS UTS

Disusun untuk Memenuhi Tugas UTS Mata Kuliah Metode Penelitian dan
Rancangan Percobaan Kelas B yang diampu oleh
Dr. tri Retnaningsih S., M. App.Sc.
dan Dr. Agung Janika S., M.Si

Disusun oleh:
Adila Nawan Hasrimi
24020113130066

JURUSAN BIOLOGI
FAKULTAS SAINS DAN MATEMATIKA
UNIVERSITAS DIPONEGORO
SEMARANG
2015

AKTIVITAS ANTIBIOFILM DARI BAKTERI Escherichia coli


OLEH BAKTERIOFAGE SECARA IN VITRO

I.

LATAR BELAKANG
Penelitian mengenai biofilm sudah sangat meluas. Hal ini terjadi karena
potensinya yang besar sebagai sumber kontaminan yang menyebabkan
kerusakan produk seperti pembusukan produk dan penyebaran penyakit,
mikroba dapat membentuk biofilm pada proses pertumbuhannya. Bakteri
yang hidup di biofilm memiliki matriks yang tersusun oleh senyawa
polimerik ekstraselular yang terhidrasu dan disusun oleh polisakarida,
protein, asam nukleat, dan lemak yang membantu menjaga struktur
heterogen kompleks (Donlan, 2002). Adanya senyawa polisakarida
ekstraselular yang dihasilkan biofilm dapat memberiikan perlindungan
sehingga biofilm tahan terhadap senyawa kimia dan suhu tinggi, serta
keadaan yang tidak menguntungkan (Kokare, 2009).
Perlakuan bakteriofage merupakan salaj satu metode untuk mengontrol
bakteri pada struktur biofilm. Bakteriofage dapat mematikan bakteri dengan
perlakuan yang spesifik direkayasa karena efisien untuk mendegradasi
enzim pada senyawa polimerik ekstraselular pada target biofilm. Replikasi
bakteriofage yang cepat dan proporsional terhadap proses perusakan sel
bakteri dan pengekpresian enzim yang dapat mendegradasi biofilm. Oleh
karena itu, penelitian ini akan membahas tentang efisiensi penggunaan
bakteriofage dalam aktivitas antibiofilm Bakteri Escherichia coli secara in

II.

vitro.
PERUMUSAN MASALAH

Berdasarkan latar belakang tersebut, maka tujuan penelitian adalah


sebagai berikut:
1. Apakah bakteriofage spesifik yang dapat digunakan sebagai
antibiofilm bakteri Escherichia coli?
2. Berapa konsentrasi bakteriofage yang digunakan sebagai antibiofilm
bakteri Escherichia coli?
3. Bagaimana keefektifan penggunaan Bakteriofage sebagai antibiofilm
bakteri Escherichia coli?
III.

TUJUAN PENELITIAN
Berdasarkan latar belakang tersebut, maka tujuan penelitian adalah
sebagai berikut:
1. Mengetahui Bakteriofage spesifik yang dapat digunakan sebagai
antibiofilm bakteri Escherichia coli
2. Mengetahui konsentrasi bakteriofage yang digunakan sebagai
antibiofilm bakteri Escherichia coli
3. Mengetahui keefektifan penggunaan

Bakteriofage

sebagai

antibiofilm bakteri Escherichia coli

IV.

MANFAAT
Penelitian aktivitas antibiofilm dari bakteri Escherichia coli oleh
bakteriofage secara in vitro dapat menjadi solusi untuk mengatasi perusakan

V.

alat-alat kebutuhan rumah tangga, medis, atau kapal akibat biofilm.


METODE
5.1 Alat
Alat yang digunakan dalam penelitian ini yaitu: Peralatan gelas,
cawan petri plastik, falcon, tabung effendorf, jarum ose, spatula, kapas,
kain kasa, mikropipet, alumunium foil, sentrifuge, neraca analitik,
autoklaf, oven, inkubator, lemari pendingin, waterbath, microwave,

Laminar Air Flow, vortex, microtiter 96 wells, iMark Bio-Rad


microplate reader.

5.2 Bahan
Bahan yang digunakan dalam penelitian ini yaitu: LB padat, LB
cair, LB 60% semi padat, Aquadest, PBS, Heterotrof Agar (HTR), Etanol
70%, Etanol 96%, Kristal violet 1%, Kloroform, strain Escherichia coli,
dan strain bakteriofage.
5.3 Cara Kerja
1. Kultur Bakteriofage
Kultur bakteriofag dimulai dengan menanam host Escherichia
coli dengan cara 2 ose bakteri host diambil dari cawan petri lalu
dimasukkan ke dalam LB cair 50 ml dan diinkubasi pada suhu 37C
di waterbath. Suspensi bakteri diukur dengan menggunakan
spektrofotometer dengan densitas optik 600nm hingga OD mencapai
fase lag yaitu 0,2. Kemudian 500l bakteri host diletakkan ke tabung
effendorf yang telah diberi kode 3 sampai 8.
2. Pengenceran
Pengenceran dilakukan dengan mencampurkan 900l PBS
dengan 100l isolat bakteriofag Bacillus MKS 10 kedalam 8 tabung
effendorf. Kemudian tabung effendorf dihomogenkan dengan vortex.
100l suspensi dari tabung 1 dipindahkan ke tabung 2 kemudian di
vortex untuk selanjutnya 100l suspensi dari tabung 2 dipindahkan
ke tabung 3, dan seterusnya hingga tabung 8. Pengenceran kode 3
hingga kode 8 digunakan untuk platting.
3. Platting

Tabung effendorf yang berisi bakteri host diletakkan ke tabung


effendorf hasil pengenceran sesuai dengan kodenya masing-masing.
Tabung effendorf di vortex dan di inkubasi dalam waterbath 37C
selama 10 menit. Tabung effendorf di vortex kemudian dicampurkan
kedalam tabung ulir yang berisi 6 ml LB 60% semi padat. Tabung
ulir di vortex kemudian suspensi disebar kedalam media LB padat.
Inkubasi pada suhu 37C.
4. Scrubbing Bakteriofage
Plak diambil menggunakan ose plastik dan dimasukkan dalam
tabung effendorf yang berisi larutan PBS 1 ml. Tabung di
sentrifugasi dan hasil supernatan diambil. 2 ml supernatan
dicampurkan dengan 1 tetes kloroform.

5. Uji Aktivitas Degradasi Biofilm


Dalam 1 well microplate diisi 100 l media LB cair dan 100 l
bakteri host kemudian microplate ditutup dan diinkubasi pada suhu
37C selama 48 jam. Isi dari microplate dikeluarkan dan diisi 200 l
bakteriofag kemudian diinkubasi pada suhu 37C selama 24 jam. Isi
microplate dikeluarkan kemudian dicuci dengan air dan dikeringkan.
Microplate diberi pewarnaan menggunakan kristal violet 1%
sebanyak 200 l dan diinkubasi selama 15 menit, selanjutnya
microplate kembali dicuci dengan air dan dikeringkan. Microplate
diisi larutan etanol 96% sebanyak 200 l dan diinkubasi selama 15
menit pada suhu ruang. Microplate diukur pada densitas optik 595nm
menggunakan microplate reader.

CRITICAL REVIEW
1. PENDAHULUAN
Jurnal pertama berjudul Bacteriophages and Biofilm merupakan hasil
penelitian David R. Harper et al. dalam Jurnal Antibiotics. Jurnal ini
membahas tentang penggunaan bakteriofage dalam hal mengurangi biofilm
yang memiliki sifat tahan terhadap kondisi lingkungan yang kurang
menguntungkan. Bakteriofage menghasilkan enzim yang dapat mendegradasi
dan melisiskan matriks selular penyusun biofilm. Jurnal kedua berjudul The
Use of Phages for the Removal of Infectious Biofilms yang merupakan hasil
penelitian dari J. Azeredo dan I. W. Sutherland. Jurnal ini menjelaskan
penelitian secara in vitro tentang bakteriofage yang dapat menginfeksi sel-sel
penyusun biofilm. Penelitian ini menunjukkan bahwa bakteriofage memiliki
kemampuan mendegradasi komponen matrik eksopolimerik biofilm.

Kata kunci: bakteriofage, biofilm, resistensi, dan degradasi


2. RINGKASAN
Biofilm merupakan sel agregat yang tersusun dari senyawa matriks
polimerik ekstraselular. Senyawa matriks polimerik ekstraselular mengandung
gugus rantai polisakarifa, DNA dan makro molekul lainnya. Pembentukan
biofilm terjadi secara spontan baik pada lapisan benda mati atau pada makhluk
hidup. Bakteri dalam struktur biofilm memiliki kemampuan resistensi yang
tinggi terhadap antibiotik dan pertahanan jaringan inang. Beberapa penelitian
secara in vitro telah menunjukkan bahwa bakteriofage memiliki kemampuan
untuk menginfeksi sel-sel biofilm dan mendegradasi komponen matriks
eksoplimerik pada biofilm. Bakteriofage merupakan virus yang secara spesifik

dapat menginfeksi bakteri. Bakteriofage bereplikasi pada sel inang biofilm,


sehingga dapat meningkatkan jumlah bakteriofage (amplifikasi). Hal ini akan
menghasilkan

peningkatan

jumlah

progeni

bakteriofage

yang

akan

menginfeksi biofilm. Bakteriofage akan menyebar pada biofilm dan


melisiskan

bakteri

yang

memproduksi

senyawa

matriks

polimerik

ekstraselular termasuk juga mendegradasi polisakarida yang meyusun biofilm.


Kemampuan bakteriofage berperan penting dalam menghilangkan biofilm dan
mengurangi kemampuan biofilm untuk beregenerasi.
3. ANALISIS DAN RESPON
Pemanfaatan bakteriofage sebagai agen antibiofilm berdasarkan beberpaa
penelitian ahli dinilai efektif untuk mendegradasi senyawa polisakarida
penyusun matriks polimerik ekstraselular biofilm. Kemampuan bakteriofage
tersebut sangat bermanfaat di bidang bioteknologi dan rekayasa genetika
untuk menghilangkan biofilm dan mengurangi kemapuan biofilm untuk
beregenerasi. Perlu diperhatikan bahwa untuk mendapatkan bakteriofage yang
spesifik yang dapat melisiskan bakteri penyusun biofilm dan mendegradasi
matriks polimerik ekstraselular biofilm memiliki peluang yang sangat kecil.
Bakteriofage yang telah mengalami modifikasi melalui proses rekayasa
genetika dapat menjadi solusi untuk proses ini. Bakterifage dapat direkayasa
genetika untuk meningkatkan kemampuan menginfeksi bakteri inang dan
meningkatkan

kemampuan

ekstraselular

biofilm.

mendegradasi

Penelitian

lebih

senyawa
lanjut

matriks

polimerik

diperlukan

untuk

mengembangkan prosedur penelitian yang lebih efektif untuk mengetahui


kemampuan bakteriofage untuk mengurangi biofilm dalam skala in vivo.
4. KESIMPULAN

Bakteriofage memiliki karakteristik yang menguntungkan dan efektif


untuk mengontrol pertumbuhan biofilm. Penelitian secara in vitro

telah

menunjukkan bahwa bakteriofage mampu menginfeksi sel bakteria penyusun


biofilm dan materi genetik virus pada bakteriofage memiliki kemampuan
untuk mendegradasi matriks polimerik ekstraselular biofilm. Pengembangan
metode rekayasa genetika yang lebih efektif diperlukan dalam hal penelitian
dengan tujuan mengetahui mekanisme bakteriofage untuk mengurangi biofilm
dalam skala in vivo.

DAFTAR PUSTAKA
Azaredo, J. dan I. W. Sutherland. 2008. The Uses of Phages for the Removal of
Infectious Biofilms. Current Pharmaceutical Biotechnology. Vol. 9: 262266
Donlan, R. M. 2002. Biofilms: Microbial Life on Surfaces. Emerging Infectious
Diseases. Vol. 8 (9): 881-890
Harper, D.R. et al. 2014. Bacteriophages and Biofilms. Antibiotics . Vol. 3: 270284
Kokare, C.R. Chakraborty, S. dan A.N. Khopade. 20009. Biofilm: Importance and
Applications. Indian Journal of Biotechnology. Vol 8: 159-168