Anda di halaman 1dari 9

23

M
AD ATER
VA I DA
NC N
E A LA
ND TIH
TO AN
P L SO
EV AL
EL SB
M

PT

kimia
SET 23
BIOMOLEKUL IV : ASAM NUKLEAT

Asam nukleat, deoxyribonucleic acid (DNA) dan ribonucleic acid (RNA), adalah suatu
senyawa kimia pembawa informasi genetik yang terdapat di dalam sel. Informasi yang
tersandi pada DNA adalah informasi yang menentukan sifat sel, mengontrol pertumbuhan dan
pembelahan sel, serta mengarahkan reaksi biosintesis enzim-enzim dan protein yang mengatur
fungsi seluler. Turunan asam nukleat seperti ATP (adenosine triphosphate) terlibat dalam reaksi
fosforilasi pada berbagai jalur biokimia.
Secara kimiawi, asam nukleat adalah biopolimer yang tersusun dari nukleotida-nukleotida
yang membentuk rantai panjang. Masing-masing nukleotida tersusun dari nukleosida yang
terikat pada gugus fosfat. Setiap nukleosida tersusun dari sebuah gula aldopentosa yang terikat
dengan sebuah basa nitrogen purin atau pirimidin. Komponen gula pada RNA adalah ribosa
dan gula pada DNA adalah deoksiribosa, yaitu ribosa yang kehilangan satu atom O pada C2.
DNA mengandung empat basa nitrogen berbeda, yaitu dua purin (adenin dan guanin) dan dua
pirimidin (sitosin dan timin). Adenin, guanin, dan sitosin juga terdapat pada RNA, tetapi timin
digantikan oleh pirimidin lain, yaitu urasil.

Gambar 23.1. Struktur gula ribosa dan deoksiribosa, purin dan pirimidin, serta kelima basa
nitrogen penyusun DNA dan RNA
(Organic Chemistry Ed. 8, John McMurry, 2012)
Secara kimiawi, DNA dan RNA memiliki kemiripan. Akan tetapi, DNA memiliki ukuran
molekul yang sangat besar, mengandung hampir 245 juta nukleotida dan bobot molekul
hingga 75 miliar. Sedangkan RNA memiliki ukuran molekul yang jauh lebih kecil, mengandung
kira-kira 21 nukleotida dan bobot molekul sekitar 7.000.
Nukleotida-nukleotida berikatan membentuk DNA dan RNA melalui ikatan fosfodiester
(RO PO2-) OR) antara gugus fosfat pada ujung 5 dari suatu nukleotida dengan ujung 3
nukleotida lain. Sekuens nukleotida diurutkan sesuai urutan basa nitrogen, dimulai dari ujung
5 dengan singkatan G (guanin), C (sitosin), A (adenin), dan T (timin) atau U (urasil) untuk RNA.
Pada tahun 1953, James Watson dan Francis Crick mengajukan struktur sekunder DNA.
Berdasarkan model DNA Watson-Crick, DNA pada kondisi fisiologis mengandung dua rantai
polinukleotida yang memanjang pada arah yang berlawanan dan saling berpilin membentuk
untaian heliks ganda (double helix). Kedua rantai polinukleotida bersifat komplementer terhadap
satu dengan lainnya dengan diikat oleh ikatan hidrogen antara pasangan basa: A dengan T dan
C dengan G.

Gambar 23.2. (1) pasangan basa pada DNA dan (2) struktur untai ganda DNA
(Organic Chemistry Ed. 8, John McMurry, 2012)
Informasi genetik organisme yang tersimpan pada DNA harus dapat disalin agar informasi
tersebut dapat diproses dan diteruskan ke organisme berikutnya. Suatu mekanisme replikasi
DNA yang dikenal sebagai Dogma Sentral Genetika Molekuler menyatakan bahwa informasi
genetik yang disimpan pada DNA diteruskan melalui RNA. Fungsi RNA dalam hal ini adalah
membaca, menyandi, dan menggunakan informasi yang tersandi pada DNA untuk membuat
protein. Proses yang terjadi adalah:
A. Replikasi, merupakan proses pembuatan salinan identik (pencetakan) DNA sehingga
informasi genetik yangterdapat pada suatu organisme dapat diteruskan ke organisme
generasi berikutnya.
B. Transkripsi, merupakan proses di mana informasi genetik dibawa dari inti sel menuju
ribosom, tempat berlangsungnya sintesis protein pada sel.Informasi genetik tersebut
kemudian dibaca (diterjemahkan) sebagai kode genetik.
C. Translasi: proses di mana informasi genetik disandi dan digunakan untuk sintesis protein.

A.

REPLIKASI DNA
Replikasi DNA adalah proses pembentukan DNA anakan yang akan membawa informasi
genetik yang sama untuk diteruskan ke sel generasi selanjutnya. Proses ini diawali
oleh pembukaan untaian DNA oleh enzim helikase atau enzim restriksi endonuklease.
Selanjutnya ikatan hidrogen diputus dan basa-basa nitrogen pada masing-masing rantai
terbuka, membentuk bubble. Rantai komplementer dari masing-masing rantai induk

kemudian dibuat dengan adisi nukleotida pada arah 53 yang dikatalisis oleh DNA
polimerase. Dua rantai baru akan terus memanjang keluar dari bubble, membentuk garpu
replikasi.
Karena kedua rantai DNA disintesis dalam arah 53, keduanya tidak dapat dibuat dengan
cara yang persis sama. Satu rantai baru harus memiliki ujung 3 yang lebih dekat dengan
garpu replikasi sementara rantai lainnya harus memiliki ujung 5. Dengan demikian, rantai
induk arah 53 disintesis secara kontinu dalam satu helaian tunggal untuk membuat
salinan yang disebut leading strand. Sementara itu, rantai induk arah 35 disintesis
secara diskontinu dalam helaian-helaian lepas yang disebut fragmen Okazaki. Fragmen
Okazaki kemudian akan disatukan oleh DNA ligase, membentuk lagging strand.

B.

TRANSKRIPSI DNA
Transkripsi DNA adalah proses penyandian informasi genetik pada DNA untuk dapat
dibawa dari inti sel menuju ribosom yang selanjutnya digunakan untuk sintesis protein.
Informasi genetik yang dibawa tersebut adalah berupa RNA dengan ukuran molekul yang
lebih kecil dan merupakan rantai tunggal. Ada tiga macam RNA yang memiliki fungsi yang
berbeda-beda:
a. Messenger RNA (mRNA), yaitu RNA yang membawa materi genetik dari DNA ke
ribosom.
b. Ribosomal RNA (rRNA), yaitu RNA yang membentuk kompleks dengan protein,
membentuk struktur fisik ribosom.
c. Transfer RNA (tRNA), yaitu RNA yang membawa asam-asam amino ke ribosom, di mana
asam-asam amino tersebut akan digabung membentuk protein.
Transkripsi DNA dimulai ketika RNA polimerase mengenali dan berikatan dengan
sekuens promotor pada DNA. Terbentuknya kompleks polimerase-sekuens promotor
menyebabkan terlepasnya beberapa untai ganda membentuk bubble dan beberapa basa
nitrogen terekspos. Nukleotida yang sesuai kemudian dipasang melalui ikatan hidrogen
dengan basa DNA komplementernya, dalam arah 53. RNA polimerase terus berjalan
sepanjang rantai DNA, dan molekul RNA terus memanjang.
Tidak seperti yang terjadi pada replikasi DNA, di mana kedua rantai disalin, transkripsi
DNA hanya menyalin salah satu rantai menjadi mRNA. Rantai DNA yang mengandung gen
yang akan disandi disebut sebagai rantai sense (coding strand) dan rantai yang ditranskripsi
untuk menghasilkan mRNA disebut rantai antisense (noncoding strand). Karena transkripsi
dilangsungkan pada rantai antisense, maka mRNA yang dihasilkan akan memiliki kode
genetik yang sama dengan rantai sense, dengan pengecualian basa T diganti dengan U.

Gen pada umumnya bukan berupa segmen kontinu dari rantai DNA. Akan tetapi, dimulai
dari bagian kecil DNA yang disebut exon, lalu diputus oleh segmen noncoding yang
disebut intron dan kemudian disambung kembali oleh exon lain. mRNA akhir dihasilkan
hanya setelah intron diputus dan segmen yang tersisa disambung kembali.

C.

TRANSLASI RNA
Translasi RNA adalah proses biosintesis protein yang berlangsung di ribosom, partikel
granuler kecil pada sitoplasma sel, yang mengandung 60% rRNA dan 40% protein. Sekuens
ribonukleotida pada RNA secara khusus menginformasikan urutan residu asam amino
yang akan digabungkan membentuk rantai polipeptida. Urutan ribonukleotida yang
mengode asam amino tertentu disebut kodon. Tiga nukleotida secara spesifik mengode
satu asam amino. Sebagai contoh, seri UUC pada mRNA mengarahkan penyusunan
fenilalanin pada rantai peptida. Jumlah kemungkinan seri yang dapat dibentuk dari
empat jenis ribonukleotida adalah 43 = 64 macam, 61 adalah kode untuk asam amino
tertentu dan tiga lainnya adalah kodon terminasi rantai (stop).
Pesan pada mRNA dibaca oleh tRNA dalam suatu proses yang disebut translasi. tRNA
memiliki segmen antikodon yang akan membaca kodon yang dibawa oleh mRNA dan
asam amino yang bersesuaian dengan kodon. Sebagai contoh, kodon UUC yang dibawa
oleh mRNA dibaca oleh tRNA yang membawa fenilalanin, yang membawa antikodon
dengan urutan basa GAA. [Ingat: sekuens nukleotida ditulis dalam urutan 53, sehingga
urutan antikodon harus dibalik. Karena itu, komplementer dari (5)-UUC-(3) adalah (3)AAG(5), yang ditulis (5)-AAG(3).]
Selanjutnya, proses tranlasi oleh tRNA terus berjalan, asam amino yang benar bergabung
membentuk rantai polipeptida. Ketika kodon terminasi (stop) dibaca, proses translasi
berakhir dan protein yang terbentuk dilepaskan dari ribosom.

Gambar 23.3. tRNA yang membawa fenilalanin


(Organic Chemistry Ed. 8, John McMurry, 2012)

LATIHAN SOAL
Catatan: Pembahasan lengkap dapat dilihat pada video.
1.

Struktur untai ganda DNA distabilkan oleh ....


A. ikatan peptida antarnukleotida
B. gaya dipol-dipol antara dua basa nukleotida
C. ikatan hidrogen antara dua basa nukleotida
D. ikatan kovalen antara dua gula ribosa
E. ikatan fosfodiester antarnukleotida
Jawaban: C

2.

Pernyataan berikut adalah benar mengenai DNA, kecuali ....


A. polimer dari nukleotida, yaitu gugus basa nitrogen yang terikat pada gula ribosa dan
gugus fosfat
B. secara umum bersifat polar
C. ikatan fosfodiester menstabilkan struktur untai ganda DNA
D. adenin dan timin membentuk dua ikatan hidrogen
Jawaban: B

3.

Beberapa nukleotida bergabung satu dengan lainnya membentuk untaian DNA dengan
membentuk ikatan ....
A. hidrogen
B. fosfodiester
C. ionik
D. kovalen nonpolar
E. dipol-dipol
Jawaban: B

4.

DNA dan RNA berbeda dalam hal ....


A. ukuran molekul
B. jenis basa nitrogen penyusun nukleotida
C. jenis gula pada nukleotida
D. Ikatan yang terbentuk antara satu nukleotida dengan nukleotida lain
Jawaban: A

5.

Pernyataan berikut adalah benar terkait rRNA, kecuali ....


A. merupakan komponen ribosom selain polipeptida
B. merupakan asam nukleat dengan rantai tunggal
C. tersusun dari beberapa nukleotida yang terjalin oleh ikatan fosfodiester
D. membawa asam amino untuk proses sintesis protein
Jawaban: D

6.

DNA bulu babi mengandung 32% adenin. Berdasarkan informasi ini, pernyataan yang
benar terkait komposisi basa nitrogen lainnya adalah ...
A. Komposisi guanin adalah 68%.
B. Komposisi timin adalah 32%.
C. Komposisi sitosin adalah 68%.
D. Komposisi urasil adalah 32%.
Jawaban: A

7.

Gula penyusun nukleotida pada DNA lebih polar daripada gula penyusun nukleotida pada
RNA.
SEBAB
Gula penyusun nukleotida pada DNA kehilangan satu atom O pada posisi C2.
Jawaban: D

8.

Kemampuan membentuk ikatan hidrogen pada adenin disebabkan oleh adanya atom O
yang bersifat elektronegatif.
SEBAB
Atom O pada adenin akan membentuk ikatan hidrogen dengan atom H pada timin.
Jawaban: E

9.

Pernyataan berikut yang benar mengenai timin dan urasil adalah ...
A. Timin adalah basa nitrogen pada DNA yang tidak ditemukan pada RNA.
B. Keduanya tidak memiliki gugus amin primer.
C. Urasil adalah timin yang kehilangan gugus metil pada C5.
D. Urasil bersifat lebih polar daripada timin.
Jawaban: A

10.

BNP (brain natriuretic peptide) pada manusia adalah molekul peptida dengan 32 asam
amino yang digunakan dalam penanganan gagal jantung kongestif. Jumlah basa nitrogen
yang ada pada RNA untuk mengkode BNP adalah ....
A. 96
B. 99
C. 64
D. 48
E. 32
Jawaban: B