STRUKTUR SEL MIKRO DAN FUNGSINYA

SEL

Merupakan dasar semua organisme hidup

Terdiri atas multiseluler (bersel banyak) dan uniseluler (bersel tunggal)
Semua sel memiliki cairan matriks atau fluida dalam sel dan dikelilingi membran
sitoplasma yang tersusun atas lipid dan protein
Memiliki asam nukleat yang membawa materi genetika bersama dengan ribosom
(organel untuk sintesis protein)
Terbagi atas 2 kategori:
Prokariotik: Archaea dan Eubacteria
Eukariotik: Fungi, Protozoa, Alga, Tumbuhan, dan Hewan

PROKARIOTIK

Ukuran sel <5m

Organel masih tidak jelas struktrur dan posisinya
Organel: DNA, mesosom, granula, vakuola gas, ribosom, lamella, membran, dinding sel,
kapsul, dan alat gerak(filia atau flagel)
Terdiri atas kromosom tunggal yang terdapat DNA dan terletak di nukleus
Kebanyakan memliki dinding sel diluar membran sitoplasma yang mengandung
peptidoglikan
Diluar dinding terdapat kapsul yang kadang dilapisi flagel(buu cambuk sebagai alat
gerak)

EUKARIOTIK

Lebih besar dari prokariotik, dan organelnya lebih kompleks dan tersusun rapi serta jelas.
Organel: Nukleus, nukleolus, Mitokondria, lisosom, badan golgi, Retikulum
Endoplasma, Kloroplas, granula, vakuola, ribosom, membran, dinding sel, kapsul,
flagel.
Dinding sel terdiri atas materi seperti peptidoglikan, selulosa, -glukan, kitin atau silika
Perkembangbiakannya kompleks, yaitu seksual dan aseksual yang terdapat mitosis
maupun meiosis(mereduksi jumlah kromosom dari 2nn)
Sel mengandung satu set kromosom ya ng terdapat rekombinasi genetik dan hasil
pembentukan gamet.

Archaea

Hidup pada lingkungan ekstrim:

Halofil (konsentrasi garam tinggi)
Methanogen (penghasil methana)
Thermofil (pada suhu tinggi)

Barofil (pada tekanan tinggi)

Genomnya kecil dan mengandung DNA yang jumlahnya setengah dari Eubakteria
Digunakan untuk industri. Mempunyai karakteristik yang bisa dieksploitasi untuk
keperluan bioteknologi di masa depan yang terutama adalah enzimnya.
Dibagi berdasar karakteristik pada kandungan Gram yang ditentukan dari struktur
dinding sel
Dinding sel mengandung polimer unik, metanokondroitrin, pseudomurein, dan membran
lipid
Dibagi 3 kingdom:
Euryarchaeota: kebanyakan Methanogen seperti Methanobacterium dan Halofil
contohnya Halococcus
Crenarchaeota:Barofil dan termofil. Contoh: Pyrodictium, Thermoproteus
Korarchaeota: hipertermofil

Eubacteria
Terdiri atas 12 subgrup tapi yang digunakan untuk kegiatan industri hanya Proteobacteria dan
Eubakteria Gram Positif
1. Proteobacteria: bakteri gram negatif yang terbagi menjadi lima grup (, , , , ).
Proteobacteria ada yang fotosintetik dan non fotosintetik. Contohnya Eschericia Coli
2. Eubakteria Gram Positif: terdiri atas dua subdivisi yaitu Eubakteria dengan kadar
guanin dan sitosin tinggi sertaEubakteria dengan kadar guanin dan sitosin rendah
3. Cyanobacteria
4. Chlamidia
5. Planctomyces
6. Bacteroides
7. Bakteri sulfur hijau
8. Bakteri sulfur non-hijau
9. Spirochetes
10. Deinococci
11. Thermatoga
12. Aquifiles
Eschericia Coli, Bakteri Gram Negatif

Anaerob. Lebar 0,3-1m dan panjang 1-3m.

Berkembang biak dengan pembelahan biner
Genus Eshericia merupakan oxidase negatif (yaitu kekurangan sitokrom c oksidase),
membawa asam fermentasi, memproduksi laktat asetat, succinase, dan format yang
bisa didegradasi menjadi H dan CO
Ditemukan di usus besar manusia dan usus hewan berdarah panas
Strain (sekumpulan) bisa menyebabkan penyakit yang dibawa oleh air dan makanan
yang bisa menyebabkan diare. Strain yang mematikan (E. Coli 0157:H7) bisa
menyebabkan radang usus besar yang disebabkan daging dan susu mentah

Laju berlipat ganda setiap 20menit hingga menjadi mikroorganisme industri yang
penting. E Coli digunakan sebagai model studi molekular biologi dan digunakan
sebagai wadah pengkloningan gen
Sebagai pemroduksi protein heterologous yang didapat dari organisme lain
Sekresi protein susah dibanding gram positif karena perbedaan sel selubung
Membran Luar
- Disebut sampul (envelope) yang bentuknya lebih kompleks dari gram positif
- Terdiri atas dua lapisan yang bisa membberikan bentuk tetap
- Membran terluar memiliki tebal 7-8nm, mengandung Lipopolisakarida dan
Mukopeptida. Strukturnya tidak menghambat pergerakan molekul kecil dan
lebih mudah ditembus dari pada membran sitoplasma, tapi membran ini
menghalangi molekul hidrofobik dan protein
- Terdapat protein Porin yang membentuk saluran tipis dengan diameter 1-2nm
sebagai tempat lewatnya molekul kecil
- Senyawa Lipopolisakarida efektif melindungi sel dari detergent dan agen
antimikrobial lain.
- Protein yang terdapat di membran dan umum adalah Braun Lipoprotein yang
mana memperluas wilayahnya sampai bagian terluar membran dan
tersambung pada dasar peptidoglikan
- Terdapat flagel yang menempel pada membran terluar untuk menggerakkan
sel pada media aqueous. Panjang flagel beberapa mikrometer dan terdiri atas
protein flagellin. Terkadang terdapat fibril (fimbriae atau fili) yang menempel
pada membran luar dan berbentuk bulu halus dengan panjang 400nm yang
memungkinkan E. Coli melekat pada permukaan lain
- Beberapa strain terdapat kapsul di luar membran yang tersusun atas
Polisakarida yang bergantung pada kondisi fisika dan kimia lingkungannya.
Tujuannya adala sebagai penghalang molekul tertentu dan melindungi dari
pengeringan.
Peptidoglikan
- Lapisan tipis yang terdapat di ruang periplasmik diantara membran luar dan
membran sitoplasma yang terdapat protein, binding protein, kemoreseptor, dan
enzim
- Tebalnya 2-3nm dan terdiri atas 2-3 lapisan
- Binding protein: untuk transfer zat tertentu ke dalam sel
- Kemoreseptor: terdapat kemotaksis, yaitu pergerakan mendekati zat kimia
yang cocok dan menghindari yang tidak cocok.
- Enzim hidrolitik(fosfatase, nuklease, protease) disekresi kedalam periplasmik
dari sitoplasma dan ditahan didalam sel dan tidak bisa keluar membran.
Membran Sitoplasma
- Dibawah ruang periplasmik yang terdapat matriks sitoplasma dan membran
didalamnya
- Selektif, mengontrol nutrisi yang masuk serta sekresi ion dan senyawa lain
- Berbentuk lipid bilayer yang terdiri atas fosfotidil etanol amina
- Terdapat rongga yang terdiri atas protein transpor(seperti laktosa permease)
dan pori yang terbuat dari porin untuk mengontrol masuknya molekul dan ion

bermuatan. Juga terdapat protein untuk respirasi (cytochrome) dan elktron lain
untuk transfer protein
Matriks Sitoplasma dan Konten Sel
- pH 7,6-7,8. Pengaturan pH antara intrasel dan ekstrasel oleh proton primer
yang berkaitan dengan transpor elektron dan respirasi.
- Mengandung metabolik lanjutan, enzim, dan koenzim untuk metabolik dan
anabolik metabolisme.
- Terdapat mekanisme sintesis protein transkripsi dan translasi termasuk RNA
polimerase untuk men-transkrip genetik code DNA menjadi mRNA dan
ribosom bersamaan dengan tRNA mentranslate mRNA menjadi protein
- Kromosom di nukleoid, adalah molekul double helix DNA 4600kbp yang
membawa 4000 gen. Melekat pada dalam membran sel untuk replikasi.
Molekul DNA merlipat, bergulung, dan stabil karena adanya protein
- Terdapat Plasmid yang merupakan molekul DNA ekstrakromosonal. Di dalam
plasmid terdapat faktor fertilitas (F), daya tahan (R), dan Col plasmid (untuk
mengode antibakteri bacteriocins)
- Glikogen polisakarida adalah penyimpanan utama karbon dan energi yang
terdapat di matriks sitoplasma.
Bacillus Subtilis, Bakteri Gram Positif
Genus Basilus beraneka ragam, berbentuk batang, kemoheterotrofik. Lebih besar dari
E. Coli yaitu lebar 0,5-2,5m dan panjang 1,2-10m.Termasuk katalase positif
(menghasilkan buih oksigen karena pemecahan HO oleh enzim katalase yang
dihasilkan oleh bakteria itu sendiri), ada yang aerobik dan ada yang anaerobik
fakultatif, misal mikroaerofilik. Memproduksi endospora yang menjadi daya tahan
terhadap lingkungan yang tidak cocok dan kenyediakan keuntungan untuk
kelangsungan hidup dan diseminasi. Digunakan untuk kegiatan industri, terutama
sebagai sumber enzim, antibiotik, dan insektisida
B. Subtillis merupakan mikroorganisme tanah yang biasanya hidup di air, udara, dan
residu tanaman busuk. Merupakan bakteri yang tidak menimbulkan penyakit.
Enzim ekstraseluler yang dihasilkan memungkinkan untuk daur nutrisi. Enzim-enzim
ini digunakan secara komersial dan menjadi produser enzim pada industri, yang
biasanya amilase dan protease.
Amilase: untuk modifikasi kanji (Starch)
Protease: sebagai pembersih aids di biological detergen
Berguna untuk manufaktur kimiaterutama nukleosida, vitamin, dan asam amino.
Strain juga digunakan sebagai pelindung hasil pertanian dari patogen jamur. Sebagai
tempat kloning untuk produksi protein heterologous.
Perbedaan utama dengan E. Coli adalah pada struktur dinding sel dan kemampuannya
memproduksi spora. Dinding sel B. Subtilis lebih sederhana, tebal 20-5-nm dan terdiri
atas 20-25 layer peptidoglikan bersama dengan lipid, protein, dan asam teichoic.
- Asam teichoic adalah polimer anion khusus glycerol fosfat, xibitol fosfat, dan
fosfat gula lain. Terlekat pada N-acetylmuramic di peptidoglikan atau pada
lipid. Asam teichoic tidak ditemukan di Gram negatif.

Diluar dinding sel terdapat kapsul polipeptida yang mengandung glutamic acid
Terdapat flagel dan flagelata yang membantu saat kemotaksis
Kromosom lebih kecil dari E. Coli, yaitu 4188kbp.
Sel vegetatif tumbuh dan terjadi pembelahan biner smpai nutriennya menjadi limit.
Kehilangan nutrien mengabitkan sporulation
Pembelahan sel menghasilkan forespore yang lebih kecil dan sel induk yang lebih
besar dengan pembentukan sekat dekat tiang sel. Sel induk menelan forespor.
Dinding primordial peptidoglikan terbentuk di sekitar forespor yang nanti akan jadi
dinding sel vegetatif yang timbul saat spora berkecambah. Dinding primordial
diselubungi peptidoglikan yang lebih tipis(spora cortex). Saat terjadi penurunan
selubung, struktur dilindungi oleh proteinaseous fosfat. Saat sel induk mati, akan
melepas spora. Spora tidak aktif yang ditandai dengan tidak adanya metabolisme,
tahan terhadap pengeringan, panas, radiasi, dan bahan kimia berbahaya
Hidup Bacillus Subtillis hidup untuk waktu yang lama
Perkecambahan nantinya membentuk sel vegetatif

FUNGI
Fungi dibagi menjadi dua berdasarkan kegunaannya, fungi untuk keperluan industri dan fungi
selain untuk keperluan industri.
Ciri-ciri umum fungi adalah:

Eukariotik (sudah terdapat vakuola, mitokondria, ribosom, vesikel)

Dinding terdiri atas polisakarida, lipid, dan protein
Tidak berklorofil, tidak bisa membuat makanan sendiri
Cara makan:
- Saprofit: menguraikan bagian makhluk mati
- Parasit: mengambil nutrisi dari makhluk hidup lain
- Simbiosis: hidup bersama makhluk hidup lain
Jamur uniseluler: berkembang biak secara aseksual (membentuk tunas) dan seksual
(membentuk spora askus)
Jamur multi seluler: berkembang biak secara aseksual (memutus benang hifa atau
fragmentasi) dan seksual (peleburan inti jantan dan betina sehingga terbentuk spora
askus)
Tubuh tersusun atas thallus yang tesusun atas benang-benang halus (hifa)
Bersifat khemoorganoheterotrof: memperoleh energi dari oksidasi senyawa organik
Tempat hidup: tempat lembab, mengandung zat organik, sedikit asam, dan kurang
cahaya.
Struktur umum: hifa tumbuh ke atas (sporangiofor) yang membentuk tubuh buah dan
terdapat kotak spora (sporangium) yang berisi spora untuk berkembang biak
Hifa:filamen vegetatif yang mengandung sejumlah sel saling berikatan dan sitoplasma.
- Aseptat: tidak memiliki sekat. Terdiri atas sitoplasma dengan banyak inti
(soenositik)
- Septat: memiliki sekat

o Uninukleus: sel berinti tunggal. Sekat membagi hifa jadi ruang-ruang dan
tiap ruang punya satu inti. Terdapat pori untuk perpindahan inti
o Multinukleus: sel inti banyak. Membagi hifa menjadi ruang-ruang dengan
inti lebih dari satu.
Sexual cycle:
syngami: penggabungan sel haploid yang berbeda jenis. Ada 2 tingkat:
- Plasmogami: Peleburan sitoplasma
- Karyogami: Peleburan inti
Dikaryon terbentuk dari pemasangan nukleus haploid dari masing-masing parental
strain, tapi inti tidak langsung melebur. Setelah proses lama, mereka melebur
membentuk diploid (2n) dan melakukan meiosis hingga terbentuk haploid (n).

Phycomicetes
Merupakan jamur paling rendah yang terdiri atas Mastigomikotina dan Zigomikotina.
Hifa aseptat
Perkembangbiakan:
- Aseksual: spora tumbuhbenang hifa bercabang (miselium) tumbuh keatas
dan ujung menggembung (sporangium) pecah spora tersebar spora
jatuh dirempat lain membentuk miselium lagi.
- Seksual: hifa talus berbeda jenis (+) dan (-) berdekatanpembengkakan dan
pemanjangan (gametangium) dinding gametangium pecah inti (+) dan
(-) meleburmembentuk diploidmembentuk zigosporameiosistumbuh
jika ada substrat terbentuk sporangium dan sporangioforinti
bermitosisterbentuk inti sporapematangan dinding robekjadi spora
(+) dan (-) tumbuh jadi miselium baru.
Contoh: Rhizopus untuk fermentasi tradisional
Ascomikotin
Kelas tertinggi
Digunakan untuk fermentasi di industri
Contoh: Neurospora, Saccharomyces untuk roti
Hifa septat
Perkembangbiakan:
- Aseksual: dengan tunas
- Seksual: Askokarp
Hifa spesial
Konidiosfor diedarkan melalui angin. Spora seksual mengandung askus (alat
perkembangbiakan), ragi memproduksi askus saat reproduksi seksual dan ujung saat
reproduksi aseksual adalah terbentuk konidiosfor.
pembelahan biner yang sama dengan bakteri.
Basidiomikotin
Hifa septat
Alat reproduksi disebut basidiokarp (tubuh buah) dengan tudung basidium, yang
mengandung biodiosfor.
Salah satu digunakan untuk proses biodegradasiPhanerochaete Chrysosporium

Deuteromikotin
Merupakan jamur tidak sempurna, karena tidak diketahui reproduksi seksualnya.
Multiseluler
Hifa septat
Contoh: Aspergilus, Penisilium
YEAST

Uniseluler, termasuk Askomikotin

Saccharomyces Serevisae: untu minuman alkohol dan roti, dan sedang dikembangkan
untuk industri fuel ethanol dan insulin
Heterotrof pada tanaman
Membutuhkan nutrsi dari karbon reduksi (acetate, mineral), Inorganik dan Organik
Nitrogen (Ammonium salt), dan vitamin (Biotin, dll) untuk pertumbuhan.
Menjadi model research tentang molekular genetik karena basik mekanismenya untuk
relikasi, rekomendasi, pembelahan sel, dan metabolismenya. Yang menyerupai eukariotik
yang lebih tinggi.
Kadang bersifat patogen untuk hewan
Cryoptococcusmenyebabkan penyakit meninitis
Pertumbuhan sel dan daur hidup:
Bentuk sel elips (lebar 1-2m dan panjang 5-10m)
Pembelahan sel(Aseksual) dengan budding yaitu sebagian kecil anakan terlepas
dari keseluruhan sel induk. Berikut prosesnya:
Dinding sel lemah karena enzim litik dari bud tumbuh sama dengan ukuran
induk pertumbuhan dinding terpolasi karena ada endapan sel baru di ujungnya
yang berhubungan dengan matriks sitoplasmaproses mitosis terjadi, kromosom
berlipat ganda dan gelondong mitosis terbentuk hingga menghubungkan
persimpangan antara 2 selsel memanjang dan menyempurnakan pembentukan
2 kromosom erpisah bersamaan dengan pemisahan intidinding sel sempurna
dan sel berpisah
- Reproduksi seksual
Sel haploid(n) dengan dua tipe (a) dan () berpasangan karena keluarnya peptida
feromonmasing-masing membentuk bud dan terdiferensiasi lalu membentuk
gametgamet berkontakterbentuk diploid(2n) bisa terjadi pembelahan
selterjadi meiosisterbentuk 4 haploid(n) nukleus.
Struktur dinding sel
Penyusun:
- Mannan: terdapat jaringan protein yang tersebar
- Fosfomanan: bagian luar
- Glucan: bagian bawah di dekat membran sitoplasma. Tujuannya untuk
menguatkan dinding sel
Struktur sel membran

Sel membran untuk transportasi senyawa seperti gula, asam amino dan ATP
dengan sistem pergantian proton yang memberikan gaya di membran, dan
menghasilkan energi untuk transport solute. Dan juga terdapat enzim sisntesis
dinding
- Antar dinding dan membran terdapat protein yang tidak bisa keluar dinding.
- Fosfolipid terdiri atas lipid bilayer yaitu hidrofilik (bagian yang terkena air) dan
hidrofobik(bagian tidak terkena air)
Nukleus
- Dikelilingi dobel membran, terdapat DNA (80-85%)
- DNA nuklear gabungan dari protein histon dan didalam kromosom linear
- DNA menempel pada penampang nukleus yang punya mikrotubulus yang
memungkinkan untuk melewati batas antar inti dan matriks.
- Fungsi mikrotobulus: membentuk benang spindel untuk replikasi kromosom saat
mitosis
Mitokondria
- Pada kondisi aerobikMitokondria
Pada kondisi anaerobikPromitokondria
- Organelnya berbentuk bola hingga elips dan terlapis oleh membran ganda.
Membran dalam terdapat protein yang terlibat saat transpor elektron dan
fosforilasi oksidatif
- Membentuk krista
- Mengandung enzim TCA, ribosom, dan molekul DNA(untuk mengode 10%
protein mitokondria)
Organel lain dan struktur Sitoplasma
- Matriks sitoplasma juga mengandung Ribosom, Vakuola(fungsi: Mengandung
enzim hidrolitik dan sebagai penyedia nutrien tertentu), dan Sitoskeleton(yang
terdiri atas mikrotulus dan mikrofilamen)
- Mikrobodi:
Peroxisome: Mengandung enzim katalase dan oksidase
Glioksisom: mengandung enzim katalase dan enzim untuk daur glyoxylate)
- Granula sebagai penyimpanan di Sitoplasma, mengandung lipid dan karbohidrat
dan juga kadang mengandung glikogen. Karbohidrat menyumbang 40% berat sel
Yeast.
- Matriks sitoplasma S. Cerevisiae mengandung 50-60 salinan extrachromosonal
sirkular dengan ukuran 2m plasmid, yang merupakan faktor utama untuk
modifikasi genetik Yeast via transformation processes.