Kompetensi
Setelah mempelajari topik bahasan ini, mahasiswa diharapkan mampu:
1. Menjelaskan konsep operon
2. Menjelaskan fungsi operator, repressor, dan corepressor
3. Menjelaskan keuntungan adaptif pengelompokan gen-gen bakteri ke dalam operon
4. Menjelaskan perbedaan operon repressible dan operon inducible
5. Menjelaskan bagaimana perbedaan operon repressible dan operon inducible menggambarkan
perbedaan jalur yang dikontrol
6. Menjelaskan perbedaan pengaturan gen negatif dan positif
Pengontrolan ekspresi gen memungkinkan
metabolismenya dengan perubahan lingkungan
individu
bakteri
untuk
dapat
menyesuaikan
Mutasi dan berbagai tipe transfer genetik yang telah dan masih kita pelajari sampai saat ini,
menyebabkan timbulnya variasi genetik, yang memungkinkan terjadinya seleksi alam. Dan seleksi alam,
yang terjadi dari generiasi ke generasi dapat meningkatkan proporsi individu di dalam suatu populasi
bakteri, yang telah beradaptasi dengan beberapa kondisi lingkungan yang baru. Tetapi bagaimana
individu bakteri, yang terkunci di dalam genom yang telah diwarisinya, mengatasi fluktuasi lingkungan.
Kontrol metabolisme terjadi pada dua
tingkatan (Gamabar 18.18). Pertama,
sel dapat mengubah-ubah jumlah
molekul enzim spesifik yang dibuat;
artinya, sel dapat mengatur ekspresi
suatu gen. Kedua, sel dapat
menyesuaikan aktivitas enzim yang
telah ada. Cara pengontrolan yang
terakhir, yang bersifat lebih segera,
tergantung pada sensitivitas berbagai
enzim
terhadap
isyarat-isyarat
kimiawi yang meningkatkan atau
menurunkan aktivitas katalitiknya
(lihat bab 6). Misalnya, aktivitas
enzim pertama dari jalur sintesistriptofan diinhibisi oleh produk-akhir
jalur
tersebut.
Jika
triptofan
berakumulasi di dalam suatu sel, ia
akan
menghentikan
sintesisnya
sendiri. Inhibisi balik seperti ini,
umum terjadi pada jalur anabolik
(biosintetik), membuat suatu sel
dapat beradaptasi dengan fluktuasi
jangka-pendek, berkaitan dengan
kadar substansi yang dibutuhkannya.
Gambar 18.18 Pengaturan jalur metabolisme. Sel dapat
menyesuaikan laju jalur metabolisme spesifik dengan
mengatur aktivitas katalitik dan enzim yang sudah ada. Pada
jalur untuk sintesis triptofan, jumlah triptofan yang melimpah
dapat (a) menekan ekspresi gen untuk semua enzim yang
dibutuhkan jalur tersebut, dan (b) menginhibisi aktivitas
enzim pertama pada jalur tersebut (inhibisi umpan-balik)
Coba pikirkan, misalnya, sebuah sel E. coli yang hidup di lingkungan yang tedak menentu di dalam kolon
manusia, menggantungkan nutriennya pada kebiassan makan yang tidak menentu dari inang-nya. Jika
bakteri ini tidak mendapat asam amino triptofan, yang dibutuhkannya untuk tetap hidup, ia akan
merenspons hal ini dengan cara mengaktifkan jalur metabolisme untuk membuat triptofannya sendiri
dari bahan lain. Kemudian, jika inang manusia memakan makanan yang banyak mengandung triptofan,
sel bakteri ini berhenti memproduksi triptofan untuk dirinya sendiri, dengan begitu sel tidak
menghambur-hamburkan sumberdayanya untuk memproduksi substansi yang dapat diambil dari larutan
sekitranya dalam bentuk yang belum jadi. Ini hanya salah satu contoh bagaimana bakteri menyesuaikan
metabolisme terhadap perubahan lingkungan.
Pada contoh kita ini, jika lingkungan terus-menerus menyediakan seluruh triptofan yang dibutuhkan sel,
pengaturan ekspresi gen juga mulai ikut berperan serta: Sel berhenti membuat enzim-enzim yang
terdapat pada jalur triptofan. Pengontrolan produksi enzim ini terjadi pada tingkat transkripsi, sintesis
mRNA yang mengkode enzim-enzim ini. Lebih umum lagi, banyak gen dari genom bakteri ini di-on-kan
atau di-off-kan oleh perubahan status metabolisme sel tersebut. Mekanisme dasar untuk pengontrolan
ekspresi gen pada bakteri ini, dijelaskan sebagai model operon, ditemukan pada tahun 1961 oleh
Franois Jacob dan Jacques Monod yang bekerja di Pasteur Institute, Paris. Mari kita melihat apa itu
operon dan bagaimana kerjanya, dengan menggunakan pengontrolan sintesis triptofan sebagai contoh.
perbatasan antara posisi on dan off, dengan lama waktu relatif dari setiap keadaan bergantung pada
jumlah molekul represor aktif di sekitarnya. Yang kedua, represor trp, seperti kebanyakan protein
pengatur, merupakan protein alosterik, dengan dua bentuk alternatif, aktif dan inaktif. Represor trp
disintesis dalam bentuk inaktif dengan afinitas yang kecil terhadap operator trp. Hanya jika triptofan
mengikatkan diri pada represor di bagian alosterik barulah protein represor bisa berubah ke bentuk aktif
yang dapat menempel pada operator.
Fungsi triptofan dalam sistem ini adalah sebagai korepresor, molekul kecil yang bekerja sama dengan
protein represor untuk mengubah operon ke keadaan off. Pada saat triptofan berakumulasi, makin
banyak molekul triptofan berasosiasi dengan molekul represor trp, yang kemudian dapat mengikatkan
diri pada operator trp dan menghentikan produksi triptofan. Jika kadar triptofan pada sel ini menurun,
maka gen-gen operon akan ditranskripsi kembali. Ini merupakan salah satu contoh bagaimana ekspresi
gen dapat merespons dengan cepat perubahan di dalam dan di luar lingkungan sel.
GAMBAR 18.19 Operon trp: sintesis enzim represibel yang teratur. (a) Triptofan merupakan asam
amino yang diproduksi oleh jalur anabolik yang dikatalisis oleh enzim represibel. Akumulasi triptofan,
produk-akhir jalur itu, menekan sisntesis enzim tersebut. Mekanisme untuk pengaturan ini pada sel E.
coli diperlihatkan di sini. Lima gen yang mengkode polipeptida yang membentuk enzim-enzim jalur
tersebut dikelompokkan ke dalam suatu operon; bersama dengan promoter dan operator. (Operator trp
sebenarnya berlokasi di dalam promoter trp). Ketika operon berada dalam keadaan on, molekul RNA
polimerase menempel pada DNA di daerah promoter dan mentranskripsikan gen-gen operon tersebut.
Gen pengatur, terletak di luar operon, mengkode protein represor (gen tersebut memiliki promoternya
sendiri, tidak diperlihatkan). Represor dapat mengubah operon trip ke keadaan off dengan mengikatkan
diri pada operaotr dan mencegah masuknya RNA polimerase ke promoter. Walaupun demikian, protein
represor disintesis dalam bentuk tidak aktif dan tetap inaktif pada keadaan tidak ada triptofan. (b) Pada
saat triptofan berakumulasi di dalam sel. Ia akan menghambat produksinya sendiri dengan cara
mengaktifkan protein represor. Triptofanmengikatkan diri ke suatu tempat alosterik pada protein
tersebut, menyebabkan konformasinya berubah. Represor sekarang dapat mengikatkan diri pada
operator dan mengubah operon ke keadaan off.
mengubah konformasinya, menghilangkan kemampuan represor untuk mengikatkan diri pada operator.
Sekarang, karena dituntut oleh kebutuhan, operon lac menghasilkan mRNA untuk enzim-enzim jalur
laktosa. Dlam konteks pengaturan gen, enzim-enzim ini dipandang sebagai enzim indusibel, karena
sintesisnya dipengaruhi oleh sinyal kimiawi (alolaktosa, dalam kasus ini). Dengan alasan yang hampir
sama, enzim untuk sintesis triptofan dianggap bersifat represibel.
GAMBAR 18.20 Operon lac: sintesis enzim indusibel yang teratur. E. coli menggunakan tiga enzim
untuk mengambil dan memetabolisasi laktosa. Gen-gen untuk tiga enzim ini terkumpul di dalam operon
lac. Satu gen, lacZ, mengkode -galaktosidase, yang menghidrolisis laktosa menjadi glukosa dan
galaktosa. Gen kedua, lacY, mengkode permease, protein membran yang mengangkut laktosa ke dalam
sel. Gen ketiga, lacA, mengkode suatu enzim yang disebut transasetilase, yang fungsinya dalam
metabolisme laktosa masih belum jelas. Gen untuk represor lac, lacI, ternyata berada di sebelah operon
lac, ini merupakan hal yang jarang terjadi. (Fungsi DNA yang terletak di antara lacI dan promoter akan
diterangkan pada GAMBAR 18.21) (a) Represor lac sifat dasarnya, dan dengan tidak adanya laktosa
represor ini akan mengubah operon ke keadaan off dengan cara mengikatkan diri pada operator. (b)
Alolaktosa, suatu isomer yang terbentuk dari laktosa, mendepresi operon dengan cara menginaktifkan
represor. Dengan cara ini, enzim untuk metabolisme laktosa terinduksi.
Narration:
Mari kita membandingkan enzim represibel dengan enzim indusibel dari sisi efisiensi metabolisme sel E.
coli. Enzim represibel biasanya berfungsi dalam jalur anabolik, yang mensintesis produk-akhir penting
dari bahan mentah (prekursor). Dengan menghentikan produksi suatu produk akhir apabila jumlah
produk yang ada sudah mencukupi, sel dapat mengalokasikan prekursor organik dan energinya untuk
keguanaan lain. Kebalikannya, enzim indusibel biasanya berfungsi dalam jalur katabolik, yang memecah
nutrien menjadi molekul yang lebih sederhana. Dengan memproduksi enzim-enzim yang cocok hanya
ketika nutriennya tersedia, sel menghindari pembuatan protein yang tidak diperlukan. Mengapa susahsusah, misalnya, membuat enzim yang memecah gula susu kalau susunya tidak ada?
Sewaktu membandingkan enzim represibel dan indusibel, ada satu hal penting lagi: kedua sistem
merupakan contoh yang berhubungan dengan kontrol negatif-gen-gen, karena operon-operonnya
diubah ke keadaan off oleh bentuk protein represor yang aktif. Mungkin akan lebih mudah melihat ini
dalam kasus yang berhubungan dengan operon trp, tetapi ini juga berlaku untuk operon lac. Alolaktosa
menginduksi sintesis enzim bukan dengan langsung bekerja pada genom, melainkan dengan cara
membebaskan operon lac dari pengaruh negatif represor. Secara teknis, alolaktosa lebih banyak
bertindak sebagai derepresor gen daripada sebagai induser gen. Pengaturan gen diartikan sebagai
positif hanya ketika suatu molekul aktivator berinteraksi langsung dengan genom untuk mengubah
transkripsi ke keadaan on. Mari kita melihat sebuah contoh, sekali lagi melibatkan operon lac.
Bagaimana sel E. coli mengetahui konsentrasi glukosa ini, dan bagaimana informasi ini disampaikan ke
genom? Sekali lagi, mekanisme tersebut mengandalkan interaksi antara protein pengatur alosterik
dengan suatu molekul organik yang berukuaran kecil. Molekul kecil itu adalah AMP siklik (cAMP), yang
berakumulasi bila glukosa tidak ada (lihat GAMBAR 11.11 struktur cAMP). Protein pengaturnya adalah
catabolite activator protein (CAP), dan protein ini merupakan aktivator transkripsi. Ketika cAMP
mengikatkan diri ke lokasi alosterik pada CAP, protein akan berubah ke bentuk aktifnya, dan dapat
mengikatkan diri pada suatu tempat tertentu di sebelah promoter lac (GAMBAR 18.5). Penempelan CAP
pada DNA ini membuat RNA polimerase lebih mudah mengikatkan diri pada promoter di dekatnya dan
memulai proses transkripsi operon. Karena CAP merupakan protein pengatur yang langsung
menstimulasi ekspresi gen, mekanisme ini dapat disebut sebagai pengaturan positif.
Jika jumlah dari glukosa di dalam sel meningkat, konsentrasi cAMP menurun, dan CAP akan lepas dari
operon lac. Oleh karena itu, operon lac berada di bawah kontrol ganda: kontrol negatif oleh represor lac
(sudah dijelaskan sebelumnya) dan kontrol positif oleh CAP. Kondisi represor lac (dengan atau tanpa
alolaktosa) menentukan terjadi atau tidaknya transkripsi dari gen-gen operon lac, kondisi CAP (dengan
atau tanpa cAMP) mengontrol laju transkripsi jika operonnya bebas dari represor. Yang tampak adalah
operon seakan-akan memiliki saklar on-off dan kontrol volume kedua-duanya sekaligus.
Walaupun kita telah menggunakan operon lac misalnya, CAP, tidak seperti protein represor, berkeja pada
beberapa operon yang berbeda yang mengkode enzim yang digunakan pada jalur katabolik. Ketika glukosa ada dan
CAP inaktf, terjadi penuruan yang merata dari sintesis untuk enzim-enzim yang dibutuhkan untuk katabolisme
senyawa-senyawa selain glukosa. Kemampuan sel untuk mengkatabolis bahan-bahan lain, seperti laktosa,
menyediakan sistem cadangan sehingga sel yang kekurangan glukosa dapat bertahan hidup. Senyawa-senyawa
spesifik yang terdapat pada saat itu menentukan operon mana yang akan diunah ke keadaan on. Mekanismemekanisme kondisi daruat ini cocok dengan organisme yang tidak dapat mengontrol apa yang dimakan inangnya.
Narration:
Pustaka:
Campbell, N.A., J.B. Reece, dan L.G. Mitchell (2002), Biologi, Edisi 5, Jlid 1, hal. 360-364, Erlangga,
Jakarta
Campbell, Reece, Urry, Cain, Wasserman, Minorsky, and Jackson. 2009. Biology 8th Edition. Benjamin
Cummings. San Fransisco.