Anda di halaman 1dari 43

ASTRIDSAFIRAIDHAM

a blog with many benefit


SKIP TO CONTENT

HOME

ABOUT

LAPORAN PRAKTIKUM : ISOLASI DNA


MAY 29, 2014 / ASTRIDSAFIRAIDHAM

LAPORAN PRAKTIKUM
GENETIKA
PERCOBAAN II
ISOLASI DNA
NAMA

: ASTRID SAFIRA IDHAM

NIM

: H41113341

HARI/TANGGAL
KELOMPOK
ASISTEN

: KAMIS, 13 MARET 2014


: VI (ENAM) B
: ANDRI NINDYA

LABORATORIUM GENETIKA JURUSAN BIOLOGI


FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS HASANUDDIN
MAKASSAR
2014

BAB I
PENDAHULUAN
I.1 Latar Belakang
Deoxyribonucleic acid atau DNA merupakan senyawa kimia yang
paling penting dalam makhluk hidup.DNA merupakan senyawa yang
mengandung informasi genetik makhluk hidup dari satu generasi ke
generasi selanjutnya. Keseluruhan DNA dalam suatu sel akan
membentuk genom. Genom meliputi bagian gen yang fungsional
maupun non-fungsional dalam sel organisme. DNA genom meliputi
gen danintergen (Suryo, 2004).
DNA adalah asam nukleat yang mengandung materi genetik dan
berfungsi untuk mengatur perkembangan biologis seluruh bentuk
kehidupan secara seluler. DNA terdapat pada nukleus, mitikondria,
dan kloroplas. Perbedaan ketiganya adalah DNA nukleus berbentuk
linier dan berasosiasi sangat erat dengan protein histon, sedangkan
DNA mitokondria dan kloroplas berbentuk sirkular dan tidak
berasosiasi dengan protein histon. Selain itu DNA mitokondria dan
kloroplas memiliki ciri khas, yaitu hanya mewariskan sifat-sifat yang
berasal dari garis ibu. Sedangkan DNA nukleus memiliki pola
pewarisan sifat dari kedua orangtua. Dilihat dari organismenya,
struktur DNA prokariot tidak memiliki protein histon dan berbentuk
sirkular, sedangkan DNA eukariot berbentuk linier dan memiliki
protein histon (Kirsman, 2010).
Isolasi DNA merupakan langkah mempelajari DNA. Salah satu
prinsipisolasi DNA yaitu dengan sentrifugasi. Sentrifugasi
merupakan teknik untukmemisahkan campuran berdasarkan berat

molekul komponennya. Molekul yang mempunyai berat molekul


besar akan berada di bagian bawah tabung dan molekul ringan akan
berada pada bagian atas tabung . Hasil sentrifugasi akan
menunjukkan dua macam fraksi yang terpisah, yaitu supernatan
pada bagian atas dan pelet pada bagian bawah (Rachmat, 2012).

I.2 Tujuan Percobaan


Adapun tujuan yang akan dicapai pada percobaan isolasi
DNA ini yaitu untuk mengetahui cara memisahkan (mengisolasi)
DNA dari 2 jenis buah yang dijadikan sebagai sampel, serta untuk
mengetahui keaktifan detergen dalam proses isolasi DNA pada
sampel buah.

I.3 Waktu dan Tempat Percobaan


Percobaan ini dilaksanakan pada hari Kamis, 13 Maret 2014,
pukul 14.00 17.30 WITA. Percobaan ini bertempat di Laboratorium
Biologi Dasar, Jurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu
Pengetahuan Alam, Universitas Hsanuddin, Makassar.

BAB II
TINJAUAN PUSTAKA
Isolasi DNA adalah proses pengeluaran DNA dari tempatnya berada
(ekstraksi atau lisis) biasanya dilakukan dengan homogenasi dan
penambahan buffer ekstraksi atau buffer lisis untuk mencegah DNA
rusak (Yuwono, 2008).
Pada sel eukariotik termasuk tanaman dan hewan bagian terbesar
dari DNA berada pada nukleus yaitu organel yang dipisahkan dari
sitoplasma dengan membran. Nukleus terdiri dari 90 % keseluruhan
DNA seluler. Sisa DNA adalah organel lain seperti mitokondria dan
kloroplas. Karena DNA terdapat pada nukleus, maka perlu adanya
metode pelisisan sel sampai pemanenan sel. Dimana metode
tersebut merupakan bagian dari metode isolasi DNA (Elrod, 2007).
Pemisahan DNA dari materi seluler lainnya merupakan hal yang
signifikan dan mengharuskan penyallinan DNA menjadi RNA dan
translasi RNA menjadi protein berlangsung dalam
kompartemen( ruang ) yang berbeda yaitu secara berturut-turut
dalam nucleus dan sitoplasma ( Elrod, 2007 ).

Terdapat organel-organel bermembran ganda di dalam sitoplasma,


termasuk mitokondria baik pada tumbuhan maupun hewan. Oleh
karena itu perlu dilakukan isolasi DNA pada tanaman dan hewan
untuk mengetahui dan mempelajari DNA dari tanaman dan hewan
tersebut. Sel eukariotik memiliki DNA lebih banyak, lengkap dengan
komponen-komponen lain. DNA tanaman dan hewan tersimpan
dalam nucleusyang terbungkus oleh membran. Isolasi DNA
merupakan langkah yang tepat untuk mempelajari DNA. Prinsipnya
ada dua, yaitu sentrifugasi dan presipitasi.Sentrifugasi merupakan
teknik untuk memisahkan campuran berdasarkan berat molekul
komponennya. Molekul yang mempunyai berat molekul besar akan
berada di bagian bawah tabung dan molekul ringan akan berada
pada bagian atas tabung. Hasil sentrifugasi akan menunjukkan dua
macam fraksi yang terpisah, yaitu supernatan pada bagian atas dan
pelet pada bagian bawah. Presipitasi merupakan langkah yang
dilakukan untuk mengendapkan suatu komponen dari campuran
(Albert, 1994).
DNA pada makhluk hidup dapat diisolasi secara sederhana.
Pengisolasian DNA secara sederhana dapat dilakukan dengan
memecahkan dinding sel, membran plasma dan membran inti baik
secara mekanik maupun secara kimiawi. Isolasi DNA merupakan
suatu teknik yang digunakan untuk memperoleh DNA murni, yaitu
tanpa protein dan RNA dari suatu sel dalam jaringan. Pemecahan
dinding sel secara mekanik dapat dilakukan dengan pemblenderan
atau penggerus menggunakan mortar dan pistil. Sedangkan secara
kimiawi dapat dilakukan dengan pemberian detergen. Penambahan

sabun cair dan garam dapur adalah untuk melisiskan membran inti
untuk mengeluarkan isi inti sel yang berisi DNA (Rachmat, 2012).
Isolasi DNA dapat dilakukan melalui tahapan-tahapan antara lain:
preparasi ekstrak sel, pemurnian DNA dari ekstrsk sel dan presipitasi
DNA. Meskipun isolasi DNA dapat dilakukan dengan berbagai cara,
akan tetapi pada setiap jenis atau bagian tanaman dapat
memberikan hasil yang berbeda, hal ini dikarenakan adanya
senyawa polifenol dan polisakarida dalam konsentrasi tinggi yang
dapat menghambat pemurnian DNA. Jika isolasi DNA dilakukan
dengan sample buah, maka kadar air pada masing-masing buah
berbeda, dapat memberi hasil yang berbeda-beda pula. Semakin
tinggi kadar air, maka sel yang terlarut di dalam ekstrak akan
semakin sedikit, sehingga DNA yang terpretisipasi juga akan sedikit
(Kirsman, 2010).
Penambahan deterjen dalam isolasi DNA dapat menyebabkan
rusaknya membrane sel, melalui ikatan yang dibentuk melalui sisi
hidrofobik deterjen dengan protein dan lemak pada membrane
membentuk senyawa lipid protein-deterjen kompleks. Senyawa
tersebut dapat terbentuk karena protein dan lipid memiliki ujung
hidrofilik dan hidrofobik, demikian juga dengan deterjen, sehingga
dapat membentuk suatu ikatan kimia (Kirsman, 2010).
Prinsip prinsip dalam mengisolasi DNA (Tohib, 2012) :
1. melisis sel secara fisik, dengan cara penggerusan.
2. pemecahan dinding sel.

3. pemecahan membran sel.


4. pemisahan DNA dari bahan yang lain.
Dalam isolasi DNA, bahan yang kita gunakan biasanya
berupa jaringan tumbuhan atau jaringan hewan, untuk itu langkah
pertama yang harus kita lakukan adalah memecahkan jaringan
menjadi sel-sel yang mandiri. Proses dilakukan secara mekanik atau
fisik dengan menumbuk atau menggerus bahan yang akan kita
gunakan dengan mortar atau blender. Kedua adalah memecahkan
dinding sel dan membran sel lapisan pembungkus DNA. struktur
utama pembentuk membran dan dinding sel adalah lemak, untuk itu
kita gunakan deterjen dan garam dapur. Kedua bahan ini digunakan
untuk melubangi dan merusak sel sehingga isi inti sel (DNA) bisa
keluar (Tohib, 2012).
Tahap selanjutnya adalah pemisahan DNA dari bahan yang lain.
Pemisahan dilakukan dengan menggunakan ethanol/alkohol dingin
berkonsentrasi 90-95%. Ethanol/Alkohol tidak melarutkan DNA dan
berat jenis alkohol yang lebih ringan dari air membuat DNA naik dan
melayang-layang di permukaan (Tohib, 2012).
CTAB atau Cetyl trimethylammonium bromide merupakan sejenis
deterjen yang dapat mendegradasi dinding sel, denaturasi protein,
memisahkan karbohidrat, merusak membran sel dan melarutkan
DNA. Apabila dinding sel terdegradasi maka semua isi sel dapat
keluar termasuk DNA dan dilepaskan ke dalam
buffer ekstraksi.Dalam proses isolasi DNA tanaman, penambahan
senyawa pereduksi seperti merchaptoetanol dapat mencegah

proses oksidasi senyawa fenolik sehingga menghambat aktivitas


radikal bebas yang dihasilkan oleh oksidasi fenol terhadap asam
nukleat. Merchaptoetanol juga berfungsi untuk melindungi RNA dari
senyawa quinon, disulphide, peroksida, poliphenoksidase, dan
protein. Proses pemansan pertama bertujuan untuk melarutkan
CTAB dan mercaptoetanol. Sedangkan pemanasan yang kedua
bertujuan untuk memdegradasi protein dan dinding sel (Tohib,
2012).
Klorofrom dan isoamilalkohol (CIAA) berfungsi untuk mengekstrak
dan dan mengendapkan komponen polisakarida di dalam buffer
ektraksi yang mengkontaminasi larutan DNA. Pemberian isopropanol
dan etanol dilakukan agar terjadi dehidrasi DNA sehingga terjadi
presipitasi. Setelah pemberian etanol, pellet yang dipeoleh
dikeringanginkan. Hal ini bertujuan untuk mengeringkan pellet dari
sisa-sisa buffer maupun etanol.Tahapan terakhir dari ektraksi ini
adalah penambahan buffer TE. Buffer TE tris
electrophoresisberfungsi untuk melarutkan DNA yangdihasilkan dan
menjagaDNA agar tidak mudah rusak. Dalam buffer TE mengandung
EDTA atau Ethylene Diamine Tetra Acid yang berfungsi sebagai
senyawa pengkelat yang mengikat ion Magnesium, yaitu kofaktor
yang diperlukan untuk altivtas berbagai enzim nuclease. Metode
ekstraksi DNA dengan CTAB akan menghasilkan pita DNA yang
berukuran tebal dan dapat memisahkan DNA dari polisakarida
karena adanya perbedaan karakteristik kelarutan (differensial of
solubility). Disamping deperoleh fragmen DNA, dengan metode
CTAB juga akan diperoleh RNA dengan pita tipis yang terletak jauh
berada di bawah pita DNA. Keberadaan pita RNA tergantung bahan
yang diekstraksi (Asris, 2010).

Metode ini tidak membutuhkan biaya yang lebih mahal


dibandingkan dengan menggunakan kit. Selain itu, kelebihan dari
ektraksi ini adalah pita DNA yangdiproleh lebih tebal bila
dibandinglan dengan ektraksi metode fenol dan tanpa fenol. Akan
tetapi, dari hasil dengan metode ini masih terdapat pita smear dan
DNA yang dihasilkan lebih sedikit daripada ektraksi dengan
menggunakan kit. Kendala yang umum terjadi dalam ekstraksi CTAB
adalah adanya inhibitor pada inang, rendahnya konsentrasi vius dan
pengaruh cara maupun lama waktu penyimpanan (Asris, 2010).

BAB III

METODE PERCOBAAN
III.1 Alat dan Bahan
III.1.1 Alat
Alat alat yang digunakan dalam percobaan ini adalah alat
tulis menulis, tabung reaksi, timbangan, gelas aqua, pisau, batang
pengaduk, spatula, blender, pipet tetes, dan mesin vortex.
III.1.2 Bahan
Bahan yang digunakan dalam percobaan ini adalah buah
tomat Solanum lycopercium dan pepaya Carica papaya, detergen
(Rinso cair, Surf bubuk, dan sabun bukrim), Aquades, garam dapur,
Ethanol 96 % , dan kertas saring.

III.2 Prosedur Kerja


Adapun langkah-langkah kerja yang dilakukan dalam
percobaan ini adalah sebagai berikut:
1. Buah dipotong menjadi ukuran yang lebih kecil.
2. Buah yang telah dipotong kemudian ditimbang sampai
beratnya 100 gr.
3. Diambil 100 gr buah dan 100 ml aquades, kemudian diblender
hingga halus, kira-kira diblender selama 40 detik.
4. Masing-masing buah yang telah diblender dimasukkan
kedalam 3 tabung reaksi yang berbeda sebanyak 4 ml.
5. Dilarutkan detergen (Rinso, Surf, dan Bukrim) kedalam 60 ml
aquades, kemudian diaduk hingga larut.

6. Tiga jenis larutan detergen kemudian dimasukkan kedalam


masing-masing tabung reaksi yang berisi jus buah sebanyak 4
ml.
7. Tambahkan 1 spatula garam dapur kedalam masing-masing
tabung reaksi, kemudian diaduk hingga larut.
8. Campuran kemudian disaring sebanyak 2 kali dengan kertas
saring.
9. Lalu ditambahkan ethanol 96 % sebanyak 5 ml kedalam
masing-masing campuran.
10.

Larutan kemudian dihomogenkan dengan menggunakan

mesin vortex.
11.

Amati dan catat hasil yang tampak dari keseluruhan

proses, meliputi warna, serta sedikit banyaknya DNA yang


terbentuk.

DAFTAR PUSTAKA
Albert, B., 1994. Biologi Molekuler Sel Edisi Kedua. PT. Gramedia
Pustaka Utama. JJJJJJJakarta.

Asris., 2010. Definisi Isolasi DNA dan Manfaat Isolasi


DNA.http://asris07.Student.ipb.ac.id. Diakses pada tanggal 17 Maret
2014, pada pukul 23.00 WITA.
Elrod, S., 2007. Genetika Edisi Keempat. Erlangga. Jakarta.
Kirsman, 2010.Isolasi DNA Buah. http://kirsman83.weebl..com.
Diakses pada tttttttttanggal 17 Maret 2014, pada pukul 23.00 WITA.

Rachmat, 2012. Isolasi DNA. http://rachmatyusuf.blogspot.com.


Diakses pada ssssssstanggal 17 Maret 2014, pada pukul 23.00
WITA.

Suryo, 2004. Genetika Strata 1. Universitas Gadjah Mada.


Yogyakarta.
Tohib, 2012. Macam Metode Isolasi DNA. http://www.tohib.web.id.
Diakses pada tttttttangga17 Maret 2014, pada pukul 23.00 WITA.

Yuwono, T., 2008. Biologi Molekuler. Erlangga. Jakarta.

BAB IV
HASIL DAN PEMBAHASAN
IV.1 Hasil Percobaan
IV.1.1 Gambar Hasil Percobaan
JENIS BUAH

SEBELUM

SESUDAH

1.PEPAYA
Carica papaya

(bubuk, cair, krim)

(bubuk, cair, krim)

2.TomatSolanu
m lycopercium

(krim, bubuk, cair)

(bubuk, cair, krim)

IV.1.2 Tabel Pengamatan


HASIL PERCOBAAN
JENIS
BUAH

PERLAKUAN

WARNA

WAKTU

JUMLAH

Detergen
Bubuk

Putih
bening

Cepat

++

Detergen Cair

Kuning
bening

Lambat

++

Detergen Krim

Kuning
pucat

Sedang

++

Detergen
Bubuk

Putih
bening

Cepat

++

Detergen Cair

Bening

Lambat

+++

Detergen Krim

Kuning

Sedang

+++

Pepaya
Carica
papaya

Tomat
Solanum
lycoperciu
m

IV.2 Pembahasan
Prinsip utama dalam isolasi DNA ada tiga yakni
penghancuran (lisis), ektraksi atau pemisahan DNA dari bahan
padat seperti selulosa dan protein, serta
pemurnian DNA. Selain itu ada 2 prinsip lagi dalam melakukan
isolasi DNA, yaitu sentrifugasi dan presipitasi. Prinsip utama
sentrifugasi adalah memisahkan substansi berdasarkan berat jenis
molekul dengan cara memberikan gaya sentrifugal sehingga
substansi yang lebih berat akan berada di dasar, sedangkan
substansi yang lebih ringan akan terletak di atas. Teknik sentrifugasi
tersebut dilakukan di dalam sebuah mesin yang bernama mesin
sentrifugasi dengan kecepatan yang bervariasi.
Dalam percobaan ini, kami melakukan isolasi DNA yang
berasal dari 2 jenis buah yang memiliki kandungan air yang
berbeda. Tujuan dari percobaan ini adalah
untuk mengisolasi atau memisahkan DNA yang berasal dari
tumbuhan. Metode yang
dilakukan dalam percobaan ini adalah penghancuran (lisis) serta
ekstraksi. Perlakuan pertama yang diberikan pada buah yaitu
mengupas serta memotongnya menajadi ukuran yang lebih kecil,
hal ini dilakukan agar pada saat penghancuran buah mudah
dihancurkan menjadi partikel partikel yang lebih kecil. Tahap
selanjutnya yaitu menambahkan campuran detergen dengan air, hal
ini bertujuan untuk merusak membran sel dari kedua buah tersebut.
Perusakan membran sel terjadi akibat adanya ikatan kimia yang

terbentuk antara detergen dengan zat-zat yang ada pada buah.


Setelah penambahan detergen tahap selanjutnya yaitu
penambahana garam dapur sebanyak 1 spatula ke masing-masing
tabung yang berisi campuran buah dan detergen, tujuan dari
penambahan garam adalah untuk memudahkan pemisahan benangbenang DNA dari campuran sehingga benang-benang tersebut akan
mudah diamati. Hal ini terjadi karena Na+ dalam garam dapat
membentuk ikatan pada kutub negative dari ikatan fosfat
DNA.Setelah larutan ditambahkan garam larutan kemudian
dihomogenkan pada mesin vortex.
Tahap selanjutnya yaitu penambahan ethanol 96 %,
penambahan ini bertujuan untuk mempermudah terjadinya
presipitasi pada benang-benang DNA.Ethanol tersebut mampu
membawa asam nukleat yang terdapat dalam campuran naik ke
permukaan, untuk kemudian diendapkan.Setelah ditambahkan
ethanol larutan kemudian kembali dihomogenkan pada mesin
vortex.
Dari percobaan isolasi DNA diperoleh hasil yaitu, perbedaan
warna pada masing-masing tabung reaksi yang berisi campuran
buah, detergen, garam, dan ethanol.Perubahan warna yang terjadi
diakibatkan oleh perbedaan susunan DNA yang terdapat pada setiap
buah. Selain itu perbedaan yang mencolok dari keenam larutan
tersebut adalah terdapat banyak atau sedikit endapan asam nukleat
pada
dasar tabung reaksi. Hal ini terjadi akibat adanya perbedaan
kandungan zat serta penggunaan jenis detergen yang berbeda

maupun kandungan air dari masing-masing buah tidak sama. Dari


percobaan tidak diperoleh DNA murni melainkan hanya DNA kasar
atau benang benang halus (supernatant) dalam jumlah yang
sedikit serta endapan putih yang terlihat. Dari kedua buah DNA
kasar yang paling terlihat ada pada buah pepaya, hal itu terjadi
akibat kandungan air pepaya lebih sedikit dari tomat sehingga
ekstrak dan DNA kasar yang dihasilkan oleh pepaya lebih banyak
daripada buah tomat, selain itu endapan putih pada buah pepaya
lebih banyak daripada buah tomat.

BAB V
PENUTUP
V.1 Kesimpulan
Dari percobaan isolasi DNA yang telah dilakukan dapat
diketahui metode atau cara bagaimana mengisolasi DNA dari buah
yang dijadikan sebagai sampel. Yaitu melalu cara penghancuran
(lisis), ekstraksi, serta pemurnian. Penggunaan detergen yang
berbeda dalam percobaan dilakukan untuk mengetahui detergen
dalam bentuk apa yang paling aktif dalam menghancurkan
membran sel pada setiap sampel buah.Setelah dilakukan percobaan
ternyata detergen bubuk menghasilkan DNA kasar yang lebih
terlihat serta endapan putih yang lebih banyak.

V.2 Saran
V.2.1 Saran Untuk Laboratorium
Sebaiknya laboratorium menyediakan alat yang cukup
memadai serta alat yang cukup banyak, agar praktikum dalam
berjalan dengan efisien.
V.2.2 Saran Untuk Asisten
Diharapkan agar terus memperhatikan dan membimbing
praktikan selama lab berlangsung, agar praktikum berjalan dengan
baik.

Ade puji setyawati Biologi inspirasi


Jumat, 14 November 2014

ISOLASI DNA TANAMAN


ISOLASI DNA TANAMAN

Ade Puji Setyawati

1)

Drh. Bhintarti S. Hastari, M. Biomed2)


Festy Auliyaur Rahmah, S. Si2)
Nugroho Adi Maulana3)
Indhina Reihannisha3)
1)

Mahasiswa Jurusan Biologi, Fakultas Sains dan Teknologi, Universitas Islam Negeri
Syarif Hidayatullah Jakarta
2)

Dosen Praktikum Biologi Molekuler

3)

Asisten Praktikum Biologi Molekuler

Jl. Ir. H. Djuanda, Tangerang Selatan 15412, Indonesia


Email : Adebio12@gmail.com
Jumat, 24 Oktober 2014

ABSTRAK
DNA merupakan senyawa yang mengandung informasi genetik makhluk hidup
dari satu generasi ke generasi selanjutnya. DNA pada sel tanaman dibagi
menjadi dua yaitu DNA intrakromosomal dan DNA ekstrakromosomal. Prisnsip
utama dalam isolasi DNA ada tiga yakni penghancuran (lisis), ektraksi atau
pemisahan DNA dari dinding sel, membrane sel dan protein, serta pemurnian
DNA. Isolasi DNA sawi hijau ini dilakukan dengan mengambil potongan daun muda
kemudian daun tersebut diekstraksi hingga didapatkan DNA murni dari tanaman

sawi hijau tersebut. Praktikum ini dilakukan dengan tujuan agar praktikan mampu
melakukan isolasi DNA dari tanaman Sawi Hijau (Brassica sp.). Hasil setelah
penambahan kloroform dan isoamil alkohol (24:1) 1x volum sampel dan
disentrifugasi terbentuk 2 fase yaitu fase aqoueous dan organik. Setelah
penambahan isopropanol dingin terlihat benang-benang tipis DNA.

Kata kunci : Tanaman, daun Sawi hijau, pemurnian DNA

I.

Dasar Teori

Deoxyribo Nucleic acid (DNA) merupakan senyawa kimia yang paling penting dalam
makhluk hidup. DNA merupakan senyawa yang mengandung informasi genetik
makhluk hidup dari satu generasi ke generasi selanjutnya. DNA eukariot tidak hanya
dijumpai pada nukleus, tetapi dapat ditemukan pada mitokondria dan kloroplas.
DNA yang diisolasi dari kloroplas menunjukkan sifat berbentuk sirkular, terdiri dari
untai ganda, replikasi semikonservatif, dan bebas dari protein histon. DNA kloroplas
penting dalam proses fotosintesis. DNA pada sel tanaman dibagi menjadi dua
yaitu DNA intrakromosomal dan DNA ekstrakromosomal (Donata, 2007).
DNA intrkromosomal merupakan DNA yang ditemukan di inti sel. Sedangkan DNA
ekstrakromosomal merupakan DNA yang ditemukan di sitoplasma sel. Pada sel-sel tanaman
DNA ekstrakromosal ini dapat ditemukan di mitokondria dan kloroplas (Farrel, 2004). Isolasi
DNA merupakan langkah mempelajari DNA, salah satu prinsip isolasi DNA yaitu dengan
sentrifugasi. Sentrifugasi merupakan teknik untuk memisahkan campuran berdasarkan berat
molekul komponennya. Molekul yang mempunyai berat molekul besar akan berada di bagian
bawah tabung dan molekul ringan akan berada pada bagian atas tabung (Muladno, 2002).
Isolasi DNA dilakukan dengan tujuan untuk memisahkan DNA dari bahan lain seperti
protein, lemak, dan karbohidrat. Prinsip utama dalam isolasi DNA ada tiga yakni
penghancuran (lisis), ektraksi atau pemisahan DNA dari bahan padat seperti selulosa dan
protein, serta pemurnian DNA (Donata, 2007). Terdapat berbagai macam metode isolasi DNA
tanaman. Metode-metode tersebut menggunakan CTAB dan SDS dalam ekstraksi
DNA (Donata, 2007). Beberapa metode isolasi DNA juga menggunakan nitrogen cair pada
tahap awal ekstraksi untuk menghasilkan kualitas DNA terbaik. (Pharmawati, 2009). Sering
digunakan untuk ekstraksi DNA tanaman(Yuwono, 2008).
Metode tersebut pada dasarnya memiliki prinsip yang sama, namun ada beberapa hal
tertentu yang biasanya digunakan modifikasi untuk dapat menghancurkan inhibitor yang
ada di dalam masing-masing sumber spesimen. Komponen nukleotida DNA adalah gula,
fosfat, dan basa nitrogen. Komponen gula pada DNA adalah gula deoksiribosa, yaitu gula
ribose yang kehilangan satu atom oksigen. Basa yang ada pada DNA ada dua macam, yaitu
purin dan pirimidin. Purin terbagi lagi menjadi dua macam, yaitu adenin dan guanin.
Pirimidin terdiri dari dua jenis, yaitu timin dansitosin (Yuwono, 2008). Nukleus terdiri dari 90 %
keseluruhan DNA seluler. Sisa DNA adalah organel lain seperti mitokondria dan kloroplas
(Heldt, 2005).
Karena DNA terdapat pada nukleus, maka perlu adanya metode pelisisan sel sampai
pemanenan sel. Sawi hijau (Brassica sp.) merupakan jenis sayur yang digemari oleh
masyarakat Indonesia. Kelebihan-kelebihan sawi antara lain baik bagi kesehatan tubuh,
mampu tumbuh baik baik di dataran rendah maupun dataran tinggi, tahan terhadap air
hujan, dapat dipanen sepanjang tahun tidak tergantung dengan musim, masa panennya
cukup pendek, yaitu sekitar 40 hari setelah tanam dan sawi mempunyai nilai ekonomi cukup
tinggi setelah kubis krop, kubis bunga, dan brokoli (Ardiana, 2009).

Dengan mengetahui DNA tanaman sawi maka dapat menghasilkan potensi


yang cukup besar untuk menghasilkan varietas-varietas sawi yang unggul yang
lebih bernilai ekonomis dan kompetitif. Keragaman varietas yang terus berkembang
sejalan dengan sistim perkembangbiakan tanaman. Namun informasi tentang
genetik sawi masih sangat kurang. Oleh karena itu pada praktikum kali ini mencoba
untuk mengisolasi DNA tanaman sawi hijau. Isolasi DNA sawi hijau ini dilakukan
dengan mengambil potongan daun muda kemudian daun tersebut diekstraksi
hingga didapatkan DNA murni dari tanaman sawi hijau tersebut. Praktikum ini
dilakukan dengan tujuan agar praktikan mampu melakukan isolasi DNA dari
tanaman Sawi Hijau (Brassica rapa).
II. Materi
Alat yang digunakan dalam praktikum isolasi DNA tanaman adalah alat tulis,
mikropipet,
sentrifuga,
vortex,
waterbath,
inkubator, yellow
tips,
blue
tips, freezer,tip steril, tabung mikro 1,5 steril, gunting, timbangan analitik dan
kamera.
Bahan yang digunakan adalah daun sawi hijau (Brassica sp.). yang masih
muda 0,3 g, 500 L buffer ekstraksi (25 mM EDTA, 250 mM NaCl, SDS 0,5%, 200
mM Tris-HCl pH 7,5), kloroform dan isoamil alkohol (24:1) sebanyak 1x volum
sampel, isopropanol sebanyak 1x volume sampel, dan 100 L buffer TE.
III.

Metode

Cara kerja untuk isolasi DNA tanaman yaitu pertama dengan menimbang daun
sawi hijau yang masih segar sebanyak 0,3 gram, tanpa pertulangan daun dan
batangnya. Kemudian dimasukan kedalam tabung mikro steril. Setelah itu lunakan
daun selama 10 menit pada suhu ruang, gunakan tip steril untuk menumbuk daun,
tanpa penambahan buffer dan tambahkan 500 L bufer ekstraksi (200 mM Tris-HCl
(pH 7.5), 250 mM NaCl, 25 mM EDTA, 0.5% SDS) ke dalam tabung.
Kemudian kocok selama 5 detik kemudian Inkubasi tabung dalam waterbath
pada suhu 600C selama 30 menit dengan tamabahan kloroform:isoamilalkohol
(24:1)sebanyak 1x volume sampel lalu kocok kemudian sentrifuga pada 6.000 x g
selama 5 menit dan di ambil supernatan, kemudian pindahkan ke tabung mikro
yang baru, lalu tambahkan isopropanol sebanyak 1x volume sampel, Kocok
kemudian inkubasi pada suhu -200C selama 15 menit. Sentrifugasi pada 6.000 x g
selama 5 menit, setelah itu supernatan, kemudian ditambahkan 100 L bufer TE
dan simpan pada suhu -200C.
IV.

Hasil dan Pembahasan

Hasil yang didapatkan dari praktikum isolasi DNA tanaman sawi hijau(Brassica
sp.) dapat dilihat pada tabel berikut ini :

No

Gambar

Keterangan

Daun
hasil
penumbukan dan
ditambahkan
buffer
ekstraksi
dan divortex
a.

Daun +
ekstraksi

buffer

Terbentuk 2 fase
setelah
penambahan
kloroform
dan
isoamil
alkohol
(24:1) 1x volum
sampel
dan
disentrifugasi.
a.

Fase aqueous
(supernatan yang
mengandung
DNA)

a.

Fase
organik
(debris
dan
protein
yang
terdenaturasi)
Supernatan yang
telah dipindahkan
ke tabung mikro
baru

a.

supernatant

Supernatan yang
telah
ditambahkan
isopropanol dingin
1 x volum sampel
a.

Terlihat benangbenang tipis DNA


Pelet yang telah
ditambahkan
dengan 100
Lbuffer TE

a.
b.

buffer TE
Pelet
(mengandung
DNA)

Berdasarkan hasil praktikum isolasi DNA tanaman Sawi hijau (Brassica sp.),
langkah pertama yang dilakukan adalah penghancuran membran dan dinding sel
pada daun muda yang digunakan. Isolasi DNA tanaman ini digunakan daun yang
masih muda hal ini dikarenakan dipucuk daun dapat menekan senyawa polifenol
dan polisakarida sehingga dapat memperbesar kemungkinan keberhasilan untuk
melakukan isolasi DNA yang kita inginkan.
Hal ini diperkuat dengan pernyataan Zubaidah (2004), pada bagian tanaman
banyak memiliki senyawa polifenol dan polisakarida dalam konsentrasi tinggi yang
dapat menghambat pemurnian DNA, senyawa polifenol dan polisakarida juga dapat
mempengaruhi enzim-enzim seperti polimerase, ligase, endonuklease restriksi, atau
enzim yang mengakibatkan DNA tidak digunakan dalam praktikum Biologi
Molekuler.
Penghancuran bertujuan untuk merusak jaringan yang ada pada sel sehingga
mempermudah bahan-bahan kimia lain yang akan digunakan untuk masuk ke
dalam organel-organel sel, dalam hal untuk mengambil DNA. DNA yang diisolasi
dari tanaman seringkali terkontaminasi oleh polisakarida dan metabolit sekunder
seperti tanin, pigmen, alkaloid dan flavonoid. Sedangkan DNA dari hewan lebih
banyak mengandung protein.
Salah satu kesulitan isolasi DNA dari tanaman tinggi adalah proses destruksi
dinding sel untuk melepaskan isi sel. Hal ini disebabkan karena tanaman memiliki
dinding sel yang kuat dan seringkali pada beberapa jenis tanaman, kontaminasi

tersebut sulit dipisahkan dari ekstrak asam nukleat. Pembukaan sel untuk
mengeluarkan asam nukleatnya pada praktikum ini dengan cara mekanik yaitu
digerus dengan tip steril pada tabung mikro atau dapat juga menggunakan bahan
kimia yaitu nitrogen cair untuk mendegradasi dan melarutkan komponen dinding
sel.
Pada saat proses destruksi jaringan tanaman dapat menyebabkan degradasi
pada DNA dengan adanya aktivitas enzim endonuklease, karena itu digunakan
buffer ekstraksi yang mengandung senyawa 200 mM Tris-HCl (pH 7.5), 250 mM
NaCl, 25 mM EDTA, dan 0,5 % SDS. DNA akan terpisah menjadi suatu larutan dan
dapat dimurnikan (dipurifikasi) melalui dua cara yang umum dilakukan yaitu
sentrifugasi dan ekstraksi kimia.
Sampel disentrifugasi dengan kecepatan yang tinggi sehingga komponen yang
berukuran lebih besar atau lebih berat akan mengendap membentuk sedimen pada
bagian bawah tabung. SDS berfungsi untuk melisis dinding sel tumbuhan yang
terdapat dalam larutan sampel. Ini disebabkan karena sifat dari SDS sama dengan
sifat dinding sel yang hidrofobik, sehingga terjadi ikatan diantara keduanya dan
menyebabkan dinding sel rusak.
Setelah ditunggu beberapa menit, sampel selanjutnya diinkubasi. Muladno
(2002), buffer lysis ini mengandung EDTA yang berfungsi merusak dinding sel
secara kimiawi dengan cara mengikat ion magnesium berfungsi mempertahankan
integritas sel maupun aktifitas enzim nuclease yang merusak asam nukleat. Kotoran
(debris) yang dihasilkan dari aktivitas lysis ini dibersihkan dengan cara sentrifugasi
agar kotoran mengumpul didasar tabung mikro.
Untuk membersihkan protein dan polisakarida dari larutan digunakan
kloroform sedangkan kondisi yang lebih ekstrem, dapat digunakan proteinase.DNA
yang telah diekstraksi dari dalam sel selanjutnya perlu dipisahkan dari kontaminan
komponen penyusun sel lainnya seperti polisakarida dan protein agar DNA yang
didapatkan memiliki kemurnian yang tinggi.
Tahap selanjutnya yaitu sampel yang telah vortex selama 5 detik dankemudian
diinkubasikan isolasi pada suhu 60C selama 30 menit, hal ini bertujuan agar enzim
bekerja secara optimal setelah ditambahkan buffer ekstraksi. Kemudian dilakukan
ditambahkan kloroform dan isoamil alkohol (24:1) 1x volum sampel dan
disentrifugasi untuk mendapatkan supernatan.
Terbentuk 2 fase setelah penambahan CIA dan disentrifugasi yaitu fase cair
( supernatan ) dan fase organik. Hal tersebut sesuai dengan pernyataan
Pharmawati, (2009) menyebutkan bahwa setelah sentrifugasi akan terbentuk 2 fase
yang terpisah yakni fase organik pada lapisan bawah dan fase aquoeus (air) pada
lapisan atas sedangkan DNA dan RNA akan berada pada fase aquoeus setelah
sentrifugasi sedangkan protein yang terdenaturasi akan berada pada interfase dan
lipid akan berada pada fase organik.

Asam nukleat adalah molekul hidrofilik dan bersifat larut dalam air. Disamping
itu, protein juga mengandung residu hidrofobik yang mengakibatkan protein larut
dalam pelarut organik. Berdasarkan sifat ini, terdapat beberapa metode
deproteinisasi berdasarkan pemilihan pelarut organik. Biasanya pelarut organik
yang digunakan adalah fenol atau kloroform yang mengandung 4% isoamil alkohol.
Penggunaan kloroform isoamil alkohol (CIA) berdasarkan perbedaan sifat pelarut
organik.
Kloroform tidak dapat bercampur dengan air dan kemampuannya untuk
mendeproteinisasi berdasarkan kemampuan rantai polipeptida yang terdenaturasi
untuk masuk atau termobilisasi ke dalam fase antara kloroform air. Konsentrasi
protein yang tinggi pada fase antara tersebut dapat menyebabkan protein
mengalami presipitasi. Sedangkan lipid dan senyawa organik lain akan terpisah
pada lapisan kloroform (Doyle, 1990).
Proses deproteinisasi yang efektif bergantung pada besarnya fase antara
kloroform-air. Proses ini dapat dilakukan dengan membentuk emulsi dari air dan
kloroform. Hal ini hanya dapat dilakukan dengan penggojogan atau sentrifugasi
yang kuat karena kloroform tidak dapat bercampur dengan air. Isoamil alkohol
berfungsi sebagai emulsifier dapat ditambahkan ke kloroform untuk membantu
pembentukan emulsi dan meningkatkan luas permukaan kloroform-air yang mana
protein akan mengalami presipitasi.
Penggunaan kloroform isoamil alkohol ini memungkinkan untuk didapatkan
DNA yang sangat murni, namun dengan ukuran yang terbatas (20.00050.000 bp).
DNA kemudian diikat dari fase aquoeus dengan presipitasi isopropanol (Muladno,
2002). Setelah proses ekstraksi, DNA yang didapat dapat dipekatkan melalui
presipitasi. Pada umumnya digunakan isopropanol dingin untuk mengendapkan,
melekatkan dan memisahkan DNA dari larutan.
Pada saat penambahan isopropanol dingin terlihat benang-benang tipis DNA
tanaman berwarna putih yang melayang di larutan tersebut. Kedua senyawa
tersebut akan mempresipitasi DNA pada fase aquoeus sehingga DNA menggumpal
membentuk struktur fiber dan terbentuk pellet setelah dilakukan sentrifugasi.
Menurut Heldt (2005) bahwa presipitasi berfungsi untuk menghilangkan residuresidu kloroform yang berasal dari tahapan ekstraksi.
Menurut Yuwono, (2008) prinsip-prinsip presipitasi antara lain pertama,
menurunkan kelarutan asam nukleat dalam air. Hal ini dikarenakan molekul air yang
polar mengelilingi molekul DNA di larutan aquoeus. Muatan dipole positif dari air
berinteraksi dengan muatan negatif pada gugus fosfodiester DNA. Interaksi ini
meningkatkan kelarutan DNA dalam air. Isopropanol dapat bercampur dengan air,
namun kurang polar dibandingkan air.
Molekul isopropanol tidak dapat berinteraksi dengan gugus polar dari asam
nukleat sehingga isopropanol adalah pelarut yang lemah bagi asam nukleat; kedua,

penambahan isopropanol akan menghilangkan molekul air dalam larutan DNA


sehingga DNA akan terpresipitasi; ketiga, penggunaan isopropanol dingin akan
menurunkan aktivitas molekul air sehingga memudahkan presipitasi DNA. Pada
tahapan presipitasi ini, DNA yang terpresipitasi akan terpisah dari residu-residu RNA
dan protein yang masih tersisa.
Residu tersebut juga mengalami koagulasinamun tidak membentuk struktur
fiber dan berada dalam bentuk presipitat granular.Pada saat etanol atau isopropanol
dibuang dan pellet dikeringanginkan dalam tabung, maka pellet yang tersisa dalam
tabung adalah DNA pekat. Proses presipitasi kembali dengan isopropanol sebelum
pellet dikeringanginkan dapat meningkatkan derajat kemurnian DNA yang
diisolasi (Farrel, 2004).
Tahap selanjutnya yaitu tabung dikocok dan diinkubasi pada suhu -20 0C selama
15 menit. Hal ini dilakukan untuk optimalisasi kerja isopropanol. Kemudian
disentrifugasi dengan kecepatan 6.000 rpm x g selama 15 menit. Proses
sentrifugasi ulangan dilakukan untuk mendapatkan pellet DNA. Tahap selanjutnya
yaitu tabung di sentrifugasi kembali pada kecepatan 6.000 rpm selama 15 menit.
Hasil yang didapat yaitu berupa supernatan yang bening dan pelet (endapan DNA
murni) yang berwarna putih terdapat pada dasar tabung.
Kemudian supernatan tersebut dibuang karena DNA berada pada bagian
natan. Menurut Donata (2007) DNA murni yang dihasilkan adalah DNA yang
terbebas dari campuran material dan komponen intraceluler yang mengandung
larutan kompleks berupa RNA, protein, lemak dan karbohidrat. Setelah
ituditambahkan 100 L buffer TE ke dalam tabung yang berisi pelet dan kemudian
disimpan di dalam freezer dengan suhu sekitar -20C.
Ardiana, (2009) menyatakan bahwa buffer TE dan penyimpanan suhu pada
-20C bertujuan agar sampel DNA yang telah diekstraksi dapat disimpan hingga
waktu berminggu-minggu. Pharmawati, (2009) juga menjelaskan bahwa pelarutan
kembali dengan buffer TE juga dapat memisahkan antara RNA yang mempunyai
berat molekul lebih rendah dibandingkan DNA sehingga DNA yang didapatkan tidak
terkontaminasi oleh RNA dan DNA sangat stabil ketika disimpan dalam keadaan
terpresipitasi pada suhu -20C.
V.

Kesimpulan

Berdasarkan praktikum yang telah dilakukan dapat diambil kesimpulan bahwa,


praktikan mampu melakukan isolasi DNA tanaman Sawi hijau (Brassica sp.)dengan
cara penghancuran (lisis), ektraksi atau pemisahan DNA dari bahan padat
seperti dinding sel, membran sel dan protein, serta dapat melakukan pemurnian
DNA. Pada isolasi DNA ini digunakan daun muda atau pucuk, hal ini dikarenakan
dipucuk daun dapat menekan senyawa polifenol dan polisakarida sehingga dapat
memperbesar kemungkinan keberhasilan untuk melakukan isolasi DNA yang kita
inginkan.

DAFTAR PUSTAKA
Ardiana, D.W. 2009. Teknik isolasi DNA genom tanaman papaya dan jeruk dengan
menggunakan modifikasi buffer CTAB. Buletin Teknik Pertanian 14(1): 12-16.

Donata. 2007. Komunikasi pribadi. Ciri-ciri DNA murni dan penyebab keberhasilan serta
kegagalan dalam PCR dan elektroforesis.Erlangga. Jakarta.
Doyle J.J and Doyle J.L. 1990. Isolation of plant DNA from fresh tissue. Focus. Moscow.
12(1):13-15.
Farrel, R.E. 2004. RNA Methodologies: A Laboratory Guide for Isolation and Characterization.
Third Edition. Elsevier Academis Press. London. Hal. 693-705.
Heldt, H. W. 2005. Plant Biochemistry. Third Edition. Elsevier Academic Press. California. Hal.
491Doyle JJ, Doyle JL. 1990. Isolation of plant DNA from fresh tissue. Focus. 12: 1315.
Muladno. (2002). Seputar Teknologi Rekayasa Genetika. Pusataka Wirausaha Muda. Bogor
Pharmawati, M. 2009. Optimalisasi ekstraksi DNA dan PCR-RAPD pada grevillea spp.
(Proteaceae). Jurnal Biologi 13(1): 12-16.
Ribeiro RA, Lovato MB. 2007. Comparative analysis of different DNA extraction protocols in
fresh and herbarium specimens of the genus Dalbergia.Genet. Mol. Res. 6: 173-187.
Yuwono, Triwibowo. 2008. Biologi Molekuler. Jakarta : Penerbit Erlangga

Lukisan Karya
Kamis, 20 Maret 2014

Laporan Genetika Isolasi DNA


LAPORAN PRAKTIKUM

GENETIKA
PERCOBAAN II

ISOLASI DNA
NAMA
NIM
KELOMPOK
HARI/TGL. PERCOBAAN
ASISTEN

: NUR AFIYAH SULAIMAN


: H41113504
: V (LIMA) B
: KAMIS/ 13 MARET 2014
: RISKY NURHIKMAYANI

LABORATORIUM GENETIKA JURUSAN BIOLOGI


FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS HASANUDDIN
MAKASSAR
2014
BAB I

PENDAHULUAN
I.1 Latar Belakang
DNA (Deoxyribose Nucleic Acid) adalah molekul utama yang mengode semua
informasi yang dibutuhkan untuk proses metabolisme dalam setiap organisme. DNA
tersusun atas 3 komponen utama yaitu gula deoksiribusa, basa nitrogen dan fosfat
yang tergabung membentuk nukleotida. Molekul DNA ini terikat membentuk
kromosom, dan ditemukan di nukleus, mitokondria dan kloroplas (Agus dan
Sjafaraenan, 2014).
DNA yang menyusun kromosom ini merupakan nukleotida rangkap yang
terususn helix Ganda (double helix), yang basa nitrogen dan kedua benang
polinukleotida saling berpasangan dalam pasangan yang tetap melali ikatan
hidrogen dan antara nukleotida yang satu dengan yang lain dihubungkan dengan
ikatan fosfat. DNA terdapat di dalam setiap sek makhluk hidup dan disebut sebagai
cetak biru kehidupan karena molekul ini berperan penting sebagai pembawa
informasi hereditas yang menentukan struktur protein dan proses metabolisme lain
(Agus dan Sjafaraenan, 2014).
DNA dapat mengalami denaturasi dan renaturasi. Selain itu, DNA juga bisa
diisolasi. Isolasi DNA adalah suatu teknik dimana hasil akhirnya strand-strand DNA

dapat terpisah dalam bentuk kumpulan strand berwujud benang-benang putih.


Tujuan isolasi DNA adalah mendapatkan ekstrak DNA pada jaringan atau sel yang
diinginkan (Agus dan Sjafaraenan, 2014).
Isolasi DNA ini sangat penting dalam bidang bioteknologi maupun bidang
biologi molekuler. Pengenalan isolasi DNA sangat penting mengingat bioteknologi
pada akhir-akhir ini sangat maju. Terlebih untuk bidang biologi molekuler. Beberapa
bakteri telah berhasil diintroduksi ke dalam tanaman seperti padi kapas dan kedelai.
Pentingnya bioteknologi untuk perkembangan keanekaragaman hayati di masa
mendatang memerlukan keterampilan dan pemikiran. Salah satunya adalah dengan
mengetahui cara pengumpulan DNA dan prinsip dasarnya sebagai pijakan untuk
mempelajari biologi molekuler pada khususnya (Agus, dan Sjafaraenan, 2014).
1.2 Tujuan Percobaan
Adapun tujuan dari praktikum ini adalah:
1.

Untuk mengetahui cara atau metode yang benar untuk memisahkan (mengisolasi)
DNA dari buah-buahan.

2.

Mengetahui keefektifan detergen dan buah yang dipakai untuk melakukan


percobaan isolasi.
I.3 Waktu dan Tempat
Percobaan Isolasi DNA ini dilaksanakan pada hari Kamis, 13 Maret 2014
pukul 14.00-17.00 WITA

bertempat di Laboratorium Biologi Dasar, Fakultas

Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Hasanuddin, Makassar.

BAB II

TINJAUAN PUSTAKA
Studi mengenai eksistensi asam nukleat pertama kali dilakukan oleh
Friedrich Miescher dari Jerman yang mengisolasi inti dari sel darah putih pada tahun
1869. Miescher menemukan bahwa di dalam inti sel tersebut terdapat senyawa
yang mengandung fosfat yang kemudian dinamakan nuklein. Selanjutnya pada
akhir abad ke-19 telah berhasil dilakukan pemisahan antara DNA (deoxyribonucleic
acid) dan RNA (ribonucleic acid) dari protein-protein yang melekatkan molekul asam
nukleat tersebut pada sel. Pada awal tahun 1930-an, P. Levene, W. Jacobs, dan
kawan-kawan menunjukkan bahwa RNA tersusun atas satu gugus gula ribosa dan
empat basa yang mengandung nitrogen, sementara DNA tersusun atas gula yang
berbeda yaitu deoksiribosa (Yuwono, 2005).
Struktur molekul DNA pertama kali diungkapkan oleh James Watson dan
Francis Crick pada tahun 1953 berdasarkan atas foto difraksi sinar X yang dibuat
oleh Rosalind Franklin dan Maurice Wilkins. Berdasarkan atas data kimia dan fisik,
Watson dan Crick membuat model struktur DNA yang disebut untai ganda (double
helix) (Yuwono, 2005).
Untai ganda DNA tersusun oleh dua rantai polinukleotida yang berpilin. Kedua
rantai mempunyai orientasi yang berlawanan (antiparalel): rantai yang satu
mempunyai orientasi 5 3, sedangkan rantai yang lain berorientasi 3 5. Kedua
rantai tersebut berikatan dengan adanya ikatan hidrogen antara basa adenin (A)
dengan thymine (T) dan antara guanine (G) dengan cytosine (C). Ikatan antara AT
berupa dua ikatan hidrogen, sedangkan antara GC berupa tiga ikatan hidrogen
sehingga ikatan GC lebih kuat. Spesfikasi pasangan basa seperti ini disebut
dengan komplementaritas (complementarity) (Yuwono, 2005).
Kerangka gula deoksiribosa dan fosfat yang menyusun DNA terletak di bagian
luar molekul, sedangkan basa purin dan pirimidin terletak di sebelah dalam untaian
(helix). Basa-basa purin dan pirimidin yang berpasangan terletak pada bidang datar

yang sama dan tegak lurus terhadap aksis untaian DNA. Untaian DNA mempunyai
dua lekukan (groove) eksternal yaitu lekukan besar (major groove) dan lekukan kecil
(minor groove). Kedua lekukan tersebut mempunyai peranan sebagai tempat
melekatnya molekul protein tertentu (Yuwono, 2005).
Ukuran molekul DNA bervariasi antara jasad yang satu dengan lainnya. Pada
jasad prokariot variasinya tidak sebesar pada virus dan bakteriofag. Bahan genetik
pada prokariot dan virus pada umumnya berupa satu molekul tunggal DNA (kecuali
virus tertentu yang bahan genetiknya RNA). Sebaliknya, bahan genetik pada
eukariot berupa beberapa molekul kromosom yang masing-masing berupa molekul
DNA berukuran besar. Ukuran DNA pada eukariot, terutama eukariot tingkat tinggi
belum diketahui secara pasti karena kompleksitasnya (Yuwono, 2005).
Struktur DNA prokariot berbeda dengan struktur DNA eukariot. DNA
prokariot tidak memiliki protein histon dan berbentuk sirkular, sedangkan DNA
eukariot berbentuk linear dan memiliki protein. Prinsip-prinsip dalam melakukan
isolasi

DNA

ada

2,

yaitu

sentrifugasi

dan

presipitasi. Prinsip utama

sentrifugasi adalah memisahkan substansi berdasarkan berat jenis molekul dengan


cara memberikan gaya sentrifugal sehingga substansi yang lebih berat akanberada
di

dasar,

sedangkan

substansi

yang

lebih

ringan

akan

terletak

di

atas.

Teknik sentrifugasi tersebut dilakukan di dalam sebuah mesin yang bernama mesin
sentrifugasi dengan kecepatan yang bervariasi (Kimball, 1992).
Isolasi DNA dapat dilakukan melalui tahapan-tahapan antara lain: preparasi
sektrak sel, pemurnian DNA dari ektrak sel dan presipitasi DNA. Meskipun isolasi
DNA dapat dilakukan dengan berbagai cara, akan tetapi pada setiap jenis atau
bagian tanaman dapat memberikan hasil yang berbeda, hal ini karena adanya
senyawa polifenol dan polisakarida dalam konsentrasi yang dapat menghambat
pemurnian DNA (Agus dan Sjafaraenan, 2014).
Jika isolasi DNA dilakukan dengan sampel buah, maka kadar air yang pada
masing-masing buah berbeda, dapat memberi hasil yang berbeda pula. Buah
dengan kadar air tinggi akan menghasilkan isolat yang berbeda jika dibandingkan

dengan buah berkadar air renda. Semakin tinggi kadar air maka sel yang terlarut di
dalam ekstrak akan semakin sedikit, sehingga DNA yang terpresipitasi juga akan
sedikit (Agus dan Sjafaraenan, 2014).
Proses isolasi DNA diawali dengan proses ekstraksi DNA. Hal ini bertujuan
untuk memisahkan DNA dengan partikel lain yang tidak diinginkan. Proses ini harus
dilakukan dengan hati-hati, sehingga tidak menyebabkan kerusakan pada dinding
sel, membran sel membran plasma dan membran inti baik dengan cara mekanik
maupun secara kimiawi. Cara mekanik bisa dilakukan dengan pemblenderan atau
penggerus menggunakan mortar dan pistil. Sedangkan secara kimiawi dapat
dengan pemberian yang dapat merusak membran sel dan membran inti, salah
satunya adalah detergen (Agus dan Sjafaraenan, 2014).
Selain

itu,

dengan menambahkan

secara kimia lisis dinding sel dapat dilakukan


senyawa kimia seperti lisozim, EDTA (ethilendiamin

tetraasetat),

dan SDS (sodium

dodesil sulfat). Dalam hal ini fungsi EDTA adalah sebagai

perusak

sel

dengan caramengikat magnesium. Ion ini berfungsi untuk mempertahankan integrit


as sel
maupunmempertahankan aktivitas enzim nuklease yang merusak asam nukleat. Ad
apun SDSyang merupakan

sejenis deterjen dapat digunakan

untuk merusak membran sel. Ini


semua menyebabkan sel menjadi lisis. Kotoran sel yang ditimbulkan akibatperus
akan oleh EDTA

dan SDS dibersihkan dengan cara sentrifugasi, sehinggayang

tertinggal

hanya molekul nukleotida (DNA dan RNA). Untuk menghilangkan

protein dari larutan,

digunakan

phenol (mengikat protein dan sebagian kecil RNA) danchloroform


protein dan

polisakarida dari

(membersihkan

larutan). Etanol berfungsi untuk

memekatkan, memisahkan DNA dari larutan dan mengendapkan DNA(Muladno, 200


2).
Penambahan detergen dalam isolasi DNA dapat dilakukan karena detergen
dapat menyebabkan ruaknya membran sel, melalui ikatan yang dibentuk melalui

sisi hidrofobik detergen dengan protein dan lemak pada membran membentuk
senyawa lipid protein-detergen kompleks. Senyawa tersebut dapat terbentuk
karena protein dan lipid memiliki ujung hidrofilik dan hidrofobik, demikian juga
dengan detergen sehingga dapat membentuk suatu ikatan kimia. Kemudian
penambahan garam (NaCl) berfungsi untuk melarutkan DNA dan setelah itu
diberikan ethanol dingin 96% untuk mengumpulkan/menggumpalkan DNA (Agus
dan Sjafaraenan, 2014).
Elektroforesis DNA merupakan teknik untuk memisahkan sampel DNA
berdasarkan atas ukuran (berat molekul) dan struktur fisik molekulnya. Gel yang
biasa digunakan antara lain agarosa. Elektroforesis gel agarosa dapat dilakukan
untuk memisahkan sampel DNA dengan ukuran dari beberapa ratus hingga 20.000
pasang basa (bp) (Dwidjoseputro, 1998).
Molekul DNA bermuatan negatif sehingga di dalam medan listrik akan
bermigrasi melalui matriks gel menuju kutub positif (anode). Makin besar ukuran
molekulnya, makin rendah laju migrasinya. Berat molekul suatu fragmen DNA dapat
diperkirakan dengan membandingkan laju migrasinya dengan laju migrasi fragmenfragmen molekul DNA standar (DNA marker) yang telah diketahui ukurannya.
Visulisasi DNA selanjutnya dilakukan di bawah paparan sinar ultraviolet setelah
terlebih dahulu gel dalam pembuatannya ditambahkan larutan etidium bromid. Cara
lain untuk melihat visualisasi DNA adalah gel direndam di dalam larutan etidium
bromid sebelum dipaparkan di atas sinar ultraviolet (Dwidjoseputro, 1998).
Jumlah DNA dicerminkan
berat molekul bukan oleh volume. Untuk mengetahui
jumlah DNA, maka DNA hasil isolasi harus dianalisis dengan spektrofotometer UVde
ngan panjang gelombang 256 nm (260 nm). Kualitas DNA yang berhubungan
dengan
absorbansi

kemurnian terhadap kontaminan protein dapat dilihat dari perbandingan


suspensi DNA pada panjang gelombang

(Suharsono dan Widyastuti, 2006).


BAB III

260 nm terhadap 280 nm

METODE PERCOBAAN

III.1 Alat
Alat yang digunakan dalam percobaan ini adalah pisau, mesin blender,
timbangan, gelas aqua, pengaduk, penyaring (tissu / kapas / kertas saring), spatula,
tabung reaksi, pipet tetes, dan mesin vortex.
III.2 Bahan
Bahan

yang

digunakan

adalah

buah

tomat Solanum

lypersium, buah

pepayaCarica papaya, detergen Surf bubuk, detergen Rinso cair, sabun Bucream,
aquades, garam dapur, dan etanol 96% dingin.
III.3 Prosedur Kerja
Adapun langkah-langkah kerja yang dilakukan dalam percobaan ini sebagai
berikut:
1.

Melarutkan detergen (Surf, Rinso dan Bucream) ke dalam 60 mL aquades diaduk


pelan selama 15 menit.

2.

Mengambil 100 grm daging buah ditambah 100 mL aquades dimasukkan ke dalam
mesin blender, kemudian diblender selama 40 detik.

3.

Mencampurkan 4 mL masing-masing larutan sabun dengan masing-masing 4 mL


jus buah.

4.

Menambahkan 1 spatula garam dapur kemudian diaduk selama 10 menit sampai


diperoleh campuran yang homogen serta divortex.

5.

Menyaring campuran yang dihasilkan sebelumnya sebanyak dua kali penyaringan.

6.

6 mL hasil penyaringan tersebut kemudian dimasukkan ke dalam tabung reaksi


dan menambahkan 5 mL etanol 96 % dingin.

7.

Mengamati proses timbulnya DNA, meliputi waktu yang diperlukan, warna, serta
banyak sedikitnya DNA yang terbentuk.

BAB IV

HASIL DAN PEMBAHASAN

IV.1 Hasil Percobaan


IV.1.1 Gambar hasil Percobaan
Jenis buah
Tomat

Sebelum
Detergen
Bubuk

Detergen
cair

Detergen
krim

Pepaya

Detergen
Bubuk

Detergen
cair

Sesudah

Detergen
krim

IV.1.2 Tabel Pengamatan


No.

Jenis Buah

Perlakuan

Hasil Pengamatan
Warna

Tomat
Solanumlycopersiu
m

Jumlah

Waktu

Detergen

Bening,

ada Lambat

++

Bubuk

endapan

Detergen

Bening

Sedang

Putih Bening

Lebih

+++

Cair
Detergen
Krim
2

Pepaya
Carica papaya

Cepat

Detergen

Putih

Bubuk

Kekuning-

Lebih

++++

Cepat

kuningan
Detergen

Putih keruh

Lambat

+++

Putih susu

Sedang

++

Cair
Detergen
Krim

IV.2 Pembahasan
Praktikum isolasi DNA ini dilakukan bertujuan untuk mengetahui pengaruh
macam buah dan jenis deterjen terhadap kualitas DNA yang dihasilkan dalam
proses isolasi. Sehingga dalam praktikum ini dibuat variabel kontrol pada jenis

detergen dan jenis buah agar dapat mengetahui buah dan jenis detergen mana
yang menghasilkan DNA paling bagus dan baik. Jenis buah yang digunakan adalah
tomat Solanum lycopersicum sebagai contoh buah yang mengandung banyak air
dan pepaya Carica papaya sebagai buah yang memiliki kandungan air tidak terlalu
banyak. Sedangkan untuk detergen yang dipakai adalah detergen bubuk merk Surf,
detergen cair merk Rinso, dan detergen krim merk BuCream.
Pada dasarnya prinsip isolasi DNA ada tiga yaitu pelisisan sel, ekstraksi dan
pemurnian. Pada

praktikum

kali

ini

yang

pertama-tama

dilakukan

ialah

menghancurkan sampel buah dengan cara mekanik atau pemblenderan buah untuk
melisis/ merusak dinding sel. Sementara itu dibuat pula larutan detergen dengan
cara mencampurkan ketiga jenis detergen (Surf, Rinso dan Bucream) ke dalam
aquades. Pengadukan dilakukan dengan hati-hati agar tidak terjadi banyak busa
yang dapat menghalangi pengamatan.
Kemudian jus

buah ditambahkan

dengan larutan

detergen. Penambahan

larutan detergen berfungsi untuk melisis dinding sel tumbuhan yang terdapat dalam
larutan sampel. Ini disebabkan karena sifat dari detergen sama dengan sifat dinding
sel yang hidrofobik, sehingga terjadi ikatan diantara keduanya dan menyebabkan
dinding sel rusak.
Lalu ditambahkan garam dapur dan diaduk. Pengisolasian DNA menggunakan
garam dapur dengan tujuan untuk memekatkan DNA. Hal ini dapat terjadi karena
ion Na+ yang dikandung oleh garam mampu membentuk ikatan dengan kutub
negative pada ikatan fosfat DNA. Saat ion Na + garam berikatan dengan fosfat, pada
saat itulah DNA akan berkumpul.
Selanjutnya
penyaringanuntuk

larutan

disaring

memisahkan

dengan

serat-serat

kertas
yang

saring sebanyak
kasar

dengan

dua

yang

kali

halus,

sehingga didapatkan sampel berupa cairan yang tidak terlalu kental.


Hasil penyaringan tersebut dimasukkan ke dalam tabung reaksi dan ditambah
etanol 96 %

dingin yang berfungsi membantu proses pengendapan terhadap

organel-organel yang sudah keluar dari sel atau memisahkan bagian-bagian yang

terurai tersebut berdasarkan berat molekul. Ethanol berperan dalam pengumpulan


dan penggumpalan DNA karena sifatnya yang dingin.
Kemudian setelah diamati proses timbulnya DNA, meliputi waktu yang
diperlukan, warna, serta banyak sedikitnya DNA yang terbentuk. Maka hasil yang
didapatkan yaitu larutan yang paling cepat membentuk gumpalan DNA adalah
tomat+Bukrim dan tomat+Surf.
Hal ini bertolak belakang dengan teori yang menyatakan bahwa buah pepaya
akan lebih banyak menghasilkan gumpalan DNA karena memiliki kandungan air
yang lebih sedikit daripada tomat sehingga DNA yang terpresipitasi lebih banyak
pada buah pepaya.
Kenyataan ini juga tidak sejalan dengan anggapan detergen yang paling baik
digunakan untuk isolasi DNA adalah detergen bubuk, kemudian detergen cair, lalu
detergen krim. Dari hasil tersebut maka yang dapat disimpulkan bahwa tomat dan
BuCream paling banyak menghasilkan DNA. Dan dari ketiga jenis deterjen yang
digunakan, yang paling sedikit menghasilkan DNA adalah deterjen Rinso. Larutan
dengan deterjen bubuk Surf dan Bu krim menghasilkan DNA dengan jumlah yang
cukup banyak. Namun ketiga jenis deterjen tersebut tidak dapat dibandingkan
mana yang lebih baik dalam mengisolasi DNA karena pada setiap perlakuan
menunjukkan hasil yang relatif sama.
Kemungkinan terdapat kesalahan pada saat dilakukan pemblenderan buah
pepaya yang terlalu lama dan terlalu halus sehingga DNA yang didalamnya
tercabik-cabik hancur dan menyebabkan kegagalan pada saat pada isolasi DNA.
Selain itu pada saat proses penyaringan dan penambahan ethanol terjadi kehabisan
bahan dan karenanya terdapat sebagian percobaan yang belum tuntas dan
menggunakan bahan pengganti yang terbatas kapasitasnya dibandingkan bahan
yang semestinya digunakan dalam praktikum.

BAB V

PENUTUP
V.1 Kesimpulan
Adapun kesimpulan dari praktikum ini adalah:
1.

Untuk melakukan isolasi DNA metode atau teknik yang digunakan pada dasarnya
ada tiga yaitu: pelisisan sel, ekstraksi, dan pemurnian. Pelisisan dapat dilakukan
dengan cara mekanik maupun kimia, salah satunya dengan cara diblender dan
dicampur larutan detergen. Ekstraksi dapat dilakukan dengan penambahan garam
dapur (NaCl) dan pemurnian salah satu metodenya adalah dengan memberikan
larutan ethanol dingin 96%.

2.

Jenis detergen dan buah yang dipakai untuk melakukan isolasi DNA sangat
berpengaruh pada DNA yang dihasilkan.
V.2 Saran
Adapun saran untuk praktikum ini sebaiknya alat dan bahan laboratorium
ditambah

untuk

mencegah

terjadinya

kekurangan

bahan

yang

dapat

mengakibatkan keasalahan dan kurang akuratnya hasil yang didapatkan pada


praktikum ini.

DAFTAR PUSTAKA
Agus, Rosana dan Sjafaranain. 2014. Penuntun Praktikum Genetika. Makassar.
Dwidjoseputro. 1998. Dasar-Dasar Mikrobiologi. Djambatan. Jakarta.
Kimball, J. John. 1992. Biologi. Erlangga. Jakarta.
Muladno. 2002. Seputar Teknologi Rekayasa Genetika. Pustaka Wirausaha Muda dan
USESE Foundation. Bogor.
Suharsono dan Widyastuti, Utut. 2006. Pelatihan Singkat Teknik Dasar Pengklonan Gen.
IPB Press. Bogor.

Yuwono, Triwibowo. 2005. Biologi Molekular. Erlangga. Jakarta.