Anda di halaman 1dari 39

SELAMAT DATANG DI

PERKULIAHAN
BIOKIMIA
Tujuan Perkuliahan

• Mengenalkan dan memahamkan


bahasa biokimia : Kosakata (istilah dan
struktur kimia), tatabahasa (reaksi-
reaksi kimia), struktur kalimat (Jalur
metabolisme) dan arti (keterkaitan
metabolik)
Apa itu Biokimia?
• Definisi:
– Webster’s dictionary: Bios = Yunani,
artinya “hidup” “Kimia mahluk hidup; Kimia
yang terjadi dan menjadi ciri kehidupan.”
– WebNet dictionary: “Biokimia adalah kimia
dari bahan-bahan dan proses-proses yang
terjadi dalam tubuh mahluk hidup; sebagai
upaya untuk memahami proses kehidupan
dari sisi kimia.“
Apa itu biokimia?

 Pemahaman bentuk dan fungsi


biologis dari sudut pandang kimia
 Bertujuan untuk memahami interaksi
molekul-molekul tak hidup yang
menghasilkan fenomena kompleks dan
efisien yang menjadi ciri-ciri kehidupan
serta menjelaskan keseragaman kimia
dari kehidupan yang beragam.
Hal-hal yang dipelajari

 Struktur kimia dan bentuk tiga dimensi molekul


biologi
 Interaksi antar biomolekul
 Sintesis dan degradasi biomolekul dalam sel
 Perolehan dan pemanfaatan energi oleh sel
 Mekanisme pengorganisasian biomolekul dan
pengkoordinasian aktifitasnya
 Penyimpanan, pemindahan dan ekspresi
informasi genetika
Sejarah Biokimia
 Pertama, identifikasi unsur kimia penyusun mahluk hidup.

Unsur kimia utama


penyusun mahluk hidup
adalah bahan minor
penyusun kerak bumi
(kandungan utama 47% O,
28% Si, 7.9% Al, 4.5% Fe,
dan 3.5% Ca).
Enam unsur utama
penyusun sel hidup adalah:
C, H, N, O, P, dan S.

99% penyusun sel adalah H, O, N, dan C


Unsur Elektron bebas Jumlah Fraksi
H 1 2/3
O 2 1/4
N 3 1/70
C 4 1/10
Sebagian besar unsur penyusun bahan hidup memiliki berat atom yang rendah; H,
O, N dan C adalah unsur dengan berat atom relatif paling kecil yang masing-
masing mampu membentuk ikatan tunggal, rangkap, rangkap 3 dan rangkap 4.

Unsur dengan berat atom paling ringan


membentuk ikatan paling kuat
Sejarah Biokimia
• Kemudian, identifikasi tipe molekul yang ditemukan dalam mahluk hidup

• Asam Amino

• Nukleotida

• Karbohidrat

• Lipida
Sejarah Biokimia
 Selanjutnya memahami mekanisme biomolekul membuat mahluk hidup menjadi hidup
Hubungan antara
Biokimia dan ilmu lainnya

 Kimia Organik yang mempelajari sifat-sifat


biomolekul.
 Biofisika, yang memanfaatkan teknik-teknik fisika
untuk mempelajari struktur biomolekul.
 Nutrisi, yang memanfaatkan pengetahuan tentang
metabolisme untuk menjelaskan kebutuhan
makanan bagi mahluk hidup mempertahankan
kehidupan normalnya.
 Kesehatan, yang mencari pemahaman tentang
keadaan sakit dari sudut pandang molekular.
Hubungan antara Biokimia
dan ilmu lainnya

• Mikrobiologi, yang menunjukkan bahwa


organisme sel tunggal dan virus cocok untuk
digunakan sebagai sarana mempelajari jalur-jalur
metabolisme dan mekanisme pengendaliannya.
• Fisiologi, yang mempelajari proses kehidupan
pada tingkat jaringan dan organisme.
• Biologi sel, yang mempelajari pembagian kerja
biokimia dalam sel.
• Genetika, yang mempelajari mekanisme
penyusunan identitas biokimia sel.
Tiga hal yang dibutuhkan sel

(1)ENERGI,
hal yang perlu
diketahui adalah
cara:

 Memperolehnya
 Mengubahnya
 Memanfaatkannya
Tiga hal yang dibutuhkan sel

(2) MOLEKUL SEDERHANA ,


hal yang perlu diketahui
adalah cara:
• Mengubahnya
• Mempolimerisasikannya
• Mendegradasinya
(3) MEKANISME KIMIA, untuk:
• Memperoleh energi
• Menjalankan reaksi kimia secara berurutan
• Mensintesis & mendegradasi makromolekul
• Mempertahankan suatu keadaan steady state
yang dinamis
• Swarakit kembali struktur yang kompleks
• Menggandakan diri secara akurat dan efisien
• Mempertahankan keteraturan proses biokimia
Strategi sel #1: mahluk hidup
menggunakan sistem reaksi
kimia berpasangan untuk
mendorong reaksi yang sulit
terjadi
Strategi sel #2: mahluk hidup
menggunakan enzim untuk
mempercepat reaksi yang
semestinya lambat
Bagaimana enzim bisa
mempercepat reaksi?
Penjelasan termodinamis
Bagaimana enzim bisa
mempercepat reaksi?
Penjelasan mekanistis
Atom Karbon yang sangat lentur
merupakan tulangpunggung
kehidupan
Konversi isomer kimia
membutuhkan pemutusan
ikatan kovalen
Stereoisomers:
Sama secara kimia,
berbeda secara biologi
Stereoisomers:
Sama secara kimia,
berbeda secara biologi
Transformasi Biokimia
dapat dikelompokkan ke
dalam 5 kelompok besar

• Reaksi pemindahan Group


• Reaksi Oksidasi-reduksi
• Penyusunan kembali
Rearrangements (isomerizations)
• Reaksi pemotongan
• Reaksi kondensasi
Biomolekul – Struktur

Anabolic
• Senyawa • Makromolekul
Pembangun • Polisakarida
• Gula sederhana • Protein (peptida)
• Asam amino • RNA or DNA
• Nukleotida • Lipid
• Asam lemak
Catabolic
Biosintesis
Membutuhkan
molekul
sederhana
untuk dirangkai
secara kovalen
melalui
berbagai
kombinasi
Kekuatan ikatan kimia
dipengaruhi oleh
1. Keelektronegatifan kedua atom

Keelectronegatifan tinggi =Kebutuhan akan elektron

• O 3.5 • P 2.1

• Cl 3.0 • H 2.1

• N 3.0 • Na 0.9

• K 0.8
• C 2.5
2. Jumlah elektron yang berikatan
Kekuatan beberapa
ikatan kimia:

Approx. Avg.

Triple: 820 kJ/mole

Double: 610 kJ/mole

Single: 350 kJ/mole


Gugus Fungsi yang
Umum
Nukleofil
Biologi yang
Penting:

Gugus fungsi
yang kaya
elektron
BIOKIMIA
(MKS1002A)
drs. Winarto Hariadi, M.Si.
Dr. Sedyo Hartono
Dr. Irfan D. Prijambada
Jadual & SAP
No. Topik Kuliah Tanggal Dosen
1. Pendahuluan : 27-08-2007 Dr. Irfan D. Prijambada
- Konsep dasar biokimia
- Reaksi-reaksi biokimia
2. Air dan Buffer 03-09-2007 Drs. Winarto Hariadi, M.Si.
3. Karbohidrat I 10-09-2007 Drs. Winarto Hariadi, M.Si.
- Tinjauan umum
- Monosakarida
- Disakarida
- Polisakarida
4. Karbohidrat II 17-09-2007 Drs. Winarto Hariadi, M.Si.
- Reaksi monosakarida
- Ikatan glikosida
- Fungsi karbohidrat
5. Asam Amino dan Protein I 24-09-2007 Drs. Winarto Hariadi, M.Si.
- Tinjauan umum
- Asam Amino
- Biosintesis asam amino
Jadual & SAP
No. Topik Kuliah Tanggal Dosen
6. Asam Amino dan Protein II 01-10-2007 Dr. Irfan D. Prijambada
- Peptida
- Struktur protein
- Fungsi asam amino dan protein
- Biosintesis protein
7. Ujian tengah semester Jadual dari Topik Kuliah 1 s/d 6
Fakultas
8. Lipida I 05-11-2007 Dr. Irfan D. Prijambada
- Tinjauan umum
- Asam lemak jenuh & tak jenuh
- Reaksi asam lemak
9. Lipida II 12-11-2007 Dr. Irfan D. Prijambada
- Fungsi asam lemak dan lipid
- Biosintesis asam lemak
Jadual & SAP
No. Topik Kuliah Tanggal Dosen
10. Asam nukleat I 19-11-2007 Dr. Sedyo Hartono
- Tinjauan umum
- Nukleosida dan nukleotida
11. Asam nukleat II 26-11-2007 Dr. Sedyo Hartono
- Struktur DNA dan RNA
- Informasi genetik
12. Enzim 03-12-2007 Dr. Sedyo Hartono
- Tinjauan umum
- Klassifikasi enzim
- Koenzim dan kofaktor
- Mekanisme dan kinetika kerja enzim
- Penghambatan
Jadual & SAP
No. Topik Kuliah Tanggal Dosen
13. Metabolisme I 10-12-2007 Dr. Sedyo hartono
- Tinjauan umum
- Jalur metabolisme
14. Metabolisme II 17-12-2007 Dr. Sedyo Hartono
- Bioenergetika
- Kontrol metabolisme
15. Ujian Akhir Semester Jadual dari Topik Kuliah 8 s/d
Fakultas 14
Buku Acuan
• Trudy McKee and James McKee. 2003.
Biochemistry: The Molecular Basis of Life.
Third edition. McGraw-Hill, Boston.
• Lehninger, Nelson, & Cox. 1997. Principles of
Biochemistry.2nd edition. Worth Publishers.
• Albert L. Lehninger. 1995. Dasar-dasar
Biokimia. (Alih bahasa: Maggy Thenawidjaja).
Penerbit Erlangga, Jakarta.
• David S. Page. 1995. Prinsip-prinsip Biokimia.
Penerbit Unair, Surabaya.
• Soeharsono. 1982. Biokimia I dan II. Gadjah
Mada University Press, Yogyakarta.
Penilaian
 Total Nilai Ujian + Mid + Tugas dari 4 dosen dibagi 4
(Rata-rata dari Nilai Dosen I + II + III + IV)
 Pengharkatan
A : > rata-rata kelas + 1,5 x stdev
B : < rata-rata kelas + 1,5 x stdev &
> rata-rata kelas + 0,5 x stdev
C : < rata-rata kelas + 0,5 x stdev &
> rata-rata kelas – 0,5 x stdev
D : < rata-rata kelas – 0,5 x stdev &
> rata-rata kelas – 1,5 x stdev
E : < rata-rata kelas – 1,5 x stdev
Tata Tertib Kuliah

 Tepat waktu, toleransi maks. 15 menit


 Tidak Berisik
 HP tidak diaktifkan
 Hadir minimal 70%
 Paham bahasa Indonesia & Inggris
 Baca salah satu / dua buku acuan
 Kerjakan Tugas, Mid, & Ujian
Kesimpulan

• Karbon dengan struktur tetrahedral


memiliki sifat ikatan yang luwes
• Senyawa yang memiliki banyak atom
dapat memiliki bentuk isomerik
• Untuk konversi perlu terjadinya
pemecahan ikatan kimia
• Molekul berukuran besar dibentuk oleh
molekul berukuran kecil melalui
pembentukan ikatan baru