Anda di halaman 1dari 2

Review Video Animasi Youtube

Cara Penggunaan Alat dan Tahapan Polymerase Chain Reaction (PCR)


Dari hasil video yang saya amati bersama dengan rekan-rekan kelompok, beberapa hal dapat
saya rangkum mengenai penggunaan alat dan tahapan dari Polymerase Chain Reaction atau yang
biasa kita kenal dengan sebutan PCR. PCR merupakan suatu teknik biologi molekuler yang
digunakan untuk memperbanyak sekuens DNA spesifik hingga jutaan kali semula. Terdapat tiga
tahapan dalam siklus PCR, yaitu:
1. Denaturasi atau penguraian untai ganda DNA
2. Annealing atau pelekakatan primer
3. Polimerisasi atau pemanjangan pasangan DNA komplementer
Bahan baku dalam reaksi PCR yaitu reaction mixture. Reaction mixture merupakan suatu
campuran yang mengandung zat-zat pendukung berlangsungnya reaksi. PCR dilakukan dengan
bantuan mesin thermal cycler yang dapat mengubah suhu sesuai dengan waktu dan urutan yang
ditentukan. Hasil dari teknik PCR ialah jumlah untai DNA yang jumlahnya terus bertambah pada
tiap siklus sebanyak 2n, dengan n merupakan nomer siklus. DNA hasil amplifikasi dengan PCR
tidak dapat dilihat secara kasat mata, tetapi dapat diidentifikasi dengan teknik elektroforesis.
Dalam animasi yang berdurasi sekitar 7 menit, dijelaskan bahwa pertama terdapat
komponen-komponen reaction mixture, yaitu DNA template, primer, DNA polimerase,
buffer/penyangga, dan dNTPS. Pertama, DNA template. Fungsi DNA template di dalam proses
PCR adalah sebagai cetakan untuk pembentukan molekul DNA baru yang sama. DNA template
ini dapat berupa DNA kromosom, DNA plasmid ataupun fragmen DNA apapun asalkan di dalam
DNA template tersebut mengandung fragmen DNA target yang dituju. Kedua, primer. Primer
yaitu suatu polimer asam nukleat pendek (oligonukleotida) yang mempunyai urutan nukleotida
yang komplementer dengan urutan nukleotida DNA templat, dNTPs (Deoxynucleotide
triphosphates), buffer PCR, dan enzim DNA polymerase. Primer berfungsi sebagai pembatas
fragmen DNA target yang akan diamplifikasi dan sekaligus menyediakan gugus hidroksi (-OH)
pada ujung 3 yang diperlukan untuk proses eksistensi DNA. Ketiga, DNA polimerase.
Polimerase DNA merupakan enzim yang stabil dalam pemanasan. Umumnya digunakan enzim
Taq DNA polimerase (Taq = Thermus aquaticus). Keempat, buffer / dapar. Fungsi buffer yaitu
untuk menjaga keseimbangan pH medium. Umumnya buffer PCR mengandung senyawa MgCl2.
MgCl2 bertindak sebagai kofaktor yang berfungsi menstimulasi aktivitas DNA polymerase.

Kelima, dNTPS. dNTPs merupakan suatu campuran yang terdiri atas dATP (deoksiadenosin
trifosfat),

dTTP

(deoksitimidin

trifosfat),

dCTP

(deoksisitidin

trifosfat)

dan

dGTP

(deoksiguanosin trifosfat). dNTPs bertindak sebagai building block DNA yang diperlukan dalam
proses ekstensi DNA. dNTP akan menempel pada gugus OH pada ujung 3 dari primer
membentuk untai baru yang komplementer dengan untai DNA template.
Siklus PCR meliputi tiga tahap yaitu denaturasi, annealing, dan elongasi. Pertama,
denaturasi. Jika larutan DNA dipanaskan, maka energi termal akan memecahkan ikatan hidrogen
dan ikatan lain yang menentukan kestabilan heliks ganda, akibatnya kedua untai akan memisah
atau mengalami denaturasi. Molekul DNA heliks tunggal dari proses denaturasi cukup stabil.
Jika suhu diturunkan, molekul tersebut biasanya tidak mengalami renaturasi menjadi molekul
DNA heliks ganda asal tetapi membentuk pola kusut, namun untai yang saling komplemen dapat
mengalami renaturasi secara perlahan-lahan. Sifat ini menjadi dasar teknik hibridisasi asam
nukleat.
Kedua, annealing. Merupakan proses penempelan primer. Tahap annealing primer
merupakan tahap yang penting dalam PCR karena jika terdapat sedikit saja kesalahan pada tahap
ini maka akan mempengaruhi kemurnian dan hasil akhir produk DNA yang diinginkan. Faktor
yang mempengaruhi tahap ini antara lain suhu annealing dan primer. Annealing umumnya
berlangsung pada suhu 54 oC.
Ketiga, elongasi. Setelah primer menempel pada untai DNA target, enzim DNA polimerase
akan memanjangkan sekaligus membentuk DNA yang baru dari gabungan antara primer, DNA
cetakan, dan nukleotida. Jika dilakukan pengulangan terhadap ketiga tahapan tersebut, maka
untai DNA yang baru dibentuk akan kembali mengalami proses denaturasi, penempelan, dan
pemanjangan untai DNA menjadi untai DNA yang baru. Pengulangan proses PCR akan
menghasilkan amplifikasi DNA cetakan baru secara eksponensial.