Anda di halaman 1dari 4

TUGAS 4

Istamaya Ariani /120342400167/ off. G/ Kelompok 11


Yuslinda Annisa /120342400166/ off.G/ Kelompok 11
Asal unik dan replikasi dua arah
Hasil penelitian Cairn tidak memberikan informasi tentang dimana replikasi
terjadi, dan bagaimana membedakan replikasi satua arah dan dua arah. Penelitian
selanjutnya menunjukan bahwa replikasi dua arah dari E. Coli dan beberapa
organisme lain terjadi di tempat yang unik. Fag T2 merupakan bakteriofag lambda
yang tumbuh dalam E. Coli. Fag lambda terdiri dari molekul DNA linear tunggal
dengan panjang hanya 17,5 pM dan termasuk kromosom yang unik karena
memiliki untai tunggal dengan 12 nukleotida panjang, di ujung 5 dari masingmasing untai komplementer. Kromosom lambda memiliki ujung-ujung untaian
yang kohesif (lengket) sehingga pasangan basanya dapat membentuk struktur
terikat hidrogen yang melingkar. Saat kromosom lambda disuntikkan ke dalam sel
inang terjadi konversi antara hidrogen terikat yang melingkar dengan kovalen
terikat yang melingkar. Peristiwa ini dikatalisis oleh enzim polinukleotida ligase.
Enzim tersebut berfungsi untuk membuka rantai ganda pada DNA dan juga
diperlukan dalam replikasi DNA, perbaikan DNA dan rekombinasi DNA.
Ketika molekul DNA terkena suhu tinggi (100 C) atau pH tinggi (11,4), ikatan
hidrogen dan hidrofobik yang memegang untai komplementer akan terpisah
dalam konfigurasi double-helix (untai ganda), proses ini disebut denaturasi.
Dalam proses denaturasi untai ganda pada pasangan basa AT akan lebih mudah
terpisah dibandingkan dengan pasangan basa GC. AT akan membentuk
gelembung denaturasi yang dapat digunakan dalam penandaan bentuk kromosom
lambda, berbentuk linear, melingkar, atau replikatif menengah, dengan melihat
posisi dari masing-masing titik cabang (struktur berbentuk y).
Replikasi dua arah dari asal juga telah dibuktikan pada beberapa organisme
dengan struktur kromosom yang meniru struktur linear. Pada kromosom fag T7,
replikasi dimulai dari sebuah tempat di dekat salah satu ujung dan kemudian
membentuk struktur yang disebut mata dan kemudian melanjutkan replikasi dua
arah sampai mencapai satu ujung terdekat. Replikasi akan berlanjut sampai

TUGAS 4

persimpangan kedua mencapai ujung molekul dan menghasilkan dua kromosom


keturunan. Pada eukariota replikasi molekul DNA juga terjadi dalam dua arah,
namun replikasinya tidak terjadi secara universal.
DNA Polimerase dan Sintesis In Vitro DNA
Sintesis in vitro DNA pertama kali dilakukan oleh Arthur Kornberg dan rekanrekan kerjanya pada tahun 1957 dan menerima Hadiah Nobel pada tahun 1959
untuk pekerjaannya. Penelitian dilakukan dengan isolasi enzim dari E. Coli
( awalnya disebut polimerase DNA atau "enzim Kornberg" sekarang dikenal
sebagai DNA polimerase 1 ) yang mengkatalisis penambahan kovalen nukleotida
ke rantai DNA yang sudah ada sebelumnya. Enzim membutuhkan 5'-trifosfat dari
masing-masing empat deoxyribonucleosides: trifosfat deoxyadenosine ( dATP ) ,
deoxythymidine triposphate (dTTP, sering ditulis sebagai TTP di masa lalu karena
"ribo" turunan dari timin belum teridentifikasi), deoxyguanosine trifosfat ( dGTP )
, dan deoxycytidine trifosfat ( dCTP ). Enzim hanya aktif saat ada ion Mg 2+dan
DNA yang sudah ada sebelumnya. DNA harus menyediakan komponen penting,
DNA primer dan DNA template. Keseluruhan reaksi dikatalisis oleh DNA
polimerase I.
1. DNA Primer merupakan DNA polimerase I yang tidak dapat memulai
sintesis rantai DNA de novo, harus ada 3'-hidroksil pada rantai DNA yang
sudah ada sebelumnya . DNA polimerase I mengkatalisis pembentukan
jembatan fosfodiester antara 3'-OH pada akhir rantai DNA primer dan 5'fosfat dari deoxyribonucleotide masuk, arah sintesis demikian selalu 5'>3'.
2. DNA Template, DNA polimerase Idose tidak mengandung urutan
spesifisitas diman enzim membutuhkan rantai DNA template yang basis
urutan

menentukan

pasangan

DNA,

sintesis

dari

urutan

basa

komplementer pada untai yang disintesis .


Sejak penemuan Kornberg dengan DNA polimerase I E. Coli , sejumlah besar
DNA polimerase telah diisolasi dan dikarakterisasi dari banyak organisme yang
berbeda. Tiga polimerase DNA yang berbeda ( I, II dan III ) telah diidentifikasi
dan dipelajari dalam E. Coli dan B. Subtilis. Tiga DNA polimerase , yang disebut

TUGAS 4

, , dan , telah diidentifikasi dalam beberapa eukariota yang berbeda , dan barubaru ini DNA polimerase keempat, bernama , telah diisolasi dari betis thymus
dan sumsum tulang kelinci. Dengan demikian, setidaknya ada empat DNA
polimerase yang berbeda pada eukariota .
Fungsi yang tepat dari beberapa polimerase masih belum jelas. Namun, dalam E.
Coli dan B. Subtilis, DNA polimerase III diyakini merupakan enzim replikasi
utama yang dibuktikan dengan penelelitian terhadap mutan yang disebut polA
mutan yang kekurangan DNA polimerase I. PolA mutan E. Coli mereplikasi DNA
mereka dengan normal, namun tidak dapat memperbaiki kerusakan DNA-nya,
misalnya dengan penyinaran ultraviolet. Bukti lain menunjukkan bahwa fungsi
utama DNA polimerase I adalah perbaikan DNA dan juga bertanggung jawab
untuk eksisi primer RNA yang digunakan dalam inisiasi sintesis DNA. Fungsi
DNA polimerase II tidak pasti, DNA polimeraseII dapat berfungsi dalam
perbaikan DNA dalam ketiadaan DNA polimerase I dan III. DNA polymerase III
memainkan peran penting dalam replikasi DNA, karena dalam strain mutan yang
tumbuh dalam bawah kondisi tidak ada polimerase fungsional III disintesis,
sintesis DNA berhenti .
Sebagian besar DNA polimerase prokariotik tidak hanya menunjukkan aktivitas
5'->3, tetapi juga memiliki aktivitas 3->5' exonuklease. Exonuklease adalah
enzim yang mendegradasi asam nukleat dari ujung, sebagai lawan endonuklease.
Kedua

aktivitas

enzim

(polimerase

dan

exonuklease)

terdapat

dalam

makromolekul protein yang sama. Aktivitas 3'-> 5' exonuckease mengkatalisis


penghapusan nukleotida satu per satu dari ujung 3' rantai polinukleotida. Beberapa
polimerase seperti DNA polimerase I dari E. Coli , juga memiliki aktivitas 5' - > 3
' exonuklease . Ketika terdapat aktivitas 5'->3' exonuklease, pada molekul protein
yang berbeda dari sisi aktif katalis ditemukan reaksi 5->3' polimerase dan reaksi
3'->5' exonuclease. Kedua kegiatan exonuclease polimerase ini berperan penting
dalam metabolisme DNA .
Aktivitas 3'->5' exonuclease dari DNA polimerase juga berfungsi dalam
pengeditan dalam replikasi DNA. Ketika diberikan DNA template primer yang
memiliki ketidakcocokan terminal (basis berpasangan atau salah pasangan atau

TUGAS 4

urutan basa pada ujung 3' dari primer), 3'-> 5 ' exonuklease polimerase memulai
resintesis dengan menambahkan nukleotida ke ujung 3 ' dari untai primer dan
berlanjut sampai template habis. Fungsi pengedita dari 3'->5' exonuklease pada
DNA polimerase sangat penting karena untuk replikasi DNA hasilnya harus
sangat akurat.
Aktivitas 5'->3' exonuklease polimerase pada DNA prokariotik sangat penting
dalam penghapusan segmen DNA rusak oleh iradiasi sinar ultraviolet dan agen
lainnya. 5'->3' exonuklease polimerase, seperti E. Coli DNA polimerase I,
berfungsi dalam penghapusan RNA primer dari DNA polimerase. Pada eukariota,
fungsi aktivitas 5'->3' exonuklease terkait dengan DNA polimerase pada prokariot
harus dilakukan oleh enzim yang terpisah .