Anda di halaman 1dari 4

LAPORAN PRAKTIKUM

TAKSONOMI HEWAN BW-2101


Metode Cluster Analysis Hirarkial dengan Menggunakan MVSP dan R Studio
pada Taksa Burung
Oleh :
Shofy Anandya Fitri
11514039
Kelompok 6
Agus Muhammad Maulana
11513033

PROGRAM STUDI REKAYASA KEHUTANAN


SEKOLAH ILMU DAN TEKNOLOGI HAYATI
INSTITUT TEKNOLOGI BANDUNG
2015

Interpretasi
Berdasarkan hasil dendogram, terlihat diantara beberapa jenis burung terdapat dua
jenis burung yang memiliki kekerabatan yang paling dekat, yaitu Halycon cyanoventris
dengan Todirhamphus chloris. Hal ini dikarenakan, kedua jenis burung ini memiliki karakter
yang sama yaitu pada tipe paruh pemakan ikan, tipe kaki bertengger, hhabitat di
tegakan/pohon, memiliki tipe suara call dan song, dan postur tubuh bertengger vertikal.
Pada cluster kelas aves ini menggunakan dua koefisien yaitu jaccard koefisien dan
Sorensen koefisien. Perbedaan dari kedua koefisien ini adalah di bagian penilaiannya yaitu
apabila jaccard koefisien perhitungan lebih simple dan cara menilainya secara objektif dan
subjektif. Sementara untuk Sorensen koefisien perhitungan lebih rumit dan cara menilainya
lebih subjektif, tidak memperhitungkan nilai objektif. Untuk Sorensen koefisien dapat
menggunakan rumus : (Danny W, 2008)
SS = 2a / ( 2a + b + c ), di mana
SS= Srensen koefisien kesamaan
a = jumlah spesies yang umum baik kuadrat
b = jumlah spesies unik dengan kuadrat pertama
c = jumlah spesies unik untuk kuadrat kedua
SS biasanya dikalikan dengan 100 % (yaitu , SS = 67 % ) , dan dapat diwakili
dalam hal perbedaan (yaitu , DS = 1,0 - SS )
Untuk menghitung jaccard koefisien yang menghitung berdasarkan nilai perbedaan
antar spesies. Untuk menggunakan jaccard koefisien dapat menggunakan rumus yaitu : (Real
& Vargas, 1996).
SJ = a / ( a + b + c ) di mana
SJ = koefisien Jaccard kesamaan
a = jumlah spesies umum untuk ( bersama oleh ) petak
b = jumlah spesies unik dengan kuadrat pertama dan
c = jumlah spesies unik untuk kuadrat kedua
Jaccard koefisien ini digunakan untuk kajian konservasi spesies, sehingga digunakan
untuk dalam menentukan keterkaitan antara spesies dan area, dan untuk menentukan ukuran
optimal suatu cagar alam (Higgs & Usher, 1980).
R yang awalnya diperuntukkan untuk analisis statistik, saat ini telah berkembang
aplikasinya hingga dapat melakukan manipulasi data GIS serta menampilkannya. Ditambah
lagi dengan era data analysis atau akrab disebut big data, maka perkembangan R menjadi
tidak terbendung lagi. Aplikasi R yang terus meluas didukung oleh berkembangnya bahasa
pemrograman lainnya, seperti python, Ruby. Salah satu contohnya adalah R markdown.
Bahasa markup (markup language) yang lebih mudah dari LaTeX atau html sekalipun. R
beroperasi pada suatu struktur data, contoh yang paling sederhana adalah vektor numerik,
yakni suatu entitas tunggal yang terdiri dari koleksi terurut bilanganbilangan. Misalkan
pembuatan vektor numerik x yang mempunyai enam bilangan 11.0, 16.2, 7.2, 1.3, 8.3, 3.6.
Perintah yang digunakan pada prompt (>) R sebagai berikut: > x <- yang terdiri dari tanda
kurang dari assign("x", c(11.0, 16.2, 7.2, 1.3, 8.3)) Fungsi assign() identik dengan operator

<-. Selain operan x terletak di sebelah kiri, pada R operan x tersebut dapat terletak di
sebelah kanan dan dengan menggunakan tanda assignment -> yang berlawanan dengan
tanda assignment sebelumnya, seperti berikut ini: > c(11.0, 16.2, 7.2, 1.3, 8.3) > x Fitur
Dasar R BAB IV 23 Perintah berikut: > y y [1] 11.0 16.2 7.2 1.3 8.3 0.0 11.0 16.2 7.2 1.3 8.3
akan meng-assign vektor y dengan panjang 11 elemen, yang merupakan penggabungan
(concatanation) vektor x, angka 0 dan vektor x (Hendri,2003). Pada intinya adalah bahwa R
studio merupakan aplikasi yang berbasiskan pengkodingan bahasa R. Adanya perbedaan
antara R sudio dengan Sorensen dan jaccard adalah bahwa R studio menggunakan prinsipprinsip pengkodingan, contohnya adalah vector, matriks dan array yang dapat
diperhitungankan dalam melihat cluster analysis. Sementara untuk Sorensen dengan jaccard
adalah bahwa terletak pada perbedaan rumus yang digunakan, dan jaccard perhitungannya
lebih mengutamakan nilai subjektif dan objektifnya. Pada hasil menggunakan jaccard di R
studio, skalanya sengaja dibalikkan agar bisa dibandingkan dengan hasil yang menggunakan
metode MVSP, sehingga terlihat bahwa skala yang menggunakan R studio dengan MVSP.
Adapun perbedaan skala yang antara ketiga metode tersebut. Hal ini dikarenakan adanya
perbedaan penilaian terhadap cluster analysis, yaitu apabila R studio menggunakan prinsip
pengkodingan yang terdapat perhitungan dengan menggunakan matriks, array, dan vector.
Sedangkan jaccard memiliki rumus dengan mengutamakan penilain subjektif dan objektif,
dan untuk Sorensen menilai secara sesubjektif mungkin, sehingga dari ketiga metode tersebut
adanya sedikit perbedaan nilai.
Analisis kluster menggunakan bahasa pemograman R untuk kajian ekologi. Analisis
kluster bertujuan untuk mengelompokan variable kedalam kelompok berdasarkan kesamaan
tertentu. Pemograman dengan bahasa R dapat mengolah data untuk klasifikasi kluster dengan
metode hirarki dan ditampilkan dalam bentuk diagram dendogram. Package R yang
diperlukan adalah vegan. Fungsi-fungsi penting yang digunakan adalah hclust, plot, dan
cutree, sedangkan fungsi yang terdapat dalam vegan yang digunakan adalah vegdist. (Alfian
A, 2013). Pengertian vegan adalah untuk menghitung indeks perbedaan yang sangat berguna
untuk komunitas ekologi. Semua indeks menggunakan kuantatif data, walaupun datanya akan
menggunakan indeks biner, kita bisa menghitung indeks binernya menggunakan argumen
yang sesuai. Indeks Gower, Bray-Curtis dan Jaccard sangat bagus dalam mendeteksi dasar
dari gradien ekologi.
Penggunaan package vegan dalam program ini karena memiliki beragam fungsifungsi yang terkait dengan kajian ekologi.
Pada package ini metode jarak dapat diakses menggunakan fungsi vegadist,
sedangkan fungsi yang digunakan untuk mengelompokan tegakan melalui fungsi hclust
(Dixon P, 2009). Metode jarak tersedia dan digunakan untuk indeks similiaritas di dalam
fungsi vegdist adalah : manhattan, Euclidean, Canberra, bray, kulczynski, jaccard, gower,
altGower, morisita, horn, raup, binomial, dan chao yang menjadi default Bray-Curtis (McCoy
et al., 1986 dalam Real & Vargas, 1996).

Daftar Pustaka
Alfian, A. 2013. Laporan PKL Ekologi Hewan. Jurusan Biologi, Fakultas Matematika dan
Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Negeri Makasar.
Danny, W. 2008 : Kebijakan Pemanfaatan Jasa Lingkungan Hutan. Direktorat Pemanfaatan
Jasa Lingkungan Dan Wisata Alam. Direktorat Jenderal Perlindungan Hutan dan
Konservasi Alam. Departemen Kehutan.
Dixon, P. 2009. VEGAN, a package of R function for community ecology, Journal of
Vegetation Science, Vol. 14 Issue 6, pages 927-930.
Hendri. 2003. Cepat Mahir Phyton. Kuliah Umum IlmuKomputer.com. IlmuKomputer.com.
Higgs, A.J., & M.B. Usher. 1980. Should reserves be large or small? Nature 285:568-569
Real, R, & J.M. Vargas. 1996. The Probabilistic Basis of Jaccards Index of Similiarity. Syst.
Biol. 45(3): 380-385.