METABOLISME NITROGEN

Disusun untuk memenuhi tugas

MATA KULIAH FISIOLOGI TUMBUHAN
yang dibina oleh: Prof. Dra. Herawati Susilo, M.Sc, Ph.D,
dan Dr. Endang Kartini, M.S., Apt.

Oleh:
INDRIATY
NIM. 106661551637

PROGRAM STUDI PENDIDIKAN BIOLOGI

PROGRAM PASCASARJANA
UNIVERSITAS NEGERI MALANG
April 2007
0

BAB I
PENDAHULUAN
Nitrogen merupakan unsur yang penting dalam kehidupan tumbuhan. Selain
itu, unsur yang sama pentingnya adalah karbon, hidrogen, dan oksigen sebagai
penyusun protein, asam nukleat, hormon-hormon pertumbuhan, vitamin dan lain-lain.
Nitrogen di dalam tumbuhan berada dalam bentuk asam amino, protein, amida,
klorofil, alkaloid, dan basa nitrogen. Daun terdiri dari 1-15 % nitrogen dari berat
keringnya, tetapi persentase nitrogen lebih sedikit kehadirannya dalam organ vegetatif
lainnya (Pandey dan Sinha 1990).
Meski dimasukkan ke dalam salah satu nutrisi elemen esensial, nitrogen bukan
termasuk dalam mineral. Nitrogen terdapat di atmosfer bumi kurang lebih 80%
sedangkan di tanah hanya mengandung sedikit nitrogen. Namun, tumbuhan tidak
dapat mengambil nitrogen secara langsung dari atmosfer dan tumbuhan bergantung
pada suplai nitrogen di tanah untuk pertumbuhannya. Hanya sedikit organisme yang
mampu mengambil nitrogen secara tidak langsung dari atmosfer.
Bentuk-bentuk nitrogen yang dimanfaatkan oleh tumbuhan ialah:
(i)

Molekul nitrogen yang tersedia hanya untuk beberapa organisme hidup.

(ii)

Nitrat (NO3) yang telah diubah ke dalam amonia sebelum masuk ke dalam
metabolisme.

(iii) Komponen amonium (NH4+)., dimana ion amonium di absorbsi secara

langsung oleh akar tanaman bersama ion nitrat dan,
(iv) Nitrogen organik yang hadir ditanah berbentuk protein yang dirombak, dan
dapat diserap oleh tanaman sebagai asam amino, amonia (NH 3) atau nitrat
secara langsung.
Nitrogen merupakan unsur yang penting penyusun tumbuhan. Kebutuhan
nitrogen oleh tumbuhan dapat diperoleh dari tanah dalam bentuk tersedia bagi
tanaman. Dalam perolehannya, nitrogen mengalami siklus dan perubahan bentuk.
Siklus nitrogen ini dapat kita telaah lebih lanjut dalam makalah ini.
Tujuan penulusan ini ialah untuk mengetahui metabolisme nitrogen yang tercakup
di dalam siklus nitrogen.

BAB II
PEMBAHASAN
Metabolisme merupakan salah satu aspek paling penting bagi kehidupan
tanaman dan juga hewan. Metabolisme

nitrogen dapat didefinisikan sebagai

serangkaian dari proses biokimia yang mengambil tempat di dalam atau di luar tubuh
tanaman berupa pembentukan kompleks nitrogen dari molekul-molekul sederhana dan
perombakan kompleks nitrogen menjadi molekul-molekul sederhana pembentuknya
(Pandey dan Sinha 1990). Berdasarkan pengertian ini metabolisme nitrogen termasuk
di dalamnya anabolisme yaitu pembentukan, dan katabolisme yaitu proses
perombakan. Proses anabolisme yang penting termasuk di dalamnya ialah fiksasi
nitrogen, sintesis asam amino, dan sintesis protein, dan proses katabolisme termasuk
di dalamnya proteolisis, perombakan asam amino, denitrifikasi, dan nitrifikasi
(Pandey dan Sinha 1990). Proses metabolisme anabolisme dan katabolisme nitrogen
terjadi di alam untuk mensuplai nitrogen tanaman dan nitrogen makhluk hidup lain.
Nitrogen di atmosfer terjaga hampir selalu konstan yaitu 75-80%. Serangkaian reaksi
metabolisme nitrogen dari atmosfer dan kembali lagi ke atmosfer dinamakan siklus
nitrogen. Siklus utama nitrogen meliputi fiksasi, ammonifikasi, nitrifikasi, dan
denitrifikasi.
Nitrogen di alam sebagian besar berupa senyawa organik hasil pembusukan
organisme (tumbuhan, hewan, dan lain-lain), sedangkan lainnya berasal dari pelarutan
batuan, air hujan, (dalam bentuk nitrat dan amonia) serta dari aktivitas gunung merapi
(Gambar 1) . Siklus nitogen dapat dilihat dari gambar di bawah ini:

SIKLUS UTAMA NITROGEN

1. Fiksasi Nitrogen
Fiksasi nitrogen merupakan suatu proses perubahan dari nitrogen bebas
menjadi garam-garam nitrogen yang tersedia untuk absorbsi oleh tanaman. Fiksasi
nitrogen terbagi atas fiksasi nitrogen secara fisika, dan fiksasi nitrogen secara
biologi. Fiksasi nitrogen secara biologi lebih umum terjadi di alam.
a. Fiksasi nitrogen secara fisika.
Fiksasi nitrogen secara fisika dapat terjadi dalam beberapa tahapan dengan
melibatkan nitrogen yang terdapat di atmosfer dan oksigen di bawah pengaruh
lecutan elektrik dan petir untuk memproduksi oksida nitrit.
Lecutan listrik dan petir

N2 + O2

2NO

Oksida nitrit (2NO) kemudian dioksidasi menjadi nitrogen peroksida

Oksidasi

2NO + O2

2NO2

Selama hujan nitrogen peroksida (NO2) bersama air hujan membentuk

asam nitrit (HNO2) dan asam nitrat (HNO3) yang turun bersama dengan hujan.
2NO2 + air hujan

HNO2 + HNO3

Di tanah, radikal alkali di tanah bereaksi dengan HNO 3 untuk meghasilkan

nitrit dan nitrat larut dalam air yang dapat diabsorbsi tanaman melalui akar.
Garam Ca atau K + HNO3

Di tanah

Ca-nitrat dan K-nitrat

b. Fiksasi nitrogen secara biologi

Beberapa agen biologi yang berperan dalam fiksasi nitrogen ialah bakteri
simbiotik dan non simbiotik seperti bakteri, khamir, Actinomycetes, dan alga hijau
biru (Pandey dan Sinha 1990). Menurut sastramihadja (1990) mikroorganisme yang
mampu mengubah molekul nitrogen sehingga mampu untuk digunakan oleh
tumbuhan dibagi beberapa tipe antara lain:

Mikroorganisme yang hidup dalam akar tumbuhan tertentu dan

membentuk bintil akar. Misalnya akar polong-polongan (leguminosae) dengan

Rhizobium sebagai simbionnya. Akar bukan polong-polongan seperti Alnus, Myrica,
dan lain-lain sebagai simbionnya adalah Actinomycetes. Fiksasi nitrogen biasanya
membawa keuntungan pada kedua belah pihak. Tanaman yang terinfeksi oleh bakteri
pada masa benih tumbuh dengan bintil-bintil pada akarnya yang mana mempengaruhi
persediaan ion besi yang berpigmen warna merah yang dinamakan hemoglobin (Hb)
yang membantu mengoptimalkan kondisi fiksasi nitrogen.
N2+ 6H

Mo
Hb

2NH3

Semua Rhizobium adalah bakteri aerobik yang bertahan secara saprofit di

dalam tanah sampai mereka menginfeksi bulu akar atau kadang sel epidermis yang
rusak. Bulu akar yang biasanya tanggap terhadap invasi tersebut pertama-tama
mengeriting dan mengelilingi bakteri (pengeritingan disebabkan oleh molekul tak
dikenal yang dilepaskan oleh bakteri). Selanjutnya enzim dari bakteri merombak
bagian dari dinding sel sehingga bakteri masuk dalam bulu-bulu akar. Bakteri
membelah dengan cepat lalu masuk ke dalam korteks. Di sel korteks sebelah dalam
bakteri dilepas ke sitoplasma dan menyebabkan beberapa sel tetrapoid membelah.
Pembelahan menyebabkan proliferasi jaringan, membentuk bintil akar dewasa. Sel
bintil akar mengandung beberapa ribu bakteroid (bakteri yang membesar dan tidak
bergerak). Penambatan nitrogen di bintil akar terjadi secara langsung di dalam
bakteroid. Tumbuhan inang menyediakan karbohidrat bagi bakteroid yang akan
dioksidasi sehingga memperoleh energi (Salisbury dan Ross 1995).

Bakteri tanah heterotrof tertentu yang hidup bebas, contohnya

Clostridium pasteuranum (aneorob) dan Azobacter (aerob)

Bakteri berfotosintesis, contohnya Rhodospirillum rubrum.

Beberapa ganggang hijau berfotosintesis, misalnya nostoc, Anabaena,

dan Oscillatoria. Ganggang tersebut memiliki kemampuan untuk mengolah nitrogen

di atmosfer.

Cendawan, Khamir yang diisolasi dari tanah yang memiliki jumlah

nitrogen yang sangat rendah. Mikoriza merupakan cendawan yang bersimbiosis

dengan akar tanaman yang mampu mengikat nitrogen bebas.

2. Amonifikasi
Amonifikasi merupakan pengubahan nitrogen organik menjadi ammonium
(NH4) oleh bakteri dan cendawan tanah (Salisbury dan Ross 1995). Menurut Pandey
dan Sinha (1990) amonifikasi ialah proses pembentukan amonium/ amonia dari
bahan-bahan organik melalui peristiwa dekomposisi dengan bantuan mikroorganisme
tanah. Organisme yang bertanggungjawab untuk melepaskan amonia adalah bakteri
saprofitik seperti Bacillus mycoides, B. ramosus, B. vulgaris yang disebut sebagai
bakteri amonifikasi.
3. Nitrifikasi
Proses oksidasi lebih lanjut Amonium (NH4+) atau amonia (NH3) menjadi
nitrit dan nitrat (salisbury dan Ross 1995). Amonia yang dihasilkan dirubah dalam
bentuk nitrat oleh aktivitas nitrifikasi sehingga dinamakan nitrifikasi.
Proses nitrifikasi diawali dengan pengoksidasian amonia menjadi nitrit oleh
Nitrosomonas dan Nitrosoccocus.
Nitrosomonas dan Nitrosoccocus.

2 NH3 + 3 O2

2HNO2 +H2O

Nitrat kemudian dioksidasi menjadi nitrat oleh bakteri Nitrotobacter

Nitrotobacter

2HNO2 + O2

2HNO3

Proses nitrifikasi dari amonium

NH4+ + 1O2

Nitrosomonas dan Nitrosoccocus.

NO2 + O2

Dalam proses ini bakteri

Nitrotobacter

NO2+ H2O + 2H+

NO3

juga mendapat keuntungan yakni bakteri dapat

menggunakan energi yang dilepaskan pada saat oksidasi dan digunakan untuk
kemosintesis. Pada temperatur tanah 30-35oC pada tanah alkalin, tanah gembur,
aktivitas bakteri ini terjadi secara maksimum.
4. Denitrifikasi
Denitrifikasi merupakan suatu proses reduksi nitrat menjadi bentuk N2, NO,
N2O, NO2, dan NO3- oleh bakteri anaerobik dimana molekul-molekul ini akan kembali
ke atmosfer. Bakteri tersebut menggunakan NO3- sebagai penerima elektron selama

respirasi, sehingga diperoleh energi bagi kelangsungan hidupnya. Bakteri yang

berperan dalam proses reduksi nitrat ini ialah Pseudomonas denitrificans, P. Stutzeri,
Bacillus subtilis, Thiobacillus denitrificans, Micrococcus, Clostridium dan lain-lain.
Melalui kehadiran Sulfur dan air, bakteri Thiobacillus akan mengubah nitrat
menjadi sulfat dan nitrogen, terjadi pelepasan energi
Thiobacillus

6KNO3 + 5S + 2H2O

K2SO4 + 4KHSO4 +3N2 + Energi

Spesies Clostridium mengubah hydroksilamine (NH2OH) menjadi amonia dan air

NH2OH + H2

HNO2 + 3H2

HNO3 + 4H2

Clostridium

Clostridium

Clostridium

NH3 + H2O
NH3 + H2O
NH3 + 3H2O

Di alam HNO3 diubah menjadi gugus amine ( R.NH 2). Amine akan diubah ke
dalam NO2, NH2, yang akan melepaskan nitrogen bebas atau akan diubah ke dalam
N2O. N2O akan diubah kembali menjadi NO2, NH2. HNO2 yang diproduksi akan
diproses dan dirubah menjadi H2N2O2 melewati pembentukan HNO dan H2N2O2
dengan bantuan Bacillus dapat memproduksi N2O yang selanjutnya dirubah menjadi
nitrogen bebas oleh Pseudomonas. HNO dapat diubah menjadi nitrogen bebas dibantu
oleh Pseudomonas melewati pembentukan NH2OH. HNO juga dapat diubah menjadi
NH3 (Gambar 2).

Gambar 2. Proses denitrifikasi

5. Asimilasi Nitrogen
Bagi tumbuhan yang tidak dapat menambat N2, sumber utama nitrogennya
adalah NO3- dan NH4+. Kebanyakan dari tanaman menyerap nitrogen dalam bentuk
NO- sebab NH4+ segera dioksidasi menjadi NO3- oleh bakteri nitrifikasi. Tapi
komunitas konifer dan rumputan menyerap sebagian nitrogen dalam bentuk NH4+
sebab nitrifikasi dihambat oleh pH tanah yang rendah atau oleh tanin dan senyawa
fenol. Asimilasi nitrat merupakan perubahan nitrat menjadi amonium atau amonia.
Tahapan pengubahan ini melibatkan beberapa enzima sebagai katalisatornya. Tahapan
perubahannya dapat dikatakan sebagai proses reduksi nitrat, ditampilkan sebagai
berikut:
Nitrat

Nitrit

Hiponitrit

Nitrat reduktase

1. HNO3 + 2e- +2H+

(Nitrat)

Nitrit reduktase

2. HNO2 + 2e- +2H+

Hydroksilamin

Amonia

HNO2 + H2O
HNO + H2O

(Nitrit)

3. HNO + 2e- +2H+

Hiponitrit reduktase

(Hiponitrit)

NH2OH

Hidroksilamin reduktase

4. NH2OH + 2e- +2H+

NH4 + H2O

(Hidroksilamin)
Hidroksilamin reduktase

NH2OH + 2e- +2H

(Hidroksilamin)

NH3 + H2O

Tahap reduksi nitrat dapat dijelaskan sebagai berikut

Enzima reduksi nitrat adalah suatu flavoprotein yang mengandung FAD
(Flavine Adenine Dinukleotida) sebagai gugus prostetik. Dalam akar tumbuhan
enzima nitrat reduktase bereaksi dengan NADH2/NADPH2, FAD dari enzima
diubah menjadi FADH2. Kemudian FADH2 dioksidasi dengan memindahkan
elektron ke ion molibdenum yang juga merupakan bagian penting dari enzima

nitrat reduktase, dan dari molibdenum elektron akhirnya diangkut ke nitrat. Hal ini
diperlihatkan dalam bagan sebagai berikut:
Reduksi

NADH2/NADPH

FAD

2Mo+5

2H+ + NO3-

NAD/NADP

FADH2

2Mo+6

NO2- + H2O

Oksidasi

Melalui alasan inilah mengapa defisiensi Mo di tanah menyebabkan adanya

akumulasi nitrogen pada tanaman.
6. Pembentukan Senyawa Organik Nitrogen
Ion amonium dan amonia yang diserap oleh tumbuhan dari tanah tidak
tertimbun di suatu tempat tertentu di dalam tumbuhan. Amonium sangat beracun,
karena dapat menghambat pembentukan ATP di kloroplas maupun mitokondria
dengan bertindak sebagai bahan pencerai, selain itu hilang ke atmosfer dalam bentuk
NH3. Senyawa NH4 akan segera diubah menjadi senyawa-senyawa organik yaitu asam
amino, amida, dan karbamil fosfat. Untuk sintesis asam aminonya sendiri akan
mengikuti 2 cara yaitu reaksi aminasi reduksi, reaksi transaminasi, dan
transdeaminasi.
A. Pembentukan Asam Amino
Secara umum asam amino memiliki struktur:

Karbon

H
+
H3N
Gugus
amino

Rantai
samping

COO
Gugus
karboksil

Alanin, arginin, asparagin, asam aspartat, sistein, asam glutamat, glutamin,

glisine, histidin, isoleusin, leusin, lisin, metionin, penilalanin, prolin, serin, treonin,
triptophan, tirosin, dan valin merupakan 20 asam amino yang ditemukan pada
tanaman dan glisin merupakan asam amino yang paling sederhana dimana gugus
akilnya hanya terdiri dari atom H saja.

 Pembentukan asam glutamat

Ion amonium digunakan untuk membentuk asam glutamat dari asam ketoglutarat.
Reaksinya dapat terjadi bolak balik, dan secara fisiologis penting dalam respirasi
selama penguraian asam amino. Enzima yang berperan adalah asam glutamat
dehidrogenase dan mengandung Zn yang berikatan erat untuk membentuk aktivitas
katalisisnya. Reaksi berlangsung di mitokondria, tempat terbentuknya NADH 2 dan
asam ketoglutarat.

H2O

asam glutamat

asam ketoglutarat

Sintesis asam amino pada umumnya meliputi beberapa 3 cara di antaranya

yaitu reaksi aminasi reduksi dan reaksi transaminasi dan reaksi transdeaminasi:
Reaksi aminasi reduksi
Asam oksaloasetat + NH4+ + NADH2
Asam piruvat + NH4 + NADH2

As.aspartat dehirogenase

Alanin
dehidrogenase

Asam aspartat + NAD + H2O

Alanin + NAD + H2O

Termasuk juga di dalamnya reaksi asam ketoglutarat menjadi glutamat. Asam

glutamat penting artinya dalam metabolisme tumbuhan.
Reaksi transaminasi
Asam glutamat memindahkan gugus asam aminonya langsung ke berbagai
asam keto dalam reaksi transaminasi (glutamat bertindak sebagai donor gugus
amino). Contohnya, pemindahan gugus glutamat dan oksaloasetat menghasilkan asam
ketoglutarat dan aspartat.

+
COOH

asam oksaloasetat

asam
glutamat

asam
asam aspartat
ketoglutarat
Pada suatu rangkaian percobaan yang telah dilakukan menunjukkan bahwa

asam glutamat dapat memberikan gugus aminonya untuk pembentukan 17 asam

amino yang berbeda. Tipe transaminasi lainnya adalah glutamin/asparagin bertindak
sebagai donor gugus amino.
Transaminase

Glutamin + asam ketoglutaratVit.B6 fosfat

asam ketoglutarat amida + asam amino

asam ketoglutarat amida + H2O

asam ketoglutarat + NH3

Reaksi transdeaminasi
Pemutusan atau pembebasan gugus amino dari asam amino disebut deaminasi.
Satu proses deaminasi oksidatif yang dikatalisis oleh enzima asam amino
dehidrogenase. Dari enzima asam amino dehidrogenase tersebut terpenting adalah
glutamat dehidrogenase, yang sangat aktif tersebar luas dalam jaringan tumbuhan.
Reaksi yang mula-mula terjadi adalah transaminasi kemudian diikuti deaminasi,
sehingga proses ini disebut juga transdeaminasi.
Asam amino

asam ketoglutarat
H2O

Asam ketoglutarat
Transaminasi

NADH2
NH3

asam glutamat

Glutamat
dehidrogenase

NAD
Deaminasi

Asam ketoglutarat yang dihasilkan dari proses deaminasi asam amino

kemudian akan membentuk asam amino kembali, dipecah lebih lanjut menjadi CO2
dan H2O atau berubah menjadi karbohidrat atau asam lemak.
B. Pembentukan Amida (sintesis glutamin)

10

Asam glutamat berkombinasi dengan ion amonium/amonia membentuk

glutamin. Hal ini bergantung pada ATP, sehingga memerlukan ion magnesium atau
mangan. Enzima yang berperan adalah glutamin sintase.

C. Sintesis Karbamil fosfat

Asam glutamat

Glutamin

Glutamin adalah bentuk cadangan nitrogen dalam tumbuhan. Organ seperti

umbi kentang, bit gula, lobak, wortel mengandung banyak amida ini. Dalam daun tua
glutamin sering terbentuk pada aktu protein diuraikan dan ion amonium dilepaskan.
Pembentukan glutamin berfungsi untuk mencegah penimbunan ion-ion amonium ke
tingkat yang lebih toksik.
Amida lainnya yang terdapat dalam organ penyimpan ialah asparagin.
Asparagin dibentuk dari asam oksaloasetat dan ion amonium dengan bantuan
asparagin sintase.

Asam aspartat

Asparagin

11

C. Sintesis Karbamil Fosfat

Sintesis karbamil fosfat dibutuhkan untuk pembentukan asam nukleat karena
karbamil fosfat merupakan tahapan awal untuk pembentukan basa pirimidin. Asam
nukleat sendiri mengandung pirimidin, sitosin, urasil, dan timin. Karbamil fosfat juga
diperlukan untuk sintesis asam amino arginin. Reaksi pembentukannya sebagai
berikut:

karbamil fosfat

BAB III
KESIMPULAN
Siklus utama nitrogen meliputi beberapa proses yaitu fiksasi nitrogen,
amonifikasi, nitrifikasi, denitrifikasi, asimilasi nitrogen, dan pembentukan senyawa
Organik Nitrogen. Fiksasi nitrogen meliputi fiksasi nitrogen secara fisika, dan fiksasi
nitrogen secara biologi. Pembentukan Senyawa Organik Nitrogen meliputi
pembentukan asam amino, amida, dan karbamil fosfat. Sintesis asam amino pada
umumnya mengikuti reaksi aminasi reduksi, reaksi taransaminasi, dan reaksi
transdeaminasi.

DAFTAR PUSTAKA
Pandey S N, Sinha B K. Plant Physiologi 2nd Revised Edition. Kanpur: Vikas
Publishing House.
Salisbury F B, Ross C W. 1995. Fisiologi Tumbuhan Jilid 2. Diterjemahkan
oleh Lukman D R dan Sumaryono. Bandung: Penerbit ITB.

12

Sasmitamihardja D, Siregar A H. 1990. Dasar-Dasar Fisiologi Tumbuhan.

Bandung: penerbit ITB.

13