BIOMOL

4.
Perbedaannya pada replikasi Eukariotik:
Memiliki membran inti, Lebih kompleks, DNA linear, DNAnya memiliki histon, Jumlah
gen banyak, Ribosomnya terdiri dari 5 jenis rRNA, Ribosomnya memiliki sekitar 20
jenis protein, Ukuran sel lebih besar, Sintesis protein terjadi di inti sel dan
sitoplasma, Organel sel lebih banyak.

sedangkan pada Prokariotik:

Tidak memiliki membran inti, Lebih sederhana, DNA sirkular, DNAnya tidak memiliki
histon, Jumlah gen sedikit, Ribosomnya terdiri dari 3 jenis rRNA, Ribosomnya
memiliki 10 jenis protein, Ukuran sel lebih kecil, Sintesis protein hanya terjadi di
sitoplasma, Organel sel lebih sedikit.
4A.B
Replikasi DNA prokariota

Replikasi DNA kromosom prokariota, khususnya bakteri, sangat berkaitan dengan

siklus pertumbuhannya. Daerah ori pada E. coli, misalnya, berisi empat buah
tempat pengikatan protein inisiator DnaA, yang masing-masing panjangnya 9 pb.
Sintesis protein DnaA ini sejalan dengan laju pertumbuhan bakteri sehingga inisiasi
replikasi juga sejalan dengan laju pertumbuhan bakteri. Pada laju pertumbuhan sel
yang sangat tinggi; DNA kromosom prokariota dapat mengalami reinisiasi replikasi
pada dua ori yang baru terbentuk sebelum putaran replikasi yang pertama berakhir.
Akibatnya, sel-sel hasil pembelahan akan menerima kromosom yang sebagian telah
bereplikasi.

Protein DnaA membentuk struktur kompleks yang terdiri atas 30 hingga 40 buah
molekul, yang masing-masing akan terikat pada molekul ATP. Daerah ori akan
mengelilingi kompleks DnaA-ATP tersebut. Proses ini memerlukan kondisi
superkoiling negatif DNA (pilinan kedua untai DNA berbalik arah sehingga terbuka).
Superkoiling negatif akan menyebabkan pembukaan tiga sekuens repetitif
sepanjang 13 pb yang kaya dengan AT sehingga memungkinkan terjadinya
pengikatan protein DnaB, yang merupakan enzim helikase, yaitu enzim yang akan
menggunakan energi ATP hasil hidrolisis untuk bergerak di sepanjang kedua untai
DNA dan memisahkannya.

Untai DNA tunggal hasil pemisahan oleh helikase selanjutnya diselubungi oleh
protein pengikat untai tunggal atau single-stranded binding protein (Ssb) untuk
melindungi DNA untai tunggal dari kerusakan fisik dan mencegah renaturasi. Enzim
DNA primase kemudian akan menempel pada DNA dan menyintesis RNA primer
yang pendek untuk memulai atau menginisiasi sintesis pada untai pengarah. Agar
replikasi dapat terus berjalan menjauhi ori, diperlukan enzim helikase selain DnaB.
Hal ini karena pembukaan heliks akan diikuti oleh pembentukan putaran baru
berupa superkoiling positif. Superkoiling negatif yang terjadi secara alami ternyata
tidak cukup untuk mengimbanginya sehingga diperlukan enzim lain, yaitu
topoisomerase tipe II yang disebut dengan DNA girase. Enzim DNA girase ini
merupakan target serangan antibiotik sehingga pemberian antibiotik dapat
mencegah berlanjutnya replikasi DNA bakteri.

Seperti telah dijelaskan di atas, replikasi DNA terjadi baik pada untai pengarah
maupun pada untai tertinggal. Pada untai tertinggal suatu kompleks yang disebut
primosom akan menyintesis sejumlah RNA primer dengan interval 1.000 hingga
2.000 basa. Primosom terdiri atas helikase DnaB dan DNA primase.

Primer baik pada untai pengarah maupun pada untai tertinggal akan mengalami
elongasi dengan bantuan holoenzim DNA polimerase III. Kompleks multisubunit ini
merupakan dimer, separuh akan bekerja pada untai pengarah dan separuh lainnya
bekerja pada untai tertinggal. Dengan demikian, sintesis pada kedua untai akan
berjalan dengan kecepatan yang sama.

Masing-masing bagian dimer pada kedua untai tersebut terdiri atas subunit a, yang
mempunyai fungsi polimerase sesungguhnya, dan subunit e, yang mempunyai
fungsi penyuntingan berupa eksonuklease 3 5. Selain itu, terdapat subunit b yang
menempelkan polimerase pada DNA.

Begitu primer pada untai tertinggal dielongasi oleh DNA polimerase III, mereka akan
segera dibuang dan celah yang ditimbulkan oleh hilangnya primer tersebut diisi
oleh DNA polimerase I, yang mempunyai aktivitas polimerase 5 3, eksonuklease
5 3, dan eksonuklease penyuntingan 3 5. Eksonuklease 5 - 3 membuang
primer, sedangkan polimerase akan mengisi celah yang ditimbulkan. Akhirnya,
fragmen-fragmen Okazaki akan dipersatukan oleh enzim DNA ligase. Secara in vivo,
dimer holoenzim DNA polimerase III dan primosom diyakini membentuk kompleks
berukuran besar yang disebut dengan replisom. Dengan adanya replisom sintesis
DNA akan berlangsung dengan kecepatan 900 pb tiap detik.

Kedua garpu replikasi akan bertemu kira-kira pada posisi 180 C dari ori. Di sekitar
daerah ini terdapat sejumlah terminator yang akan menghentikan gerakan garpu
replikasi. Terminator tersebut antara lain berupa produk gen tus, suatu inhibitor bagi
helikase DnaB. Ketika replikasi selesai, kedua lingkaran hasil replikasi masih
menyatu. Pemisahan dilakukan oleh enzim topoisomerase IV. Masing-masing
lingkaran hasil replikasi kemudian disegregasikan ke dalam kedua sel hasil
pembelahan.
Replikasi DNA eukariota

Pada eukariota, replikasi DNA hanya terjadi pada fase S di dalam interfase. Untuk
memasuki fase S diperlukan regulasi oleh sistem protein kompleks yang disebut
siklin dan kinase tergantung siklin atau cyclin-dependent protein kinases (CDKs),
yang berturut-turut akan diaktivasi oleh sinyal pertumbuhan yang mencapai
permukaan sel. Beberapa CDKs akan melakukan fosforilasi dan mengaktifkan
protein-protein yang diperlukan untuk inisiasi pada masing-masing ori.

Berhubung dengan kompleksitas struktur kromatin, garpu replikasi pada eukariota

bergerak hanya dengan kecepatan 50 pb tiap detik. Sebelum melakukan
penyalinan, DNA harus dilepaskan dari nukleosom pada garpu replikasi sehingga
gerakan garpu replikasi akan diperlambat menjadi sekitar 50 pb tiap detik. Dengan
kecepatan seperti ini diperlukan waktu sekitar 30 hari untuk menyalin molekul DNA
kromosom pada kebanyakan mamalia.

Sederetan sekuens tandem yang terdiri atas 20 hingga 50 replikon mengalami

inisiasi secara serempak pada waktu tertentu selama fase S. Deretan yang
mengalami inisasi paling awal adalah eukromatin, sedangkan deretan yang agak
lambat adalah heterokromatin. Daerah sentromer dan telomer dari DNA bereplikasi
paling lambat. Pola semacam ini mencerminkan aksesibilitas struktur kromatin yang
berbeda-beda terhadap faktor inisiasi.

Seperti halnya pada prokariota, satu atau beberapa DNA helikase dan Ssb yang
disebut dengan protein replikasi A atau replication protein A (RP-A) diperlukan untuk
memisahkan kedua untai DNA. Selanjutnya, tiga DNA polimerase yang berbeda
terlibat dalam elongasi. Untai pengarah dan masing-masing fragmen untai
tertinggal diinisiasi oleh RNA primer dengan bantuan aktivitas primase yang
merupakan bagian integral enzim DNA polimerase a. Enzim ini akan meneruskan

elongasi replikasi tetapi kemudian segera digantikan oleh DNA polimerase d pada
untai pengarah dan DNA polimerase e pada untai tertinggal. Baik DNA polimerase d
maupun e mempunyai fungsi penyuntingan. Kemampuan DNA polimerase d untuk
menyintesis DNA yang panjang disebabkan oleh adanya antigen perbanyakan
nuklear sel atau proliferating cell nuclear antigen (PCNA), yang fungsinya setara
dengan subunit b holoenzim DNA polimerase III pada E. coli. Selain terjadi
penggandaan DNA, kandungan histon di dalam sel juga mengalami penggandaan
selama fase S.

Mesin replikasi yang terdiri atas semua enzim dan DNA yang berkaitan dengan
garpu replikasi akan diimobilisasi di dalam matriks nuklear. Mesin-mesin tersebut
dapat divisualisasikan menggunakan mikroskop dengan melabeli DNA yang sedang
bereplikasi. Pelabelan dilakukan menggunakan analog timidin, yaitu
bromodeoksiuridin (BUdR), dan visualisasi DNA yang dilabeli tersebut dilakukan
dengan imunofloresensi menggunakan antibodi yang mengenali BUdR.

Ujung kromosom linier tidak dapat direplikasi sepenuhnya karena tidak ada DNA
yang dapat menggantikan RNA primer yang dibuang dari ujung 5 untai tertinggal.
Dengan demikian, informasi genetik dapat hilang dari DNA. Untuk mengatasi hal ini,
ujung kromosom eukariota (telomer) mengandung beratus-ratus sekuens repetitif
sederhana yang tidak berisi informasi genetik dengan ujung 3 melampaui ujung 5.
Enzim telomerase mengandung molekul RNA pendek, yang sebagian sekuensnya
komplementer dengan sekuens repetitif tersebut. RNA ini akan bertindak sebagai
cetakan (templat) bagi penambahan sekuens repetitif pada ujung 3.

Hal yang menarik adalah bahwa aktivitas telomerase mengalami penekanan di

dalam sel-sel somatis pada organisme multiseluler, yang lambat laun akan
menyebabkan pemendekan kromosom pada tiap generasi sel. Ketika pemendekan
mencapai DNA yang membawa informasi genetik, sel-sel akan menjadi layu dan
mati. Fenomena ini diduga sangat penting di dalam proses penuaan sel. Selain itu,
kemampuan penggandaan yang tidak terkendali pada kebanyakan sel kanker juga
berkaitan dengan reaktivasi enzim telomerase.
4.C
Retrovirus merupakan salah satu golongan virus yang terdiri dari satu benang
tunggal RNA (bukannya DNA). Setelah menginfeksi sel, virus tersebut akan
membentuk replika DNA dari RNA-nya dengan menggunakan enzim reverse
transcriptase.

4.D
Macam-macam mutasi

Ada beberapa macam mutasi atas dasar sudut pandang tertentu . hal-hal berikut ini
menunjukkan beberapa macam mutasi berdasarkan atas berbagai sudut pandang.

1). Berdasarkan tempat terjadinya

Mutasi kecil( point mutation)

Mutasi kecil adalah perubahan yang terjadi pada susunan molekul (ADN)gen. Lokus
gen sendiri tetap. Mutasi jenis ini yang menimbulkan perubahan alel. Mutasi gen
diartikan sebagai suatu perubahan fisiokimiawi gen. Perubahan fisiokimiawi gen
yang terjadi antara lain dapat berupa perubahan atau pergantian pasangan basa.
Misalnya pasangan A-T diganti menjadi G-C: peristiwa semacam ini antara lain
disebabkan karena terjadi satu basa purin ataupun pirimidin oleh senyawa lain yang
analog semacam zaguanin atau bromouracil C-G. Sebagai akibat peristiwa lain.

Mutasi besar (gross mutation)

Mutasi besar adalah perubahan yang terjadi pada stuktur dari kromosom . Istilah
khusus mutasi kromosom yakni aberasi. Sehingga untuk selanjutnya istilah aberasi
dipakai untuk mutasi kromosom , sedangkan istilah mutasi khusus untuk mutasi
gen saja.

2). Berdasarkan macam sel yang mengalami mutasi

Mutasi somatis (mutasi vegetatif)

Mutasi somatis adalah mutasi yang terjadi pada sel soma . bila perubahan sel
somatis demikian besar , sel-sel dapat mati . dan kalau dapat bertahan hidup
memiliki kelainan atau tak berfungsi secara normal. Bila sel somatis tidak tidak
meliputi daerah yang luas, yang kurang penting, tidak membahayakan . tetapi bila
meliputi daerah yang luas atau alat yang amat penting dapat membahayakan
bahkan dapat mematikan.

Bila perubahan sel itu terjadi ketiak sel somatis sedang giat membelah seperti
dalam embrio dapat mengakibatkan karakter abnormal waktu lahir , tetapi tidak
diturunkan kepada generasi berikutnya . makin muda jaringan yang mengalami
perubahan genetis makin luas akibat abnormalan yang ditimbulkannya sebliknya
makin dewasa jaringan itu ketika mengalami keabnormalan dan dapt ditolerir.

Dalam bidang pertanian mutasi vegetatif banyak dipakai untuk meninggikan

produksi dan mutu, seperti terhadap apel . anggur dan jeruk. Dibuat perubahan
induksi pada suatu cabang pohon dewasa (misalnya dengan colchicine). Lalu
cabang distek atau dicangkok , dan dibiakkan secara vegetatif pula. Sedangkan
secara alamiah perubahan vegetatif pada tumbuhan dapat menimbulkan beraneka
warna (belang) pada endosperm (biji), daun dan mahkota bunga. Misalnya pada
ercis dan bunga pukul 4.

Mutasi germinal (mutasi gametis/ generatif)

Mutasi germinal adalah mutasi yang terjadi sel germinal (terdapat didalam gonad).
Hal ini terjadi terdapat pada mahkluk hidup bersel banyak dan bukan yang bersel
satu. Atau strukturnya yang lebih sederhana. Bila perubahan berlangsung pada
gamet. maka akibat yang ditimbulkan begitu hebat dan gametpun segera mati.
Kadang menyebabkan gamet tidak mampu melakukan pembuahan dengan wajar.
Oleh karena itu tak diteruskan pada keturunananya. Tetapi bila perubahan tidak
begitu hebat dan gamet dapat melakukan pembuahan, terjadi generasi baru yang
menerima peruahan bahan genetik tersebut.
Bila gonad terkena langsung radiasi atau diberi bahan kimia seperti gas murtad,
maka kemungkinan besar mengalami perubahan genetis pada gamet . namun kalau
radiasi terjadi pad bagian tubuh yang lain, bukan langsung ke gonad, suatu saat
gonad menerima akibat radiasi secara tidak langsung itu. Bila radiasi menimbulkan
ionisasi berantai pada jaringan dan akhirnya mencapai inti sel gamet.

Makin dekat bagian tubuh yang kena radiasi ke gonad, makin besar kemungkinan
gamet menerima perubahan genetis . sebaliknya semakin jauh bagian tubuh yang
kena radiasi dari gonad ,makin kecil kemungkinan gamet menerima perubahan
genetik itu.

3). Berdasarkan faktor penyebab mutasi

Mutasi alami (spontan)

Mutasi alam adalah mutasi yang terjadi secara alami (tanpa dibuat dan disengaja
manusia). Penyebab dari mutasi alamiah antara lain:
Sinar kosmos
Batuan radioaktif
Sinar ultraviolet matahari
Sesuatu yang tidak jelas dalam metabolisme sehingga terjdi kekeliruan dalam
sintesis bahan genetik. Dan
Radiasi ionisasi internal dari bahan radioaktif yang mungkin terkandung dalam
jaringan (lewat makanan atau minuman yang terkena pencemaran zat radioaktif
Sinar kosmos berasl dari angkasa luar, meradiasi bumi dengan partikel (butiran)
berenergi tinggi, yakni proton, positron, (bagian jumlah perubahan spontan).

Mutasi buatan
Mutasi spontan merupakan mutasi yang sengaja dibuat oleh manusia, yang biasa
diarahkan kepada tujuan-tujuan tertentu. Misalnya dibidang budidaya, perakitan
bibit dan lain-lain. Usaha- usaha manusia dalam perubahan genetik dalam bentuk
bahan makanan antara lain:

Pemakaian bahan radioaktif untuk diagnosis, terapi, deteksi, sterelisasi dan

pengawetan bahan makanan.

Penggunaan senjata nuklir

Roket, televisi, reaktor yang menggunakan bahan bakar radioaktif.

Mutasi buatan tidak selalu berakibat buruk. Banyak sekali jasa bahan radioaktif
terhadap kesejahteraan hidup manusia. Terutama mengembangkan keturunan baru
tanaman. Perubahan mutasi buatan yang dilakukan pada gandum, buncis, tomat,

ternyata dapat meningkatkan mutunya. banyak tanaman panen (padi jagung

gandum) yang dikembangkan sehingga tahan terhadap suatu jenis hama.

4). Berdasarkan jumlah faktor keturunan

Mutasi bertahap (mutasi mikro)

Mutasi mikro adalah mutasi yang terjadi atas satu atau sekelompok kecil faktor
keturunan.

Mutasi lompatan (mutasi makro)

Mutasi makro merupakan mutasi yang terjadi atas sejumlah besar atau mungkin
seluruh faktor keturunan.

Dalam ruang lingkup mekanisme evolusi, terdapat dua macam pendapat tentang
dampak perubahan yang efektif supaya evolusi mahkluk hidup dapat berlangsung,
pendapat pertama, mengatakan bahwa penyebab variasi ( penyebab perubahan)
yang lebih efektif adalah perubahan bertahap. Dalam kurun waktu yang cukup lama
sedikit demi sedikit akan terjadi akumulasi demikian banyak variasi yang mengarah
pada timbulnya kelompok- kelompok baru( yang ditinjau dari sudut tinjauan tingkat
takson tertentu mungkin sudah berbeda dengan sebelumnya). Dalam hubungan
dengan ini dikataka bahwa mutasi lompatan, skala perubahan adalah demikian
besar sehingga turunan yang mewarisi banyak ciri yang sekaligus berubah, relatif
tidak beradaptasi. Pendapat kedua mengatakan bahwa penyebab variasi yang
efektif adalah mutasi lompatan : dikatan bahwa yang terjadi karena mutasi
bertahap tidak dapat mengarah kepada terbentuknya spesies baru (spesiasi).
Namun demikian, dari pendapat tersebut yang paling banyak dianut adalah
pendapat yang pertama.

5). Berdasarkan manfaat bagi individu atau populasi yang mengalami

Mutasi yang merugikan

Mutasi yang merugikan adalah mutasi yang berakibat timbulnya ciri dan
kemampuan yang kurang atau tidak adaptip pada individu (populasi)

 Mutasi yang menguntungkan

Mutasi yang menguntungkan adalah mutasi yang berakibat timbulnya ciri dan
kemampuan yang semakin adaptip pada individu (populasi), diantara kedua mutasi
itu, yang paling banyak terjadi adalah mutasi yang merugikan: akan tetapi dalam
ruang lingkup mekanisme evolusi, dampak perubahan karena mutasi efektif adalah
mutasi yang menguntungkan.

Mutasi adalah suatu perubahan yang terjadi pada bahan genetika sehingga
ekspresinya (fenotip) berubah. Mutasi dapat terjadi pada pasangan basa, satu ruas
ADN, atau bahkan pada kromosom. Perubahan ADN dapat menyebabkan perubahan
kodon-kodon ARNd dan akhirnya menyebabkan perubahan jenis asam nukleat yang
disintesisnya.

Macam-macam Mutasi
1. Berdasarkan jenis sel yang mengalami mutasi, dibedakan menjadi
Mutasi Somatis, adalah mutasi yang terjadi pada sel-sel somatis. Mutasi ini hanya
diwariskan/diturunkan pada sel-sel somatis. Misalnya mutasi pada sel-sel kulit yang
menyebabkan kanker kulit.

Mutasi Germinal, adalah mutasi yang terjadi pada sel-sel gamet (sperma atau
ovum). Mutasi ini diwariskan pada generasi berikutnya. Misalnya berbagai macam
cacat dan penyakit menurun yang terpaut kromosom X atau kromosom Y.

2. Berdasarkan jumlah/banyak sedikitnya materi genetik yang mengalami mutasi,

dibedakan menjadi:
a. Mutasi kromosom (aberasi) mutasi yang menyebabkan terjadinya perubahan
pada jumlah dan struktur kromosom.
Macam-macam mutasi kromosom:
- Aneuploidi adalah penambahan atau pengurangan satu atau
beberapa kromosom pada genom (ploidi) sehingga kandungan
kromosom di dalam nukleus bukan merupakan kelipatan haploidnya.

- Euploidi adalah perubahan kromosom pada tingkat ploidi atau genom.

b. Mutasi Gen adalah mutasi yang terjadi akibat perubahan pada satu pasang basa
ADN suatu gen.

3. Berdasarkan faktor penyebabnya, dibedakan menjadi:

a. Mutasi alam, jika penyebabnya adalah mutagen-mutagen alam
b. Mutasi buatan (mutasi induksi), jika penyebabnya adalah mutagen buatan

Macam-macam Mutagen
Mutagen dibagi dalam 3 golongan:
1. Mutagen kimia, dapat masuk ke dalam replikasi ADN sehingga mengubah
struktur basa ADN
2. Mutagen fisik, berupa bahan fisik misalnya sinar ultraviolet, sinar X, sinar
gamma.
3. Mutagen biologi, berupa virus dan bakteri. Hal ini dapat menyebabkan kerusakan
pada kromosom

Mutagen alami, misalnya:

1. Sinar kosmis
2. Batuan radioaktif alam (uranium, thorium, radium) masuk bersama
makanan dan minuman menyebabkan ionisasi internal.
3. Sinar ultraviolet matahari, karena daya tembusnya hanya beberapa mm ke dalam
kulit, sehingga menyebabkan mutasi pada sel-sel kulit.
4. Temperatur yang terlalu tinggi
5. Kekeliruan metabolisme, terjadi pada saat replikasi gen
6. Virus, asam nukleatnya merusak DNA sel inang.

Mutagen buatan, misalnya:

1. Sinar-sinar radioaktif buatan (sinar x, , )

2. Penggunaan senjata nuklir
3. Zat-zat alkilase (gas mustard, etil metil sulfat, etil metan sulfat)
4. Zat-zat yang sifatnya sama dengan basa nitrogen dapat menggantikan basa
normal pada saat replikasi
4.E
Replikasi DNA adalah proses penggandaan rantai ganda DNA. Pada sel, replikasi
DNA terjadi sebelum pembelahan sel. Prokariota terus-menerus melakukan replikasi
DNA. Pada eukariota, waktu terjadinya replikasi DNA sangatlah diatur, yaitu pada
fase S siklus sel, sebelum mitosis atau meiosis I. Penggandaan tersebut
memanfaatkan enzim DNA polimerase yang membantu pembentukan ikatan antara
nukleotida-nukleotida penyusun polimer DNA. Proses replikasi DNA dapat pula
dilakukan in vitro dalam proses yang disebut reaksi berantai polimerase (PCR).

4.F