Judul skripsi :

MODEL MONOATOMIK ATOM

ARGON MOLECULAR DYNAMICS
SIMULATION
Adanya interaksi antar molekul

Tidak dapat dimengerti jika menggunakan kasat mata

Pergerakannya menggunakan Simple Classic Newtonian

Diperlukannya Molecular Dynamics Simulation

Molecular Dynamics (MD) adalah suatu metode simulasi

pergerakan molekul untuk mendapatkan pengertian yang
lebih dari fenomena fisika.
Karakteristik MD :
9 Memerlukan inisialisasi awal
9 Perhitungan yang banyak dan rumit
9 Memerlukan
pergerakan

komputer

untuk

mentracing

sejumlah

9 Menghasilkan data-data numerik yang tidak bisa begitu saja

dimengerti

Rumusan Masalah
Bagaimana Mevisualisasikan Molecular Dynamics Simulation
dengan menggunakan bantuan komputer

Batasan Masalah
9 Menggunakan Algoritma Verlet untuk menghitung perubahan
posisi dan kecepatan
9 Model Lennard-Jones digunakan untuk mengeliminasi energi
potensial
9 Mevisualisasikannya
pemrograman Delphi

dengan

menggunakan

Molecular Dynamics Simulation :

Periodic Boundary Conditins (PBC)

A(x) = A(x + nL) dengan n = (n1,n2,n3)

Normalisasi Maxwell-Boltzmann

H x (t ) =

f ( v x ) ln f ( v x ) dv

Hasil Simulasi
Perubahan posisi dan kecepatan

zi

= ( ri

n +1

ri ) / h

Algoritma Verlet

14 1 2

Fx (rij ) = 48 2 ( xi x j )
2 rij
rij

Model Lennard-Jones
, nilai potensial; , nilai spesifik dari panjang unit

bahasa

Implementasi MDS ke Program :

Start

Inisialisasi
Parameter

Distribusi Posisi awal

menggunakan LATTICE

Distribusi Kecepatan awal

menggunakan Maxwell-BoltzMann

Molecular Dynamics
Simulation

Output to Chart,
Table &
Visualization

End

Visualisasi Dalam bentuk Chart :

Hasil Perhitungan selama simulasi
Energi Kinetik
Energi Potensial
Total Energi
Kecepatan

Energi Kinetik Chart

Energi Potensial Chart
Total Energi Chart
Kecepatan Chart

Visualisasi Dalam bentuk Tabel :

Hasil perhitungan selama simulasii, disimpan dalam
dua tabel :
Tabel Utama, berisi :
9 Energi Kinetik
9 Energi Potensial
9 Total Energi
9 Tekanan
9 Kecepatan
9 Temperatur
9 Rp
Untuk setiap kali iterasi
Tabel Rinci, berisi :
9 Posisi X, Y dan Z
9 VX, VY dan VZ
9 FX, FY dan FZ
Untuk setiap partikel dalam tiap kali iterasi

Data numerik dari simulasi ditampilkan

ke dalam 2 tabel tersebut,
Tabel Utama
Dan Tabel Rinci
Yang dihasilkan dapat disimpan
kedalam file

Visualisasi Dalam bentuk Kotak Pengamatan Virtual :

Y

Divisualisasikan menjadi :
X
Kedudukan Atom Di dalam Box

Tampak Depan

Tampak Kanan

Tampak Atas
Pengamatan Box Dua Dimensi

Membutuhkan Pemetaan yang tepat

Xmax

Ymax

Xkp = Round ( Xlk * 25)

Ykp = 169 Round (Ylp * 25)

Ymax

0
a

Xmax
b

Koordinat layar komputer; b. Koordinat kotak pengamatan

Hasil Aplikasi :

Tampilan Aplikasi MDS dengan Page Control Chart | Energi Kinetik

Tampilan MDS Parameter

Tampilan MDS Visual Boundary

Visualisasi Chart

Energi Potensial yang Dihasilkan

Total Energi yang Dihasilkan

Kecepatan yang Dihasilkan

Visualisasi Tabel

Tampilan hasil simulasi MD dalam bentuk tabel

Visualisasi dengan Kotak Pengamatan Virtual

Posisi atom yang dihasilkan selama proses simulasi

Warna dari atom yang diamati

Flowchart Inisialisasi Parameter

Start

NPart = 256
Den = 0.83134
Side = 6.75284
TRef = 0.722
RCoff = 2.5
H = 0.064

IRep = 50
IStop = 500
TimeMX = 100
ISeed = 4711

A = Side / 4
SideH = Side / 2
HSQ = H2
HSQ2 =HSQ / 2
NPartM = NPart - 1
RCOffS = RCOff2
TScale = 16 / (NPart - 1)
VAVER = 1 .13 * Tref / 24
i=1

F=0
Inc(i)

i > NPart

End

Flowchart Distribusi Posisi Awal Menggunakan LATTICE

Start
A = Side / 4

Index = 0
LG = 0
i=0
1

j=0
k=0
Inc (index)
X = i * A + LG * A * 0,5
Y = j * A + LG * A * 0,5
Z=K*A
Inc(k)

k>3
Y

Inc(j)

j>3
Y

Inc(j)
j>3
Y

1
Inc(LG)

LG > 1

1
T

LG = 0

i=0

j=0

k=0
Inc(Index)
X = i * A + (2 - LG) * A * 0,5
Y = j * A + (LG - 1) * A * 0,5
Z = k * A + A * 0,5
Inc(k)

k>3
Y

Inc(j)

j>3

2
Inc(i)

i>3

Inc(LG)

LG > 2

End

Flowchart Distribusi
Maxwell-Boltzmann

Kecepatan

Awal

Menggunakan

Start
RandSeed = ISeed
Counter = 1

Counter < = NPart

T
T

EKIN = 0
SP = 0

V1 = 2 * Random - 1
V2 = 2 * Random - 1
S = V12 + V22
S<1

i=0

SP = SP + V
Inc(i)

R = 2 * Ln( S ) / S

V [Counter ] = V 1* R
V [Counter + 2] = V 2 * R
Inc(Counter ,2)

i = NPart
Y

SP = SP + NPart
i=1
V = V - SP
EKIN = EKIN +V2
Inc(i)

i = NPart
Y

"Linear Momentum = ", SP

"Velocity Adjustment at ", Clock

TS = TScale * EKIN
"Temperature before scaling is ", TS

SC = Tref / TS

"Scale factor is ", SC

SC = SC * H
i=1
V[i] = V[i] * SC
Inc(i)

i > NPart

End

Flowchart Molecular Dynamics Simulation

Start
Clock = 0

"Molecular Dynamics Simulation Program "

"Number of Partiicle " , NPart
"Side Length of The Box ", SIde
"Cut Off i is ", RCoff
"Reduced Temperature is ", TRef
"Basic Time Step Is ", H

Inc(Clock)
2

i=1

Pos = Pos + V + F
Inc(i)

i > NPart
Y

i=1

Pos < 0
Y

Pos = Pos + Side

T
T

Pos > Side

Y

Pos = Pos - Side

i > NPart
Y

Start
Clock = 0

"Molecular Dynamics Simulation Program "

"Number of Partiicle " , NPart
"Side Length of The Box ", SIde
"Cut Off i is ", RCoff
"Reduced Temperature is ", TRef
"Basic Time Step Is ", H

Inc(Clock)
2

i=1

Pos = Pos + V + F
Inc(i)

i > NPart
Y

i=1

Pos < 0
Y

Pos = Pos + Side

T
T

Pos > Side

Y

Pos = Pos - Side

i > NPart
Y

i=1

V=V+F
Inc(j)

i > NPart
Y

CalcForce
i=1
V=V+F
Inc(j)

i > NPart
Y

EKIN = 0
i =1
EKIN = EKIN + VX2 + VY2 + VZ2
Inc (i)

i > NPart
Y

EKIN = EKIN / HSQ

Vel = 0
Count = 0

5
i=1
VX' = VX2
VY' = VY2
VZ' = VZ2

SQ = VX '+VY '+VZ '

SQT = SQ / H

SQT > VAVER

Inc(Count)

Vel = Vel + SQ
Inc(i)

i > NPart

Vel = Vel / H

(Clock < + IStop)

and
(Clock mod IRep = 0)

1
Y

"Velocity Adjustment at Clock = ", Clock

TS = TScale * EKIN

"Temperature before Scalling is ", TS

SC =

T Re f / TS

"Scale Factor is ", SC

i=1

V = V * SC
Inc(i)

i > NPart
Y

EKIN = TRef / TScale

EK = 24 * EKIN
EPot = 4 * EPot
Temp = TScale * Ekin
Pres = Den * 16 * (EKIN - VIR) / NPart
Vel = Vel ? NPart
RP = (Count / NPart) * 100

Inc(Clock)
2
Clock > TimeMx
Y

End