Makalah dari Jurnal Penelitian

QSAR Modeling of Antibacterial Activity of Some Benzimidazole Derivates

(disusun guna memenuhi tugas mata kuliah Kimia Medisinal Organik 2)

Disusun Oleh :
Wahyu Relly Setiawan

102210101052

Hidayatul Ulyah

102210101055

Indra Wijayanti

102210101070

Dobi Ridyan Dua

102210101075

Ika Ria Lestari

102210101078

BAGIAN KIMIA FARMASI FAKULTAS FARMASI

UNIVERSITAS JEMBER
2014

BAB1. PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang
Quantitative

structure-activity

relationship

(QSAR) atau

HKSA (Hubungan

Kuantitatif Struktur-Aktivitas) merupakan ilmu yang sangat penting dalam perkembangan

kimia dan biokimia modern.

Penelitian menggunakan QSAR termasuk dalam chemical

measurements dan tes biologis.

Contohnya aktivitas biologis dapat ditunjukkan secara

kuantitatif seperti pada konsentrasi suatu substansi yang dibutuhkan untuk menunjukkan
respon biologis. Selain itu, ketika sifat fisika-kimia ditunjukkan dalam bentuk angka, kita
dapat menemukan hubungan kuantitatif antara struktur dan aktivitas biologis suatu substansi.
Hasil matematis dari QSAR dapat digunakan untuk memprediksi respon biologis dari suatu
struktur kimia. Saat inti QSAR banyak diaplikasikan dalam berbagai disiplin ilmu, salah
satunya sebagai sarana untuk mendesain obat dan faktor resiko lingkungannya. Dengan
menggunakan QSAR, kita dapat memperkiraakan aktvitas suatu zat kimia dari struktur
molekulnya dengan jumlah struktur yang beraneka ragam dalam waktu yang relatif singkat
dan biaya yang lebih murah.
Inti benzimidazole yang

merupakan struktur berguna untuk penelitian dan

pengembangan molekul baru, telah banyak menerima perhatian selama dekade terakhir.
Karena aktivitas antimikrobanya, benzimidazole baru telah disintesis dan diteliti dalam dunia
medis.

Posisi dan jenis substituen pada cicin benzimidazole yang bertanggung jawab

terhadap aktivitas biologisnya. Banyak derivate/turunan benzimidazole yang juga dikenal

sebagai agen antimikroba/antibakteri, serta beberapa compound telah ditemukan memiliki
aktivitas antimikroba melawan bakteri gram positif maupun gram negatif.
Dalam eksperimen/penelitian pada jurnal referensi, kita dapat mengetahui studi
mengenai aktivitas penghambatan derivat benzimidazole, serta korelasi antara struktur dan
aktivitas dari derivate benzimidazole terhadap bakteri gram negatif Pseudomonas aeruginosa.
Model The multiple linear regresision (MLR) telah dikembangkan sebagai persamaan
matematis yang menghubungkan struktur kimia untuk aktivitas penghambatan dari derivate
benzimidazole tersebut.
1.2 Rumusan Masalah
Bagaimana prediksi aktivitas antimikroba derivate benzimidazole yang dianalisis
menggunakan metode model QSAR pada bakteri gram negatif Pseudomonas aeruginosa ?
1.3 Tujuan
Tujuan dalam penelitian ini adalah untuk mempelajari kegunaan QSAR dalam
memprediksi aktivitas antimikroba terhadap bakteri gram negatif Pseudomonas aeruginosa.

BAB 2. RANCANGAN PENELITIAN

2.1 Bahan dan Metode
Senyawa yang digunakan adalah inti benzimidazole yang memiliki struktur seperti
pada gambar 1. Dalam gambar tersebut terdapat ikatan R1, R2, R3 dan R4 yang nantinya
akan ditempati oleh substituen yang akan dianalisis menggunakan software QSAR/HKSA
sehingga didapat derivate benzimidazole. Substituen yang akan dimasukkan kedalam gugus
inti benzimidazole tercantum dalam tabel 1.

Gambar 1. Inti benzimidazole.

Tabel 1. Substituen pengganti R1, R2, R3, dan R4 untuk masing-masing compound.
2.2 Investigasi Antibakteri
Semua derivate benzimidazole dievaluasi secara in vitro untuk di lihat aktivitas
menghambat pertumbuhan bakteri Pseudomonas aeruginosa (ATCC 27853).

Aktivitas

antibakteri dari compound/senyawa diuji dengan metode disc-diffusion dibawah standart

kondisi menggunakan media agar Mueller-Hinton.l
Isolat bakteri ditumbuhkan dalam tabung dengan nutrient broth (NB). 1 cm3 NB
diambil dan di homogenasi dalam tabung dengan 9 cm 3 nutrient agar (NA) cair (45oC).
Suspensi yang telah homogen dituangkan pada cawan petri. Letakkan kertas saring bentuk
cakram (diameter 5 mm) ditengah media yang dingin. Setelah media dingin dan bentuknya
menjadi keras, letakkan 2x10-5 dm3 senyawa yang akan diuji menggunakan mikropipet, lalu
inkubasi. Setelah diinkubasi selama 24 jam dalam thermostat pada suhu 25-27 oC, zona
hambat (steril) yang terbentuk diukur (dalam mm), termasuk cakramnya. Diameter zona

hambat lebih dari 8 mm mengindikasikan senyawa yang diuji aktiv terhadap mikroorganisme.
Setiap pengujian dilakukan tiga kali pengulangan.
Konsentrasi hambat minimum atau minimum inhibitory concentration (MIC)
menunjukan konsentrasi minimum untuk menghambat pertumbuhan bakteri yang di gunakan
sebagai panduan oleh NCCLS standar M7-A5.
MIC pada pengujian derivate benzimidazole didefinisikan sebagai konsentrasi terkecil
dari senyawa yang mana tidak ada pertumbuhan bakteri yang diamati pada periode waktu
tertentu dan dibawah kondisi spesifik eksperimen. Stok larutan dari senyawa dipreparasi
dalam dimethylformamide (DMF). Pengenceran selanjutnya mengunakan aquadest. Rentang
konsentrasi senyawa yang diuji antara 6,25-125 g/ml. Plate inokulasi di inkubasi pada suhu
35oC selama 16-20 jam. Sebuah kontrol menggunakan DMF tanpa senyawa uji, yang mana
tidak ada aktivitas penghambatan di dalamnya. Nilai MIC dari benzimidazole yang diuji
diperoleh sebagai g/ml. untuk mengklasifikasikan aktivitas antibakteri, maka dibandingkan
dengan agen antibakteri yang banyak digunakan untuk terapi saat ini. MIC-nya dibandingkan
dengan Ampicillin dan Gentamicin yang digunakan dalam kondisi sama sebagai obat
referensi.
2.3 Pemodelan Molekuler
Semua studi model molekuler menggunakan software HyperChem 7.5 (HyperCube
Inc., Version 7.5) dijalankan menggunakan prosesor P-III. HyperChem termasuk pembuat
model dalam bentuk sketsa molekul 2D sampai 3D.
2.4 Deskriptor
Deskriptor numerik yang bertanggung jawab pada encoding fitur penting dari struktur
molekul dan dapat dikategorikan sebagai karakter/parameter elektronik, geometric,
hidrofobik, dan topologi.

Deskriptor dihitung untuk masing-masing senyawa dalam

kumpulan data menggunakan software HyperChem, Dragon, dan CS Chem Office version
7.0. Karena ada sejumlah besar deskriptor untuk masing-masing senyawa, maka matriks
korelasi Pearson digunakan sebagai model kualitatif, untuk memilih deskriptor cocok untuk
analisis MLR. Delapan deskriptor yang menunjukkan korelasi maksimum dengan aktivitas
penghambatan dipilih untuk dievaluasi lebih lanjut. Nilai-nilai deskriptor yang dipilih untuk
MLR disajikan pada Tabel 2 (refraksi molar (MR), polarisabilitas (P), volume molar (MV),
energi hidrasi (HE), energi total (TE), luas permukaan kontak (SAG), dan koefisien partisi
(log P)).

Tabel 2. Nilai descriptor molekuler yang digunakan untuk analisis regresi

2.5 Metode Statistik
Analisis regresi lengkap dilakukan oleh software statistik PASS 2005, GESS 2006,
NCSS.

BAB 3. HASIL DAN PEMBAHASAN

Pertama benzimidazole tersubstitusi dievaluasi aktivitas antibakteri terhadap bakteri
gram negatif Pseudomonas aeruginosa secara in vitro. Nilai dari MIC dirangkum dalam
Tabel 3. Hasil skrining mengungkapkan bahwa semua senyawa diuji in vitro aktivitasnya
terhadap strain.

Dalam upaya untuk menentukan peran setiap struktur struktur, maka dilakukan studi
QSAR. Satu set benzimidazoles terdiri dari 12 molekul digunakan untuk model regresi
multilinear. Obat-obatan referensi tidak dimasukkan dalam model karena mereka memiliki
perbedaan seri struktur. Perbedaan fisiko-kimia, sterik, elektronik, dan descriptor struktur
molekul digunakan sebagai variabel independen/bebas dan berkorelasi dengan aktivitas
antibakteri.
Mengembangkan model umum membutuhkan beragam set data, dan dengan demikian,
sejumlah besar descriptor harus dipertimbangkan. Deskriptor adalah nilai-nilai numerik yang
menencoding struktur yang berbeda dari molekul. Pemilihan sebuah set sesuai deskriptor dari
sejumlah besar senyawa tersebut membutuhkan metode, yang mampu membedakan antar
parameter.

Matriks korelasi Pearson telah dilakukan pada semua deskriptor dengan

menggunakan software statistik NCSS. Analisis matriks mengungkapkan 8 deskriptor untuk

pengembangan model MLR (Tabel 2).
Koefisien partisi (log P) cenderung berkorelasi dengan aktivitas antibakteri eksklusif
dan model monoparametrik terbaik yang ditemukan menjadi seperti berikut :

Penambahan HE sebagai parameter tambahan log P, meningkatkan koefisien korelasi

dari 0,932 menjadi 0,951 (Eq. (2)) :

Perlu dicatat bahwa penambahan parameter-parameter lain untuk log P dan HE tidak
signifikan merubah koefisien korelasi.
Dari kedua model persamaan diatas, dapat disimpulkan bahawa adanya pengaruh kuat
lipofilitas, log P, penting dalam aktivitas antibakteri dan parameter tersebut biasanya
berhubungan dengan aktivitas farmakologinya. Bukti ini jelas dijelaskan dalam teori lipid
dikemukakan oleh Meyer dan Overton. Dalam teori tersebut, log P adalah tidak hanya ukuran
dari hidrofobitas yang penting untuk penetrasi dan distribusi obat, tetapi juga untuk interaksi
obat dengan reseptor. Oleh karena itu, dapat disarankan bahwa sifat lipofilik harus diperiksa
untuk mendesain agen antibakteri yang potensial.
Untuk memvalidasi kekuatan prediksis dari model MLR terpilih (Eq. (2))
menggunakan teknik leave-one-out (LOO). Model yang dikembangkan divalidasi dengan
perhitungan berikut parameter statistik: prediksi residual jumlah kuadrat (PRESS), jumlah
total kuadrat deviasi (SSY), koefisien korelasi cross-validation (r2CV), dan kesesuaian koefisien
korelasi (r2adj) (Tabel 4).

RESS adalah parameter penting cross-validation karena merupakan pendekatan yang

baik dari kesalahan nyata prediksi model. Nilainya menjadi kurang dari SSY menunjukkan
bahwa model memprediksi lebih baik dan dapat dianggap signifikan secara statistik. Dengan
demikian, model 2 adalah signifikan secara statistik. Selanjutnya, untuk model QSAR yang
rasional, harus PRESS/SSY harus lebih rendah dari 0,4. Data pada Tabel 4 menunjukkan
bahwa rasio ini untuk model yang dikembangkan adalah 0,1746. Tingginya nilai r2CV dan r2adj
adalah kriteria penting untuk kualifikasi QSAR yang menentukan model 2 sebagai yang
terbaik.
Namun, satu-satunya cara untuk memperkirakan kebenaran prediksi dari model yang
dikembangkan adalah prediksi nilai log (1/c MIC) dari Benzimidazole yang diteliti dan dihitung
dengan menggunakan model 2. Data yang disajikan dalam Tabel 3 menunjukkan bahwa
aktivitas yang diamati dan diperkirakan , dengan menggunakan model 2, adalah sangat dekat
satu sama lainnya. Hal ini menunjukkan prediktabilitas baik dari pembentukan model
2. Figure 1 menunjukkan plot linier regresi yang diprediksi dibandingkan nilai eksperimental
aktivitas antibakteri Benzimidazole diselidiki.

Untun melihat adanya kesalahan sistematik dalam pengembangan model QSAR,

residual dari nilai prediksi aktivitas penghambatan diplotkan dengan nilai-nilai eksperimen,
seperti pada Figure 2. Penyebaran residual pada kedua sisi nol menunjukkan tidak adanya
kesalahan sistemik. Hal ini mengindikasikan bahwa model ini berhasil diterapkan untuk
memprediksi aktivitas antibakteri molekul kelas ini.

BAB 4. PENUTUP
Dari hasil yang diperoleh, dapat disimpulkan bahwa derivat 1-benzylbenzimidazole
efektif melawan secara in vitro bakteri gram negatif Pseudomonas aeruginosa. Pemodelan
molekuler dan analisis QSAR dilakukan untuk menemukan efek kuantitatif struktur molekuler
senyawa terhadap aktivitas antibakterinya.
dikembangkan

untuk

memprediksi

aktivitas

Sebuah model matematika yang akurat

penghambatan

dari

beberapa

derivat

benzimidazole. Validitas model ditetapkan dengan determinasi parameter statistik yang

sesuai. Model yang telah ditetapkan digunakan untuk memprediksi aktivitas penghambatan
dari Benzimidazole yang diselidiki dan mendekatkan kesesuaian antara eksperimental dan
nilai prediksi yang diperoleh. Aktivitas residual rendah dan nilai cross-validation r2 (r2CV)
tinggi yang diperoleh menunjukkan kemampuan prediksi yang baik dari model QSAR yang
dikembangkan.

Hal

ini

menunjukkan

aktivitas

antibakteri

seri

derivate

1-

benzylbenzimidazole berhasil dimodelkan menggunakan berbagai deskriptor molekul.

Sehingga dapat disimpulkan bahwa pengaruh kuat dari lipofilitas, log P, penting terhadap
aktivitas antibakteri dan parameter ini biasanya terkait dengan aktivitas penghambatan.

LAMPIRAN JURNAL ASLI

(REFERENSI)