Anda di halaman 1dari 19

Bioinformatics

Pohon filogeni

1960 untuk membantu analisis evolusi karakter morfologis Berdasarkan statistik Membutuhkan data yang bisa mengukur jarak genetik seluruh taksa yang dikaji .UPGMA     Metode jarak tertua dan paling sederhana Awal thn.

Tahapan 1) 2) .

 Jika  tidak ada gap. Jarak terpendek dikelompokkan  dDE  Spesies D dan E dikelompokan . jarak = jumlah nukleotida yang tidak sama pada tiap pasangan sekuen 3.

Matrik jarak baru Spesies A B C B 9 - - C 8 11 - DE 13.5 16.4.5 .5 11.

Baru = (AC) .  Jarak spesies sisa dengan kel. baru Rerata jarak antara anggota kelompok dan spesies lainnya   d(DE)A = ½ (dAD + dAE) Jarak terpendek dikelompokkan menjadi kelompok baru lagi  dAC  kel.

5 12. Matrik jarak baru Spesies B AC AC 10 - DE 16.5 Jarak terpendek d(ac)B : kelompok baru ((AC)B) .

.

   UPGMA: tedious & time consuming step Jika data sedikit bisa dihitung sendiri Namun jika banyak datanya (jumlah dan panjang sekuen) perlu program komputer .

Estimasi panjang cabang   Pohon berskala: CLADOGRAM Panjang relatif menggunakan matrik jarak  Jika asumsinya laju evolusi konstan semua alur: Nodus interval memiliki jarak sama dari setiap spesies pada pohon bifurcating (cabang dua)  Contoh (dari table 4.5 unit panjang pada pohon berskala  .2)  dDE = 5  D & E terhubung dengan moyang oleh cabang sepanjang dDE / 2 = 2.

.

Metode jarak tertransformasi     Laju evolusi yang berbeda Diusulkan oleh J. Farris (1977) Menggunakan outgroup Lebih baik dalam menentukan topologi pohon dibandingkan UPGMA .

5).   Data set (Figure 4. D = outgroup (((A.B)C)D) .

djD)/2 + đD dij = jarak tertransformasi antara spesies I dan j đD = rerata jarak antara outgroup dengan semua ingroup spesies = (dAD + dBD + dCD) /3 = 37/3 .dij = (dij – diD .

Neighbor-Joining methods  Beda dengan metode sebelumnya dalam cara menentukan jumlah semua panjang cabang  Namun secara teori equivalen. sehingga keduanya menghasilkan pohon dengan topologi yang mirip – kalau tidak identik .

pasangan spesies yang dpisahkan hanya satu nodus internal disebut neighbor .Neighbor’s relation method  Memasangkan spesies sedemikian rupa sehingga pohon tercipta dengan keseluruhan panjang cabang terpendek  Pada pohon unrooted.

Maximum Likelihood Approaches  Methode alternatif rekontruksi filogeni dan berdasar pada statistik  Pertimbangan diberikan pada setiap subtitusi nukleotida  Banyak kemungkinan pohon. hanya satu yang merefleksikan pohon filogenik yang sebenarnya  Fisibel dan banyak digunakan. sejalan dengan perkembangan komputer yang makin cepat .

 Tiap model akan memberikan kesimpulan yang berbeda  Model yang digunakan harus dipertimbangkan masak-masak dan harus dijabarkan ketika menggunakan pendekatan tsb. .