BIOLOGI SEL
TEKNIK PLASMIDE
(dna rekombinan)
Oleh :
RINTO ADITYA / D1A141029
FAKULTAS MIPA-FARMASI
UNIVERSITAS AL-GHIFARI
BANDUNG
2015
Kata Pengantar
Puji syukur saya panjatkan atas kehadirat Ilahi, karena dengan usaha serta izin dan
kehendak-Nya lah saya bisa menyusun dan menyelesaikan tugas mata kuliah BIOLOGI SEL ini.
Seperti yang kita tahu, pembelajaran BIOLOGI SEL adalah mateteri yang membahas berbagai
hal didalam tubuh kita (sel). Adapun tujuan pembelajaran ini diharapkan pembeca (mahasiswa)
mampu memahami konsep sel, membedakan struktur sel organisme prokariot, eukariotik, virus
viroid dan prions serta dapat menjelaskan bagaimana mikroskop bermanfaat untuk mempelajari
sel.
Dalam rangka menyelesaikan tugas ini saya tidak lupa mengucapkan terima kasih kepada
dosen BIOLOGI SEL yaitu Ibu Irma Irawati M.Si.,Apt. yang telah membimbing saya dalam
mata kuliah ini.
Mohon maaf jika banyak terdapat kesalahan dalam penyajian makalah ini, yang baik
datangnya dari Allah dan yang buruk datangnya dari saya sendiri. Kritik dan saran yang
membangun dari Ibu serta pembaca lainya sangat saya harapkan demi kesempurnaan makalah ini
akhir kata saya ucapkan terima kasih, wasalam.
Bandung,
januari 2015
Penulis
Daftar Isi
Kata Pengantar.............................................................................................................. 2
Daftar Isi...................................................................................................................... 3
Bab I............................................................................................................................ 1
Pendahuluan................................................................................................................. 1
1.1
Latar belakang...................................................................................................................1
1.2
Rumusan masalah.............................................................................................................1
1.3
Tujuan...............................................................................................................................2
1.4
Manfaat.............................................................................................................................2
Bab II.......................................................................................................................... 3
Pembahasan.................................................................................................................. 3
2.1
2.2
1)
2)
3)
4)
5)
2.3
1)
Bidang industry.................................................................................................................9
2)
Bidang pertanian...............................................................................................................9
3)
Bidang peternakan...........................................................................................................10
4)
Bidang kedokteran..........................................................................................................10
Bab III....................................................................................................................... 11
Penutup...................................................................................................................... 11
3.1
Kesimpulan.....................................................................................................................11
2
3.2
Saran................................................................................................................................11
Daftar Pustaka............................................................................................................. 12
Bab I
Pendahuluan
1.4 Manfaat
Manfaat dari penulisan makalah ini adalah sebagai berikut :
o Bagi mahasiswa dapat melatih keterampilan dan kemampuan dalam membuat karya
tulis ilmiah
o Bagi pembaca dapat menambah sumber informasi tentang teknologi DNA
rekombinan
Bab II
Pembahasan
peneliti berhasil memaksa mikroorganisme (bakteri) untuk membentuk insulin yang mirip
dengan insulin manusia (suryo, 2001).
2.2 Teknologi DNA Rekombinan
Teknologi DNA rekombinan merupakan teknik kejuruteraan genetik yang melibatkan
penggunaan DNA rekombinan - yaitu DNA yang menggabungkan maklumat genetik dua
species organisme yang berlainan. Jika gen-gen ini digabungkan dalam sel telur atau sel
sperma supaya maklumat genetik ini boleh diturunkan kepada progeni, maka hasil daripada
gabungan ini dinamakan organisme transgenik.
Penghasilan DNA rekombinan melibatkan tiga proses:
o Manipulasi DNA in vitro (luar sel organisma)
o Gabungan, atau rekombinasi DNA sesuatu organisma dengan DNA bakteria dalam
plasmid atau bakteriofak
o Pengklonan, atau teknik untuk mereplikasi progeni yang membawa DNA
rekombinan.
Proses-proses diatas pertama kali dilakukan oleh Paul Berg dan A.D. Kaiser pada tahun
1972. Mereka berjaya memasukkan DNA prokariot kedalam bakteria, kemudian oleh S.N.
Cohen dan Herbert Boyer yang berjaya menggabungkan DNA organisme eukariot bersama
plasmid bakteria.
Komponen yang digunakan dalam teknik DNA rekombinan diantaranya enzim restriksi
untuk memotong DNA, enzim ligase untuk menyambung DNA dan vektor untuk
menyambung dan mengklonkan gen di dalam sel hidup, transposon sebagai alat untuk
melakukan mutagenesis dan untuk menyisipkan penanda, pustaka genom untuk menyimpan
gen atau fragmen DNA yang telah diklonkan, enzim transkripsi balik untuk membuat DNA
berdasarkan RNA, pelacak DNA atau RNA untuk mendeteksi gen atau fragmen DNA yang
diinginkan atau untuk mendeteksi klon yang benar. Vektor yang sering digunakan diantarnya
plasmid, kosmid dan bakteriofag. Enzim restriksi, digunakan untuk memotong DNA. Enzim
restriksi mengenal dan memotong DNA pada sekuens spesifik yang panjangnya empat
sampai enam pasang basa. Enzim tersebut dikenal dengan nama enzim endonuklease
restriksi.
Ada lima bagian terpenting yang selalu digunakan dalam rekayasa genetika yaitu sebagai
berikut :
1) Enzim seluler/Cellular Enzymes
Enzim yang dipakai dalam memanipulasi DNA diantaranya adalah :
a. Enzim Endonuklease, yaitu enzim yang mengenali batas-batas sekuen nukleotida
spesifik dan berfungsi dalam proses restriction atau pemotongan bahan-bahan
genetik. Penggunaan enzim ini yang paling umum antara lain pada sekuen
palindromik. Enzim ini dibentuk dari bakteri yang dibuat sedemikian rupa sehingga
dapat menahan penyusupan DNA, seperti genom bacteriophage.
b. DNA polimerisasi, yaitu enzim yang biasa dipakai untuk meng-copy DNA. Enzim
ini mengsintesis DNA dari sel induknya dan membentuk DNA yang sama persis ke
sel induk barunya. Enzim ini juga bisa didapatkan dari berbagai jenis organisme,
yang tidak mengherankan, karena semua organisme pasti harus meng-copy DNA
mereka.
c. RNA polimerisasi yaitu enzim yang berfungsi untuk membaca sekuen DNA dan
mengsintesis molekul RNA komplementer. Seperti halnya DNA polimerisasi, RNA
polimerisasi juga banyak ditemukan di banyak organisme karena semua organisme
harus merekam gen mereka.
d. DNA ligase merupakan suatu enzim yang berfungsi untuk menyambungkan suatu
bahan genetik dengan bahan genetik yang lain. Contohnya saja, enzim DNA ligase
ini dapat bergabung dengan DNA atau RNA dan membentuk ikatan phosphodiester
baru antara DNA atau RNA yang satu dengan lainnya.
e. Reverse transcriptases adalah enzim yang berfungsi membentuk blue-print dari
molekul RNA membentuk cDNA (DNA komplementer). Enzim ini dibuat dari virus
RNA yang mengubah genom RNA mereka menjadi DNA ketika mereka menginfeksi
inangnya. Enzim ini biasa dipakai ketika bertemu dengan gen eukariotik yang
biasanya terpisah-pisah menjadi potongan kecil dan dipisahkan oleh introns dalam
kromosom.
untuk
meligasi
Pertama, ligasi
homopolimerik 3.
Suhu optimum
bagiaktivitas
DNA ligase sebenarnya 37C. Akan tetapi, pada suhu ini ikatan hydrogen yang secara
alami terbentuk di antara ujung-ujung lengket akan menjadi tidak stabil dan kerusakan
akibat panas akanterjadi pada tempat ikatan tersebut. Oleh karena itu, ligase biasanya
dilakukan pada suhu antara 4dan 15C dengan waktu
inkubasi
(reaksi)
yang
molekul.
DNA,
hasil
pemotongan DNA genomikdan DNA vektor serta analisis hasil ligasi molekul molekul
DNA tersebut.menggunakan teknikelektroforesis. Jika hasil elektroforesis menunjukkan
7
bahwa fragmen-fragmen DNA genomik telahterligasi dengan baik pada DNA vector
sehingga terbentuk molekul DNA rekombinan, campuran reaksiligasi dimasukkan ke
dalam sel inang agar dapat diperbanyak dengan cepat. Tahap memasukkan campuran
reaksi ligasi ke dalam sel inang dinamakan transformasi karena sel inangdiharapkan
akan mengalami perubahan sifat tertentu setelah dimasuki molekul DNA rekombinan.
5) Vektor berkembang dengan seleksi DNA yang direkaya
Tahap selanjutnya adalah seleksi transforman dan seleksi rekombinan. Oleh
karena DNA yang dimasukkan ke dalam sel inang bukan hanya DNA rekombinan,
maka kita
harus
melakukan
seleksi
untuk
memilih
sel
inang
transforman
secara
reaksi polimerisasi
berantai atau
polymerase chain reaction (PCR). Pelacakan fragmen yang diinginkan antara lain dapat
dilakukan melalui cara yang dinamakan hibridisasi koloni (Tjahjoleksono, 2009).
Transfer DNA atau perpindahan DNA ke dalam bakteri dapat melalui tiga cara yaitu:
1. Transformasi
Transfer DNA yang umumnya berasal dari satu sel bakteri ke dalam sel yang berbeda.
Prosesnya adalah ketika sebuah sel bakteri pecah atau lisis maka DNA sirkular akan
terlepas ke lingkungan. Efisiensi transformasi bergantung pada kompetensi sel.
2. Konjugasi
Merupakan pemindahan materi genetik berupa plasmid secara langsung melalui kontak
sel dengan membentuk struktur seperti jembatan diantara dua sel bakteri yang
berdekatan. Umumnya terjadi pada bakteri gram negatif.
3. Transduksi
Transfer materi genetik dari satu bakteri ke bakteri lainnya dengan menggunakan virus
bakteri sebagai vektor. Transfer ini menggunakan prinsip dasar dari galur donor yang
menyediakan DNA bagi galur resipien. Perbedaan utamanya dengan transfer DNA
lainnya adalah DNA ditransfer melalui perantaraan bakteriofag.
2) Bidang pertanian
Beberapa manfaat rekayasa genetika dalam bidang pertanian diantaranya adalah:
o Mengganti pemakaian pupuk nitrogen yang banyak dipergunakan tapi mahal
harganya, oleh fiksasi nitrogen secara alamiah. Bakteri tanah Rhizobium sp dapat
mengadakan infeksi ke dalam akar dari tanaman family Leguminosae. Infeksi ini
menghasilkan bintil akar dan bakteri yang terdapat di dalamnya dapat mengikat
zat lemas bebas dari udara untuk di ubahnya menjadi nitrogen yang dapat
diambil dan digunakan oleh tanaman tersebut.
o Teknik rekayasa genetika mengusahakan tanaman-tanaman (terutama yang
mempunyai arti ekonomi) yang tidak begitu pekah terhadap penyakit yang
disebabkan oleh bakteri, jamur dan cacing.
o Mengusahakan tanaman-tanaman yang mampu menghasilkan peptisida sendiri.
3) Bidang peternakan
o Telah diperoleh vaksin-vaksin untuk melawan penyakit mencret ganas yang
dapat mematikan anak-anak babi
o Sudah dipasarkan vaksin yang efektif terhadap penyakit kuku dan mulut, yaitu
penyakit ganas dan sangat menular pada sapi, domba, kambing, rusa dan babi
4) Bidang kedokteran
o Gen-gen bagi beberapa protein yang dibutuhkan dalam bidang kedokteran yang
dibutuhkan dalam bidang kedokteran yaitu pembuatan insulin manusia oleh
bakteri Eschrechia coli untuk pengobatan penyakit diabetes (Wikipedia.org).
10
Bab III
Penutup
3.1 Kesimpulan
Berdasarkan pembahasan pada makalah ini maka dapat ditarik beberapa kesimpulan sebagai
berikut :
1. DNA rekombinan adalah DNA yang mengalami perubahan karena penyisipan suatu
sekuens deuksinukleotida yang sebelumnya tidak terdapat dalam molekul DNA yang
sudah ada dengan cara enzimatik atau kimiawi.
2. Komponen yang terlibat dalam Dna rekombinasi yaitu Enzim restriksi untuk memotong
DNA, DNA polymerase, enzim ligase, enzim DNA ligase, Vektor untuk menyambung
dan mengklonkan gen di dalam sel hidup, Transposon, Pustaka genom, Enzim
transkripsi balik, Pelacak DNA atau RNA.
3. Tahapan-tahapan teknologi DNA rekombinan adalah isolasi DNA kromosom yang akan
diklon, pemotongan molekul DNA menjadi sejumlah fragmen dengan berbagai ukuran,
isolasi DNA vektor, penyisipan fragmen DNA ke dalam vektor untuk menghasilkan
molekul DNA rekombinan, transformasi sel inang menggunakan molekul DNA
rekombinan, reisolasi molekul DNA rekombinan dari sel inang, dan analisis DNA
rekombinan.
3.2 Saran
Makalah ini masih jauh dari kesempurnaannya dan informasinya pun terbatas. Oleh
karena itu, penyusun menyarankan agar pembaca mencari literature lain yang membahas
mengenai judul dari makalah ini.
Daftar Pustaka
11
Copyright 2000, W. H. Freeman and Company. Molecular Cell Biology. 4th edition.
(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK21498/) (diakses 7 April 2015)
Davies LA, Hannavy K, Davies N, Pirrie A, Coffee RA, Hyde SC, Gill DR. 2005.
Electrohydrodynamiccomminution: a novel technique for the aerosolisation of plasmid DNA.
(http://www.cfgenetherapy.org.uk/publications/publication/243). (diakses 7 April 2015)
Gene
Therapy
Review.
2012.
Guide
to
Plasmid
DNA
Transfection.
Arunugale.
2014.
ISOLATION
AND
PURIFICATION
OF
PLASMID
DNA.
http://www.zymoresearch.com/dna/plasmid-dna-purification/zyppy-plasmid-miniprep-kit
(diakses 8 april 2015)
12
biologi molekular........................................1
D
memanipulasi DNA..................................5, 6
modifikasi genetik........................................3
DNA organisme.......................................3, 4
sel organisme........................................i, 1, 3
sistem kloning..............................................1
suntikan insulin............................................3
enzim restriksi..........................................4, 6
13