Anda di halaman 1dari 117

UNIVERSITAS INDONESIA

PENAPISAN VIRTUAL BASIS DATA SENYAWA TANAMAN OBAT DI
INDONESIA SEBAGAI INHIBITOR ENZIM-ENZIM HIV-1

TESIS

REZI RIADHI SYAHDI
0906651063

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
PROGRAM MAGISTER ILMU KEFARMASIAN
DEPOK
2011

Penapisan virtual..., Rezi Riadhi Syahdi, FMIPA UI, 2012

UNIVERSITAS INDONESIA

PENAPISAN VIRTUAL BASIS DATA SENYAWA TANAMAN OBAT DI
INDONESIA SEBAGAI INHIBITOR ENZIM-ENZIM HIV-1
TESIS

Diajukan sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar
Magister Farmasi

REZI RIADHI SYAHDI
0906651063

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
PROGRAM MAGISTER ILMU KEFARMASIAN
DEPOK
2011

Penapisan virtual..., Rezi Riadhi Syahdi, FMIPA UI, 2012

HALAMAN PERNYATAAN ORISINALITAS

Tesis ini adalah hasil karya saya sendiri
dan semua sumber baik yang dikutip maupun dirujuk telah
saya nyatakan dengan benar.

Nama

: Rezi Riadhi Syahdi

NPM

: 0906651063

Tanda Tangan :

Tanggal

: 19 Desember 2011

iii
Penapisan virtual..., Rezi Riadhi Syahdi, FMIPA UI, 2012

FMIPA UI. T ( ) Penguji II : Prof. Dr.. M. Abdul Mun’im. M.. Arry Yanuar.HALAMAN PENGESAHAN Tesis ini diajukan oleh : Nama : Rezi Riadhi Syahdi NPM : 0906651063 Program Studi : Ilmu Kefarmasian Judul Tesis : Penapisan Virtual Basis Data Senyawa Tanaman Obat di Indonesia Sebagai Inhibitor Enzim-Enzim HIV-1 Telah berhasil dipertahankan di hadapan Dewan Penguji dan diterima sebagai bagian persyaratan yang diperlukan untuk memperoleh gelar Magister Farmasi pada program studi Ilmu Kefarmasian.Si ( ) Pembimbing II : Dr. 2012 . Heru Suhartanto ( ) iv Penapisan virtual. Dr. Usman Sumo F. Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia DEWAN PENGUJI Pembimbing I : Dr. Rezi Riadhi Syahdi.S ( ) Penguji I : Prof..

2012 . FMIPA UI. Dr Effionora. Bapak Dr.S. Tanpa kalian. Prof.. Ibunda Siti Hasanah dan Ayahanda Abdul Hadi Achmad. Prof.Si. Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam. Arry Yanuar. Dr. bimbingan. serta dukungan selama penelitian dan penyusunan tesis 5. 4. Universitas Indonesia..KATA PENGANTAR Puji dan syukur penulis panjatkan kepada Allah SWT karena berkat rahmat. serta keluarga yang selalu memberikan dukungan tak terbilang untuk penulis. M. Dalam penyusunan tesis ini. karunia dan perlindungan-Nya. Seluruh staf pengajar Program Magister Ilmu Kefarmasian Universitas Indonesia yang telah dengan tulus membekali ilmu kepada penulis v Penapisan virtual. Tesis ini disusun sebagai salah satu persyaratan untuk memperoleh gelar Magister Sains pada Departemen Farmasi. Shalawat serta salam tak lupa dihaturkan ke hadirat Rasulullah Muhammad SAW. saran. dukungan selama penelitian dan penyusunan tesis 6. Rezi Riadhi Syahdi. saran. Abdul Mun’im. Yahdiana Harahap M.S selaku pembimbing II yang telah memberikan semangat. tesis ini dapat diselesaikan. ananda bukanlah apa-apa 2. Bapak Dr. Penulis mengucapkan terima kasih yang sebesar-besarnya pada: 1. selaku Ketua Departemen Farmasi atas kesempatan yang telah diberikan untuk melakukan penelitian dan penyusunan skripsi ini 3.. selaku Ketua program Magister Ilmu Farmasi atas bimbingannya dan petunjuknya selama kuliah dan penelitian. penulis dibantu oleh berbagai pihak. selaku pembimbing I yang telah memberikan semangat. M. bantuan. bantuan.. bimbingan..

Zuraida Syafara Dzuhro yang selalu mendukung. Penulis menyadari masih adanya kekurangan dalam tesis ini.. Rezi Riadhi Syahdi.. 2012 . khususnya dalam bidang studi farmasi Penulis.. 2011 vi Penapisan virtual. dorongan semangat dan membantu dalam proses penelitian dan penyusunan tesis ini. FMIPA UI. namun penulis berharap semoga tesis ini dapat bermanfaat bagi perkembangan ilmu pengetahuan. Amel dan Berwy yang telah menemani penulis selama penyusunan dan penelitian 9.7. menyemangati dan memberikan yang terbaik untuk penulis 8. Seluruh pihak yang tidak dapat disebutkan satu persatu yang telah memberikan pengarahan. Rekan-rekan di ruang penelitian: Eko. Sahabat serta semua teman selama perkuliahan di S2 kefarmasian 10.

. Rezi Riadhi Syahdi. menyetujui untuk memberikan kepada Universitas Indonesia Hak Bebas Royalti Noneksklusif (Non-exclusive Royalty Free Right) atas karya ilmiah saya yang berjudul: beserta perangkat yang ada (bila diperlukan) Dengan Hak Bebas Royalti Noneksklusif ini Universitas Indonesia berhak menyimpan. Dibuat di: Depok Pada Tanggal: 19 Desember 2011 Yang menyatakan (Rezi Riadhi Syahdi) vii Penapisan virtual. mengelola dalam bentuk basis data. dan mempublikasikan tugas akhir saya selama tetap mencantumkan nama saya sebagai penulis/pencipta dan sebagai pemilik Hak Cipta. FMIPA UI. 2012 . mengalihmedia/formatkan. merawat.. Demikian pernyataan ini saya buat dengan sebenarnya.HALAMAN PERNYATAAN PERSETUJUAN PUBLIKASI TUGAS AKHIR UNTUK KEPENTINGAN AKADEMIS Sebagai sivitas akademik Universitas Indonesia.. saya yang bertanda tangan di bawah ini: Nama : Rezi Riadhi Syahdi NPM : 0906651063 Program Studi : Magister Ilmu Kefarmasian Departemen : Farmasi Fakultas : Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Jenis karya : Tesis demi pengembangan ilmu pengetahuan.

Rezi Riadhi Syahdi. Berbagai penelitian perancangan obat yang mentarget berbagai enzim virus HIV terus dilakukan terutama enzim vital untuk reproduksi virus seperti transkriptase balik. 2012 . 98 + xvii Halaman.. integrase dan protease HIV-1. Epidemi AIDS adalah salah satu penyakit yang paling destruktif di zaman modern.2011) viii Universitas Indonesia Penapisan virtual. AutoDock Vina dan GOLD untuk protease. HIV-1. Metode penapisan yang relatif lebih akurat adalah AutoDock untuk transkriptase balik. 13 gambar.. Kata kunci: Bahan alam Indonesia. Diperkirakan lebih dari 33 juta orang telah terinfeksi hingga tahun 2010. integrase. Pada penelitian ini dilakukan penapisan virtual basis data senyawa tanaman obat di Indonesia pada transkriptase balik. Penapisan virtual sebagai salah satu metode pendekatan in silico telah digunakan pada pencarian senyawa penuntun dari basis data senyawa library ataupun dari basis data bahan alam sebagai inhibitor HIV-1. FMIPA UI. 41 tabel.ABSTRAK Nama : Rezi Riadhi Syahdi Program Studi : Ilmu Kefarmasian Judul : Penapisan Virtual Basis Data Senyawa Tanaman Obat di Indonesia Sebagai Inhibitor Enzim-Enzim HIV-1 HIV-1 (Human immunodeficiency virus tipe 1) adalah anggota famili retrovirus yang dapat menyebabkan penyakit AIDS ketika menginfeksi manusia. serta AutoDock Vina untuk integrase. penapisan virtual. Penapisan dilakukan menggunakan piranti lunak GOLD. Berdasarkan hasil penapisan didapatkan 10 peringkat senyawa terbaik dari tiap metode untuk tiap enzim. dan protease. AutoDock dan AutoDock Vina. penambatan molekuler. 8 lampiran Bibliografi: 104 (1987 ..

Based on this research. There were more than 33 million people infected by HIV until 2010.ABSTRACT Name : Rezi Riadhi Syahdi Major : Pharmacy Title : Virtual Screening of Indonesian Herbal Database as HIV-1 Enzymes Inhibitors HIV-1 (Human immunodeficiency virus type 1) is a member of retrovirus family that could infect human and causing AIDS disease.2011) ix Universitas Indonesia Penapisan virtual.. Virtual screening method which relatively more accurate is AutoDock for reverse transcriptase. Rezi Riadhi Syahdi. FMIPA UI. virtual screening.... molecular docking. integrase and HIV-1 protease. Keywords: Indonesian natural product. virtual screening of Indonesian herbal database was done to reverse transcriptase. 2012 . 41 tables. Virtual screening as in silico approach has been used to find lead molecules from compound library or natural database as HIV-1 inhibitors. AutoDock Vina and GOLD for protease. 98 + xvii Pages. HIV-1. AIDS epidemic is one of the most destructive diseases in the modern era. In this research. and AutoDock Vina for integrase. top ten ranked compound was obtained for each methods and enzymes. 8 appendixes Bibliography: 104 (1987 . integrase and protease. and AutoDock Vina. Virtual screening was done using GOLD. 13 figures. AutoDock. Various researches have been done to design drug that targeting HIV enzymes primarily vital reproduction enzymes such as reverse transcriptase.

............................................... PENDAHULUAN ..........................3 Tujuan Penelitian .....................................................................................................................................................................................................3 Siklus Hidup HIV-1 ..... xv DAFTAR LAMPIRAN ..................................................... v LEMBAR PERSETUJUAN PUBLIKASI KARYA ILMIAH ............. viii ABSTRACT ........ 4 1............................................................... 5 2.............. vii ABSTRAK ...................... x DAFTAR GAMBAR ............................. 4 BAB 2.............................................. xiv DAFTAR TABEL ............................................. 6 2......................................................................................... 6 2........6 HIV-1 Integrase (IN)............... 9 2......... 5 2........................2 Virologi HIV ..................................... TINJAUAN PUSTAKA ...............DAFTAR ISI HALAMAN SAMPUL .................................... iv KATA PENGANTAR ...................................... Rezi Riadhi Syahdi............. ix DAFTAR ISI ................................................................................................. ii HALAMAN PERNYATAAN ORISINALITAS ..............................................................1 HIV-AIDS ...............................................................................................4 Manfaat Hasil Penelitian.............................................................................................................................. 1 1.......................................................4 HIV-1 Transkriptase Balik (RT) .......................................................................................................................5 Inhibitor HIV-1 RT ............. iii HALAMAN PENGESAHAN .......................1 Latar Belakang ................................................................................... xvii BAB 1................. FMIPA UI.................. 10 x Universitas Indonesia Penapisan virtual............................................ 4 1.................................. i HALAMAN JUDUL ......... 8 2.............................................................................................................2 Rumusan Masalah ....................................................................................................................... 2012 ...... 1 1..

.....................18 Basis Data....................................................................................................... 21 2..... 30 xi Universitas Indonesia Penapisan virtual............................................ 15 2..................................2 Piranti Lunak ............................................................................................................2.......2................ 2012 ........................... 26 2............................ 29 2......................................................17................... 18 2.......................................................................................................................... 27 2..............15 AutoDock Vina.........................3 Bahan ............................................20 VegaZZ..........1 Lokasi dan Waktu Penelitian ............................................................................. 30 3...17............................11 Bioinformatika................................................................................................9 Inhibitor HIV-1 PR ................................................23 PyMOL .14 AutoDock.......................1 Piranti Keras ................2.........................12 Penambatan Molekuler ...............................................2 Peralatan ............. 21 2....................1 Struktur Protein untuk Penapisan Virtual ....................................... 25 2...............19 Protein Data Bank . 16 2................. FMIPA UI.........24 Symyx Draw ............17 Penapisan Virtual ........ 30 3............................. 30 3............................................2 Penapisan Virtual Menggunakan GOLD .................................................................................................................... 29 BAB 3. 13 2..................... Rezi Riadhi Syahdi.... 20 2............7 Inhibitor HIV-1 IN ..........................21 OpenBabel ........................................... 25 2................................................... 25 2.............. 17 2...13 Fungsi Penilaian ................... 23 2...........................................3 Penapisan Virtual Menggunakan AutoDock .................................17...................................... 16 2.22 PyRx ...........................10 Penemuan Obat .............. 27 2........... 30 3....... METODE PENELITIAN 3................. 11 2.......................................16 GOLD .. 28 2...................................... 28 2..............................................8 HIV-1 Protease ..............................

...............4..................................5....................1 Penapisan Virtual Menggunakan GOLD.......................................1 Preparasi Struktur Protein Target ............... 30 3.......... 49 4........1 Penapisan Virtual pada Transkriptase Balik ................ Rezi Riadhi Syahdi...5...........3 Validasi Metode Penapisan Virtual................4...4......2 Optimasi Struktur Protein .........................1............................................ 36 4.................... 39 4......................................................1.4 Penapisan Virtual..6 Visualisasi Hasil Penapisan Virtual .............................. 34 3.4.....................1....1.....1 Pencarian dan Pengunduhan Struktur Protein ...............5 Analisis Hasil Penapisan Virtual ...........4................ FMIPA UI.............. 33 3........1.................................... 31 3........1 Penapisan Virtual Menggunakan GOLD ............. 37 4..... 49 4............................................................ 56 xii Universitas Indonesia Penapisan virtual...................... 35 BAB 4 HASIL DAN PEMBAHASAN ...................3 Memisahkan Ligan dan Mendefinisikan Situs Ikatan ......3 Memisahkan Ligan dan Mendefinisikan Situs Ikatan ............ 2012 ..........................4 Penapisan Virtual ....2 Penapisan Virtual Menggunakan AutoDock dan Vina......4.................5 Analisis Hasil Penapisan Virtual ...........1.................. 30 3..... 36 4.................1 Pencarian dan Pengunduhan Struktur Protein ...... 31 3.......4...........4................. 49 4...4........ 38 4.4.1 Preparasi Struktur Protein Target ............3 Validasi Metode Penapisan Virtual...................................... 38 4.2 Preparasi Basis Data Ligan ......... 31 3....... 32 3.........2 Optimasi Struktur Protein ...4............ 36 4........4........2 Penapisan Virtual Menggunakan AutoDock dan Vina ............. 50 4..... 33 3.... 50 4.........................................2 Preparasi Basis Data Ligan ................ 31 3.............4.4.. 33 3........4 Cara Kerja ...........4......................2 Penapisan Virtual pada Protease .............................3......

..............2 Saran ... 65 BAB 5...3 Penapisan Virtual pada Integrase ................... 69 xiii Universitas Indonesia Penapisan virtual.6 Visualisasi Hasil Penapisan ......................... KESIMPULAN DAN SARAN....5............................... FMIPA UI............................................................................................................................... 67 5.............................. 68 DAFTAR REFERENSI .................4..................... 59 4............... 2012 ..1 Kesimpulan ............................................................ Rezi Riadhi Syahdi........................................ 67 5...............

...................... Rezi Riadhi Syahdi.4 Stuktur Kristal HIV-1 Protease ................................................. 2012 .DAFTAR GAMBAR Gambar Halaman 2.....5 Nomenklatur Standar Situs Pengikatan HIV-1 PR....................................................... 80 4.........6 Visualisasi Penapisan Virtual Transkriptase Balik dengan AutoDock ..8 Visualisasi Penapisan Virtual Integrase dengan AutoDock Vina .....5 Struktur 2 Dimensi Senyawa Kontrol ........... 7 2................2 Struktur HIV-1 RT (1DLO) .... 75 4........................3 Domain Inti Integrase HIV-1 .......... 75 4........................ 76 4...... 13 2............................................................... 82 xiv Universitas Indonesia Penapisan virtual.................................................. 9 2........... 77 4.................................................. 11 2.............................. FMIPA UI...............1 Visualisasi Hasil Penambatan Nevirapine pada Transkriptase Balik..................... 76 4.....3 Visualisasi Hasil Penambatan Saquinavir pada Protease.......................2 Transkriptase Balik dan Nevirapine .............4 Protease dan Saquinavir .. 81 4....................7 Visualisasi Penapisan Virtual Protease dengan GOLD ....... 14 4................................1 Tahap Infeksi Virus HIV.............

.......... 46 4................................................................................ 47 4........................................................... 40 4.............................................9 Hasil Validasi Ketiga Metode pada Protease HIV-1 ........ 42 4..................................... 37 4.... 42 4..........16 Hasil Penapisan Virtual Menggunakan GOLD pada Tranksriptase Balik HIV-1 ..........6 Hasil Penambatan Senyawa Kontrol Menggunakan AutoDock pada Protease HIV-1 ...........................................................................................12 Hasil Penambatan Senyawa Kontrol Menggunakan GOLD pada integrase HIV-1 ..........8 Hasil Penambatan Senyawa Kontrol Menggunakan GOLD pada Protease HIV-1 ............................................... 44 4................................11 Hasil Penambatan Senyawa Kontrol Menggunakan AutoDock Vina pada integrase HIV-1 ................ 54 xv Universitas Indonesia Penapisan virtual......................... 50 4....................................................................................14 Hasil Penapisan Virtual Menggunakan AutoDock Vina pada Tranksriptase Balik HIV-1 .................................................................................................... 39 4........15 Hasil Penapisan Virtual Menggunakan AutoDock pada Tranksriptase Balik HIV-1 .....................10 Hasil Penambatan Senyawa Kontrol Menggunakan AutoDock pada integrase HIV-1 .......13 Hasil Validasi Ketiga Metode pada Integrase HIV-1 ........................................................................ 38 4............... 52 4..........1 Senyawa Kontrol yang Digunakan untuk Validasi .... 43 4....................................................... 45 4.................17 Hasil Penapisan Virtual Menggunakan AutoDock Vina pada Protease HIV-1 ............. FMIPA UI............5 Hasil Validasi Ketiga Metode pada Transkriptase Balik HIV-1........................................................................................................ 2012 ..............................................4 Hasil Penambatan Senyawa Kontrol Menggunakan GOLD pada Transkriptase Balik HIV-1 ........7 Hasil Penambatan Senyawa Kontrol Menggunakan AutoDock Vina pada Protease HIV-1 .............. 49 4....................3 Hasil Penambatan Senyawa Kontrol Menggunakan AutoDock Vina pada Transkriptase Balik HIV-1 . 41 4.DAFTAR TABEL Tabel Halaman 4........................ 39 4.......................................................... Rezi Riadhi Syahdi..2 Hasil Penambatan Senyawa Kontrol Menggunakan AutoDock pada Transkriptase Balik HIV-1 .....

...................................35 Validasi Penambatan pada IN Menggunakan AutoDock .................. Rezi Riadhi Syahdi... 87 4.................30 Validasi Penambatan pada PR Menggunakan AutoDock Vina ..... 87 4......................................29 Validasi Penambatan pada PR Menggunakan AutoDock .............................................24 Validasi Penambatan pada RT Menggunakan AutoDock Vina ....39 Penapisan Virtual pada IN Menggunakan AutoDock Vina ............40 Penapisan Virtual pada IN Menggunakan GOLD ..... 85 4.............27 Penapisan Virtual pada RT Menggunakan AutoDock Vina .......................41 RMSD (dalam Angstrom) dari Posisi Hasil Penambatan Menggunakan PyMOL .........................................................26 Penapisan Virtual pada RT Menggunakan AutoDock............................................... 61 4.............19 Hasil Penapisan Virtual Menggunakan GOLD pada Protease HIV-1 ...................................31 Validasi Penambatan pada PR Menggunakan GOLD ............. 85 4.......................... 86 4.........................18 Hasil Penapisan Virtual Menggunakan AutoDock pada Protease HIV-1 .............22 Hasil Penapisan Virtual Menggunakan GOLD pada integrase HIV-1 ........................25 Validasi Penambatan pada RT Menggunakan GOLD ...33 Penapisan Virtual pada PR Menggunakan AutoDock Vina . 89 4...................... 63 4..................37 Validasi Penambatan pada IN Menggunakan GOLD ...........................28 Penapisan Virtual pada RT Menggunakan GOLD .....36 Validasi Penambatan pada IN Menggunakan AutoDock Vina ......... 90 4....34 Penapisan Virtual pada PR Menggunakan GOLD..... 2012 ............ 84 4.... 90 4............... 91 4..38 Penapisan Virtual pada IN Menggunakan AutoDock................................................ 89 4.............. 56 4......................................... FMIPA UI................... 86 4.............4............................ 60 4.............................23 Validasi Penambatan pada RT Menggunakan AutoDock .... 88 4.................. 91 4...... 64 xvi Universitas Indonesia Penapisan virtual..... 84 4..................20 Hasil Penapisan Virtual Menggunakan AutoDock Vina pada integrase HIV-1 ....21 Hasil Penapisan Virtual Menggunakan AutoDock pada integrase HIV-1 ....................32 Penapisan Virtual pada PR Menggunakan AutoDock.................... 88 4. 83 4........................... 83 4.... 58 4........

...................................................... 96 xvii Universitas Indonesia Penapisan virtual..................DAFTAR LAMPIRAN Lampiran Halaman 1 Skema Kerja ................... Tampilan Situs Protein Data Bank ................ Tampilan Piranti Lunak PyRX .................................. Tampilan Piranti Lunak GOLD .... 94 6... 95 8..... 93 3...... 2012 ...................................................................................................... 94 5................................... 95 7................................. FMIPA UI................................................................................... 92 2.......................... Tampilan Piranti Lunak PyMOL ....................................... Rezi Riadhi Syahdi......... Tampilan Piranti Lunak VegaZZ .......... 93 4 Tampilan Piranti Lunak Symyx Draw .......... Tampilan Piranti Lunak UCSF Chimera ...

2012 . Virus HIV memiliki siklus produksi yang cepat dan intensitas resistensi karena mutasi yang tinggi.483 kasus (Ditjen Penanggulangan Penyakit dan Kesehatan Lingkungan.158 kasus baru terinfeksi HIV/AIDS. 1997. Mutasi ini dapat menyebabkan kemungkinan virion baru menjadi resisten terhadap metode pengobatan. produktivitas bahkan stabilitas ekonomi (Joint United Nations Programme on HIV/AIDS. Epidemi AIDS adalah salah satu penyakit yang paling destruktif di zaman modern. 2000).. Rezi Riadhi Syahdi. replikasi virus mencapai 1 x 1010 virion baru dengan kemungkinan lebih dari 5-10 mutasi setiap siklus replikasi (Basavapathruni & Anderson. Setiap hari. 2007). Berbagai penelitian terus dilakukan sebagai upaya perancangan obat yang mentarget berbagai enzim virus HIV terutama enzim yang sangat vital untuk reproduksi virus HIV seperti transkriptase balik.6 juta jiwa terinfeksi HIV serta 1. FMIPA UI.BAB 1 PENDAHULUAN 1. integrase.1 Latar Belakang HIV (Human immunodeficiency virus) adalah anggota famili retrovirus yang dapat menyebabkan penyakit AIDS ketika menginfeksi manusia..8 juta meninggal karena HIV/AIDS.. Karena virulensinya dan kemampuannya melemahkan antibodi. Beale & Robinson. AIDS merupakan suatu epidemik yang membuat kondisi sistem imun yang melemah. 2011). Data akumulasi penderita HIV/AIDS di Indonesia 10 tahun terakhir adalah 26. 2006). diestimasi 2. pada tahun 2010 terdapat 4. Oleh karena itu. dibutuhkan kombinasi obat yang mentarget enzim-enzim virus yang berbeda untuk memperkecil kemungkinan hidup mutasi virus yang resisten ini. ekspektasi hidup. Diperkirakan lebih dari 33 juta orang telah terinfeksi hingga tahun 2010. sehingga mengarahkan kepada infeksi oportunistik yang membahayakan kehidupan (Ashford. dan protease (Hong. Apabila fungsi enzim- 1 Universitas Indonesia Penapisan virtual. Di Indonesia. 2010). Pada tahun 2009. penyakit ini berdampak terhadap kehidupan bermasyarakat.. et al.

Beberapa obat terkini protease inhibitor. Sehingga jumlah senyawa untuk diuji aktivitas biologisnya juga akan berkurang. Tujuan utama penapisan virtual adalah mengurangi secara signifikan jumlah senyawasenyawa kimia yang perlu disintesis. 1998).. 2006).2 enzim tersebut terhambat maka replikasi virus HIV. dikembangkan melalui metode perancangan obat berbantu komputer (Ghosh. flavonoid. terpenoid sebagai inhibitor poten HIV-1. Cotelle. Pada penelitian ini. 2010. 2012 . Rezi Riadhi Syahdi. tannin. & Mitsuya. 2007). dilakukan pencarian secara in silico senyawa-senyawa dari tanaman Indonesia yang dapat berpotensi menjadi inhibitor viral HIV menggunakan metode virtual screening (penapisan virtual). Penelitian terkini lainnya adalah penapisan virtual pada HIV-1 Universitas Indonesia Penapisan virtual. Dawson. 2005). Metode ini dipakai karena dapat menghemat biaya dan waktu yang dibutuhkan. Beberapa senyawa dari bahan alam memiliki potensi untuk menjadi senyawa-senyawa penuntun baru yang menghambat kerja enzim-enzim viral HIV (Braz.. metode ini berguna untuk memberikan pengetahuan awal tentang jenis ikatan senyawa obat sebagai ligan dengan makromolekul tertentu (Klebe. FMIPA UI. Ehrman dan kawan kawan (2007) melakukan penelitian menggunakan penapisan virtual dari basis data tumbuhan China yang menyimpulkan beberapa senyawa alkaloid. seperti darunavir. Pendekatan in silico telah menunjukkan manfaatnya dalam sintesis senyawa-senyawa obat antiretroviral yang berperan sebagai inhibitor enzim virus HIV terutama HIV-1 protease (Wlodawer & Vondrasek. Penapisan virtual merupakan metode komplementer di bidang kimia medisinal untuk menemukan suatu senyawa penuntun baru. tenaga dan biaya.. pematangan virus serta infeksi sel imun lain oleh virus tersebut dapat berkurang secara signifikan. Penapisan virtual sebagai salah satu metode pendekatan in silico telah digunakan pada pencarian senyawa penuntun sebagai inhibitor anti HIV-1 dari basis data compound library ataupun dari basis data bahan alam. Metode lain seperti pencarian langsung ataupun menguji tiap senyawa secara in vitro dan in vivo akan banyak menghabiskan waktu. Selain itu.

Hasil yang didapat berupa energi interaksi dari kalkulasi fungsi penilaian kedua piranti lunak serta visualisasi pengikatan dan kontak antara ligan dengan masingmasing enzim. Pada penelitian ini.3 integrase. Hal ini bertujuan untuk membandingkan hasil yang diperoleh serta menganalisis perbedaan yang didapatkan dari ketiga pendekatan tersebut. 2008). Selain itu.. Mun'im. basis data kandungan senyawa kimia tanaman obat Indonesia telah tersedia (Yanuar. virus HIV melakukan replikasi yang membutuhkan tiga enzim. FMIPA UI. yang menghasilkan data 9 ligan turunan tioglikosida yang memiliki aktivitas inhibisi (Ke-Zhu. dilakukan penapisan virtual terhadap senyawa dari bahan alam sebagai penghambat kerja ketiga enzim kunci tersebut. yaitu: transkriptase balik (RT). 2012 . Universitas Indonesia Penapisan virtual. 2011). dan AutoDock Vina. Hal ini didukung oleh adanya publikasi struktur kristal dari enzim-enzim tersebut sebagai target yang menjadi syarat penting penapisan virtual (Lyons. & Chen. AutoDock. Fisher. Syahdi. Ketika menginfeksi. Lagho. Rahmat. Penapisan virtual dilakukan menggunakan tiga piranti lunak penambatan yang berbeda yakni GOLD.. 2005). Penelitian ini diharapkan memberikan pengetahuan tentang senyawasenyawa yang berpotensi sebagai senyawa penuntun inhibitor tiap enzim melalui ketiga pendekatan dan mendapatkan protokol pendekatan yang lebih sesuai untuk masing-masing enzim tersebut serta merekomendasikan nama tanaman obat yang memiliki kandungan kombinasi senyawa inhibitor enzim viral yang berbeda. & Ma. 2011). & Suhartanto. Rezi Riadhi Syahdi. Hal tersebut bertujuan untuk mengeksplorasi secara terintegrasi probabilitas bioaktivitas komponen bahan alam sebagai senyawa pemandu melalui pendekatan terkomputasi.. Varma. Ai-Xiu. integrase (IN) dan protease (PR) (Evering & Markowitz.

2 Rumusan Masalah Dari hasil penelusuran pustaka. protease dan integrase.4 1. memberikan pengetahuan tentang metode penapisan virtual yang dinilai lebih baik untuk tiap enzim.. penelitian ini dapat meningkatkan pengetahuan dan keterampilan.4 Manfaat Hasil Penelitian Manfaat yang diharapkan dari penelitian ini adalah direkomendasikannya senyawa dari tanaman Indonesia yang berpotensi sebagai inhibitor pada tiap enzim HIV-1. Rezi Riadhi Syahdi. AutoDock Vina)? b) Apa saja senyawa dari basis data bahan alam yang dimiliki yang dinilai termasuk dalam peringkat 10 besar potensi senyawa sebagai inhibitor tiap enzim menggunakan penapisan virtual? 1. AutoDock. Berikut adalah permasalahan penelitian ini secara rinci: a) Bagaimana metode penapisan virtual yang relatif lebih cocok untuk tiap enzim dari tiga opsi metode (GOLD. belum ada penelitian mengenai penapisan virtual basis data senyawa obat tanaman di Indonesia sebagai inhibitor enzim HIV-1 khususnya enzim transkriptase balik. Universitas Indonesia Penapisan virtual. Selain itu. 1. 2012 . Bagi peneliti sendiri. sehingga penelitian lebih lanjut menggunakan enzim ini bisa menjadi lebih mudah.. FMIPA UI. Informasi mengenai penapisan virtual dibutuhkan untuk mengetahui potensi senyawa untuk menjadi obat / inhibitor..3 Tujuan Penelitian Penelitian ini bertujuan untuk memberikan 10 senyawa dengan peringkat tertinggi hasil penapisan virtual pada tiap-tiap enzim virus HIV-1 menggunakan tiga pendekatan berbeda serta merekomendasikan pendekatan yang dianggap lebih unggul untuk penapisan virtual berikutnya menggunakan enzim-enzim ini.

anggota dari famili retrovirus. lebih dari dua lusin metode pengobatan AIDS telah diperkenalkan pada 25 tahun terakhir dan proses perkembangannya merupakan suatu contoh hasil yang didapatkan dari desain obat yang rasional (Wlodawer & Vondrasek. 1988). Enzim-enzim retrovirus . Penemuan dan pengembangan inhibitornya merupakan suatu kesuksesan dari bidang biologi dan farmakologi struktural modern.BAB 2 TINJAUAN PUSTAKA 2. Oleh karena itu. FMIPA UI. 2012 . & Chabner.. juga telah diidentifikasi sebagai target potensial. dikembangkan dengan mengetahui struktur enzim terkait. Namun.. 1998).. Sejak itu. Obat pertama yang berhasil diidentifikasi adalah inhibitor RT analog nukleosida yang ditemukan jauh sebelum struktur RT tersebut diketahui (Devita. et al. Fauci.disimpulkan bahwa PR penting untuk penataan virion dan proses pematangannya.1 HIV-AIDS AIDS (acquired immunodeficiency syndrome) adalah penyakit yang disebabkan oleh virus HIV (human immunodeficiency virus) tipe I. Karakter penghambatan disebabkan tidak adanya gugus 2’-3’ hidroksil ataupun penggantian dengan gugus fungsi yang lain. Analog nukleosida tersebut berikatan dengan sisi aktif dan menginhibisi RT HIV-1 dan HIV-2. Perkembangan yang cepat dalam pemahaman tentang struktur dan siklus hidup virus mengarahkan pada perkembangan obat-obat yang mengarah pada berbagai protein virus.Inaktivasi HIV-1 PR dengan mutasi ataupun inhibisi kimia mengarahkan pada produksi partikel virus yang tidak matang dan noninfektif (Kohl. Hingga sekarang. Kovacs. disimpulkan bahwa pentingnya makromolekul baru sebagai target inhibisi senyawa-senyawa obat untuk meningkatkan efektivitas pengobatan HIV-AIDS.. integrase (IN). Broder. dan protease (PR) – menjadi target nyata dalam pengembangan penemuan obat HIV. 1987). 5 Universitas Indonesia Penapisan virtual. Rezi Riadhi Syahdi.transkriptase balik (RT). obat-obat baru yang mentarget RT yakni inhibitor nonnukleosida. Protease retroviral.

retrovirus adalah suatu grup besar dari virus RNA terselubung yang menggunakan transkripsi balik RNA genomiknya untuk menghasilkan DNA untai ganda (double stranded . (3) transkripsi balik. Terdapat dua bentuk HIV: HIV-1 dan HIV-2. integrase dan beberapa faktor seluler lainnya. FMIPA UI. HIV-1 juga sangat bervariasi yang disebabkan oleh tingginya laju mutasi. HIV-1 merupakan bentuk virus yang paling virulen dan prevalensinya lebih banyak. dan (10) pendewasaan (Braz. Pada genom tersebut terdapat pengkode protein-protein struktural. (2) pelepasan selubung/uncoating. Rezi Riadhi Syahdi. 1993).. Nukelokapsid mengandung molekul genomik RNA. Universitas Indonesia Penapisan virtual.ds). (8) penataan/assembly.2 Virologi HIV HIV adalah anggota dari genus Lentivirus dan merupakan bagian dari famili Retroviridae (Heapy. HIV-1 memiliki genom yang tersusun atas dua molekul RNA untai tunggal 9. (6) transport RNA. 2010). 2. protease. (7) translasi. DNA untai ganda ini lalu diintegrasikan ke dalam genom seluler inang.6 2. rekombinasi genetik. (9) pembenihan/budding. 2012 . pol dan env secara berurutan (Levy & Coffin. replikasi dan selubung yang digunakan selama proses infeksi. Virion HIV dewasa memiliki morfologis berbentuk sferik dengan diameter 100-120 nm serta tersusun atas nukleokapsid seperti kerucut yang dilapisi oleh membran lipid bilayer..2 kb yang identik.. 1999). transkriptase balik. 1992).3 Siklus Hidup HIV-1 Siklus hidup virus HIV menggambarkan bagaimana partikel virus tunggal memasuki sel T CD4+ serta menggunakan instrumen pada inang untuk memproduksi partikel viral baru. Ketiganya berada pada domain yang dinamakan gag. Secara umum. (5) pemotongan/splicing. Hal tersebut menyebabkan deplesi bertahap dari sel-sel T helper. dan produksi viral yang cepat (Ratner. (4) transport ke dalam inti sel serta integrasinya. Infeksi virus dapat dibagi menjadi 10 tahap: (1) absorpsi.

Vif dan tRNALys3) ke dalam sitoplasma inang. Vpr. Ketika ds DNA dibuat menggunakan cetakan (template) RNA. Enzim RT dinilai sebagai salah satu pemeran utama dari diversitas virus HIV. Rezi Riadhi Syahdi. domain RNase H secara simultan menghancurkan cetakan RNA tersebut. Hal ini mencegah mekanisme koreksi (proofreading) selama proses transkripsi serta memfasilitasi diversitas virus karena tingginya kemungkinan kesalahan transkripsi. Tahap Infeksi Virus HIV. FMIPA UI.. PR. dimulailah proses transkripsi balik oleh enzim reverse transcriptase. Universitas Indonesia Penapisan virtual.000 nukleotida. SU. Setelah partikel masuk ke sel inang. IN. Ketidakmampuan koreksi tersebut menyebabkan rata-rata 1 kesalahan per 4. TM. 2010). Kemudian dengan bantuan gp41 TM (transmembran). illustrasi: Dominic Doyle (Braz.7 Gambar 2.. DNA viral untai ganda diproduksi dari primer tRNALys3 dan RNA genomik untai tunggal.. Proses awal absorpsi terjadi ketika virus berikatan dengan membran sel target menggunakan protein SU (surface). 2012 .1. virus dan inang berfusi yang akan mengakibatkan pelepasan partikel inti virus (mengandung RT.

IN lalu akan memotong DNA inang dan mengintegrasikan DNA untai ganda virus yang baru dibuat (Vink & Plasterk. Bentuk RT yang aktif biologis adalah heterodimer yakni antara subunit p51 dan p66. Hasil penyejajaran struktur unit p66 dan p51 dapat dilihat pada lampiran 30. Subunit p51 tidak memiliki domain ribonuklease H (RNase H) sedangkan subunit p66 memiliki domain tersebut sekaligus domain polimerase. Perbedaan 120 residu asam amino pada p66 berperan sebagai aktivitas RNase H (2). Setelah proses transkripsi balik. Apabila dianggap satu RT berperan dalam satu kejadian transkripsi balik maka hampir pasti terjadi 1 mutasi titik per harinya. . 1995). 1993). Rezi Riadhi Syahdi. Hal ini menyebabkan banyak varian dalam satu jenis HIV-1 dan dipostulasikan dalam satu individu terinfeksi adanya varian-varian yang berbeda (Braz. Subunit p66 memiliki 560 residu asam amino sementara p51 terdiri atas 440 residu asam amino. Subdomain RNase H terlihat pada gambar memiliki warna magenta Subunit p66 Universitas Indonesia Penapisan virtual.8 Diperkirakan konsentrasi RT sekitar 106 dalam satu virion dan juga sekitar 106 kejadian transkripsi balik perhari. (2) DNA polimerase dependen DNA dan (3) aktivitas RNase H (Patel.4 HIV-1 Transkriptase Balik (RT) Transkriptase balik memiliki tiga fungsi enzim yang berbeda: (1) aktivitas DNA polimerase dependen RNA. Setelah terintegrasi. 2. yakni pelepasan setelah pembenihan dari membran sel. Pematangan virus... tiap subunit tersebut dapat membentuk homodimer.. 2010). mekanisme inang digunakan untuk produksi partikel virus selanjutnya melalui transkripsi seluler normal serta translasi genom terkait. Proses tersebut penting untuk infeksi virus yang efisien (Braz. terbentuk kompleks preintegrasi yang memungkinkan transport ke nukleus.2. Subunit-subunit tersebut merupakan produk dari gen yang sama dan memiliki sekuens residu asam amino N-terminal yang sama. et al. 2010). FMIPA UI. akan terjadi setelah poliprotein gag dipotong oleh PR viral. Selain itu. 2012 . Gambar struktur kristal trankriptase balik dapat dilihat pada gambar 2..

.2. Sekarang. secara umum inhibitor yang mentarget RT dapat diklasifikasikan menjadi dua kelas yaitu nukleosida RT inhibitor (NRTI) dan nonnukleosida RT inhibitor (NNRTI). Stollar.. Keempat subdomain tersebut adalah: finger/jemari (residu 1-85. Karena sifatnya yang penting dalam siklus hidup HIV. et al. 2006) 2. Gambar 2.9 berperan dalam aktivitas RT dan mengandung sisi aktif pengikatan DNA serta memiliki konformasi terbuka untuk memungkinkan menggenggam cetakan. 118-155). Walaupun telah diketahui banyak tentang RT namun masih sedikit yang diketahui tentang subunitnya. 156-237). Residu penghubung kedua subunit yang disebut sebagai subdomain connector adalah residu 319-426 (Wang. . Lee. 2012 . Struktur HIV-RT (1DLO). palm/telapak (residu 86-117. 1994).5 Inhibitor HIV-1 RT Selama lebih dari satu dekade telah dilakukan pengembangan terhadap agen antiviral yang mentarget HIV-RT.. dan thumb/ibu jari (residu 238-318). Subunit p66 memiliki subdomain RNase H (magenta) (Braz. & Li. RT menjadi target utama strategi pada kemoterapi HIV (Tsai. Rezi Riadhi Syahdi. NRTI merupakan Universitas Indonesia Penapisan virtual. Subunit p51 dan p66 memiliki 4 subdomain polimerase yang sama: fingers (biru). Tiap subunit memiliki empat subdomain yang sama dengan orientasi berbeda satu dengan yang lainnya. thumb (hijau) dan connection (jingga).. 2010). FMIPA UI. palm (merah).

IN merupakan suatu enzim 32 kDa yang terdiri atas 288 residu asam amino. diketahui kantung pengkompleksan berada pada subdomain palm (Ren. H235. F227.10 analog dideoksinukleosida trifosfat (ddNTP) yang mencegah pemanjangan lebih lanjut (elongasi) rantai DNA. Domain C terminal berperan dalam pengikatan DNA independen logam dan sekuens (Semenova. Domain N-terminal meningkatkan multimerisasi IN melalui suatu pengkoordinasian oleh atom Zn (motif HHCC) dan mempromosikan integrasi bersamaan dua cDNA viral ke kromosom sel inang. NNRTI adalah kelas berbagai senyawa kecil berbeda yang mengikat pada kantung hidrofobik dengan jarak sekitar 10 Å dari sisi aktif polimerase RT.6 HIV-1 Integrase (IN) HIV-1 IN adalah enzim yang berperan penting dalam menginsersi/mengintegrasikan ds DNA virus ke DNA inang. FMIPA UI. Stuart. V106. Menggunakan suatu model kompleks RT-EFV. inti/core (katalitik). dan Y318 diamati menggunakan piranti lunak LPC. K103. L234. Short. 2012 . Protein IN memiliki tiga domain: N-terminal. subunit p51 dan p66 memiliki kantung ikatan yang sama karena keduanya memiliki sekuens asam amino identik dan pola pelipatan subdomain polimerase yang mirip (Braz. 2000). G190. W229. 2006). tersedia empat jenis NNRTI: nevirapine.. Efavirenz mengikat 14 residu pada kantung ikatan subunit p66 heterodimer: L100. 2. Universitas Indonesia Penapisan virtual. & Pommier. Weaver. NNRTI sangat efektif dan relatif nontoksik. Milton. V179. Diduga. NNRTI adalah inhibitor nonkompetitif selektif yang mengikat pada kantung dekat sisi aktif RT dan mekanisme aksinya masih belum terlalu dipahami (Braz. Y188. & Stammers. NNRTI diketahui dapat menginhibisi aktivitas DNA polimerase. Y181. Secara luas untuk penggunaan klinik. Rezi Riadhi Syahdi. delavirdine. Marchand. meningkatkan aktivitas RNase Hdependen polimerase (pengarah 3’-DNA) dan menginhibisi parsial aktivitas RNase H independen polimerase (pengarah 5’-RNA). 2010).. dan C-terminal. P236. efavirenz. 2010).. dan etravirine. K101.

Rezi Riadhi Syahdi. Diketahui dari hasil penelitian in vitro bahwa penggunaan inhibitor IN akan Universitas Indonesia Penapisan virtual... dan Glu 152 (motif D. Asp 116. et al.11 Setiap molekul IN memiliki situs katalitik dalam domain inti triad residu asam amino karboksilat: Asp64. 2012 . Inhibisi integrasi membutuhkan intervensi dari inhibitor yang bisa beperan sebagai: (1) oligonukleotida yang dapat berinteraksi dengan IN pada sisi aktif DNA viral atau inang. Hickman. ion logam divalen. 1994). sehingga pentargetan IN diharapkan adalah pentargetan yang selektif seperti pada inhibitor RT. 2001) 2.3. DNA viral dan DNA inang. Domain inti integrase HIV (Molteni. Terdapat satu loop fleksibel (residu 140-149) yang menghadap sisi katalitik dan mungkin berimplikasi pada reaksi katalitik (Engelman. FMIPA UI. Mg2+ atau Mn2+) dengan D64 dan D116 yang membentuk jembatan ikatan dengan substrat DNA.. Residu ini berkoordinasi dengan satu atau dua kation divalen (Cd2+. (2) peptida yang berinterasi dengan viral DNA atau inang ataupun (3) senyawa ber-BM relatif kecil yang berikatan dengan ion divalen sisi aktif IN. Gambar 2. & Craigie.D-35-E).. Manusia tidak memiliki enzim seperti IN.7 Inhibitor HI-1 IN Integrasi adalah proses yang melibatkan banyak bagian berbeda (setidaknya empat) yakni enzim. Pengembangan inhibitor IN yang berprinsip mentarget komponen yang berbeda dari sasaran terapi kombinasi antiretroviral akan memberikan alternatif perawatan yang dapat dipilih untuk kasus resistensi inhibitor RT dan PR.

Colla. turunan 8-hidroksikuinolin. 2000). Inhibitor IN nonpeptidik dapat dibagi menjadi empat kelas berbeda: turunan benzoilpiruvat. suatu inhibitor IN dari senyawa alam menunjukkan efek yang sangat sinergis terhadap pemberian zidovudine. Terdapat banyak senyawa turunan polifenol diidentifikasikan sebagai inhibitor IN. termasuk dalam anggota DKA. asam 3. dipatenkan pada 1999. Turunan 8-hidroksikuinolin adalah ligan ion divalen yang telah dikenal secara luas dan secara cepat dijadikan sebagai farmakofor utama. senyawa ini akan terdeprotonasi menjadi dianion dan dapat berinteraksi dengan ion divalen (Hajuda. Terdapat paten yang berhasil memasukkan asam 8-hidroksikuinolin-7-karboksilat ke dalam struktur IN Inhibitor dengan IC50 in vitro pada rentang 0. Raltegravir merupakan suatu analog 1-N-alkil-5-hidroksipirimidon yang memiliki struktur dengan karakteristik pengkhelat logam dan dipostulasikan berinteraksi Universitas Indonesia Penapisan virtual. & Pani. et al. Inhibitor integrase pertama yang selektif menginhibisi transfer utas DNA. Senyawa ini adalah senyawa pertama dari kelas farmakologis antiretroviral golongan integrase inhibitor yang disetujui oleh FDA (Klein. 2006). FMIPA UI. 2003)..5-dikafeoilkuinat dan asam litospermat (Cotelle. Tramontano. Dengan adanya Mg2+. Pada tahun 2007.. Rezi Riadhi Syahdi. 2012 . dipatenkan ester metil 8-hidroksikuinolin-7-karboksilat tersubsitusi pada posisi 3 oleh gugus benzil dengan IC50 mencapai 200 nM.. Diketahui N heterosiklik tidak terlalu berpengaruh terhadap aktivitas inhibisi IN. Contohnya adalah hasil penelitian yang menunjukkan bahwa L-asam kikorat. Costi.12 memberikan efek sinergis saat diberikan bersama dengan inhibitor RT dan PR (Santo. 2000). Artico. turunan polifenol dan kelas lain-lain untuk molekul yang belum terklasifikasikan. FDA menyetujui peluncuran dari raltegravir (Isentress®) sebagai pengobatan HIV untuk dikombinasikan dengan agen terapi infeksi HIV-1 lainnya.3-4 μM. serta pada pemberian dideoksisitidin dan nelfinavir yang memberikan harapan bahwa integrase inhibitor dapat menjadi metode baru obat antiretroviral (Beale & Robinson.. Diantaranya adalah polifenol alam seperti asam kikorat. Penamaan yang tepat untuk molekul tersebut adalah asam 4-aril-3-okso-2-hidroksibutenoat. 2007). Lebih lanjut lagi.

berarti nilai kesuksesan mencapai 32%. et al. Dari 60 senyawa yang menjadi daftar hasil pencarian.. 2. 2002).13 dengan logam bivalen dalam sisi aktif integrase HIV-1. 2007). yakni senyawa yang memiliki probabilitas senyawa aktif namun tidak teramati sebagai farmakofor (Hong. Total 267 senyawa dihasilkan dari penapisan virtual sebagai senyawa poten dan 60 diantaranya dipilih berdasarkan ketersediaan fisik dilakukan uji. 2012 . Pommier. Marchand.000 struktur dari NCI drug information system. penelitian ini memberikan ide bahwa kemungkinan adanya senyawa yang negatif palsu. FMIPA UI. 2008). Basis data yang digunakan berisi 207.. protease menunjukkan fungsi yang penting dalam penataan dan pematangan virus. Rezi Riadhi Syahdi. 19 diantaranya senyawa aktif (konsentrasi inhibisi 50% atau IC50< 200 μM). Struktur kristal HIV-PR pertama kali didapatkan menunjukkan bahwa HIV protease terdiri atas dua rantai protein yang identik.. Integrase inhibitor (raltegravir) digunakan dalam regimen kombinasi dengan antiretroviral lainnya untuk pasien yang menunjukkan tanda-tanda multiresisten obat antiretroviral (Evering & Markowitz. Selain itu. masing-masing rantai tersusun atas 99 residu asam amino (Wlodawer. hal ini disebabkan enzim tersebut merupakan enzim yang esensial untuk mengintegrasikan DNA viral ke kromosom sel yang terinfeksi. Penelitian ini membuktikan bahwa proses penapisan virtual secara statistik signifikan membantu. Hipotesis awal penelitian ini didasarkan atas integrase yang dinilai dapat dijadikan target terapi HIV-AIDS..8 HIV-1 Protease (PR) HIV-1 protease adalah enzim yang berperan dalam pemotongan polipeptida hasil translasi genomik viral untuk menghasilkan protein-protein fungsional virion baru. estimasi kelarutan dan kemiripan sifat obat (druglikeness). Universitas Indonesia Penapisan virtual. & Nicklaus. Percobaan penapisan virtual pada integrase inhibitor HIV-1 telah dilakukan pada lab NCI (Liao. Karki. Acuan farmakofor didapatkan dari dua inhibitor yang diketahui yakni CAPE dan NSC 115290. 1997). Sehingga.

Gambar 2. Asp-30 dan 30’.P1-Pn. Nomenklatur Standar Situs Pengikatan HIV-1 Protease. Subsitus pengikatan dinamakan sebagai S1-S3. Substrat berikatan dalam konformasi ekstensi dimana interaksi dengan residu berbeda yang menentukan spesifitas enzim dan diklasifikasikan menjadi subsitus 1 (S1 dan S1’). Rezi Riadhi Syahdi. Selain itu. 3 (S3 dan S3’) (gambar 5).Struktur kristal HIV-1 Protease Enzim ini merupakan anggota kelas aspartil protease dan hanya memiliki satu sisi aktif saat berbentuk homodimer. FMIPA UI. Subsitus 1 sangat hidrofobik. Setiap monomer memili region β-sheet ekstensi (loop/pilinan yang kaya dengan glisin pada residu 43-49 dan 52-58) yang disebut dengan flap dan memainkan peran penting sebagai sisi pengikatan substrat.14 Gambar 2. 2012 . 2 (S2 dan S2’).. S1’-S3’(Brik & Wong..4.. 2003) Universitas Indonesia Penapisan virtual. sementara subsitus 2 hidrofobik kecuali Asp-29 dan 29’. P1’Pn’ adalah untuk menggambarkan residu asam amino substrat peptida. setiap monomer memiliki satu residu asam amino Asp-25 dan Asp-25’ yang berada di bawah bagian pengikatan substrat. Subsitus S3 berbatasan dengan S1 dan juga bersifat hidrofobik (Brik & Wong.5. 2003).

Rezi Riadhi Syahdi. Pada saquinavir. FMIPA UI. inhibitor protease nonpeptidik pertama. et al. dilanjutkan pencarian molekul inhibitor dengan karakteristik lebih baik..15 2.55 Å (Mahalingam. Gambar struktur inhibitor protease dapat dilihat pada lampiran 6. gugus rentan amida polipeptida disubstitusi dengan gugus hidroksietilamin. Sementara ini. obat PI yang paling baru adalah darunavir dan beberapa protease inhibitor generasi kedua lainnya yang didesain spesifik untuk selektif terhadap enzim protease HIV dari berbagai strain (Ghosh. Universitas Indonesia Penapisan virtual. Tersedianya struktur kristal PR menjadi salah satu sebab perkembangan yang cepat dalam penemuan inhibitor. Ritonavir. Karena sifat farmakokinetiknya kurang memuaskan dan konsentrasi plasma cenderung rendah. Dawson.. 1999). Setelah publikasi struktur pertama HIV-1 PR yang berkompleks dengan inhibitor peptidomimetik. 2012 . dirancanglah berbagai senyawa obat yang bersifat sebagai peptidometik dengan mengganti gugus yang rentan hidrolisis pada P1-P1’ dengan gugus yang tidak rentan penyerangan (nonscissile). Nelfinavir memiliki gugus 2metil-3-hidroksibenzamid. kristal HIV-1 dan HIV-2 yang berkompleks dengan inhibitor semakin banyak dan beberapa mencapai resolusi sebesar 1.9 Inhibitor HIV-PR Inaktivasi protease dengan mutasi ataupun inhibitor kimia menghasilkan produksi dari partikel viral yang tidak matang dan noninfektif. mulai beredar pada 1996 yang didesain untuk berikatan pada situs ikatan simetris C2. Kemudian berkembang nelfinavir. Gugus fenil diganti dengan piridiluntuk meningkatkan kelarutan dalam air. inhibitor peptidometik berikutnya. 2007). 2002). Ketersediaan struktur kristal HIV-1 PR adalah salah satu penyebab utama perkembangan obat yang sangat cepat (Wlodawer.. sementara terminal karboksilnya mengandung gugus dehidroisokuinolin seperti saquinavir. Senyawa inhibitor pertama adalah saquinavir yang dirancang tanpa mengetahui struktur kristal namun dengan analisis menggunakan renin. & Mitsuya.. Dengan diketahui fungsi dan klasifikasinya sebagai penghidrolisis peptida.

Terutama obat-obat yang mempengaruhi kerja enzim baik sebagai Universitas Indonesia Penapisan virtual. menyimpan. Teknologi telah berkembang untuk melakukan penelusuran serta penapisan terhadap ribuan senyawa perharinya untuk menemukan senyawa obat.10 Penemuan Obat Secara umum terdapat tujuh tahap dalam proses penemuan obat: pemilihan penyakit.. termasuk dalam bidang desain obat. dan biokimia komputasi untuk mensintesis obat yang potensial.. pengembangan atau aplikasi dari peralatan komputasi dan pendekatan untuk mengembangkan penggunaan data kesehatan. FMIPA UI. Gregory. 2012 .. tingkah laku. 2002). 2. Dilakukan berbagai percobaan untuk memberikan hasil yang lebih efisien dalam penemuan obat. & Seto. medis dan biologis termasuk untuk mendapat. Informasi struktur berguna sebagai dasar pengembangan yang efektif dan meningkatkan potensi dan spesifitas senyawa pemandu. Haseltine. 2000). Tujuan umum dari bioinformatika dalam penemuan obat adalah identifikasi target teurapetik baru dan pencarian senyawa penuntun. Liu. Pustaka senyawa kimia yang beragam dapat mengandung banyak senyawa tidak mirip obat (non-drug-like) sehingga mengurangi efisiensi apabila dilakukan pengujian dan sintesis terhadap keseluruhan pustaka. 2000). Metode komplementer desain molekuler berbantukan komputer dan kimia kombinatorial telah banyak digunakan dalam mengidentifikasi pemandu dan fase pengembangan obat (Gane & Dean. Metode yang banyak digunakan oleh perusahaan dan peneliti obat adalah menggunakan desain obat rasional (Xu & Hagler. serta optimisasi farmakogenomik. Rezi Riadhi Syahdi. mengarsip dan menganalisis data tersebut (Huerta.16 2.11 Bioinformatika Bioinformatika dapat didefinisikan sebagai penelitian. percobaan praklinik. Desain obat berbantukan struktur (structure-assisted) atau desain obat rasional menggunakan teknik seperti kristalografi protein. identifikasi senyawa (penapisan).. percobaan klinik. NMR. hipotesis target. Bioinformatika memiliki peranan yang luas.

2001). Metode komputasi berusaha untuk memprediksi interaksi dan afinitas ikatan serta konformasi dari kompleks ligan-protein tersebut (Fong & Lei.12 Penambatan Molekuler Penambatan molekuler adalah salah satu metode untuk penapisan senyawa dengan prinsip berdasarkan struktur (structure based) dengan bantuan komputasi. 2012 . fungsi utama Fungsi pertama yakni “penambatan/docking” mencakup pembuatan dan konformasi- konformasi ligan-protein yang disebut “posisi/pose” ataupun penyampelan konformasi yang mungkin pada kantung ikatan protein. Selama proses pengikatan. semua program penambatan melakukan dua “penilaian/scoring”.17 induktor ataupun inhibitor.Setiap posisi dievaluasi (dinilai) berdasarkan bentuk dan karakteristik seperti elektrostatik untuk menemukan posisi yang paling disukai (Okimoto. Data penelitian tersebut.. dengan adanya perkembangan bioinformatika. Rezi Riadhi Syahdi. interaksi ligan-protein adalah interaksi nonkovalen yang mencakup ikatan hidrogen. 2. et al..Penambatan molekuler memprediksi konformasi kompleks ligan-protein dan mengkalkulasi afinitas pengikatannya. Penelitian untuk mengetahui fungsi dan struktur enzim membutuhkan waktu yang sangat lama. Secara umum. dapat dengan mudah diakses dan dianalisa untuk penelitian berikutnya... Penambatan dapat dilakukan bila diketahui struktur tiga dimensi protein target. Dari data ini dapat dilakukan pencarian situs aktif dan perancangan senyawa obat menggunakan metode berdasarkan struktur (structure based drug design) melalui metode penambatan molekuler (Pollock & Safer. interaksi hidrofobik. interaksi π-π dan interaksi kation-π. terdapat perubahan entalpi dan entropi dalam sistem protein-ligan yang berkaitan dengan perubahan struktur inter dan intraatomik protein dan ligan. Universitas Indonesia Penapisan virtual. 2009). program penambatan melakukan proses pencarian posisi dengan pola ligan yang fleksibel dan protein yang kaku. Umumnya. 2010). interaksi ionik. Untuk memprediksi interaksi ligan-protein. FMIPA UI.

kemampuan penilaian untuk mengidentifikasi secara tepat senyawa aktif adalah penting untuk keberhasilan penelitian. dapat mencapai 8 ikatan yang dapat berotasi (Oprea. 2002). 2012 . Sehingga alasan tersebut dan kepraktisan penggunaan alat yang dapat secara umum digunakan menginspirasikan pengembangan fungsi penilaian untuk prediksi ikatan pada sistem yang berbeda. Walters. Molekul yang memiliki karakter obat umumnya bersifat fleksibel. sistem tersebut mencakup ligan. dan mengamati secara visual molekul dengan penilaian teratas.. 2000). Proses penambatan molekuler umumnya mengeksklusikan molekul pelarut karena derajat kebebasannya yang sangat banyak dan memberatkan proses (Kaapro & Ojanen. 2002). Oleh karena itu.. makromolekul dan pelarut. penilaian ulang (opsional).. mensortir hasil penambatan berdasarkan penilaian. Berbagai variasi kombinasi fungsi penilaian dan penambatan telah diaplikasikan pada penapisan virtual. Fungsi penilaian harus mampu memperingkatkan ordo kolektif molekul pada penapisan virtual. ChemScore dari GOLD adalah fungsi penilaian yang paling banyak digunakan dalam penapisan virtual serta diketahui memberikan output yang lebih baik pada beberapa studi komparatif (Perola. Fleksibilitas ligan pada percobaan penambatan umumnya dicapai menggunakan metode optimasi kombinatorial seperti fragmentasi. Rezi Riadhi Syahdi. Walaupun fungsi penilaian terkalibrasi pada satu target akan lebih efektif. & Charifson. yang dilakukan pada target tunggal. peneliti akan melakukan tahap sebagai berikut: penambatan suatu set molekul. FMIPA UI.18 Dalam sistem biologi yang real. 2. ataupun teknik simulasi (Kaapro & Ojanen. algoritma genetik. pemasangan.13 Fungsi Penilaian Saat melakukan studi tentang penambatan. Universitas Indonesia Penapisan virtual. 2005). namun umumnya data yang dimiliki saat pengembangan obat belum cukup untuk melakukan hal tersebut.

Energi ikatan bebas kompleks dihasilkan dari total energi bebas (rata-rata potensial) kontak interatomik dihitung berdasarkan frekuensi jarak interatomik dari database struktur eksperimental menggunakan metode statistika mekanik. FMIPA UI. ikatan hidrogen (ΔG hbond).. vdW. 2002). et al. Contoh dari tipe ini adalah deskriptor fungsi AMBER.. 2012 . gugus dan molekul melalui gaya fundamental yang dikenal oleh ahli fisikokimia seperti ikatan kovalen. Contoh untuk tipe ketiga adalah ChemScore dan potensial Ludi (Lyne. gaya elektrostatik dan lain lain melalui fungsi potensial. fungsi penilaian dibagi menjadi tiga macam – berdasarkan fisika. Kebanyakan fungsi penilaian tipe ini menggunakan ekstensi persamaan pemodelan energi ikatan bebas dengan menambahkan entropi ke dalam persamaan mekanika molekuler (Morris. Contoh untuk tipe ini adalah Drugscore dan Bleep (Lyne. serta desolvasi pengikatan / efek hidrofobik (ΔG Sol). atau Hamiltonian dengan preskripsi (dinamika molekuler. dan Poisson-Boltzmann. elektrostatik (ΔGelec). CHARMM. Tipe kedua adalah fungsi penilaian berdasarkan statistik (atau dikenal juga berbasis pengetahuan).. Fungsi penilaian berdasarkan fisika menggambarkan interaksi atom. 2002. dan sebagainya) untuk mendapatkan kesetimbangan. deviasi kovalen geometri (ΔGconform). Tipe ketiga adalah fungsi penilaian berdasarkan empirik yang diderivatisasi dari data fisikokimia menggunakan suatu data potensial yang menghubungkan karakter struktur kompleks ikatan ke afinitas ikatan. 2005). Sharp. penyampelan Monte Carlo. dispersi / repulsi (ΔGVdW). Rezi Riadhi Syahdi. Koefisien dari masing-masing karakter diparameterisasi menjadi suatu set data pengikatan.19 Secara umum. Universitas Indonesia Penapisan virtual.. Fungsi penilaian berbasis fisika mengekstraksi potensial gugus atau atom efektif sebagai fungsi dari jarak struktur kompleks ligan yang telah diketahui. restriksi rotasi internal. rotasi global dan translasi (ΔGtor). medan gaya. 1998): = + + + + + Berturut-turut dalam rumus tersebut adalah terminologi umum untuk energi bebas kompleks. statistik. dan empirik.

Roche. AutoDock menggunakan perhitungan Monte Carlo simulated annealing dan dikombinasikan algoritma genetika Lamarckian (LGA) untuk menghasilkan suatu set probabilitas konformasi. LGA digunakan sebagai pengoptimasi global dan peminimisasi energi dalam metode pencarian lokal. 2007): = 1+ [ ] Universitas Indonesia Penapisan virtual. et al. AutoDock dilengkapi dengan AutoDock Tools (ADT) yang membantu dalam analisis dan pengaturan penambatan (Morris. Berkas keluaran penambatan menggunakan AutoDock adalah pose dan energi bebas (ΔG) tiap pose tersebut. Orientasi yang mungkin dievaluasi menggunakan suatu model medan gaya AMBER berdasarkan fungsi penilaian energi bebas dan suatu set besar kompleksligan dengan konstanta protein-ligan yang diketahui. & Rovira. AutoDock terdiri atas dua program utama: AutoDock yang melakukan penambatan ligan pada suatu set grid yang menggambarkan protein target dan AutoGrid yang memprekalkulasi grid tersebut.AutoDock didesain untuk memprediksi molekul kecil berikatan dengan reseptor. Rezi Riadhi Syahdi. Serra. 2009). Kondisi ligan dihubungkan sebagai genotip dan kordinat atomnya adalah fenotip. Pada AutoDock... didapatkan nilai konstanta inhibisi (Ki) yang didefinisikan sebagai konsentrasi inhibisi laju reaksi dengan inhibitor adalah setengah laju reaksi tanpa inhibitor untuk suatu konsentrasi substrat. FMIPA UI.. Nilai Ki dikalkulasi menggunakan persamaan Cheng-Prusoff (Giraldo. 2002). 2012 .20 2. AutoDock versi 4 dilengkapi dengan fleksibilitas rantai samping. konsep algoritma genetik digunakan untuk menganalogikan translasi. Selain itu. orientasi. serta konformasi ligan terhadap protein dengan variabel gen. AutoDock memiliki halaman situs yang lebih informatif dan memiliki izin gratis untuk pengguna kalangan akademik sehingga dapat digunakan sebagai titik awal dalam mendalami piranti lunak penambatan molekular (Kaapro & Ojanen.14 AutoDock AutoDock adalah peralatan penambatan terautomatisasi..

Bentuk fungsi penilaian Vina adalah sebagai berikut = ( ) Penjumlahan seluruh pasangan atom yang dapat berpindah relatif satu dengan yang lain. kontribusi intermolekular dan intramolekular. FMIPA UI. BFGS adalah metode optimisasi kuasi-Newton yang menggunakan derivat fungsi penilaian berdasarkan argumen posisi dan orientasi ligan.15 AutoDock Vina AutoDock Vina (Vina) adalah piranti lunak yang dikembangkan untuk penambatan serta penapisan virtual.GOLD pertama kali diciptakan oleh Jones dari Universitas Sheffield. Algoritma optimisasi akan mencari global minima dari c kemudian memperingkatkannya. dengan set simetris fungsi interaksi untuk jarak interatomik Nilai c penjumlahan terdiri atas . nilai torsi ikatan yang dapat diputar (rotatable bonds). Rezi Riadhi Syahdi. umumnya mengabaikan interaksi elektrostatik 1-4 (atom-atom yang dipisahkan oleh 3 ikatan kovalen). GOLD didistribusikan dan dikembangkan oleh CCDC Universitas Indonesia Penapisan virtual. Langkah algoritma yang dimasukkan terdiri atas mutasi dan optimisasi lokal menggunakan metode Broyden-Fletcher-GoldfarbShanno (BFGS). Vina secara automatis mengkalkulasi pemetaan grid. 2012 ..16 GOLD GOLD (Genetic Optimization for Ligand Docking) merupakan suatu program untuk menambatkan ligan yang fleksibel ke dalam sisi aktif. Inggris. Semenjak dirilis pada 1998. Vina dikembangkan oleh Molecular Graphics Lab.21 2. kemudian mengkombinasinya dan mengklusternya (Trott & Olson. Setiap atom i diberikan tipe ti. Berbeda dengan AutoDock. kecepatan proses penambatan dapat mencapai dua kali lipat dibandingkan AutoDock. Kalkulasi oleh Vina dilakukan secara multithreading yang memungkinkan paralelisme piranti keras dengan pembagian memori bersama (shared memory) seperti CPU multi-core. 2010). Algoritma optimisasi akan mempertahankan set minima dari berbagai penjalanan kalkulasi (run)... 2. Menggunakan AutoDock Vina.

. GOLD menggunakan fungsi penilaian berdasarkan konformasi dari CSD (Cambridge Structural Database) dan berdasarkan hasil empirik interaksi kimiawi lemah. GOLD menggunakan suatu algoritma genetik untuk menghasilkan penambatan ligan yang fleksibel dengan protein yang dianggap kaku. 2007).. Kromosom baru akan diterjemahkan dan fitness posisi terkait dievaluasi. (2) pertukaran silang. Kromosom genetika GOLD terdiri atas empat gen yang masing-masing mengkodekan informasi konformasional protein dan ligan. Pengembangan GOLD sekarang difokuskan kepada peningkatan algoritma komputasional dan menambahkan dukungan untuk proses secara paralel (Kaapro & Ojanen.. 72% solusi peringkat teratas menunjukkan hasil yang akurat dan mereproduksi sekitar 81% modus ikatan dalam rentang 2. GOLD telah divalidasi menggunakan 305 kompleks protein-ligan berbeda dari PDB. Rezi Riadhi Syahdi.0 Å dibandingkan dengan struktur kristal (The Cambridge Crystallographic Data Centre.22 (Cambridge Crystallographic Centre). Setiap ikatan hidrogen dan interaksi lipofilik protein direpresentasikan sebagai elemen larik. 2009). Tiga operasi genetik akan dilakukan terhadap populasi tersebut: (1) mutasi titik. FMIPA UI. Elemen ini lalu dihubungkan dengan pasangan pada ligan atau tidak dipasangkan sama sekali. Hal ini yang menjadikan GOLD sebagai pilihan yang baik pada kantung ikatan yang terdapat asam amino yang memiliki ikatan hidrogen dengan ligan. Fungsi penilaian GoldScore memberikan nilai kesesuaian (fitness) yang tidak memiliki dimensi. semakin baik hasil penambatan. posisi ini akan menggantikan kromosom tersebut (Stouten & Kroemer. Posisi 3 dimensi dibuat berdasarkan setiap informasi kromosom. GoldScore dalam memprediksi posisi ikatan ligan Universitas Indonesia Penapisan virtual. Semakin tinggi nilai kesesuaian GoldScore. Protein dengan gugus hidroksil dapat diperlakukan sebagai protein fleksibel. (3) migrasi. Populasi kromosom akan berevolusi selama operasi genetik sekuensial dan dikumpulkan dalam sejumlah ring populasi (jumlah default adalah 5). Bila hasilnya lebih baik dari posisi kromosom least fit. 2012 . ikatan hidrogen dan interaksi lipofilik. 2002).

harus dilakukan Universitas Indonesia Penapisan virtual. Ketika didapatkan lebih dari satu struktur representatif sebagai protein target. kalkulasi penambatan dan postproses.. Nilai kesesuaian GoldScore didapat menggunakan persamaan berikut: = (ℎ ) + (1.23 menggunakan parameter seperti energi ikatan hidrogen.3750 ( )) + (ℎ )+ ( )+ S adalah nilai kesesuaian untuk tiap parameter. & Sastry. vdwext adalah interaksi van der Waals antara ligan dan makromolekul. Langkah yang paling penting untuk penapisan virtual adalah analisis awal dari kantung ikatan dari protein target (Klebe. Sykes. Pati. Perkins. Percobaan eksperimental melakukan penapisan biologis jutaan senyawa diperkirakan membutuhkan banyak usaha. vdw int adalah interaksi van der Waals intramolekuler ligan (The Cambridge Crystallographic Data Centre. 2001).17 Penapisan Virtual Penapisan virtual (virtual screening) ataupun dikenal juga sebagai in silico screening (penapisan in silico) adalah suatu metode pendekatan yang menarik khususnya untuk praktisi bidang farmasi industri sebagai suatu teknologi yang efektif biaya serta produktif dalam pencarian senyawa penuntun (lead compound). van der Waals. Penapisan virtual digambarkan sebagai penggunaan perhitungan komputasi kinerja tinggi untuk menganalisis suatu database dari banyak senyawa kimia untuk mengidentifikasi probabilitas kandidat obat. Kumar. 2005). hb int adalah ikatan hidrogen intramolekuler ligan. FMIPA UI. 2011). 2012 . Tahap yang penting dalam penapisan virtual mencakup: preparasi struktur protein. Parameter hb ext adalah ikatan hidrogen antara ligan dan makromolekul. Penapisan in silico dengan pendekatan yang sesuai dapat mengurangi jumlah molekul yang akan dilakukan uji in vitro dan in vivo dari ribuan senyawa menjadi ratusan senyawa. 2007). Tahap paling awal dari penapisan virtual adalah mempersiapkan struktur protein untuk proses penapisan.. Rezi Riadhi Syahdi. 2. dan torsi. sehingga desain rasional obat menggunakan pendekatan komputasidapatmenjadi alternatif (Reddy. Pendekatan ini menjadi langkah yang komplemen terhadap pendekatan sintesis kimia secara highthroughput screening dan uji biologis (Waszkowycz. & Li.. Pradeep. preparasi basis data ligan.

dibutuhkan waktu beberapa detik hingga menit untuk tiap ligan. Perlu diperhatikan bahwa pada struktur protein tanpa ligan. Umumnya dimulai dari struktur 2 dimensi. & Chen. Karena jumlah molekul yang digunakan banyak. proses ini dapat dilakukan secara paralel. Rezi Riadhi Syahdi. Terkadang program pembagian proses penambatan pada CPU tersedia pada banyak program penambatan... 2012 .24 determinasi struktur yang paling sesuai untuk menjadi target penapisan. muatan perlu diberikan serta molekul pelarut dihilangkan. Postproses dapat mencakup perlakuan teknik MD untuk mengolah data yang belum tercapai pada fungsi penilaian primer (Muegge & Enyedy. tahapan manual pada preparasi ligan sebaiknya dihindari. FMIPA UI. adanya perubahan struktur protein yang signifikan ketika mengikat suatu inhibitor. 2005). Situs ikatan harus ditentukan dan muatan harus telah diberikan kepada reseptor. kondisi protonasi dideterminasi. Universitas Indonesia Penapisan virtual. Varma. Kalkulasi penambatan biasanya dilakukan pada satu ligan pada satu waktu. Metode preparasi situs aktif tersebut bergantung pada piranti lunak yang digunakan sebagai alat penambatan namun yang umum digunakan adalah penambahan hidrogen lalu minimisasi energi untuk menghindari tabrakan sterik yang mungkin timbul (Lyne. Sehingga adanya ligan pada struktur protein memberikan kepastian sisi ikatan telah dioptimasi. Selain itu dilakukan penentuan data interaksi termasuk menandai akseptor / donor ikatan hidrogen dan sebagainya yang biasanya sudah ada pada piranti lunak penambatan.. Umumnya protein cukup sekali dipreparasi kecuali diinginkan konformasi yang berbeda. Karena proses penambatan bersifat independen satu dengan yang lain. tipe ikatan harus ditentukan. orientasi sisi aktifnya sesuai untuk interaksi dengan ligan lainnya (Lyons. Pada beberapa kasus. Bergantung pada optimisasi dan parameter penyampelan serta fleksibilitas senyawa. Fisher. sisi pengikatannya cenderung lebih kecil dan rantai samping residu mungkin tidak mengarah ke bagian yang cocok untuk pengikatan senyawa. 2002). 2003).

2005). energi ikatan intramolekuler ligan (internal H-Bond) adalah fokus opsional. Rezi Riadhi Syahdi.. Protein Data Bank (PDB) hingga tahun 2011 mencakup hingga lebih dari 70. & Taylor. 1997). Universitas Indonesia Penapisan virtual. kemungkinan suksesnya penapisan virtual sangat bergantung pada kualitas struktur yang ada. Perlu diperhatikan. Goldscore memiliki tiga fokus penilaian: energi ikatan hidrogen protein-ligan (external Hbond).17. Leach. Nissink. 2003). (2) logP < 5. Terdapat beberapa publikasi tentang penapisan virtual menggunakan GOLD yang berhasil seperti pada protein DNA girase.. Pertumbuhan eksponensial data tentang struktur kristal pada beberapa tahun belakangan menyediakan sumber terpercaya untuk struktur protein. reseptor hormon inti. energi van der Waals protein-ligan (external vdW) dan energi tarikan internal ligan (internal strain). Fokus keempat.25 2. Tiap protein harus dipelajari tersendiri secara teliti yang dapat menentukan hasil penapisan virtual yang lebih menjanjikan (Muegge & Enyedy. 2.. FMIPA UI. hormon tiroid. & Taylor.17.3 Penapisan Virtual Menggunakan AutoDock. umumnya dianggap penting untuk memiliki resolusi sekitar 2.Struktur harus cukup rinci.2 Penapisan Virtual Menggunakan GOLD.5Å (Jones.1 Stuktur Protein untuk Penapisan Virtual Struktur 3 dimensi reseptor resolusi skala atom penting untuk memulai eksperimen penambatan ligan ke protein. GOLD memiliki dua fungsi penilaian yang sudah tercakup didalamnya (built-in) untuk penapisan virtual yakni GoldScore dan ChemScore.17. 2012 . Willett. protein kinase CK2. Glen. 2. reseptor asam retinoat.000 struktur kristal. ChemScore didapat dari prediksi afinitas dan diparameterisasi menggunakan regresi dari konstanta pengikatan proteinligan. Tahap pertama yang dilakukan dalam penapisan menggunakan AutoDock adalah pengadaan direktori pustaka yang biasanya telah dikarakterisasi dengan aturan Lipinski melalui empat kriterianya: (1) berat molekul < 500. dan beberapa target protein lainnya(Cole.

Kemudian ligan diproses menjadi bentuk berkas .py dalam modul AutoDock Tools. seperti yang disusun oleh LIPI. Lagho. terdapat basis data small molecules global.net dan Fakultas Farmasi Universitas Sanata Dharma serta herbal db Universitas Indonesia (Yanuar. Setiap berkas memiliki informasi terkait dan nomor akses yang dapat digunakan untuk identifikasi sekuens yang diinginkan (Utami. Lalu mempreparasi direktori penambatan dan berkas parameter untuk ligan. Rahmat. Universitas Indonesia Penapisan virtual. Kemudian protein target (yang sudah diunduh) juga dipreparasi menjadi bentuk . ZINC (Shoichet Lab. FMIPA UI. Rezi Riadhi Syahdi. Basis data senyawa tanaman obat Indonesia telah dibuat oleh beberapa sumber. Weber. 2011). 2009). Setelah bahan siap. dan drugbank (University of Alberta). & Huey. Saat ini. dilakukan penambatan dan diperiksa hasil yang menarik untuk dianalisis secara visual (Lindstrom. Setelah itu. dilakukan preparasi parameter AutoGrid dan pemetaan afinitas atomik dikalkulasi menggunakan AutoGrid.pdbqt. IPTEK. 2. Syahdi. Kemudian dilakukan validasi menggunakan kontrol positif. 2008). 2005).18 Basis Data Basis data (database) adalah suatu kumpulan data yang telah diatur sedemikian rupa sehingga dapat digunakan untuk memudahkan penggunanya untuk suatu keperluan analisis. Morris.. Basis data yang disusun mencakup berbagai jenis tanaman yang sudah dikenal memiliki efek farmakologis. seperti PubChem (NCBI). UCSF).. walaupun bisa juga senyawa tersebut hanya dalam bentuk golongan bukan senyawa spesifik (Sentra Informasi Iptek.26 (3) jumlah donor ikatan hidrogen < 5 dan jumlah akseptor ikatan hidrogen < 10. 2012 .. kandungan senyawanya. & Suhartanto. Mun'im.pdbqt dengan skrip python prepare_ligand4.

ekpresi dan kristalisasi). 2004). Data tersebut terdiri atas proyek yang menyumbangkan struktur.. Rezi Riadhi Syahdi. et al. VegaZZ dapat digunakan untuk menyelesaikan permasalahan kimia komputasi baik untuk desain obat. Hasil pencarian dapat disimpan dalam format FASTA ataupun txt . pengidentifikasi target. Protein target dapat dicari berdasarkan nama protein. 2006). organisme sumber. program untuk mengedit dan program untuk melakukan kalkulasi terhadap molekul.20 VegaZZ VegaZZ adalah suatu projek kimia komputasi yang dikembangkan untuk menciptakan suatu piranti lunakpemodelan molekuler dengan antarmuka grafik 3 dimensi.. Saat ini. 2012 . nama protein. Universitas Indonesia Penapisan virtual. VegaZZ pertama kali digunakan untuk menghubungkan program sejenis dan mempermudah proses pembelajaran dari pemodelan molekuler. nama pengidentifikasi target. status produksi (klon. FMIPA UI. VegaZZ dikembangkan dalam suatu baris perintah (command line) berbasis system operasi seperti Unix.. Program ini dilengkapi dengan fitur-fitur seperti tampilan grafis untuk pengguna.19 Protein Data Bank Protein Data Bank (PDB) adalah arsip dari data struktural makromolekular biologis yang mencakup lebih dari 32. optimasi ligan.it/~ddl/vega/index2. serta kalkulasi penggambaran QSAR molekuler.27 2.. Pada penelitian ini. Program ini dapat diunduh melalui situs http://users.500 struktur. Program ini tersedia gratis untuk diunduh namun membutuhkan kunci aktivasi untuk akses nonprofit. referensi terkait. program atau organisme asal. VegaZZ digunakan untuk mengoptimasikan makromolekul (enzim HIV) yang akan ditambatkan untuk input pada piranti lunak.pdb (Kouranov.htm/(Pedretti. 2. pemodelan homologidari suatu protein. sekuens yang mirip. serta link untuk proyek terkait.unimi.

melakukan kalkulasi serta analisis hasil. 2011). Amber).22 PyRx PyRx adalah piranti lunak tertambah (addons) penapisan virtual yang dapat digunakan untuk penapisan pustaka senyawa. 2012 . Rezi Riadhi Syahdi. dan tipe atom. Vandermeersch. mengkalkulasi muatan parsial. sehingga Open Babel memiliki metode untuk mendeterminasi ikatan. kristalografik (pdb). Mac OS X. Banck. Penggunaan Open Babel umumnya dalam pengubahan format atau representasi berkas senyawa kimia. James. dan format berkas untuk penambatan serta dinamika molekuler (AutoDock. mol2. Morley. 2.. FMIPA UI. & Hutchinson. 64-bit) (O'Boyle.21 OpenBabel Open Babel adalah piranti lunak yang didesain untuk memproses data kimia. Format-format ini mencakup format yang umum digunakan dalam kimiainformatik (mol. PyRx dikembangkan oleh Molecular Graphics Laboratory. Open Babel diimplementasikan menggunakan bahasa C++. Open Babel juga dapat digunakan untuk penambahan hidrogen.28 2. Penapisan dapat dilakukan secara lokal (menggunakan GPU ataupun kluster) atau secara remote menggunakan servis web Opal toolkit. membuat struktur 3 dimensi. Beberapa format berkas hanya merepresentasikan daftar atom. Proses yang dapat dilakukan menggunakan piranti lunak ini mencakup preparasi data ligan dan makromolekul. The Scripps Research Institute(Dallakyan. PyRx memungkinkan pengguna untuk menjalankan penapisan virtual dalam berbagai platform dan membantu penggunanya dalam setiap tahap proses.org.. Program ini didistribusikan oleh GNU general public license dan terbuka untuk diunduh oleh umum dari http://openbabel. dapat membaca 82 format dan menulis 85 format. SMILES). InChI. persepsi orde ikatan. Open Babel mendukung 111 format berkas kimia. sehingga memungkinkan penggunaannya pada berbagai sistem operasi (Windows. Linux) dan platform (32-bit. PyRx terdiri atas piranti lunak AutoDock4 dan AutoDock Vina yang Universitas Indonesia Penapisan virtual. PyRx menyediakan cekatan yang memudahkan penggunanya melakukan pekerjaan penapisan virtual.. serta pemisahan duplikasi senyawa dari suatu set data. 2009). aromatisitas.

PyMOL juga dapat digunakan sebagai perangkat lunak dalam melakukan antarmuka dengan program lainnya. 2012 . serta Open Babel untuk pengubah format berkas sdf dan mol (Wolf. FMIPA UI.. PyMOL dapat dijalankan dalam program berbasis Window dan Unix untuk menyediakan visualisasi yang baik. alat visualisasi. 2009).24 Symyx Draw Symyx Draw adalah program penggambar struktur senyawa kimia untuk Windows yang dipublikasi oleh MDL Information Systems. 2004).. Program ini adalah piranti tidak berbayar untuk penggunaan personal ataupun akademik. Selain itu.23 PyMOL PyMOL adalah suatu program yang dikembangkan untuk memvisualisasikan konformasi majemuk dari suatu struktur tunggal (trajectories atau gabungan ligan yang ditambat). & Ouyang.29 digunakan sebagai piranti lunak penambatan.. wxPython sebagai antarmuka pengguna grafis (GUI / graphical user interface) lintas platform. 2004). membuat struktur dari InChI dan SMILES ataupun membuat SMILES dan InChI dari gambar dua dimensi (Li. PyMOL dapat digunakan dalam mempersiapkan publikasi hasil penambatan (Delano. Program ini adalah program kelanjutan / revisi dari ISIS/Draw. AutoDockTools untuk membuat berkas masukan. Universitas Indonesia Penapisan virtual. 2. Wan. Python sebagai bahasa pemrograman / scripting. 2. Rezi Riadhi Syahdi. Symyx Draw dapat digunakan juga untuk menghasilkan struktur model tiga dimensi.

. CPU.BAB 3 METODE PENELITIAN 3. prosesor Quad Core (Intel® Core™). PyMOL. Januari – Desember 2011.4. 3. struktur tiga dimensi kontrol positif dan negatif. AutoDock. Rezi Riadhi Syahdi.8.1 Lokasi dan Waktu Penelitian Penelitian ini dilakukan di Laboratorium Komputer Departemen Farmasi FMIPA UI. 3.1 Piranti Keras Piranti kelas yang digunakan dalam penelitian ini adalah komputer dengan spesifikasi Random Access Memory 1 GB. senyawa yang ditambatkan berupa struktur tiga dimensi senyawa obat dari basis data tanaman obat Farmasi Universitas Indonesia.. Piranti keras kelengkapan komputer: monitor. 3. mouse.4 Cara Kerja 3. 2000).2. PyRx 0. 3. 2012 .2. dan integrase yang diunduh dari RSCB PDB (Berman. graphic card NVIDIA Ge ForceGT 940.2 Peralatan 3.25. protease. VegaZZ versi 2. keyboard. et al.. FMIPA UI.1 Preparasi Struktur Protein Target 30 Universitas Indonesia Penapisan virtual. AutoDock Vina danGOLD.Komputer terhubung ke UPS (uninterrupted power supply) dan online internet..2.3 Bahan Bahan yang digunakan dalam penelitian ini adalah basis data struktur kristal 3 dimensi dari enzim HIV-1 yakni enzim transkriptase balik.0.2 Piranti lunak Piranti lunak yang digunakan dalam penelitian ini adalah Symyx Draw 3.4.

pdb untuk diproses lebih lanjut.1.. 3. Universitas Indonesia Penapisan virtual.pdbqt untuk dilakukan penapisan virtual menggunakan AutoDock.3 Memisahkan Ligan dan Mendefinisikan Situs Ikatan Ligan dapat dipisahkan dari struktur kristal menggunakan berbagai macam piranti lunak. seperti PyMOL. FMIPA UI. 3.1 Pencarian dan Pengunduhan Struktur Protein Struktur makromolekul target (protein HIV) yang akan digunakan dicari pada situs web PDB. 3.2 Optimasi Struktur Protein Optimasi struktur tiga dimensi dilakukan dengan VegaZZ untuk penapisan dengan AutoDock dan dilakukan dengan GOLD untuk penapisan dengan GOLD. Proses preparasi yang dilakukan mencakup pencarian dan pengunduhan.1. Makromolekul diunduh dalam format teks .Optimasi yang dilakukan berupa penghapusan molekul pelarut dan kofaktor yang jauh dari sisi pengikatan ligan. Rezi Riadhi Syahdi.Kemudian ditentukan koordinat situs pengikatan mengacu pada ligan struktur kompleks menggunakan AutoDock Tools. penambahan muatan dengan muatan parsial Gasteiger dan penerapan medan gaya (forcefield) AutoDock serta melakukan minimisasi konformasi. Optimasi berupa penambahan muatan parsial dan minimisasi energi. yakni dalam bentuk format . Ligan diubah menjadi bentuk ..31 Struktur dipreparasi untuk persiapan penambatan.2 Preparasi Basis Data Ligan Ligan yang diperoleh dari basis data Tanaman Obat di Indonesia dioptimasi menggunakan VegaZZ. Makromolekul yang dipilih berdasarkan kriteria inklusi: makromolekul wild type / nonmutan dan berkompleks dengan ligan.4. CCP4 ataupun UCSF Chimera. 2012 . Kriteria eksklusi: resolusi > 2. optimasi dan pemisahan dari residu nonstandar.1.4.5 Å dan rantai tidak lengkap.4..mol.4. 3. sedangkan penapisan virtual dengan GOLD digunakan ligan asal.

.. Bentuk dua dimensi dikonversi menjadi tiga dimensi Gambar yang dihasilkan dari tahap kedua diproses menggunakan VegaZZ seperti pada proses konversi basis data. 2012 . Kontrol yang digunakan dalam penelitian ini adalah senyawa yang telah direkomendasikan oleh FDA dalam pengobatan HIV sebagai inhibitor transkriptase balik.32 3. Proses yang dilakukan meliputi penjalanan skrip 2D to 3D. Struktur dua dimensi senyawa kontrol dicari pada Pubchem Struktur senyawa dijelajah dari situs web Pubchem (http://pubchem. Metode untuk integrase adalah penambatan buta (blind docking) untuk pendefinisian situs penambatan dan dilanjutkan dengan penambatan molekuler bertarget.ncbi.4.gov). FMIPA UI. Struktur tiga dimensi disimpan dalam format mol dan dikonversi menjadi format berkas yang sesuai untuk masukan.nlm. dan minimisasi energi menggunakan steepest decent dan conjugated gradient 1000 langkah. penambahan muatan parsial gasteiger. Senyawa kontrol ditambatkan untuk tiap target penapisan virtual menggunakan ketiga metode. 2. 4..3 Validasi Metode Penapisan Virtual Validasi metode penapisan virtual dilakukan dengan melakukan penambatan menggunakan kontrol positif dan kontrol negatif yang didapat dari struktur kristal data bank protein. Validasi menggunakan senyawa kontrol dilakukan menggunakan tahap berikut: 1. dan integrase. Metode yang dilakukan merupakan untuk target transkriptase balik dan protease adalah penambatan molekuler bertarget (targeted docking) pada situs ikatan yang telah didefinisikan. Universitas Indonesia Penapisan virtual. Rezi Riadhi Syahdi. protease. Struktur yang didapat dari tahap pertama digambar menggunakan SyMyx Draw 3.

parameter ruang ikatan 15 Å disekeliling koordinat yang didefinisikan f) Struktur semua ligan dari basis data dimasukkan.33 3. 3. Didapatkan hasil penambatan dalam bentuk berkas .. atau lambat i) Kalkulasi dilakukan menggunakan pilihan “Run Gold”.1 Penapisan Virtual Menggunakan GOLD Tahap yang dilakukan dalam penapisan virtual menggunakan GOLD adalah: a) Program GOLD dijalankan b) Opsi “Wizard” dipilih pada baris alat program c) Opsi “Select protein”dipilih dan makromolekul target yang sudah dioptimasi kemudian dimasukkan d) Penambahan hidrogen dilakukan pada makromolekul dengan pemilihan opsi “add hydrogen” e) Situs pengikatan didefinisikan dengan“Define BindingSite”.4.mol.4.4.conf dan konformasi berupa .2 Penapisan Virtual Menggunakan AutoDock dan Vina Prosedur yang dilakukan untuk penapisan virtual menggunakan AutoDock dengan bantuan piranti lunak PyRx adalah sebagai berikut: a) Preparasi ligan Universitas Indonesia Penapisan virtual.4. 2012 .4. 3. Penapisan dilakukan pada ketiga enzim menggunakan tiga piranti lunak secara terpisah. Rezi Riadhi Syahdi..4 Penapisan Virtual Pada penelitian ini dilakukan penapisan virtual menggunakan penambatan molekuler. jumlah penyelesaian dimasukkan dengan number of solution sebesar 10 posisi dan perhitungan generic algorithm sebanyak 10 kali g) Fungsi fitness ChemScore ataupun GoldScore dipilih h) Opsi pencarian GA yang sesuai dipilih yakni pencarian cepat. FMIPA UI. sedang..

Penapisan AutoDock Vina memiliki langkah yang sama dengan penapisan AutoDock untuk langkah a dan b.4.. 3. Pilih “Forward” untuk memulai komputasi penambatan berseri. Parameter lain menggunakan pengaturan default penambatan AutoDock. Hasil pemeringkatan penapisan virtual menggunakan GOLD akan disimpan dalam berkas . Opsi forward / run AutoGrid dipilih untuk menjalankan kalkulasi Grid. d) Penjalanan AutoDock Parameter penambatan diatur sebelum melakukan penapisan. dibuat pemeringkatan senyawa dengan konformasi 10 besar untuk tiap enzim. Jejaring grid sebesar 50 x 50 x 50 unit untuk AutoDock.dlg dan berupa kluster / Universitas Indonesia Penapisan virtual.34 Pada antarmuka PyRx opsi add liganddipilih.5 Analisis Hasil Penapisan Virtual Berdasarkan hasil penambatan tiap pendekatan.pdbqt oleh Open Babel tertambah.000.. opsi add macromoleculedipilih. Format berkas ligan akan otomatis diubah menjadi . Rezi Riadhi Syahdi. c) Penjalanan AutoGrid Pemetaan grid dilakukan pada situs ikatan makromolekul yang didefinisikan sebelumnya untuk tiap makromolekul.. kemudian dilanjutkan oleh pengaturan parameter exhaustiveness pada 8. kemudian masukkan berkas semua ligan yang akan digunakan. Tahapan c tidak dilakukan.conf yang mencakup hasil penapisan setiap senyawa. 2012 .pdbqt oleh Open Babel tertambah. kemudian masukkan makromolekul yang akan ditarget. Opsi Lamarckian GA dipilih dan maximum number of energy evaluations diubah menjadi 1.000. Hasil pemeringkatan penapisan virtual menggunakan AutoDock akan disimpan dalam berkas . b) Preparasi makromolekul Pada antarmuka PyRx. FMIPA UI. Format makromolekul akan diubah menjadi .

. hasil penambatan dapat langsung disimpan untuk ditampilkan dengan PyMOL tanpa konversi. Rezi Riadhi Syahdi. FMIPA UI. Universitas Indonesia Penapisan virtual. 2012 . Sedangkan pada GOLD.. Preparasi visualisasi dapat dilakukan secara manual dengan memotong bagian yang diinginkan menggunakan notepad atau program note editor sejenis.6 Visualisasi Hasil Penapisan Virtual Hasil pemeringkatan penapisan virtual menggunakan AutoDock dapat divisualisasi dengan menggunakan PyMOL setelah dilakukan konversi menggunakan program preparasi visualisasi seperti VegaZZ untuk mengambil konformasi dari kluster yang dibuat AutoDock.4..35 kelompok posisi senyawa dalam rentang energi ikatan tertentu. Setiap senyawa yang muncul dalam peringkat 10 besar penapisan ditelusuri asal spesiesnya menggunakan basis data herbaldb. 3.

Protein homodimer ini tersusun atas 198 residu AA serta 2 subunit. IN HIV-1) yang sesuai dari laman bank data protein (PDB). 3OXC dan 3AO2.. FMIPA UI. 2010). digunakan tiga jenis makromolekul target dari HIV-1.006 residu asam amino (AA). Tiap subunit 36 Universitas Indonesia Penapisan virtual.. Protein homodimer ini tersusun atas 326 residu AA. yakni transkriptase balik (RT). Makromolekul 3LP1 adalah struktur dari transkriptase balik HIV-1 yang berikatan dengan nevirapine. protease (PR).BAB 4 HASIL DAN PEMBAHASAN 4.0 x 6.2 x 6.1 Pencarian dan Pengunduhan Struktur Protein Tahap pertama penelitian ini adalah pencarian makromolekul (RT. Rezi Riadhi Syahdi. Kristal 3LP1 memiliki resolusi 2. 2012 . et al. Tiap subunit memiliki 99 residu AA.. Dalam penelitian ini.. 4.1.23 Å dan menempati volume sebesar 11. makromolekul yang digunakan sebagai target perlu dicari dan diproses terlebih dahulu. Terdapat dua subunit yang terdapat dalam struktur kristalnya. Struktur makromolekul yang dipilih adalah yang berikatan dengan ligannya sehingga memiliki konformasi dalam bentuk aktif..1 Preparasi Struktur Protein Target Sebelum melakukan penambatan. Makromolekul 3AO2 adalah struktur dari integrase HIV-1 dengan ligan eksperimental AVX ((3-(7-bromo-1. Protein ini merupakan heterodimer yang terdiri atas 1.16 Å dan menempati volume sebesar 5. Makromolekul 3OXC adalah struktur dari protease HIV-1 yang berikatan dengan saquinavir. Kristal 3OXC memiliki resolusi 1.9 x 15. 2007). makromolekul yang digunakan dalam penelitian ini berturut-turut adalah protein dengan identitas PDB 3LP1.5 x 15. yakni rantai A (ribonuklease H) dengan panjang 563 residu AA dan rantai B (p51 RT) dengan panjang 443 residu AA.3-benzodioxol-5-yl)-1-methyl-1H-pyrazol-5amine). et al. Dari hasil pencarian berdasarkan kriteria inklusi dan ekslusi.2 nm3 (Tie.5 nm3 (Su. PR. dan integrase (IN).

Penambahan hidrogen. Rezi Riadhi Syahdi.2 Optimasi Struktur Protein Struktur yang telah diunduh dari bank data protein umumnya merupakan struktur protein yang masih terdapat residu pelarut (air) dan residu non-standar lainnya... dilakukan penambahan hidrogen ke dalam struktur kristal.1. Ligan nevirapine dan pengidentifikasi LP8 dipisahkan dari kristal 3 LP1. Minimisasi dilakukan dengan metode steepest descent dan conjugate gradient sebanyak 1000 langkah.80 Å dan menempati volume sebesar 5 x 5 x 10. Atom-atom hidrogen umumnya tidak terdeteksi dalam pendefinisian struktur kristal sehingga perlu ditambahkan karena mempengaruhi proses ikatan hidrogen dengan ligan yang akan ditambatkan. ion sulfat dan asam format dipisahkan dari kristal 3OXC. Molekul air juga dipisahkan kecuali molekul air pada 3AO2 yang berkaitan dengan ikatan ligan yakni HOH A 218. Residu ini dapat mengganggu proses penapisan dan penambatan sehingga perlu dipisahkan dari struktur makromolekul. Kedua metode ini merupakan algoritma yang umum untuk minimisasi fungsi kuadratik. Kemudian dilakukan perbaikan muatan menggunakan medan gaya AutoDock serta penambahan muatan Gasteiger yang umum dipakai untuk penggunaan GOLD dan AutoDock. Kristal 3AO2 memiliki resolusi 1. & Charifson. 2012 . perbaikan muatan dan minimisasi energi dilakukan menggunakan VegaZZ. ion sulfat dan pengidentifikasi DTT serta DTV dipisahkan dari kristal 3AO2.. Universitas Indonesia Penapisan virtual. ion klorida. FMIPA UI.3 nm3 (Wielens. Minimisasi dilakukan dengan kedua metode yang merupakan standar minimisasi protein menggunakan VegaZZ agar struktur tidak collapsing namun tetap menyediakan konformasi yang relaks (Perola. et al. Pemisahan residu non-standar ini dilakukan menggunakan UCSF Chimera. 2005). Setelah semua residu non-standar dihilangkan. Ligan AVX. Ligan saquinavir. Walters. 4. Kemudian dilakukan minimisasi energi untuk menemukan konformasi geometris dengan energi optimum terkecil sehingga struktur dapat dinyatakan stabil untuk target penambatan.. 2011).37 memiliki 163 residu AA.

& Suhartanto.sdf dan . Situs dengan konfigurasi paling banyak dan energi paling rendah digunakan sebagai situs ikatan. Mun'im.350. y = -22. Penambatan ini dilakukan triplo sehingga menghasilkan 30 konfigurasi.791.557.mol didapat dari basis data herbal tanaman Indonesia (Yanuar.1714 dengan gridbox berukuran 54 x 50 x 118 unit (spacing 1 unit = 1 angstrom) sehingga mencakup seluruh protein. radius penambatan diatur pada 15 Å. 4. Sedangkan situs ikatan 3AO2 didefinisikan berpusat pada x = 10.1. Penambahan hidrogen dilakukan karena fungsi penilaian piranti lunak yang digunakan membutuhkan hidrogen polar dan nonpolar dalam perhitungannya.. dilakukan metode penambatan buta (blind docking) dengan parameter koordinat x = 10.3 Memisahkan Ligan dan Mendefinisikan Situs Ikatan Berkas ligan dan makromolekul dalam format .pdbqt menggunakan AutoDock Tools. 2012 .pdb yang dipisahkan menggunakan UCSF Chimera dikonversi menjadi .252.165.076 dan z = 18. 2011). target penambatan didefinisikan sebesar 50 x 50 x 50 unit dengan spacing per unit 0. y = -4.2 Preparasi Basis Data Ligan Berkas basis data ligan memiliki format .375 angstrom. Kemudian struktur tiga dimensi ligan dioptimasi menggunakan VegaZZ untuk pemberian muatan dan minimisasi energi. Y = -11.077. Rahmat.055. y = 14. Situs ikatan 3OXC didefinisikan berpusat pada koordinat x = 5. Koordinat tiap ligan dideterminasi sebagai koordinat situs ikatan yang akan digunakan dalam penambatan terarah pada penapisan virtual.. dan z = 7. FMIPA UI. Situs ikatan 3LP1 didefinisikan berpusat pada koordinat x = 10.. Syahdi.192. Untuk integrase. Untuk AutoDock dan AutoDock Vina. Rezi Riadhi Syahdi. Determinasi koordinat untuk transkriptase balik dan protease dilakukan menggunakan metode pencarian grid box ADT dengan memusatkan pada ligan kristal. z = 0. Sedangkan untuk GOLD.353.799. Muatan dan medan gaya yang digunakan sama seperti Universitas Indonesia Penapisan virtual. Lagho.38 4. dan z = 14.

Berkas ligan diubah menjadi .. Senyawa kontrol yang digunakan untuk validasi No Senyawa CID 1 Nevirapine 4463 IC50 (µM) 2 Rilpivirine 6451164 3 Efavirenz 64139 1. Rezi Riadhi Syahdi.3 Validasi Metode Penapisan Virtual Kontrol positif dan kontrol negatif penapisan virtual dibuat dari struktur dua dimensi menggunakan metode yang sama dengan preparasi basis data ligan..7 x10-5 1. Empat belas senyawa yang digunakan sebagai kontrol dapat dilihat pada tabel berikut: Tabel 4.1. 4.5 x 10-4 7 x10-5 – 2 1 – 8.4 – 2.4 x 10-3 Inhibitor integrase HIV-1 7 x10-6 – 8.46 x 10-4 Keterangan Universitas Indonesia Penapisan virtual.143 – 150 Inhibitor protease HIV-1 Inhibitor protease HIV-1 Inhibitor protease HIV-1 Inhibitor protease HIV-1 11 12 13 Atazanavir Tipranavir Darunavir 148192 65027 213039 9 x 10-6 – 5.39 makromolekul yakni muatan parsial gasteiger dan medan gaya AutoDock yang umum digunakan sebagai default penambatan menggunakan AutoDock.3 x 10-6 Inhibitor protease HIV-1 Inhibitor protease HIV-1 Inhibitor protease HIV-1 14 Raltegravir 11598201 1. PyRx digunakan sebagai bantuan dalam memproses pengubahan berkas menjadi .pdbqt.9 x 10-2 1.pdbqt sehingga bisa diproses sebagai masukan pada penapisan virtual menggunakan AutoDock dan Vina. 2012 ..4 x 10-5 8 x 10-6 – 2. 2010).9 x10-7 – 9 x10-3 4 Etravirine 193962 1. FMIPA UI. Kontrol dipilih berdasarkan acuan obat yang telah disetujui oleh FDA sebagai pengobatan anti HIV (Food and Drug Administration.7 x10-7 – 9 x10-3 5 Delavirdine 5625 6 Saquinavir 441243 4 x 10-5 – 2 x 10-3 Inhibitor transkriptase balik HIV-1 Inhibitor transkriptase balik HIV-1 Inhibitor transkriptase balik HIV-1 Inhibitor transkriptase balik HIV-1 Inhibitor transkriptase balik HIV-1 Inhibitor protease HIV-1 7 8 9 10 Amprenavir Ritonavir Lopinavir Nelfinavir 65016 3392622 92727 64143 3.3 x 10-6 – 4 x 10-6 0.47 x 10-7 – 5.6 – 5.5 x 10-5 – 9 x 10-2 1.

72 0.480 91.202 175.897 + -7.pdb menjadi berkas yang sesuai yakni . Kemudian format berkas diubah dari . Nama Etravirin Nevirapin Rilpivirin Efavirenz Delavirdine Raltegravir Amprenavir Tipranavir Darunavir Nelfinavir Lopinavir Saquinavir Ritonavir Atazanavir Keterangan: Kontrol ΔG (kkal/mol) SD KV (%) (N = 3) + -8.33 0.40 Struktur dua dimensi kontrol diubah menjadi tiga dimensi menggunakan VegaZZ untuk pemberian muatan..55 82.49 2. Tabel 4.528 83.49 2.. minimisasi energi.265 43. FMIPA UI.278 154.273 294.403 5.030 0.82 0.55 7.82 14.829 573.pdbqt untuk AutoDock dan Vina serta bentuk .679 -4.37 8. Hasil penambatan senyawa kontrol menggunakan AutoDock pada transkriptase balik HIV-1. dan pencarian konformasi. Berikut adalah hasil validasi dari tiap metode untuk transkriptase balik HIV-1.682 (+) adalah kontrol positif aktual / true positive.221 2.82 39.mol untuk GOLD menggunakan openbabel. Rezi Riadhi Syahdi.990 47.516 7.026 0.2. (-) adalah kontrol negatif aktual / true negative Universitas Indonesia Penapisan virtual.410 113.85 0.127 + -7.715 23.38 69.737 47.361 + -6.340 + -7.146 6.328 51. Senyawa kontrol ini kemudian ditambatkan untuk tiap-tiap enzim untuk melihat akurasi dan presisi dari tiap metode untuk tiap enzim.010 0.33 69..61 0.406 160.135 15. 2012 .887 -0.

428 1.782 36.239 Tipranavir 60.20 0 0 Nelfinavir -9..306 3.585 Lopinavir -8.597 1.405 Lopinavir 37.914 71.340 22.058 0. Hasil penambatan senyawa kontrol menggunakan GOLD pada transkriptase balik HIV-1 Nama Kontrol GoldScore SD KV (%) (N = 3) Raltegravir 78. 2012 . dan 4.93 0. FMIPA UI.87 0.493 2.582 Saquinavir 34.143 Efavirenz + 49.853 4.523 Nevirapine + -10.749 12.578 Delavirdine + -8.778 Darunavir 71.319 Delavirdine + 63. (-) adalah kontrol negatif aktual / true negative Dari tabel 4.300 3.646 Ritonavir -8.455 17.058 0.107 Rilpivirine + 74.911 15.30 0 0 Etravirine + -9.159 0.750 Etravirine + 70.864 6.251 Tipranavir -9.937 5.058 0.127 13..261 Darunavir -9.231 2. 4.530 Nevirapine + 62.785 Atazanavir 25.23 0.350 0.115 1.454 0.41 Tabel 4.149 0.03 0.4.826 3.974 2. Hasil penambatan senyawa kontrol menggunakan AutoDock Vina pada transkriptase balik HIV-1 Nama Kontrol ΔG (kkal/mol) SD KV (%) (N = 3) Saquinavir -11..87 0.3.114 17.93 0.73 0.538 Rilpivirine + -10.215 Ritonavir 51.397 4.2.20 0. Data-data ini digunakan untuk Universitas Indonesia Penapisan virtual.663 44.354 Amprenavir 62.288 8. (-) adalah kontrol negatif aktual / true negative Tabel 4.058 0.30 0 0 Raltegravir -9.585 Efavirenz + -9.20 0 0 Keterangan: (+) adalah kontrol positif aktual / true positive.637 2.30 1. Rezi Riadhi Syahdi.772 3.331 Keterangan: (+) adalah kontrol positif aktual / true positive.3.4 dapat diamati pemeringkatan senyawa kontrol dari tiap metode untuk trankriptase balik HIV-1.322 Nelfinavir 48.818 2.004 5.578 8.777 6.446 Atazanavir -8.20 0 0 Amprenavir -8.

857 N 2 7 0.. 7 (nevirapine) dan 10 (efavirenz). Pada penggunaan AutoDock. 3 (rilpivirine).857.714. saquinavir yang merupakan kontrol negatif transkriptase balik HIV-1 namun berada pada peringkat teratas. Hasil validasi ketiga metode pada transkriptase balik HIV-1 Parameter / Metode Prediktif p' n' TPR (Sensitivitas) FPR (fallout) Akurasi AutoDock p 5 0 n 0 9 1 0 1 Vina Aktual p 4 1 Gold n 1 8 p 3 2 0. FPR dan akurasi dihitung menggunakan rumus berikut (Fawcett. Rezi Riadhi Syahdi.5. 2004): ( )= ( )= + + = Tabel 4. Sedangkan pada penggunaan Vina... Sensitivitas Vina dari hasil validasi adalah 0. TPR.2 0. 5 (efavirenz) dan 14 (delavirdine). 4 (etravirine).8 dengan akurasi 0. 4 (etravirine). 5 (delavirdine).714 Dari tabel 4.8 0. 2012 . pada penggunaan GOLD senyawa raltegravir dan darunavir merupakan kontrol negatif transkriptase balik HIV-1 mendominasi tiga peringkat teratas. FMIPA UI.6 dengan akurasi 0. Kontrol positif GOLD berada pada posisi 2 (rilpivirine). Universitas Indonesia Penapisan virtual.Selain itu.42 menghitung parameter akurasi metode berdasarkan matriks confusion. Sensitivitas GOLD adalah 0. lima senyawa kontrol positif berada pada lima perangkat teratas.5 diatas didapatkan akurasi dan sensitivitas dari ketiga metode untuk enzim transkriptase balik berdasarkan kemampuan pemeringkatan senyawa aktual pada prediktif.4 0.6 0. Kontrol positif Vina berada pada posisi 2 (nevirapine).

103 391.494 8..021 0.469 + -0.38 0.62 1. Tabel 4.60 0.43 Dari hasil ini.210 -1.020 0. 2012 .110 9. disimpulkan bahwa metode pendekatan paling optimum untuk penapisan virtual pada transkriptase balik HIV-1 adalah menggunakan piranti lunak AutoDock.90 0..435 + -4.171 + -3.79 3.16 0.583 + 4.87 0.867 40.17 0.6.09 0.787 (+) adalah kontrol positif aktual / true positive.971 31.89 1.304 4.21 5. FMIPA UI.924 -6.431 -4.150 7.25 0.872 -6.663 + -4.05 0.. Rezi Riadhi Syahdi.211 123.401 2334.425 + -4.107 22.849 -2. Untuk protease.06 1.123 + 0. dilakukan kembali validasi metode menggunakan ke-14 senyawa kontrol tersebut.577 13. Hasil penambatan senyawa kontrol menggunakan AutoDock pada protease HIV-1 Nama Tipranavir Delavirdine Raltegravir Nevirapine Amprenavir Atazanavir Efavirenz Darunavir Nelfinavir Etravirine Rilpivirine Lopinavir Saquinavir Ritonavir Keterangan: Kontrol ΔG (kkal/mol) SD KV (%) (N = 3) + -6.750 10. (-) adalah kontrol negatif aktual / true negative Universitas Indonesia Penapisan virtual.011 -4.

535 Darunavir + 70.50 -10..095 3.345 0.019 Lopinavir + 76.306 1.03 -8.239 Tipranavir + 74.619 1..485 6.433 Nevirapine 37.970 11.93 -7.83 -9.453 Rilpivirin 58. Hasil penambatan senyawa kontrol menggunakan AutoDock Vina pada protease HIV- Nama Saquinavir Nelfinavir Lopinavir Tipranavir Ritonavir Darunavir Atazanavir Amprenavir Delavirdine Rilpivirin Raltegravir Etravirine Efavirenz Nevirapine Keterangan: Kontrol + + + + + + + + - ΔG (kkal/mol) (N = 3) -11.707 3.40 -7.20 -9.323 2.587 0.954 10.430 2.058 0.628 3.136 Amprenavir + 67.217 6.058 0.115 0.429 Raltegravir 51.544 3.585 0.8.760 2.415 6.871 1.530 Nelfinavir + 68. Rezi Riadhi Syahdi.278 2.159 Keterangan: (+) adalah kontrol positif aktual / true positive.27 -7.728 0.058 0 KV (%) 0 0 0.175 4.612 0.604 6. FMIPA UI.60 -8.604 Saquinavir + 66.100 0.190 0.. (-) adalah kontrol negatif aktual / true negative Universitas Indonesia Penapisan virtual.772 6.40 -8.190 1.058 0.717 7.178 1.058 0.43 -9.795 0 (+) adalah kontrol positif aktual / true positive.44 Tabel 4. (-) adalah kontrol negatif aktual / true negative Tabel 4.947 Delavirdine 59.100 0.100 0.950 5.015 3.966 0. 2012 .864 1.374 Efavirenz 36.762 Etravirine 50.176 1.20 SD 0 0 0.173 0.50 -8.058 0.33 -9.750 2.490 4. Hasil penambatan senyawa kontrol menggunakan GOLD pada protease HIV-1 Nama Kontrol GoldScore SD KV (%) (N = 3) Ritonavir + 78.889 2.014 1.615 Atazanavir + 67.7.058 0.87 -9.

Pommier.47%) dibandingkan AutoDock Vina (0.7 dan 4. Namun untuk GOLD memiliki perbedaan nilai kontrol positif terendah dengan kontrol negatif tertinggi lebih signifikan (~11. Sehingga dari data ini disimpulkan untuk protease. 2001. Kedua metode memiliki nilai sensitivitas dan akurasi sama dengan 1. 5 (amprenavir).45 Tabel 4. 4 (nevirapine). Untuk AutoDock Vina dan GOLD.429. validasi metode dilakukan menggunakan dua jenis kondisi makromolekul. 4. AutoDock relatif tidak akurat dibanding kedua metode lainnya. FMIPA UI.47%).5 dengan akurasi sebesar 0. & Marchand.5 0. 9 (nelfinavir). 6 (atazanavir). 13 (saquinavir) dan 14 (ritonavir). 12 (lopinavir).8 dapat diamati peringkat penambatan senyawa kontrol pada protease.Koefisien variasi validasi menggunakan Vina relatif lebih kecil. 8 (darunavir). 2012 . Pada AutoDock kontrol positif terdapat pada peringkat 1 (tipranavir). Sotrifer. Johnson...5 0.. 2005). Didapatkan 4 positif palsu menggunakan metode ini sehingga didapatkan sensitivitas 0. Hal ini merujuk pada referensi yang mengatakan bahwa ikatan inhibitor integrase dipengaruhi oleh kondisi pelarut (air) di situs ikatan (Ni. Universitas Indonesia Penapisan virtual.6.9. & McCamon. Hasil validasi ketiga metode pada protease HIV-1 Parameter / Metode Prediktif p' n' TPR (Sensitivitas) FPR (fallout) Akurasi AutoDock p 4 4 n 4 2 0. Rezi Riadhi Syahdi.429 Vina Aktual Gold P 8 0 n 0 6 1 0 1 p 8 0 N 0 6 1 0 1 Dari tabel 4. Yang pertama adalah makromolekul dihilangkan semua residu nonstandar (termasuk seluruh molekul pelarut) yang ada pada kristal dan kondisi yang kedua adalah molekul air HOH A 218 serta logam Cd2+ dipertahankan. Untuk integrase. kedelapan kontrol positif berada pada 8 peringkat teratas berturut-turut sehingga tidak didapatkan negatif ataupun positif palsu.

76 10.26 -4..03 -5. 2012 . Rezi Riadhi Syahdi. raltegravir berada pada posisi 2 dengan ΔG sebesar -5.46 Tabel 4.00 -4.04 * menandakan kontrol positif integrase Dari tabel 4.58 12.90 -4.93 -5.59 -2.49 kkal/mol.35 -4.81 -4.99 0..49 -5.11 4.19 Dengan HOH 218 dan Cd2+ -6. Universitas Indonesia Penapisan virtual. FMIPA UI. Posisi pertama adalah nelfinavir dengan ΔG -6.. raltegravir sebagai kontrol positif berada pada posisi 7 dengan ΔG sebesar -4.10 didapatkan hasil penambatan senyawa kontrol pada integrase menggunakan AutoDock.30 -3. Sedangkan bila dipertahankan molekul air dan Cd2+.52 kkal/mol.55 -3.68 -5.10 -1.52 -5. raltegravir teramati sebagai negatif palsu.98 4.10.40 -4.93 -5.71 kkal/mol.71 -6.38 -4.27 -4.82 -4.09 -4. Saat ditambatkan dengan integrase yang dihilangkan molekul airnya. Hasil penambatan senyawa kontrol menggunakan AutoDock pada integrase HIV-1 ΔG (kkal/mol) Nama Nelfinavir Delavirdine Raltegravir* Tipranavir Efavirenz Saquinavir Amprenavir Nevirapine Etravirine Rilpivirine Darunaviro Lopinavir Ritonavir Atazanavir Tanpa Residu Nonstandar -4.

70 -7.43 -6.83 -7. raltegravir menempati peringkat pertama dengan ΔG -8.87 -6.97 -5.00 Dengan HOH 218 dan Cd2+ -8.50 -7. Hasil penambatan senyawa kontrol menggunakan AutoDock Vina pada integrase HIV-1 ΔG (kkal/mol) Nama Raltegravir* Tipranavir Saquinavir Nelfinavir Lopinavir Rilpivirin Darunavir Atazanavir Delavirdine Etravirine Ritonavir Amprenavir Efavirenz Nevirapine Tanpa Residu Nonstandar -7. FMIPA UI.80 -6...60 kkal/mol (naik ~15%).43 -7.50 kkal/mol. Universitas Indonesia Penapisan virtual.37 -7.23 -6.87 -6.67 -7. Dengan mempertahankan molekul air pada sisi aktif dan Cd2+.87 -7.47 Tabel 4. penggunaan Vina untuk penapisan virtual pada integrase memungkinkan.60 -8.67 * menandakan kontrol positif integrase Dari data hasil validasi Vina. tanpa adanya air. Sehingga didapatkan kesimpulan dari hasil ini. Tipranavir teramati sebagai positif palsu dengan ΔG -7.83 -7.67 -7.07 -8.90 -7.23 -6.83 -6.03 -7.03 -6.50 -7.77 -7. raltegravir teramati sebagai negatif palsu dan berada pada peringkat 2 dengan ΔG -7. 2012 .20 -6. Rezi Riadhi Syahdi.11.07 -8..67 kkal/mol.

227 40.921 61. dapat disimpulkan raltegravir teramati sebagai negatif palsu pada penambatan integrase HIV-1 menggunakan GOLD.4 (naik 6%).12.022 65.243 71.361.90. Universitas Indonesia Penapisan virtual.361 52. Peringkat teratas tetap ditempati oleh ritonavir dengan GoldScore 74.215 43. raltegravir tetap teramati sebagai negatif palsu.470 60. Hasil penambatan senyawa kontrol menggunakan GOLD pada integrase HIV-1 Nama Ritonavir Lopinavir Saquinavir Atazanavir Amprenavir Darunavir Tipranavir Raltegravir* Rilpivirin Etravirine Delavirdine Nelfinavir Nevirapine Efavirenz GoldScore Tanpa Residu Nonstandar 69. Dengan mempertahankan air pada sisi aktif dan logam Cd2+..671 63.817 68.628 42.564 59.267 51. Rezi Riadhi Syahdi. 2012 ..359 46.415 73.904 54. FMIPA UI.824 72.452 63..988 55.638 59.581 54.840 59.48 Tabel 4.180 66.9 (naik 38%).829 * menandakan kontrol positif integrase Dari tabel diatas.174 66. Sedangkan pada peringkat paling tinggi terdapat positif palsu ritonavir (protease inhibitor) dengan GoldScore 69. raltegravir berada pada peringkat 12 dengan GoldScore 46. Tanpa adanya molekul air dan Cd2+.808 54. Peringkat raltegravir naik menjadi peringkat 8 dengan GoldScore 63.941 53.212 48.219 Dengan HOH 218 dan Cd2+ 74.

4. FMIPA UI. dilakukan penapisan virtual terhadap 1453 ligan dengan metode penambatan terarah pada area berbentuk bola (sferik) dengan radius 15 Å yang berpusat pada situs ikatan yang telah didefinisikan sebelumnya.pdbqt dan melakukan penambatan Universitas Indonesia Penapisan virtual. Keluaran hasil penapisan akan disimpan dalam urutan peringkat nilai GoldScore dan konformasi ikatan ligan-makromolekul dalam berkas berformat ..2 Penapisan Virtual Menggunakan AutoDock dan Vina Penapisan virtual menggunakan AutoDock memerlukan bantuan dari PyRx untuk mengolah berkas ligan menjadi . 2012 . Pencarian dilangsungkan dengan perhitungan medium (50.. Hasil Validasi Ketiga Metode pada Integrase HIV-1 Parameter / Metode AutoDock p Prediktif p' n' TPR (Sensitivitas) FPR (fallout) Akurasi Vina Aktual n 0 1 p 1 12 Gold n 1 0 0 1 0. Rezi Riadhi Syahdi.1 Penapisan Virtual Menggunakan GOLD Pada penelitian ini. Kondisi optimum adalah mempertahankan molekul air HOH A 218 dan Cd2+.. Jumlah perhitungan algoritma genetik yang dilakukan adalah 10 sedangkan untuk fungsi penilaian digunakan GoldScore berdasarkan hasil validasi untuk fungsi penilaian yang memberikan hasil relatif lebih baik.000 kalkulasi) berdasarkan hasil validasi yang menunjukkan perhitungan medium sudah cukup signifikan.13.49 Tabel 4.conf.857 p 0 13 1 0 1 n 0 1 1 12 0 1 0.4.4 Penapisan Virtual 4.857 Dari hasil validasi dapat disimpulkan bahwa AutoDock Vina memberikan hasil yang relatif lebih baik dengan raltegravir sebagai kontrol positif menempati peringkat 1 dibandingkan kedua metode lainnya. 4. 4.

4. Berkas luaran yang dihasilkan AutoDock berada dalam berkas .pdbqt.5.375 angstrom. Setiap senyawa yang masuk 10 peringkat besar ditelusuri dari pustaka untuk aktivitas anti-HIV bila ada. 2012 .000.2. dan pertukaran silang 0. FMIPA UI.5 Analisis Hasil Penapisan Virtual Hasil penapisan virtual untuk tiap enzim diperingkatkan berdasarkan kesesuaiannya. laju mutasi 0.Untuk vina.dlg yang dapat dilihat menggunakan pemroses dokumen seperti wordpad ataupun alat bantu molekular seperti VegaZZ. semakin besar peringkatnya. Penapisan virtual yang optimum untuk digunakan adalah menggunakan AutoDock pada transkriptase balik sedangkan AutoDock Vina dan GOLD pada protease serta AutoDock Vina untuk integrase berdasarkan dari validasi metode yang dilakukan. yakni semakin rendah nilai ΔG untuk AutoDock dandan semakin tinggi nilai GoldScore. Pelaksanaan running GA sebanyak 10 kali untuk tiap senyawa.. Rezi Riadhi Syahdi. standar deviasi dan koefisien variansi tiap senyawa dalam 5 keterulangan percobaan. Pada penelitian ini dilakukan penapisan virtual terhadap 1453 senyawa dari basis data tanaman obat Indonesia. exhautiveness diatur pada 8. kalkulasi sebesar 250. AutoDock dijalankan dengan parameter jumlah generasi algoritma adalah 27.000 kali. Kotak grid yang digunakan berdimensi 50 x 50 x 50 dengan tiap unit setara dengan 0.8.Pada tabel tersebut diberikan data mengenai peringkat 10 besar.1 Penapisan Virtual pada Transkriptase Balik Hasil penapisan virtual pada transkriptase balik menggunakan ketiga metode dapat diamati pada tabel. Universitas Indonesia Penapisan virtual.. populasi 150.Setiap penapisan virtual dilakukan sebanyak 5 kali keterulangan. 4.50 berseri untuk penapisan virtual. Berkas luaran yang dihasilkan Vina berupa konformasi ligan yang paling optimum dalam format berkas ..

46 kkal/mol dengan peringkat paling bawah ditempati alphacryptoxanthin dengan ΔG sebesar -11.894 0.00 -11.050 0. Cassiamin C merupakan senyawa turunan anthraquinone dimerik (anthrone) yang terkandung dalam tumbuhan Cassia siamea (johar) famili Fabaceae.48 -11.42 kkal/mol. didapatkan 10 peringkat senyawa terbaik dari masing-masing metode.045 0 0.5R.51 Tabel 4.56 -11.(3S..14. senyawa terpen memiliki aktivitas anti-HIV.612 0. Penapisan virtual menggunakan vina menghasilkan Cassiamin C sebagai peringkat tertinggi dengan ΔG sebesar -12.8-dihydrobeta. FMIPA UI. dan alpha-cryptoxanthin). Hasil penapisan virtual menggunakan AutoDock Vina pada tranksriptase balik HIV-1 Peringkat 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 Nama Cassiamin C Beta-carotene (3S.42 N SD KV (%) 5 5 2 0.55 -11. cryptochrome. Alkaloid isokuinolin liriodenine dikenal sebagai senyawa pertahanan dasar tumbuhan serta memiliki aktivitas Universitas Indonesia Penapisan virtual..8dihydro-beta.50 -11.beta-caroten-3-ol.346 0.. diperoleh 7 senyawa turunan tetraterpen atau karotenoid (beta-carotene. Golongan terpen yang paling aktif menghambat perkembangan virus HIV adalah triterpen pentasiklik (Huang & Chen. cryptocapsin.8S)-5.774 0.261 0 0 2.986 0.52 -11. 2005).8-Epoxy-5.Dua senyawa lainnya adalah turunan alkaloid isokuinolin (spermatheridine dan anonaine).071 0.46 -11.8-epoxy-5.8S)-5. 2012 .70 -12. Dari penelusuran pustaka.733 Berdasarkan hasil penapisan dengan transkriptase balik.436 0.084 2.60 -11. mutatoxanthin.093 0 0 3 5 2 5 5 4 5 0. termasuk proses transkripsi balik. Dari 9 senyawa peringkat teratas Vina lainnya. Dari penelusuran pustaka belum ada penelitian tentang aktivitas anti HIV tumbuhan Johar ataupun Cassiamin C. anteraxanthin.388 0 0.5R. beta-caroten-3-ol Mutatoxanthin Spermatheridine Cryptocapsin Anonaine Cryptochrome Antheraxanthin Alpha-cryptoxanthin ΔG (kkal/mol) -12. Rezi Riadhi Syahdi.

. A. 2012 .36 kkal/mol.574 1. Ketiga senyawa ini termasuk dalam golongan flavonoid. gomezianus Wallich ex Trecul. Morus australis dan M..1270 0. Nemec.36 2 4 5 5 4 4 3 3 5 4 0.66 -10.3402 0.3041 0.611 Berdasarkan hasil penapisan virtual transkriptase balik menggunakan AutoDock. Rezi Riadhi Syahdi. Selain mulberrin. australis Poir.49 -10.51 -10.408 0.43 -10. Luo. Semua tanaman tersebut dikasifikasikan sebagai anggota famili Moraceae. Senyawa ini dikenal juga sebagai Kuwanon C dan merupakan senyawa golongan flavonoid dari tanaman Artocarpus fretessi.044 0.3290 0.028 1.2130 0.28 kkal/mol dan peringkat paling bawah adalah Sanggenol N dengan ΔG sebesar -10.210 3. cryptocapsin. alphacryptoxanthin serta beta-carotene terdapat dalam tumbuhan Capsicum annuum.261 3. A.0614 0.1800 0. Hasil penapisan virtual menggunakan AutoDock pada tranksriptase balik HIV-1 Peringkat Nama ΔG N SD 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 Mulberrin Plucheoside A Vitexilactone Brucine N-Oxide Cyanidin 3-arabinoside Mangostin Guaijaverin Erycristagallin Morusin Sanggenol N (kkal/mol) -11. heterophyllus. lhou.15..0438 0. Penelitian ini menyimpulkan bahwa flavonoid morusin. senyawa yang menempati peringkat tertinggi adalah mulberrin dengan ΔG sebesar -11.28 -10. FMIPA UI.3293 0. Mutatoxanthin. kuwanon H dan glikosida morusin memiliki aktivitas poten.155 1.Sanggenol N Universitas Indonesia Penapisan virtual.82 -10.52 antimikroba dan antifungal. Dari 10 senyawa peringkat Vina ini. Morus alba. Ning dan Li (1994) telah meneliti flavonoid dari Morus alba yang memiliki aktivitas anti HIV. belum ada penelitian yang menunjukkan kemampuan penghambatan transkriptase balik ataupun anti-HIV.74 -10. M.1668 KV (%) 2.70 -10.697 3.689 2.43 -10. albajuga mengandung morusin dan sanggenol N yang berada dalam peringkat penambatan. Tabel 4. antheraxanthin. dan M.

hal ini memungkinkan pengembangan senyawa alkaloid indol sebagai pemandu anti HIV-1 (Cutignano. 2012 . Brucine N-oxide adalah persenyawaan dari tumbuhan Strychnos atlantica. Bruno. Dari penelitian tersebut. Locher dan kawan-kawan (1996) melakukan penelitian tentang aktivitas antivirus HIV-1 dari tumbuhan Hawai. Aglikon senyawa ini yakni cyanidin. G. Raju. fusca. lucida R. serta derivatnya diduga memiliki aktivitas antiretroviral (Shiro. Tumbuhan ini diketahui telah digunakan untuk merawat HIV-AIDS dan memiliki aktivitas transkriptase balik. Tetapi belum ada penelitian terkini yang langsung menghubungkan Vitexilactone dengan aktivitas inhibisi transkriptase balik (Woradulayapinij. & Arora. Masanori.. Namun tidak dijelaskan mekanisme penghambatan aktivitas HIV-1 tersebut dan tidak dilanjutkan dengan isolasi senyawa. tumbuhan Pluchea indica diketahui dapat menghambat aktivitas HIV-1. dan S. S. Senyawa ini berasal dari tumbuhan Vitex spp. Mamoru. Universitas Indonesia Penapisan virtual. Vitexilactone adalah senyawa diterpen pada peringkat ketiga hasil penapisan dengan ΔG sebesar -10. Malus sylvestris. Jayaram. termasuk terhadap HIV. yakni Plucheoside A adalah senyawa golongan terpen glukosida dari tumbuhan Pluchea indica. Mangostin (alfa-mangostin) merupakan senyawa xanthon yang didapatkan dari tumbuhan Garcinia kowa. Padmalatha. G. Alkaloid golongan ini telah banyak diteliti aktivitas antiviralnya. Rezi Riadhi Syahdi.. FMIPA UI. Soonthornchareonnon. G. Senyawa ini termasuk golongan alkaloid indol. terpnophylla dan Cratoxylum cochinchinese. 1991). Prasad. Mangifera indica. 2005. dulcis. echinocarpa. 2009). Senyawa peringkat kedua. Empetrum nigrum dan Cinchona ledgeriana. & Wiwat.53 adalah flavonoid isopren dari Morus australis namun belum ada penelitian lebih lanjut mengenai aktivitas anti-HIV. Casapullo. & Yosuke. G. & Riccio. spinosa. Cyanidin 3-arabinoside adalah senyawa golongan flavonoid yang tersebar pada tumbuhan famili Ericaceae. S.74 kkal/mol..Br. Terdapat senyawa dari golongan alkaloid indol yang positif memiliki aktivitas HIV-1. wallichiana. mangostana. G. Penelitian Vlietinck. 2000). Theobroma cacao. Gomez-Paloma. Bifulco.

Hasil penapisan virtual menggunakan GOLD pada transkriptase balik HIV-1 Peringkat 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 Nama Mirabijalone C Luteolin 7-apiosyl(1-2)-glucoside Mangostin Myricetin 3-(6"galloylgalactoside) Heteroartonin A Heteroflavanone C Myricetin 3-glucoside Torvanol A Proanthocyanidin A1 Guaijaverin Penapisan virtual menggunakan GoldScore 88.876 1.029 80. dan Pieters (1998) menyimpulkan bahwa mangostin memiliki aktivitas anti-HIV dan menghambat proses replikasi HIV-AIDS. et al.054 81. FMIPA UI..952 82.111 82. Miyashiro. 2007). Rezi Riadhi Syahdi.4893 2.54 Bruyne.113 84.8912 3. Guaijaverin lebih dikenal aktivitasnya sebagai bakteriostatik dan antiplak.335 0.430 82.061 81.16.0499 3.7188 1.846 3.1863 2.935 2 2 5 5 4 4 2. namun belum ada yang menghubungkan dengan Erycristagallin (McKee.5424 KV (%) 2. Guaijaverin merupakan glikosida kuersetin dengan gula 3-arabinosida yang berasal tumbuhan Psidium guajava. 2 senyawa (mangostin dan guaijaverin) diberikan oleh metode penambatan AutoDock.477 1. Taxodium distichum dan family Ericac5eae. Nakamura.512 5.. & JC. 1997). kuersetin.463 2. Dari 10 senyawa tersebut. Hattori.6242 1.692 79.2138 4. Universitas Indonesia Penapisan virtual. Erycristagallin merupakan persenyawaan pterocarpan dari tumbuhan genus erythrina.864 1.. Apers. Tabel 4.266 4.7381 0.. Diduga terdapat senyawa pterocarpan yang memiliki aktivitas anti HIV dari tumbuhan ini. 2012 .305 82. dikenal sebagai inhibitor HIV-1 terutama transkriptase balik (Yu. Aglikon dari guajaverin.617 GOLD pada transkriptase balik menghasilkan 10 senyawa dengan peringkat GoldScore tertinggi.3206 1.286 N 5 4 5 2 SD 2. Theobroma cacao.

dan Capsicum annuum. & Choowongkomon. E.029. Petroselinum crispum. Luetolin memiliki kemampuan untuk menghambat transkripsi HIV-1 (Mehla.55 Mirabijalone C menempati peringkat tertinggi dengan nilai GoldScore 88. Keduanya merupakan glukosida flavonoid. dan Tellima grandifloria. Myricetin 3-(6”galloylgalactoside) dengan GoldScore 82. Aglikon kedua senyawa ini yakni flavonoid myricetin memiliki aktivitas anti-HIV (Veljkovic. Camelia sinensi. Glisic. 2011). A. Heteroartonin A menempati peringkat 5 dengan GoldScore 82. Senyawa ini terdapat pada tumbuhan Apium graveolens.430. Seetaha. Mehla. FMIPA UI.. Torvanol A menempati peringkat 8 dengan GoldScore 81. Peringkat kedua ditempati oleh senyawa flavonoid Luteolin 7-apiosyl(12)-glucoside dengan GoldScore 84. Mirabijalone C merupakan senyawa glikosida dari Mirabilis jalapa.286 menempati peringkat 4. Veljkovic. Hannongbua. & Debyser. Dodona. 2012 .054. 2011).Dari Universitas Indonesia Penapisan virtual. Ekstrak heksan biji A.113. Senyawa flavonoid merepresentasikan antiretroviral dari sumber alam yang penting karena aktivitas anti-HIV-1 dan toksisitasnya yang rendah.061.Namun isolasi senyawa lebih lanjut belum dilakukan untuk mengetahui senyawa aktif dari tumbuhan ini (Silprasit. & Chauhan. Rezi Riadhi Syahdi. Penelitian tentang aktivitas anti HIV masih belum didapatkan dari penelusuran pustaka.Pada peringkat keenam terdapat senyawa heteroflavanone C dengan GoldScore 82.Senyawa ini terdapat pada tumbuhan Euphorbia spp.Kedua senyawa ini merupakan anggota flavon dan terdapat pada tumbuhan Artocarpus fretessi. heterophyllus. Sedum kamstchaticum.Myricetin 3-glucoside terdapat pada tumbuhan anggota familia Fabaceae.111. Epilobium angustifolium. Mouscadet.. Saxifragaceae. Pongsanarakul. heterophyllus menunjukkan aktivitas poten terhadap transkriptase balik HIV1. 2007).Torvanol A merupakan persenyawaan isoflavon yang terdapat pada Solanom torvum. Nymphaea Caerulea dan Sparganium erectum.. chempeden dan A. Woodfordia fruticosa.Senyawa myricetin 3-glucoside menempati peringkat 7 dengan GoldScore 81.

Proanthocyanidin A1 menempati peringkat 9 dengan GoldScore 80.2 Penapisan Virtual pada Protease Hasil penapisan virtual pada protease menggunakan ketiga metode dapat diamati pada tabel 4.20 -10.17.80 -10. Pada tabel tersebut diberikan data mengenai peringkat 10 besar.0447 0 0. diketahui senyawa proanthocyanidin memiliki aktivitas anti-HIV in vitro (Shahat. Mangostenone merupakan senyawa flavon yang terdapat Universitas Indonesia Penapisan virtual. senyawa mangostenone A posisi pertama dengan ΔG = -10.62 -10.. Soonthornchareonnon. Cola acuminata.. Cinnamomum spp dan anggota familia Fabaceae.80. Tabel 4.0500 0 0.421 0 0.5.20 -10.4β→8)-epicatechin yang terdapat pada Theobroma cacao.12 5 5 4 5 4 5 4 5 5 5 0 0. Lupinus angustifolius.30 -10.56 penelusuran pustaka belum ditemukan penelitian tentang aktivitas anti HIV. Senyawa ini merupakan dimer epigallocatechin-(2β→7. 1998).60 -10. et al. 2012 ..20 -10. Hasil penapisan virtual menggunakan AutoDock Vina pada protease HIV-1 Peringkat 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 Nama Mangostenone A Yuehchukene Leucadenone B Myricetine 3-robinobioside Roxburghine B Cyclomorusin Cassiamin C Cinchonain lb Sanggenol N Daucosterin ΔG N SD KV (%) (kkal/mol) -10. Areca catechu. FMIPA UI.0577 0 0. Rezi Riadhi Syahdi. & Wiwat.0548 0 0 0 0.529 0 0 0 0.494 Pada peringkat penapisan. 4..692.26 -10.563 0 0. standar deviasi dan koefisien variansi tiap senyawa dalam 5 keterulangan percobaan.36 -10. Dari penelusuran pustaka. 2005).17. namun ekstrak torvanol A memiliki aktivitas antiviral (Woradulayapinij.

elasticus. Untuk senyawa ini belum ada aktivitas farmakologis yang dilaporkan namun diketahui batang Cinchona memiliki khasiat anti-HIV. Senyawa alkaloid turunan Indol banyak diteliti karena efektivitasnya sebagai anti HIV (Cutignano. Posisi keenam penapisan ditempati oleh Cyclomorusin dengan ΔG = 10. & Riccio. Bruno. Yuehchukene dengan ΔG = -10.. Casapullo. Universitas Indonesia Penapisan virtual. Wan. Cinchonain lb adalah senyawa turunan flavonolignan yang menempati posisi 8 dengan nilai ΔG = -10. Du. Posisi ketiga penapisan ditempati oleh leucadenone B dengan ΔG = 10. Kandelia candel.57 pada Garcinia mangostana. 2012 . Cinchona succirubra.. australis.Belum ada penelitian terkait aktivitas anti-HIV senyawa ini. A. Bifulco. & Loh.62 menempati peringkat kedua penambatan. 2000). Senyawa ini terdapat pada batang tumbuhan Trichillia catigua. Phyllocladus trichomanoides..30.6 μg/mL.36. Leucadanone B adalah senyawa flavanon yang umum terdapat pada daun Melaleuca leucadendron dari family Myrtaceae. FMIPA UI. Aglikon myricetin memiliki aktivitas antiviral walaupun lemah.20 kkal/mol. & But (2003) telah menemukan bahwa cyclomorusin memiliki aktivitas antiviral dengan IC50 1. Xu. 1996). Senyawa alkaloid diastereomer indol ini terdapat pada daun dan batang Uncaria gambir. He. Senyawa flavonoid ini terdapat pada Syzygium cumini dan Nymphaea marliaceae. Ye. GomezPaloma.26 kkal/mol. Pada posisi kelima penapisan terdapat Roxburghine B dengan ΔG = 10. Posisi keempat penapisan ditempati oleh myricetin 3-robinobioside dengan ΔG = -10. Garcinia mangostana diketahui memiliki aktivitas protease inhibitor yang berkaitan dengan mangostin (Chen. Posisi ketujuh penapisan ditempati oleh Cassiamin C. Senyawa ini adalah alkaloid dimerik indol yang terdapat pada akar tumbuhan Murraya paniculata. Cyclomorusin merupakan flavonoid golongan flavon yang terdapat dalam tumbuhan Artocarpus communis. M. Morus alba. Cassiamin C terdapat juga pada penapisan virtual menggunakan AutoDock Vina di kedua enzim lainnya. Rezi Riadhi Syahdi. Jiang.60.

5895 0.83.4567 0.4''disulfatoglucuronide) Isoscutellarein 4'-methyl ether Amaranthin Torvanol A Ursonic acid 5-Carboxypyranocyanidin 3O-(6''-O-malonyl-betaglucopyranoside) Oleoside Jacoumaric acid Platanic acid 5-Carboxypyranocyanidin 3O-beta-glucopyranoside 2 3 4 5 6 7 8 9 10 Dari penambatan ini ΔG N SD KV (%) (kkal/mol) -18. Posisi sepuluh ditempati daucosterin.470 1. 2012 . Hasil penapisan virtual menggunakan AutoDock pada protease HIV-1 Peringkat 1 Nama 8-Hydroxyapigenin 8-(2''.83 5 1.58 Posisi kesembilan ditempati oleh Sanggenol N.628 didapatkan 8-Hydroxyapigenin 8-(2''.905 4.74 5 2.0342 0. Rezi Riadhi Syahdi. Belum ditemukan adanya penelitian tentang senyawa ini terkait aktivitas anti HIV. Capparacaceae..04 -11.823 -12.5779 0.39 5 5 5 4 1.275 2. Mereka menyimpulkan ekstrak air buah Heliocteres isora (Jelumpang) memiliki aktivitas anti HIV-1. Daucosterin adalah senyawa turunan glukopiranosida yang terdapat sangat menyebar di tumbuhan family Asteracea.3498 8.91 -11.722 -17.555 4.74 kkal/mol dan Isoscutellarein 4methylether dengan ΔG sebesar -17. Amaranthin adalah zat pigmen ungu golongan lektin yang terdapat Universitas Indonesia Penapisan virtual.58 -12.79 5 4 5 3 0.95 -11.72 -14.5456 3.042 0.1853 0.. Euphorbiaceae.0562 0. Tabel 4. Otake dan kawan-kawan (1995) melakukan penelitian dari 30 ekstrak tumbuhan sebagai aktivitas anti HIV-1. FMIPA UI.72 kkal/mol. Keduanya adalah glikosida flavon yang terdapat dalam buah Helicteres isora..4''- disulfatoglucuronide) dengan ΔG sebesar -18.8869 15.18.46 -12.1985 6. Pada peringkat ketiga terdapat amaranthin dengan ΔG sebesar -17. Sanggenol N juga ditemukan saat dilakukan penapisan virtual menggunakan AutoDock pada transkriptase balik.793 0.408 -17.

cristata. Ekstrak daun dari tumbuhan familia ini banyak digunakan untuk mensupresi infeksi akut dan transmisi sel ke sel HIV-1 (Lee-Huang. Keduanya merupakan glukosida flavonoid dari Allium cepa.Ursonic acid terdapat pada peringkat kelima dengan ΔG sebesar -12. 2012 . Lektin sendiri merupakan senyawa tumbuhan yang berfungsi sebagai alat defensif terhadap mikroba. Oleoside menempati peringkat 7 dengan ΔG sebesar -12. Melaleuca leucadendron. tricolor. bahkan lektin dari Phaseolus vulgaris memiliki aktivitas RT (Fang.39 menempati peringkat 6 dan 5-Carboxypyranocyanidin 3-O-beta-glucopyranoside dengan ΔG sebesar -11..48 kkal/mol. & Huang. Senyawa triterpen ini terdapat pada tumbuhan Jacaranda caucana dan Psidium guajava. Oleoside merupakan senyawa glukosida sekoiridoid dari tumbuhan familia Oleaceae. Torvanol A yang terdapat pada peringkat keempat dengan ΔG sebesar 14. Rezi Riadhi Syahdi.04 kkal/mol. Fujioka dan Kashiwada (1994) telah meneliti tentang betulinic acid Universitas Indonesia Penapisan virtual. Posisi kesembilan ditempati oleh platanic acid dengan ΔG = -11. 2010). Platanus occidentalis. A. 5-Carboxypyranocyanidin 3-O-(6''-O-malonyl-beta-glucopyranoside) dengan ΔG sebesar -12. Huang. Belum ada penelitian tentang aktivitas anti-HIV senyawa ini.95. Wong.79 kkal/mol menempati peringkat 10. dan Lantana camara Linn. belum ditemukan penelitian tentang aktivitas HIV dari Ursonic acid. Posisi kedelapan ditempati jacoumaric acid dengan ΔG = -11. Melaleuca ericifolia. Zhang. dan kawan-kawan (2002).46 kkal/mol. Bijitumbuhan ini dapat diolah menjadi bahan pangan. Celosia argentea.91. Dari penelusuran pustaka. Tsao. Senyawa triterpen pentasiklik ini terdapat pada tumbuhan Angelica ursina Maxim. Senyawa ini juga merupakan triterpen seperti jacoumaric acid. Lin.59 dalam biji Amaranthus caudatus. Ficus microcarpa. & Ng. FMIPA UI. dan C. Myrica rubra...Platonic acid terdapat pada Syzigium claviflorum. Allium cepa telah dipatenkan untuk dipakai dalam pengobatan HIV/AIDS oleh Goren. Chang. Torvanol A juga terdapat pada peringkat penapisan virtual transkriptase balik menggunakan GOLD. 2003).

.. Hasil penapisan virtual menggunakan GOLD pada protease HIV-1 Peringkat 1 Nama Multifloroside GoldScore 91.4561 6.597 4 1. senyawa dengan nilai GoldScore terbesar adalah Multifloroside yakni 91. Senyawa ini merupakan glikosida dari tumbuhan Jasminum multiflorum yang belum banyak diteliti. Veljkovic.5-di-(6-malonylglucoside) adalah glikosida Universitas Indonesia Penapisan virtual. 2012 .572 4 4.652 5 4.121 9 Kaempferol 3-(6"-acetylglucosyl)-(13)-galactoside 78.3676 5.9927 2.0748 5.7152 7. 2007).2623 1. Cyanidin 3.383.5-di-(6malonylglucoside) 89.811 3 5. Mouscadet.4"-disulfatoglucoronide) 80.60 dan platanic acid sebagai agen anti-HIV dari tumbuhan Syzigium claviflorum serta triterpenoid terkait lainnya.271 Cyanidin 7-(3-glucosyl-6-malonylglucoside)-4'-glucoside 82.9137 4. Glikosida memiliki potensi sebagai anti HIV terutama bila aglikonnya merupakan flavon (Veljkovic. Rezi Riadhi Syahdi.4083 7.400 2 3.547 Multiroside 77.093 3 Cyanidin 3.225 3 1. Platanic acid menunjukkan efek penghambatan HIV dengan EC50 6.. Glisic.3653 5. & Debyser. Pada peringkat 10 terdapat Multiroside yang juga merupakan glikosida dari tumbuhan Jasminum multiflorum seperti multifloroside.627 4 5 6 10 Berdasarkan hasil penapisan virtual menggunakan GOLD pada protease HIV-1. Tabel 4.874 2 Ternatin D 90.612 8 Amaranthine 79.345 3 6.795 2 4.862 5 5. FMIPA UI.5 µM.383 N SD KV (%) 5 5.072 Cyanidin 3-(6"-malonylglucoside)-5glucoside 83.19.868 7 Myristin 79.104 Isoscutellarein 4'-methyl ether 8(2". Senyawa yang menempati peringkat teratas lainnya juga merupakan persenyawaan glikosida.4704 5.

Park.22. & Lee.68 -9. & Sanchez. Hussein. 1998). Shin. Amaranthine merupakan pigmen pewarna ungu dari tumbuhan famili Amaranthaceae yang juga turunan glikosida..0447 0 0.. Masanori. 4.80 -9.80 -9. 2001).0894 0. Dari pustaka belum ditemukan penelitian terkait aktivitas HIV-1.5. Rezi Riadhi Syahdi. 2012 . 4.86 KV (%) 5 4 5 0. & Yosuke.567 Universitas Indonesia Penapisan virtual.0548 0 0. Meyer.-di-Ogallate Shermilamine E Epigallocatechin-(4beta->8)epicatechin-3-O-gallate Sanggenol N Procyanidin B3 Sojagol ΔG N SD (kkal/mol) -10.462 0.907 -9. standar deviasi dan koefisien variansi tiap senyawa dalam 5 keterulangan percobaan. Tabel 4. 1991). Mamoru. Woo.5.21. FMIPA UI. Hasil penapisan virtual menggunakan AutoDock Vina pada integrase HIV-1 Peringkat 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 Nama Cassiamin C Epicatechin 3.61 yang banyak terdapat pada tumbuhan dari familia Labiateae seperti Thymus doerfleri.. Woo. dan turunan ester galat (Kim.0447 0 0. Shin.20.0 0. Thymus praecox dan Thymus serphyllum. glikosida turunan fenilpropanoid (Kim. Pada tabel tersebut diberikan data mengenai peringkat 10 besar. Thymus pannonicus.78 5 4 0 0. Munoz. Aglikon cyanidin diduga memiliki aktivitas anti retroviral (Shiro.0447 0.80 4 5 0 0 0 0 -9. & Park.90 -9. dan 4.66 5 5 5 0. 2010).5-di-O-gallate Myricetin 3-(2Grhamnosylrutinoside) Arecatannin A1 Epigallocatechin 3.70 -9. Hwang.3 Penapisan Virtual pada Integrase Hasil penapisan virtual pada integrase menggunakan ketiga metode dapat diamati pada tabel 4.12 -9. Hasil ini memberikan rekomendasi glikosida baru yang dapat menjadi inhibitor poten untuk HIV-1.442 0 0. beberapa diantaranya memiliki hambatan yang tinggi seperti glikosida jantung dari Elaondrum croceum (Prinsloo. Terdapat beberapa penelitian tentang glikosida yang memiliki aktivitas anti HIV.20.457 -9.

. Sojagol adalah senyawa isoflavonoid yang terdapat pada tumbuhan Glycine max dan Phaseolus aureus. Ito. & Yoshida. & Shimamura. Honda. Ikigai.5-di-O-gallate. epigallocatechin 3. Procyanidin B3 adalah persenyawaan dimer catechin-(4α->8)-catechin dan merupakan anggota flavonoid proantosianidin. 5 dan 7 merupakan persenyawaan polifenol yang banyak terdapat dalam Camellia sinensis. Telah banyak penelitian dilakukan untuk persenyawaan catechin dalam teh teutama epigallocatechin gallate.62 Pada posisi pertama penambatan terdapat cassiamin C.5-di-O-gallate dan epigallocatechin-(4beta->8)-epicatechin-3-O-gallate yang terdapat pada posisi 2. Senyawa derivat anthrakuinon ini terdapat dalam peringkat 10 besar penapisan menggunakan AutoDock Vina pada transkriptase balik dan protease. 2002). Subhadhirasakul. 2003). Hara. Myricetin 3-(2G-rhamnosylrutinoside) adalah persenyawaan glikosida flavonoid yang terdapat dalam tumbuhan Clitoria ternatea. 2012 . Epicatechin 3. FMIPA UI. 3. Tumbuhan ini diduga memiliki aktivitas anti HIV.. & Rattanasuwan. Sanggenol N yang terdapat pada peringkat 8 ada pada 10 peringkat besar protease menggunakan Vina dan transkriptase balik menggunakan AutoDock. Universitas Indonesia Penapisan virtual. mekanisme yang disimpulkan adalah kemampuan inhibisi protease (Tewtrakul. Dari penelusuran pustaka belum didapatkan adanya penelitian mengenai aktivitas anti HIV-1 senyawa ini. 2003). Sejauh ini penelitian tentang Cassia siamea ataupun cassiamin C sebagai anti-HIV belum didapatkan dari pustaka. Rezi Riadhi Syahdi.Senyawa ini menarik untuk diteliti karena diduga memiliki kemampuan pengurangan viral load dan merusak virus. Penelitian yang dilakukan untuk mengetahui mekanisme kerjanya menduga bahwa aktivitas antiviral HIV dihasilkan dari berbagai tahap dalam siklus hidup virus (Yamaguchi. Aktivitas anti-HIV sanggenol N belum didapatkan dari pustaka.. Dari literatur. procyanidin memiliki aktivitas penghambatan HIV-1 namun mekanisme yang diusulkan adalah melalui penghambatan protease inhibitor (Park.

Universitas Indonesia Penapisan virtual.7.2492 1.7. Dari penelurusan pustaka senyawa ini belum dipublikasikan mengenai penelitian aktivitasnya terhadap integrase. Rezi Riadhi Syahdi.008 1. yaitu cassiamin C dan sanggenol N. terdapat dua senyawa yang juga terdapat pada peringkat penapisan menggunakan AutoDock Vina.34 4 5 0. Pada posisi kedua penambatan dengan = -9.11 -9.58 5 5 0.932 1. Senyawa ini juga berada pada peringkat penambatan transkriptase balik menggunakan AutoDock.21.0937 0.4'-Tetrahydroxyisoflavone-8-C-glucoside.34 -9.3869 0. Cyanidin 3-arabinoside dan quercetin 3-O-alpha-D-arabinopyranoside adalah persenyawaan glikosida flavonoid.949 -9. 2012 .2108 2.2'.046 1.4'Tetrahydroxyisoflavone8-C-glucoside Cyanidin 3-arabinoside Cyanidin 3-(6''-caffeyl-6'''ferulylsophoroside)-5glucoside Yuehchukene Artonin X Sanggenol N Myricetin 3-alpha-Larabinopyranoside Quercetin 3-O-alpha-Darabinopyranoside Kuwanon T Dari 10 peringkat penapisan pada integrase HIV-1 menggunakan AutoDock.133 4. aglikonnya diduga memiliki aktivitas antiretroviral.4739 6.6937 0.3748 4. Hasil penapisan virtual menggunakan AutoDock pada integrase HIV-1 Peringkat Nama N SD -10. Myricetin 3-alpha-L-arabypiranoside adalah glikosida flavonoid.121 -9...2'.743 -9. Dari hasil penelusuran pustaka tumbuhan ini belum diteliti aktivitas HIV-integrasenya.464 2.. FMIPA UI.30 -9.08 4 5 5 5 0.326 ΔG KV (%) (kkal/mol) 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 Cassiamin C 5.1804 0.06 3 0.63 Tabel 4.56 -9.553 4.58 kkal/mol didapatkan 5.423 -9.59 -9. suatu glikosida yang terkandung dalam Cassia siamea seperti Cassiamin.10 3 0.1333 0. Kedua senyawa ini juga pernah muncul pada penapisan virtual pada transkriptase balik dan pada protease.

cyanidin 3-(6”-malonylglucoside) dan myricetin 3-(2G-rhamnosylrutinoside) adalah senyawa glukosida flavon.769 3 2.9147 4. & Li.0723 3.181 7.661 2 73.64 Yuehchukene adalah senyawa dari golongan alkaloid indol. Universitas Indonesia Penapisan virtual.701 72. 1994).3194 1. Pengujian senyawa golongan ini menunjukkan bahwa tahap yang dihambat berupa tahapan multiproses.310 70.918 3. Nemec.9470 6. Yuehchukene terdapat juga pada peringkat penambatan protease menggunakan AutoDock Vina.277 4 5 5 2.750 5 73.138 3 SD 3. Tanaman dari genus ini memiliki senyawa yang aktif anti HIV (Luo.4'-Tetrahydroxyisoflavone 8-Cglucoside Cyanidin 3-(6"-malonylglucoside) GoldScore N 76..885 5 74.5144 4. Kuwanon T adalah senyawa turunan flavon dari tanaman Artocarpus heterophyllus dan Morus lhou.Golongan ini berpotensi untuk memiliki aktivitas anti HIV.631 4.779 3 2.178 3-O-Galloylepicatechin-(4beta-8)-epicatechin-3-O-gallat dan Epigallocatechin 3.9757 KV (%) 5. Tabel 4. Rezi Riadhi Syahdi. 2012 .626 71.213 1.078 69.368 5.7.3031 1.190 5 75. Kaempferol 3-(4”-acetylrhamnoside).1786 3. Ning.835 2.1679 3. FMIPA UI.2'.0084 2.5-di-O-gallate Precarthamin Glucobrassicin 3-O-Galloylepicatechin-(4beta-8)epicatechin-3-O-gallate Miraxanthin-I Kaempferol 3-(4"-acetylrhamnoside) Myricetin 3-(2Grhamnosylrutinoside) 5.5-di-O-gallate adalah senyawa polifenol dari Camelia sinensis.185 71. bentuk aglikon flavonnya yang memiliki aktivitas anti HIV-1 namun tidak dijelaskan mekanisme aktivitasnya.. Senyawa ini juga muncul pada peringkat penapisan integrase menggunakan Vina.22 Hasil Penapisan Virtual Menggunakan GOLD pada integrase HIV-1 Peringkat 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 Nama Myricetin 3-galactoside Epigallocatechin 3.. Data mengenai aktivitas Kuwanon T sebagai anti-HIV belum didapatkan. Dari hasil penelitian sebelumnya.

. Hussein. dilakukan visualisasi untuk nevirapine pada transkriptase balik dan saquinavir pada protease..4'-Tetrahydroxyisoflavone 8-Cglucoside dan Cyanidin 3-(6"-malonylglucoside) yang merupakan glikosida flavonoid.4.65 Miraxanthin I adalah senyawa turunan xanthin yang terdapat pada tumbuhan Mirabilis jalapa. perhitungan tidak bisa dilakukan karena struktur raltegravir dengan kristal belum dipublikasi di PDB.1 – 4. Glucobrassicin adalah senyawa indol glukosinolat yang banyak terdapat dalam tumbuhan Cruciferae. Mobile atoms yang digunakan adalah atom dari ligan hasil penambatan dan fixed atoms adalah atom dari struktur kristal. 1997). & Sanchez. dan Cleomaceae. selain didapatkan peringkat. didapatkan juga posisi hasil penambatan. & Kung. Menggunakan bantuan PyMOL.2'. 2012 . Capparacae.. Untuk integrase. visualisasi dilakukan menggunakan PyMOL dan dibatasi untuk dilakukan hanya pada metode yang menghasilkan akurasi relatif lebih baik.7. Gambar hasil visualisasi dan situs ikatan dapat dilihat pada gambar 4. Ekstrak air tumbuhan Isatis tinctoria yang mengandung glucobrassicin dicampur dengan ekstrak Lonicera japonica. Universitas Indonesia Penapisan virtual. dan polygonium bistorta menunjukkan aktivitas penghambatan replikasi dan infeksi HIV secara in vitro (Tsai. FMIPA UI. Hwang.6 Visualisasi Hasil Penapisan Dari hasil validasi dan penapisan virtual. Rezi Riadhi Syahdi. Meyer. RMSD dapat dihitung menggunakan metode pair fitting atoms ligan. Pada validasi. Munoz. Glikosida flavonoid merupakan senyawa yang diteliti terkait khasiatnya sebagai anti-HIV (Prinsloo. Pada peringkat 9 dan 10 terdapat 5. 2010). Peringkat ketiga adalah Precarthamin yang merupakan prekursor diketahui dari Carthamin yang merupakan glikosida turunan sikloheksanon dari tumbuhan Carthamus tinctorius. Senyawa ini dikenal luas sebagai pigmen alamiah pada tumbuhan. Keduanya belum diketahui adanya penelitian tentang aktivitas anti HIV. 4. Untuk penelitian ini.

41 RMSD (dalam Angstrom) dari posisi hasil penambatan menggunakan PyMOL Senyawa AutoDock AutoDock GOLD Vina Nevirapine 0.146 0.0 Å)..165 0.66 Tabel 4. Rezi Riadhi Syahdi. RMSD ini karena posisi saquinavir hasil penambatan dengan AutoDock bergeser dari sisi ikatan.134 Saquinavir 4. FMIPA UI. 2012 . Untuk hasil penapisan virtual. sedangkan pada protease AutoDock menunjukkan RMSD yang kurang baik.0167 0.678 Pada transkriptase balik...757 1. visualisasi dapat dilihat pada lampiran gambar. Universitas Indonesia Penapisan virtual. ketiga metode memiliki RMSD yang relatif baik (RMSD < 2.

BAB 5
KESIMPULAN DAN SARAN

5.1 Kesimpulan
Dari hasil validasi dan hasil penapisan didapatkan bahwa
1. Berdasarkan akurasi dan keberhasilan pemeringkatan senyawa kontrol,
metode yang relatif unggul untuk digunakan dalam penapisan virtual
untuk transkriptase balik adalah menggunakan piranti lunak AutoDock,
sedangkan pada penapisan virtual untuk protease, metode yang relatif
unggul adalah menggunakan GOLD dan atau Vina, sedangkan untuk
integrase, AutoDock Vina menunjukkan performa lebih baik dari kedua
metode lainnya.
2. Penapisan virtual pada transkriptase balik menggunakan AutoDock
didapatkan 10 peringkat tertinggi: 1) mulberrin, 2) plucheoside A, 3)
vitexilactone, 4) brucine-N-oxide, 5) cyanidin 3-arabinoside, 6)
mangostin,7) guaijaverin, 8) erycristagallin, 9) morusin, 10) sanggenol N.
3. Penapisan virtual pada protease menggunakan GOLD didapatkan 10
peringkat tertinggi: 1) multifloroside, 2) ternatin D, 3) cyanidin 3,5-di-(6malonylglucoside), 4) cyanidin 3-(6"-malonylglucoside)-5-glucoside, 5)
cyanidin

7-(3-glucosyl-6-malonyl-glucoside)-4'-glucoside,

6)

isoscutellarein 4'-methyl ether 8-(2",4"-disulfatoglucoronide), 7) myristin,
8) amaranthine, 9) kaempferol 3-(6"-acetylglucosyl)-(1-3)-galactoside,
10) multiroside. Penapisan virtual menggunakan Vina didapatkan: 1)
mangostenone A, 2) yuehchukene, 3) leucadenone B, 4) myricetine 3robinobioside, 5) roxburghine B, 6) cyclomorusin, 7) cassiamin C, 8)
cinchonain Ib, 9) sanggenol N, dan 10) Daucoserin.
4. Penapisan

virtual

pada integrase menggunakan

AutoDock Vina

didapatkan 10 peringkat tertinggi 1) cassiamin C, 2) Epicatechin 3,5-di-Ogallate, 3) Myricetin 3-(2G-rhamnosylrutinoside), 4) Arecatannin A1, 5)
Epigallocatechin

3,5,-di-O-gallate,

6)

Shermilamine

E,

7)

67
Universitas Indonesia
Penapisan virtual..., Rezi Riadhi Syahdi, FMIPA UI, 2012

68

Epigallocatechin-(4beta->8)-epicatechin-3-O-gallate, 8) Sanggenol N, 9)
Procyanidin B3, 10) Sojagol.

5.2 Saran
1. Perlu dilakukan penelitian dinamika molekuler untuk melihat stabilitas
kekuatan ikatan tiap senyawa rekomendasi.
2. Perlu dilakukan uji in vitro lebih lanjut terhadap senyawa yang telah
direkomendasikan.

Universitas Indonesia
Penapisan virtual..., Rezi Riadhi Syahdi, FMIPA UI, 2012

67

DAFTAR REFERENSI

Ashford, L. S. (2006, July). How HIV and AIDS Affect Populations. Diambil 12
Desember,
2010,
dari
Population
Reference
Bureau:
http://www.prb.org/pdf06/howhivaidsaffectspopulations.pdf
Basavapathruni, A., & Anderson, K. S. (2007). Reverse Transcription of The HIV-1
Pandemic. The FASEB Journal , 3795-3808.
Beale, K. K., & Robinson, W. E. (2000). Combinations of Reverse Transcriptase,
Protease, and Integrase Inhibitor can Be Synergistic in vitro Against Drugsensitive and RT Inhibitor-resistant Molecular Clones of HIV-1. Antiviral
Research , 46 (3), 223-232.
Berman, H.M.; Westbrook, J.; Feng, Z.; Gilliland, G.; Bhat, T.N.; Weissig, H.;
Shindyalov, I.N.; Bourne, P.E. (2000). The Protein Data Bank . Nucleic Acids
Research Vol 28 , 235-242.
Bolton E, Wang Y, Thiessen PA, Bryant SH. PubChem: Integrated Platform of Small
Molecules and Biological Activities. Chapter 12 IN Annual Reports in
Computational Chemistry, Volume 4, American Chemical Society, Washington,
DC, 2008 Apr.
Braz, V. A. (2010). Binding of The Nonnucleoside Reverse Transcriptase Inhibitor
Efavirenz to HIV-1 Reverse Transcriptase Monomers and Dimers. Case Western
Reserve University.
Brik, A., & Wong, C.-H. (2003). HIV-1 Protease: Mechanism and Drug Discovery.
Organic & Biomolecular Chemistry , 5-14.
Chen, S., Wan, M., & Loh, B. (1996). Active constituents against HIV-1 protease from
Garcinia mangostana. Planta Medicina , 381-2.
Cole, J. C., Nissink, J. W., & Taylor, R. (2005). Protein-Ligand Docking and Virtual
Screening with GOLD. In J. C. Alvarez, & B. Shoichet (Ed.), Virtual Screening
in Drug Discovery (pp. 379-415). Boca Raton: Taylor & Francis Group.
Cotelle, P. (2006). Patented HIV-1 Integrase Inhibitors (1998-2005). Recent Patents on
Anti-Infective Drug Discovery , 1-15.
Cutignano, A., Bifulco, G., Bruno, I., Casapullo, A., Gomez-Paloma, L., & Riccio, R.
(2000). Dragmacidin F: A New Antiviral Bromoindole Alkaloid from the
Mediterranean Sponge Halicortex sp. Tetrahedron , 3743-3748.
Dallakyan, S. (2009, September). MGLTools. Diambil 12 Januari, 2011, dari PyRx Virtual Screening Tool: http://mgltools.scripps.edu/documentation/links/pyrxvirtual-screening-tool

Universitas Indonesia
Penapisan virtual..., Rezi Riadhi Syahdi, FMIPA UI, 2012

H. A Systematic Review on Computer-Aided Drug Design: Docking and Scoring. M. Fong.gov/ForConsumers/byAudience/ForPatientAdvocates/HIVandAI DSActivities/ucm118915.. 47-51. (1987). R.. B. Current opinion in Structural Biology . W. F. Recent advances in structure-based rational drug design.. Tsao.fda. dari http://pymol. P. (2004).. Diambil 12 Januari. Betulinic Acid and Platanic Acid as Anti-HIV Principles from Syzigium Claviflorum and the Anti-HIV Activity of Structurically Related Triterpenoids.. W.. Barlow. Antiretroviral Drugs Used in the Treatment of HIV Infection. Hickman. B. P. J. A. W. 11.. (1994). dari http://www.. 1235-1238. Anti-AIDS Agent. T. Fawcett..id/_asset/_download/SITUASI_AIDS_TERKINI. Jiang. (2011). D. (2010). & Hylands. (2010). S. (2003).. J. Extralong Autumn Purple Bean. (2007). & Markowitz. T.. Diambil 12 Agustus.-D. & Lei. & Kashiwada. 59115917. Annals of Internal Medicine . Antitumor. (2000). Journal of Agricultural and Food Chemistry .. Universitas Indonesia Penapisan virtual. Ditjen Penanggulangan Penyakit dan Kesehatan Lingkungan. T.. & But. Developmental Therapeutics and the Acquired Immunodeficiency Syndrome. 106 (4). (2008). Journal of Virology . Wong. 135. Gane. PyMOL User Guide. dari FDA: http://www. He. S. H..net/newman/userman. FMIPA UI. Journal of Natural Products . J. P. P. L. 401-404. Broder. 2011..-H. J. 264-278. Y.depkes. 2011. Fauci. 2012 . J. Food and Drug Administration. Phytochemistry . Fang. Antiviral flavonoids from the root bark of Morus alba L.go. Xu. Lin. Virtual Screening of Chinese Herbs with Random Forest. The Core and Carboxyl-Terminal Domains of the Integrase Protein of Human Immunodeficiency Virus Type 1 Each Contribute to Nonspecific DNA Binding. Kovacs. (2010)..-X. A. A. & Dean. (2004). 68. Z. & Craigie. Engelman. ROC Graphs: Notes and Practical Considerations for Researchers.. J. 243-247.-C. T. Diambil Mei 2011. 2221-2229.68 Delano. Rezi Riadhi Syahdi. and Nitric Oxide Inducing Activities from Seeds of Phaseolus vulgaris cv.htm Fujioka. Journal of Chemical Information and Modelling . E. P. Perkembangan HIV/AIDS sampai dengan Triwulan II tahun 2011. HIV-1 Integrase Inhibitors. The Physicians' Research Network Notebook . Ehrman. B.pppl. & Ng.-W.. 1-9.. (1994). R. Journal of Macao Polytechnic Institute . P..sourceforge.pdf/ Devita. A Lectin with AntiHIV-1 Reverse Transcriptase. 568-81. & Chabner.. P. J. Ye.. H. T. H.pdf Du. Evering. M. V. M...

lce... Virtual Screening for Natural Product Inhibitors of HIV-1 Integrase.. C.. (2000.. A. Huang. FMIPA UI. Wang. Schleif. Trainin. Witmer. 7576-7580. F.pdf Joint United Nations Programme on HIV/AIDS. Geneva... Viral Classification and Replication: an Overview. Hajuda. dari CoE Homepage: http://www. L. R. from http://www. Neamati.. Kaapro. US 6.. Molecular Targets of Anti HIV-1 Triterpenes.69 Ghosh.. P. Kim. D. J.. Discovery of HIV-1 Integrase Inhibitors by Pharmacophore Searching. (1998). W. M. L...bisti. Journal of Medicinal Chemistry . & Seto. Nicklaus. Jones. & Goldman. July 17). (2010). S... H. S. Espeseth.. Diambil Desember 12.483. & Mitsuya.. 267 (3). (1999. B. Woo. 930-936.500/k2002/Protdock. NIH Working Definition of Bioinformatics and Computational Biology. United States of America. Universitas Indonesia Penapisan virtual. A. 15 (24). Journal of Molecular Biology . L. Roche. R. 145148. Willett.. (2002. J. D. Haseltine. Dawson. A New Flavonol Glycoside Gallate Ester from Acer okamotoanum and Its Inhibitory Activity against Human Immunodeficiency Virus-1 (HIV-1) Integrase. F.edu/~dmsander/WWW/224/Classification224. (2011). & Rovira. D. Goldman. & Taylor. 197202. A. Z. et al. Y. dari http://www.. Grobler. A. Giraldo. Inhibitor of Strands Transfer that Prevent Integration and Inhibit HIV-1 Replication in Cells.. 727-748. Current Drug Targets . P. D. & Ojanen.. Medicinal Chemistry Reviews . Journal of Natural Product . J. (2007).tulane. Serra.fi/teaching/S114.html Hong. Interdisciplinary Sciences . 2012 ... 2011. C. & Ma... Zhao. UNAIDS Repot on The Globals AIDS Epidemic.. Ai-Xiu. Miller. C. Rezi Riadhi Syahdi.. Gabryelski. H. Diambil 17 Desember.. A.340. Mazumder. S. Assessing Receptor Affinity for Inverse Agonist: Schild and Cheng-Prusoff Method. (2000). 646-650. Blau. H. N. E. 2010. 423-427. K. Shin. C. Stillmock. H. Science . Diambil 15 Januari.-R. Darunavir.hut. L.. Patent No. Glen. X. November 27).pdf Ke-Zhu. Huerta. (2005)..gov/docs/compubiodef. K. J.-G. J.. A.. Wolfe. A. R. R. Protein Docking. Felock. Gregory. C. Development and Validation of a Genetic Algorithm for Flexible Docking. (1997).nih... 40 (6). M. W. Bioorganic & Medicinal Chemistry. Liu.-K.. (2002). Goren. An Update. H. & Park. Leach. Z. J. W.. S. 17-21.. & Chen.. M. 2010. G. A... (2007). (1997). a Conceptually New HIV-1 Protease Inhibitor for the Treatment of Drug-resistent HIV. M.. H.. Heapy. Pebruari 16).

. H. H. dari Food and Drug Administration: http://www. R.).. 1886-1890. Westbrook.. ( 1988). Burch. Vlietinck. Shin. La Jolla. Using AutoDock 4 for Virtual Screening. S... L. (2003). Y.... A. L. (1996). d. et al.. L. R.. M. Active Human Immunodeficiency Virus Protease is Required for Viral Infectivity. Davis. (2007... Nemec. H. Klein... Huang. Kouranov. M. 203).. E. 2012 . J.. & B. Oktober 12).. Personal Experience with Four Kinds of Chemical Structure Drawing Software: Review on ChemDraw.. Emini. E.-R. In J.. C.. M. Alvarez. et al.. (2006). Lindstrom.. International Conference AIDS. 5).70 Kim. la. N. P. Biochemical and Biophysical Research Communications . Journal of Chemistry Informatics Sciences .. Liao. B. C. L. F. Xie. Witvrouw. L. Levy. FMIPA UI. Klebe. J. J. Luo. Pommier.. De Clercq. J.. Anti-HIV flavonoids from Morus alba L. (2005). Proceedings of the National Academy of Sciences . & Huang. J.. J. Shoichet (Ed. Hwang. Archives of Pharmacal Research . Morris. C. 26-34. & Huey. C. 256-264. E. L. A. H. Woo. Cruz. R.. Phytomedicine . R. Dixon..fda. Virtual Screening Application of a Model of Full Length HIV-1 Integrase Complexed with Viral DNA. ChemWindow. P.. The Retroviridae .gov/ForConsumers/ByAudience/ForPatientAdvocates/HIVandAI DSActivities/ucm124040. A.. 4686–90. (2007). G. & Coffin. 34.. A.. 5361-5. Wan. (2001). P. (1994). P. & Lee. G. Nucleic Acid Research . J. Virtual Screening in Drug Discovery (p. J. (1992).. FDA Approval of Isentress (raltegravir). Davis H. 2010. Marchand. and ChemSketch. Lasure A. 286-291.-T.. Weber. Karki.. (p. (2008). Virtual Screening: Scope and Limitations.. T. Diambil 14 Desember. Heimbach. Pauwels. & Ouyang. The RSCB PDB Information Portal for Structural Genomic. Boca Raton: Taylor & Francis Group. Universitas Indonesia Penapisan virtual. Y. C. D. Z. R. J..-G. A. Chen. MP. ISIS/Draw. M. S. Kunming.. E. Bioorganic Medicinal Chemistry Letter . (2004). Antiviral activity of Hawaiian medicinal plants against human immunodeficiency Virus Type-1 (HIV-1). Anti-HIV activity of olive leaf extract (OLE) and modulation of host cell gene expression by HIV-1 infection and OLE treatment. de Bethune.. 1029-1037. W.. W. Chang..htm Kohl. Schleif. Lee-Huang.. Locher C. Structure and Classification of Retrovirus. Q. Park. Li.. S.. M. J. & Nicklaus. & Li. Mower. Zhang. Rezi Riadhi Syahdi. Y. HIV-1 integrase inhibitory phenylpropanoid glycosides from Clerodendron trichotomum. Ning. D302-305. A..

T. Atsushi. Ni. H. F. 7. (2011). 2010.. W. (1997). Suenaga. Molteni. S.. Ordered Water and Ligand Mobility in the HIV-1 Integrase-5CITEP Complex: A Molecular Dynamics Study. (1999). L. Louis... Bokesch. Mehla. Fisher. dari http://autodock. Oktober 08). & McCamon. I. & Hutchinson. marine. Bushman.edu/ Muegge. A. Hwang.scripps. Hart. Rhodes. Morley. 536-544. M. Lyons.. & Chen. J. et al. Virginia: John Willey and Sons Inc.. K.. Structural and Kinetic Analysis of Drug Resistant Mutants of HIV-1 Protease.. Rezi Riadhi Syahdi.... Futatsugi. D. 2010.. Creating a Smart Virtual Screening Protocol. A... G. Weber.. Luteolin.. T.. 3043-3047. C. J. Oprea. Drug Design & Targeting . Identification of a Small-molecule Binding Site at the Dimer Interface of the HIV Integrase Catalytic Domain. John M. Harrison. (2009.. In A. Y-F. I. Wang. B. G.. Isolation and characterization of new anti-HIV and cytotoxic leads from plants. M. 238-245. Belew.... S. et al. R. Rashid. (2000)..71 Lyne. Universitas Indonesia Penapisan virtual. M. Krouse.. T. V. I. Varma. Huey. D. 263 (1).. (2009). T. et al.. Greenwald. (2003). Burger. I. Goodsell. T. D. Diambil 10 Desember. Cripples HIV-1 by Abrogation of Tat Function. G. R.. M... Journal of Computational Chemistry . C. & Chauhan. N. et al. Virtual Screening. and microbial organisms. James. M. R. Burger's Medicinal Chemistry (pp. European Journal of Biochemistry . Kwiatkowski. W. (1998). 113. Sotrifer. C. Spielvogel.. P. Morris.. W. Fuji. Y. Lindstrom. J.. A.... D. 1047-1055. Gustafson.. Automated Docking Using Lamarckian Genetic Algorithm and an Empirical Binding Free Energy Function. R. 431-8. (2005). Journal of Medicinal Chemistry . C. E. Hart. O'Boyle. Journal of Cheminformatics . Banck. HighPerformance Drug Discovery: Computational Screening by Combining Docking and Molecular Dynamics Simulation. W. R.. A.. Adomat. S. V (10).. D. (2002). 243-280). Structure-based Virtual Screening: an Overview. H. Goodsell. G.. E... (2001). K.. Journal of Natural Products .. D. N. dari http:// www. J... S. N.. Vandermeersch. Halliday. Acta Crystallography . et al. PLoS Computational Biology ..com/cases Mahalingam. Mehla. Morimoto. FMIPA UI. (2001). AutoDock. C. 1639-1662). J. R. Morris. & Enyedy. Huey.. Journal Computational Aided Molecular Design . Reed. OpenBabel: An Open Chemical Toolbox.. S. A Flavonoid. 2012 . M. S. R. W. Okimoto. Kurowski. D. (2011)..accelrys. Diambil 24 Agustus. B. McCormick. Part 1: Preparing the Target Protein. PLoS One . 33-47. McKee. H.

Morimoto... Kusumoto. P. S. Pommier. J. C. Santo.72 Otake.. R. Drug Discovery . S. Reddy. Virtual Screening in Drug Discovery (pp. Pure Applied Chemistry . Stuart. Raju. Marchand. J. S. & Marchand. 6-10. Park... & B. S. et al. W.. 1743-6.. 34 (16). Boca Raton: Taylor & Francis Group. (1995). R. G. Kumar. & Charifson. K. In J. 329-351.. (2010).. H. Hussein. Johnson.. (2003). M. Artico. Ratner. Meyer. Phytotherapy Research . C. & Sastry. (2005). S. Bioinformatics in The Drug Discovery Proccess. A. P.. (2009). 1H-NMR Assignment of HIV-1 Protease Inhibitor. C. 6-14. Raag. 3-22. N. Costi... (2006). M. 195-206. (1995).. Munoz. R. Colla. H.. Pollock. Structure . J. A. Alvarez. R. (2000). A cardiac glucoside with in vitro anti-HIV activity isolated from Elaeodendron croceum. 8. N. Virtual Screening in Drug Discovery . C..A Computational Perspective. K. 1089–1094. 5351-5363. (2007).. H. Arnold. P.. 47-81). H.. An Analysis of Critical Factors Affecting Docking and Scoring. HIV Life Cycle and Genetic Approaches. Perspectives in Drug Discovery and Design . Ren. Clark.. T.. HIV1 Integrase Inhibitor that Block HIV-1 Replication in Infected Cells: Planning Synthetic Derivatives from Natural Product. I..). T. P. P. 49-51. Natural Product Research . Integrase Inhibitors to Treat HIV/AIDS. & Arora.. Tramontano. A. A.. & Pani. N. A. Walters. A. Milton. Screening of Indonesian Plant Extracts for Anti-Human Immunodeficiency Virus-Type 1 (HIV-1) Activity. Rezi Riadhi Syahdi. D. Structural Basis for The Resilience of Efavirenz (DMP-266) to Drug Resistance Mutations in HIV-1 Reverse Transcriptase. FMIPA UI. & Pommier. K. N.. A. Prinsloo.. (1993).. Tantillo.. and Bioavailability . D. Short. J. Annual Reports in Medicinal Chemistry . Biodiversity. G. & Safer... Current Protein and Peptide Science (8). Y. Ito.. Patel.... I. Natural Product Sciences . Sutardjo.. M. & Sanchez. Universitas Indonesia Penapisan virtual. Perola. Shoichet (Ed. 2012 . M. 1-10. Bethesda: National Cancer Institute. E. & Yoshida. Pati. Ding. Nanni. L. Hughes. D. Pradeep. J. (2003). (2005). H. Jacobo-Molina. C. S.. R. L.. A. Insights into DNA polymerization mechanisms from structure and function analysis of HIV-1 reverse transcriptase. Procyanidin B3 Isolated from Rosa rugosa. E. E. HIV-1 Integrase Inhibitors: Update and Perspectives. Padmalatha. Weaver. E.. Ethnological and Biotechnological Significance of Vitex.... Semenova. Bioremediation.. 236-247. Y. T. D. K. L. P. S. Ueba. P. H. Jayaram. (2001). G. R.. Biochemistry .. Mori... E. & Stammers... Prasad.

T. Sharp. Reid. Diambil pada 21 Juli. In J. S. 225-251). D. K. A.. & Kroemer. (2003). (2005). Vlietinck. T. P. S.. Ghosh.id/ind/pd tanobat/view. S. Diambil 10 Desember. (2007).cam. S... & Choowongkomon. Elsevier. J.. (2007). P.. Smith. Silprasit. Y.. T. Taylor. Atomic resolution crystal structures of HIV-1 protease and mutants V82A and I84V with Saquinavir. AutoDock Vina: improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function. Anti-HIV-1 Reverse Transcriptase Activities of Hexane Extracts from some Asian Medicinal Plants.-F. Sardana. D. P.Protein-Ligand Docking. Daniels. S. Xu. Weber. (2005)... Allison. R. P. C. Rezi Riadhi Syahdi. FMIPA UI. Swaef.. Yan. P. J. K. Prasad. Potential Function for Virtual Screening and Ligand Binding Calculation: Some Theoretical Considerations. Trott. Harrison.. dari http://www. S... S. Songklanakarin Journal of Sciences and Technology . Anti-HIV activity of flavonoids and proanthocyanidins from Crataegus sinaica. Masanori. Kornienko. HIV-1 protease inhibitory effects of some selected plants in Caesalpiniaceae and Papilionaceae families. A. Bruyne.ac. Tewtrakul. Comprehensive Medicinal Chemistry Volume 4: Computer Aided Drug Design (pp.. Abeywickrema... H. Scientific FAQs.. V. Loughran.ac.. T. 227-246). Wang. Boross. Japan. (1991).. Kovalevsky.. Triggle. 7625-7633.. B. K. dari Cambridge Crystallographic Data Centre: http://www.). C. P. Boca Raton: Taylor & Francis Group. A. S.. A. F.php?mnu=2&id=106 Shahat.iptek. Azzam. A.-P. M.. Function.. (2011). Sharma. 2012 . J. J. The Cambridge Crystallographic Data Centre. (2011). Proteins: Structure.. 133-136. & Olson. & Yosuke. Tanaman Obat Indonesia. 510-514. B.. (2009). L. N. D. & B. G. JP 03-209320. S.uk/products/life_sciences/gold/faqs/scientific_faq.. Pieters. Diambil 19 Desember. Williams. & Rattanasuwan. K. Patent No. B. F. efficient optimization and multithreading.. O. Shoichet (Eds. 4194-4201. R. Journal of Medicinal Plants Research . K. S. Y. Docking and Scoring. Grobler..cam. A. Universitas Indonesia Penapisan virtual. Lemière. 2010. 2010. and Bioinformatics . 455-461.. Tozser. L. Y. Mamoru. R. Alvarez..uk/products/life_sciences/GOLD The Cambridge Crystallographic Data Centre. Ismail. GOLD .. Y. & D. D.73 Sentra Informasi Iptek. A.net. Journal of Virology ..... (2010). Phytomedicine . Hannongbua. A. Shiro. Structural Basis for the Inhibition of RNase H Activity of HIV-1 Reverse Transcriptase by RNase H Active Site-Directed Inhibitors. H. C. 232-242. 2011.. (2010). Pongsanarakul.ccdc.. from GOLD: http://www. G. W.php Tie. Journal of Computational Chemistry . J.. F.ccdc... I. J. Su. Seetaha. Hammouda. Stouten. Subhadhirasakul.. M. Virtual Screening in Drug Discovery (pp. In J. (1998)..

A. S. Journal of Ethnopharmacology . Wolf. United States of America. Wang. W. Chalmers. 1339–1355. (2009). A.257. 97-109.-M.-C.. In vitro HIV type 1 reverse transcriptase inhibitory activities of Thai medicinal plants and Canna indica L. J. & Kung. Y. Friedman.. Perkins. Veljkovic. J. (2007). J. Proceedings of the National Academy of Sciences. D. ChemMedChem . D. H. Rice. Lee. Fragment-Based Design of LigandsTargeting a Novel Site on the Integrase Enzyme of Human Immunodeficiency Virus 1.. Steitz T. Patent No. C.. M. Waszkowycz.. A. Vink.. A.. Mouscadet. 258-261. & Li. & Wiwat. Sykes. N. & Vondrasek. 84-89.. Soonthornchareonnon. R. J.. J... Annual Review of Biophysics and Biomolecular Structure. Rhodes. Simple Criterion for Selection of Flavonoid Compounds with Anti-HIV Activity. J.. J. Stollar. (2006). (1993). 7242-6.. New Software and Websites for the Chemical Enterprise. Kohlstaedt. Z. & Pieters.. J. Jager.-H. & Li. T. C. N. (1994). K.. (2005).. A.. Scanlon. C.. Parker. (2001).. R. (1998). 5.. 48. J. 40 (2). D. M. V. Vlietinck. Depok: FMIPA UI. Woradulayapinij.. (1997). L. (1998). rhizomes. Vox Sanguinis . T. Wlodawer. The Human Immunodeficiency Virus Integrase Protein. Hwang. Inhibitor of HIV-1 Protease: A Major Success of Structure-Assisted Drug Design.74 Tsai. (2009). 2012 . IBM Systems Journal .. Headey. Screening Aktivitas Antiinflamasi Senyawa Aktif yang Terkandung pada Beberapa Tanaman Obat Indonesia Melalui Penghambatan Enzim 12Lipoksigenase secara In Silico. Deadman. P. S. K... V. Trends Genetic . A. Structure-Based Design of AIDS Drug and The Development of Resistance. A. L.. 566-600. 249-284. Current Pharmaceutical Design . L. 23-26. Cheminformatics and Drug Discovery.. Planta Medica .. S. P. J. S. I. Smerdon. J. A. .-F. Chemical and Engineering News Archives .837.. A. M. B. USA . Apers.. P. Structural Basis of Asymmetry in the Human Immunodeficiency Virus Type 1 Reverse Transcriptase Heterodimer. Xu. M. 433-438. Bioorganic & Medicinal Chemistry . Utami. Tsai.. Wlodawer. 1226-1232. Molecules . & Hagler. D. & Plasterk. Plant-Derived Leading Compounds for Chemotherapy of Human Immunodeficiency Virus (HIV) Infection. Wielens. & Debyser.. Veljkovic. Antiviral Therapy Targeting Viral Polymerase.. Universitas Indonesia Penapisan virtual. FMIPA UI. H.. W.. Glisic. 91.. Bruyne. A. H. Large-scale Virtual Screening for Discovering Leads in the Postgenomic Era. (2002). (2002). Rezi Riadhi Syahdi. J. J. S. L. (2011). C.

B. 820-6. K.. (2007). Nakamura. Universitas Indonesia Penapisan virtual. R.. P.. Medicinal Plants Database and Three Dimensional Structure of the Chemical Compounds from Medicinal Plants in Indonesia.. (2011). Ikigai. 180-183. Yu. Hara. T.. Rezi Riadhi Syahdi. International Journal of Computer Science Issues . H.. R. A. 2012 . (2002). Honda. Y.75 Yamaguchi... N. 19-34. A. Hattori. Antiviral Research .. & JC. Y. FMIPA UI. M. Archives of Pharmacal Research . Yanuar. H. Inhibitory Effects of (−)-Epigallocatechin Gallate on the Life Cycle of Human Immunodeficiency Virus type 1 (HIV-1). H.. M. Mun'im... M... Rahmat. Syahdi. & Shimamura. A.. Lagho.. Miyashiro. Effects of triterpenoids and flavonoids isolated from Alnus firma on HIV-1 viral enzymes. & Suhartanto.

. Gambar visualisasi hasil penambatan nevirapine pada transkriptase balik.76 Lampiran 1. AutoDock Vina (merah).. [Sumber: Olahan penulis dengan PyMOL] Lampiran 2. FMIPA UI.. nevirapine kristal 3LP1 (hijau). 2012 . AutoDock (biru). Rezi Riadhi Syahdi. Transkriptase Balik dan Nevirapine. [Sumber: Olahan penulis dengan PyMOL] Universitas Indonesia Penapisan virtual. GOLD (kuning).

Lampiran 4. Rezi Riadhi Syahdi... Protease dan Saquinavir. FMIPA UI.. AutoDock Vina (merah). nevirapine kristal 3OXC (hijau).77 Lampiran 3. 2012 . [Sumber: Olahan penulis dengan PyMOL] Universitas Indonesia Penapisan virtual. Gambar visualisasi hasil penambatan saquinavir pada protease. GOLD (kuning). AutoDock (biru).

78 Lampiran 5. Gambar struktur 2 dimensi senyawa kontrol transkriptase balik Delavirdine Efavirenz Etravirine Nevirapine Rilpivirine [Sumber: PubChem] Universitas Indonesia Penapisan virtual. Rezi Riadhi Syahdi. 2012 . FMIPA UI....

2012 . Gambar struktur 2 dimensi senyawa kontrol protease Amprenavir Darunavir Atazanavir Lopinavir [Sumber: PubChem] Universitas Indonesia Penapisan virtual... FMIPA UI. Rezi Riadhi Syahdi.79 Lampiran 6..

Raltegravir [Sumber: PubChem] Universitas Indonesia Penapisan virtual.. Gambar struktur 2 dimensi senyawa kontrol integrase. 2012 . Rezi Riadhi Syahdi... FMIPA UI. Gambar struktur 2 dimensi senyawa kontrol protease (lanjutan) Nelfinavir Ritonavir Saquinavir Tipranavir Lampiran 7.80 Lampiran 6.

cyanidin 3-arabinoside (pink). [Sumber: Olahan penulis dengan PyMOL] Universitas Indonesia Penapisan virtual. Morusin (hijau). mulberrin (magenta). FMIPA UI.81 Lampiran 8. Gambar visualisasi penapisan virtual transkriptase balik dengan AutoDock (lanjutan). [Sumber: Olahan penulis dengan PyMOL] Lampiran 8. 2012 ... mangostin (biru). guaijaverin (kuning). Erycristagallin (putih).. plucheoside A (hijau lumut). Rezi Riadhi Syahdi. Gambar visualisasi penapisan virtual transkriptase balik dengan AutoDock. vitexilactone (hijau). sanggenol N (jingga).

[Sumber: Olahan penulis dengan PyMOL] Lampiran 9.. [Sumber: Olahan penulis dengan PyMOL] Universitas Indonesia Penapisan virtual. Cyanidin 3-(6"-malonylglucoside)-5-glucoside (pink).. multifloroside (hijau). myristin (magenta). Ternatin D (putih).5-di-(6-malonylglucoside) (kuning). cyanidin 3. quercetin 3-(6"sinapylglucosyl)-(1-2)galactoside (magenta). Amaranthin (hijau).. 2012 . Gambar visualisasi penapisan virtual protease dengan GOLD (lanjutan). Rezi Riadhi Syahdi. FMIPA UI. Gambar visualisasi penapisan virtual protease dengan GOLD.82 Lampiran 9. multiroside (biru). cyanidin 7-(3-glucosyl-6-malonyl-glucoside)-4'-glucoside (biru). kaempferol 3-(6"-acetylglucosyl)-(1-3)-galactoside (jingga).

Sojagol (hijau). 2012 .5-di-O-gallate (abu-abu).. Arecatannin A1 (jingga). [Sumber: Olahan penulis dengan PyMOL] Lampiran 10.83 Lampiran 10.5-di-O-gallate (pink). cassiamin C (magenta). Myricetin 3-(2G-rhamnosylrutinoside) (hijau muda). Rezi Riadhi Syahdi.. shermillamine E (biru langit). Epigallocatechin(4beta->8)-epicatechin-3-O-gallate (kuning). [Sumber: Olahan penulis dengan PyMOL] Universitas Indonesia Penapisan virtual. Gambar visualisasi penapisan virtual integrase dengan AutoDock Vina (lanjutan).. Sanggenol N (hijau lumut). Epicatechin 3. FMIPA UI. Gambar visualisasi penapisan virtual integrase dengan AutoDock Vina. Procyanidin B3 (ungu). Epigallocatechin 3.

306 1.1 -8.20 -8.04 128.03 -10.528 47.23 -9.231 0.3 -9.35 175.93 -8.887 573.84 -7.67 -7.32 -7.41 0.300 0 0 0.8 5.446 13.55 365.31 -6.9 -9.37 0.127 0 0.30 -9.85 -7.93 -8.30 -9..578 0 Universitas Indonesia Penapisan virtual.97 -4.3 -9.87 -9.72 -2.55 18.715 0.2 -9.2 -8.9 -8.53 173.37 126.36 85.026 0.79 3.38 SD KV (%) 0.35 2.410 14.78 -1.278 7.67 7.73 -10.030 0.2 -9.33 -6.585 0. Tabel validasi penambatan pada RT menggunakan AutoDock Vina Nama Saquinavir Nevirapine Rilpivirine Etravirine Efavirenz Raltegravir Tipranavir Darunavir Nelfinavir Amprenavir Lopinavir Ritonavir Atazanavir Delavirdine 1 2 3 -11 -10.1 -10.3 -9.49 12.585 0 1.265 82.340 0.115 0.2 -8. Tabel validasi penambatan pada RT menggunakan AutoDock Nama 1 Etravirin Nevirapin Rilpivirin Efavirenz Delavirdine Raltegravir Amprenavir Tipranavir Darunavir Nelfinavir Lopinavir Saquinavir Ritonavir Atazanavir -8.990 69.82 -7.2 -11.29 -3.37 -0.2 -9.52 2 3 Mean ΔG (kkal/mol) -8.480 39.07 -6.523 0.682 Lampiran 12.3 -9.8 -7 -8..897 0.9 -9. Rezi Riadhi Syahdi.87 -8.91 28.516 2.646 3.61 -7.737 69.146 113. 2012 .058 0.8 -7.361 7.403 154.47 38.328 2.85 -8.2 -9.88 -4.47 83.261 0 0 2.85 -7.20 SD KV (%) 0.84 Lampiran 11.6 -9 -8.058 0 0.33 271.058 0.95 226.8 -9.5 -9.37 -7.2 -11 -10.829 8.13 -7.3 -9.22 15.3 -9.9 -8.273 23.20 -9.406 43.95 6.135 91.251 3.8 -9 -8.86 -7.49 -2.7 -10.9 -9.82 222.82 100.2 Mean ΔG (kkal/mol) -11.23 -6.59 160.010 0.8 -8.9 -9.68 294..3 -9.679 51.7 -10.202 47.94 290. FMIPA UI.36 -7.82 -7.62 14.79 -8.2 -8.127 2.8 -10.3 -9.221 0.2 -9.83 112.538 0 0.2 -8.058 0 0.20 -9.30 -8.

69 -10.354 61.8884 49.7324 69.530 0.29 -10. Rezi Riadhi Syahdi..74 -10.61 -10.2104 58.0269 2 76.597 63.239 6.749 25. Tabel penapisan virtual pada RT Menggunakan AutoDock No 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 Nama Mulberrin Plucheoside A Vitexilactone Brucine N-Oxide Cyanidin 3arabinoside Mangostin Guaijaverin Erycristagallin Morusin Sanggenol N 1 2 3 4 5 -11.42 -10.3589 42.88 -10.2 -10.0976 31.818 71.28 -10.215 44.8655 49.2821 60.2434 62..3135 6.65 -10.9872 71. Tabel validasi penambatan pada RT menggunakan GOLD Nama Raltegravir Rilpivirine Darunavir Etravirine Delavirdine Amprenavir Nevirapine Tipranavir Ritonavir Efavirenz Nelfinavir Lopinavir Saquinavir Atazanavir 1 75.354 4.663 0.7693 76.77 -10.24 -10.89 -10.75 -11.66 -11.18 -10.45 - -10.68 -10.72 Mean ΔG (kkal/mol) -11.4168 71.143 0.77 -10.4946 43.3438 GoldScore 78..5405 64.13 32.49 -10.454 60.778 8.64 -10.9711 3 83.777 22.5408 57.17 -10.149 3.107 3.114 SD 4.5043 23.66 -10.9896 62.06 -10.5037 60.322 17.772 51.73 -10. 2012 .82 -10.77 -10.853 0.6897 62.36 -10.70 -10.397 74.5948 65.8283 69.8816 66.3717 25.85 Lampiran 13.82 -10.3 -10.826 6.911 12.16 - -10.43 -10.75 -10.340 49.2 -10.914 KV (%) 5.455 5.43 -10.578 37.4896 45. FMIPA UI.36 Universitas Indonesia Penapisan virtual.67 -10.3777 72.0057 75.864 70.750 2.3825 42.51 -10.782 17.1417 39.4526 63.937 34.1778 48.9858 64.319 2.69 -10.385 69.493 2.64 -10.5734 26.785 71.42 -10.8984 61.405 15.004 2.159 8.44 -10.56 -10.49 -10.350 48.974 62.25 -10.582 36.177 58.637 1.8723 78.2649 49.42 -10.95 -10.331 Lampiran 14.288 1.65 -10.428 62.

5R.4 - -11.4669 84.3693 82. 2012 .4 -11.52 -11.5 -11.563 81.430 82.6533 87..beta-caroten-3-ol) Antheraxanthin ((3R.952 - 83.5 -11.8.6 -11.029 80.6 -11.135 81.5 -11.876 81.044 90.42 Lampiran 16.5'R)-3'Hydroxy-beta.6 -11.8:5'.7 -12.9271 88.beta-carotene-3.5 -11.5459 80.3'-diol Spermatheridine Cryptocapsin (3'S.2723 81.912 - - 84.7 -12..318 82.2103 80. Rezi Riadhi Syahdi.096 79.8'diepoxy-5.6 -11.288 82.3'R)-zeaxanthin 5.55 -11.5 -11.3'R.5 -11.5 -11.7956 84.766 91.317 78.0472 80.4 - -11.3134 83.5933 82.beta-caroten3-ol Mutatoxanthin (3S.86 Lampiran 15.5'.6789 80.8-dihydrobeta.066 84.8'-tetrahydrobeta.5 -11.7 -12.5R)5.379 82.6 -11.8dihydro-beta.111 82.7 -12 - -12 - - -12 -12 -11.5 -11.113 82.7 Mean ΔG (kkal/mol) -12.kappacaroten-6'-one Anonaine Cryptochrome (5.054 81.7245 - 84.2 78.9469 82.8-Epoxy-5.5R.4 - -11.151 82.9463 84.4 -11.6 -11.4302 79.5 -11.6 -11.5 - - - -11.5 -11.8768 90.175 82.4579 81.5 -11.5 -11.8-Epoxy-5.7588 81. Tabel penapisan virtual pada RT menggunakan GOLD No 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 Nama Mirabijalone C Luteolin 7-apiosyl(1-2)glucoside Mangostin Myricetin 3-(6"galloylgalactoside) Heteroartonin A Heteroflavanone C Myricetin 3-glucoside Torvanol A Proantocyanidin A1 Guaijaverin 1 2 3 4 5 GoldScore 87.6 -11.475 -11.7 -12.611 84.4 -11.56 -11.5 -11.5 -11.8S)-5.5935 80.3 -11. FMIPA UI.6 -11.087 Universitas Indonesia Penapisan virtual..4581 82.6-epoxide) Alpha-cryptoxanthine 1 2 3 4 5 -12 -11.5 -11.692 81.9778 80.957 79.46 -11.6 -11.6S. Tabel penapisan virtual pada RT Menggunakan AutoDock Vina No 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 Nama Molekul Cassiamin C Beta-carotene (3S.061 81.

4 -8.40 -8.60 -4.583 5.43 3 -6.5 -10.150 7.67 1.278 2.4 -7.9 -7.11 -1.173 0.3 -9.05 -2.4 -8. Tabel validasi penambatan pada PR menggunakan AutoDock Vina Nama Saquinavir Nelfinavir Lopinavir Tipranavir Ritonavir Darunavir Atazanavir Amprenavir Delavirdine Rilpivirin Raltegravir Etravirine Efavirenz Nevirapine 1 2 3 -11.09 -1.2 -9.123 1.5 -10.05 -1.401 2334.5 -8.1 -8.431 0.5 -8..27 -7.469 3.5 -8.87 Lampiran 17.83 -9.14 -6.9 -9.5 -9.787 Lampiran 18.3 -9.21 SD KV (%) 0.3 -7.88 -6.93 -7.1 -8.190 1.849 0.99 -1.06 4.48 -3.190 0.50 -10.62 -4.40 -7.43 -4.32 0.867 40.14 -6.20 SD 0 0 0.435 0.2 -7.79 0.29 2 3 -6.9 -9.9 -8.2 -9.59 -6.494 8.5 -8.058 0.89 -4.07 -4.3 -8.6 -8.20 -9.8 -9.6 -5.01 -5.33 -9.021 0.100 0. 2012 .425 1. Rezi Riadhi Syahdi.5 -10.011 0.4 -9.587 0.62 -4.971 31. FMIPA UI.79 -1.4 -9.04 -4.100 0.100 0.87 -9.88 -4.3 -7.171 0. Tabel validasi penambatan pada PR menggunakan AutoDock Nama Tipranavir Delavirdine Raltegravir Nevirapine Amprenavir Atazanavir Efavirenz Darunavir Nelfinavir Etravirine Rilpivirine Lopinavir Saquinavir Ritonavir 1 -7.014 1.03 -8.69 -4.058 0 KV (%) 0 0 0.5 -8 -7.05 -3.25 -6.11 -6.95 -2.09 2.35 9.107 22.9 -9.211 123.058 0.91 -6.4 -8.05 -3.020 0.92 Mean ΔG (kkal/mol) -6..8 -8.43 -9.115 0.872 0.87 -6.6 -4.585 0.210 0.16 -0.90 -4.728 0.01 -1.61 -6.2 -9.17 -4.26 -1.110 9.50 -8.26 -0.3 -7.058 0.612 0..619 1.176 1.38 -3.73 -1.924 0.103 391.795 0 Universitas Indonesia Penapisan virtual.60 -8.58 -4.8 -9.750 10.2 Mean ΔG (kkal/mol) -11.92 -4.304 4.058 0.663 1.058 0.29 -3.577 13.41 -2.48 -4.2 -11.9 -7.2 -11.8 -9.09 -4.

950 4.6764 74.83 -15.1936 36.17 -16.966 58.78 -12.2644 39.159 Lampiran 20.72 -14.433 6.594 71. 2012 .453 2.4763 51.68 -13.4071 50.64 -17.485 3.628 3.82 -19.019 6.284 57.4097 2 83.871 1.57 66...374 0.99 -14.864 51.28 -12.015 37.28 -11.41 -12.91 -20.8444 74. Tabel penapisan virtual pada PR menggunakan AutoDock No 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 Nama 1 8-Hydroxyapigenin 8-(2''.175 6.47 -12.760 1.92 -11.604 67.78 -11.7602 62.6192 36.970 0.48 -12.058 KV (%) 5.43 -12.98 -11.49 -11.07 -17.889 36.3269 3 75.604 11.5 -18.429 6.04 -11.79 -12.615 2.9475 58.415 0.947 1.707 76.01 -17.69 -11.3296 38.45 -12.15 Universitas Indonesia Penapisan virtual.8043 72.535 4.430 3.32 -14.74 -13.095 68.6758 75.46 -12.5118 61.4504 35.81 -12.6024 48.8552 36.8418 67.717 59.954 1.0633 72.2357 65.26 -12.9 -11. FMIPA UI.58 -19. Tabel validasi penambatan pada PR menggunakan GOLD Nama Ritonavir Lopinavir Tipranavir Darunavir Nelfinavir Amprenavir Atazanavir Saquinavir Delavirdine Rilpivirin Raltegravir Etravirine Nevirapine Efavirenz 1 77.0991 61.6672 60.45 -12.178 66.239 3.2165 68.490 74.750 7.82 -17.903 76.3738 66.9284 60.345 SD 3.22 -19.544 50.8899 71.37 -12.29 -14.8173 65.5 -19.8746 59.3469 59.5577 75.83 -12.762 6.136 2.772 2.01 -11.3207 46.530 10. Rezi Riadhi Syahdi..95 -11.58 -12.2142 81.91 -11.9 -12.23 -17.35 -12.32 -15.306 67.88 Lampiran 19.2988 GoldScore 78.5835 55.03 -12.7349 68.217 2.39 -11.04 -19.76 -11.323 70.8355 52.17 -17.2 -18.7259 69.38 -12.4''disulfatoglucuronide) Isoscutellarein 4'-methyl ether Amaranthine Torvanol A Ursonic acid 5-Carboxypyranocyanidin 3O-(6''-O-malonyl-betaglucopyranoside) Oleoside Jacoumaric acid Platanic acid 5-Carboxypyranocyanidin 3O-beta-glucopyranoside 2 3 4 5 Mean ΔG (kkal/mol) -20.

6 -10.423 84.2 -10.4 Mean ΔG (kkal/mol) -10.168 76.1 -10.795 - - - - 85.48 GoldScore 91.898 79.8 -10.225 77.896 98.6387 77.2503 81.3 -10.8 -10.2 -10.3 -10.12 Lampiran 22.383 90.2 -10.427 72.2 -10.02 83.6 -10.26 -10.6 -10.2 -10.4612 - Universitas Indonesia Penapisan virtual.6099 91.2 -10.2 -10.2 -10.1227 80.96 87.652 79.3 -10.068 79.4"disulfatoglucoronide) 7 Myristin 8 Amaranthine 9 Kaempferol 3-(6"acetylglucosyl)-(1-3)galactoside 10 Multiroside 1 2 3 4 5 94.6494 83.7 -10.1726 84.168 77.3 -10.62 -10.3 -10.2 -10. Rezi Riadhi Syahdi.6 -10.633 - 80.1 -10.862 80.72 82.07 78.2 -10.2 -10.2 -10.5138 94.400 79.597 - 79.36 -10.3 -10.2 -10.847 91.6 -10.965 86.8 -10.2 -10.5729 96.1238 76.2 -10.3 -10.345 89...1 -10.2 -10.2 -10.2 -10.3 -10.445 74.3 -10.40 79.0917 77.514 89.2 -10.4 -10.7484 - 85.8 -10.89 Lampiran 21.572 78.1493 80.5-di-(6malonylglucoside) 4 Cyanidin 3-(6"malonylglucoside)-5-glucoside 5 Cyanidin 7-(3-glucosyl-6malonyl-glucoside)-4'glucoside 6 Isoscutellarein 4'-methyl ether 8-(2".3932 6 86.2 -10.67 77.3373 98.6 -10. Tabel penapisan virtual pada PR menggunakan GOLD No 1 2 3 Nama Multifloroside Ternatin D Cyanidin 3.02 90.9089 80.8 -10.1 -10.3 -10.6148 - - 85.6 -10.8499 92. 2012 .811 - - - 83.6 -10.8 -10..4 -10. FMIPA UI.5526 83.6 -10.357 84. Tabel penapisan Virtual Pada PR Menggunakan AutoDock Vina No 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 Nama 1 Mangostenone A Yuehchukene Leucadenone B Myricetine 3robinobioside Roxburghine B Cassiamin C Cyclomorusine Chinchonain lb Sanggenol N Daucosterin 2 3 4 5 -10.

058 KV (%) 0 4.753 4.43 -5.90 -4.09 -4.693 4.45 6..59 -4.83 -7.713 0 3.8 -6.21 -6.7 Mean ΔG (kkal/mol) -8.72 2.63 -5.04 SD KV (%) 0.166 0.058 0.441 85.461 3.102 2.5 -7.9 -7.3 -6.221 4.96 -5.967 0 0.50 -7.685 1.799 0. Rezi Riadhi Syahdi.300 0.09 -5.718 0.601 12.44 -5.950 1.8 -8.025 1786.260 5.36 0.52 -5.64 -4.03 -7.49 -5.26 -4.6 -8.90 -7.6 -7.57 5.82 -5.87 -1.153 0.80 -6. FMIPA UI.892 2.63 -4.2 -7.35 -5.10 -1.065 1.264 0.70 -7.379 0.3 -6.223 4.866 Universitas Indonesia Penapisan virtual. 2012 .67 SD 0 0.03 -5.67 -7.8 -6.346 0.7 -7.7 3 -8.9 -4.72 -1.12 -3.65 -4.1 Mean ΔG (kkal/mol) -6.512 12.07 -8.1 -5.77 -7.3 -7.8 -7.91 -4. Tabel validasi penambatan pada IN menggunakan AutoDock Nama Nelfinaviro Delavirdineo Raltegraviro Tipranaviro Efavirenzo Saquinaviro Amprenaviro Etravirineo Nevirapineo Rilpivirineo Darunaviro Lopinavir Ritonavir Atazanavir 1 2 3 -6.03 -5.115 0 0. Tabel validasi penambatan pada IN menggunakan AutoDock Vina Nama 1 Raltegravir Tipranavir Saquinavir Nelfinavir Lopinavir Darunavir Rilpivirine Atazanavir Delavirdine Etravirine Ritonavir Amprenavir Efavirenz Nevirapine -8.6 -7.153 0 0.354 4.239 Lampiran 24.468 0.351 0.4 -7.596 0 0.05 -4.93 -4.49 -6.3 -7.81 -4.60 -8..122 2.38 -4.23 -6.82 -4.188 2.936 0.9 -8 -7.159 3.02 -3.8 -7.9 -8 -8 -7.74 -4.7 -7.11 4.69 -2.71 -6.81 -6.6 -8.54 -6.005 1.588 0.080 0.3 -7.07 -4.99 0.613 32.47 -6.7 -7.83 -7.38 -3.6 2 -8.7 -8.56 -5.7 -7.289 0.90 Lampiran 23.6 -7..619 1.54 -0.1 -7.9 -7.75 -1.7 -7.76 -4.41 -5.636 31.5 -7.07 -8.6 -7.9 -8.379 0 0.77 -5.1 -6.7 -7.8 -6.54 -4.216 0.9 -7.

36 -8.119031 1.41 -9.4866 54.71 -9.671 63.926 3 74.3476 2 75.1954 75.480357 1.2871 58.10 -8.36 - -9.141703 12. 2012 .16 -8.337181 2.2546 64.840 59.175358 3.572751 KV (%) 1.5877 43.83 -9.2186 64.23 -9.18 - -9.35 -9.7793 65.23 -9.56 -9.2'.0281 79.1 -9.243 71.5403 47.849599 8.829 SD 0.156907 3.5319 71.619244 1.5514 68.58 -9.26359 0.84 -10.08 -8.688476 1.11 -9.8279 63.09539 5.03 63.45 -9.29 -9.13 69.404194 24.8187 63.51 -9.11 -8.251833 2.8559 73.415 73.057882 0.9709 48.967256 1.212 48.35 -9.06 Universitas Indonesia Penapisan virtual.92932 3.3406 70.18 -9.43 -9.43 -9.257287 1.4'Tetrahydroxyisoflavone 8-C-glucoside 3 Cyanidin 3-arabinoside 4 Cyanidin 3-(6''-caffeyl6'''ferulylsophoroside)-5glucoside 5 Yuehchukene 6 Artonin X 7 Sanggenol N 8 Quercetin 3-O-alpha-Darabinopyranoside 9 Myricetin 3-alpha-Larabinopyranoside 10 Kuwanon T 1 2 3 4 5 -10.315904 2..470454 2.0075 58.30 -9.49 - -9.4202 63.25 -9.2144 GoldScore 74.6219 64.07 -9..824 72.6009 42.91 Lampiran 25..432 65.82 - -9.17 - -9.2 -10.837428 14.48 -9.682 69.5496 62.0308 67.662979 1.2672 48.98 -9. Tabel validasi penambatan pada IN menggunakan AutoDock Vina Nama Ritonavir Lopinavir Saquinavir Atazanavir Amprenavir Darunavir Tipranavir Raltegravir Rilpivirine Etravirine Delavirdine Nelfinavir Nevirapine Efavirenz 1 73.59 -9 -9.638 59. Rezi Riadhi Syahdi.3987 48.96 -9.19 -9.47 -10.93 -9.7257 72.68 -10.470 60.36702 0. FMIPA UI.174 66.14 -9.23 -9.15 -9.817 68.7.354 68.51 -9.6939 42.84 -8.914537 2.34 -9.3083 60.886 75.9638 60.337287 Lampiran 26.3 -9.3893 78.617193 1.5823 60.34 -9.23 -9. Tabel penapisan virtual pada IN menggunakan AutoDock No Nama 1 2 Cassiamin C 5.9234 59.921 61.9663 66.022 65.94 Ratarata -10.38 60.628 42.070373 2.244054 0.24 -11.

.6090 74.4388 72.2'.816 76.626 68.1 -10.7 -9.8 -9.661 73. FMIPA UI.8 -9.5-di-Ogallate 3 Myricetin 3-(2Grhamnosylrutinoside) 4 Arecatannin A1 5 Epigallocatechin 3.7265 Ratarata 76.4312 80.43 66.8 - -9.7 -9.7 -9.8 -9..7516 72.8788 82.1 -10.088 71.8 -9.5169 73..4699 71.345 69.8 -9.8 -9.5891 73.8 -9.9 -9.885 76.9 -9.8 -9. Rezi Riadhi Syahdi.481 70.8 -9.2 -10.5-diO-gallate 3 Precarthamin 4 Glucobrassicin 5 3-O-Galloylepicatechin(4beta-8)-epicatechin-3O-gallate 6 Miraxanthin-I 7 Kaempferol 3-(4"acetylrhamnoside) 8 Myricetin 3-(2Grhamnosylrutinoside) 9 5.5808 - 69.3323 74.195 72.750 72.190 80.8 -9.9 -9.1 Ratarata -10.4318 - 73.4'Tetrahydroxyisoflavone 8-C-glucoside 10 Cyanidin 3-(6"malonylglucoside) 2 3 4 74.138 74.2967 - - 68.8 -9. Tabel penapisan virtual pada IN menggunakan GOLD No 1 2 Nama 1 Myricetin 3-galactoside Epigallocatechin 3.146 72.2166 74.66 Lampiran 28.7 -9.016 70.8 -9.518 71.8 -9.7 -9.6 -9.065 - 69.8 -9.779 70.7.97 70.6 -9.277 71.78 -9.302 70.7 -9.8829 80.991 68.801 5 - 71.9 -9.185 70.8 -9.9 - -9. Tabel penapisan virtual pada IN menggunakan AutoDock Vina No Nama 1 Cassiamin C 2 Epicatechin 3.7 -9.1894 72.7 -9.di-O-gallate 6 Shermilamine E 7 Epigallocatechin(4beta->8)epicatechin-3-Ogallate 8 Sanggenol N 9 Procyanidin B3 10 Sojagol 1 2 3 4 5 -10.9639 - 70.7 -9.6 -9.315 71.8 -9.6784 75.8 -9.8 -9.68 -9.424 73.12 -9.7 -9.86 -9.466 68.4654 75.7 -9.8 -10 -9.1 -10.1694 74.8 -9.3729 73.769 Universitas Indonesia Penapisan virtual.1777 73.8 -9.7 -9.8 -9. 2012 .7 -9.8 -9.2214 80.5.92 Lampiran 27.9 -9.

Skema Kerja Database Senyawa Tanaman Obat Indonesia Optimasi struktur dan penyesuaian Optimasi Struktur bentuk berkas Penambahan Hidrogen dan muatan Parsial pada GOLD Penambahan Hidrogen dan force field menggunakan VegaZZ dan muatan parsial menggunakan AutoDock Berkas masukan untuk penapisan berformat .pdbqt Validasi metode penapisan virtual GOLD menggunakan kontrol Validasi metode penapisan virtual AutoDock dan Vina menggunakan kontrol Penapisan Virtual Menggunakan GOLD Penapisan Virtual Menggunakan AutoDock dan Vina berbantu PyRX Analisis Analisis hasil hasil penapisan penapisan virtual virtual dan dan komparasi komparasi output output kedua kedua metode metode Output / hasil analisis penapisan virtual berupa 10 peringkat senyawa Universitas Indonesia Penapisan virtual.. FMIPA UI.mol2 Berkas masukan untuk penapisan berformat . 2012 ..92 Lampiran 29.mol atau .. Rezi Riadhi Syahdi.

..93 Lampiran 30. 2012 . FMIPA UI. Penyejajaran sekuens subunit p55 dan p61 Universitas Indonesia Penapisan virtual.. Rezi Riadhi Syahdi.

94

Lampiran 31. Tampilan situs Protein Data Bank

Lampiran 32. Tampilan Piranti Lunak VegaZZ

Universitas Indonesia
Penapisan virtual..., Rezi Riadhi Syahdi, FMIPA UI, 2012

95

Lampiran 33. Tampilan Piranti Lunak Symyx Draw

Lampiran 34. Tampilan Piranti Lunak UCSF Chimera

Universitas Indonesia
Penapisan virtual..., Rezi Riadhi Syahdi, FMIPA UI, 2012

96

Lampiran 35. Tampilan Piranti Lunak GOLD

Lampiran 36. Tampilan Piranti Lunak PyRX

Universitas Indonesia
Penapisan virtual..., Rezi Riadhi Syahdi, FMIPA UI, 2012

97 Lampiran 37. Tampilan Piranti Lunak PyMOL Universitas Indonesia Penapisan virtual. Rezi Riadhi Syahdi.... 2012 . FMIPA UI.