Di
Indonesia, Habibie 20 tahun menjabat Menteri Negara Ristek/Kepala BPPT, memimpin
10 perusahaan BUMN Industri Strategis, dipilih MPR menjadi Wakil Presiden RI, dan
disumpah oleh Ketua Mahkamah Agung menjadi Presiden RI menggantikan Soeharto
menjadi Presiden Republik Indonesia ke 3. Soeharto menyerahkan jabatan presiden itu
kepada Habibie berdasarkan Pasal 8 UUD 1945. Sampai akhirnya Habibie dipaksa pula
lengser akibat refrendum Timor Timur yang memilih merdeka. Pidato
Pertanggungjawabannya ditolak MPR RI. Beliau pun kembali menjadi warga negara
biasa, kembali pula hijrah bermukim ke Jerman.
Pada tanggal 22 Mei 2010, Hasri Ainun Habibie, istri BJ Habibie, meninggal di Rumah
Sakit Ludwig Maximilians Universitat, Klinikum, Muenchen, Jerman. Ia meninggal pada
hari Sabtu pukul 17.30 waktu setempat atau 22.30 WIB. Kepastian meninggalnya Hasri
Ainun dari kepastian Ali Mochtar Ngabalin, mantan anggota DPR yang ditunjuk menjadi
wakil keluarga BJ Habibie. Ini menjadi duka yang amat mendalam bagi Mantan Presiden
Habibie dan Rakyat Indonesia yang merasa kehilangan. Bagi Habibie, Ainun adalah
segalanya. Ainun adalah mata untuk melihat hidupnya. Bagi Ainun, Habibie adalah
segalanya, pengisi kasih dalam hidupnya. Namun setiap kisah mempunyai akhir, setiap
mimpi mempunyai batas.
Pada Awal desember 2012, sebuah film yang berjudul Habibie dan Ainun diluncurkan,
film ini Mengangkat kisah nyata tentang romantisme kedua saat remaja hingga menjadi
suami istri dan saat ajal memisahkan mereka. Film yang diambil dari buku terlaris karya
BJ Habibie, Film ini di garap oleh dua sutradara yaitu Faozan Rizal dan Hanung
Bramantyo, dengan pemeran Reza Rahardian sebagai Habibie dan Bunga Citra Lestari