Dosen Pengampu :
Dr. FAUZIYAH HARAHAP, M.Si
Kelas A Semester II
TA. 2014
1.
Bakteri ditumbuhkan pada medium LB, digojog pada suhu 370C,selama 1 malam.
15 ml kultur disentrifugasi 3000 rpm,15 menit, pada suhu 40C.
Supernatan dibuang, pada pellet ditambahkan 750 l buffer lisis (100mM Tris HCl
pH 8,100mM NaCl,50 mM EDTA,2% SDS ), lalu divortek.
10 l ( 10 mg/ml) Proteinase-K ditambahkan.
Diinkubasi pada suhu 550C selama 30 menit.
Disentrifugasi dengan kecepatan 3.000 rpm, selama 15 menit, pada suhu 40C.
Dipindahkan supernatannya pada tabung eppendorf 1,5 ml.
Kemudian ditambahkan 700 l phenol, digojog pelan.
Disentrifugasi 12000 rpm selama 10 menit, lapisan atas dipindahkan dalam
tabung eppendorf 1,5 ml.
Ditambahkan etanol dingin, perbandingan 1:1 (v/v), dicampur pelanpelansehingga timbul benang-benang halus DNA.
Benang-benang halus DNA diambil dan dicuci dengan etanol 70%.
Disentrifugasi 12000 rpm, 10 menit, supernatan dibuang, pelet dikeringkan.
Ditambahkan TE, hingga volume 200 ml.
Kemudian dilanjutkan dengan harvesting (pemanenan plasmid) sebanyak yang
diperlukan.
Senyawa-senyawa kimia
Secara kimia lisis dinding sel dapat dilakukan dengan menambahkan senyawa
kimia seperti lisozim, EDTA (ethilendiamin tetraasetat), dan SDS (sodium dodesil
sulfat).
Dalam hal ini fungsi EDTA adalah sebagai perusak sel dengan cara mengikat
magnesium. Ion ini berfungsi untuk mempertahankan integritas sel maupun
mempertahankan aktivitas enzim nuklease yang merusak asam nukleat.
Adapun SDS yang merupakan sejenis deterjen dapat digunakan untuk merusak
membran sel. Ini semua menyebabkan sel menjadi lisis.
Kotoran sel yang ditimbulkan akibat perusakan oleh EDTA dan SDS dibersihkan
dengan cara sentrifugasi, sehingga yang tertinggal hanya molekul nukleotida
(DNA dan RNA). Untuk menghilangkan protein dari larutan, digunakan phenol
(mengikat protein dan sebagian kecil RNA) dan chloroform (membersihkan
protein dan polisakarida dari larutan).
c.
d.
Fungsi-fungsi Senyawa
Tahap presipitasi
1. Menambahkan 0,1 vol NaOAc dan 2,5 vol larutan
ethanol absolut dingin ke dalam 4 ml supernatan yang
telah didiamkan selama 1 malam.
2. Menyimpannya ke dalam freezer dengan suhu 20C sampai -40C selama 1 jam.
3. Mengendapkan DNA plasmid dengan disentrifuge
dengan kecepatan 3500 rpm selama 15 menit.
4. Membuang supernatan dan membalik botol konikel di
atas tissue dan mendiamkannya selama 5 menit.
Tahap pembilasan
1. Membilas DNA plasmid yang diperoleh dengan menambahkan 2 ml
ethanol 70 % pada pellet dan mendiamkankannya selama 5 menit.
2. Membuang etanol 70 % dan membalik botol konikel di atas tissue sampai
kering selama 5 menit.
3. Menambahkan 50 mikrolit dH2O pada DNA plasmid dengan menyedot dan
menyemprotkan kembali sebanyak 6 kali dengan mikropipet tip warna
kuning sampai bercampur.
4. Memipet larutan dengan mikropipet tip warna kuning dan memasukannya
ke dalam botol eppendorf kemudian dimasukkan ke dalam freezer.
HASIL akhir
1. Sentrifuge setelah inkubasi : Terbentuk dua lapisan yaitu supernatan yang
berwarna keruh dan pellet yang berwarna kuning
2. Setelah Penambahab larutan C : Terbentuk endapan putih
3. Sentrifuge setelah penambahan larutan C : Terbentuk 3 lapisan. Lapisan
bawah adalah pellet yang mengandung plasmid lapisan tengah adalah
supernatant, dan lapisan atas adalah debris molekul
Fungsi zat-zat
Glukosa: berfungsi menjaga tekanan osmotik sel agar tidak
pecah.
FKI (Phenol : Chloroform : Isoamilalkohol) : Memisahkan
kandungan lipid, protein dari DNA, menghilangkan
kontaminan yg masih melekat
NaOAc: menyesuaikan kondisi yang tepat bagi enzim agar
bekerja secara maksimal dan menjaga keseimbanagan sel agar
tidak lisis
Asam asetat : Menetralkan suasana basa yang diciptakan oleh
ion hidroksida dari NaOH yang diberikan pada tahap lisis
sebelumnya
ethanol absolut 70 % : memurnikan DNA
mikrolit dH2O :
DAFTAR PUSTAKA
Calladine, C. R., Horace R D., Ben F L., Andrew A T. 2004.
Understanding DNA. Amsterdam : Academic Press.
Campbell, N.A., J.B. Reece, & L.G. Mitchell. 2002. Biologi
5th ed. Jakarta :Erlangga.
Lodish, H., Arnold B., S. Lawrence Z., Paul M., David B.
James D. 2000. Molecular Cell Biology. Wh Freeman
Company
Suryani, Yoni dkk. 2007. Petunjuk Praktikum Biologi Sel Dan
Molekuler. Yogyakarta: Universitas Negeri Yogyakarta.
Metode elektroforesis
1. mensuspensikan gel agarose didalam larutan
penyangga yang sesuai (TAE 1x) dengan konsentrasi
tertentu sesuai dengan kebutuhan di dalam
erlenmeyer.
2. Kemudian dipanaskan dengan microwave atau
hot-plate hingga tidak terlihat lagi butiran agarose,
dan dilarutkan menjadi jernih (transparan, tidak
putih).
3. Agarose dibiarkan dingin terlebih dahulu sambil
menyiapkan tempat untuk menuang gel (tray).
4. Kemudian dipasang sisir pada tempat tersebut
5. Setelah suhu turun, agarose dituangkan ke dalam
tempat tersebut.
ISOLASI DNA
PLASMID
DEWI SARTIKA SARI
ISOLASI
DNA PLASMID
8136173004
PROGRAM
PASCASARJANA
PENDIDIKAN BIOLOGI
DNA PLASMID
Plasmid merupakan DNA ekstrakromosomal
yang berbeda karakternya dengan DNA
kromosomal, berupa DNA sirkuler yang terdapat
di sitoplasma, beruntai ganda serta mampu
secara independen bereplikasi.
Plasmid memiliki ukuran yang relatif kecil dan
terletak di luar kromosom dalam sel prokariot
khususnya bakteri dan sel eukariot tingkat
rendah seperti khamir.
ISOLASI DNA
Prinsip Isolasi DNA
Isolasi
Ekstraksi
Pemisahan DNA dari
bahan padat seperti
selulosa dan protein
Menghilangkan
beberapa kontaminan
seperti senyawa
sekunder (fenol),
polisakarida, RNA dan
juga protein.
Pemurnian
Kultur Bakteri
(E.Coli)
- Kultur selama 1 malam
- Sentrifuge (mengambil kultur dan
menghilangkan medium)
Larutan I
(glucose)
Jika ada larutan
berkonsentrasi
tinggi masuk ke
dalam sel, dengan
sendirinya
membran sel akan
rusak
Larutan II
(NaOH & SDS)
NaOH : merusak membran
sel
SDS : sabun untuk
menghancurkan membran
sel
DNA bebas
METODA
ISOLASI DNA
BAKTERI
Larutan III
(netralisasi)
- sentrifuge
Menggumpal &
menyatu
Supernatan
(berisi DNA)
lain
+ etanol 100% dan NaAc (membantu
pengendapan)
Pengendapan
-
DNA murni
Inkubasi
Cuci dengan EtOH
70%
Keringkan
2.
3.
4.
5.
FUNGSI ZAT
TAHAP PEMURNIAN.
1.
2.
3.
4.
Membilas
DNA
plasmid
yang
diperoleh
dengan menambahkan 2 ml ethanol 70 % pada
pellet dan mendiamkankannya selama 5 menit.
Membuang etanol 70 % dan membalik botol konikel
di atas tissue sampai kering selama 5 menit.
Menambahkan 50 mikrolit dH2O pada DNA
plasmid dengan menyedot dan menyemprotkan
kembali sebanyak 6 kali dengan mikropipet tip
sampai bercampur.
Menghisap larutan dengan mikropipet tip dan
memasukannya ke dalam botol eppendorf kemudian
dimasukkan ke dalam freezer.
FUNGSI ZAT-ZAT
1.
2.
METODE
(PCR)
Sebanyak 33,6 mL ddH2O (Water Nucleus
Free) dimasukkan ke dalam tabung Eppendorf.
Kemudian ditambahkan kromosom (template
DNA)1 mL; primer forward 16s rRNA dan primer
reserve 16s rRNA 2 mL;dNTP (10mM) 1 ml; 5 ml
buffer (dapar) PCR dan Mg2+ (MgCl2)sebanyak 5
mL.
ELEKTROFORESIS
Produk PCR dielektroforesis dan hasil
elektroforesis dilihat dibawah sinar UV 312 nm
menggunakan alat transilluminatorUV (ColePalmer)
Sebagai penampak bercak digunakan ethidium
bromida.
PLASMID
Plasmid adalah molekul DNA utas ganda sirkuler
2.
3.
10.
11.
12.
13.
Uji Kuantitas
Uji Kuantitas DNA dilakukan dengan spektrofotometer UV
dengan panjang gelombang 256 nm (260 nm). Kualitas DNA
yang berhubungan dengan kemurnian terhadap kontaminan
protein dapat dilihat dari perbandingan absorbansi suspensi DNA
pada panjang gelombang 260 nm terhadap 280 nm. Rasio
OD260/OD280 antara 1,8-2,0 mencerminkan DNA yang relatif
murni dan terbebas dari kontaminan protein. Nilai absorbansi
pada panjang gelombang 260 nm dapat dikonversikan menjadi
konsentrasi, yaitu nilai 1 pada OD260 = 50 ug DNA utas ganda
tiap ml (Suharsono dan Widyastuti, 2006)
Uji Kulitas
Uji Kualitas DNA dilakukan dengan elektroforesis. DNA yang
PCR
Sebanyak 5l komposisi PCR koloni yang telah dimix dengan
0,3 l primer L1 dan 0,3l primer L2, selama dalam mesin
PCR dilakukan pradenaturasi pada suhu 95C selama 5 menit,
berlanjut terjadinya denaturasi selama 5 menit, proses
annealing pada suhu 52C selama 30 menit, kemudian
extension 72C selama 2 menit dan proses akhir selama 10
menit.
Restriksi
Enzim restriksi endonuklease (enzim restriksi) mengenali
urutan nukleotida spesifik dan memotong DNA pada posisi di
antara atau di luar sekuen yang dikenalinya tersebut.
Enzim yang digunakan dalam isolasi DNA plasmid adalah
Enzyme tipe II yang menghasilkan fragmen-fragmen tertentu
dengan pola pita-pita yang spesifik pada gel agarosa.
ISOLASI
DNA PLASMID
M. K : BIOTEKNOLOGI
( 8136173010 )
JHONAS DONGORAN
PROGRAM STUDI PENDIDIKAN BIOLOGI ( Kelas- A )
PROGRAM PASCASARJANA
UNIVERSITAS NEGERI MEDAN
2014
ISOLASI DNA
DNA merupakan suatu materi genetik yang terbentuk dari dua
kelompok basa yang berbeda yang mengandung nitrogen, yaitu purin
dan pirimdin.
DNA terdapat di dalam setiap sel makhluk hidup yang sangat
berperan penting sebagai pembawa informasi hereditas yang
menentukan stuktur protein dan proses metabolisme lain.
Isolasi DNA adalah memisahkan DNA kromosom atau DNA genom
dari komponen-komponen sel lain. Sumber DNA bisa dari tanaman,
kultur mikroorganise, atau sel manusia.
PLASMID
PLASMID :
Molekul DNA utas ganda sirkular, berukuran kecil yang
terdapat di dalam sitoplasma dan dapat melakukan
replikasi secara autonom
KARAKTER PLASMID
1.
2.
3.
1 sel 1 plasmid
KELOMPOK PLASMID
1.
2.
3.
4.
5.
2)
Lisis (pemecahan dinding sel), membran sel bakteri tersusun atas membran luar
dan membran dalam, membran luar terdiri atas lipopolisakarida, protein, fosfolipid,
lipoprotein, dan peptidoglikan sedangkan membran dalam tersusun atas membran
fosfolipid bilayer yang juga terintegrasi protein di dalamnya (Saunders and
Parkers, 1999). Secara kimia lisis dinding sel dapat dilakukan dengan
menambahkan senyawa kimia seperti lisozim, EDTA (ethilendiamin tetraasetat), dan
SDS (sodium dodesil sulfat). Dalam hal ini fungsi EDTA adalah sebagai perusak sel
dengan cara mengikat magnesium. Ion ini berfungsi untuk mempertahankan
integritas sel maupun mempertahankan aktivitas enzim nuklease yang merusak
asam nukleat. Adapun SDS yang merupakan sejenis deterjen dapat digunakan untuk
merusak membran sel. Untuk menghilangkan protein dari larutan, digunakan
phenol (mengikat protein dan sebagian kecil RNA) dan chloroform (membersihkan
protein dan polisakarida dari larutan). Etanol berfungsi untuk memekatkan,
memisahkan
DNA
dari
larutan
dan
mengendapkan
DNA.
Lanjutan,,,!!!
Na Asetat
Lanjutan,,,!!!
Fungsi penambahan pelarut organik seperti
SELESAI
TERIMAKASIH
Dosen Pengampu:
Dr. Fauziyah Harahap, M.Si
Escherchia Coli
Oleh:
Maiderawati (8136173012)
Program Studi Pendidikan Biologi
Program Pascasarjana
Universitas Negeri Medan
2014
Escherchia coli
Tahap isolasi
1.
Menyiapkan kultur bakteri Escherichia coli yang diinkubasi dalam suhu 370 C
dan dalam waktu 1 malam.
2.
Mengambil 8 ml bakteri dalam kultur cair dengan menggunakan mikropipet.
3.
Memasukkan kultur bakteri ke dalam tabung eppendorf 15 ml.
4.
Mengendapkan bakteri dengan microsentrifuge dengan kecepatan 3500 rpm
selam 10 menit sehingga terbentuk pelet dan supernatan.
5.
Membuang supernatan kemudian menambahkan 2 ml larutan A (EDTA dan TrisHCl) ke dalam pelet.
6.
Memvortex campuran dengan kecepatan 3500 rpm.
7.
Menambahkan 2 ml larutan B (NaOH dan SDS) ke dalam campuran pelet dan
larutan A. Kemudian dibolak-balik 4-6 kali.
8.
Menambahkan larutan C (Ka-Asetat) pada campuran pelet, larutan A, dan larutan
B. Setelah itu memvortexnya dengan menggunakan microsentrifuge dengan
kecepatan 3500 rpm selama 10 menit hingga terbentuk supernatan dan pelet.
9.
Mengambil supernatan sebanyak 4 ml dan memasukkan ke dalam tabung yang
baru kemudian didiamkan selama 1 malam.
Fungsi Zat-zat
o EDTA dapat berfungsi sebagai penghambat DNAse yang dapat
mendenaturasi DNA dan sebagai pengkhelat magnesium yang
berperan dalam merusak stabilitas membran plasma sehingga
membran plasma menjadi tidak stabil.
o Tris-HCl menjaga pH larutan sehingga DNA tetap terjaga pada
pH nya.
o NaOH untuk mendenaturasi DNA genomik (kromosomal) dan
mulai menghidrolisis RNA.
o SDS berfungsi untuk menghancurkan membran sel dan
mendenaturasi protein
o kalium asetat (Ka-Asetat) menyebabkan renaturasi plasmid
Fungsi Zat-zat
o NaOAc adalah garam buffer yang membantu proses
pengendapan.
o Ethanol absolut berguna untuk mengendapkan
plasmid karena perbedaan polaritas.
Fungsi Zat-zat
o Ethanol 70 % berfungsi untuk membersihkan sisasisa larutan yang digunakan untuk mengendapkan
plasmid sebelumnya sehingga dapat diperoleh
plasmid yang murni.
o dH2O steril yang berfungsi untuk melarutkan DNA
plasmid.
Daftar Pustaka
Akmalia, L. 2012. Tahapan DNA plasmid dari bakteri Escherchia coli, (Online),
(http://lulluakmalia.blogspot.com/2012/10/laporan-praktikum-bio-logi-sel-uler-mol.html, diakses 14 Januari
2014).
Febrina, G, Dkk. 2011. Isolasi DNA Plasmid, (Online), (http://kampungbiologi.blogspot.com/2011/10/isolasidna-plasmid.html, diakses 14 Januari 2014).
Lab Biomol. 2011. Isolasi DNA, (Online), (http://labbiomol.blogspot.com/2012/12/vbehaviorurldefaultvmlo_17.html, diakses 14 Januari 2014).
Mubin, A.M. 2013. Isolasi Plasmid Dna Bakteri (E. coli), (Online),
(http://duniapeternakanunram.blogspot.com/2013/12/tugas-pengantar-bioteknologi-isolasi_1580.html,
diakses 14 Januari 2014).
Prima. 2011. Isolasi Plasmid Dan Elektroforesis, (Online), (http://prima31.wordpress.com/2011/03/18/isolasiplasmid-dan-elektroforesis/, diakses 14 Januari 2014).
Waliyuddin , M. 2013. Isolasi Dan Pemurnian Dna Plasmid, (online),
(http://muhammadwaliyuddin10.blogspot.com/2013/01/laporan-praktikum-tanisolasi-dan.html, diakses 14
Januari 2014)
DOSEN PENGAMPU :
Dr. FAUZIYAH HARAHAP, M.Si
Sambungan...
Fungsi Zat-zat
Sambungan...
OLEH :
Elena Mayanti Nduru
813673008
Pendidikan Biologi A 2013
1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.
8.
9.
10.
Untuk
11.
12.
13.
14.
15.
16.
17.
18.
19.
20.
1.
2.
3.
4.
20
l
larutan
dH2O+larutan
penyangga+DNA
plasmid,+enzim restriksi dimasukkan ke dalam tabung
eppendorf 500 l
Larutan diinkubasi selama 1 jam pada suhu 37C
Dielektroforesis untuk mengecek apakah enzim telah
memotong DNA
Bila telah terpotong, DNA dipanaskan pada suhu 6570C.
Dielektroforesis kembali untuk menentukan ukuran
plasmid dan fragmen-fragmennya.
OUTLINE
AIMS:
To isolate DNA PLASMID from Bacteria
METHOD:
This is the classical method of isolating plasmid dna, using small resin
filters that nest within a microcentrifuge tube, are also as kits from
suppliers of materials for molecular biology.
TIMING:
It takes about 60 minutes, including a period of 30 minutes when the
materials are being chilled.
PLASMID
A plasmid is a small DNA molecule that
is physically separate from, and can
replicate independently of, chromosal
DNA within a cell.
Most commonly found as small circular,
double-stranded DNA molecules in
bacteria, plasmids are sometimes present
in archae and eukaryotic organisms.
They are genetically modified and are
used
in
the
recombinant
DNA
technology..They are able of carrying 20
genes at a time
Source:
http://en.wikipedia.org/wiki/Plasmid
1) Beaker Glass
3) Microcentrifuge
tube pellet
2) Vortex Mixer
APPARATUS FUNCTIONS
Beaker Glass are normally used in holding liquids and work with
them during chemical analysis. Generally, beakers are calibrated to
allow the user to measure the liquid that is to be used. The type of
glass that is normally used in making beakers can also be heated and
cooled without breaking.
Vortex Mixers are used in bioscience laboratories to mix two different
chemicals for a desired effect or to dilute an acid or alkali by mixing
them with water.
Centrifuge tubes are conical tubes of various sizes made of plastic or
glass material. They are mainly used in micro-centrifuges in molecular
biology laboratories and vary in capacity.
4) 8 tips of Micropipette
7)Centrifuge
APPARATUS FUNCTIONS
Micropipette tips are used to measure and transfer small
volumes of liquids.
PROCEDURE
PROCEDURE
2. Decant the supernatant
(liquid) into disinfectant in a
waste container
The substantion
centrigutaion are
supernatant
result of
pellet and
PROCEDURE
PROCEDURE
SDS is an ionic detergent which
dissolves the phospolipids and
proteins of the cell membrane.
This lyses the cells, releasing the
DNA.
The sodium hydroxide splitts
both
the
plasmid
and
chromosomal DNA into singlestrained molecules, but each
denaturated plasmid remains
stuck as two interwined rings
PROCEDURE
PROCEDURE
8. Very carefully transfer 400l
of the supernatant (liquid) to a
clean microcentrifuge tube.
Ensure that none of the cell
debris is carried over.
The supernatant contains the
plasmid DNA.
9. Add 400l of ice cold ethanol.
Mix gently.
PROCEDURE
PROCEDURE
11. Decant the supernatant into a waste
container; taking care not to discard the
pellet of plasmid DNA
12. With a micropipette, remove the last
drops of liquid. If convenient, leave the
uncapped tube to stand at room
temperature for 15 minutes or use a hair
drier so that all the alcohol evaporates.
13. Dissolve the pellet in 15l of TE
buffer; vigorous mixing is need to ensure
that this happens. Store the plasmid
solution in a freezer or run it on e gel
DIFFERENCES
Isolation of plasmids can be done manually or using KIT
is available from a variety of biotechnology companies
(eg Thermo Scientific, Invitrogen, Qiagen, MachereyNagel, Integrated DNA Technology).
Actually both of them use the same principle, namely it
will lysis the chromosomal DNA under alkaline
conditions (Alkaline Lysis), but using KIT more efficient
of time and is usually more pure on plasmid obtained,
but the manual method and is much more economical.
REFERENCES
Bloom mark, et.al. Laboratory DNA Science: An introduction to
recombinant DNA techniques and methods of genome analysis, (Online),
(http://www.ncbe.reading.ac.uk/ncbe/protocols/DNA/PDF/DNA07.pdf,
accessed on January 2014).
Rifai Muhammad. 2010. Buku Ajar Genetika MAB4261:Genetika
Rekombinasi dan Populasi,(Online),
(http://muhaiminrifai.lecture.ub.ac.id/files/2011/01/Modul-Genetika.pdf,
accessed on January 2014)
http://www.ppsk.usm.my/lecturers/mravi/PDF_FIles/Plasmidextraction20
02.pdf, accessed on January 2014
THANK YOU
ISOLATION OF
PLASMID DNA
Compiled by :
Raja Novi Ariska
(8136173013)
BIOLOGY EDUCATION
POST GRADUATED PROGRAM
STATE UNIVERSITY OF MEDAN
2013
Plasmid
Plasmid is a double
stranded, circular extra
chromosomal DNA of
bacterium.
Used in recombinant
DNA experiments to
clone genes from other
organisms and make
large quantities of their
DNA.
LB Media:
Deionized H2O, to 950 ml.
Tryptone, 10 g.
Yeast extract, 5 g.
NaCl, 10 g.
To prepare LB (LuriaBertani) medium, shake the
ingredients with Distilled
water until the solutes have
dissolved. Adjust pH to 7.0
with 5 N NaOH and make up
the final volume of the
solution to 1 liter with
deionized H2O. Then
sterilize it for 20 minutes by
autoclaving at 15 psi .
Procedures
1.
2.
3.
1.5 ml
culture
SDS
Dissolves membranes
NaOH
Denatures DNA
Because plasmids are supercoiled,
both DNA strands remain
entangled after denaturation
SDS
The SDS dissolves the
cell membrane lipids
and degrades the
cellular proteins.
6.
Add 150 l of ice-cold Alkaline lysis solution III (Potassium acetate, Glacial
acetic acid, H2O). Close the tube and disperse Alkaline lysis solution III
through the viscous bacterial lysate by inverting the tube several times.
Store the tube in ice for 3-5 minutes.
1. Potassium acetate / acetic acid solution
Neutralizes NaOH (renatures plasmid
DNA)
Converts soluble SDS to insoluble PDS
Acetic acid
Neutralises the
solution,enabling the
DNA to renature.
DNA Electrophoresis
The process using electro-field to separate macromolecules
in a gel matrix is called electrophoresis.
DNA, RNA and proteins carry negative charges, and
migrate into gel matrix under electro-fields.
The rate of migration for small linear fragments is directly
proportional to the voltage applied at low voltages.
At low voltage, the migration rate of small linear DNA
fragments is a function of their length.
At higher voltages, larger fragments (over 20kb) migrate at
continually increasing yet different rates.
Large linear fragments migrate at a certain fixed rate
regardless of length.
In all cases, molecular weight markers are very useful to
monitor the DNA migration during electrophoresis.
Nicked DNAs
Linear DNA
Super Coiled
SC
Relaxed region
Reference
Amrita virtual lab, Plasmid Isolation (Mini Preparation),
available at
http://amrita.vlab.co.in/?sub=3&brch=77&sim=314&c
nt=1
NCBE, 2000, Extraction of Plasmid DNA , available at
http://www.ncbe.reading.ac.uk/ncbe/protocols/DNA/P
DF/DNA07.pdf
Rohde and Henze, 2011, Plasmid Isolation from
Bacteria. Available at
http://www.dsmz.de/fileadmin/Bereiche/Microbiology
/Dateien/Kultivierungshinweise/Plasmid_Isolation_fro
m_Bacteria.pdf