Nama

: Nurlaily Lavianti

NIM

: 307342410436

Off

:G

Tanggal

: 3 Mei 2009
Tugas Genetika
Resume Chapter 15
REGULASI EKSPRESI GEN PADA EUKARIOT

Diferensiasi Seluler Pada Eukariot Tingkat Tinggi

Selama perkembangan cukariot tingkat tinggi, sebuah sel tunggal zigotmengalami pembelahan mitosis dan membentuk tipe-tipe sel (pada hewan; sel-sel
kulit, sel-sel saraf, sel-sel tulang, sel-sel darah, dan lain sebagainya) dengan
morfologi yang berbeda dan tersusun atas komposisi makromolekul yang berbeda
pula. Tipe tipe sel yang berbeda ini sangat terspesialisasi, dan hanya meiliki
fungsi metabolik tertentu.

Ekspresi gen-gen ini dikontrol, setidak-tidaknya pada tingkat transkripsi

dan pada tingkat pemrosesan hasil transkripsi. Diferensiasi terjadi melalui regulasi
ekspresi gen, dibandingkan melalui perubahan komposisi genom. Hal ini telah
didemonstrasikan melalui berbagai macam teknik pada beberapa organisme yang
berbeda. DNA yang berasal dari nucleus sel-sel yang terdiferensiasi menunjukkan
bahwa genom-genom tersebut mengandung set sekuen pasangan nukleotida yang
sama.
Selama perkembangan tanaman dan hewan, ekspresi gen kelihatannya
diregulasi pada beberapa level yang bebeda, yaitu pada saat transkripsi,
pemrosesan pre-RNAd, transport RNAd, stabilitas RNAd, translasi, pemrosesan
protein post-translasi, stabilitas protein, dan fungsi enzim. Akan tetapi, data-data
yang ada pada saat ini menunjukkan bahwa ekspresi gen pada dasarnya diregulasi
pada level transkripsi dan pemrosesan pre-RNAd.
Beberapa proses perkembangan pada eukariot tinggi dikontrol melalui
preprogrammed circuis of gene expression. Dalam hal ini, beberapa peristiwa
(misalnya pelepasan hormone dalam aliran darah atau fertilisasi telur) akan
merangsang ekspresi sekelompok gen tertentu. Hasil dari satu atau lebih gen-gen
ini merupakan fungsi dari turning off transkripsi dari sekelompok gen-gen
pertama dan atau turning on transkripsi dari sekelompok gen kedua. Pada
gilirannya, satu atau lebih produk dari kelompok gen kedua dihasilkan dari
turning on kelompok gen ketiga, dan begitu seterusnya. Pada eukariot kita ketahui
bahwa hormone-hormon dapat merangsang ekspresi sekelompok gen. sebagai
tambahan, kita juga mengetahui bahwa gen-gen regulatori juga dilibatkan dalam
pengontrolan pola-pola diferensiasi. Dalam beberapa kasus, kita ketahui bahwa
elemen-elemen regulatori disebut sebagai "enhancers" dan "silencers" yang
mengatur ekspresi gen dari promoter terdekatnya.
Transkripsi Kromoson Lampbrush pada Ousit Amphibhi
Kajian yang dilakukan terhadap organisme tingkat tinggi hingga saat ini
menunjukkan bahwa fertilisasi telur yang matang oleh sperma akan merangsang
peningkatan sintesis protein, yang kemudian diikuti oleh pembelahan inti dan
pembelahan sel pada tahap pembelahan awal embryogenesis. Pada sebagian besar

eukariot, sintesis protein tidak diikuti oleh sintesis RNA. Bahkan, semua
komponen yang diperlukan untuk sintesis protein selama embryogenesis awal
sudah ada ditelur hingga terjadinya fertilisasi. Gen-gen hasil transkripsi, dalam
bentuk RNAd atau molekul-molekul pre-RNAd harus disimpan dalam telur dalam
keadaan dorman. Translasi molekul-molekul RNAd dirangsang oleh peristiwaperistiwa yang berasosiasi dengan fertilisasi. Oleh karena itu, molekul-molekul
informasional yang terkait dengan sintesis protein Selama tahap pembelahan awal
harus disintesis selama oogenesis. Gen hasil transkripsi dari kromosom lampbrush
kelihatannya merupakan produk yang diperlukan selama tahap awal
embryogenesis.
Gen-gen hasil transkripsi yang disintesis selama oogenesis harus disimpan
dalam keadaan inakif tetapi tetap dalam bentuk yang stabil (kemungkinan sebagai
kompleks RNA-protein) hingga terjadinya proses fertilisasi. Jelasnya, mekanisme
regulasi yang dilibatkan terjadi/berlangsung pada tahap post-transkripsi
(pemrosesan RNA-protein) pada level translasi.
Amplifikasi Gen RNAr pada Oosit Amphibi
Meskipun inisiasi sintesis protein secara cepat mengikuti fertilisasi, akan
tetapi tidak terjadi sintesis RNAr pada embrio amphibi hingga tahap gastrula.
Artinya, sejumlah besar RNAr juga harus disintesis selama oogenesis. Pada oosit
amphibian, gen-gen RNAr secara selektif diamplifikasi sekitar seribu kali untuk
memfasilitasi sintesis sejumlah RNAr yang disimpan dalam telur yang matang.
Gen-gen secara normal hadir sebagai kopi berulang yang acak (tandem) yang
terletak di NOR kromosom. D. Brown J. Gurdon dkk menunjukkan bahwa
terdapat sekitar 500 kopi gen rRNA pada tiap-tiap 2 NOR di inti diploid Xenopus
laevis. Precursor rRNA disintesis dan diproses di nucleolus. D. Brown dan I.
Dawid menunjukkan bahwa nucleus dari oosit X. laevis mengandung ratusan
nucleolus, masing-masing mengandung molekul DNA sirkuler yang membawa
kopi berulang secara tandem dari gen rRNA. Molekul DNA ekstrakromosomal ini
bereplikasi melalui rolling circle mechanism.

Populasi "Gen Transcript" Berbeda pada Tipe Sel yang Berbeda

Pada eukariot tingkat tinggi, hanya sebagian kecil proporsi genom yang
direpresentasikan diantara molekul RNAd dalam suatu tipe sel tertentu. Hal ini
telah dibuktikan melalui eksperimen hibridasi penjenuhan RNA-DNA. RNA
diekstrak dari tipe sel tertentu dan dibiarkan berhibridisasi dengan DNA inti total
(di denaturasikan). RNA ditambahkan ke reaksi hibridisasi dalam jumlah yang
banyak (relatif terhadap konsentrasi DNA) sehingga sekuen DNA
berkomplementer dengan sekuen-sekuen yang representatif pada pada populasi
RNA dan akan membentuk hybrid DNA-RNA. Langkah berikutnya yaitu
menentukan proporsi DNA genomic total yang hadir sebagai hybrid DNA-RNA;
hasil penentuan tersebut akan dipakai sebagai data pendukung perkiraan terhadap
proporsi genom yang direpresentasikan melalui sekuen-sekuan dalam populasi
RNAd pada tipe sel tertentu tersebut (proses kuantifikasi biasanya dilakukan
dengan melabeli DNA secara radioaktif, meskipun beberapa prosedur lainya juga
digunakan.
Sekelompok gen yang berbeda ditranskripsikan dan hasil transkripsi
primer diproses menjadi RNAd dengan cara yang berbeda pada sel-sel yang telah
terdiferensiasi. Biasanya, beberapa gen yang sama dan beberapa gen yang berbeda
ditranskripsikan pada jaringan yang berbeda. Experiment hibridisasi kompetitif
RNA-DNA mengindikasikan bahwa sekuen RNA yang hadir dalam populasi RNA
yang diambil dari jaringan /tipe sel yang berbeda bervariasi antara 10 sampai
dengan 100%. Telah diketahui bahwa lebih dari 90% sekuen-sekuan DNA dalam
genom tidak direpresentasikan diantara populasi RNAd pada berbagai tipe sel, dan
berdasarkan hal tersebut maka dihipotesiskan bahwa gen-gen eukariotik dikemas
dalam kromatin pada tahap ter-represi secara non spesifik, dan regulasi transkripsi
dan atau pemrosesan hasil transkripsi terjadi melalui mekanisme positif yang
melibatkan activator gen yang spesifik. Activator ini berperan dalam turning on
atau mengaktifasi transkripsi gen-gen spesifik (sekelompok gen) pada waktu yang
tepat dan pada sel yang tepat pula. Pada beberapa kasus, aktivasi ini melibatkan
sekuen-sekuen regulatori dalam pola cis yang disebut sebagai enhancers. Buktibukti mengindikasikan bahwa protein kromosomal non histon tertentu berfungsi
sebagai activator spesifik pada proses transkripsi. Bukti lain mengindikasikan

bahwa regulasi pemrosesan hasil transkripsi RNA merupakan hal yang penting
dalam pengontrolan proses diferensiasi pada mahkluk hidup eukariot.
Mekanisme Regulasi Transkripsi Pada Eukariot Tingkat Tinggi
Pada E coli, holoenzim, RNA polymerase (dengan factor sigma)
mengandung semua informasi yang dibutuhkan untuk inisiasi transkripsi dengan
memberikan sinyal promoter yang sesuai (-35 recognition sequence plus -10
pribnowbox). Akan tetapi, RNA polymerase II pada eukariot yang
mentranskripsikan sebagian besar gen-gen inti pengkode protein, tidak dapat
menginisiasi transkripsi secara tepat dalam keadaan in viro tanpa adanya
penambahan 4 protein asesori/ factor transkripsi pada umumnya. Kebutuhan
terhadap transkripsi ini membutuhkan tapak tapak tambahan regulasi transkripsi.
Sebagian Besar Unit Transkripsi Eukariot Bersifat Monogenik
Pada Eukariot tingkat tinggi, terlihat sangat jelas bahwa operon tidak
penting jikalau mereka ada. Meskipunterdapat bukti untuk operon/unit serupa
operon pada eukariot tingkat rendah (misalnya jamur), operon sepertinya jarang
ditemui pada eukariot tingkat tinggi. Sebagian besar RNAd eukariot tingkat tinggi
berkarakteristik monogenic (mengandung sekuen pengkode yang terdiri atas satu
gen structural). Pada beberapa kasus hasil transkripsi primer bersifat poligenik
dan dipotong-potong untuk menghadilkan RNAd monogenik.

Enhancer dan Silencer Mengatur Transkripsi pada Eukariot

Gen-gen eukariotik juga diregulasi oleh elemen-elemen cis-acting yang

disebut enhancer dan silencer, seperti namanya, enhancer meningkatkan
transkripsi dan silencer menurunkan transkripsi gen-gen yang diregulasi.
Gambaran mendasar tentang enhancer yang membedakannya dari promoter
adalah sebagai berikut:
1. Enhancer dapat bekerja pada jarak yang relative jauh-yaitu lebih dari
beberapa ribu pasang nukleotida dari gen yang diregulasi.
2. Orientasi enhancer bebad mereka dapat berfungsi dengan berbagai
orientasi, baik itu normal atau bolak balik.
3. Posisi enhancer bebas-mereka dapat berfungsi dengan baik pada posisi
upstream (5') atau downstream (3') dari gen / hadir dalam intron gen.
Enhancer merupakan elemen yang besar, dengan panjang lebih dari
ratusan pasang nukleotida. Terkadang mereka mengandung urutan berulang yang
memiliki aktifitas enhancer bagi diri mereka sendiri. Sebagian besar elemen
enhancer berfungsi untuk melengkapi / menjadi bagian dari kerja suatu jaringan,
sehingga mereka lebih sering hanya berfungsi untuk meningkatkan transkripsinya
gen-gen pada jaringan target spesifik (jaringan yang produk gen-gennya
dibutuhkan).
Beberapa enhancer dikarakterisasikan memegang peranan dalam regulasi
ekspresi gen. gambaran yang jelas tentang karakteristik enhancer yaitu bahwa
mereka menunjukkan spesifisitas jaringan. Enhancer yang meregulasi sintesis
rantai berat immunoglobulin terletak dalam intron kompleks gen rantai berat.
Factor-faktor yang berikatan pada sekuen enhancer/promoter dapat bekerja secara
kooperatif, secara positif/negative. Hal ini mengindikasikan bahwa ada
kemungkinan protein ini saling berhubungan, dan mengindikasikan bahwa lipatan
DNA memungkinkan terjadinya kontak tersebut. Model kerja enhancer dan
silencer ini mirip dengan mekanisme regulasi operon ara pada E. Coli, kecuali
bahwa pada eukariot tingkat tinggi melibatkan protein regulatori.

Regulasi Pada Level Transkripsi melalui Metilasi DNA

Gugus metal pada atom C no.5 pirimidin menempati posisi terluar dari
major grooves molekul DNA dan memegang peranan penting dalam
mempengaruhi interaksi DNA dengan protein spesifik. Kenyataannya, kajian
terhadap ikatan repressor (pada operon lac E. Coli) ke DNA operator lac
menunjukkan bahwa penambahan/penghilangan gugus metal tunggal secara tajam
dapat merubah afinitas repressor untuk DNA.
Pendapat-pendapat yang mengikuti metilasi pada control regulasi gen pada
organisme eukariot didasarkan pada 3 bukti secara tidak langsung.
1. Banyak kajian yang mendemonstrasikan hubungan antara level ekspresi
gen dan tingkat metilasi; misalnya metilasi rendah maka ekspresi gen juga
menjadi rendah,
2. Pola metilasi bersifat spesifik pada setiap jaringan, setidak-tidaknya pada
beberapa kasus,
3. Obat-obatan (analog basa) 5-azacytidine, yang tidak dapat termetilasi
setelah bergabung dengan DNA telah menunjukkan hasil ekspresi gen
pada jaringan dimana secara normal maka tidak terekspresi.
Aspek penting dari pola metilasi yaitu bahwa mereka terwariskan secara
klonal. Dengan adanya metilasi DNA yang spesifik untuk sekuen yang termetilasi
separo, pola metilasi tersebut akan diwariskan secara klonal sehingga sekali
terbentuk pola tersebut akan diwariskan keturunannya. Kunci utama model
regulasi ekspresi gen/ diferensiasi melalui metilasi DNA melibatkan pembentukan
pola metilasi yang spesifik pada suatu jaringan.