Anda di halaman 1dari 16

LAPORAN PRAKTIKUM PENGANTAR KIMIA MEDISINAL

Hubungan Kuantitatif Struktur dan Aktivitas (QSAR)


Hari / Jam Praktikum : Selasa / 08.00 11.00 WIB
Tanggal Praktikum

3 November 2015

Asisten

: Intan Merita
Muhammad Jajuli

IRBAH ARIFA
260110150147

LABORATORIUM KIMIA MEDISINAL


FAKULTAS FARMASI
UNIVERSITAS PADJADJARAN
JATINANGOR
2015

Hubungan Kuantitatif Struktur dan Aktivitas (QSAR)


I.

Tujuan
1. Membuat persamaan QSAR yang diperoleh dari data percobaan yang
sudah ada

II.

Prinsip
1. QSAR
Hubungan struktur kimia dan aktivitas biologis obat melalui sifat-sifat
kimia fisika, seperti kelarutan dalam lemak (lipofilik), derajat ionisasi
(elektronik), dan ukuran molekul (sterik).
(Patrick, 2005)
2. Persamaan Free-Wilson
Model matematis yang dikemukakan dalam metode analisis Free Wilson
memperkirakan bahwa aktivitas biologis sama dengan sumbangan
substituen ditambah aktivitas biologis senyawa induknya.
(Iqmal. 2003)
3. Persamaan Hansch
QSAR dinyatakan melalui parameter-parameter sifat kimia fisika dari
substituen, yaitu hidrofobisitas molekul (log P), hidrofobisitas substituen ,
elektronik, dan sterik.
(Patrick, 2005)

III.

Teori Dasar
Hubungan Kuantitatif Struktur dan Aktivitas (HKSA) atau Quantitative
Structure Activity Relationship (QSAR) adalah metode untuk membuat
suatu hubungan antara struktur dan aktivitas dari berbagai deslriptornya.
HKSA atau QSAR menjelaskan suatu struktur kmia dapat memberikan
sumbangan aktivitas terhadap struktur induknya. Sehingga dengan
penambahan tersebut dapat didapat suatu senyawa yang mempunyai
aktivitas yang tinggi dan memberikan efek terapi yang maksimal
(Siswandono dan Soekardjo, 2000).

Aktivitas dipengaruhi oleh sifat kmia fisika, yaitu sifat lipofilik, elektronik,
dan sterik. Lipofilisitas dapat didefinisikan sebagai kadar keseimbangan
numerik kadar obat dalam fasa polar dan fasa non polar (Daniel dan
Jorgensen, 1982). Proses awal penentu obat dalam mencapai target adalah
penetrasi atau absorpsi. Penetrasi obat dalam membran bergantung pada
kelarutannya pada lipid. Makin mudah larut dalam lipid maka obat
tersebut makin mudah menembus membran. Oleh karena itu, obat supaya
mudah larut harus bersifat lipofilik (Korolkovas, 1976 ; Daniel Dan
Jorgensen, 1982).
Elektronik merupakan parameter yang disebabkan oleh adanya derajat
ionisasi. Derajat ionisasi adlah banyak atau sedikitnya molekul zat yang
terionisasi. Derajat ionisasi merupakan perbandingan banyaknya molekul
zat yang terurai dengan banyaknya zat mula-mula (Ramdani, 2007).
Parameter ini mempengaruhi interaksi obat dengan reseptor. Obat yang
terlarut dapat berupa ion atau non ion. Bentuk non ion relatif lebih laerut
dalam lemak (Batubara, 2008).
Parameter sterik mempengaruhi fase pembentukan respon atau stimulus
sebagai akibat perubahan konformasi dan beberapa usikan (Srdjoko,
1987). Pengaruh sterik seperti volume molar dan luas permukaan
dinyatakn dalam harga refraktivitas molar (MR).
Berdasarkan pada parameter yang digunakan, QSAR atau HKSA
digolongkan dalm 3 metode, yaitu metode Hansch, metode Free Wilson,
dan metode QSAR-3D atau ComFa (Arie, 2015). Free dan Wilson
mengembangkan suatu konsep hubungan struktur dan aktivitas biologis
obat yang dinamakan model de novo atau model matematk Free Wilson.
Metode ini mengemukakan bahwa respon biologis merupakan sumbangan
aktivitas dari gugus substituen terhadap aktivitas biologis senyawa induk.
Model matematis dinyatakan dalam persamaan:
Log1/C = AnBn +
Dimana,
Log1/C

: logaritma aktivitas biologis

AnBn

: total sumbanagn aktivitas dari n substituen dalam n

zona terhadap aktivitas senyawa induk

:aktivitas biologis senyawa induk


(Iqmal, 2003)

Metode Hansch mengemukakan konsep bahwa hubungan suatu struktur


kimia dengan aktivitas biologis suatu senyaw dapat dinyatakn secara
kuantitatif melalui parameter sifat kimia fisika dari substituen, yaitu
hidrofobik, elektronik, dan sterik. Hal tersebut dituangkan dalam
persamaan berikut:
2

Log1/C = k +k + e + k
Dimana,
C

: konsentrasi molar

: lipofilitas substituen
: efek elektronik

K, k, e, k

: koefisien regresi dari analisis statistik


(Richon dan Young, 1997)

IV.

Alat dan Bahan


4.1 Alat
-

Komputer

4.2 Bahan
-

Software

4.3 Gambar Alat

Komputer

V.

Prosedur
Data percobaan yang sudah ada kemudian diolah dan dibuat
persamaan QSAR yang menghubungkan aktivitas dengan lipofilisitas
substituen. Lalu, dibuat persamaan QSAR yang menghubungkan antara
aktivitas denagn refraktivitas molar (RM). Kemudian dari dua data yang
telah diolah, dibuat persamaan hubungan antara aktivitas dan refraktivitas
molar serta lipofilisitas. Dari data yang sudah didapat maka dipilih
persamaan yang terbaik dengan membandingkan koefisien determinas.
Kemudian dibuat grafik hubungan antara aktivitas hasil eksperimen
dengan aktivitas hasil prediksi. Lalu dihitung koefisien korelasinya.

VI.

Data Pengamatan

Perlakuan

Hasil

o
1.

Dibuat

Didapatka

persamaan

QSAR

yang persamaan

dihubungkanny
a

0.817x-

aktivitas 0.766 dan


2

dengan

Log 1/EC50
1
y = 0,817x - 0,766
0,5
R = 0,887
0
-2 -0,5 0

R = 0.887

Didapatka

persamaan

n
yang persamaan

dihubungkanny y= 0.068x

3.

Linear
(Log
1/EC50)

-2

Dibuat

-1,5

substituen

QSAR

-1

hidrofobisitas

2.

Log
1/EC50

aktivitas

1.140
2

dengan

dan R

refraktivitas

0.527

Dibuat

Didapatka

Log 1/EC50
1
y = 0,068x - 1,140
0R = 0,527
0

20

Log
1/EC50
40

-1

=
-2
-0.00018984

0.81831697

Linear
(Log
1/EC50)

-0.76499369

persamaan
QSAR

n
yang persamaan

menghubungka
n

log

aktivitas 1/EC50 =

dengan

0.818

parameter

0.00018M

hidrofobisitas

R 0.765

0.02476972
0.88788619
15.8390155
8

0.22824879
9
0.31284316
4

0.23213938
7
#N/A
#N/A

substituen dan
refraktivitas
molar
4.

Dipilih

Didapatka

persamaan

terbaik dengan persamaan


dibandingkan

log

koefisen

1/EC50 =

determinasi

0.818

dari

masing- 0.00018M
R 0.765

masing
persamaan
5.

Dibuat

grafik

-0.76519158

hubungan

antara aktivitas

hasil
eksperimen
dengan
aktivitas
prediksi
kemudian
hitung
koefisien

-2

-1

0
-1
-2

hasil

-0.76519158

korelasinya

Senyawa

EC50

MR

1/EC50

Log 1/EC50

11.8

1.03

0.08474576

-1.071882007

Cl

1.24

0.71

6.03

0.80645161

-0.093421685

NO2

4.58

-0.28

7.36

0.21834061

-0.660865478

CN

26.5

-0.57

6.33

0.03773585

-1.423245874

C6H5

0.24

1.96

25.36

4.16666667

0.619788758

N(CH3)2

4.39

0.18

15.55

0.22779043

-0.64246452

0.35

1.12

13.94

2.85714286

0.455931956

Tabel 1. Data hasil eksperimen

Log 1/EC50
1
0,5

y = 0,817x - 0,766
R = 0,887

Log 1/EC50

0
-1

-0,5 0

-1

Linear (Log
1/EC50)
Linear (Log
1/EC50)

-1,5
-2

Grafik 1. Hubungan Log 1/EC50 terhadap

Log 1/EC50
1
0,5

y = 0,068x - 1,140
R = 0,527
Log 1/EC50

0
-0,5 0
-1
-1,5
-2

10

20

30
Linear (Log
1/EC50)

Grafik 2. Hubungan Log1/EC50 terhadap MR


-0.000189841

0.818316974

-0.76499369

0.02476972

0.228248799

0.232139387

0.88788619

0.31284316

#N/A

15.83901558

#N/A

Log 1/EC50 Eksperimen

Log 1/EC50 Prediksi

R2

-1.071882

-0.7651854

0.942277128

-0.093421685

-0.1853054

-0.660865478

-0.9953648

-1.423245874

-1.2323994

0.619788758

0.8337152

-0.64246452

-0.620559

0.455931956

0.1486508

Tabel 2.

Tabel 3.

-0.76519158
1
0,5
0
-1,5

-1

-0,5

-0,5 0

0,5

-0.76519158

-1
-1,5
-2

Grafik 3. Hubungan antara Log 1/EC50 eksperimen dan Log 1/EC50 prediksi

VII.

Hasil dan Pembahasan


Hubungan Kuantitatif Struktur Aktivitas (HKSA) atau Quantitative
Structure Activity Relationship (QSAR) adalah suatu metode untuk
menghubungkan antara struktur kimia suatu senyawa dengan efek atau
aktivitas biologis. Awalnya pemahaman hubungan struktur dan aktivitas
dikonsiderasikan bahwa aktivitas biologis merupakan fungsi dari struktur
kimia. Tetapi kemudian mengalami perluasan aktivitas biologis sebagai
fungsi fisikokimia (struktur fisika dan kimia). Artinya suatu seri sifat-sifat
fisika dan kimia suatu molekul dapat menerangkan aktivitas biologis
senyawa tersebut (Wolff, 1994). Melalui percobaan kali ini, dapat
ditentukan parameter apa yang lebih berkontribusi dalam menaikkan
aktivitas suatu senyawa. Dimana parameternya adalah hidrofobisitas
substituen dan refraktivitas molar.
Dalam percobaan kali ini, senyawa yang digunakan untuk
percobaan HKSA, yaitu kapsaisin.

Daerah kapsaisin dibagi menjadi tiga, yaitu daerah A yang berisi


cincin aromatis, daerah B memiliki ikatan amida, dan daerah C yang
mengandung rantai samping hidrofobik. Hipotesis sendiri memprediksikan
bahwa adanya rantai samping hidrofobik akan meningkatkan aktivitas.
Konstanta hidrofobik subtituen adalah ukuran seberapa besar
hidrofobik subtituen relatif terhadap Hidrogen. Nilai ini dinyatakan dalam
. Nilai positif menunjukan subtituen lebih hidrofobik dari hidrogen, dan

nilai negatif menunjukan subtiten kurang hidrofobik dari subtiten (Aman


dan Daryono, 2013).
Refraktivitas Molar (RM) mencerminkan susunan dari kulit
elektron dari ion di molekul dan menyediakan informasi tentang polarisasi
elektronik dari suatu ion (Pacak, 1989). Semakin besar nilai RM maka
semakin susah pula suatu substituen untuk mempolarisasi senyawa induk.
Semakin mudah suatu substituen mempolarisasi maka senyawa yang
dihasilkan akan semakin polar.
Aktivitas suatu senyawa atau obat dinyatakan dalam nilai EC50.
EC50 adalah konsentrasi efektif suatu senyawa yang memberikan 50%
efek maksimal (Neubig, 2003). Artinya, dengan menguji coba organisme
dengan memberikan suatu obat maka diperoleh dosis dimana 50% dari
hewan uji coba memberikan efek yang diinginkan. Substituen yang
memberikan nilai EC50 yang rendah menunjukkan jika senyawa tersebut
lebih efektif dibandingkan yang lainnya. Suatu senyawa dikatakan sangat
kuat jika nilai EC50 kurang dari 50 g/mL, kuat jika EC50 bernilai 50
g/mL sampai 100 g/mL, sedang jika EC50 bernilai 100 g/mL sampai
150 g/mL dan lemah jika EC50 bernilai 151 g/mL sampai 200 g/mL
(Mardawati, dkk, 2008).
Metode yang digunakan untuk menentukan hubungan antara
parameter dan aktivitas adalah metode Hansch atau model regresi linier.
Regresi adalah pengukuran hubungan dua variabel atau lebih yang
dinyatakan dengan bentuk hubungan atau fungsi. Untuk menentukan
hubungan diperlukan pemisahan yang tegas antara variabel bebas (X) dan
variabel tak bebas (Y) (Universitas Udayana, 2013).
Grafik 1 menyatakan hubungan antara Log (1/EC50) dan hidrofobisitas
substituen ()

Log 1/EC50
1
0,5y = 0,817x - 0,766
R = 0,887
0
-1 -0,5 0

Log 1/EC50

-1

Linear (Log
1/EC50)
Linear (Log
1/EC50)

-1,5
-2

Sumbu

menyatakan

variabel

bebas,

yaitu

parameter

hidrofobisitas dan sumbu Y menyatakan variabel tak bebas, yaitu log


1/EC50. Variabel tak bebas disebut juga sebagai variabel terikat. Artinya
variabel tersebut dipengaruhi oleh variasi dari variabel bebas. EC50 dan
1/EC50 nilainya berbanding terbalik. Sehingga apabila nilai EC50 kecil
maka nilai dari 1/EC50 akan semakin besar. Log 1/EC50 akan berbanding
lurus dengan 1/EC50. Semakin besar nilai 1/EC50 maka nilai log 1/EC50
akan semakin besar pula. Dapat dilihat dari tabel, sampel 5 menunjukkan
Log 1/EC50 yang paling besar.
Alasan untuk menggunakan logaritma pada respons biologis
mempunyai dasar termodinamik. Energi bebas yang diberikan oleh suatu
molekul, dianggap merupakan jumlah energi bebas dari gugus-gugus
subtituen. Sebagai contoh, kelebihan energi bebas dari ionisasi pada asam
p-metilbenzoat terhadap asam benzoat adalah sama dengan sumbangan
dari gugus p-metil. Persamaan yang menggunakan log (Kx/Ko) termasuk
energi bebas karena penetapan keseimbangan adalah logaritma yang
berhubungan dengan energi bebas. Ini merupakan logika mengapa dalam
hubungan struktur aktivitas digunakan logaritma parameter-parameter
respon biologis (Siswandono & Soekardjo, 2009).
Jika ditinjau dari nilai hidrofobisitas

substituennya, subsituen

dengan nilai yang relatif lebih tinggi dari hidrogen menunjukkan bahwa

senyawa tersebut hidrofobik. Semakin hidrofobik maka akan semakin


lipofil pula senyawa tersebut. Parameter ini berguna untuk menentukan
kalau obat tersebut akan terabsorpsi baik dengan membran sel atau tidak.
Nilai R2 menunjukkan berapa % aktivitas biologis yang dapat dijelaskan
hubungannya dengan parameter sifat fisika kimia yang digunakan
(Siswandono dan Soekardjo, 2000). Diperoleh nilai R2 sebesar 0.887.
Artinya dapat menjelaskan 88.7 % dari variasi antar data.
Jika ditinjau dari nilai refrakivitas molar (RM), maka senyawa
dengan substituen yang memiliki nilai RM yang tinggi akan memiliki
aktivitas biologis yang tinggi.

Log 1/EC50
1
y = 0,068x - 1,140
R = 0,527

0,5
0
-0,5 0

10

20

-1

Log 1/EC50
30

Linear (Log
1/EC50)

-1,5
-2

Grafik di atas menunjukkan hubungan antara log 1/EC50 dan


refraktivitas molar (RM). Sumbu X menyatakan nilai dari RM sedangkan
sumbu Y menyatakan nilai log 1/EC50 yang dipengaruhi oleh RM. Nilai
tertinggi dari RM sebesar 25.36 dari substituen C6H5. Nilai R2 (koefisien
determinasi) adalah 0.527, yang artinya sebanyak 52.7 % data yang dapat
dijelaskan dari variasi data.
Dari koefisien determinasi yang didapatkan dari masing-masing
parameter maka dapat disimpulkan bahwa parameter yang lebih
berpengaruh pada aktivitas atau efek biologis senyawa kapsaisin adalah
hidrofobisitas substituen. Hal ini dapat dikarenakan hidrofobisitas sangat
mempengaruhi farmakokinetik obat, yaitu proses absorpsi. Obat untuk
dapat memberikan efek biologis harus dapat terabsorpsi dengan baik.

Semakin hidrofob suatu senyawa maka senyawa tersebut dapat diabsorpsi


membran.
Kemudian ditentukan korelasi antara log 1/ec50 dan kedua
parameter. Fungsi yang digunakan adalah fungsi linest. Fungsi linest
digunakan untuk mencari persamaan regresi linier dari lebih dari 1
variabel

bebas.

Rumus

yang

digunakan

adalah

=LINEST(G2:G8;D2:E8;TRUE;TRUE).
-0.000189841

0.818316974

-0.76499369

0.02476972

0.228248799

0.232139387

0.88788619

0.31284316

#N/A

15.83901558

#N/A

Maka diperoleh data di atas. Karena parameter yang berpengaruh adalah


hidrofobisitas substituen maka persamaan dapat ditentukan dari nilai
parameter yang mendekati 1. Oleh karena itu, persamaan ditentukan dari
baris ke-1. Dari data tersebut diperoleh persamaan log 1/ec50 = 0.818 0.00018MR -0.765. Rumus tersebut digunakan untuk mencari nilai log
1/EC50 prediksi.

Log 1/EC50 Eksperimen

Log 1/EC50 Prediksi

-1.071882

-0.7651854

0.942277128

-0.093421685

-0.1853054

-0.660865478

-0.9953648

-1.423245874

-1.2323994

0.619788758

0.8337152

-0.64246452

-0.620559

0.455931956

0.1486508

Tujuan dari metode QSAR ini adalah untuk mempermudah pengerjaan


secara manual untuk mengembangkan suatu senyawa baru. Untuk itu perlu
adanya pemilihan deskriptor/variabel yang akan diikutkan dalam
persamaan model (Kubinyi, 1993). Deskriptor digolongkan menjadi

deskriptor empirik dan deskriptor teoritik. Deskriptor empirik diperoleh


dari hasil percobaan eksperimental dan deskriptor teoritik diperoleh dari
perhitungan komputasional (Lee, et al, 1966). Maka dari itu, langkah
selanjutnya adalah menentukan korelasi dari log 1/EC50 eksperimen dan
log 1/EC50 prediksi. Caranya, yaitu dengan menggunakan fungi correl
dengan rumus umum =CORREL(array1,array2). Maka diperoleh rumus
=CORREL(A17:A23;B17:B23).

Diperoleh

koefisien

korelasi

0.942277128.
Nilai r (koefisien korelasi) menunjukkan tingkat hubungan antara
data aktivitas biologis pengamatan percobaan dengan data hasil
perhitungan berdasarkan persamaan yang diperoleh dari analisis regresi.
Koefisien korelasi adalah angka yang bervariasi mulai dari 0 sampai 1.
Semakin tinggi nilainya maka semakin baik hubungannya (Siswandono
dan Soekardjo, 2000).
Nilai r menentukan kelayakan sebuah obat untuk dapat disintesis.
Nilai r mendekati 1 menunjukkan senyawa tersebut layak untuk disintesis.
Metode QSAR digunakan untuk memperoleh korelasi antara senyawa
yang telah diuji secara eksperimen (misal: uji klinis) dan senyawa yang
akan disintesis dengan cara perhitungan.

VIII. Kesimpulan
Persamaan Hubungan Kuantittif Struktur Aktivitas dapat diperoleh.
Parameter yang berpengaruh pada aktivitas biologis senyawa kapsaisin
adalah hidrofobisitas substituen. Serta log 1/EC50 eksperimen dan log
1/EC50 prediksi dapat dikatakan memiliki korelasi yang baik, dilihat dari
nilai R = 0.942277128.

Dari tingkat korelasi tersebut maka dapat

disimpulkan senyawa tersebut layak untuk disintesis.

Daftar Pustaka
Aman, L.O. dan Daryono. 2013. Docking Molekular Senyawa Turunan 2Aminothieno [2,3-D] Pyrimidine Sebagai Inhibitor Hsp90. Gorontalo:
Universitas Gorontalo.
Arie, B.S. 2015. QSAR. Tersedia di elisa1.ugm.ac.id/Arie_BS/ecthcwxc [diakses
pada 2 November 2015]
Batubara, P.L. 2008. Farmakologi Dasar. Jakarta : Lembaga Studi dan Konsultasi
Farmakologi.
Daniel, T.C. dan Jorgensen, EC. 1982. Physicochemical Properties in Relation to
Biologic Action. Philadelphia: YB Lippincott.
Iqmal. 2003. Hubungan Kuantitatif Struktur Aktivtas Antiradikal Senyawa
Turunan Flavon Berdasarkan Pendekatan Free Wilson. Makalah Seminar
Nasional Kimia Fisik III.
Korolkovas, A. 1976. Essentials of Mecinal Chemistry. Oxford: Oxford
University Press.
Kubinyi, H. 1993. QSAR: Hansch Analysis and Related Approach. Weinheim:
Verlagsgesellschafr.
Lee, K.W., et al. 1996. Quantitative Structure Activity Relationship (QSAR)
Study on C-7 Substituted Quionolone. Bull. Korean Chen. Soc. 17, 147152
Mardawati, E, dkk. 2008. Kajian Aktivitas Antioksidan Ekstrak Kulit Manggis
(Garcinia mangostana L) dalam Rangka Pemanfaatan Limbah Kulit
Manggis di Kecamatan Puspahiang Kabupaten Tasikmalaya.Halaman 4.
Neubig, R. 2003. International Union of Pharmacology Comittee on Receptor
Nomenclature and Drug Classification. Pharmacology Review., 55(4, 597606.

Pacak, P. 1989. Molar Refractivity and Interctions in Solutions I. Molar


Refractivity of Some Monovalent Ions in Aqueous and Dimethyl Sufoxide
Solutions. Chem. Papers. 43(4) 489-500
Ramdani,

A.

2007.

Derajat

Ionisasi.

tersedia

di

kimia.upi.edu/utama/bahanajar/kuliah_web/2007.AdriRamdani(050094)in
dex_files/Page1020.htm [diakses pada 2 November 2015]
Richon, A.B. dan Young, S.S. 1997. An Introduction to QSAR Methodology.
tersedia di www.netsci.org/science/compchem/feature19.html [diakses
pada 2 November 2015]
Sardjoko. 1987. Pedoman Kuliah Rancangan Obat. Yogyakarta: UGM.
Siswandono dan Soekardjo. 2000. Kimia Medisinal. Surabaya: Airlangga
University Press.
Universitas Udayana. 2013. Analis Regresi Linier Sederhana.

tersedia di

http://www.fp.unud.ac.id/ind/wpcontent/uploads/mk_ps_agribisnis/ekonomitrika/2_.%20%20Analisis%20
Regresi%20Linier%20Sederhana.pdf. [diakses pada 7 November 2015]
Wolff, M.E. 1994. Asas-asas Kimia Medisinal. Yogyakarta: Gadjah Mada
University Press.