DESKRIPTOR SPASIAL

A. Pengertian Deskriptor Spasial

Studi hubungan kuantitatif struktur-aktivitas (QSAR) sangat penting pada
kimia modern, biokimia maupun farmasi. Konsep QSAR adalah mengubah
pencarian untuk senyawa yang diinginkan dengan menggunakan intuisi kimia dan
pengalaman menjadi bentuk pengukuran matematis dan komputerisasi. Setelah
korelasi antara struktur dan aktivitas ditemukan, sejumlah senyawa, termasuk
yang belum disintesis, dapat segera diskrining pada komputer untuk memilih
struktur dengan sifat yang diinginkan. Studi QSAR dapat mempercepat proses
pengembangan molekul baru untuk digunakan sebagai obat, bahan, aditif, atau
untuk tujuan lain. Untuk mendapatkan hubungan yang signifikan dalam korelasi
struktur aktivitas adalah penting menggunakan descriptor yang tepat, baik itu
teoritis, empiris, atau berasal dari karakteristik eksperimental yang ada pada
struktur.
Banyak deskriptor mencerminkan sifat molekul sederhana dan dengan
demikian dapat memberikan pandangan ke dalam sifat fisikokimia dan aktivitas.
Kemajuan terbaru dalam hardware komputasi dan pengembangan algoritma yang
efisien telah membantu pengembangan perhitungan kuantum-kimia. Metode semi
empirical baru, menyediakan kuantitas kimia-kuantum molekul yang realistis
dalam waktu komputasi yang relatif singkat. perhitungan kimia kuantum yang
demikian merupakan sumber deskriptor molekul baru, yang mana, pada
prinsipnya, mengungkapkan semua sifat elektronik dan geometris molekul dan
interaksinya. Metode kimia-kuantum dan teknik pemodelan molekul dapat
didefinisikan dari sejumlah besar molekul dan mengkarakterisasi kuantitas lokal
reaktivitas, bentuk dan sifat mengikat dari molekul lengkap serta fragmen molekul
dan substituen. Karena mencakup arti yang luas konten informasi fisik dikodekan
dalam banyak teori deskriptor, penggunaannya dalam desain sebuah penelitian
diatur dalam studi QSAR yang menyajikan dua keuntungan utama : (a) senyawasenyawa dan berbagai macam fragmen dan substituen dapat langsung
dikarakterisasi atas dasar struktur molekul saja; dan (b) mekanisme aksi yang
diusulkan dapat langsung diperhitungkan dalam reaktivitas kimia senyawa.

Akibatnya, model QSAR akan mencakup informasi mengenai sifat antarmolekul

yang terlibat dalam menentukan efek biologis atau aktivitas lain dari senyawa
yang bersangkutan.
Deskriptor merupakan parameter sifat kimia dan fisika dari suatu senyawa
yang akan digunakan sebagai variabel bebas dalam proses analisis hubungan
kuantitatif struktur dan aktivitas. Deskriptor yang digunakan harus benar-benar
memiliki hubungan aktivitas yang kuat dengan senyawa tersebut, sehingga
aktivitas senyawa baru dapat diprediksi, jika ada satu saja hubungan yang lemah,
maka nilai dari parameter tersebut tidak berguna dalam prediksi. Oleh karena itu,
dalam suatu parameter yang dipilih haruslah mempunyai hubungan yang relevan
terhadap aktivitas dari senyawa yang diteliti dan nilai parameter-parameter
tersebut didapatkan dari perlakuan yang konsisten. Hubungan kuantitatif strukturaktivitas (QSARs) berisi deskriptor tata ruang (spatial descriptor), tata ruang dan
elektronik, topologi, dan termodinamika molekul serta berbagai descriptor
lainnya. Deskriptor dibagi ke dalam beberapa kelas. Setiap kelas menunjukkan
apa yang diasumsikan oleh penghitung deskriptor tentang molekul yang disajikan:
a. 2D. deskriptor 2D hanya menggunakan atom dan koneksi informasi dari
molekul untuk perhitungan. Koordinat 3D dan konformasi individu (tersendiri)
tidak dianggap.
b. i3D. deskriptor 3D internal yang menggunakan informasi koordinat 3D tentang
setiap molekul; Namun, invarian untuk rotasi dan penerjemahan dari konformasi.
c. X3D. 3D eksternal juga menjelaskan menggunakan informasi koordinat 3D
tetapi juga membutuhkan kerangka mutlak referensi (misalnya, molekul merapat
ke reseptor yang sama).
Adapun berdasarkan bentuk struktur molekul, tipe descriptor dapat
dibedakan menjadi struktur 1 dimensi, 2 dimensi, 3 dimensi, luas permukaan
strukturm maupun struktur interaksi ligand-protein.

Spatial Descriptor sendiri termasuk kedalam tipe struktur 3D. Spatial

descriptor (mengenai ruang) menggambarkan molekul solvent-accesible pada
daerah permukaan dan isinya. Parameter spasial terdiri serangkaian descriptor
yang dihitung berdasarkan tata ruang dari molekul dan permukaan yang diduduki
molekul tersebut. Dalam sebuah penelitian, deskripsi spatial sangat penting dalam
menjelaskan kinetika biotransformasi. Panel control pada software atau perangkat
yang berisi deskriptor ini mengontrol perhitungan spasial (ruang) seperti momen
inersia tentang sumbu utama dari molekul, indeks bayangan, perangkat deskriptor
geometris ini membantu untuk mencirikan bentuk molekul (deskriptor dihitung
dengan memproyeksikan permukaan molekul pada tiga pesawat yang saling tegak
lurus, XY, YZ, dan XZ), jurs descriptors dan sebagainya, tabel ini berisi daftar
deskriptor spasial yang tersedia di QSAR:

RadOfGyration
Jurs descriptors

Jari-jari rotasi
Deskriptor Jurs yang dikenakan luas

Shadow indices
Area

permukaan partikel
proyeksi luas permukaan
luas permukaan molekul

Density
Densitas
PMI (Principal moment of Momen inersia utama
inertia
Vm

Volume molekul

B. Contoh-contoh Deskriptor Parameter Spasial

Terdiri dari serangkaian deskriptor yang dihitung berdasarkan susunanspasial dari
molekul dan permukaan yang diduduki oleh molekul
1.

RadofGyration
Jari-jari rotasi ( RadofGyration ) adalah ukuran dari ukuran suatu
objek,permukaan, atau gabungan kedua poin tersebut. Hal ini dihitung
sebagai jarak benda tersebut dari salah satu pusat gravitasi atau sumbu. Hal
ini dapat dihitung sesuai persamaan berikut :

Dimana :
N = atom
x, y, z = koordinat atom relatif terhadap pusat massa.
2. Jurs deskriptor
Deskriptor ini menggabungkan bentuk dan informasi elektronik untuk
mengkarakterisasi molekul .Deskriptor ini dihitung dengan memisahkan nilai
atom parsial di daerah permukaan pelarut. Berikut penjelas termasuk dalam
kategori ini tercantum dalam tabel.
Daftar deskriptor jurs digunakan dalam pengembangan model QSAR
Kategori deskriptor
Sebagian luas permukaan
(PNSA1)
Sebagian

Definisi
negatif Jumlah dari luas permukaan
pelarut(SASA) dari semua atom

luas

permukaan

bermuatan negatif.
positif Jumlah SASA dari semua bermuatan

(PPSA1)
positif atom.
Total luas permukaan negatif beban-yang Partial SASA negatif dikalikan dengan

tertimbang(PNSA2)
total muatan negatif.
Total luas permukaan positif beban-yang Parsial SASA positif dikalikan dengan
tertimbang (PPSA2)
Atom beban-yang

total muatan negatif.

luas Jumlah dari produk SASA atom dan

tertimbang

permukaan negatif(PNSA3)
Atom

beban-yang

muatan parsial dan semua atom

bermuatan negatif.
luas Jumlah dari produk SASAs atom dan

diberatkan

permukaan positif (PPSA3)

muatan parsial atas semua atom

bermuatan positif.
Selisih nilai luas permukaan sebagian Parsial SASA positif dikurang parsial
(DPSA1)
SASA negatif.
Selisih total luas permukaan beban- Total nilai-beban SASA positif dikurang
tertimbang (DPSA2)
berat atom muatan negatif.
Selisih luas permukaan atom beban- Atom nilai-beban SASA positif dikurang
tertimbang(DPSA3)
berat atom muatan negatif SASA.
Beban fraksinasisebagianarea permukaan Diperoleh dengan perkalian dari PNSA1,
negatif (FNSA1, FNSA2, FNSA3)

PNSA2, dan deskriptor PNSA3 dengan

SASA dan kemudian membagi fraksi

Beban

fraksinasi

permukaan

positif

dengan masing-masing 1000.

area diperoleh dengan perkalian dari PPSA1,

sebagian
(FPSA1,

FPSA2, PPSA2, PPSA3 deskriptor dengan SASA

FPSA3)

dan kemudian membagi fraksi dengan

masing-masing 1000.
Beban permukaan dibebankan sebagian diperoleh dengan perkalian dari PNSA1,
ke daerah permukaan negatif parsial PNSA2, PNSA3 deskriptor dengan
(WNSA1, WNSA2, WNSA3)
Beban
sebagian

permukaan
daerah

SASA dan kemudian membagi fraksi

dibebankan
permukaan

dengan masing-masing 1000.

ke diperoleh dengan perkalian dari PPSA1,

positif PPSA2, PPSA3 deskriptor dengan SASA

(WPSA1, WPSA2, WPSA3)

dan kemudian membagi fraksi dengan

Relatif muatan negatif (RNCG)

masing-masing 1000.
Muatan parsial dari atom paling negatif

Relatif muatan positif (RPCG)

dibagi dengan total muatan negatif

Muatan parsial dari atom paling positif

dibagi dengan total muatan positif

Luas permukaan muatan negatif relatif SASA dari atom paling negatif dibagi

(RNCS)
dengan muatan negatif relatif
Luas permukaan muatan positif relatif SASA dari atom paling positif dibagi
(RPCS)
Total luas permukaan hidrofobik (TASA)

dengan muatan positif relatif

Jumlah dari atom SASA dengan nilai
absolut dari muatan parsial kurang dari
0,2
Jumlah dari atom SASA dengan nilai

Total luas permukaan polar (TPSA)

absolut dari muatan parsial lebih besar

Luas

permukaan

hidrofobik

dari atau sama dengan 0,2

relatif TASAdibagi dengan total molekul SASA

(RASA)
Area permukaan relatif polar (RPSA)

TPSA dibagi dengan total molekul SASA

3. Indeks Bayangan
Indeks ini membantu untuk menggambarkan bentuk molekul. Dihitung
dengan memproyeksikan permukaan molekul pada tiga garis yang saling
tegak lurus; yaitu, XY, YZ, dan XZ. Deskriptor ini tidak hanya tergantung
pada konformasi, tetapi juga pada orientasi molekul. Molekul berputar untuk
menyesuaikan momen utama inersia dengan X-, Y-, Z-dan sumbu Z-.
Berbagai descriptor termasuk dalam kategori ini tercantum dalam tabel
sampel uji dan mencocokanpersegi panjang molekul yang diuji dalam tiga
bidang utama untuk indeks bayangan

4. Luas permukaan Molekul

luas permukaan molekul adalah descriptor 3D yang menggambarkan daerah
van der Waals molekul. Dengan mengukur sejauh mana molekul
menampakkan dirinya dengan lingkungan luar. Hal ini terkait dengan ikatan,
transportasi(perpindahan, dan kelarutan.
5. Densitas
Deskriptor 3D dikenal sebagai kepadatan(densitas) adalah rasio berat molekul
ke volume molekul. Descriptor ini menyajikan jenis atom dan bagaimana

mereka

dikemas

dalam

sebuah

molekul.

Hal

ini

terkait

dengan

transportasi(perpindahan) dan kemampuan mencair

6. Momen utama inersia
Momen inersia dihitung untuk serangkaian garis lurus yang melalui pusat
massa. Ini terkait dengan sumbu utama dari ellipsoid. Jika semua tiga momen
yang sama, molekul ini dianggap sebagai top simetris.
Menghitung momen utama inersia tentang sumbu utama dari molekul sesuai
dengan aturan berikut:
Momen inersia dihitung untuk serangkaian garis lurus melalui pusat massa.
Momen inersia didapatkan dengan rumus :

7. Volume Molekul
Deskriptor 3D ini dikenal sebagai Volume molekul adalah volumedalam
kontak

permukaan.

Hal

ini

terkait

dengan

ikatan

dan

transportasi(perpindahan).

C. Makna Dari Nilai Perolehan Deskriptor Dari Macam-Macam Contoh

Deskriptor
1) Radius of Gyration
Tujuan dari descriptor radius of gyration ini adalah untuk mengetahui ukuran
dari ukuran suatu objek,permukaan, atau gabungan keduanya yang dihitung
sebagai jarak molekul tersebut dari salah satu sumbu.
Perhitungan Radius of Gyration
Untuk menghitung jari-jari rotasi untuk penampang balok dalam diagram, mulai
dengan nilai-nilai I yang dihitung sebelumnya.

Ixx = 33.3 x 106 mm4

Iyy = 2.08 x 106 mm4
Lihat diagram untuk nilai b dan d yang digunakan dalam
perhitungan

A.

A = Luas penampang = 50 mm x 200 mm = 10.000 mm2

Pengganti I dan A ke dalam rumus untuk r untuk

memberikan:

Ini adalah nilai jari-jari rotasi tentang x-sumbu x

Ini adalah nilai jari-jari rotasi tentang y-sumbu y. Semakin besar jari-jari
rotasi, maka jarak dari molekul ke pusat rotasi semakin jauh.

2) Jurs Deskriptor
Jurs deskriptor terdiri dari beberapa descriptor yang masing-masing memiliki
makna tersendiri, diantaranya :
Kategori deskriptor
Sebagian luas permukaan

Definisi
negatif Jumlah dari luas permukaan pelarut

(PNSA1)

(SASA) dari semua atom bermuatan

Sebagian

negatif.
positif Jumlah SASA dari semua bermuatan

luas

permukaan

(PPSA1)
positif atom.
Total luas permukaan negatif beban yang Partial SASA negatif dikalikan dengan
tertimbang (PNSA2)
total muatan negatif.
Total luas permukaan positif beban-yang Parsial SASA positif dikalikan dengan
tertimbang (PPSA2)

total muatan negatif.

Atom

beban

yang

tertimbang

permukaan negatif (PNSA3)

Atom

beban

yang

luas Jumlah dari produk SASA atom dan

muatan

diberatkan

permukaan positif (PPSA3)

parsial

dan

semua

bermuatan negatif.
luas Jumlah dari produk SASA
muatan

parsial

atas

atom

atom dan

semua

atom

bermuatan positif.
Selisih nilailuas permukaan sebagian Parsial SASA positif dikurang parsial
(DPSA1)
SASA negatif.
Selisih total luas permukaan beban- Total nilai beban SASA positif dikurang
tertimbang (DPSA2)
berat atom muatan negatif.
Selisih luas permukaan atom beban- Atom nilai beban SASA positif dikurang
tertimbang (DPSA3)
Beban
fraksinasi

sebagian

berat atom muatan negatif SASA.

area Diperoleh dengan perkalian dari PNSA1,

permukaan negatif (FNSA1, FNSA2, PNSA2, dan deskriptor PNSA3 dengan

FNSA3)
Beban

SASA dan kemudian membagi fraksi

fraksinasi

permukaan

positif

sebagian
(FPSA1,

FPSA3)

dengan masing-masing1000.
area Diperoleh dengan perkalian dari PPSA1,
FPSA2, PPSA2, PPSA3 deskriptor dengan SASA
dan kemudian membagi fraksi dengan

masing-masing1000.
Beban permukaan dibebankan sebagian Diperoleh dengan perkalian dari PNSA1,
ke daerah permukaan negatif parsial PNSA2,
(WNSA1, WNSA2, WNSA3)

PNSA3

deskriptor

dengan

SASA dan kemudian membagi fraksi

dengan masing-masing1000.
Beban permukaan dibebankan kesebagian Diperoleh dengan perkalian dari PPSA1,
daerah

permukaan

positif

(WPSA1, PPSA2, PPSA3 deskriptor dengan SASA

WPSA2, WPSA3)

dan kemudian membagi fraksi dengan

Relatif muatan negatif (RNCG)

masing-masing1000.
Muatan parsial dari atom paling negatif

Relatif muatan positif (RPCG)

dibagi dengan total muatan negatif

Muatan parsial dari atom paling positif

dibagi dengan total muatan positif

Luas permukaan muatan negatif relatif SASA dari atom paling negatif dibagi
(RNCS)
dengan muatan negatif relatif
Luas permukaan muatan positif relatif SASA dari atom paling positif dibagi
(RPCS)

dengan muatan positif relatif

Total luas permukaan hidrofobik (TASA)

Jumlah dari atom SASA dengan nilai

absolut dari muatan parsial kurang dari
0,2
Jumlah dari atom SASA dengan nilai

Total luas permukaan polar (TPSA)

absolut dari muatan parsial lebih besar

Luas

permukaan

hidrofobik

dari atau sama dengan 0,2

relatif TASA dibagi dengan total molekulSASA

(RASA)
Area permukaan relatif polar (RPSA)

TPSA dibagi dengan total molekul SASA

3) Indeks Bayangan
Indeks ini membantu untuk menggambarkan bentuk molekul. Ini dihitung
dengan memproyeksikan permukaan molekul pada ketiga bidang yang saling
tegak lurus; yaitu, XY, YZ, dan XZ. Deskripsi ini tidak hanya tergantung
pada konformasi, tetapi juga pada orientasi molekul. Molekul diputar untuk
menyelaraskan momen utama inersia dengan sumbu X-, Y-, dan Z
Figure 3

Sebanyak 10 deskriptor dihitungpadagambardiatas:

Luas bayangan molekul di bidang XY (SXY)

Luas bayangan molekul pada bidang YZ (SYZ)
Luas bayangan molekul pada bidang XZ (SXZ)
Fraksi daerah bayangan molekul pada bidang XY lebih luas menunjukkan
persegi panjang (SXY,f)

 Fraksi daerah bayangan molekul pada bidang YZ lebih luas menunjukkan

persegi panjang (SYZ,f)
Fraksi daerah bayangan

molekul

pada

bidang

XZ

lebih

luas

menunjukkanpersegi panjang (SXZ,f)

Panjang molekul dalam dimensi X (Lx)
Panjang molekul dalam dimensi Y (Ly)
Panjang molekul di dimensi Z (Lz)
Nilaiterbesar ke dimensi terkecil ( ).
Hasil dari perolehan masing-masing nilai menunjukkan bentuk

suatu senyawa yang dianalisis berdasarkan

molekul

proyeksi dari nilai permukaan

molekul pada tiga garis yang saling tegak lurus; yaitu, XY, YZ, dan XZ.
4) Luas Permukaan Molekul
Luas permukaan molekul ini merupakan keterangan 3D yang menggambarkan
daerah Van der Waals dari molekul. Mengukur sejauh mana molekul
mengekspos dirinya ke lingkungan . Hal ini terkait dengan ikatan,
transportasi, dan kelarutan. Daerah Van der Waals merupakan daerah yang
mengalami gaya tarik-menarik atau tolak-menolak antar molekul. Daerah ini
dapat menunjukkan kelarutan molekul tersebut pada media polar ataupun non
polar. Makin besar luas permukaan, maka semakin besar kemungkinan
terjadinya dipol sementara sedangkan gaya van der waals terjadi antara
molekul dengan gaya dipol-dipol permanen sehingga makin besar nilai dpoldipol, makin polar molekul tersebut.
5) Principal Moment Of Inertia
Sebuah hubungan antara luas permukaan atau massa tubuh ke posisi garis .
Jumlah angka positif analog , momen inersia daerah dan momen inersia
massa , yang terlibat dalam analisis masalah gangguan dan dinamika masingmasing. Momen inersia dari sosok (area atau massa) tentang garis adalah
jumlah dari produk yang dibentuk dengan mengalikan besarnya setiap elemen
(daerah atau massa) dengan kuadrat jaraknya dari garis. Momen inersia dari
angka adalah jumlah dari momen inersia dari bagian-bagiannya.
Untuk massa didistribusikan terus menerus dalam volume V , gerakan
inersia dari massa tentang sumbu X diberikan oleh salah satu atau, di mana

dm adalah massa termasuk dalam elemen volume dV di yang posisinya massa

per satuan volume adalah (lihat ilustrasi).
Momen inersia dari angka sekitar garis yang berpotongan pada satu titik
yang sama umumnya tidak sama. Saat ini adalah terbesar tentang satu baris
dan sedikitnya sekitar garis lain tegak lurus dengan yang pertama. Satu set
tiga baris orthogonal yang terdiri dari dua ini dan garis tegak lurus kedua
adalah sumbu utama inersia dari gambar relatif terhadap titik itu. Jika intinya
adalah massa adalah sumbu utama pusat inersia. Momen inersia sekitar
sumbu utama adalah momen utama inersia. Bagian sekitar sebuah sumbu,
jumlah produk yang diperoleh dengan mengalikan setiap elemen massa
dengan kuadrat jaraknya dari sumbu.

Semakin

jauh posisi massa benda ke pusat

rotasinya (r),

semakin besar momen inersia

benda tersebut. Momen inersia juga menunjukkan kecenderungan suatu

sistem benda untuk terus berputar atau diam sebagai reaksi terhadap gaya
torsi dari luar. Jika suatu benda yang bebas berputar terhadap sebuah sumbu
sulit untuk dibuat berputar, maka momen inersianya terhadap sumbu itu besar
6) Densitas
Massa jenis (densitas) adalah pengukuran massa setiap satuan volume
benda. Semakin tinggi massa jenis suatu benda, maka semakin besar pula
massa setiap volumenya. Massa jenis rata-rata setiap benda merupakan total
massa dibagi dengan total volumenya. Sebuah benda yang memiliki massa
jenis lebih tinggi (misalnya besi) akan memiliki volume yang lebih rendah
daripada benda bermassa sama yang memiliki massa jenis lebih rendah
(misalnya air). Satuan SI massa jenis adalah kilogram per meter kubik (kgm3)
Massa jenis berfungsi untuk menentukan zat. Setiap zat memiliki massa
jenis yang berbeda. Dan satu zat berapapun massanya berapapun volumenya

akan memiliki massa jenis yang sama. Rumus untuk menentukan massa jenis
adalah :
m
= V dengan
adalah massa jenis,
m adalah massa,
V adalah volume.
Satuan massa jenis dalam CGS [centi-gram-sekon] adalah: gram per
sentimeter kubik (g/cm3). 1 g/cm3=1000 kg/m3
Massa jenis air murni adalah 1 g/cm3 atau sama dengan 1000 kg/m3
Selain karena angkanya yang mudah diingat dan mudah dipakai untuk
menghitung, maka massa jenis air dipakai perbandingan untuk rumus ke-2
menghitung massa jenis, atau yang dinamakan Massa Jenis Relatif. Rumus
massa jenis relatif = Massa bahan / Massa air yang volumenya sama.
Semakin besar nilai massa jenis, maka susunan molekulnya memiliki
kerapatan yang besar. Sedangkan semakin kecil nilai massa jenis, maka
susunan atom-atom dalam molekulnya memiliki kerapatan kecil.

D. Analisis Deskriptor Spasial dengan Struktur 3D

Deskriptor spasial terdiri dari serangkaian deskriptor yang dihitung
berdasarkan susunan spasial dari molekul dan permukaan yang diduduki oleh
molekul. Spasial sendiri memiliki pengertian bentuk ruang (3D) , sehingga
menggambarkan kedudukan atom-atom di dalam ruang tiga dimensi (molekul)
dan besarnya sudut-sudut ikatan yang dibentuk dalam suatu molekul, serta ikatan
yang terjadi pada molekul tersebut yang dibentuk oleh pasangan-pasangan
elektron.
Tipe parameter deskriptor dari deskriptor spasial adalah RadofGyration,
Jurs deskriptor, indeks Bayangan, Luas permukaan Molekul, Densitas, momen
utama inersia, Volume Molekul, Momen dipol, HOMO, dan LUMO. Berbeda
halnya dengan struktur 2D yang merupakan bentuk permukaan datar yang terdiri
dari panjang dan lebar.
Radofgyration adalah untuk menghitung jari-jari rotasi dari suatu atom
dengan cara mengukur pada koordinat x, y, dan z terhadap sumbu. Dan pada
indeks bayangan berfungsi untuk menggambarkan bentuk molekul dihitung
dengan memproyeksikan permukaan molekul pada tiga garis yang saling tegak
lurus; yaitu, XY, YZ, dan XZ. Pada momen dipol menunjukkan kekuatan dan
orientasi perilaku molekul di medan elektrostatik. Baik besarnya dan komponen
(X, Y, Z) dari momen dipol dihitung. Pada ketiga deskriptor tersebut
(Radofgyration, indeks bayangan, dan momen dipol ) terdapat koordinat x, y, dan
z yanghanya dimiliki oleh struktur 3D sementara struktur 2D hanya memiliki
koordinat x dan y.
Jurs deskriptor untuk menghitung muatan parsial atom di daerah
permukaan pelarut yang mengakses (mengikat) atom secara individu. posisi
dari muatan parsial positif + (delta plus) dan negatif (delta minus) akan
mempengaruhi kepolaran dari suatu molekul. Jurs deskriptor ini menghitung luas

permukaan dari muatan parsial positif ,negatif, luas permukaan hidrofobik, dan
luas permukaan polar dimana luas permukaan hanya dapat dianalisa dalam bentuk
molekulnya (3D).
Luas permukaan molekul adalah descriptor 3D yang menggambarkan
daerah van der Waals molekul. Begitu juga dengan volume molekul yang hanya
dapat diukur dalam bentuk ruang (3D). Serta deskriptor densitas yang merupakan
rasio berat molekul terhadap volume molekul. Descriptor ini menyajikan jenis
atom dan bagaimana mereka dikemas dalam sebuah molekul (3D)
Momen innersia merupakan ukuran kelembaman suatu benda untuk
berotasi terhadap porosnya, dimana rotasi hanya dapat terjadi pada atom dalam
bentuk molekulnya (3D)

PROSEDUR PENGAPLIKASIAN SPATIAL DESCRIPTOR PADA MOE

A. MEMBUAT DATA DALAM BENTUK .moe
Buka danj alankan aplikasi MOE. Tunggu hingga lembar
Pilih menu file pada toolbar atas lalu klik open
kerja terbuka

Pilih menu file pada toolbar atas laluklik open

Cari data yang berisikan .mol2 dengan mengklik

tanda ..

Klik data .mol2 lalupilik ok maka akan muncul

struktur pada lembar kerja moe

Pilih menu file lalu pilih save. Cari folder tempat kita
ingin menyimpan dengan mengklik tanda ..

Hapus tanda bintang dan ganti nama sesuai yang kita

inginkan lalu klik ok. Maka file akan tersimpan dalam

Hapus struktur yang ada di lembar kerja dengan

mengklik close pada toolbar samping kiri

Lakukan hal yang samapa daseluruh data .mol2

B. MEMBUAT DATABASE DAN DESKRIPTOR

Pilik compute pada toolbar database viewer lalu pilih

descriptors>>calculate

Untuk menentukan spatial descriptor pilih pmi dan

laluklik
ok
Cari dan klik Dir density
sample>>
Dir mol>>
trpstrain.mdb
maka akan muncul database viewer

Klik menu file pada database viewer lalu pilih save as.
Pilih folder tempat menyimpan data dangant inama file

Hapus semua entri baris yang ada dengan mengklik

edit>>delete>>selected entries

Hapus semua kolom yang ada dengan mengklik

edit>>delete>> selected fields

Pilih menu file pada lembar kerja moe lalu pilih open

Cari folder yang berisikan data .moe lalu pilih data

yang akan kita hitung deskrptornya

Klik append to database, maka data molekul akan

tampak pada database viewer

Setelah data pmi dan density keluar semua pilih menu

file>>save as lalu pilih folder tempatmenyimpan data
dan beri nama database tersebut lalu klik ok

Untuk menyimpan data dalambentuk .txt pilik menu

file>>save as lalu klik output dan pilih text (.txt). Ganti
nama database lalu klik ok

Selesai

DAFTAR PUSTAKA

Anonim. Quasar descriptors, https://www.chemcomp.com/journal/descr.htm,

(diakses pada 5 Maret 2016)
Karelson, Mati and Victor S. Lobanov. 1995, Quantum-Chemical Descriptors in
QSAR/QSPR Studies, Department of Chemistry, University of Tartu, 2 Jakobi
Str., Tartu, EE 2400, Estonia
Molecular Simulations Incorporated. 2000, Cerius2 QSAR+, Molecular
Simulations
Inc., San Diego.

SPATIAL DESCRIPTOR

1
2
3
4
5
6

NAMA
LIDYA LINA
MEITHA IMINIAR
SITI MUKAROMAH
TIO KURNIA IBNU W
TIRAH MAWADDAH
WINESFIN REFTI

NIM
08061381320023
08061381320011
08061381320008
08061381320017
08061381320002
08061181320010

KOMPUTASI
JURUSAN FARMASI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN
ALAM
UNIVERSITAS SRIWIJAYA, INDRALAYA
2016