TUGAS 3 ENZIMOLOGI

Nama

: Citra Resdia

NIM

: 10505082

STRUKTUR SUPERSEKUNDER (MOTIF) DAN DOMAIN

1. Jelaskan berbagai motif dan beri contok enzim yang memiliki motif
tersebut !
1.1 -hairpins
-hairpin merupakan
sederhana

dan

struktur

tersebar

luas

supersekunder
dalam

yang

globular

paling
protein.

Motif ini menjadi daerah loop pendek antara hidrogen antiparalel dengan -strands. Loop -hairpin memiliki konformasi
spesifik yang bergantung pada panjang dan urutannya. Sibanda
dan Thomton menunjukkan bahwa 70% -hairpin memiliki
kurang dari 7 residu dengan minimal 2 residu membentuk turn
yang merupakan komponen terpenting. Kedua residu -hairpin
ini memiliki salah satu konformasi turn. Terdapat 2 macam tipe
konformasi turn, yaitu tipe I dan tipe II.
a. Tipe I
Kedua residu pada tipe ini memiliki konformasi -helix. Residu
pertama dalam turn ini memiliki konformasi -heliks putar kiri

dan oleh karena itu biasanya merupakan asam amino glisin,

aspargin,

atau

aspartat.

Residu-residu

ini

dapat

memiliki

konformasi dengan sudut positif karena tidak adanya rantai

samping dengan glisin dan karena ikatan-ikatan hydrogen antara
rantai samping dan rantai utama (untuk kasus aspargin dan
aspartat). Residu kedua pada tipe I adalah glisin. Jika digunakan
asam amino lain maka akan terjadi halangan sterik antara rantai
samping asam amino tersebut dengan oksigen karbonil dari
residu yang sudah ada.
b. Tipe II
Residu pertama dari turn memiliki konformasi yang hanya
dimiliki oleh glisin. Residu kedua adalah asam amino polar
seperti serin dan treonin.

Contoh enzim yang memiliki struktur supersekunder -hairpin

adalah enzim TrmI dari archea Pyrococcus abyssi, enzim phenol
oxidative (dalam jamur), enzim malate synthase G, NS3 protease,

dan mitochondrial NAD+-specific isocitrate dehydrogenases

(IDHs).

1.2 -corner
-strands memiliki putaran ke kanan (secara sekilas) saat
membentuk -sheet. -strands anti-paralel membentuk sebuah hairpin (yang dapat menyebabkan perubahan arah 90 derajat)
yang dikenal dengan nama -corner. Strand yang terdapat di sisi
dalam ikatan mempunyai satu glisin pada posisi ini sementara
strand lainnya dapat memiliki -bulge. bulge mempengaruhi
satu

residu dalam konformasi

-heliks

putar

kanan yang

memutuskan pola ikatan hidrogen -sheet.

Beberapa contoh enzim yang memiliki struktur supersekunder corner antara lain enzim GFAT dan lisozim.

1.3 Helix Hairpin

Helix hairpin

atau

menghubungkan

-hairpin
segmen

merujuk

a-heliks

pada

loop

anti-paralel.

yang

Semakin

panjang suatu loop semakin banyak pula konformasi yang

mungkin terjadi. Namun demikian, untuk jarak pendek hanya
terdapat sedikit konformasi yang mungkin dan untuk loop yang
lebih pendek lagi, yang hanya terdiri dari dua atau tiga residu,
hanya terdapat satu konformasi. -heliks anti-paralel akan
berikatan

melalui

interaksi

hidrofobik

antara

rantai-rantai

samping pada daerah permukaan. Oleh karena itu, asam amino

hidrofobik harus ada di posisi yang sesuai dalam urutan asam
amino untuk menghasilkan daerah inti hidrofobik. Jarak a-heliks
terpendek melibatkan dua residu yang memiliki orientasi tegak
lurus terhadap axis dari heliks. Residu pertama adalah asam
amino yang memiliki sudut dan pada daerah jembatan atau
daaerah heliks pada plot Ramachandran. Residu kedua selalu
glisin.

Enzim yang memiliki struktur supersekunder helix hairpin antara

lain

DNA polimerase, endonuclease III, Uracil-DNA glycosylase

(UDG), 3-methyladenine DNA glycosylase I, dan enzim AlkA (dari

E. coli)
1.4 --corner
Daerah loop pendek yang menghubungkan heliks-heliks secara
tegak lurus satu sama lain dikatakan sebagai --corner.
Konformasi ini hanya dapat dimiliki saat dua heliks membentuk
sudut

putar

kanan.

Jika

heliks-heliks

terhubung

untuk

membentuk sudut putar kiri maka akan terjadi rintangan sterik.

Ujung C pada residu heliks pertama, yang memiliki konformasi -heliks

putar

kiri,

harus

memiliki

rantai

samping

yang

pendek

untuk

menghindari rintangan sterik. Residu ini biasanya adalah glisin. Residu

pertama dari heliks kedua, yang memiliki konformasi , memiliki residu
asam amino polar, seperti serin atau aspartat, yang dapat membentuk
ikatan hidrogen dengan gugus NH bebas pada ujung-N akhir dari heliks
kedua. Residu pusat dari -corner selalu merupakan asam amino
dengan gugus hidrofobik dan akan berintraksi dengan rantai samping
nonpolar dimana ujung dari kedua heliks saling berhubungan satu
sama lain. Contoh enzim yang memiliki struktur supersekunder -corner adalah endonuklease dan enzim-enzim restriksi DNA.
1.5 Helix-Turn-Helix
Daerah loop yang berhubungan dengan segmen -heliks memiliki
fungsi penting. Sebagai contoh, dalam parvalbumin terdapat motif
helix-turn-helix yang muncul tiga kali dalam strukturnya. Dua dari
ketiga motif ini dipengaruhi oleh terikatnya kalsium oleh rantai

samping karboksil dan rantai utama gugus karbonil. Motif ini ada
diantara heliks E dan F pada parvalbumin (EF hand). Motif ini juga
muncul pada protein-protein yang sensitive terhadap kalsium seperti
calmodulin dan troponin C. EF hand terbuat dari loop dengan 12 residu
yang memiliki residu asam amino polar dan hidrofobik pada posisi
lestari. Hal ini penting untuk proses pengikatan ion logam dan
membentuk inti hidrofobik yang stabil. Glisin berada pada posisi
keenam pada loop untuk alas an struktural. Ion kalsium berkoordinasi
secar oktahedral dengan rantai-rantai samping, gugu-gugus pada
rantai utama, dan pelarut.

1.6 ---motifs
strands anti-paralel

dapat

dihubungkan

melalui

ikatan

polipeptida pendek membentuk stuktur hairpin. Sebaliknya,

strands parallel terhubung melalui rantai yang lebih panjang
yang melewati sheet dan mengandung segmen heliks

secara teratur. Motif ini dinamakan motif dan banyak

ditemukan
parallel.

dalam

Daerah

protein-protein
loop

yang

yang

memiliki

menghubungkan

b-strands

strand

pada

segmen-segmen heliks dapat memiliki panjang yang berbedabeda. Aksis helik berada paralel dengan -strands dan ketiga
elemen

struktur

sekunder

berinteraksi

satu

sama

lain

membentuk inti hidrofobik. Pada protein-protein tertentu, loop

menghubungkan ujung karboksi akhir pada -strands pertama
dengan ujung amino akhir suatu heliks dengan melibatkan
pengikatan ligan atau substrat. Motif seringnya memiliki
lipatan putar kanan seperti pada gambar berikut :

Contoh enzim yang mengadaptasi struktur supersekunder ini

adalah enzim LysX, piruvat kinase, L-Lactate dehidrogenase, dan
aldolase.

2. Apa yang dimaksud dengan domain ? Beri contoh !

Domain protein adalah unit-unit yang terhubung satu sama lain yang
memiliki berbagai variasi struktur, fungsi, dan cara melipat (folding
behaviour) yang berbeda-beda dan tidak bergantung satu sama lain.
Tiap-tiap domain dapat diidentifikasikan berdasarkan lipatannya.
Beberapa protein hanya memiliki domain tunggal, sementara yang
lainnya memiliki beberapa domain. Sejumlah rantai protein globular
terdiri dari dua atau tiga domain yang muncul sebagai lobes.
Dalamkasus lainnya, domain dapat berbeda dengan keadaan aslinya,
seperti misalnya protein-protein yang berada dalam membran sel
memiliki domain intrasel atau ekstrasel yang dapat dibedakan. Panjang
domain dapat bervariasi dari 25 sampai 200 asam amino. Contohnya
adalah pyruvate kinase yang memiliki 3 domain.