4.6. Interaksi pembentukan nAChR Binding Site.

Perbedaan jalur ligan yang mengikat seluruh nAChRs baik ditetapkan atas dasar
farmakologi dan telah dijelaskan secara rinci oleh eksperimen mutagenesis asam amino nonalami. Berbagai variasi tidak terlihat di puluhan struktur AChBP, variasi yang sedikit terlihat
dalam posisi relatif dari residu kunci. Kotak residu aromatic, TrpB CO, LeuE NH, dan AsnE CO,
sementara benar-benar dilestarikan, jelas terlihat berbeda dengan agonis di berbagai subtipe
reseptor. Oleh karena itu, interaksi perifer cenderung bertanggung jawab atas perbedaan yang
kita amati. Yang utama diselidiki yakni interaksi perifer di otot-jenis reseptor, dan akan
menggunakan residu penomoran yang sesuai dengan jenis otot reseptor di sini. Interaksi yang
relevan ditunjukkan pada Gambar 5.
Salah satu ciri yang membedakan dari nAChRs afinitas tinggi (seperti 42) adalah loop
lisin B empat residu dari ikatan ligan TrpB. Residu yang menyelaraskan adalah glisin di reseptor
afinitas rendah seperti jenis otot dan 7. Dalam AChBPs, tulang belakang residu NH ini
membentuk ikatan hidrogen dengan tulang belakang karbonil i + 1 untuk TyrC2 pada loop C
(interaksi 7, Gambar 5). Simulasi dinamika molekul menyarankan bahwa mutasi memasukkan
rantai sisi ke loop B situs glisin yang mendukung pembentukan ikatan hidrogen ini. Interaksi
dalam reseptor jenis otot dan menemukan bahwa mutasi glisin ini (1 G153) ke lisin (seperti
yang ditemukan di afinitas tinggi 4 subunit) secara signifikan meningkatkan potensi nikotin di
reseptor ini. Peningkatan afinitas terjadi karena nikotin saat membentuk interaksi kation-
dengan TrpB (Interaksi 1) dan ikatan hidrogen yang kuat dengan tulang belakang TrpB CO
(interaksi 3). Peningkatan ikatan afinitas memiliki konsekuensi fungsional yang bermakna pada
manusia: nukleotida polimorfisme tunggal memproduksi G153S 1 mutan yang menginduksi
sindrom miastenia.
Loop B Gly untuk mutasi Lys pada 7 juga meningkatkan potensi agonis tapi terutama
tidak menyebabkan interaksi kation- dengan TrpB; bukannya memperkuat interaksi kation-
dengan TyrC2 untuk ACh dan Epi. Oleh karena itu mutasi G153 tampaknya mempengaruhi
reposisi global situs ikatan, dengan ligan yang berbeda mengikat implikasi pada masing-masing
reseptor. "Mutasi balik" dalam reseptor 42, Lys-to Gly atau mutasi asam -hidroksi
mengusulkan untuk loop B- loop C backbone ikatan hidrogen (interaksi 7), hanya efek kecil,
menunjukkan bahwa faktor tambahan mungkin mendukung ikatan afinitas tinggi berkembang di
reseptor ini.
Sebuah aspartat awetan pada loop A (1 D89 pada reseptor jenis otot) juga terlibat dalam
pembentukan nAChR situs ikatan. Studi struktural ACBPs mengungkapkan bahwa residu ini
diposisikan di belakang TrpB, dan beberapa peneliti mengusulkan peran penting untuk muatan
negatif dari agonis Asp ini. Mutagenesis asam amino yang tidak wajar pada reseptor jenis otot
ditetapkan bahwa rantai sampingnya tidak kritis, seperti mutasi ke analog netral seperti Nha dan
Akp hanya menghasilkan efek sederhana. Sebaliknya rantai samping Asp ini berpartisipasi dalam
jaringan hidrogen fungsional yang signifikan. Pasangan ikatan hidrogen dua tulang belakang NH
kelompok loop B: juga dari TRPB dan Thr150 (TPB + 1), dikonfirmasi oleh mutagenesis asam
-hidroksi dari kelompok tulang belakang ini (Gambar 5, interaksi 8 dan 9).

Motif lain yang menarik dari nAChR situs ikatan gonis adalah C loop vicinal disulfida
pada ikatan permukaan utamanya, pengikatan mendefinisikan ciri struktural subunit nAChR.
Di sebagian besar struktur AChBP, disulfida vicinal berpartisipasi dalam tipe I - pergantian C
loop yang melibatkan ikatan hidrogen antara C193 backbone NH dan Y190 (TyrC1) backbone
CO (Gambar 5, interaksi 10). Pada reseptor jenis otot, mutasi backbone dan siklus mutan analisis
probe ikatan hidrogen ini membentuk interaksi yang kuat. Ini termasuk N-methylcysteine atau hydroxycysteine mutan C193 atau mutasi -hidroksi ke S191, yang memodulasi Y190 CO.
Menariknya, penggabungan ke Y190 CO terlihat bahkan untuk rantai mutasi sisi C193A, yang
mempertahankan C193 backbone tapi menghilangkan disulfida vicinal. Dengan demikian, peran
primer nAChR subunit disulfida vicinal tampaknya membangun posisi yang optimal dari
tulang punggung C193 untuk ikatan hidrogen.
Penelitian lebih lanjut dari mutasi asam -hidroksi pada S191 menetapkan peran khusus
untuk backbone NH sebagai bagian luas jaringan dari ikatan hidrogen, menghubungkan NH ini
ke rantai sisi D174 / D180, sebuah aspartat awetan terletak diseluruh permukaan subunit pada
loop F (Gambar 5, interaksi 11). Aspartat D174 / D180 telah ditunjukkan dalam percobaan
klasik silang untuk berdekatan dengan vicinal disulfide. Namun, struktur AChBP menempatkan
D174 / D180 cukup jauh dari situs ikatan agonis, seperti pada Gambar 5. Sebaliknya, dalam
AChBPs loop F aspartat yang berbeda (menyelaraskan ke E176 / E182 di reseptor otot)
membentuk ikatan hidrogen ke S191 NH (interaksi 12). Mutagenesis konvensional rantai
samping E176 / E182 meyakinkan aturan keluar yang signifikan peran fungsional untuk residu
ini. Temuan ini membentuk perbedaan substantif antara AChBP dan reseptor penuh. Struktur
AChBP menunjukkan ikatan hidrogen yang sesuai 12 pada Gambar 5, tapi pada studi aturan
reseptor penuh keluar interaksi 12 dan membangun ikatan hidrogen 11 yang berperan fungsional
penting, konsisten dengan sebelumnya studi biokimia. Pada jangka panjang sifat interaksi yang
diteliti ditetapkan oleh siklus mutan antara termini jaringan ikatan hydrogen ini, C193 NH dan
rantai sisi D174 / D180 (mencakup interaksi 10 dan 11), yang menunjukkan energi gabungan
yang kuat (2,2 kkal / mol). Terbukti, karakteristik disulfida vicinal dari subunit memposisikan
S191 backbone NH untuk hidrogen intersubunitnya, melalui karbonil TyrC1. Agaknya ikatan
hidrogen 11 dari ikatan ligan, membuka saluran dan bisa menyertai penutupan ikatan ligan pada
C loop. Seperti itu penyusunan ulang bisa mendasari pentingnya signifikan gerbang TyrC1,
residu situs ikatan kritis kotak aromatic.

4.7 Gambaran Studi nAChR

Famili nAChRs merupakan contoh klasik dari situasi umum dalam perkembangan obat:
sebuah keluarga reseptor terkait erat yang menunjukkan pola distribusi tertentu, berbeda
farmakologi, dan peran fisiologis yang berbeda. Banyaknya struktur AChBP dengan molekul
kecil yang relevan terikat telah tersedia wawasan yang sangat berharga ke dalam kemungkinan
interaksi obat-reseptor. Namun, sangat sedikit variasi terlihat dalam struktur protein, dan
sebagainya sedikit wawasan subtipe spesifisitas dapat diperoleh.
Menggunakan mutagenesis asam amino yang tidak alami, kita telah melihat variasi
substansial dalam interaksi obat-reseptor di spesifik subtipe reseptor. Interaksi diantisipasi

kation- adalah jelas dalam semua reseptor, dengan TRPB menjadi aromatik di sebagian besar
subtipe. Namun, reseptor 7 menolak TRPB dan sebaliknya membuat interaksi kation- untuk
Tyra dan TyrC2, dengan Interaksi Tyra yang cukup sesuai dengan struktur AChBP.
Ketidakkonsistenan ini muncul meskipun ada fakta bahwa farmakologi AChBP paling dekat
dengan yang reseptor 7.
Seiring dengan interaksi kation-, kunci lainnya komponen dari pharmacophore nikotinat
adalah akseptor ikatan hidrogen, yang didefinisikan oleh CO dari Ach dan piridin N nikotin.
Alih-alih interaksi langsung dengan protein, agonis mengikat molekul air. Air ini pada gilirannya
akan membuat dua ikatan hidrogen untuk protein tulang punggung permukaan yang saling
melengkapi. Kami menemukan banyak contoh dimana LeuE NH penting untuk fungsi reseptor
(Interaksi 5), dan menggunakan S-MPP sebagai probe, kita harus langsung menghubungkan NH
dengan piridin N nikotin. Ada beberapa variabilitas yang bisa cukup relevan dengan subtipe
spesifisitas masalah, 44 dan reseptor 7 menunjukkan interaksi lemah. Namun, interaksi LeuE
NH jelas penting dalam Famili. Sebaliknya, kita menemukan sedikit bukti untuk keterlibatan
AsnE CO (interaksi 6). Kami meneliti interaksi ini di 13 kombinasi obat-reseptor yang berbeda
(Tabel 2). Dalam 11 kasus, kita melihat tidak ada efek; satu memproduksi faktor perubahan 2,
yang dianggap menjadi batas yang bermakna, dan satu menghasilkan faktor dari 4. Mungkin saja
bahwa interaksi ini tidak fungsional yang relevan di nAChRs, yang menimbulkan kemungkinan
menarik. Jika molekul air terlihat dalam struktur AChBP tidak hadir di nAChRs, yang LeuE NH
dapat membentuk ikatan hidrogen secara langsung terhadap obat, dan Studi akan menunjukkan
efek penting dari mutasi. AsnE CO hanya dapat terlibat dalam ikatan hidrogen air-dimediasi
dengan obat, dan jika air tidak ada, studi akan menunjukkan efek yang kecil.
Dalam penelitian lain telah diselidiki interaksi yang perifer ke situs ikatan agonis tetapi
yang memiliki pengaruh kuat pada reseptor farmakologi. Kami menandai beberapa interaksi
ikatan hidrogen yang mempengaruhi fungsi reseptor, dan dalam satu kasus, kita melihat
perbedaan yang signifikan antara prediksi dari struktur AChBP dan hasil Studi fungsional
(interaksi 11 dan 12).