Anda di halaman 1dari 12

ISOLASI DNA PADA BUAH JERUK, BUAH SEMANGKA DAN BUAH MELON

LAPORAN PRAKTIKUM
UNTUK MEMENUHI TUGAS MATA KULIAH
Genetika 1
yang dibimbing oleh Prof. Dr. Hj. Siti Zubaidah, M.Pd dan Andik Wijayanto, S.Si, M.Si

Oleh kelompok 16 :
Gizella Ayu Wilantika (140342600832)

UNIVERSITAS NEGERI MALANG


FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
JURUSAN BIOLOGI
Februari 2016

A. Judul
Isolasi Sederhana DNA pada Buah
B. Tujuan
1. Mengetahui pengaruh jenis deterjen terhadap hasil isolasi DNA pada buah.
2. Mengetahui pengaruh jenis deterjen terhadap kecepatan waktu pembentukan DNA
pada proses isolasi DNA dan mengetahui pengaruh jenis buah terhadap hasil
isolasi DNA.
C. Dasar Teori
DNA (Deoxyribose Nucleic Acid) adalah molekul utama yang mengkode
semua informasi yang dibutuhkan untuk proses metabolisme dalam setiap organisme
(Jamilah, 2005). DNA ini tersusun atas 3 komponen utama yaitu gula deoksiribosa,
basa nitrogen dan fosfat yang tergabung membentuk nukleotida (Istanti, 1999).
Molekul DNA ini terikat membentuk kromosom, dan ditemukan di nukleus,
mitokondria dan kloroplas. DNA yang menyusun kromosom ini merupakan nukleotida
rangkap yang tersusun heliks ganda (double helix), dimana basa nitrogen dan kedua
benang polinukleotida saling berpasangan dalam pasangan yang tetap melalui ikatan
hidrogen dan antara nukleotida yang satu dengan nukleotida yang lain dihubungkan
dengan ikatan fosfat. DNA terdapat di dalam setiap sel makhluk hidup dan disebut
sebagai cetak biru kehidupan karena molekul ini berperan penting sebagai pembawa
informasi hereditas yang menentukan struktur protein dan proses metabolisme lain
(Jamilah, 2005).
DNA dapat mengalami denaturasi dan renaturasi. Selain itu DNA juga bisa
diisolasi. Zubaidah (2004) dalam Jamilah (2005) menyatakan bahwa isolasi DNA dapat
dilakukan melauli tahapan-tahapan antara lain: preparasi esktrak sel, pemurnian DNA
dari ekstrak sel dan presipitasi DNA. Meskipun isolasi DNA dapat dilakukan dengan
berbagai cara, akan tetapi pada setiap jenis atau bagian tanaman dapat memberikan hasil
yang berbeda, hal ini karena adanya senyawa polifenol dan polisakarida dalam
konsentrasi tinggi yang dapat menghambat pemurnian DNA. Jika isolasi DNA
dilakukan dengan sampel buah, maka kadar air yang pada masing-masing buah
berbeda, dapat memberi hasil yang berbeda pula. Buah dengan kadar air tinggi akan
menghasilkan isolat yang berbeda jika dibandingkan dengan buah berkadar air rendah.
Semakin tinggi kadar air maka sel yang terlarut di dalam ekstrak akan semakin sedikit,
sehingga DNA yang terpretisipasi juga akan sedikit.

Proses isolasi DNA diawali dengan proses ekstraksi DNA. Hal ini bertujuan
untuk memisahkan DNA dengan partikel lain yang tidak diinginkan. Proses ini harus
dilakukan dengan hati-hati, sehingga tidak menyebabkan kerusakan pada DNA. Untuk
mengeluarkan DNA dari sel, dapat dilakukan dengan memecahkan dinding sel,
membran plasma dan membran inti baik dengan cara mekanik maupun secara kimiawi.
Cara mekanik bisa dilakukan dengan pemblenderan atau penggerus menggunakan
mortar dan pistil. Sedangkan secara kimiawi dapat dengan pemberian yang dapat
merusak membran sel dan membran inti, salah satunya adalah deterjen.
Penambahan deterjen dalam isolasi DNA dapat dilakukan karena deterjen dapat
menyebabkan rusaknya mebran sel, melalui ikatan yang dibentuk melalui sisi
hidrofobik deterjen dengan protein dan lemak pada membran membentuk senyawa
lipid protein-deterjen kompleks. Senyawa tersebut dapat terbentuk karena protein dan
lipid memiliki ujung hidrofilik dan hidrofobik, demikian juga dengan deterjen,
sehingga dapat membentuk suatu ikatan kimia (Machmud, 2006).

D. Alat dan Bahan


Bahan:

Alat:

Blender

Buah semangka

Timbangan Kue

Buah melon

Gelas ukur 100ml

Buah jeruk

Beaker glass 100ml

NaCl

Batang pengaduk

Alcohol dingin

Saringan

Detergen bubuk

Kain saring putih

Detergen cair

Kertas saring

Deterjen cream

Corong kaca

NaCl

Botol selai

Spatula

Tabung reaksi
o S
p
a
t
u
l
a

E. Prosedur/ Langkah Kerja


Potongan buah yang telah dikupas dan ditimbang 200 g, diberi 200 ml aquades.
Kemudian diblender hingga halus.

Buah yang telah diblender, disaring menggunakan saringan.

Buah yang telah diblender, disaring menggunakan saringan.

Buah yang telah diblender, disaring menggunakan saringan.

Sari buah disaring kembali menggunakan kain saring.

Sari buah disaring kembali menggunakan kertas saring.

Sari buah hasil saringan dibagi sama banyak ke dalam 3 beker glass

Ditambahkan 1 spatula deterjen pada masing-masing beker glass (deterjen bubuk, cair
dan cream)
Campuran sari buah dan deterjen diaduk hingga homogen secara hati-hati agar tidak
berbuih
Setelah sari buah homogen dengan deterjen, ditambahkan 1 spatula garam dapur
(NaCl) dan diaduk perlahan.

Masing-masing larutan dituang sebanyak 10 ml dalam tabung reaksi

Ditambahkan alkohol dingin sebanyak 5 ml melalui dinding tabung

Larutan diamati hingga terbentuk struktur putih

Waktu terbentuknya dan kuantitas struktur putih dicatat

E. Data Pengamatan
No

Buah

Jenis Larutan

Kuantitas

Waktu (s)

Struktur

1.

Melon

deterjen cair

++

12,7

Kapas

deterjen cream

++++

14,2

Serabut

deterjen bubuk

13,8

Serabut

deterjen cair

+++

47

Kapas

deterjen cream

2,10

Kapas

deterjen bubuk

++++

Kabut

deterjen cair

++

Kabut

deterjen cream

+++

22

Kabut

deterjen bubuk

++++

15

Kabut

2.

Jeruk

3.

Semangka

Ket: +

: sangat tipis

++

: cukup tebal

+++

: tebal

++++

: sangat tebal

F. Analisis data
Pada praktikum isolasi DNA ini dilakukan pada 3 buah yang berbeda yaitu
melon, jeruk, dan semangka dengan tiga reagen yang berbeda yaitu deterjen cair,
deterjen cream, dan deterjen bubuk. Pada melon didapatkan hasil dengan penambahan
reagen deterjen cair munculnya partikel putih (DNA) memiliki kuantitas cukup tebal,
terbentuknya pada 12,7 detik dan berstruktur seperti kapas. Pada melon dengan
penambahan reagen deterjen cream munculnya partikel putih (DNA)

memiliki

kuantitas sangat tebal, terbentuknya pada 14,2 detik dan berstruktur seperti serabut.
Pada melon dengan penambahan reagen deterjen bubuk munculnya partikel putih
(DNA) memiliki kuantitas sangat tipis, terbentuknya pada 13,8 detik dan berstruktur
seperti serabut.

Pada buah kedua yaitu jeruk dengan penambahan reagen deterjen cair
munculnya partikel putih (DNA) memiliki kuantitas tebal, terbentuknya pada 47 detik
dan berstruktur seperti kapas. Pada jeruk dengan penambahan reagen deterjen cream
munculnya partikel putih (DNA) memiliki kuantitas sangat tipis, terbentuknya pada
2,10 detik dan berstruktur seperti kapas. Pada jeruk dengan penambahan reagen
deterjen cream munculnya partikel putih (DNA) memiliki kuantitas sangat tebal,
terbentuknya pada 7 detik dan berstruktur seperti kabut.
Pada buah ketiga yaitu semangka dengan penambahan reagen deterjen cair
munculnya partikel putih (DNA) memiliki kuantitas cukup tebal, terbentuknya pada 5
detik dan berstruktur seperti kabut. Pada semangka dengan penambahan reagen
deterjen cream munculnya partikel putih (DNA) memiliki kuantitas tebal, terbentuknya
pada 22 detik dan berstruktur seperti kabut. Pada semangka dengan penambahan reagen
deterjen cream munculnya partikel putih (DNA) memiliki kuantitas sangat tebal,
terbentuknya pada 15 detik dan berstruktur seperti kabut.

G. Pembahasan
Praktikum isolasi DNA ini dilakukan untuk mengetahui pengaruh macam buah
dan jenis deterjen terhadap kualitas DNA yang dihasilkan dalam proses isolasi. Dalam
praktikum ini dilakukan derngan menggunakan tiga jenis deterjen yaitu deterjen cair,
cream, bubuk dan menggunakan tiga jenis buah yang berbeda yaitu melon, jeruk,
semangka. Percobaan dilakukan dengan menggunakan menambahkan ketiga deterjen
kepada tiga jenis buah yang telah diblender untuk mengetahui buah dan jenis detergen
mana yang menghasilkan DNA paling bagus dan baik.
Pada dasarnya prinsip isolasi DNA ada tiga yaitu pelisisan sel, ekstraksi dan
pemurnian. Pada praktikum kali ini yang pertama-tama dilakukan ialah menghancurkan
sampel buah dengan cara mekanik atau pemblenderan buah untuk melisis/ merusak
dinding sel. Kemudian larutan tersebut dimasukkan ke dalam larutan deterjen yang
telah diberi garam. Pemberian garam tersebut memiliki fungsi yang sama dengan SDS
pada isolasi DNA genom sel darah putih, yaitu untuk memberikan kondisi ionik,
sehingga reaksi berjalan lebih stabil. (Harley 2005: 410). Garam juga dapat digunakan
untuk melarutkan DNA, karena ion Na+ yang dikandung oleh garam mampu
membentuk ikatan dengan kutub negative fosfat DNA. Kutub ini dapat menyebabkan
molekul-molekul saling tolak menolak satu sama lain sehingga pada saat ikatan ion Na+
terbentuk dengan ikatan kutub negative fosfat DNA, maka DNA tersebut akan

terkumpul (Dollard, 1994 dalam Jamilah, 2005:21). Jadi dapat disimpulkan bahwa
garam dapat digunakan sebagai penghilang protein dan karbohidrat, menjaga
kesetabilan pH lysing buffer, garam juga membantu proses pemekatan DNA.
Pada praktikum ini juga digunakan deterjen. Penggunaan deterjen tersebut
berfungsi sebagai pelisis barrier (penghalang) sel secara kimia sebagai pengganti
senyawa kimia yang mampu merusak dinding dan membran sel. Penambahan deterjen
dalam isolasi DNA dapat dilakukan karena deterjen dapat menyebabkan rusaknya
membran sel, melalui ikatan yang dibentuk melalui sisi hidrofobik deterjen dengan
protein dan lemak pada membran membentuk senyawa lipid protein-deterjen
kompleks. Senyawa tersebut dapat terbentuk karena protein dan lipid memiliki ujung
hidrofilik dan hidrofobik, demikian juga dengan deterjen, sehingga dapat membentuk
suatu ikatan kimia (Machmud, 2006). Menurut Jamilah (2005) detergen bisa
menyebabkan kerusakan membran sel dengan mengemulsi lipid dan protein sel serta
menyela interaksi polar yang menyatukan membran sel karena detergen mengandung
disodium EDTA dan lauryl sulfat yang memiliki fungsi yang sama dengan dodesil
sulfat.
Pencampuran antara garam dan deterjen ini dimaksudkan untuk memperbesar
pergerakan partikel sel dan detergen agar reaksi berlangsung cepat, karena detergent
merupakan bahan yang dapat merusak membran sel. Pada pengadukan ini harus
dilakukan dengan hati hati agar tidak menimbulkan buih. Apabila terdapat buih maka
akan menyebabkan penghambatan pada isolasi DNA. DNA akan sulit diamati karena
terhalangnya penyatuan DNA di daerah atas antara alkohol dengan campuran ekstrak
buah, detergent dan garam akibat adanya rongga udara yang ditimbukan oleh adanya
buih.
Setelah itu campuran ekstraks buah, detergen, dan garam tersebut dimasukkan
ke dalam tabung reaksi dan ditetesi dengan alkohol dingin. Penggunaan alkohol ini
berfungsi untuk pengikatan strand DNA yang telah terkumpul karena pemekatan oleh
garam. Alkohol yang ditambahkan harus dalam kondisi dingin. Menurut pernyataan
Jamilah (2005: 14), dengan adanya garam (kation kovalen seperti Na+) dan pada suhu
di bawah 20 0C atau kurang, ethanol absolut akan mempresipitasikan asam nukleat
polimerik dengan baik. Selain itu disebutkan juga bahwa semakin dingin ethanol, DNA
yang terpresipitasi semakin pekat. Dari pernyataan-pernyataan tersebut dapat diketahui
bahwa semakin dingin alkohol, maka konsentrasi DNA yang akan terikat oleh alkohol

tersebut akan semakin pekat atau tinggi sehingga DNA yang terisolasi dapat terlihat
dengan jelas.
Pada hasil praktikum yang dilakukan didapatkan hasil yang berbeda-beda untuk
masing-masing jenis buah dan deterjen yang digunakan. Jumlah DNA terbanyak yang
dapat terisolasi adalah melon dengan deterjen cream, jeruk dengan deterjen bubuk dan
semangka dengan deterjen bubuk. Dan yang paling sedikit adalah pada buah melon
dengan deterjen cream dan jeruk dengan deterje bubuk. Waktu pengisolasian tercepat
adalah pada buah jeruk dengan deterjen cream dan yang paling lama adalah pada buah
semangka dengan deterjen cream. Sedangkan untuk struktur beranekaragam yaitu
berupa kapas, kabut, dan serabut. Adanya perbedan tersebut karena pada buah terdapat
perbedaan pigmen yang masih berikatan dengan DNA, dimana pigmen ini memiliki
ukuran kemampuan yang berbeda dalam melepaskan diri dengan DNA pada setiap
detergent, sehingga perbedaan waktu terpisahnya DNA dari sel tersebut juga
menunjukkan bahwa kemampuan setiap detergent dalam merusak membran sel tidak
sama. (Jamilah, 2005).

H. Diskusi
1. Jelaskan fungsi reagen-reagen pada praktikum isolasi DNA berikut:
a. Detergen
Jawab : Penambahan deterjen dalam isolasi DNA dapat dilakukan karena
deterjen dapat menyebabkan rusaknya membran sel, melalui ikatan yang
dibentuk melalui sisi hidrofobik deterjen dengan protein dan lemak pada
membran membentuk senyawa lipid protein-deterjen kompleks. Senyawa
tersebut dapat terbentuk karena protein dan lipid memiliki ujung hidrofilik dan
hidrofobik, demikian juga dengan deterjen, sehingga dapat membentuk suatu
ikatan kimia.
b. Garam
Jawab : penghilang protein dan karbohidrat, menjaga kesetabilan pH lysing
buffer, garam juga membantu proses pemekatan DNA. Garam juga dapat
digunakan untuk melarutkan DNA, karena ion Na+ yang dikandung oleh garam
mampu membentuk ikatan dengan kutub negative fosfat DNA. Kutub ini dapat
menyebabkan molekul-molekul saling tolak menolak satu sama lain sehingga
pada saat ikatan ion Na+ terbentuk dengan ikatan kutub negative fosfat DNA,
maka DNA tersebut akan terkumpul.
c. Alkohol
Jawab : Penggunaan alkohol ini berfungsi untuk pengikatan strand DNA yang
telah terkumpul karena pemekatan oleh garam. Alkohol yang ditambahkan
harus dalam kondisi dingin dengan adanya garam (kation kovalen seperti Na+)
dan pada suhu di bawah 20

C atau kurang, ethanol absolut akan

mempresipitasikan asam nukleat polimerik dengan baik. Selain itu disebutkan


juga bahwa semakin dingin ethanol, DNA yang terpresipitasi semakin pekat.
Dari pernyataan-pernyataan tersebut dapat diketahui bahwa semakin dingin
alkohol, maka konsentrasi DNA yang akan terikat oleh alkohol tersebut akan
semakin pekat atau tinggi sehingga DNA yang terisolasi dapat terlihat dengan
jelas.
2. Apa fungsi pemblenderan buah pada proses isolasi DNA?
Jawab : Pemblenderan bertujuan untuk merusak dinding sel, membran sel, dan
membran inti secara mekanik.
3. Mengapa pada proses pengadukan tidak boleh berbuih?

Jawab : Karena akan menyebabkan terhambatnya isolasi DNA. Dengan adanya


buih maka DNA akan sulit diamati karena terhalangnya penyatuan DNA di daerah
atas antara alkohol dengan campuran ekstrak buah, detergent dan garam akibat
adanya rongga udara yang ditimbukan oleh adanya buih.
4. Mengapa alkohol yang ditambahkan harus dalam keadaan dingin?
Jawab : Karena dengan adanya garam (kation kovalen seperti Na+) dan pada suhu
di bawah 20 0C atau kurang, ethanol absolut akan mempresipitasikan asam nukleat
polimerik dengan baik. Selain itu disebutkan juga bahwa semakin dingin ethanol,
DNA yang terpresipitasi semakin pekat.
5. Mengapa pada macam detergen yang berbeda diperoleh kuantitas DNA dan waktu
pembentukan yang berbeda?
Jawab : Karena kandungan dalam sutatu detergen berbeda produk satu dengan
produk yang lain, sehingga kecepatan pembentukan DNA berbeda karena
kecepatan pemecah sel juga berbeda.
6. Mengapa pada macam buah yang berbeda kuantitas DNA dan waktu pembentukan
yang berbeda?
Jawab : Karena pada buah terdapat perbedaan pigmen yang masih berikatan dengan
DNA, dimana pigmen ini memiliki ukuran kemampuan yang berbeda dalam
melepaskan diri dengan DNA pada setiap deterjen, sehingga perbedaan waktu
terpisahnya DNA dari sel tersebut juga menunjukkan bahwa kemampuan setiap
detergent dalam merusak membran sel tidak sama.

I. Kesimpulan
1. DNA dapat diisolasikan dari sumber DNA berupa buah dengan penambahan larutan
deterjen dan etanol/alkohol serta garam untuk membantu presipitasi DNA. Adanya
DNA ditandai dengan munculnya partikel putih menyerupai kabut, serbuk, atau
kapas pada larutan uji. Perbedaan jumlah DNA yang dihasilkan dalam proses isolasi
disebabkan oleh jenis deterjen yang digunakan serta macam buah yang dipakai
sebagai sumber DNA.
2. Deterjen yang paling sedikit menghasilkan DNA adalah deterjen bubuk pada buah
melon dan deterjen krim pada buah jeruk, sedangkan deterjen cair dan bubuk,
menghasilkan DNA dalam jumlah yang relatif sama. Waktu pembentukan DNA
yang paling cepat dihasilkan oleh sumber DNA buah semangka. Hal ini
dikarenakan pada buah terdapat perbedaan pigmen yang masih berikatan dengan
DNA, dimana pigmen ini memiliki ukuran kemampuan yang berbeda dalam
melepaskan diri dengan DNA pada setiap deterjen, sehingga perbedaan waktu
terpisahnya DNA dari sel tersebut juga menunjukkan bahwa kemampuan setiap
detergent dalam merusak membran sel tidak sama.

Daftar Rujukan

Harley, J.T. 2005. Regulatory exercises in microbiology. Boston : McGraw-Hill Company


Istanti, Annie. 1999. Biologi Sel. Malang: jurusan Biologi FMIPA UM.
Jamilah. 2005. Pengaruh Berbagai Macam Detergen, Penambahan Enzim, dan Ekstrak
Nanas (Ananas comusus (L) Merr) Terhadap Hasil Isolasi DNA Berbagai Macam
Buah Sebagai Topik Praktikum Matakuliah Genetika. Skripsi tidak diterbitkan.
Malang: Universitas Negeri Malang
Klug, W.S. & M.R. Cummings. 1994. Concepts of Genetics. Englewood : Prentice-Hall Inc.
Machmud, Wildan. 2006. Penentuan LC 50 48 Jam Detergen dan Pengaruhnya Terhadap
Mortalitas Larva Ikan Mas (Cyprus Corpio) Ras Punten dengan tipe Ploidi Yang
Berbeda. Skripsi tidak diterbitkan. Malang: Program Sarjana Biologi
Zubaidah, Siti. 2004. Identifikasi, Variasi Genetik, Distribusi dan Upaya Eliminasi Bakteri
Penyebab CVPD (Citrus Vein Phloem Degeneration). Desertasi tidak diterbitkan.
Malang: Program Pasca Sarjana Universitas Brawijaya.