Anda di halaman 1dari 19

LANGKAH KERJA MENYUSUN DNA PRIMER UNIVERSAL DENGAN APLIKASI

NCBI, CLUSTAL OMEGA, PRIMER 3, IDT, DAN IUPAC CODE

Disusun oleh :
Nama
NIM
Kelas
Dosen

: Praditya Teguh Priambodo


: B1J013061
:B
: Saefudin Aziz

LAPORAN MATA KULIAH APLIKASI KOMPUTER

KEMENTERIAN RISET, TEKNOLOGI, DAN PENDIDIKAN TINGGI


UNIVERSITAS JENDERAL SOEDIRMAN
FAKULTAS BIOLOGI
PURWOKERTO
2016

1. Buka aplikasi NCBI.

2. Tentukan spesies yang akan dicari gen penyandinya, dan pilih salah satu.

3. Klik gen yang telah dipilih, ketika keluar tampilan seperti dibawah, klik
FASTA.

4. Copy protein di notepad.

5. Masukan nama gen yang telah dipilih di kotak sebelah Search, ubah
pengaturan menjadi Gene dan klik Search hingga keluar tampilan seperti
dibawah, kemudian pilih gen serupa di tampilan Search result.

6. Klik gen, setelah keluar tampilan dibawah, scrollkebawah dan klik FASTA.

7. Copy sekuen ke notepad, dan lakukan hal ini hingga didapat 10 gen (dengan
didapatkannya juga 10 sekuen hasil copy) dengan melakukan hal sama seperti
langkah kerja nomer 6. Untuk memudahkan meghitung 10 buah gen, beri tanda
ceklis gen yang sudah dipilih (dikotak sebelah nama gen) untuk lebih jelasnya
lihat tampilan di langkah kerja nomer 5.

8. Hasil Copy sekuen di notepad.

9. Masuk aplikasi Clustal Omega, masukan 10 sekuen yang sudah di copy di


notepad dalam kotak yang tersedia seperti tampilan dibawah, ubah menjadi
DNA untuk membaca sekuen DNA.

10. Klik Submit, dan tunggu jika keluar seperti tampilan dibawah.

11. Jika sudah selesai loading akan keluar tampilan sekuen DNA seperti dibawah,
dan pilih blok sekuen yang berada diatas tanda bintang (*) yang berarti are atau
wilayah yang sama. Basa yang mengaami mutasi ditandai dengan tanda (-).

12. Bandingkan dengan sekuen yang sudah dikopi di notepad.

13. Buka aplikasi Primer 3.

14. Masukan sekuen DNA di notepad yang sudah dipilih di langakh nomer 15, lalu
klik Pick Primers.

15. Setelah keluar seperti tampilan dibawah, copy sekuen Left Primer ke notepad
lalu beri nama Forward , Copy sekuen Right Primer untuk diberi nama
reverse.

16. Penamaan sekuen DNA bisa dilihat pada tampilan dibawah dengan memberi
tanda (>) sebelum nama dan tanda (;) setelahnya.

17. Buka aplikasi IDT.

18. Pilih Oligo Analyzer pada sub menu Tools, Copy sekuen Forward yang
sudah dimasukan di notepad.

19. Klik Analyze dan lihat pada bagian Result.

20. Hasil Analyze, dapat dilihat informasi tentang sekuen DNA yang dimasukan,
dengan temperatur leleh sebesar 55,20 C.

21. Setelah dilihat hasil analisanya, Klik Hairpin Suhu tertera di tampilan
Hairpin dengan temperatur leleh di tampilan Analyze memiliki selisih 20 0
merupakan sekuen yang baik

22. Klik Selfdimer, lihat informasi yang didapatkan.

23. Klik Heterodimer, masukan sekuen Reverse dan klik Calculate.

24. Klik NCBI Blast hingga keluar link baru, dan scroll kebawah lalu klik
BLAST di sudut kiri.

25. Setelah klik BLAST akan keluar Graphic dan Description. Perhatikan dengan
baik, nilai E value yang mendekati 0.00 dan dengan nilai Query yang 100%
merupakan ciri dari sekuen dengan E Value yang baik.

26. Kembali ke ke sub menu function Hetero Dimer, lalu masukan sekuen forward
pada secondary sekuen, lalu klik Create Complement, dan amati perubahan
sekuen yang terjadi.

27. Perubahan yang terjadi ditandai dengan blok warna biru, dan copy di notepad
dengan nama inverse bersama dengan sekuen forward dan reverse.

28. Masuk kembali ke Aplikasi Clustal Omega, lalu masukan 5 sekuen bebas dari
notepad yang pertama, tekan enter dan masukan sekuen forward, lalu tekan enter
lagi dan masukan sekuen invers, dan klik Submit.

29. Hasil klik Submit.

30. Tentukan sekuen yang banyak terjadi mutasi, dengan jumlah basa yag sesuai
dengan basa pada sekuen forward.

31. Buka aplikasi IUPAC Code, lalu cocokan dengan sekuen yang dipilih , jika ada
yang tidak sesuai urutannya seperti urutan sekuen diatasnya atau dibawahnya
maka basa tersebut bisa digantikan sesuai kode yang terdapat di Aplikasi
IUPAC code.

32. Hasil DNA Primer Universal.