DETEKSI MUTASI HbCs HbCS (TAAstopCAAglutamin) & TITIK Cd

59 (GGCglisinGACaspartat) GEN GLOBIN 2 PADA INDIVIDU

DUGAAN PEMBAWA THALASSEMIA DENGAN METODE
POLIMERASE CHAIN REACTION-RESTRICTION FRAGMENT
LENGTH POLIMORPHISME (PCR-RFLP)

Usulan Penelitian untuk Tesis S-2

Program Studi Biologi

Diajukan oleh
Ahmad Saddam Husein
14/372569/PBI/1278
Kepada
PROGRAM STUDI BIOLOGI
PROGRAM PASCASARJANA FAKULTAS BIOLOGI
UNIVERSITAS GADJAH MADA
JAKARTA
2016
BAB I
PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Thalassemia merupakan kelainan genetik yang diakibatkan oleh adanya
kekurangan rantai globin atau gangguan kerusakan sintesis rantai globin yang
merupakan pembentuk hemoglobin (Beumaputra at el., 2008 & Ghodekar et al.,
2010). Thalassemia dapat digolongkan menjadi dua kelompok berdasarkan letak
mutasinya pada gen, yaitu thalassemia dan thalasseimia . T thalassemia
disebabkan adanya mutasi pada gen HBA yang berada pada kromosom 16,
sedangkan thalassemia disebabkan adanya mutasi pada gen HBB yang berada
pada kromosom 11 (Galanello & Origa, 2010). Berdasarkan data World Health
Organisation (WHO), 7% dari total penduduk dunia pembawa sifat thalassemia
dan 300 ribu kelahiran baru thalassemia per tahun terjadi. Pravalensi meningkat
bila

tidak

mendapatkan

perhatian

dan

dilakukan

upaya

pencegahan.

Meningkatnya jumlah penyandang thalassemia di dunia khususnya di Indonesia

dikarenakan oleh pemahaman kesadaran masyarakat terhadap thalassemia masih
rendah. , apalagi biaya pengobatan yang masih tinggi. Berdasarakan data secara
global terhitung sekitar 30 ribu dollar per anak per tahun yang dibutuhkan untuk
pengobatan thalassemia, sedangkan di Indonesia sekitar 200 sampai 300 juta
rupiah per anak per tahun (Anonim, 2012).

Alfa thalassemia yang umum terjadi di Asia Tenggara adalah thalassemia/ thalassemia tipe 1 (delesi yang melibatkan dua gen -globin) dan
+ thalassemia/ thalassemia tipe 2 (delesi yang melibatkan satu gen -globin).
Delesi yang melibatkan dua gen -globin yang paling umum adalah disebut juga
sebagai mutasitipe South East deletion (SEA deletion) dan delesi satu gen globin yang paling umum adalah tipe yaitu 3,7 kb dan 4,2 kb.
dan

4,2kb

3,7kb

thalassemia

thalassemia. Genotipe Kelainan thalassemia baik pada +

thalassemia maupun thalassemia dapat berupa homozigot atau heterozigot dan

homozigot (Pagon et al., 2013). Uji indeks sel darah merah dilakukan untuk
mengetahui ada atau tidaknya perubahan pada baik ukuran sel darah merah,
volume dan konsentrasi dari hemoglobin yang ada didalam sel darah merah.,
Analisis sedangkan uji elektroforesis hemoglobin merupakan pemeriksaan
hematologi uji yang digunakan untuk mendeteksi hemoglobin yang abnormal (Hb
variant) (Eleftheriou, 2007).
Kelainan pada sintesis hemoglobin gen globin disebut hemoglobinopati.
Hemoglobinopati secara umum diklasifikasikan menjadi dua, yaitu thalassemia
yang disebabkan oleh penurunan sintesis (kuantitatif) rantai globin, dan varian Hb
akibat perubahan asam amino penyususun polipetida (kualaitatif). Kedua
klasifikasi tersebut ditentukan oleh gen globin yang mengalami mutasi. Apabila
mutasi terjadi pada gen globin- yang disebut thalassemia dan varian Hb .
(Steiberg & Forget BG, 2013).

Mutasi thalassemia yang paling sering ditemukan di klinik genetik

GENNEKA Lembaga Eijkman adalah thalassemia tipe 1 dan thalassemia tipe
2 seperti yang umumnya ditemukan di populasi Asia Tenggara dan Afrika serta
Indian. Pada pasien atau pembawa sifat thalassemia di Indonesia terutama yang
dengan berlatar belakang etnik Jawa cukup sering didapatkan pasien atau
pembawa sifat dengan mutasi non delesi yaitu mutasi titik pada kodon 59 (Cd 59,
GGCGAC) pada gen globin 2 yang mengubah asam amino posisi 59 dari
glisin menjadi asparat. Bahkan bAda pula beberapa pasien dengan kasus hidrops
fetalis ditemukan membawa yang juga disebabkan oleh mutasi titik Cd 59
homozigot (Nainggolan dkk, 2010)Ambarwati DD, 2005). Pasien thalassemia
bergenotip heterosigot ganda dengan mutasi Cd 59 pada salah satu alelnya cukup
banyak dilaporkan (Nainggolan dkk, 2013).Sampai saat ini baru ada 3 kasus
dengan mutasi Cd 59 yang dilaporkan, sedangkan di klinik genetik GENNEKA
sudah ada 20 kasus thalassemia dengan mutasi ini.
Penelitian ini merupakan lanjutan dari penelitian populasi terdahulu dari
sampel darah ETDA peserta screening thalassemia yang dilakukan oleh Lembaga
Biologi Molekuler Eijkman pada Populasi mayarakat Sulawesi Selatan, Sumatera
Utara dan Jawa untuk mendeteksi mutasi penyebab thalassemia . Deteksi mutasi
yang telah dilakukan adalah delesi dua gen globin , yaitu tipe SEA, Fil dan Thai,
sedangkan delesi satu gen globin , yaitu tipe 3,7 dan 4,2 kb. thalassemia tipe 1

dan thalassemia tipe 2, sedangkan penelitian untuk Ddeteksi mutasi non delesi
seperti HbCSs dan mutasi Cd 59 belum dilakukan. Oleh karena itu, pada
penelitian ini akan dilakukan deteksi mutasi lanjutan yaitu mutasi-mutasi non
delesi menggunakan sampel DNA arsip tersebut di atas dengan kriteria penelitian
(sampel penelitian) yang diduga yang diduga sebagai pembawa sifat thalassemia
tetapi belum ditemukan mutasi penyebab thalassemia .berdasarkan hasil uji
hematologi akan di teliti lebih lanjut, peneliti ingin mengetahui adanya mutasi dan
jenis mutasi thalassemia pada individu yang diduga thalassemia . Jenis mutasi
thalassemia yang akan ingin dideteksi adalah mutasi HbCSs dan mutasi titik Cd
59 yang merupakan jenis mutasi non delesi yang sering ditemukan pada pasien
thalassemia populasi di Indonesia.
Berdasarkan kejadian diatas, maka penting untuk dilakukan deteksi
mutasi HbCs dan mutasi titik Cd 59 pada gen globin 2 dengan gambaran
hematologis pembawa sifat thalassemia . Penyakit thalassemia merupakan
masalah yang sangat penting di Indonesia dan iInformasi mengenai penyakit
thalassemia dengan mutasi HbCSs dan mutasi titik Cd 59 masih sangat terbatas
dilaporkan. dan penyakit ini merupakan masalah yang sangat penting khususnya
di Indonesia, oleh karena itu dilakukan penelitian dengan menggunakan sampel
yang diambil dari beberapa populasi yang ada di Indonesia. Tujuan penelitian ini
adalah untuk mengetahui frekuensi mutasi HbCSs dan mutasi titik Cd 59 gen
globin 2 pada populasi Sulawesi Selatan (MR, LBK, UH, TRJ), Sumatera Utara

(KR, TBS) dan Jawa. Metode Untuk analisis molekuler yang akan digunakan
adalah lebih lanjut mengenai letak mutasinya dapat dilakukan dengan metode
Polymerase Chain Reaction Restriction Fragment Length Polymorphisme (PCRRFLP).

1.2 Permasalahan
Dari uraian di atas, dapat dibuat rumusan masalah penelitian sebagai
berikut:
1. Apakah sampel DNA arsip yang diperiksa membawa da mutasi HbCSs dan
Cd 59 yang terjadi pada gen globin 2? thalassemia?
2. Apakah sampel DNA arsip yang diperiksa membawa mutasi dugaan mutasi
HbCs dan Cd 59? terjadi pada gen globin 2 thalassemia?
3. Bagaimana frekuensi masing-masing mutasi HbCSs dan mutasi titik Cd 59
yang ditemukan pada sampel DNA arsip dari populasi yang diperiksa? gen
globin 2 thalassemia?
4. Bagaimana gambaran hematologi sampel DNA arsip dari populasi yang
diperiksa membawa hubungan jenis mutasi HbCSs atau dan Cd 59? yang
terjadi pada gen globin 2 dengan gambaran hematologi subjek thalassemia
?
1.3 Tujuan Penelitian
Tujuan penelitian ini adalah sebagai berikut:
1. Mengetahui adanya mutasi HbCSs dan Cd 59 yang terjadi pada gen globin
2 sampel DNA arsip yang diperiksa. thalassemia.

2. Mendeteksi adanya mutasi HbCs dan Cd 59 yang terjadi pada gen globin 2
sampel DNA arsip yang diperiksa. thalassemia.
3. Mengetahui frekuensi mutasi HbCSs atau dan mutasi titik Cd 59 pada
sampel DNA arsip yang diperiksa. gen globin 2 thalassemia.
4. Memeriksa nghubungkan bagaimana hubungan antara jenis mutasi HbCSs
atau dan Cd 59 yang ditemukan pada sampel DNA arsip terjadi pada gen
globin 2 dengan gambaran hematologinya. subjek thalassemia .

1.4 Manfaat Penelitian

Hasil penelitian ini diharapakan dapat dimanfaatkan untuk:
1. Memberikan informasi tentang penyebaran dan frekuensi mutasi HbCSs dan
Cd 59 gen globin globin mutan di pada tingkat populasi yang diperiksa.
2. Menyediakan database tentang letak mutasi HbCs dan Cd 59 pada gen
globin yang dibutuhkan sebagai dasar klinis dalam penyediaan konseling
genetik premarital dan diagnosis prenatal.
3. Mengetahui frekuensi mutasi HbCs dan mutasi titik Cd 59 gen globin 2
thalassemia pada tingkat populasi.
4. Melengkapi nyediakan informasi data base mengenai spektrum mutasi
thalassemia di Indonesia terutama pada sampel populasi yang diperiksa
sebagai informasi dalam program pencegahan thalassemia di Indonesia.
tentang seberapa besar resiko thalassemia pada tingkat populasi serta
memberikan informasi ilmiah mengenai jenis dan letak mutasi, sehingga dapat
menjadi acuan dasar dalam pengembangan manajemen penyakit thalassemia.

1.5 Kerangka Konsep Penelitian

Sampel pada penelitian ini adalah sampel DNA arsip dari beberapa
populasi di Indonesia yang merupakan proyek penelitian populasi yakni peserta
screening thalassemia yang dilakukan oleh di Lembaga Biologi Eijkman. Adapun
sampel populasi yang diperiksa adalah dari populasi pada Populasi masyarakat

Sulawesi Selatan, Sumatera Utara dan Jawa yang sebelumnya didiagnosis sebagai
pembawa sifat thalassemia diidentifikasi memiliki mutasi gen berdasarkan
pemeriksaan hematologi. globin pada ekson 2 dan 3.

Ruang Lingkup

Gambar 1.1 Gambar 1.1 Ruang lingkup dalam penelitian ini adalah mutasi non delesi pada
thalassemia- yaitu, mutasi titik Cd 59 (GGCGlisinGACAspartat) dan Mutasi HbCs
(TAAStopCAAGlutamin)