Anda di halaman 1dari 35

MAKALAH BIOLOGI MOLEKULER

KLASIFIKASI, STRUKTUR, DAN ANALISIS LIPID

Dibuat Oleh:

Faracitra Akuwalifah K.

1406607861

Felix Oktavianto

1406568652

Inne Puspita Sari

1406608076

Justin Edgar

14065733854

Rickson Mauricio

1406575906

Stella Faustine Loandy

1406564830

DEPARTEMEN TEKNIK KIMIA


FAKULTAS TEKNIK UNIVERSITAS INDONESIA
DEPOK
2015

KATA PENGANTAR
Segala puji dan syukur penulis panjatkan ke hadirat Allah Yang Maha Esa
atas limpahan rahmat dan karunia-Nya sehingga kami dapat menyelesaikan
makalah Biologi Molekuler yang berjudul Klasifikasi, Struktur, dan Analisis
Lipid.
Makalah Biologi Molekuler ini disusun sebagai Ujian Tengah Semester
mata kuliah Biologi Molekuler. Selain itu, penulisan makalah ini bertujuan agar
kami dapat memahami lebih lanjut mengeai lipid dan perkembangan secara
mendalam.
Penulis menerima banyak bantuan dalam menyusun makalah ini. Maka dari
itu, kami mengucapkan terima kasih kepada:
1. Ir. Rita Arbianti M.Si., selaku dosen mata kuliah Biologi Molekuler yang telah
berkenan memberikan pengarahan dan bimbingan kepada kami selama
mempelajari mata kuliah ini.
2. Semua pihak yang telah membantu, baik secara langsung maupun tidak
langsung yang tidak dapat kami sebutkan satu per satu.
Kami berharap makalah ini dapat bermanfaat bagi seluruh rekan
mahasiswa serta seluruh kalangan masyarakat. Namun, kami menyadari bahwa
makalah ini masih memiliki banyak kekurangan baik dari segi ilmiah maupun
penyajiannya. Oleh karena itu, kami sangat mengharapkan kritik dan saran yang
membangun dari pembaca bagi perbaikan makalah di masa yang akan datang.

Depok, 7 April 2016

Penulis

DAFTAR ISI
Kata Pengantar .................................................................................................... 2
Daftar Isi.............................................................................................................. 3
BAB I: Pendahuluan ........................................................................................... 4
BAB II: Isi ........................................................................................................... 6
Klasifikasi Lipid ........................................................................................... 8
Tata Nama Penamaan Lipid ...................................................................... 13
Analisis Lipid Menggunakan LC-MS ........................................................ 17
Daftar Pustaka ................................................................................................... 31
Lampiran ........................................................................................................... 32

BAB I
Pendahuluan
Lipid adalah grup yang sangat lusas dan dapat tersebar secara meluas.
Lipid memiliki banyak peranan penting dalam bidang biologi, seperti sebagai
komponen penyusun membran sel, sumber cadangan energi, dan membantu dalam
menghantarkan signal. Analisis molekul lipid secara mendalam dalam bidang
biologi, atau biasa disebut lipidomics, dalam konteks genomik (cabang ilmu dari
genetik) dan proteomik (bidang mengenai protein) sangat penting untuk
memahami fisiologi dan patologi sel. Karena kepentingany tersebut, biologi lipid
telah menjadi salah satu target penelitian dari revolusi post-genomic dan biologi
sistem.
Kata lipidome digunakan untuk menggambarkan profil lengkap lipid
dalam sel, jaringan, atau organisme. Lipidome juga merupakan subset dari
metabolome yang juga mengandung tiga kelas besar lain dalam molekul biologi,
yaitu asam amino, gula, dan asam nukleat. Lipidomics adalah sebuah bidang
penelitian yang cukup baru yang dimungkinkan oleh perkembangan teknologi
analisis, terutama spektroskopi massa (MS), dan metode komputasi, yang
dipasangkan dengan pendeteksian fungsi lipid dalam berbagai penyakit
metabolisme seperti obesitass, atherosclerosis, stroke, hipertensi, dan diabetes.
Perkembangan yang sangat cepat dan meluas ini sangat membantu perkembangan
dalam bidang genomics dan proteomics, yang merupakan bagian dari biologi
sistem.
Keberagaman dalam fungsi lipid berasal dari banyaknya variasi struktur
molekul lipid. Tidak seperti gen dan protein yang dasarnya tersusun dari
kombinasi linier empat asam nukleat dan dua puluh asam amino, struktur lipid
umumnya jauh lebih kompleks karena banyaknya transformasi biokimia yang
berbeda yang terjadi pada saat biosintesis. Keberagaman lipid menjadikannya
sangat perlu dilakukan klasifikasi, penamaan, dan sistem representasi kimia untuk
mengakomodasi jumlah lipid yang sangat banyak di alam.

Sebuah sistem klasifikasi modern membantu membuka jalan untuk


membuat

infrastruktur

bioinformasi

yang

komprehensif.

Sistem

ini

mengikutsertakan database lipid dan lipid yang berasosiasi dengan gen, bantuan
untuk merepresentasikan struktur lipid, penghubung untuk menganalisis data
eksperimen lipodimik dan metode yang diperlukan untuk mempelajari lipid pada
tingkat biologi sistem.
Selain itu, seiring dengan perkembangan teknologi, instrumen untuk
mendeteksi zat kimia juga semakin canggih. Salah satu instrumen pendeteksi zat
kimia yang paling mutakhir pada saat ini adalah spektrometri massa (MS).
Sekarang ini sudah ada database online yang berisi detail dari berbagai zat-zat
lipid (seperti LIPID MAPS). Dalam instrumen MS tentunya sudah ada databasedatabase mengenai berbagai zat kimia (termasuk lipid) yang pada saat ini masih
terus ditambah dan dikembangkan. Namun, tidak ada alat yang sempurna di dunia
ini. Instrumen MS ini pun masih memiliki kekurangan dalam mendeteksi, seperti
tidak bisa membedakan gugus kimia yang menyebabkan terjadi kerancuan dalam
mendeteksi suatu zat (untuk suatu zat ada kemungkinan 2-3 struktur). Input
sampel yang terdiri dari beberapa zat juga tidak bisa dideteksi secara langsung
dengan MS.
Penggabungan antara kromatografi dan spektrometri massa dapat
mengatasi masalah input banyak zat. Namun tetap saja database yang ada kurang
menjamin probabilitas suatu zat yang dideteksi. Oleh karena itu, kami
mengajukan deteksi lipid menggunakan LC-MS dan database berbagai zat dari LC
dan MS akan digabungkan dengan tujuan menyempitkan kandidat dari struktur
suatu molekul.
Pada makalah ini, akan dibahas mengenai struktur, klasifasi, penamaan
lipid, serta deteksi lipid menggunakann Mass Spectroscopy yang digabungkan
dengan Liquid Chromatography. Hal ini sejalan dengan tujuan konsorsium Lipid
Metabolites and Pathways Strategy (LIPID MAPS) untuk menujukan informasi
dan memainkan peran dalam membangun lipodimik sebagai ranah yang penting
dalam biologi.

BAB II
Isi
Klasifikasi Lipid dan Penamaannya
Lipid secara garis besar dapat didefinisikan sebagai sebuah grup senyawa
organik yang tidak dapat larut dalam air, tetapi larut dalam pelarut organik. Sifat
kimia ini dimiliki oleh sebagian besar jenis lipid seperti asam lemak, fosfolipid,
sterol, sphingolipids, terpenes, dan lainnya. Karena lipid terdiri dari molekulmolekul yang sangat beragam baik dari segi struktur maupun fungsi, maka tidak
mengherankan apabila terdapat perbedaan yang cukup signifikan pada jangkuan
dan pengaturan dari skema klasifikasi yang ada sekarang.
Beberapa sumber seperti The Lipid Library dan Cyberlipds memisahkan
lipid menjadi dua kelompok, yaitu lipid sederhana dan lipid kompleks. Lipid
sederhana adalah lipid yang ketika dihidrolisis akan menghasilkan paling banyak
dua jenis lipid berbeda. Contohnya acylglycerols: asam lemak dan gliserol. Lipid
kompleks, adalah lipid yang akan menghasilkan lebih tiga atau lebih jenis lipid
yang berbeda saat dihirolisis. Contohnya glycerophospholipids: asam lemak,
gliserol, dan gugus kepala.
Berbeda dari kedua sumber di atas, Lipid Bank, sebuah database yang
berada di Jepang menambahkan sebuah kelompok baru yang dinamakan lipid
turunan seperti alkohol dan asam lemak yang diperoleh dengan menghidrolisis
lipid sederhana. Lipid Bank juga mengikut sertakan 26 kategori teratas dari skema
klasifikasi mereka yang mencakup variasi yang luas pada sumber hewan tanaman.
Pada tahun 2005, International Lipid Classification and Nomenclature
Committee dengan insiatif dari konsorsium LIPID MAPS mengembangkan dan
membuat sebuah sistem klasifikasi lipid yang berdasarkan pada prinsip kimia dan
biokimia yang jelas dan menggunakan kerangka kerja yang dapat dikembangkan,
fleksibel, dan dapat disesuaikan dengan teknologi informasi modern.

Klasifikasi Lipid
Sistem klasifikasi LIPID MAPS didasari oleh konsep dari 2 fundamental
struktur building blocks atau blok-pembangunan yaitu golongan ketoasil dan
golongan isoprena (Gambar 1.).

Gambar 1. Building block lipid. Sistem klasifikasi LIPID MAPS didasari oleh
konsep dari 2 fundamental biosintetis building blocks: golongan ketoasil dan
golongan isoprene
Lipid dapat digolongkan sebagai hidrofobik atau molekul kecil amfipatik
yang berasal dari kondensasi yang berbasis unit ketoasil thioesters dan/atau
kondensasi yang berbasis karbanion unit isoprene (Gambar 2). Karbanion adalah
sejenis anion dari karbon yang memiliki satu pasangan elektron menyendiri.

Gambar 2. Mekanisme dari biosintesis lipid. Biosintesis dari lipid yang


mengandung ketoasil and isoprene yang diproses dengan karbonion dan
pemanjangan rantai karbokasi berturut-turut.
Berdasarkan sistem klasifikasi tersebut, lipid terbagi menjadi delapan
kategori yaitu asam lemak, gliserolipid, gliserolfosfolipid, sphingolipids,
sakarolipid, dan poliketida (berasal dari kondensasi subunit ketoasil), lipid strenol
dan lipid prenol (berasal dari kondensasi subunit isoprene) (Gambar 3).

Gambar 3. Contoh dari kategori lipid. Contoh stuktur dari masing-masing 8


kategori dari LIPID MAPS
Masing-masing kategori dibagi lagi menjadi kelas, subkelas, bahkan
beberapa subkelas lipid prenol dibagi lagi menjadi kelas ke-4. Berdasarkan
8

susunan klasifikasi ini, masing-masing jenis lipid memiliki 12-atau-14 karakter


pengidentifikasi (LIPID MAPS ID atau LM ID. LM ID berisi tentang informasi
klasifikasi yang menyediakan data sistematik untuk mengidentifikasi susunan
unik dari tiap molekul lipid dan dapat ditambahkan dengan data kategori, kelas,
dan subkelas baru dalam jumlah yang besar di masa mendatang. Keempat karakter
terakhir dari LM ID terdiri dari pengidentifikasi unik yang terdapat dalam
subkelas tertentu dan pengidentifikasi unit yang ditetapkan secara acak (Tabel 1).

Asam lemak (FA) terbagi ke dalam beberapa golongan molekul yang


tersintesis oleh rantai panjang asetil-KoA primer dengan golongan malonil-KoA
(atau metilmalonil-KoA) yang mengandung gugus fungsi berupa siklik dan/atau
heteroatom. Asam lemak merupakan penyusun utama minyak nabati atau lemak
dan merupakan bahan baku untuk semua lipid yang ada pada makhluk hidup.
Umumnya, asam lemak dapat berbentuk bebas (sebagai lemak yang terhidrolisis)
maupun terikat sebagai gliserida. Rumus kimia asam lemak adalah R-COOH atau
R-CO2H. Asam lemak dapat dibedakan menjadi asam lemak jenuh dan asam
lemak tak jenuh. Asam lemak jenuh hanya memiliki ikatan tunggal di antara
atom-atom karbon penyusunnya, sementara asam lemak tak jenuh memiliki paling
sedikit satu ikatan ganda di antara atom-atom karbon penyusunnya. Asam lemak
jenuh bersifat lebih stabil (tidak mudah bereaksi) daripada asam lemak tak jenuh.
Ikatan ganda pada asam lemak tak jenuh mudah bereaksi dengan oksigen.
Berdasarkan kerberadaan ikatan ganda, asam lemak dibagi menjadi dua jenis yaitu
cis dan trans. Asam lemak yang memiliki ikatan cis dilambangkan dengan Z
9

sementara asam lemak yang memiliki ikatan trans dilambangkan dengan E.


Penamaan sistematik dan simbol suatu asam lemak diciptakan untuk
menunjukkan banyaknya atom C yang menyusunnya. Angka di depan nama
menunjukkan posisi ikatan ganda setelah atom pada posisi tersebut. Contoh : asam
9-dekanoat yang merupakan asam dengan 10 atom C dan satu ikatan ganda
setelah atom C ke-9 dari pangkal (gugus karboksil). Untuk penamaan yang lebih
lengkap, ditambahkan tanda delta () di depan bilangan posisi ikatan ganda.
Contoh: asam 9-dekanoat. Simbol C diikuti angka menunjukkan banyaknya
atom C yang menyusunnya. Angka di belakang titik dua menunjukkan banyaknya
ikatan ganda di antara rantai C-nya. Contohnya adalah C18:1, berarti asam lemak
berantai C sebanyak 18 dengan satu ikatan ganda. Lambang omega ()
menunjukkan posisi ikatan ganda dihitung dari ujung atom C gugus metil.
Kategori fatty acid (asam lemak) tidak hanya mengandung asam lemak namun
juga beberapa jenis gugus fungsi lain seperti alkohol, aldehid, amina, dan ester.
Struktur yang mengandung golongan gliserol umumnya ditunjukkan
dengan adanya dua kategori yang berbeda yaitu gliserolipids (GL), yang tidak
hanya terdiri dari triasilgliserols namun juga meliputi jenis alkil dan 1Z-alkenil,
dan gliserofosfolipids (GP), yang dapat ditentukan dengan adanya jenis fosfat
(atau phosphonate) yang teresterifikasi dengan salah satu gugus fungsi gliserol
hidroksil. Komponen utama gliserolipid adalah gliserida. Triasilgliserida adalah
komponen utama dari lemak penyimpan pada sel tumbuhan dan hewan, yang
umumnya dijumpai dalam membrannya. Triasilgliserida adalah molekul
hidrofobik non-polar yang tidak larut dalam air namun mudah larut dalam pelarut
non polar seperti kloroform, benzena, atau eter, yang sering digunakan untuk
ekstraksi lemak dari jaringan. Triasilgliserida akan terhidrolisis jika dididihkan
dengan asam atau basa. Fungsi utama gliserida adalah sebagai lemak penyimpan.
Subkelas tambahan gliserolipid diwakili oleh glikosilgliserol yang dicirikan oleh
adanya satu atau lebih residu gula yang melekat pada gliserol melalui rantai
glikosidik. Contoh struktur dalam kategori ini adalah digalactosyldiacylglycerols
yang dapat ditemukan di membrane tanaman. Gliserofosfolipid atau yang lebih
yang dikenal juga dengan fosfolipid merupakan lapisan ganda lipid pada sel.
Gliserofosfolipid juga terlibat dalam metabolime. Gliserofofolipid dapat berada

10

dalam keadaan bebas dan berbentuk lipid membran. Lipid membran yang paling
banyak adalah fosfolipid. Fosfolipid merupakan lipid yang berikatan dengan
fosfat anroganik. Fungsi utama fosfolipid adalah sebagai membrane struktural.
Beberapa lipid yang berikatan dengan protein spesifik membentuk lipoprotein
sedangkan yang berikatan dengan karbohidrat disebut glikolipid. Contoh
fosfolipid yang terdapat di membran biologis adalah fosfatidilkolin atau yang
dikenal sebagai PC, GPCho, atau letisin, phosphatidylethanolamine (PE atau
GPEtn) dan phosphatidylserine (PS atau GPSer).
Sterol lipids (ST) dan prenol lipids (PR) memiliki kesamaan secara
biosintesis yaitu dengan cara polimerisasi dimetilalil pirofosfat atau isopentil
pirofosfat namun terdapat perbedaan diantara keduanya yaitu struktur dan fungsi
akhirnya. Keberadaan struktur cincin gabungan yang unik pada sterol
membedakannya dari kelas triterpena siklik yang lain seperti protostanes dan
fusidanes. Protostanes dan fusidanes sekilas terlihat mirip dengan sterol namun
sebenarnya keduanya memiliki pola stereochemistry dan metylation cicin
tergabung sebagai akibat dari lipatan cadangan biositesis. Sterol lipid biasa
disebut steroid. Steroid yang paling banyak adalah sterol yang merupakan steroid
alkohol. Kolesterol adalah sterol utama pada jaringan hewan. Molekul kolesterol
memiliki gugus polar pada bagian kepalanya, yaitu gugus hidroksil pada posisi 3.
Bagian molekul yang lain merupakan struktur non-polar yang relatif kaku. Sterol
lemak, seperti kolesterol dan turunannya adalah komponen penting dari
membrane lipid, termasuk glycerophospholipids dan sphingomeylins. Contoh lain
dari sterol adalah pitosterol, seperti

, stigmasterol, dan

brassicasterol. Sterol dominan dalam membrane sel jamur adalah ergosterol. Lipid
prenol disintesis dari prekusor 5-karbon difosfat dan dimethilalil isopentenil yang
dihasilkan melalui jalur asam mevalonic (MVA).
Kategori selanjutnya adalah sphingolipids (SP) yang memiiki basa
nitrogen rantai-panjang sebagai stuktur dasarnya. Spingolipids adalah keluarga
senyawa kompleks yang memiliki structural umum yang sama yaitu dasar tulang
punggung sphingoid yang disintesis dari asam amino serin dan lemak rantai
panjang asil KoA, kemudian diubah menjadi ceramides, phosphosphingolipids,

11

glycosphingolipids, dan senyawa lainnya. Asalm lemak jenuh umumnya memiliki


panjang rantai 16-26 karbon phosphosphingolipids utama atom. Kategori
sakarolipid (SL) diperuntukkan untuk lipid yang asam lemaknya berikatan secara
langsung dengan rantai punggung gula dan membentuk struktur yang kompatibel
dengan memberan. Kategori SL berbeda dari istilah glikolipid yang ditetapkan
oleh International Union of Pure and Applied Chemists (IUPAC) sebagai lipid
yang molekul asam lemaknya berada di rantai glikosidik. Perlu diperhatikan
bahwa turunan glikosilasi dari 7 kategori lipid diklasifikasikan sebagai anggota
(kelas/subkelas) dari kategori tersebut dan memiliki pengaruh besar untuk jenisjenis struktur lipid secara umum. Kategori yang terakhir yaitu poliketida (PK)
yang merupakan macam golongan dari sumber metabolit hewan, tumbuhan, dan
sumber mikroba, jamur, dan kelautan yang memiliki keragaman struktur yang
besar. Banyak poliketida molekil siklik yang termodifikasi oleh glikosilasi,
metilasi, hidroksilasi, oksidasi. Poliketida atau turunan poliketida seperti
erythromycins, tetrasiklin, avermectins, dan epothilones antitumor sering
diaplikasikan dalam pembuatan agen anti-mikroba, anti-parasit, dan anti-kanker.
Sistem klasifikasi diatas telah dijadikan dasar untuk LIPID MAPS
Structure Database (LMSD), yang akan didiskusikan lebih lanjut disubbab
berikutnya. Cara yang paling mudah untuk melihat susunan klasifikasi melalui
LIPID MAPS Nature Lipidomic Gateway dimana kita dapat melihat contoh dari
kategori, kelas, dan subkelas yang dapat dilihat LMSD.
Tata Nama Penamaan Lipid
Nomenklatur atau cara penamaan lipid dibedakan menjadi dua kategori
utama, yaitu secara sistematis dan secara umum atau trivial. Cara penamaan lipid
secara trivial merupakan cara yang mudah untuk menjelaskan posisi rantai alkil di
gliserofosfolipid, sphingolipid, dan gliserolipid. Ketentuan umum yang digunakan
untuk sistem penamaan lipid pertama kali dibuat oleh Komisi Nomenklatur
Biokimia dalam Organisasi International Union of Pure and Applied Chemists dan
International Union of Biochemistry and Molecular Biology (IUPAC-IUBMB)
pada tahun 1976. Keputusan yang dibuat dirangkum dan dipublikasikan pada situs
resmi IUPAC

12

Selain berdasarkan IUPAC-IUBMB, ketentuan penamaan lipid juga dapat


berdasarkan sistem Lipid Maps Structure Database (LMSD). LMSD merupakan
sebuah database publik yang memuat berbagai macam strukur lipid serta sistem
penamaannya, setiap struktur lipid telah diberi ID Lipid Maps (LM_ID) yang
menggambarkan posisinya dalam hirarki klasifikasi. Pada dasarnya sistem
penamaan LMSD menggunakan prinsip dasar yang sama dengan sistem penamaan
IUPAC-IUBMB dan hanya terdapat sedikit perbedaan. Perbedaan yang paling
utama adalah klarifikasi penggunaan inti struktur untuk menyederhanakan
sistematis penamaan pada beberapa jenis lipid yang lebih kompleks dan sistematis
penamaan untuk kelas lipid yang baru ditemukan.
Prinsip dasar penamaan lipid yang kami gunakan adalah sebagai berikut :
1.

Penggunaan metode penomoran stereospesifik (sn) untuk menggambarkan


gliserolipid dan gliserofosfolipid. Kelompok gliserol biasanya terakilasi
pada posisi SN 1 dan SN 2 dengan pengecualian pada beberapa lipid
tertenyu yang mengandung lebih dari satu kelompok gliserol dan lipid
archaebacteria dimana terjadi modifikasi SN 2 dan/atau SN 3. Lipid
archaebacteria adalah kelompok bakteri yang dinding selnya tidak
mengandung peptidoglikan, namun membran plasmanya mengandung lipid.
Lipid archaebacteria dibagi menjadi tiga kelompok, yaitu bakteri
metanogen, bakteri halofil, dan bakteri termoasidofil.

2.

Pendefinisian sphingolipid atau sphingolipid (C18H39NO2) dan sphing-4enine (C18H37NO2) sebagai struktur inti pada kategori sphingolipid, dimana
D-erythro atau 2S, konfigurasi 3R dan geometri 4E (dalam sphing-4-enine)
tersirat. Pada molekul yang mengandung stereokimia selain 2S, konfigurasi
3R, sistem penamaan secara lengkap akan digunakan, contohnya 2R-amino1,3R-octadecanediol.

Gambar 4. Struktur Sphingolipid

13

Sumber: pubchem.ncbi.nlm.nih.gov

Gambar 5. Struktur Sphing-4-enine


Sumber: pubchem.ncbi.nlm.nih.gov

3.

Penggunaan nama inti seperti kolestan (C27H48), androstan (C19H32), dan


estran (C18H30) untuk kelompok sterol.

Gambar 7. Struktur - Androstan


Gambar 6. Struktur Kolestan

Sumber: pubchem.ncbi.nlm.nih.gov

Sumber: pubchem.ncbi.nlm.nih.gov

4.

Gambar 8. Struktur - Androstan

Gambar 9. Struktur Estran

Sumber: pubchem.ncbi.nlm.nih.gov

Sumber: pubchem.ncbi.nlm.nih.gov

Ketentuan untuk sistem penamaan asam lemak dan ikatan rantai asil (formil,
asetil, propionil, butiril, dan lainnya) dijelaskan dalam lampiran A dan B
Nomenklatur Lipid IUPAC-IUBMB. Lampiran A berisi nama dan simbol
untuk asam lemak yang lebih jenuh, Lampiran B berisi simbol - simbol yang
direkomendasikan untuk berbagai jenis konstituen lipid.

14

5.

Penerapan dari sistem nomenklatur rumus molekul pada glikan yang


merupakan bagian dari lipid, dimana gula residu dilambangkan dengan
singkatan standar IUPAC serta gugus karbon anomer dan stereokimia
termasuk kedalamnya, namun penjelasan atau keterangan didalam tanda
kurung tidak diperbolehkan. Sistem ini juga telah diusulkan oleh
Consortium for Functional Glycomics yang merupakan sebuah lembaga
penelitian internasional yang bekerja dan melayani masyarakat dalam
bidang ilmiah.

6.

Penggunaan istilah E atau Z (sebagai lawan trans atau cis) untuk


mendefinisikan isomer geometri yang memilik ikatan ganda. Sistem E-Z
menggunakan seperangkat aturan untuk menetapkan prioritas gugus-gugus
yang terikat pada atom-atom karbon ikatan rangkap. Dengan menggunakan
aturan ini dapat ditentukan manakah gugus pada setiap atom karbon ikatan
rangkap yang memiliki prioritas lebih tinggi. Jika gugus-gugus yang
memiliki prioritas lebih tinggi terletak pada sisi yang sama terhadap ikatan
rangkap, maka di depan nama tersebut diberi huruf Z (singkatan dari kata
Jerman Zusammen, yang berarti bersama). Jika gugus-gugus yang memiliki
prioritas lebih tinggi terletak pada sisi yang berlawanan terhadap ikatan
rangkap, maka diberi huruf E (singkatan dari kata Entgegen, yang berarti
berlawanan).

Gambar 10. Isomer Zusammen dan Entgegen


Sumber: www.ilmukimia.org

7.

Penggunaan istilah R atau S (sebagai lawan / atau D/L) untuk


menentukan

stererokimia.

Pengecualian

berlaku

untuk

lipid

yang

menggambarkan stereokimia pada gliserol (sn) dan struktur inti sterol, serta

15

pada karbon anomer yang terletak di residu gula. Dalam kasus khusus yang
terakhir adalah / - format yang terbentuk secara pasti.
8.

Istilah "lyso" merupakan istilah umum yang menunujukan kurangnya


kelompok radyl pada gliserolipid fan gliserofosfolipid tidak akan digunakan
dalam sistem penamaan lipid, namun akan dimasukan sebagai sinonim.

9.

Pengajuan sistem penamaan tunggal untuk menggantikan prostagladin,


isoprostana, neuroprostana, dan senyawa terkait lainnya, dimana karbon
yang berada pada cincin siklopentana tertutup teridentifikasi dan sistem
penomoran skema rantai yang konsisten digunakan.

10.

Istilah "d" dan "t" yang digunakan dalam notasi steno untuk sphingolipid
mengacu pada 1,3 - dihidroksi dan basa 1, 3, 4 - trihidroksi rantai panjang.

11.

Singkatan gliserofosfolipid (Tabel 2) digunakan untuk menunjukan spesies


lipid yang memiliki satu atau dua rantai cabang radyl, dimana struktur dari
rantai cabang tersebut ditunjukan didalam tanda kurung setelah nama
singkatan kelas utama gliserofosfolipid, seperti pada contoh dibawah ini :
"Kelas Utama ( sn1 / sn2)"
"PC (16:0 / 18: 1(9Z))"
Karbon C2 pada gliserol memiliki stereokimia R dan mengikat rantai utama
pada posisi sn3. Dengan cara yang sama, singkatan gliserolipid (MG, DG,
TG untuk mono-, di-, dan trigliserida) digunakan untuk menunjukan spesies
yang memiliki satu sampai tiga rantai cabang radyl, dimana struktur dari
rantai cabang tersebut ditunjukan didalam tanda kurung, seperti pada :
"Kelas utama (sn1 / sn 2 / sn 3)"
"TG (16:O/18:1(9Z)/16:0)"

12.

IIkatan alkil eter dilambangkan oleh awalan " O- ", contohnya DG (O16:O/18:1(9Z)/0:0) dan (1Z)- alkenil eter (plasmalogen netral) degan spesies
berawalan "P", seperti DG (P-14:O / 18:1 (9Z)/ O:O). Aturan yang sama
berlaku juga untuk kelas utama pada kategori gliserofosfolipid. Pada saat
kondisi diketahui komposisi total gliserolipid, tetapi regiochemistry dan
stereokimia rantai cabangnya tidak diketahui, maka singkatan seperti TG

16

(52:1) dan DG (34:2) dapat digunakan. Angka - angka dalam tanda kurung
tersebut menunjukan jumlah total karbon dan ikatan ganda dari seluruh
rantai.

Software untuk analisis lipid


Perkembangan

teknologi

terbaru

seperti

teknologi

dan

protokol

spektrometri massa serta perkembangan terkini di bidang infrastruktur informatika


(seperti penyimpanan data/database) sangat mendorong kemajuan ilmu lipidomik
seperti yang kita kenal sekarang ini. Karena sekarang ini kita sudah memasuki era
analisis tingkat tinggi

dalam ilmu lipidomik, kebutuhan akan piranti

lunak/software akan semakin meningkat untuk membantu berbagai hal seperti


identifikasi, kuantisasi, pemrosesan dan penyimpanan data, analisis statistik,
analisis/permodelan jalur biologis, dan sumber informasi yang user-friendly.
Berikut ini akan dijelaskan mengenai beberapa piranti dan sumber informasi yang
belakangan ini dikembangkan oleh LIPID MAPS untuk menjawab kebutuhankebutuhan di atas.
1. Piranti Tampilan Lipidomik Online
Perkembangan teknologi informasi seperti internet dan database dalam
internet telah mendorong kemajuan ilmu biologi secara pesat. Dalam bidang
lipidomik, teknologi seperti internet dan databasenya memudahkan para
peneliti untuk mendapatkan data-data sebuah molekul lipid seperti struktur,
data percobaan, protocol, dan lain-lain menggunakan web browser.
Seperti contoh pada LIPID MAPS, seorang peneliti bisa mencari data-data
yang ia perlukan dengan mengakses database dari LIPID MAPS (LMSD,
LIPID MAPS Structure Database) dimana ia bisa mencari berdasarkan
berbagai macam kategori seperti klasifikasi, pencarian teks, dan struktur. Datadata ini berisi struktur, sifat fisika dan sifat kimia, InChIKey (International
Chemical Identifier) dari IUPAC, dan sebagainya. Perkembangan terbaru
adalah metode Quick Search di mana kita bisa menginput data secara tepat dan
mesin pencari akan mencarikan hal tersebut di database, semacam mesin
pencari Google.

17

Apabila pencarian dilakukan dengan menggunakan kategori klasifikasi,


maka pengguna bisa memilih salah satu klasifikasi lipid di database tersebut
dan mencari data-data mengenai molekul lipid yang ia inginkan.
Apabila pencarian dilakukan dengan menggunakan teks, maka kita tinggal
memasukkan teks yang terkait dengan molekul yang kita cari. Pencarian
dengan metode ini sangat praktis karena teks yang bisa diinput sangat beragam,
bisa berupa sebagian nama molekul, massa molekul relatif, rumus molekul,
klasifikasi, hingga LM ID (jika diketahui). Secara khusus, LIPID MAPS sudah
mengembangkan piranti lunak yang bisa menghitung banyaknya gugus
fungsional, rantai cincin, dan informasi lain mengenai struktur yang kemudian
diintegrasikan dalam database yang ada. Hal ini sangat membantu pengguna
karena sang pengguna bisa menginput jumlah gugus fungsional dari molekul
yang diinginkan, mengingat dalam metode pencarian ini pengguna bisa
menginput beberapa hal sekaligus, contohnya kita bisa saja melakukan input
nama, klasifikasi, gugus cincin, dan sebagainya secara sekaligus.
Untuk melakukan pencarian menggunakan struktur, saat ini sudah ada 3
piranti lunak yang dapat digunakan untuk menginput struktur dari molekul
lipid yang diinginkan, yaitu MarvinSketch, JME, dan ChemDrawPro. Untuk 2
piranti lunak pertama, sistemnya menggunakan Java sehingga pengguna hanya
memerlukan Java support dalam web browser pengguna.

18

Gambar 11. Beberapa cara dalam pencarian data dalam database LIPID MAPS
(Sumber :Fahy, E., et al., 2011.)

2. Piranti Penggambaran Struktur


Konsorsium LIPID MAPS telah mengembangkan sebuah piranti lunak
yang

dapat

mempercepat

penggambaran

struktur

molekul,

karena

penggambaran struktur molekul ini sangat memakan waktu terutama dalam


pembuatan database. Piranti lunak yang dikembangkan ini memiliki pilihan
dalam penggambaran molekul dan memudahkannya untuk dihubungkan pada
database molekul yang ada (LMSD), yang sampai sekarang ini berisi sekitar
22.500 jenis molekul.
Piranti lunak yang dikembangkan dengan bahasa pemrograman Perl ini
sangatlah konsisten dibandingkan pendahulunya karena pada sebelumnya
molekul yang rumit direpresentasikan oleh banyak custom format yang pada
akhirnya membuat pengguna kebingungan. Selain itu, karena kekonsistenan
layout 2 dimensi pada tiap kelas lipid, maka penggambaran bisa dipercepat

19

dengan template dasar dari struktur inti atau core structure (paradigma
terotomatisasi penggambaran struktur).
Salah satu pendekatan yang diambil adalah struktur utama seperti
gliserolipid dan asam formiat direpresentasikan sebagai berkas-berkas textbased MDL MOL yang kemudian dapat dimanipulasi untuk menghasilkan
berbagai jenis struktur yang berisikan molekul inti dan modifikasi sesuai
seperti tambahan rantai asil. Halaman web dari LIPID MAPS saat ini telah
menyediakan beberapa paket piranti penggambaran struktur untuk klasifikasi
lipid berikut: asam lemak, gliserolipid, gliserofosfolipid, kardiolipin,
sphingolipid, sterol, dan sphingolipid glikan. Struktur-struktur dasar tersebut
memiliki beberapa format, seperti format terglikosilasi. Selain struktur dasar,
kita juga bisa menambah gugus-gugus fungsi (yang daftarnya disediakan) dari
struktur dasar tersebut dari berbagai sisi seperti rantai pada sisi asil sn1 dan sn2
(dan berbagai jenis stereokimia lainnya).

Gambar 12. Penggambaran struktur untuk pencarian dalam database LIPID MAPS
(Sumber :Fahy, E., et al., 2011.)

20

3. Piranti Pencarian pada MS


Deteksi dan kuantisasi dari berbagai jenis molekul lipid mengalami
kemajuan yang sangat pesat dalam beberapa tahun ini karena berkembangnya
teknik-teknik

spektrometri

massa

lanjut,

seperti

Matrix-Assisted

Desorption/Ionisation (MALDI) dan Electron Spray Ionisation (ESI) yang


terhubungkan dengan kromatografi cair (LC). Namun akan menjadi masalah
besar apabila pada suatu sampel memiliki beberapa molekul yang memiliki
mass-to-charge (m/z) yang sama. Untuk mengatasi hal ini, ada 3 pendekatan
yang digunakan, yaitu :
(1) Identifikasi dengan scanning ion produk atau neutral loss ion scanning.
(2) Identifikasi dengan pencarian database spektra MS/MS.
(3) Identifikasi dengan massa akurat atau kombinasi massa dan waktu retensi
dalam eksperimen LC-MS.
Metode-metode di atas memiliki kelebihan dan kekurangan masingmasing karena tidak bisa membedakan sifat-sifat molekuler seperti pusat kiral,
letak gugus fungsional, dan letak ikatan rangkap 2, walaupun analisis MS/MS
dan MSn dapat memberikan informasi mengenai regiokimia.
Untuk pendekatan target lipidomik, penggunaan pengawasan reaksi
banyak (multiple reaction monitoring/MRM) dilakukan untuk mengidentifikasi
ion prekusor/pasangan ion produk dengan sensitifitas yang tinggi. Metode yang
memiliki detail yang lebih tinggi adalah menggunakan fragmen dari spektra
MS/MS dari suatu molekul lipid namun memiliki kekurangan yaitu sangat
bergantung pada alat yang digunakan.
Sebelum

dapat

menggunakan

database

MS

ini

terlebih

dahulu

dilaksanakan analisis MS yang kemudian hasilnya dibandingkan dengan nilainilai yang terdapat di dalam database. Untuk memperoleh hasil yang maksimal,
analisis lipidomic MS ini biasanya digabungkan dengan metode permisahan
secara kromatografi liquid (LC) sehingga dikenal dengan metode LC-MS.
Secara umum terdapat 5 tahapan dalam analisis LC-MS ini, yaitu: (A) ekstraksi
lipid dari sampel biologis, (B) separasi LC, dan (C) ionisasi disertai deteksi ion
dengan mass analyzer (D) data processing, (E) Identifikasi jenis lipid.

21

a. Ekstraksi Sampel
Lipidomik memerlukan metode preparasi sampel yang cepat dan dapat
mengekstrak sejumlah besar analit dengan polaritas yang berbeda dan
kompatibel dengan teknik instrumental. Prosedur ekstraksi yang umum
digunakan adalah metode Folch dan Bligh-Dyer yaitu dengan menggunakan
campuran kloroform/ MeOH (2:1), selain itu dapat juga digunakan MTBE
untuk menggantikan kloroform karena lebih aman dan tidak karsiogenik.
b. Separasi LC
Penggabungan metode LC dengan MS akan mengurangi beberapa limitasi
yang dimiliki jika dilakukan metode MS secara langsung, antara lain deteksi
dari isobar dan isomer suatu senyawa. Selain itu penggunaan LC memberikan
kemungkinan untuk memisahkan atau mengkonsentrasikan senyawa dari kelas
yang berbeda sesuai dengan sifat fisika dan kimianya. Prinsip pemisahan pada
metode LC ini berdasarkan perbedaan polaritas senyawa yang terdapat dalam
analit, berbagai senyawa yang terdapat dalam analit akan terpisah berdasarkan
kecepatan laju zat analit dalam melalui kolom akibat adanya interaksi antara
fase gerak analit dengan fase diam. Semakin mirip polaritas fase gerak dengan
fase diam maka senyawa tersebut akan semakin lama berada di dalam kolom
(waktu retensi semakin lama) dan sebaliknya.
Khusus untuk analisis campuran lipid kompleks, terdapat 3 konfigurasi LC
yang paling penting yaitu: RPLC (Reversed-phase LC), NPLC (Normal-phase
LC), dan HILIC (Hydrophilic interaction chromatography). Mekanisme pada
RPLC dari suatu lipid didasarkan oleh sifat lipofilik dari suatu senyawa yang
dipengaruhi oleh panjang rantai karbon dan jumlah ikatan rangkap. Spesi lipid
yang mengandung rantai asil lebih panjang akan terelusi dari kolom LC lebih
lama jika dibandingkan dengan lipid berantai pendek, dan struktur asil jenuh
akan terelusi lebih lama dibanding lipid tak jenuh. Berbeda dengan RPLC,
NPLC dan HILIC membedakan spesi lipid berdasarkan gugus hidrofilik,
sehingga lipid dipisahkan berdasarkan gugus polar pada bagian kepala yang
merepresentasikannya.
c. Ionisasi dan Deteksi Ion

22

Pemilihan cara ionisasi yang digunakan dalam analisis LC-MS memegang


peranan penting dalam profil lipodomik yang akan diperoleh. Satu metode
ionisasi tidak dapat digunakan untuk semua tipe molekul, sebagai contoh
beberapa lipidt erionisasi secara lebih baik dalam satu tipe ionisasi sementara
lipid lainnya terionisasi secara lebih efisien pada metode ionisasi lainnya.
Efisiensi ionisasi dapat ditingkatkan dengan penambahan zat aditif yang
dilarutkan dalam fase gerak dalam LC. Metode berbasis MS adalah yang
terbaik dalam hal tingkat sensitivitas yang tinggi, dan tingkat akurasi yang
tinggi. Secara khusus, electrospray ionization untuk analisis lipid dan
peningkatan mass analyzer di spektrometer massa, termasuk kombinasi dari
mass analyzer yang berbeda dan pengembangan mass analyzer beresolusi
tinggi, telah meningkatkan kinerja MS dalam menganalisis lipid.
Beberapa teknologi ionisasi pada MS yang digunakan untuk analisis lipid
adalah sebagai berikut :
c.1. Electron Ionization (EI) dan Chemical Ionization (CI)
Electron Ionization (EI) secara luas digunakan dalam spektrometri
massa, terutama untuk analisis gas dan molekul organik yang mudah
menguap, di mana elektron dengan energiyang tinggi berinteraksi dengan
atom berfasa gas atau molekul untuk menghasilkan ion. Seorang ahli
bernama Denkert menggunakan GC-EI MS untuk menganalisis metabolit
jaringan tumor ovarium secara komprehensif, dimana ditunjukkan bahwa
51 metabolit secara signifikan berbeda antara batas tumor dan karsinoma
tumor. EI MS telah digunakan dalam penentuan sterol, kolesterol, dan
asam lemak, sementara turunannya diperlukan untuk senyawa yang mudah
menguap. Sebagai contoh, pada gambar dibawah, proses esterifikasi
dibutuhkan untuk analisis asam lemak oleh GC-EI MS.

23

Sinyal ion molekular dalam analisis EI MS biasanya lemah dikarenakan


adanya tumbukan dengan energi yang tinggi. Oleh karena itu, chemical
ionization (CI) dikembangkan untuk memudahkan identifikasi jenis ion
molekular, di mana ion diproduksi melalui tumbukan analit dengan ion
dari gas pereaksi dengan energi yang lebih rendah. Namun, perlu dicatat
bahwa ada keterbatasan pada metode EI / CI berbais MS untuk analisis
lipid dikarenakan tingkat sensitivitas yang rendah, yang telah menghambat
aplikasi lebih lanjut dalam analisis lipid.

c.2. Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization (MALDI)


MALDI-MS secara luas digunakan dalam analisis senyawa organik
sintetis, peptida dan proteinuntuk penentuan ion-ion molekular. Namun,
identifikasi lipid menggunakan MALDI-MS menjadi terbatas karena sulit
ditemukan matriks yang sesuai. Meskipun berat molekul dari matriks yang
berbeda berada di kisaran sekitar 150-200 g/mol, proses fotoreaksi, seperti
trimerisasi yang terjadi karena iradiasi laser mungkin menghasilkan
banyak puncak matriks pada nilai m/z yang lebih tinggi (100-500 Da),
yang membuat sinyal lipid tidak terbaca dengan jelas pada rentang berat
molekul yang kurang dari 500 Da. Selain itu, ekstrak lipid dari sampel
biologis biasanya merupakan sistem yang kompleks, di mana gangguan
dari molekul yang berbeda menjadikannya lebih sulit untuk dianalisis.
Pemilihan matriks penting untuk keberhasilan analisis MALDI-MS. Di
antara semua matriks, asam 2,5-Dihydroxybenzoic (DHB) paling banyak
digunakan

sebagai

matriks

dalam

studi

lipid.

Selain

itu,
24

trihydroxyacetophenone (THA), p-nitroaniline (PNA), 9-Aminoacridine


hemihydrates (9-AA) juga menunjukkan sensitivitas tinggi dalam analisis
dari beberapa lipid tertentu. Oksida logam juga dipilih sebagai matriks
untuk analisis ekstraksi lipid dari bakteri dan alga, untuk menghindari
gangguan dari matriks organik tradisional. Baru-baru ini, sebuah laporan
menunjukkan bahwa citrate-capped gold nanoparticles (AuNPs) sebagai
matriks secara selektif dapat mendeteksi trigliserida (TAGs), menunjukkan
kelayakan dari pengembangan matriks baru untuk penentuan selektif dari
lipid.
Selain itu, analisis MALDI-MS memiliki kelemahan dalam hal tingkat
reproduktifitas yang membuat MALDI-MS banyak dikritik dalam hal
analisis kuantitatif. Penyebab utamanya berasal dari keheterogenan
campuran kristal matriks analit. Sebuah matriks analit cocrystal dapat
mengurangi variabilitas intensitas sinyal pada lokasi yang berbeda pada
permukaan

target

dan

dapat

meningkatkan

reproduktifitas,

yang

memberikan dasar untuk analisis kuantitatif dengan MALDI-MS. Matriks


analit

cocrystal

digunakan

untuk

analisis

kuantitatif

plasma

lysophosphatidylcholines (LPCs) dengan bantuan polystyrene.


Kemajuan terbaru dalam teknik MALDI-MS untuk analisis lipid telah
membuatnya dapat melakukan analisis langsung dari irisan jaringan
dengan MALDI imaging mass spectrometry (IMS). Yang paling
menguntungkan dari MALDI-IMS adalah adanya peningkatan pada
analisis lipid dengan menghilangkan proses ekstraksi atau separasi, dan
untuk menampilkan informasi in situ. Baru-baru ini seseorang bernama
Setou melakukan metode MALDI-IMS pada gigi dengan penyakit
periodontal dan ditemukan bahwa ada akumulasi dan infiltrasi dari LPC
(lyso-phosphatidylcholine) ke permukaan akar yang berhubungan dengan
penyakit periodontal. High resolution (HR) MALDI-IMS adalah aplikasi
untuk analisis secara komprehensif dan rinci dari molekul terionisasi pada
irisan jaringan. Lebih dari itu, MALDI-IMS bahkan dapat digunakan
dalam penentuan lipid melalui metode single cell yang dikombinasikan

25

dengan bentuk resolusi yang tinggi dan akurasi massa yang tinggi untuk
penentuan sel berbagai senyawa metabolit kecil, seperti adenin, guanin dan
kolesterol, serta kelas lipid yang berbeda, seperti fosfatidilkolin,
sphingomyelin, digliserida dan trigliserida. Representasi skema dari alur
kerja MALDI-IMS ditunjukkan pada gambar dibawah ini

Gambar 13. Alur kerja MALDI-IMS


(sumber: Li, Lin. 2014)

Perlu diketahui bahwa analisis lipid dengan MALDI-MS masih terdapat


banyak hambatan.Sebagai contoh, hanya lipid yang berulang kali diekstrak
atau hanya bagian jaringan tertentu yang dapat dianalisis oleh MALDIMS. Sangat penting untuk mengembangkan matriks baru untuk penentuan
lipid dengan kandungan yang rendah. Sebagai tambahan, pelabelan dengan
zat yang memiliki isotop yang stabil adalah teknik yang memungkinkan
untuk melakukan analisis kuantitatif suatu molekul tertentu dalam sistem
yang rumit oleh MALDI-MS, tetapi tidak dimungkinkan untuk mensintesis
semua senyawa yang diberi label itu. Kemampuan kuantifikasi oleh
MALDI-MS masih perlu ditingkatkan.

26

c.3.Electrospray Ionization (ESI), Atmosphere Pressure Chemical Ionization


(APCI), Atmosphere Pressure Photoionization (APPI) dan Desorption
Electrospray Ionization (DESI)
ESI adalah metode ionisasi besar di MS untuk analisis lipid dari cairan
tubuh, sel, bakteri, virus dan jaringan. Shotgun lipidomics pertama kali
diusulkan oleh Han dan Gross pada tahun 2003, di mana ESI-MS
digunakan untuk analisis langsung lipid tanpa proses pemisahan
sebelumnya dengan LC. Dengan mengatur nilai pH, seperti pH netral
dalam mode deteksi ion negatif, atau menambahkan beberapa reagen
ionisasi spesifik dalam larutan, seperti LiOH dalam mode deteksi ion
positif, lipid dapat secara selektif terdeteksi. Penelitian lebih lanjut
menemukan bahwa teknologi ini menyebabkan sphingomyelin pada pasien
penderita Alzheimer menurun, sementara ceramide (sejenis asam lemak)
meningkat pada otak pasien tersebut. Namun, fenomena penekanan ion
antara lipid yang berbeda dapat menyebabkan kesalahan sistemik ketika
mendeteksi ekstrak lipid yang kompleks dengan analisis langsung ESIMS. Biasanya, untuk mengatasi masalah ini, dibutuhkan pemisahan
dengan kromatografi cair (LC). Pemisahan dengan metode HPLC sebelum
deteksi ESI-MS dilakukan untuk memperoleh pengukuran yang akurat.
Adanya LC meminimalkan efek dari penekanan ion. Selain itu, waktu
retensi di dalam kolom LC juga bisa digunakan sebagai parameter lain
untuk identifikasi senyawa selain sinyal MS. Misalnya, seseorang bernama
Ecker memanfaatkan metode ultra performance liquid chromatography
electrospray ionization yang dipasangkan dengan spektrometri massa
(UPLC-ESI-SRM/MS) untuk menganalisis 7 jenis asam arachidic, dan
meskipun beberapa jenis turunan asam tersebut memiliki berat molekul
yang sama, jenisnya dapat diidentifikasi dengan waktu retensinya pada
kolom. 2D-HPLC yang digabungkan dengan ESI juga dikembangkan
untuk mempelajari gangguan metabolisme pada lipid dalam banyak
penyakit, termasuk obesitas, hipertensi, diabetes, dan kanker hati. Ada

27

suatu kelompok penelitian yang menerapkan on-line comprehensive silverion liquid chromatography (silver-ion LC)dipasangkan dengan reversedphase liquid chromatography (RPLC) untuk menganalisis minyak kacang
yang dapat dimakan dan juga menganalisis ekstrak hati tikus. Sebagai
hasilnya, 28 jenis trigliserida dari minyak kacang tanah dan 44 jenis
trigliserida dari hati tikus berhasil diidentifikasi.
Baru-baru ini, metode atmosphere pressure chemical ionization
(APCI), atmosphere pressure photoionization (APPI) dan desorption
electrospray ionization (DESI) juga dikembangkan untuk analisis lipid.
Dalam APCI, pelarut bertindak sebagai reagen gas ionisasi kimia (CI)
untuk mengionisasi sampel. Dalam APPI, lampu Krypton menghasilkan
cahaya ultraviolet terionisasi pada fase gas. Dibandingkan dengan ESI,
yang hanya menggunakan medan listrik untuk menghasilkan ion analit,
APCI dan APPI bisa menyediakan mekanisme tambahan untuk
mengionisasi analit. Untuk lipid yang bersifat nonpolar, APCI dan APPI
lebih cocok digunakan untuk mengnalisis lipid tersebut. Selain itu APCI
dan APPI tidak rentan terhadap efek penekanan ionisasi dan efek garam
penyangga

dibandingkan dengan ESI. Pada tahun 2013, seseorang

bernama Tian, membandingkan tiga teknologi ionisasi ini untuk analisis


metabolome

plasmadan

didapatkan

bahwa

masing-masing

dari

teknologiyang digunakan memiliki keuntungan masing-masing dibanding


dengan 2 teknologi lain untuk beberapa jenis metabolit di dalam plasma.
ESI

sangat

sensitif

untuk

mendeteksi

glycerophosphocholines,

glycerophosphoethanolamines, asil carnitines, asam empedu, sulfat, dna


lainnya. APCI cocok untuk menganalisis siklus alkohol, asam lemak dan
asam

linoleat.

APPI

terbukti

tepat

dalam

mendeteksi

steroid,

sphingolipids, beberapa asam amino, nukleosida dan purin dalam plasma.


DESI pertama kali diperkenalkan oleh Cooks pada tahun 2005, yang
merupakan teknik ionisasi di mana pelarut yang digunakan untuk
mengekstraksi molekul yang dilanjutkan oleh ionisasi electrospray. DESI
menawarkan keuntungan yang lebih besar karena dapat dilakukan dengan

28

persiapan sampel yang minimal sehingga cocok untuk analisis jaringan


secara langsung. Seseorang bernama Hanna menggunakan DESI untuk
analisis profil metabolik dalam kelenjar getah bening dan menemukan
bahwa unsur metabolik dari kelenjar getah bening kanker mirip dengan
jaringan tumor.
ESI yang dipasangkan dengan MS juga digunakan untuk mencari posisi
ikatan rangkap pada lipid. Baru-baru ini, metode berbasis olefin crossmetathesis dan

charge-remotefragmentation juga diusulkan untuk

penentuan posisi ikatan rangkap. Namun, masih tetap diperlukan metode


yang sederhana dan dapat diandalkan untuk mengidentifikasi posisi ikatan
rangkap dengan tingkat akurasi yang tinggi dan kapasitas untuk lipid yang
kompleks dengan banyak ikatan rangkap.
Meskipun semua metode berbasis MS dikembangkan dengan sangat
baik hingga kini, masih menjadi tantangan besar untuk mengidentifikasi
semua jenis lipid yang ada. Beberapa lipid dengan kelompok multi-fosfat,
seperti phosphoinositide, harus diturunkan terlebih dahulu untuk
meningkatkan sensitivitas terhadap deteksi. Beberapa stuktur lipid, seperti
saccharolipids, sangatlah rumit, yang merupakan hal yang sulit untuk
menganalisisnya. Perbedaan isomer dari lipid, seperti cardiolipids, selalu
menjadi tantangan untuk setiap metode MS. Selain itu, reproduktifitas
perlu ditingkatkan lagi untuk analisis lipid kuantitatif.
d. Data Processing
Setelah diperoleh data, langkah selanjutnya adalah pengolahan data mentah.
Pada analisis LC-MS diperoleh data 3 dimensi yang merepresentasikan waktu
retensi, nilai m/z, dan intensitas sinyal. Laporan akhir dihasilkan dengan
menggabungkan data 3 dimensi menjadi matriks data dua dimensi dalam
bentuk puncak-pncak (peak) yang mengandung nilai m/z, waktu retensi, dan
intensitas dari puncak yang terdeteksi. Untuk menghasilkan data 2 dimensi
berupa puncak (peak) dapat menggunakan beberapa jenis software, terdapat 4
jenis pendekatan:

29

(1) menggunakan vendor software (MarketLynx, MarketView, Mass Profiler


Professional, MassHunter/Genespring, MetQuest, SIEVE)
(2) menggunakan software spesial dari developer independent yang dapat
menangani sebagian besar data MS (GeneData)
(3) menggunakan open access software (XCMS, MZmine, MetAlign, IDEOM)
(4) mengembangkan script (Matlab)
e. Identifikasi Lipid
Identifikasi senyawa masih menjadi bottleneck dalam metabolomic
berbasis LC-MS. Dengan memanfaatkan MS, kelas lipid, panjang rantai
karbon, dan derajat ketidakjenuhan dari komponen asam lemak dari lipid dapat
diperoleh. Meskipun perbandingan spektra yang dihasilkan dapat ditemukan
dalam MS database untuk senyawa kimia murni, namun identifikasi masih sulit
dilakukan karena literatur seperti database Merlin, MassBank, dan US National
Institutes of Standards and Technology (NIST) men-cover kurang dari 20.000
senyawa. Online database dan computational tools telah dikembangkan untuk
analisis lipid spektra massa (e.g., LipidQA, LIMSA, FAAT, lipID,
LipidSearch, LipidView, LipidInspector, LipidXplorer, dan ALEX). Baru-baru
ini LipidBlast hadir sebagai platform database MS independen yang tersedia
secara gratis untuk penggunaan komersial dan non komersial. LipidBlast berisi
212.516 jenis spektrum yang meng-cover 119.200 senyawa dari 26 kelas lipid,
termasuk fosfolipid, gliserolipid, lipoglikan bakterial, dan glikolipid tumbuhan.
LipidBlast dapat diaplikasikan untuk menganalisis data MS dari lebih dari 40
tipe spektrometer massa yang berbeda.

30

DAFTAR PUSTAKA
Fahy, E., et al. 2011. Biochimica et Biophysica Acta: Lipid classification, structures and
tools. [Online]. Terdapat di:
http://www.sciencedirect.com/science/journal/13881981/1811/11 Diakses pada 05
April 2016.
Li, Lin., et al. 2014. Mass Spectrometry Methodology in Lipid Analysis. [Online].
Terdapat di: http://www.mdpi.com/journa.ijms Diakses pada 05 April 2016.
LIPID MAPS Nature Lipidomics Gateway, [Online]. Terdapat di :
http://www.lipidmaps.org. Diakses pada 05 April 2016
M.A.Chester, Nomenclature of glycolipids, Pure Appl Chem 69 (1997) 2475-2487.
M. Sud, E. Fahy, D.Cotter, H.A. Brown, E.A. Dennis, C.K. Glass, A.H. Merrill Jr., R.C.
Murphy, C.R.H. Raetz, D.W. Russell, S. Subramaniam, LMSD: LIPID MAPS
structure database, Nucleic Acids Res 35 (2007) D527-D532
Murphy, R. C., Gaskel, S. J. 2011. New Applications of Mass Spectrometry. [Online].
Terdapat di: http://www.jbc.org/content/286/29/25427.full Diakses pada 04 April
2016
Harkewicz, R., Dennis, E. A. 2011. Applications of Mass Spectrometry to Lipids and
Membranes. [Online]. Terdapat di:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3410560/ Diakses pada 03 April
2016
Anonym. 2011. LIPID MAPS Nature Lipidomics Gateway. [Online]. Terdapat di:

http://www.lipidmaps.org Diakses pada 05 April 2016

31

LAMPIRAN

1.

Appendix A. Nama dan simbol untuk asam lemak yang lebih


jenuh

Numerical
symbol

Structure
H3C-(R)-CO2H

1
2
3
4
5

10:0
12:0
14:0
16:0
16:1

-[CH2]8-[CH2]l0-[CH2]12-[CH2]14-[CH2]5CH=CH[CH2]7-

6
7

18:0
18:1(9)

-[CH2]16-[CH2]7CH=CH[CH2]7-

18:1(11)

-[CH2]5CH=CH[CH2]9-

18:2(9,12)

1
0

18:3(9,12,15
)

[CH2]3(CH2CH=CH)2[C
H2]7-(CH2CH=CH)3[CH2]7-

1
1

18:3(6,9,12)

1
2

18:3(9,11,13
)

1
3
1
4

20:0

1
5

20:3(5,8,11)

1
6

20:4(5,8,11,
14)

22:0

20:2(8,11)

[CH2]3(CH2CH=CH)3[C
H2]4[CH2]3(CH=CH)3[CH2]7
-[CH2]18[CH2]6(CH2CH=CH)2[C
H2]6[CH2]6(CH2CH=CH)3[C
H2]3[CH2]3(CH2CH=CH)4[C
H2]3-[CH2]20-

Stems of
systematic
namesa
DecanoDodecanoTetradecanoHexadecano9HexadecenoOctadecanocis-9Octadeceno11Octadecenocis,cis-9,12Octadecadie
no9,12,15Octadecatrie
no6,9,12Octadecatrie
no9,11,13Octadecatrie
noIcosano-d

'Nam
e'
trivial
symb
b
names
ol
Capr-c
Dec
LaurLau
MyristMyr
PalmitPam
Palmitole Pam
StearSte
OleOle
Vaccen-

Vac

Linole

Lin

(9,12,15) Lnn
-Linolen(6,9,12)Linolen-

Lnn

Eleostear
-

eSte

Arachid-

Ach

8,11Icosadieno-d

2Ach

5,8,11Icosatrieno-d

3Ach

5,8,11,14Arachido
Icosatetraeno n-d
DocosanoBehen-

4Ach

Beh
32

7
1
8
1
9
2
0
2
1

24:0

-[CH2]22-

Tetracosano-

24:1

-[CH2]7CH=CH[CH2]13-

26:0

[CH2]24-

cis-15TetracosenoHexacosano-

28:0

-[CH2]26-

Octacosano-

Lignocer
Nervon-

Lig

Cerot-

Crt

Montan-

Mon

Ending in '-ic', '-ate', '-yl', for acid, salt or ester, acyl radical, respectively.

Ending in '-ic', '-ate', '-oyl' for acid, salt or ester, or acyl radical, respectively.

Ner

Not recommended because of confusion with caproic (hexanoic) and caprylic (octanoic)
acids. Decanoic is preferred.
d

Formerly 'eicosa' (Changed by IUPAC Commission on Nomenclature of Organic


Chemistry, 1975).

2.

Appendix B. Simbol yang direkomendasikan untuk berbagai


konstituen lipid
Name
For alkyl radicalsb
Methyl, ethyl, . . . dodecyl

Symbola
R
Me, Et, Pr, Bu, Pe, Hx, Hp,
Oc, Nn, Dec, Und, Dod
Acyl (not abbreviated), RCOFo (or HCO), Ac, Gc, Pp
Br, Vl
Hxo, Hpo, Oco
Nno, Dco, Udo
Lau, Myr, Pam
Ste, eSte, Lin, 4Ach

For aliphatic carboxylic acidsb


Formyl, acetyl, glycoloyl, propionyl
Butyryl, valeryl
Hexanoyl, heptanoyl, octanoyl
Nonanoyl, decanoyl, undecanoyl
Lauroyl, myristoyl, palmitoyl
Stearoyl, eleostearoyl, linoleoyl,
arachidonoyl
For glycerol and its oxidation productsc
Gro, Gra, Grn, Gri
Glycerol, glyceraldehyde, glycerone,
glyceric acid
Ose
For 'glycosyl'
Glcd, Gal, Fuc ...
Glucose, galactose, fucose....
GlcA, GlcUe
Gluconic acid, glucuronic acid
GlcN, GlcNAc
Glucosaminef, N-acetylglucosamine
Neu, Sia, Mur
Neuraminic, sialic, muramic acids

33

NeuAcg, NeuGc
N-Acetylneuraminic acid, Nglycoloylneuraminic acid
d
Deoxy
Miscellaneous
Cer, Cho, Etnh
Ceramide, choline, ethanolamine
Ins, Ser
Inositol, serine
Phosphatidyl, sphingosine, sphingoid, Ptd, Sph, Spd, P
Phosphoric residue
a

These symbols are constructed in analogy to those already in use for amino acids and
saccharides [11, 13]; they may assist the abbreviated representation of more complex
lipids in a way similar to the peptides and polysaccharides. Prefixes such as 'iso-', 'tert-',
'cyclo' are specified in the symbols by lower-case superscripts (Pri, But, Hxc) or lowercase prefixes (iPr, tBu, cHx), unsaturation by, e.g., D3 for a 3,4 double bond, D3 for a 3,4
triple bond (cf. Proteins, Vol. I, pp. 96-108, in Handbook of Biochemistry, 3rd edition,
edited by G. Fasman, CRC Press, Cleveland, Ohio, 1976). Many of these symbols are
drawn from previously published Recommendations [11, 12]. See also Appendix A.
b

Systematic and recommended trivial names of unbranched, acyclic compounds only (cf.
Appendix A). Other forms are created by prefixes (e.g., 'iso-', 'tert-', 'cyclo-'). See
Appendix A.
c

These symbols form a self-consistent series for a group of closely related compounds. It
is recognized that other abbreviations (but no symbols) are currently in use. (See Lip2.12.)
d

Not Glu (glutamic acid) or G (nonspecific).

Recommended in place of GlcUA, the 'A' being unnecessary.

Approved trivial name for 2-amino-2-deoxyglucose; similarly for galactose (GalNAc),


etc.
g

AcNeu was recommended earlier [11]. When it is necessary to differentiate between Nacetyl and O-acetyl derivatives, NeuNAc and NeuOAc (italicized locants, in
contradistinction to GalNAc, etc.) may be employed.
h

May take the form OEtN< if substitution on the nitrogen atom is to be indicated.

3.

Tabel 2. Singkatan dan contoh dari kelas utam gliserofosfolipid

34

35

Anda mungkin juga menyukai