Anda di halaman 1dari 3

23

Pengua
atan penellitian untu
uk perbaiikan geneetik karett di Indon
nesia
Peneelitian tanam
man karet di Indonesiia telah meelewati lebiih dari beberapa dekaade. Koleksi
sumbber daya genetik
g
yang
g telah dikkoleksi sejakk lama, meemiliki poteensi yang besar
b
untukk
menggidentifikasi klon-klon dengan sifa
fat ketahanaan terhadapp penyakit atau
a
tolerannsi terhadap
p
cekam
man abiotikk. Sudah sa
aatnya pennelitian genetik karet IIndonesia untuk
u
dapatt diarahkan
n
dalam
m pengembangan kolekksi inti untu
uk aplikasi lebih
l
lanjut dari pemulliaan tanam
man berbasiss
geneetik serta genomik.
g
D samping itu, dalam
Di
m rangka mengantisip
m
pasi perubaahan iklim
m,
penggembangan sistem perkkebunan multiklonal dipperkirakan menjadi sollusi yang baaik.

I
Ilustrasi
kerring alur sad
dap pada poohon karet dimana sussu lateks tiddak mengalirr lancar
Peneelitian tanam
man karet di Indonesiia telah meelewati lebiih dari bebberapa dekaade. Ribuan
n
aksessi plasma nu
utfah Heveaa telah dikeelola dan dip
pertahankann di Balai Penelitian
P
Su
ungei Putihh,
Pusaat Penelitian
n Karet sejaak tahun 1981. Lebih dari
d separuhh koleksi teersebut telahh digunakan
n
dalam
m riset dalaam rangka menemukaan materi genetik
g
denngan produkksi lateks yang
y
tinggii.
Selaiin itu, sumb
ber daya geenetik tersebbut memilikki potensi yang
y
besar untuk
u
menggidentifikasi
klon--klon deng
gan sifat laain seperti ketahanan terhadap penyakit
p
attau toleran
nsi terhadap
p
cekam
man abiotik
k.
Penggembangan koleksi intii (core colleection) dapat menyediiakan sumbeer daya gen
netika untuk
k
analiisis asosiasii dalam ran
ngka mengid
dentifikasi sifat-sifat yang
y
memilliki nilai ag
gronomi dan
n
komeersial tingg
gi. Saat ini, melalui peenggunaan penanda molekuler,
m
k
keragaman
a
alelik
dapaat
digunnakan untuk
k mendesain
n koleksi in
nti dari 100 genotip hannya di Brazzil [1]. Koleeksi tersebu
ut
menaampung kesseluruhan kkeragaman ggenetik dan dapat secarra mudah dikelola
d
padda area yang
g
kecill dengan biaaya pemelih
haraan yang tidak terlallu besar.
Ke depan,
d
penelitian genettik karet Ind
donesia seyyogyanya daapat diarahk
kan untuk mempelajar
m
ri
mateeri genetik existing daan mengem
mbangkan seemacam kooleksi inti untuk
u
digun
nakan lebih
h
lanjuut pada pemuliaan taanaman berrbasis geneetik serta genomik.
g
K
Koleksi
intti ini dapaat
dilenngkapi deng
gan koleksi klon-klon
n Wickham
m yang mem
miliki kedeekatan genetik namun
n
fenottip yang saangat bervarriasi. Sifat tersebut daapat dikaitkkan dengan variabilitass epigenetik
k
[1]. Sumber daaya genetik
k tersebut dapat mennjadi basiss molekuler, fisiologii dan stud
di
www
w.iribb.org | April
A
2016 | 4(1),
4
23-25

Riza Arieff Putranto - Peneliti


P
PPBBII

24

variabilitas genetik. Rendahnya penggunaan penanda molekuler merupakan faktor yang sangat
menentukan dalam sebuah program pemuliaan tanaman yang efisien [2].
Pada tanaman karet, analisis lokus sifat kuantitatif (Quantitative Trait Locus, QTL) dalam
populasi biparental adalah pendekatan yang umum dilakukan [3,4]. Dalam kondisi dimana
referensi genom (reference genome) tersedia, pendekatan lain dapat dipertimbangkan. Salah
satu kasus yang mendapatkan perhatian sebagai isu agronomi utama untuk diatasi adalah
penyakit kering alur sadap (KAS) atau juga disebut Tapping Panel Dryness (TPD). Kejadian
KAS merupakan salah satu permasalahan utama yang mempengaruhi produksi karet di
Indonesia. Mekanisme molekuler yang terlibat pada kejadian KAS telah banyak dipelajari
secara intensif dan beberapa gen kandidat telah diidentifikasi [5-7]. Namun, belum dilaporkan
informasi terkait variabilitas alelik dari faktor-faktor tersebut dalam kaitannya dengan kejadian
KAS.
Toleransi terhadap KAS pertama kali dipertimbangkan sebagai low heritable trait [8] namun
pewarisan sifat tersebut telah diamati pada populasi full-sib [9]. Baru-baru ini, studi molekuler
menyarankan metodologi pengamatan fenotip spesifik untuk mempelajari pewarisan genetik
dari sifat toleransi/sensitif terhadap KAS [6]. Progeni berjumlah besar (>200 individu) hasil
persilangan klon toleran dan sensitif mutlak diperlukan untuk mempelajari pewarisan sifat
tersebut. Populasi tersegregasi tersebut dapat digunakan dalam pengembangan penanda
molekuler spesifik untuk KAS melalui tiga pendekatan: studi variabilitas genetik dari gen-gen
kandidat terkait dengan toleransi terhadap KAS melalui teknologi KASPAR, genotyping by
sequencing (GBS), atau RNA sequencing. Teknik tersebut mengkombinasikan keunggulan
untuk menyediakan penanda molekuler dalam jumlah besar (ribuan) dari setiap transkrip yang
terekspresi secara diferensial (differentially expressed transcript). Transkrip-transkrip tersebut
membawa variabilitas alelik terkait dengan segregasi untuk toleransi/sensitivitas terhadap
KAS serta informasi lengkap tentang regulasi molekuler saat kejadian KAS.
Selama ini, praktik perkebunan monoklonal merupakan sistem eksploitasi tanaman karet yang
produktif. Dalam konteks perubahan iklim, pengembangan sistem perkebunan monoklonal
seyogyanya dipertimbangkan kembali [10]. Diagnosis lateks merupakan langkah yang praktis
dalam memonitor status fisiologis dari klon-klon karet dan menentukan tipologi metabolisme
lateks dari tiap klon tersebut sehingga dapat digunakan untuk menyesuaikan sistem
penyadapan karet agar terhindar dari kejadian KAS. Penerapan perkebunan karet dengan
sistem multiklonal yang terdiri dari klon-klon dengan tipologi lateks dan sistem penyadapan
yang relatif sama dapat menjadi salah satu cara untuk mempertahankan keragaman genetik
dan untuk mengembangkan toleransi terhadap stress biotik serta abiotik. Dengan demikian,
penelitian yang bertujuan untuk menguji klon-klon modern sehingga mengurangi resiko
suseptibilitas dari praktik perkebunan monoklonal terhadap perubahan iklim patut
dipertimbangkan untuk masa sekarang ini.
Referensi
1. de Souza LM, Le Guen V, Cerqueira-Silva CBM, Silva CC, Mantello CC, et al. (2015)
Genetic Diversity Strategy for the Management and Use of Rubber Genetic Resources:
More than 1,000 Wild and Cultivated Accessions in a 100-Genotype Core Collection.
PLoS ONE 10: e0134607.
2. Jiang G-L (2013) Molecular Markers and Marker-Assisted Breeding in Plants.

www.iribb.org | April 2016 | 4(1), 23-25

Riza Arief Putranto - Peneliti PPBBI

25

3. Souza LM, Gazaffi R, Mantello CC, Silva CC, Garcia D, et al. (2013) QTL mapping of
growth-related traits in a full-sib family of rubber tree (Hevea brasiliensis) evaluated in
a sub-tropical climate. PLoS ONE 8: e61238.
4. Rattanawong R (2012) QTL mapping in Hevea brasiliensis for analysing the genetic
determinism of growth, latex production, and the macromolecular structure of natural
rubber [Thesis]. Bangkok, Thalande: Kasetsart University. 220 p.
5. Li D, Wang X, Deng Z, Liu H, Yang H, et al. (2016) Transcriptome analyses reveal
molecular mechanism underlying tapping panel dryness of rubber tree (Hevea
brasiliensis). Scientific Reports 6: 23540.
6. Putranto R-A, Herlinawati E, Rio M, Leclercq J, Piyatrakul P, et al. (2015) Involvement of
Ethylene in the Latex Metabolism and Tapping Panel Dryness of Hevea brasiliensis.
International Journal of Molecular Sciences 16: 17885.
7. Liu JP, Xia ZQ, Tian XY, Li YJ (2015) Transcriptome sequencing and analysis of rubber
tree (Hevea brasiliensis Muell.) to discover putative genes associated with tapping
panel dryness (TPD). BMC Genomics 16: 398.
8. Omokhafe K, Aniamaka E (2000) Heritability estimates of tree dryness and correlation with
latex parameters in Hevea brasiliensis. Journal of the Rubber Research Institute of Sri
Lanka 83: 17-22
9. Chaendaekattu N, Mydin KK (2014) Inheritance of tapping panel dryness in full-sib
population of Hevea brasiliensis. Rubber Science 27 78-83.
10. Montoro P, Tang C, Saha T, Annamalainathan K, Ismawanto S, et al. Contribution of
molecular biology and physiology to climate-smart natural rubber production. In: Le
Quang K, editor; 2015 2015-11-02 / 2015-11-03; Ho Chi Minh City, Viet Nam.
Agricultural Publishing House. pp. 101-107.

www.iribb.org | April 2016 | 4(1), 23-25

Riza Arief Putranto - Peneliti PPBBI