Anda di halaman 1dari 65

Nukleotida - Nukleosida

Kelompok 4:
Riqo Sofyan (11141020000038)
Tasha Azizah Ulyanisa(11141020000046)
M Hadi Azmi (11141020000049)
Widania Alifa (11141020000059)
Ramadhani (11141020000060)
Luluk Muchoyaratul (11141020000063)
Revy Aprilia (11141020000068)
Nurma Faizah(11141020000077)
Dea Raudya Kamal (11141020000078)
Farmasi B - 2014

Asam nukleat
Asam nukleat adalah senyawa kimia
yang terdapat di dalam inti sel (Nukleus).
Asam nukleat merupakan suatu polimer
nukleotida. Asam nukleat ditemukan di
segala jenis sel makhluk hidup.
Fungsi asam nukleat adalah sebagai
pembawa informasi genetik yang mengatur
pemunculan sifat suatu makhluk hidup.

Struktur asam
nukleat
Ikatan nukleotidanukleotida
dihubungkan
oleh ikatan
Fosfodiester
(Ikatan antara fosfat
dengan gula
pentosa)
berada di C no 3 dan
C
no 5.

Nukleotida
Nukleotida adalah bahan penyusun dua
makromolekul penting (asam nukleat) dalam
organisme hidup yang disebut DNA dan
RNA. Nukleotida terdiri dari 3 unit yaitu
Gula, Basa nitrogen dan Phospat.
Peran biomedis nukleotida yaitu
digunakan dalam kemoterapi kanker.

Struktur nukleotida

Nukleosida
Nukleosida adalah molekul gula yang
terikat dengan basa nitrogen melalui ikatan
beta-glikosidik.

Struktur nukleosida

Perbedaan nukleotida dan


nukleosida
Perbedaan utama antara keduanya adalah
nukleosida tidak memiliki gugus fosfat.
Bagian lain seperti molekul gula dan
basa nitrogen adalah umum untuk
keduanya.
2. Biasanya, dalam sel-sel hidup nukleotida
adalah unit fungsional, bukan nukleosida.
1.

Hubungan asam nukleat,


nukleotida dan nukleosida
Nukleotida merupakan penyusun asam
Nukleat atau dengan kata lain Nukleotida
merupakan backbone asam nukleat.m
Nukleotida tersusun atas satu gugus phospat, satu
gugus gula pentosa dan satu gugus basa nitrogen.
Sedangkan nukleosida tersusun atas satu gugus
gula
pentosa dan satu gugus basa nitrogen.

DNA
DNA (Asam Deoksiribonukleat)
merupakan asam nukleat yang terdapat di
dalam sel makhluk hidup. DNA terdiri dari
materi yang membentuk kromosomkromosom dan informasi genetik yang
tersimpan dalam tubuh makhluk hidup.
Fungsi utama DNA adalah sebagai
pembawa materi genetic.

Struktur DNA
Struktur DNA pertama kali ditemukan oleh
James Watson dan Francis Crick. Struktur DNA
disebut struktur rantai berganda Watson-Crick.
DNA merupakan makro molekul atau molekul
yang besar dan berisi 2 rantai polinukleotida
yang saling berkaitan. Setiap nukleotida
terbentuk tiga susunan komponen yakni
nitrogen, gula pentosa, dan gugus fosfat. Di
dalam basa nitrogen terdapat basa pirimidin
dan basa purin. Basa pirimidin terdapat timin
dan sitosin sedangkan dalam basa purin
terdapat adenin dan guanin.

RNA
RNA (Asam Ribonukleat)Merupakan suatu
rangkaian nukleotida yang saling berhubungan seperti
rantai. RNA ialah hasil dari transkripsi dari suatu
fragmen DNA, sehingga RNA sebagai polimer yang jauh
lebih pendek jika dibandingkan DNA. Berbeda dengan
DNA yang umumnya dijumpai dalam inti sel, Kebanyak
dari RNA terdapat dalam sitoplasma, khususnya di
ribosom.Dalam sitoplasma, kadar RNA berubah-ubah.
Hal ini dipengaruhi oleh aktivitas sintetis protein.
Fungsi dari RNA adalah sebagai berikut
Sebagai penyimpan informasi
Sebagai perantara antara DNA dan protein dalam
proses ekspresi genetik karena berlaku untuk
organisme hidup.

RNA mempunyai 4 kelas


utama
1.
2.
3.
4.

rRNA (RNA ribosom), fungsi : dalam sintesis


protein
mRNA (RNA messenger/perantara), fungsi:
pembawa kode genetik dari DNA ke ribosom
tRNA (RNA transfer), fungsi : penerjemah kode
genetik
RNA nukleus kecil dan mikroRNA

Tiga kelas pertama berperan dalam sintesis


protein, sedangkan RNA-RNA kecil berperan
dalam penyambungan (splicing) mRNA dan
regulasi gen.

Struktur RNA

Sifat kimiawi RNA berbeda dengan sifat


kimiawi DNA
Pada

RNA, gugus gula tempat fosfat


serta basa purin dan pirimidin yang
melekat adalah ribosa bukan 2deoksiribosa (seperti pada DNA)
Komponen pirimidin RNA berbeda
dengan DNA. Dalam RNA tidak terdapat
timin, sebagai pengganti timin, RNA
mengandung urasil
RNA berupa rantai tunggal, sedangkan
DNA berbentuk rantai ganda

Perbedaan DNA dan RNA


DNA

RNA

1. Ditemukan dalam nukleus yaitu dalam


kromosom, mitokondria, dan kloroplas.

1. Ditemukan dalam sitoplasma, terutama


dalam ribosom, dan juga dalam nukleus.

2. Berupa rantai panjang dan ganda


(double helix).
3. Fungsinya berhubungan erat dengan
penurunan sifat dan sintesis protein.

2. Berupa rantai pendek dan tunggal.


3. Fungsinya berhubungan erat dengan
sintesis protein.

4. Kadarnya tidak dipengaruhi oleh


aktivitas sintesis protein.

4. Kadarnya dipengaruhi oleh aktivitas


sintesis protein

5. Basa nitrogen terdiri atas purin: adenin


(A) dan guanine (G), pirimidin: timin (T)
dan sitosin (C).
6. Komponen gulanya deoksiribosa, yaitu
ribose yang kehilangan satu atom oksigen
pada atom C nomor 2.

5. Basa nitrogen terdiri atas purin: adenin


(A) dan guanin (G), pirimidin: urasil (U)
dan sitosin (C).
6. Komponen gulanya D-ribosa (pentosa).

Struktur Gula DNA dan


RNA

Struktur Basa Nitrogen DNA dan


RNA

Analog nukleotida sintetik


digunakan dalam kemoterapi
Analog purin yaitu alopurinol yang digunakan
dalam pengobatan hiperurisemia dan gout,
dapat menghambat xantin oksidase dan
menurunkan produksi asam urat dengan/tanpa
mengganggu biosintesis purin.
Sitarabin (Analog pirimidin) digunakan dalam
kemoterapi kanker. Azatioprin (Analog purin)
digunakan dalam transplantasi organ untuk
menekan reaksi penolakan imunologik.

Metode Dasar yang Digunakan


dalam Biologi Molekular

Pengurutan Nukleotida Berdasarkan Analisis


Sekuensing

Sequencing merupakan metode menentukan


urutan basa nukleotida, adenin, guanin, citosin,
timin pada sepotong DNA. Urutan nukleotida
menentukan urutan asam amino, yang akhirnya
menentukan struktur protein dan fungsinya.
Perubahan sekuens DNA dapat
mengakibatkan perubahan protein atau
menyebabkan terbentuknya protein non
fungsional. Akibatnya dapat menimbulkan efek
merugikan pada organisme .

Terdapat dua teknik sequencing:


Maxam & Gilbert, menggunakan chemical sequencing
Sanger, menggunakan dideoxynucleotides.
Sequencing yang modern menggunakan prinsip teknik Sanger.
Metode Sanger menggunakan dideoxynucleotide
triphosphates(ddNTPs) yang memiliki sebuah H pada
karbon-3 dari gula ribosa. Yang normal memiliki OH pada
deoxynucleotide triphosphates (dNTPs).
Dideoxynucleotides merupakan penghenti rantai. Dalam
reaksi sintesis, jika dideoxynucleotide ditambahkan dan
bukan normal deoxynucleotide, sintesis akan berhenti karena
3OH yang diperlukan untuk penambahan nukleotida
berikutnya tidak ada.

Metode

sanger merupakan metode sekuensing


yang ditemukan oleh Frederick sanger pada
tahun 1977.
Prinsip kerja metode sanger yaitu terminasi
sintesis DNA oleh dideoksinukleotida yang
ditempatkan pada empat tabung yang berbeda.
Terminasi sintesis DNA akan menghasilkan chain
terminating dideoxynucleotide sehingga
terbentuk fragmen-fragmen dengan ukuran yang
beragam. Pembacaan fragmen-fragmen tersebut
kemudian dilakukan melalui elektroforesis
dengan mengidentifikasi jenis dideoksinukleosida
yang digunakan untuk terminasi (Cooper, 1997).

Deoxy vs dideoxy

DNA Sequencing

A lot of modern DNA


sequencing is based
upon the following
modified nucleotides.
Metode Sanger dideoxy ditemukan oleh Frederick Sanger memenangkan Nobel
1980

Sintesis DNA

Karena tidak ada


OH, replikasi berhenti

Peran Biomedis
Manusia mensintesis asam nukleat, ATP, NAD+, koenzim
A, dan sebagainya dari zat-zat anatara amfibolik. Namun,
injeksi analog purin atau pirimidin, anatara lain obat
antikanker potensial, dapat digabungkan ke dalam DNA.
Biosintesis ribonukleotida purin dan pirimidin trifostfat
(NTP) dan dNTP merupakan proses-proses yang diatur
dengan sangat ketat. Mekanisme umpan-balik memastikan
molekul-molekul ini disintesis dalam jumlah yang tepat
dan pada waktu yang sesuai dengan kebutuhan fisiologis
misalnya, pembelahan sel. Penyakit akibat gangguan
metabolisme purin pada manusia mencakup gout, sindrom
Lesch-Nyhan, defisiensi adenosine deaminase, dan
defisiensi purin nukleosida fosforilase. Penyakit biosintesis
pirimidin mencakup asiduria orotat. Salah satu kelainan
katabolisme pirimidin adalah asiduria -hidroksibutirat.

Antimetabolit: ANTAGONIS
PIRIMIDIN

Antimetabolit: ANTAGONIS
PURIN

gout

sindrom Lesch-Nyhan

defisiensi adenosine deaminase

Purin dan Pirimidin Tidak


Esensial Secara Dietetik
Jaringan tubuh manusia normal dapat mensintesis purin dan
pirimidin dari zat-zat antara amfibolik dalam jumlah dan waktu
yang sesuai untuk memenuhi kebutuhan fisiologis yang
bervariasi. Oleh sebab itu, asam nukleat dan dan nukleotida
yang dimakan bersifat non-Esensial Secara Dietik. Setelah
purin dan pirimidin diuraikan di saluran cerna, mononukleotida
yang dihasilkan dapat diserap atau diubah menjadi basa purin
dan pirimidin. Basa purin kemudian dioksidasi menjadi asam
urat, yang dapat diabsorbsi atau diekskresi dalam urin, tidak
seperti purin atau pirimidin dari makanan yang tidak atau
sedikit digabungkan, senyawa purin atau pirimidin dalam
bentuk injeksi digabungkan ke dalam asam nukleat jaringan.
Oleh sebab itu, penggabungan [ 3H] timidin injeksi ke dalam
DNA yang baru terbentuk dapat digunakan untuk mengukur
laju sintesis DNA.

Biosintesis nukleotida purin


Sintesis basa purin pada tubuh manusia
dibedakan menjadi 2 jalur, yaitu
1.

Sintesis de novo
Sintesis purinde novoterjadi secara aktif di
sitosol hepatosit dan melalui jalur ini terjadi sintesis
purin yang utama.
2. Salvage pathway
Reaksi ini sangat diperlukan di beberapa sel, yaitu di
eritrosit, sel PMN (polimorfonuklear) dan sel saraf

Tahapan Bio sintesis purin de


novo

1. Purin disintesis menggunakan Ribosa


5-fosfat sebagai substrat awal
2. Pembentukan PRPP (fosforibosil piro
fosfat)
3. Pembentukan IMP (inosin monofosfat)
4. Pembentukan AMP (adenin
monofosfat) dan guanin monofosfat dari
IMP

Pembentukan PRPP

Salvage Pathway
Jalur ini jauh lebih sedikit memerlukan energi
dibandingkan
dengan
sintesisde
novo.Reaksi ini sangat diperlukan di
beberapa sel, yaitu di eritrosit, sel PMN
(polimorfonuklear) dan sel saraf. Tahapantahapannya adalah:
Fosforibolasi purin oleh PRPP

a.

Ada dua enzim yang berperan di sini, yaitu APRT


(Adenine Phosphoribosyl Transferase) serta HGPRT
(Hypoxanthine/Guanine Phosphoribosyl Transferase).

b.

Adenin oleh APRT diubah menjadi AMP


Hypoxanthin dan Guanin oleh HGPRT diubah menjadi IMP dan GMP secara
berturut-turut.

Fosforibolasi ribonuklesida purin oleh ATP


Mekanisme kedua melibatkan fosforilasi langsung ribonukleosida purin
(PuR) oleh ATP:
PuR + ATPPuR-P + ADP

sintesis

nukleotida dimulai dengan prekursor metaboliknya:


asam amino(asam aspartat,format,glisin dan glutamin),
ribosa-5-fosfat, CO2, dan unit satu karbon

PRPP IMP

(pemasangan struktur cincin basa purin)


Sintesis IMP membutuhkan lima mol ATP, dua mol
glutamin, satu mol glisin, satu mol CO 2, satu mol
aspartate dan dua mol formate

IMP = Inosine monofosfat mrpkn


bentuk nukleotida purin yang
pertama dibentuk dlm daur ini

hypoxa
nthin

IMP

AMP & GMP

menggunakan ATP, tetrahydrofolate (THF) derivatif, glutamin, glisin


dan aspartate, H20

hasil akhir berupa AMP &


GMP
AMP

adalah nukleotida dengan


basa adenin

GMP

adalah nukleotida dengan


basa purin

BIOSISTESIS NUKLEOTIDA PIRIMIDIN


Tahapan biosintesis pirimidin :
1. Biosintesis pirimidin diawali oleh reaksi pembentukan karbamoilP yang dihasilkan dari reaksi antara glutamin, ATP dan CO2
yang dikatalisis oleh enzim karbamoil-P sintetase yang
berlangsung didalam sitosol.
2.

Berikutnya karbamoil-P berkondensasi dengan asam aspartat


menghasilkan

senyawa

karbamoil-aspartat.

dikatalisis oleh enzim aspartat transkarbamoilase.

Reaksi

ini

3. Berikutnya terjadi reaksi penutupan rantai sambil


membebaskan H2O dari molekul karbamoil-aspartat sehingga
dihasilkan asam dehidro orotat (DHOA= dihidroorotic acid).
Reaksi tersebut dikatalisis oleh enzim dihidroorotase.
4. Berikutnya melalui reaksi yang dikatalisis oleh enzim
DHOA dehidrogenase dengan koenzim NAD+, DHOA
menghasilkan asam arotat (OA=orotic acid).
5. Selanjutnya terjadi reaksi penambahan gugus ribosa-P
pada asam orotat. Reaksi ini dikatalisis oleh enzim orotat
fosforibosil transferase dan dihasilkan orotidilat OMP (orotidin
mono posphate).
6. Akhirnya enzim orotidilat dikarboksilase mengkatalisis
reaksi dikarboksilasi orotidilat dan menghasilkan uridilat
(uridin mono phosphate)yaitu produk nukleotida pertama
pada biosintesis pirimidin.

Jalur biosintesis
nukleotida
pirimidine

CP synthetase

Aspartat
transcarbomoyl
ase
dihydrorotase

Dihidrooratate
DH

Orotat
fosforibosiltransfe
rase

CTP synthetase

Orotidilate
dekarboksilase

UMP kinase
Nukleosida diphosphat
kinase

Regulasi biosintetis nukleotida


pirimidin dan bagaimana manusia
mengatabolisme purin jadi asam urat

Aktivitas

enzim pertama dan kedua


dalam biosintesis nukleotida
pirimidin dikendalikan oleh regulasi
alosterik
Lebih sederhana dari sintesa purin

Cincin pirimidin berasal dari :


Bikarbonat (C-2), Amida glutamin
(N-3), aspartat (C-4, C-5, C-6 dan N1)

purin, karena dasar jauh


lebih sederhana.Reaksi
ini dikatalisis oleh fosfat
II carbamoyl sintetase.
Selanjutnya
karbamoilfosfat
dimasukkan ke dalam
jalur biosintesis
nukleotida pirimidin
melalui aksi aspartat
transcarbamoylase, pada
dalam langkah ini
dibatasi oleh enzim
ATCase, setelah UMP
diforsofilasi menjadi UTP
selanjutnya digunakan
sebagai substrat untuk
mensintesis nukleotida
CTP uridin yang
sekaligus menjadi pre
kursor untuk sintesis de
novo dari nukleotida
timin

Pembentukan asam urat


Asam

urat terbentuk dari hasil


metabolisme ikatan yang
mengandung nitrogen yang
terdapat dalam asam nukleat
yang disebut purin. Produk purin
dari purin nukleotida fosforilase
adalah guanin dan hipoksantin
yang diubah menjadi asam urat
melalui xantin dalam reaksi yang
dikatalisis oleh enzim guanase
dan xantin oksidase

MANUSIA
MENGKATABOLISME
PURIN MENJADI ASAM
URAT
Manusia

mengubah adenosin
menjadi Inosine melalui
proses adenosin deaminase,
selanjutnya pembentukan
asam urat dari nukleotida
purin melalui basa purin
melewati hipoxantin,
guanine dan xanthine yang
selanjutnya diubah menjadi
asam urat dengan proses
xantin oksidase.
Deoksiribonukleotida purin
diuraikan melalui enzim
enzim dan jalur katabolik
yang serupa, dan semuanya
ini terjadi di mukosa saluran
cerna mamalia

ADENOSIN
DEAMINASE

XANTIN
OKSIDASE

Gangguan Metabolik
Katabolisme Purin

GOUT
Dalam

tubuh manusia purin mengalami


katabolisme sebagai berikut:
Adenosin Inosin Hiposantin Santin
Asam Urat
Guanosin Guanin Santin Asam Urat
Dalam
katabolisme
tersebut,
purin
membutuhkan enzim santin oksidase yang
merubah santin menjadi asam urat, enzim
tersebut banyak terdapat di hati, ginjal dan usus
halus.
Jika
dalam katabolisme tersebut purin
terganggu maka produksi purin meningkat atau
ekskresi menurun sehingga terjadi penumpukan
asam urat dalam darah yang akan menyebabkan
Gout (pirai) yang ditandai oleh tingginya asam
urat dalam tubuh.

Gout

adalah suatu penyakit dimana terjadi penumpukan


asam urat dalam tubuh secara berlebihan, baik akibat
produksi yang meningkat, pembuangan melalui ginjal
yang menurun atau peningkatan asupan makanan kaya
purin seperti jeroan
Gout terjadi ketika cairan tubuh sangat jenuh akan asam
urat, Karna kadar nya yang tinggi.
Gout ditandai dengan serangan berulang dari athritis
yang akut, kadang disertai pembentukan kristal
mononatrium urat di sendi (karena kelarutannya yang
rendah)
Dapat menyebabkan inflamasi

Lesch-Nyhan Sindrome
Suatu

hiperurisemia over produksi yang sering disertai


litiasis asam urat serta sindrom self-mutilation terjadi
karena tidak berfungsinya enzim hipoxantin-guanin
fosforibosil transferase yang merupakan enzim pada
pembentukan inosin dan guanosin
Melukai diri, termasuk menggigit dan memukul-mukul
kepala, adalah yang paling umum dan merupakan
perilaku khas mereka yang mengalami LNS.
Gejala LNS ditandai oleh tiga ciri utama: neurologis
disfungsi, kognitif dan perilaku gangguan termasuk
melukai diri sendiri, dan asam urat berlebih
(hyperuricemia).

Penyakit Von Gierke


Gangguan

metabolisme dimana tubuh tidak bisa


mengurai glikogen karena defisiensi glukosa
fosfatase
Penyakit ini bersifat menurun. Jika salah satu
orangtua mengidap kelainan gen tersebut, maka
kemungkinan anak mengidap penyakit serupa
sebesar 25%.

Metabolik
Katabolisme
Purimidin

Hasil

akhir

katabolisme
pirimidin: CO2,
ammonia,
beta
alanin dan asam
isobutirat
Sangat
mudah
larut dalam air
Sehingga Jarang
didapati kelainan.

Hiperurikemia

dengan overproduksi PPRP


akan terjadi peningkatan ekskresi dari
betalanin.
Defisiensi folat dan vitamin B12 dengan
defisiensi TMP

Daftar pustaka
http://www.kamusq.com/2013/05/asam-nukleat-adalah-pengertian-

dan.html#sthash.W99nvvAD.dpuf diakses pada tanggal 22 Maret 2016


pukul 11.30
http://budisma.net/2015/03/perbedaan-antara-nukleotida-dannukleosida.html diakses pada tanggal 22 Maret 2016 pukul 11.31
http://www.medrec07.com/2016/01/pengertian-dna-dan-rna-besertastruktur.html diakses pada tanggal 22 Maret 2016 pukul 11.55
http://www.materisma.com/2014/10/penjelasan-dna-rna-sintesis-proteinkode-genetika.html diakses pada tanggal 22 Maret 2016 pukul 12.03
Anonim. 2008. DNA Sequencing. Bali: Universitas Udayana
Savira, Mien. 2012. Analisis Variasi D-Loop DNA Mitokondria pada
Populasi Gajah Sumatera (Elephas maximus sumatranus) di Taman
Nasional Way Kambas. Skripsi. Depok: Departemen Biologi, FMIPA,
Universitas Indonesia.
Murray, R. K., Granner, D. K., & Rodwell, V. W. Biokimia harper (27 ed.).
Jakarta: Buku Kedokteran EGC; 2009.
Ganong, W. F. Buku ajar fisiologi kedokteran (22 ed.). Jakarta: Buku
Kedokteran EGC; 2008

Sea:

apakah lesyn syndrom


turunan ?
Lae: apakah asam urat yg
dijelaskan sama dengan asam
urat yg diderita orangtua?
Ali: apakah ada obat yang dapat
menghambat asam urat?