Anda di halaman 1dari 22

MAKALAH MIKROBIOLOGI

TAKSONOMI MIKROBA

DISUSUN OLEH
1.
2.
3.
4.
5.
6.

LALU ARYA KASMARA


M. HADORI NAWAWI
MUH. ANDHI HARDIANTO
MUHAMAD FAUZAN AZIMA
MUHAMMAD NIZHAR NAUFALI
MUHAMMAD SIGIT NURCAHYO

(G1A013020)
(G1A013026)
(G1A013029)
(G1A013030)
(G1A013031)
(G1A013032)

PROGRAM STUDI BIOLOGI


FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS MATARAM
2016

KATA PENGANTAR

Puji syukur kami panjatkan kepada Allah SWT. yang telah melimpahkan rahmat dan
karunia- Nya sehingga kami dapat menyelesaikan makalah mikrobiologi yang berjudul
TAKSONOMI MIKROBIA. Tidak lupa juga shalawat serta salam kami haturkan kepada
junjungan Nabi besar Muhammad SAW. yang telah membawa kita dari zaman kegelapan
menuju zaman yang terang benderang.
Kami mengucapkan terima kasih kepada semua pihak yang telah membantu dan kami
menyadari bahwa makalah mikrobiologi yang berjudul TAKSONOMI MIKROBIA ini masih
jauh dari kata sempurna. Oleh sebab itu, kami mengharapkan kritik dan saran yang bersifat
membangun demi kesempurnaan makalah ini.
Semoga makalah ini dapat bermanfaat terutama untuk diri kami sendiri dan para pembaca
sekalian.

Mataram,

Januari 2016

Penyusun

DAFTAR ISI

KATA PENGANTAR ............................................................................................................... i


DAFTAR ISI............................................................................................................................. ii

BAB 1. PENDAHULUAN .........................................................................................................


1.1 Latar belakang .....................................................................................................................
1.2 Luaran yang diharapkan ....................................................................................................
BAB II. PEMBAHASAN ...........................................................................................................
BAB 1II. PENUTUP ..................................................................................................................
3.1 Kesimpulan ...........................................................................................................................

DAFTAR PUSTAKA .................................................................................................................

BAB I
PENDAHULUAN

1.1 Latar belakang


Makluk hidup dalam garis besarnya dibagi 2 (dua) golongan besar yaitu: flora (dunia
tumbuhan dan fauna (dunia hewan). Makhluk hidup yang sangat kecil yang tidak bisa dilihat
oleh mata telanjang disebut mikroorganisme Masing-masing mikroorganisme itu dibagi
dalam: phylum, kelas, ordo, family, genus, dan spesies. Sehingga semua itu diperlukan suatu
cara pengelompokan atau pengklasifikasian. Dalam mikroorganisme untuk menetapkan
suatu sistem klasifikasi yang mencerminkan dengan semua persamaan dan perbedaannya
dinamakan taksonomi.
Kegiatan di dalam penyusunan taksonomi mikroorganisme adalah pengklasifikasian,
penamaan dan pengidentifikasi yang kesemuanya disebut dengan sistematika mikroba.
Sistem klasifikasi mikroba (bakteri, jamur, virus) didasarkan pada hierarki taksonomi atau
penamaan kelompok atau kategori yang menempatkan spesies pada satu ujung dunia dan di
ujung dunia lainnya, dalam urutan: spesies - genus - famili ordo - kelas - filum atau divisi dunia. Mikroorganisme, sebagaimana bentuk-bentuk kehidupan yang lain, diberi nama
menurut nomenklatur sistem biner.
Klasifikasi bakteri menurut Bergeys Manual of Determinative Bacteriology pada
umumnya diterima secara internasional. Manual ini direvisi secara berkala untuk
memanfaatkan pengetahuan baru melalui penelitian dengan mikroorganisme dan melalui
teknik-teknik baru untuk menganilisis data yang diperoleh. Bergeys Manual edisi
kedelapan yang sekarang ini, membagi semua bakteri menjadi 19 bagian (kelompok), dan
masing-masing dicirikan oleh sifat-sifat morfologi atau metabolik yang nyata. Tekanan
diberikan pada pengelompokan bakteri yang memiliki ciri-ciri umum dan mudah dikenali.
Tidak ada usaha untuk mengatur penempatan mikroorganisme yang mencerminkan skema
suatu perkembangan evolusi, sebagaimana dilakukan pada edisi-edisi sebelumnya.
Alasannya ialah karena dalam banyak hal pengetahuan kita mengenai mikroorganisme
belum lengkap. Menyusun sistematik dalam dunia mikroorganisme bukanlah pekerjaan

yang mudah. Kesulitan pertama yang kita hadapi ialah menentukan apakah mikroba itu
golongan hewan atau golongan tumbuhan. Setelah Leeuwenhoek menyelami dunia
mikroorganisme,

sarjana

zoologi

seperti

Muller

(1773)

dan

Erlenberg

(1838)

menggolongkan bakteri pada protozoa. Baru pada tahun 1872, Cohn sarjana boatni bangsa
Jerman, mengetahui adanya ciri-ciri yang menyebabkan ia lebih condong menggolongkan
bakteri (salah satu mikroorganisme) pada tumbuhan.
Klasifikasi bakteri secara agak lengkap pada tahun 1875, dan sejak itu diadakan
penyempurnaan secara berangsur-angsur sampai sekarang. Banyak kesulitan dalam
mengklasifikasikan mikroorganisme. Misalnya dalam klasifikasi dari bakteri. Kriteria dalam
klasifikasi berbeda dengan mengklasifikasikan tumbuhan tingkat tinggi dan hewan tingkat
tinggi yang didasarkan terutama pada sifat-sifat morfologisnya. Tetapi hal ini sulit
dilaksanakan pada bakteri, sehingga klasifikasi bakteri didasarkan sebagian pada sifat-sifat
morfologi dan sifat-sifat fisiologi termasuk imunologi.

1.2 Luaran yang diharapkan


a. Mengetahui dan memahami konsep taksonomi mikrobia
b. Mengetahui ciri-ciri khusus yang dapat dijadikan sebagai dasar pengelompokan atau
klasifikasi mikroba.
c. Menjelaskan arti kata spesies dan dasar penggolongan organisme ke dalam spesies
d. Menjelaskan beragam karakteristik yang digunakan dalam taksonomi dan menerangkan
mengapa asam nukleat mungkin indikator filogeni dan keterkaitan mikroba
e. Menjelaskan skema klasifikasi yang digunakan dalam Bergey's Manual of Systematic
Bacteriology
f. Menjelaskan tiga domain organisme (Bacteria, Archaea, and Eucarya)
g. Menjelaskan sifat dinamis taksonomi bakteri dan tipe data baru yang mendukung

BAB II
PEMBAHASAN
Menyusun sistematik dalam dunia mikroorganisme bukanlah pekerjaan yang mudah.
Kesulitan pertama yang kita hadapi ialah menentukan apakah mikroba itu golongan hewan atau
golongan tumbuhan. Setelah Leeuwenhoek menyelami dunia mikroorganisme, sarjana zoologi
seperti Muller (1773) dan Erlenberg (1838) menggolongkan bakteri pada protozoa. Baru pada
tahun 1872, Cohn sarjana boatni bangsa Jerman, mengetahui adanya ciri-ciri yang menyebabkan
ia lebih condong menggolongkan bakteri (salah satu mikroorganisme) pada tumbuhan.
Klasifikasi bakteri secara agak lengkap pada tahun 1875, dan sejak itu diadakan penyempurnaan
secara berangsur-angsur sampai sekarang. Tetapi sampai saat ini dalam penyempurnaan itu
masih belum 100% benar baik dalam kesamaan suhu tubuh dan lain sebagainya masih menjadi
masalah yang tak terselesaikan.

A. Evolusi dan keragaman mikroba


1. Bumi kira-kira berumur kira-kira 4,6 milyar tahun dan sisa-sisa fosil sel prokariotik
berumur 3,5-3,8 milyar tahun terdapat dalam stromatolit dan batuan sedimen. Stromalit
adalah batuan berlapis yang dibentuk dari penggabungan sedimen mineral menjadi
hamparan mikroba (microbial mats), prokariot pertama mungkin bersifat anaerob dan
sianobakteri aaerobik mungkin mungkin muncul 2,5-3,0 milyar tahun yang lalu.
2. Hasil penelitian Carl Woese dan kawan-kawan menyarankan bahwa organisme dibagi
dalam tiga domain:
a) Eukaria meliputi seluruh organisme eukariotik.
b) Bakteria terdiri dari organisme prokariotik yang mempunyai rRNA bakterial and lipid
membran terutama berupa diasil gliserol eter.
c) Archaea terdiri dari organisme prokariotik yang mempunyai rRNA archaeal dan lipid
membran terutama berupada isoprenoid gliseral dieter atau turunan diglesrol tetraeter.

The Three-Domain System

3. Sel eukariotik modern yang muncul kurang lebih 1,4 milyar tahun yang lalu berasal dari
prokariot.
a) hipotesis I: perkembangan kloroplast dan mitokondria merupakan pelipatan
(invaginasi)

membran

plasma

dan

kemudian

membentuk

ruang-

ruang

(compartmentalization) dengan fungsi tertentu.


b) hipotesis II: (hipotesis endosimbiotik) menyarankan sebagai berikut:
1) Proses pertama pembentukan sel eukariot adalah pembentuk nukleus (mungkin
fusi bakteri dan archaea purba.
2) Kloroplas dibentuk ketika bakteri fotosintetik yang hidup bebas bersimbiosis
dengan sel eukariotik primitif (sianobakteria dan proklron disarankan sebagai
kandidat yang paling kuat.
3) Mitokondria mungkin terbentuk melalui proses yang sama (tetua Agrobacterium,
Rhizobium, dan riketsia menjadi kandidatnya).

c) hipotesis endosimbiotik mendapat dukungan kuat dari penemuan sianobakterium


yang berendosimbiotik dengan protista biflagelata (Cyanophora paradoxa);
sianobakterium berfungsi sebagai chloroplast Cyanophora paradoxa; endosimbiotik
ini dikenal sebagai sianel (cyanelle).

B. Tingkatan Taksonomi (Taxonomic Ranks)


1. Tingkatan taksonomi (dari bawah ke atas) adalah: spesies, genus, famili,ordo, klas, dan
kerajaan (kingdom); Namun, ahli mikrobiologi seringkali menggunakan nama seksi
(suatu pengelompokan yang kurang formal) yang bersifat deskriptif untuk kelompokkelompok organisme tertentu, seperti metanogen, purple bacteria, bakteri asam laktat,
dan lain-lain.
2. Kelompok taksonomi dasar adalah spesies
a. Spesies prokariotik tidak didefinikan atas dasar kecocokan (compatibility) reproduktif
seksual (sebagaimana pada organism tingkat tinggi) tetapi didasarkan atas perbedaan
fenotipik dan genotipik; spesien prokariotik adalah koleksi galur (strain) yang
mempunyai banyak kesamaan sifat yang stabil dan berbeda secara nyata dengan
sekurang-kurang beberapa kelompok galur lain.
b. Galur adalah populasi organisme yang dapat dibedakan dari sekurang-kurang
beberapa pupulasi lain dalam suatu kategori taksonomik, galur dianggap berasal dari
organisme tunggal atau isolat kultur tunggal.
1) Biovar berbeda secara biokimiawi atau fisiologis
2) Morfovar berbeda secara morfologi
3) Serovar berbeda sifat antigenik
c. Galur tipe (Type strain) adalah galur suatu spesies yang dikaji pertama kali (yang
paling rinci dikarakterisasi), galur ini tidak harus anggota yang paling mewakili.
d. Genus adalah kelompok spesies (satu atau lebih) yang telah ditentukan dengan sangat
baik yang secara jelas terpisah (berbeda) dari genera lain.
3. Dalam sistem nomenklatur binomial yang diajukan oleh Carl von Linne (Carolus
Linnaeus), huruf pertama nama genus ditulis dengan huruf besar dan epitet spesifik
ditulis dengan huruf kecil pada huruf pertamanya (e.g., Escherichia coli); dalam artikel

ilmiah, huruf pertama genus dapat disingkat penulisan penulisan setelah digunakan
setelah ditulis lengkap pada penulisan sebelumnya. (contoh, E. coli).

C. Sistem Klasifikasi
1. Klasifikasi Alami (Natural classification) penataan organisme ke dalam kelompokkelompok yang anggota-anggotanya mempnyai banyak kesamaan sifat dan
mencerminkan sebanyak mungkin sifat biologis organisme.
2. Sistem (Phenetic systems) adalah mengelompokkan organisme didasarkan atas
kesamaan secara keseluruhan:
a) Seringkali berupa suatu sistem alami yang didasarkan atas kesamaan karakter.
b) Tidak tergantung pada analisis filogenetik
c) Menggunakan unweighted traits
d) Sistem terbaik jika membandingkan sebanyak mungkin sifat (attributes).
3. Taksomi Numerik (Numerical taxonomy):
a) Informasi sifat suatu organisme dikonversikan ke bentuk yang sesuai untuk
analisis numerk dan dibandingkan menggunakan computer
b) Ada atau tidaknya sekuran-kurangnya 50 (sebaiknya beberapa ratus) karakater
dibandingkan; karakter tersebut di antaranya karakter morfologi, biokimiawi, dan
fisiologi)
c) Koefisien asosiasi ditentukan di antara karakter-karakter yang dimiliki oleh dua
organism
1) Koefisien kesesuaian sederhana (Simple matching coefficient) proporsi
yang sesuai (match) baik untuk karakter yang ada maupun tidak ada.
2) Koefisien Jaccard (Jaccard coefficient) mengabaikan karakter-karakter
yang tidak ada pada kedua organisme.
3) Nilai-nilai tersebut diatur untuk membentuk matriks kesamaan (similarity
matrix); organisme dengan kesamaan tinggi dikelompokkan bersama dalam
fenon (phenons).
4) Perbedaan (significance) fenon tidak selalu jelas terlihat tetapi fenon dengan
kesamaan 80% seringkali dianggap satu spesies (bakteri).
d) Menggunakan unweighted traits.

e) Sistem terbaik jika membandingkan sebanyak mungkin karakter (attributes).

4. Sistem filogeneti (filetik) {Phylogenetic (phyletic)-pengelompokan organisme


didasarkan pada hubungan evolusioner
a) Untuk prokariot adalah sulit untuk mengetahui hubungan evolusi karena
kekurangan catatan fosil yang baik.
b) Pembandingan langsung materi genetik dan produk gen seperti rRNA dan
protein dapat digunakan untuk mengatasi kesulitan tersebut di atas.
D. Karakter utama yang digunakan dalam taksonomi
1. Karakter klasik (Classical characteristics)
a) Karakter morfolofi (Morphological characteristics)- mudah untuk dianalisis,
stabil secara genetis, variasi tidak besar terhadap perubahan lingkungan;
seringkali menjadi indikasi yang baik untuk hubungan filogenetik.
b) Karakter fisiologis dan metabolik (Physiological and metabolic characteristics)berkaitan langsung dengan enzim dan protein transport (produk gen) dan oleh
karenanya secara tidak langsung menunjukkan perbandingan genom mikroba.
c) Karakter ekologi (Ecological characteristics) meliputi pola siklus hidup,
hubungan simbiotik, patogenitas, preferensi habitat, dan kebutuhan pertumbuhan.
d) Analisis genetik (Genetic analysis) meliputi kajian pertukaran gen kromosomal
melalui konjugasi dan transformasi; proses ini jarang terjadi antar genera; harus
hati-hati untuk mengindari kesalahan yang disebabkan adanya karakter dari
plasmid.
2. Karakter Molekuler (Molecular characteristics)
a) Pembandingan protein (Comparison of proteins)-berguna sebab merefleksikan
informasi genetik organisme, analisisnya melalui:
1) Penentuan urutan asam amino protein
2) Perbandingan mobilitas elektroforesis
3) Penentuan reaktivitas silang imunologis (immunological crossreactivity)
4) Perbandingan sifat enzimatis

b) Komposisi basa asam nukleat


1) Kandungan G+C dapat ditentukan atas dasar suhu leleh (Tm) suhu (panas)
yang mengakibatkan untai ganda molekul DNA memisah)
2) Secara taksomi berguna karena variasi dalam genus biasanya kurang dari
10% tetapi variasi di antara genera jauh lebih besar, berkisar 25-80%
c) Hibridisasi asam nukleat (Nucleic acid hybridization)
1) Menentukan tingkat homologi urutan
2) Suhu inkubasi mempengaruhi tingkat homologi urutan yang diperlukan untuk
membentuk hibrid stabil
d) Penentuan urutan asam nukleat (Nucleic acid sequencing)
1) Gen rRNA adalah paling ideal untuk perbandingan sebab urutan basa gennya
mengandung urutan yang stabil secara evolusioner (lestari) dan urutan
bervariasi.
2) Sekarang ini, genom prokariotik lengkap telah ditentukan; perbandingan
langsung urutan genom lengkap akan menjadi sangat penting dapam
taksonomi prokariotik.

E. Penilaian filogeni mikroba (Assessing Microbial Phylogeny)


1. Kronometer molekuler (Molecular chronometers)- asumsi bahwa laju perubahan
adalah konstan merupakan asumsi yang tidak tepat; mungkin asumsi yang tepat, laju
perubahan gen tertentu adalah konstan
2. Pohon filogenetik (Phylogenetic trees)
a) membuat percabangan yang menghubungkan titik (nodes), yang merupakn unit
taksonomi, seperti spesies atau gen; akar pohon merupakan titik yang bertindak
sebagai tetua (nenek moyang) untuk seluruh organisme yang sedang dianalisis.
b) dibuat dengan membandingkan urutan molekuler dan perbedaan dinyatakan
sebagai jarak evolusioner; kemudian organism dikelompokkan untuk menentukan
tingkat hubungan; atau tingkat hubungan dapat diduga dengan analisis parsimony
yang mengasumsikan bahwa perubahan evolusioner organisme tertentu terjadi
sepanjang jalur terpendek dengan perubahan paling sedikit terhadap tetuanya.

3. rRNA, DNA, dan protein sebagai indikator filogeni


a) Koefisien asosiasi (Association coefficients) dari kajian rRNA adalah suatu
ukuran tingkat hubungan (relatedness)
b) Urutan penanda oligonukleotida (Oligonucleotide signature sequences) terdapat
di sebagian besar atau seluruh anggota kelompok filogenetik tertentu dan jarang
atau tidak pernah ada di dalam kelompok lain bahkan yang dekat sekali pun;
berguna pada tingkat kingdom atau domain.
c) Kajian kesamaan DNA jauh lebih efektif pada tingkat genus dan spesies
d) Urutan protein kurang dipengaruhi oleh perbedaan kandung G+C pada organisme
tertentu
e) Analisis tiga tipe molekult tidak selalu menghasilkan pohon evolusi yang sama.
4. Taksonomi polifasik (Polyphasic taxonomy)
a) Menggunakan

kisaran

luas

informasi

fenotipik

dan

genotipik

untuk

mengembangkan skema taksonomi.


b) Teknik dan informasi yang digunakan tergantung pada tingkat resolusi taksonomi
yang diinginkan (contoh, teknik serologis baik untuk mengidentifikasi galur,
tetapi tidak baik untuk tingkat genera atau spesies.

F. Pengelompokan utama kehidupan (The Major Divisions of Life)


1. Domain

a) Carl Woese (1980) mahluk hidup terdiri dari 3 kelompok evolusioner (domain)
yg hierarkinya di atas dunia. Woese dan kawan-kawan menggunakan kajian
rRNA untuk mengelompokkan seluruh organisme ke dalam tiga domain.
1) Domain Bakteri (12 kelompok) yang meliputi sebagian besar prokariot;
dinding sel mengandung asam muramik; lipid membran mengandung asam
lemak rantai lurus yang diikatkan oleh ikatan ESTER.
2) Domain Arkhaea (3 kelompok) yang memiliki ciri-ciri prokariot yang
kekurangan asam muramik, mempunyai lipid yang mengandung rantai alifatik
bercabang yang dihubungkan oleh ikatan ETER, kekurangan timidin pada
tangan T molekul tRNA, mempunyai RNA polimerase jelas (distinctive), dan
mempunyai ribosom dengan komposisi dan bentuk berbeda dengan yang
terdapat di bakteri
3) Domain Eukarya (Protozoa, Fungi, Algae, Tumb, Hewan) yang mempunyai
ciri-ciri struktur organ yang dilapisi oleh membran yang lebih kompleks
b) Beberapa pohon filogenetik berbeda telah diusulkan yang

menghubungkan

domain utama; beberapa pohon yang diusulkan tidak medukung pola tiga
domain.
c) Salah satu kesulitan dalam mengkonstruksi suatu pohon filogenetik adalah
transfer gen horisontal yang sering terjadi secara luas; pohon yang lebih benar,
mungkin menyerupai jejaring dengan banyak percabangan lateral yang
menghubungan bermacam-macam anak cabang (trunks).
2. Kingdom
a. Sistem 2 kingdom

Linnaeus (1753) membagi jasad hidup atas dua dunia berdasarkan ciri
kenampakan morfologi luar.
1) Dunia Plantae (Tumb, Algae, Fungi, Bakteri) adalah semua makhluk hidup
yang memiliki ciri-ciri berdinding sel, berklorofil dan dapat berfotosintesis.
2) Dunia Animalia (Hewan dan protozoa) adalah semua makhluk hidup yang
memiliki ciri-ciri tidak berdinding sel, tidak berklorofil dan dapat bergerak
bebas.

b. Sistem 3 kingdom

Haeckel (1866) menggolongkan jasad hidup atas 3 dunia berdasarkan ciri


morfologi (mikroskopis) dan fisiologis.
1) Dunia plantae (Tumb, Algae multiseluler) adalah semua makhluk hidup
yang memiliki ciri-ciri autotrof, eukariot multiseluler, dan reproduksi
dengan spora.
2) Dunia Animalia (Hewan) adalah semua makhluk hidup yang memiliki ciriciri heterotrof dan eukariot multiseluler.

3) Dunia Protista (Protozoa, Algae uniseluler, Fungi, Bakteri dan Porifera)


adalah semua makhluk hidup yang memiliki ciri-ciri uniseluler atau
multiseluler.

c. Sistem 5 kingdom

1) Whittaker (1965) membagi lima dunia berdasarkan organisasi internal sel,


nutrisi, dan struktur organisasi seluler.
a) Dunia Monera (Sianobakteri, Eubakteri dan Arkhaebakteri) adalah
makhluk hidup yang memiliki ciri-ciri seluruh organisme prokariotik.
b) Dunia Protista (Protozoa, Alga uniseluler, Jamur lendir) adalah makhluk
hidup yang memiliki ciri-ciri eukariot uniseluler dengan bermacammacam mekanisme nutrisi.
c) Dunia Fungi (jamur, jamur benang, Khamir) adalah makhluk hidup yang
memiliki ciri-ciri eukariot multiseluler dan uniseluler berdinding sel dan
nutrisi absorptif (absorptive nutrition).

d) Dunia plantae (Tumb dan Algae multiseluler) adalah makhluk hidup


yang memiliki ciri-ciri eukariot multiseluler berdinding sel dan nutrisi
fotoautotropik (photoautotrophic nutrition).
e) Dunia animalia (Hewan) adalah makhluk hidup yang memiliki ciri-ciri
eukariot multiseluer, tidak berdinding sel dan nutrisi ingestive.
2) Banyak ahli biologi tidak menerima sistem Whittaker system, terutama
disebabkan sistem tersebut tidak membedakan bakteri dan archaea.
3) Beberapa sistem alternatif telah disarankan, seperti sistem enam kingdom
dan dua kerajaan (empire), delapan kingdom.
G. Bergeys Manual of Systematic Bacteriology
1. Bergeys Manual of Systematic Bacteriology edisi pertama- terutama adalah fenetik
(phenetic)
Terdiri dari 33 seksi (sections) dalam empat volume
Masing-masing seksi terdiri dari bakteri yang mempunyai kesamaan karakter
yang secara mudah dapat ditentukan (contoh: morfologi, reaksi gram, hubungan
oksigen) dan memuat judul yang menggambarkan sifat-sifat atau memberikan
nama daerah bakteri
2. Bergeys Manual of Systematic Bacteriology edisi kedua
Lebih banyak filogenetik daripada fenetik
Terdiri dari lima volume
Survei filogenetik dan keragaman prokariot
a) Volume 1 (of 2nd edition of Bergeys Manual): The Archaea, Genera bakteri
fototropik dan dekat percabangan dengan archaea
Archaea-dibagi dua phyla
Crenarchaeota- phylum yang beragam terdiri dari organisme
termofilik dan hipertermofilik dan juga beberapa organisme yang
tumbuh di laut pada suhu rendah sebagai picoplankton
Euryarchaeota- terdiri dari terutama prokariot metanogenik dan
halofilik dan uga prokariot termofilik, pereduksi sulfur

Bakteri
Aquificae - phylum yang terdiri dari bakteri autotropik yang
menggunakan hidrogen sebagai sumber energi; sebagian besar adalah
bakteri termofilik
Thermatogae - phylum yang terdiri dari bakteri gram negatip,
fermentatif termofilik, anaerobik.; mempunyai asam lemak yang tidak
umum
Deinococcus-Thermus phylum ini meliputi bakteri dengan
resistensi luar biasa terhadap radiasi dan organisme termofilik
Chloroflexi phylum ini terdiri dari bakteri yang seringkali disebut
bakteri nonsulfur hijau; beberapa melakukan fotosintesis anoksigenik
(anoxygenic), sedangkan yang lain bakteri respiratori dan bergerak
secara gliding; mempunyai peptidoglikan yang tidak biasa dan tidak
mempunyai liposakarida dalam membran luarnya
Cyanobacteria-phylum

yang

terdiri

dari

bakteri

fotosintetik

oksigenik
Chlorobi- phylum ini terdiri dari bakteri fotosintetik anoksigenik
yang dikenal sebagai bakteri sulfur hijau
b) Volume 2: Proteobacteria hanya satu phylum disebut Proteobacteria,
yang terdiri dari banyak ragam bakteri gram negatip.
c) Volume 3: Bakteri gram positip dengan kandungan G+C rendah hanya
satu philum disebut Firmicutes; seluruhnya mempunyai kandungan G+C
50%; kecuali mycoplasma, yang tidak mempunyai dinding sel, seluruhnya
adalah gram positip; meliputi genera yang menghasilkan endospora
d) Volume 4: Bakteri gram positip dengan kandungan G+C tinggi
mencakup phylum Actinobacteria; mempunyai kandungan G+C 50-55%;
meliputi bakteri filamentous (actinomycetes) and bakteri dengan dinding sel
yang tidak biasa (mycobacteria)
e) Volume 5: Planctomycetes, Spriocheates, Fibrobacteres, Bacteroidetes,
dan Fusobacteria- campuran dari berbagai jenis kelompok filogenetik

dengan percabangan dekat yang tidak harus berhubungan satu sama lain
walaupun seluruhnya gram negatip.
Planctomycetes - phylum terdiri dari bakteri dengan sifat tidak biasa,
termasuk dinding sel yang tidak mempunyai peptidoglika dan sel dengan
nukleoid yang diselimuti membran; membelah dengan bertunas dan
membentuk tonjolan (appendages) yang disebut stalks
Chlamydiae - phylum terdiri dari patogen intraseluler obligat yang
mempunyai

siklus

hidup

unik;

patogen

ini

tidak

mempunyai

peptidoglikan.
Spirochaetes- phylum terdiri dari bakteri berbentuk heliks dengan
morfologi dan motilitas unik
Bacteroides- phylum yang terdiri dari sejumlah bakteri penting secara
ekologis
H. Klasifikasi lain
1. Klasifikasi Bakteri
Sebagian besar didasarkan pada morfologi dan bentuk metabolisme komposisi
asam nukleat seperti perbandingan dari guanin dan citosin dari DNA baru-baru ini
juga ditentukan dalam taksonomi bakteri. Bargeys Manual dalam bukunya
Determinative Bacteriology mengklasifikasikan bakteri ke dalam 35 kelompok
bakteri. Kelompok-kelompok tersebut digambarkan berdasarkan bentuk, struktur sel,
kemampuan bergerak dan kemampuan metabolisme. Bakteri mempunyai beberapa
bentuk yaitu batang, bulat, spiral. Ukuran panjang bakteri dari 0,1 mm sampai
dengan > 500 mm.
2. Klasifikasi Virus
Sistem yang secara paling luas digunakan untuk klasifikasi virus terlihat pada.
Menurut sistem ini, yang diperkenalkan oleh A. Loff dan kawan-kawan dalam tahun
1962, virus dikelompokkan menurut sifat virionnya yaitu semacam asam nukleat,
bentuk susunan kapsid, ada tidaknya selubung dan ukuran kapsid. Pembagian lebih
lanjut didasarkan atas sifat-sifat lain virion itu, seperti sejumlah untaian asam nukleat
(satu atau dua, sifat pertumbuhan virus, seperti kedudukan tempat sintesis virus di
dalam sel dan hubungan timbal balik antara inang dan virus, seperti digambarkan

oleh kisaran inang. Sistem ini dimaksudkan untuk menggambarkan klasifikasi alami
atau filogenik, berarti sistem ini bukannya mencoba menggambarkan hubungan
evolusioner antara virus-virus. Hubungan yang sama sekali tidak jelas melainkan
sistem ini menggolongkan virus berdasarkan susunan biasa sifat-sifat kimiawi dan
strukturnya yang merupakan sifat tetap yang dapat ditentukan dengan cermat. Virus
hewan telah diklasifikasi dengan beberapa cara. Salah satu cara klasifikasi yang
mula-mula dipakai dulu didasarkan pada afinitas jaringan virus, umpamanya, virus
neutropik (jaringan syaraf) dan virus dermatropik (jaringan kulit). Dengan
berkembangnya metode-metode pengukuran ciri-ciri fisik, kimiawi dan biologis
virus telah terhimpun informasi untuk merumuskan suatu skema klasifikasi yang
didasarkan pada sifat-sifat ini untuk semua virus. Virus hewan telah ditempatkan
kedalam famili-famili. Nama-nama spesies belum dirumuskan karena pengetahuan
mengenai virus belum memadai untuk taraf taksonomi. Virus tumbuan mempunyai
nama-nama kelompok yang deskriptif tetap tanpa famili atau genus contohnya
adalah virus mozaik ketimun.
3. Klasifikasi Fungi
Fungi atau cendawan adalah organisme heterotrofik mereka memerlukan
senyawa organik untuk nutrisinya. Bila mereka hidup dari benda organik mati yang
terlarut, mereka disebut saprofit. Saprofit menghancurkan sisa-sisa tumbuhan dan
hewan yang kompleks, menguraikannya menjadi zat-zat kimia yang lebih sederhana,
yang kemudian dikembalikan ke dalam tanah, dan selanjutnya meningkatkan
kesuburannya. Jadi mereka dapat sangat menguntungkan bagi manusia. Sebaliknya,
mereka juga dapat merugikan kita bilamana membusukkan kayu, tekstil, makanan
dan bahan-bahan lain. Cendawan saprofisik juga penting dalam fermentasi industri,
misalnya pembuatan bir, minuman anggur dan produksi antibiotik seperti penisilin.
Peragian adonan dan pemasakan beberapa keju juga bergantung kepada kegiatan
cendawan. Beberapa fungi meskipun saprofitik, dapat juga menyerbu inang yang
hidup lalu tumbuh dengan subur di situ sebagai parasit. Sebagai parasit mereka
menimbulkan penyakit pada tumbuhan dan hewan, termasuk manusia. Akan
tetapi,diantara sekitar 500.000 spesies cendawan, hanya kurang lebih 100 yang
patogenik terhadap manusia. Banyak cendawan patogenik, misalnya Histoplasma

capsulatum, yang menyebabkan histoplasmasis (infeksi mikosis pada sistem


retikuloendotelium yang meliputi banyak organ), dapat juga hidup sebagai parasit.
Fungi seperti itu menunjukkan demorfisme; artinya mereka dapat ada dalam
uniseluler seperti halnya khamir ataupun dalam bentuk benang(filamen) seperti
halnya kapang.

BAB III
PENUTUP
3.1 Kesimpulan
Mikroorganisme merupakan suatu kelompok organisme yang tidak dapat dilihat
dengan menggunakan mata telanjang, sehingga diperlukan alat bantu untuk dapat
melihatnya seperti mikroskop, lup dan lain-lain.
1. Konsep taksonomi mikrobia adalah ilmu yang mengkaji klasifikasi biologis untuk
mengelompokan mikrobia yang sama dan mengorganisasikan kelompok mikrobia ini ke
dalam penataan hirarki tanpa tumpang tindih.
2. Klasifikasi didasarkan atas analisis huhungan evolusi (klasifikasi filogenetik atau filetik)
atau kemiripan (klasifikasi fenetik). Hasil analisis ini seringkali diringkas dalam diagram
mirip pohon yang disebut dendogram.
3. Kelompok taksonomik dasar adalah spesies, yang ditentukan baik dalam hal reproduksi
seksual maupun kemiripan umum.
4. Karakteristik fisiologis, metabolik, ekologis, genetik, dan molekuler secara keseluruhan
berguna dalam taksonomi karena semua mencerminkan organisasi dan aktivitas genom.
Urutam asam nukleat diduga merupakan indikator filogeni dan hubungan mikroba
terbaik.
5. Bergeys Manual of Systematic Bacteriology edisi pertama adalah fenotipik dan
membagi bakteria berdasarkan atas karakter yang mudah ditentukan seperti bentuk, sifat
pewarnaan Gram, hubungan oksigen, dan motilitas. Edisi keduanya, dengan lima
volume dan 30 seksinya, diorganisasikan secara filogenetik dan membagi prokariot ke
dalam dua domain dan sekurang-kurangnya 14 kingdom.
6. Kelompok prokariotik (archaeobacteria dan eubacteria) muncul pertama kali, kemudian
kelompok eukarot.; organisme tersebut dikelompokkan dalam dalam tiga domain:
Eubacteria (Bacteria), Archaea, and Eucarya. Ketiga domain ini berbeda satu sama lain
dalam urutan rRNA dan banyak karakter yang lain.
7. Taksonomi bakteri berubah sangat cepat sejak masuknya data baru, khususnya data yang
diperoleh menggunakan teknik molekuler seperti komparasi struktur RNA ribosomal
dan urutan kromosom. Hal ini akan mengarah ke klasifikasi fiogenetik baru.

DAFTAR PUSTAKA
(https://id.wikipedia.org/wiki/Kerajaan_%28biologi%29)
(http://ugeex.blogspot.co.id/2009/03/klasifikasi-mikroba.html)
http://www.kamusq.com/2012/11/sistem-klasifikasi-2-kingdom-pengertian.html
The Tree of Life
(http://phylogeny.arizona.edu/tree/phylogeny.html)
Bergey's Manual of Determinative Bacteriology
(http://server.mph.msu.edu/bergeys/)
Pramono, Hendro. 2007. Catatan Kuliah Mikrobiologi Dasar. www.unsoed.ac.id. Diakses
tanggal 5 November 2013.