Karbohidrat dan Protein merupakan komposisi senyawa organik yang paling banyak terdapat dalam limbah. Karbohidrat terdapat dalam limbah sekitar 25-40% sedangkan protein sekitar 40-60%
Karbohidrat dalam limbah cair didapatkan
dalam bentuk gula, selulosa, kanji, tepung yang terdiri dari senyawa karbon, hidrogen dan oksigen, baik terlarut maupun tidak terlarut. Semakin banyaknya kandungan Karbohidrat dalam limbah cair akan mengakibatkan bau busuk dan turunnya oksigen terlarut, sehingga dapat mengganggu kehidupan biota air.
Protein berasal dari tumbuhan dan
hewan. Protein mengandung senyawa yang cukup kompleks. Semakin banyaknya kandungan Karbohidrat dalam limbah cair akan mengakibatkan bau busuk