Anda di halaman 1dari 26

BIOINFORMATIKA, DESAIN PRIMER DAN TEKNIK BLAST

A. TUJUAN
1. Untuk mempelajari cara mencari dan mendapatkan data dari
genebank
2. Untuk menganalisa data sekuens menggunakan program BLAST
3. Untuk mempelajari cara dan mendapatkan desain primer dari
genbank
B. DASAR TEORI
NCBI adalah instansi yang bertanggung jawab untuk menciptakan
sistem

otomatis

untuk

menyimpan

dan

menganalisis

profesi

yang

berkembang pesat data genetik dan molekuler.


NCBI (National Centre for Biotechnology Information) merupakan suatu
institusi yang konsen sebagai sumber informasi perkembangan biologi
molekuler.
Salah satu tantangan yang paling sulit yang dihadapi dalam bidang
bioinformatika adalah bagaimana untuk menyimpan, dengan cara yang
mudah diakses, kelimpahan besar informasi baru, termasuk urutan genom
keseluruhan, penemuan gen baru yang sedang berlangsung dan produk gen,
dan

penentuan

fungsi

dan

struktur.

NCBI

didirikan

sebagai

respon

pemerintah terhadap kebutuhan untuk informasi lebih lanjut dan lebih baik
metode pengolahan untuk menangani tantangan ini.
NCBI membuat database yang dapat diakses oleh publik, merangsang
riset biologi terkomputasi, mengembangkan software penganalisis data
genome,

dan

menyebarkan

informasi

biomedical

yang

kesemuanya

diharapkan mengarah pada pemahaman yang lebih baik tentang prosesproses molekuler yang mempengaruhi manusia dan kesehatannya.
Situs akses NCBI : www.ncbi.nlm.nih.gov.
Salah satu tools yang tersedia dalam situs NCBI ini adalah BLAST.
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) merupakan suatu alat pencari
yang dapat menyesuaikan dan mencari sekuen yang mirip dengan sekuen

meragukan yang kita miliki melalui perbandingan sekuen melalui GenBank


DNA database dalam waktu singkat.
Mencari referensi penelitian melalui NBI
Beberapa journal penelitian dapat diakses pada database NCBI melalui
Pubmed maupun Pubmed central.
PubMed adalah sebuah layanan dari National Library of Medicine, yang
menyertakan lebih dari 20 juta kutipan untuk artikel-artikel biomedis sejak
tahun 1950-an hingga kini. Kutipan-kutipan itu dari MEDLINE dan tambahan
dari jurnal-jurnal sains kehidupan. PuMed menyertakan link ke banyak situs
yang menyediakan teks lengkap dari artikel tersebut dan sumber-sumber
yang berhubungan.
Ada 5 program utama dalam BLAST, yaitu :
1. Nucleotide blast (blastn) : membandingkan suatu sekuen nukleotida
yang kita miliki dengan database sekuen nukleotida
2. Protein blast (blastp) : membandingkan suatu sekuen asam amino
yang kita miliki dengan database sekuen protein
3. Blastx : membandingkan produk translasi konsep 6-frame sebuah
sekuen nukleotida (translated nucleotide) yang kita miliki dengan
database sekuen protein
4. Tblastn : membandingkan suatu sekuen protein yang kita miliki
dengan database sekuen nukleotida yang secara dinamis ditranslasi
pada semua pembacaan 6 frame.
5. Tblastx : membandingkan suatu translasi 6 frame dari nukleotida.
C. CARA KERJA
a. Searching dan Browsing Data Base
Ketikkan http://www.ncbi.nlm.nih.gov pada location bar pencarian
Pilih preferensi pencarian yang digunakan (pada contoh ini dipilih
nucleotide) dan ketikkan juga molekul yang ingin dicari sebagai kata kunci
pencarian (pada contoh ini diketikkan IGF1R) dan diketik GO

Muncul berbagai pilihan sekuens yang berkaitan dengan IGF1R dan dipilih
(dengan cara mengklik kode) sekuens sesuai kebutuhan. Sekuens dengan
kode awal NM menunjukkan sekuens nukleotida sedangkan NP
menunjukkan sekuens protein. Pada contoh ini dipilih kode NM_000875
dari Homo sapiens.
Kursor di scroll ke bawah sampai diperoleh sekuens protein IGF1R. Sekuens
yang dibutuhkan untuk program BLAST adalah CDS, oleh sebab itu sekuens
pada CDS dicopy
b. Cara lain dalam searching dan browsing data dari Gen Bank
Pilih preferensi pencarian yang digunakan (pada contoh ini dipilih
nucleotide) dan ketikkan juga molekul yang ingin dicari sebagai kata kunci
pencarian (pada contoh ini diketikkan INS) dan diketik GO

Muncul berbagai pilihan sekuens yang berkaitan dengan INS dan dipilih
(dengan cara mengklik kode) sekuens sesuai kebutuhan. Sekuens dengan
kode awal NM menunjukkan sekuens nukleotida sedangkan NP
menunjukkan sekuens protein.
Diklik link FASTA untuk memperoleh sekuen nukleotida dari INS dalam bentuk
FASTA
Apabila diklik kode NM dan Gen Bank, maka akan diperoleh informasi
mengenai sekuen nukleotida
c. Analisis Alligment
Buka halaman awal NCBI dan pilih
Setelah memilih program BLAST maka akan muncul tampilan sebagai
berikut.

Klik kolom Allign two or more sequences untuk membandingkan 2


sekuen nukleotida. Kemudian dimasukkan sekuen yang ingin
dibandingkan pada kolom yang telah tersedia. Sekuen yang dimasukkan
harus dalam format FASTA.
Setelah sekuen dimasukkan diklik tanda BLAST pada bagian bawah
d. Desain Primer PCR (Polimerase Chain Reaction)
Memasukkan urutan DNA dalam bentuk FASTA ke dalam kolom yang
telah disediakan, pada bagian akhir diklik GET PRIMER
setelah diperoleh data nukleotida dari genbank (misal INS), untuk
mempeoleh desain primer dari sekuen nukleotida tersebut dapat
dilakukan dengan memilih Analyze This Sequence>Pick primer,
Hasil dari pemilihan tersebut adalah halaman untuk mengisikan
karakter-karakter primer
yang diharapkan, kemudian pada
bagian akhir diklik GET PRIMER.
Tampilan yang diperoleh adalah beberapa alternatif desain primer
D. HASIL PENGAMATAN DAN PEMBAHASAN

GEN

PICK PRIMER

PRIMER

Ambil PRIMER yang Self Complementary dan Self 3 Complementary- nya


mendekati 1 yaitu ( primer 5,6,8) kemudian di blast untuk membuktikan
dia adalah daging KALKUN maka di BLAST . Pilih primer 3 diatas. Kembali ke
tab yang buat PRIMER masukkan kebawahnya forward dan Reverse
Primernya .

ANALISIS SPESIFIKASI

PRIMER 5

Kesimpulan : primers pairs are specific to the input PCR template as no other
targets were found in selected database:Refseq mRNA (Organism limited to
Meleagris gallopavo). ternyata primer pair 5 pada kalkun spesifik

AYAM

Kesimpulan : primers may not be specific to the input PCR template as


targets were found in selected database:Refseq mRNA (Organism limited to
Gallus gallus). ternyata primer pair 5 pada kalkun juga terdapat pada ayam
sehingga tidak spesifik.
DOMBA

Kesimpulan : primers may not be specific to the input PCR template as


targets were found in selected database:Refseq mRNA (Organism limited to

ovis aries). ternyata primer pair 5 pada kalkun juga terdapat pada domba
sehingga tidak spesifik.
ITIK MELEWER

Kesimpulan : primers may not be specific to the input PCR template


as targets were found in selected database:Refseq mRNA (Organism
limited to anas planthyrincos). ternyata primer pair 5 pada kalkun
juga terdapat pada itik sehingga tidak spesifik.
KUDA

Kesimpulan : primers pairs are specific to input template as no other targets


were found in selected database:Refseq mRNA (Organism limited to Equus
caballus). dari gambar diatas menunjukan bahwa gen yang ada hanya
spesifik terhadap kalkun tidak ada pada kuda

SAPI

Kesimpulan : primers may not be specific to the input PCR template as


targets were found in selected database:Refseq mRNA (Organism limited to
Bost taurus). ternyata primer pair 5 pada kalkun juga terdapat pada sapi
sehingga tidak spesifik.

PRIMER 8
SAPI

Kesimpulan : primers are specific to the input PCR template as no other


targets were found in selected database:Refseq mRNA (Organism limited to
Bost taurus). dari gambar diatas diketahui bahwa gen yang terdapat di
primer 8 pada kalkun spesifik sehingga tidak terdapat di sapi
AYAM

Kesimpulan : primers may not be specific to the input PCR template as


targets were found in selected database:Refseq mRNA (Organism limited to
Gallus gallus). ternyata primer pair 8 pada kalkun juga terdapat pada ayam
sehingga tidak spesifik.
KALKUN

KERBAU

Kesimpulan : primers may not be specific to the input PCR template as


targets were found in selected database:Refseq mRNA (Organism limited to
Bubalus bubalis). ternyata primer pair 8 pada kalkun juga terdapat pada
kerbau sehingga tidak spesifik.
DOMBA

Kesimpulan : primers may not be specific to the input PCR template as


targets were found in selected database:Refseq mRNA (Organism limited to
ovis aries). ternyata primer pair 8 pada kalkun juga terdapat pada domba
sehingga tidak spesifik.

PRIMER 6

BEBEK

Kesimpulan : primers may not be specific to the input PCR template as


targets were found in selected database:Refseq mRNA (Organism limited to
anas plathyrincos). ternyata primer pair 6 pada kalkun juga terdapat pada
bebek sehingga tidak spesifik.

MERPATI

Kesimpulan : primers may not be specific to the input PCR template as


targets were found in selected database:Refseq mRNA (Organism limited to
Columba livia). ternyata primer pair 6 pada kalkun juga terdapat pada
merpati sehingga tidak spesifik.
AYAM

Kesimpulan : primers may not be specific to the input PCR template as


targets were found in selected database:Refseq mRNA (Organism limited to
Gallus gallus). ternyata primer pair 6 pada kalkun juga terdapat pada ayam
sehingga tidak spesifik.
DOMBA

Kesimpulan : primers may not be specific to the input PCR template as


targets were found in selected database:Refseq mRNA (Organism limited to
ovis aries). ternyata primer pair 6 pada kalkun juga terdapat pada domba
sehingga tidak spesifik.
KAMBING

Kesimpulan : primers may not be specific to the input PCR template as


targets were found in selected database:Refseq mRNA (Organism limited to

Capra hircus). ternyata primer pair 6 pada kalkun juga terdapat pada
kambing sehingga tidak spesifik.
F. Kesimpulan
1. Dengan memahami bagaimana mendesain primer maka dapat
diketahui bagaimana cara untuk mengisolasi sebuah gen dari suatu
organisme yang sekuennya belum kita ketahui dengan
memanfaatkan bank data yang sudah ada di internet.
2. Primer yang digunakan adalah primer nomor dua, tiga dan delapan
dikarenakan nilai self complementary dan pasangannya hamper
mendekati nol
3. Pada primer pertama didapat gen pork atau babi yang tidak spesifik
hanya pada babi saja melainkan dapat juga pada kerbau dan domba
4. Sedangkan pada primer kedua dan ketiga gen pork spesifik hanya
pada babi saja
G. Daftar Pustaka
1. Aris T W. 2000. Inverse Polymerase Chain Reaction.Jurnal. Hayati.Vol
7 (4) : 121-123
2. Iserte J A, Stephan B I, Goni S E, Borio C S, Ghiringhelli P D, Lozano
M E. 2013. Family-specific degenerate primer design: a tool to
design consensus degenerated oligonucleotides.
Biotechnol Res Int 2013:38364
3. Lewitter F1 1987 Online use of the GenBank Genetik Seguence Data
Bank. Development in Industrial Microbiology. Vol. 27 Journal of
Industrial Microbiology Suppl. No. 1
4. Nuswantara S. 2000. Internet untuk biologi molekuler. Warta Biotek
Vol.14 No 2 Juni 2000.
5. Rashidi, H.H. & L.K. Buehler. 2000. Bioinformatics Basics.
Applications in Biological Science and Medicine. CRC Press. London.
pp 173.
6. Utama, A. 2003. Peran Bioinformatika dalam Dunia Kedokteran. Ilmu
Komputer. Jakarta.
7. Witarto, AB. 2003. Bioinformatika Mengawinkan Teknologi Informasi
dengan Bioteknologi. Ilmu Komputer, Jakarta.